5P5PA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 250
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5pA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5pA01
5OZ6A 2QI1A 1MTRA 3K4VC 5OYSA 1NPVA 1HVJA 1HVKA 4DJYA 5COOA 4ZPEA 1G2KA 5P1XA 3G6ZA 5P8HA 2AOGA 3WB4A 5F01A 1AIDA 5SXNA 3UDJA 4CPUA 2RSPA 3SO9A 4Q1YA 5P7QA 4DQBA 2BPVA 4GJBA 4JOOA 2BKTA 5P62A 2QNNA 3KFPA 5P69A 3FSMA 1QBTA 3ZKNA 4ZSMA 5ER1E 3N4LA 1FFFC 4J5JA 4Y4AA 5P1QA 4QGIA 3LPJA 3OOTA 5P82A 3OQFA 4FM7A 2IGXA 3NR6A 4HDPA 5P0QA 4ZPFA 1MUIA 1AZ5A 4YDGA 2ZYEA 3PBZA 2AOFA 2AZ9A 4GZFA 5P37A 4RCFA 4EPJA 4D8CA 2J9JA 4DJQA 4EP3A 5P3OA 5P54A 5P3UA 1W6IA 4L1AB 4TRZA 1FGCC 1NH0A 4CPSA 2V0ZC 1HPOA 3HBOA 2I1AA 4OD9A 5P1NA 4YCYA 3O9EA 5P56A 3VEUA 3UQRA 5P47A 4YD3A 3EM3A 3OXVA 3NDXA 3TTPA 2VIYA 3OGQA 5P60A 5P4OA 5P83A 3H5BA 4R95A 2P83A 4I0ZA 5DQ4A 3NLSA 3BXRA 3OU4A 4DUSA 2VA5A 2APRA 5HDUA 1PSNA 2R5PA 4M8YA 2HC0A 5CLMA 3HW1A 3TPRA 2ZHUA 5HDXA 5SY3A 5HE7A 1HOSA 5P8KA 5P3YA 2IDWA 5P0YA 3UTLA 2PSUA 5P84A 2XFIA 1HSHA 2XYEA 2IKOA 5IVSA 1HSIA 3AUPA 4FRKA 3VV8A 4D83A 3I2LA 5DQ1A 5P1CA 1K2BA 3F9QA 5P3AA 3UDNA 4TVHA 3FNSA 5P8EA 2WF1A 1BXOA 3OU1B 4FCOA 4Y41A 2WKZA 5P75A 2H6TA 1IZEA 3D1ZA 5P7GA 3KYRA 4Y5AA 5P1GA 2WEAA 5P4IA 4ACXA 4ZIPA 3NU5A 3UPJA 4H3FA 5COPA 4RCEA 5P7XA 5P6RA 4ZLSA 1HEGE 2AZ8A 2F81A 4Y37A 4Y4ZA 1HVIA 5P10A 5P8IA 3BC4A 5P7CA 4Y47A 3KF0A 5P0HA 5P2GA 1XE6A 3SA6A 2QP8A 2QK5A 3G70A 4R5NA 5P6IA 3N3IA 5P4SA 3O9IA 5P2YA 3OXWA 1EBWA 5P58A 2QD6A 5P67A 2I4WA 5SZ9A 1VIKA 5C9DA 1W51A 5IS4A 5P7DA 1IZIA 2VA7A 3CKPA 4J1FA 2VKMA 2WF4A 3HVGA 5AHBA 4ZSPA 2I4UA 1NPWA 4QJ9A 2PK5A 5ER2E 2QMPA 1UH9A 4Y38A 4Y50A 4B0QA 3CYWA 4XX4A 1BBSA 2FIVA 3U7SA 3RTHA 5P3KA 5P2MA 2IS0A 2G69A 2VA6A 3VF5A 5DQ5A 5P7KA 4HE9A 5P6GA 3TOFA 5P7TA 1HVRA 2VS2A 2QI4A 3OOZA 3VF7A 3T6IA 2OHLA 2OHRA 3QAAA 3OXXA 2PYNA 4HDBA 4XX3A 4J0YA 4Q1NA 3UFNA 3I25A 1MVPA 5P0RA 4D85A 2FS4A 1LYBA 5P0WA 2WHHA 2G26A 4L7HA 5P42A 3PEPA 4I8ZA 5I3YA 5KQZA 2ZGAA 3R0YA 1HSGA 3EKYA 3L3AA 5P43A 3BGCA 2AVMA 4JP9A 2JE4A 4Y3AA 5OZDA 1FQ5A 2I0DA 5P1SA 4ZSQA 5P8QA 3UFLA 1TCWA 1F34A 3APRE 1MTBA 2QZWA 2BBBA 3OHFA 5F00A 4EWOA 3INEA 1SH9A 2P4JA 5OYWA 1LS5A 5SY2A 4PHVA 2AVSA 1B6KA 3PGIA 5P11A 5P3PA 5P8JA 3WZ8A 4K4QA 3VCMA 3OXCA 2VIEA 1E5OE 5P5QA 4TRYA 1QDMA 5P38A 1HVSA 3CICA 4I1CA 2Z4OA 2G1NA 2BKSA 5P2JA 3RVIA 5P0PA 1W6HA 5P30A 3LNKA 1D4JA 1FIVA 3URLA 3GI4A 3NU4A 5P85A 1G6LA 4Y4EA 4KE1A 3O9LB 2ZJIA 3UHLA 4FAEA 1ME6A 3OU3A 1AAQA 5P6ZA 2Q63A 3SKFA 1A8GA 4H1EA 1FMBA 2WEBA 3OTSA 3VLBA 3LZUA 3SA3A 2RENA 2PC0A 3DV1A 3PSGA 5P4DA 5P4QA 1OEWA 3ZKQA 4NJSA 2QHYA 2B60A 5P1YA 5OZEA 5HD0A 5P0NA 2QU2A 4FS4A 2MIPA 4U8WA 5P1OA 4Y3FA 2G21A 2P8HA 5DPZA 5P7ZA 2I4VA 5EZZA 4Y58A 3IXKA 3K5GA 2PH8A 3Q3TA 1BDLA 3M9FA 5P12A 5P50A 1FLHA 3UCBA 1FQXA 5OZAA 1HIVA 2NMYA 3KMXA 4PYVA 4RRNA 2NR6A 1LF3A 3Q5HA 4YD5A 5P8GA 1HEFE 4Y5NA 4OBJA 5P5OA 2AIDA 1ZLFA 5P2XA 3EKVA 1FMUA 2I0AA 3VLAA 1TQFA 4Y3EA 2G24A 5P0BA 5P71A 4A6BA 5P4MA 2R3WA 3TLHA 2IRZA 5P65A 1RNEA 1ODXA 5P0GA 2VIZA 5P0TA 5P2EA 5I3WA 1PSOE 2HB3A 3DK1A 5P0CA 5C9BA 4QJ2A 1EC3A 4DJVA 2HS2A 3L5DA 4RZ1A 1ZP8A 4I0HA 1C6ZA 3LIZA 5P18A 1QS8A 1J71A 3SLZA 1IIQA 2O40A 4I11A 3L59A 5P1LA 2OAHA 4DJXA 1MRWA 1CZIE 1FQ6A 1B11A 5P41A 3PI0A 1KJ7A 4AA9A 3TNEA 5HE5A 3QBHA 5OZIA 2BB9A 4Y4GA 5P0MA 2WEDA 3NSHA 2NXDA 2QCIA 5P08A 5P7OA 5P2OA 5P7IA 5P22A 5P5FA 1EPNE 2IL2A 5E5JA 1EPOE 1DAZC 5OZWA 7UPJA 2G22A 4F75A 3KFRA 2HB2A 4JPEA 3PI5A 1Q9PA 1TW7A 4I0JA 5P3QA 4FM8A 4Y9WA 5P7UA 1FMXA 5P7VA 1UH7A 2FDDA 4YBIA 3IN3A 4OBZA 5P0EA 2QI0A 3RTNA 3SA4A 2HIZA 2NNPA 4Y44A 3TOHA 5P3SA 3TPLA 5AHCA 5P6QA 1FKNA 5KOSA 1AM5A 2BPXA 1KJHA 5P4TA 5P3RA 4Y51A 1TSUA 5OYXA 2QHZA 5OZUA 4JPCA 5P2UA 5OZNA 3ZOVA 1TSQA 4RVIA 3K4VA 1CMSA 4Y39A 3IXOA 2HPEA 5P70A 5OYQA 2F3KA 3KM4A 1MPPA 4Y43A 5P1BA 4H3GA 4F76A 1PROA 2ZHSA 5OZ0A 1ZSFA 4Y5PA 1QRPE 3QVIA 3UQPA 3OQKA 1C6XA 2ZHTA 6UPJA 2QZLA 2EWYA 3BVBA 3R1GB 4ZSRA 3RU1A 4DPFA 5P5LA 1DPJA 3DV5A 3PMUA 5P07A 2ZJHA 5P4JA 4UPJA 3BUHA 2QI6A 5P0SA 5P5RA 5P51A 3UF3A 1KZKA 3O9FA 3OUDA 5P4VA 4AUCA 4R92A 4D88A 4EJLA 5JFPA 3LZVA 3OTYA 3MSKA 2P3BA 1GNNA 3NDUA 1UH8A 2NPHA 5B18A 1B6LA 1BWAA 4HDFA 4APEA 1GVWA 3KFNA 3KDCA 1GNOA 2AZCA 3KDDA 2QI3A 4Y3LA 5P6OA 4GIDA 1RQ9A 1HTRB 4DQGA 2VJ7A 3S56A 1LEEA 5P2CA 5P7WA 3SA7A 3GGVA 2RKGA 2O4NA 4Y4DA 5P20A 5KAOA 5P6WA 5COKA 5P6HA 1WBKA 3SKGA 1XN3A 5P8FA 3OQDA 3PSUA 2ER0E 2XYFA 5P0UA 2VNMA 4PZXA 3GGAA 3L5BA 4OBFA 3HLOA 4HZTA 5P59A 5P6SA 3L38A 5DR8A 4WTUA 2OHNA 4Y5KA 3GW5A 5P40A 3PCWA 4HEGA 1K1TA 3S45A 5P13A 4EHCA 3C9XA 5OYTA 4A6CA 4J0PA 2F80A 3BHEA 1E81E 1G35A 5P5TA 4S1GA 3LPKA 4F74A 5P63A 2QD8A 1MRXA 5P88A 2O4LA 1MEUA 3OK9A 1XL2A 2OHQA 1LYAA 1B6MA 4Y5LA 3PWRA 5ENKA 3R4BA 1LYBB 3QS1A 1MT8A 3ECGA 5P5NA 2ER9E 4PEPA 4Y35A 3VYFA 3KN0A 4RRSA 4NPTA 2JYSA 1ER8E 4ACUA 5P1AA 3O9BA 2QZKA 4Y4XA 5P61A 2OHPA 1FQ8A 2PQZA 5P2NA 5P5HA 4RCDA 5P8TA 5P5AA 5AH9A 4U7QA 3AIDA 5P1JA 3DCRA 4ER2E 5OZMA 2QMDA 2UPJA 1EC0A 4NJTA 1T7IA 3I6OA 3O9AA 3DM6A 3VFAA 5P6VA 2NXMA 3T7PA 5P19A 1QBRA 3TPPA 4RLDA 5P78A 1MESA 3GI5A 4BEKA 1JLDA 2R9BA 1T6EX 5P5WA 4Z4XA 5P3DA 5IVQA 1N49A 1ZSRA 3OADB 3ZKSA 5P46A 3JW2A 3T7QA 3MWSA 4KUPA 5P17A 5P89A 5P7NA 1GVXA 1EPRE 2G20A 2AOJA 3KA2A 2B7FA 1NPAA 5P3XA 4MC9A 3FKTA 5P79A 5P6NA 2AOCA 3EL5A 4K8SA 3INFA 1BWBA 3ZMGA 5P1KA 3EKPA 4FRJA 3NU6A 5OZ2A 5P6TA 4B78A 5P4YA 1BIMA 1PPLE 3BRAA 2Q11A 3H0BA 4LC7A 5OZ1A 1LF4A 4DJOA 2ZJKA 4MC1A 2B8LA 5AGZA 5E5KA 5TOLA 5P2BA 5P27A 4CPQA 4YD7A 2PK6A 5P15A 1EPQE 3TL9A 5OZQA 3S43B 3WB5A 1APUE 3S8IA 4Y5GA 5P34A 4LXKA 5P1EA 8HVPA 5P1RA 4Y5EA 3OHHA 1B5FA 1GVUA 5P28A 5P49A 4GJ9A 4Y48A 3IA9A 4Y4BA 3ZPTA 2P3CA 1MSMA 4J1IA 4H3IA 4BELA 4Y3ZA 5P4RA 1MT9A 3I7EA 5P6PA 3CIBA 5P5DA 4EXHA 2P3AA 4YOAA 4BFDA 3VG1A 2AODA 5OZPA 1META 2ZHRA 5P2DA 2OHMA 2BPYA 1LYWA 5KQFA 6APRE 5OZCA 2V16C 4RVXA 1VIJA 5P55A 1D4IA 5OZ9A 4QJ7A 5P72A 4COEA 2A4FA 4LP9A 5PEPA 5P73A 4TRWA 4EP2A 4Q1WA 5P81A 5P8PA 3KT2A 4GJAA 3APPA 5P33A 2PSGA 3GI6A 3GGXA 4FM6A 5BWYA 3RSXA 1IZHA 5P7PA 3DCKA 4QJ8A 3UDRA 5P1UA 5P4WA 5P7YA 4NPUA 3ER5E 3UDHA 1FG6C 4IVSA 5DR0A 1YM4A 3I8WA 3EM6A 3D1XA 4Y3DA 1HBVA 1HVCA 4FE6A 4AA8A 3EKWA 4YHQA 1EBYA 3BGBA 2CENA 3DOXA 4WY6A 2HPFA 3ZKXA 4Y3NA 5P03A 2OHKA 3GI0A 5P6FA 6FIVA 2Q55A 3NU9A 2AQUA 2FGUA 5P2RA 1CPIA 1W5WA 2JJIA 3SACA 4RROA 1FF0C 2I4DA 3UDMA 5P1WA 2UXZA 2VJ6A 2HAHA 1ZJ7A 5P26A 2G27A 1SIPA 3OAGB 1OD1A 3LINA 2QZXA 4DFGA 3LZYA 5JFUA 4L1AA 5P8SA 4DH6A 4Y36A 3LHGA 5DQ2A 2I4XA 3BVAA 3EXOA 4DJWA 1IZDA 4Y4TA 2QI5A 1XL5A 4KB9A 5P2QA 5P01A 5HU1A 4EJDA 4PPHA 1K6TA 3ZKGA 3INDA 2SAMA 4Y3PA 1SBGA 5AHAA 5P36A 4Y5MA 1K1UA 5OZZA 1EAGA 3TH9A 3ST5A 4B72A 2XFKA 4OBHA 5P6BA 5P4EA 1LV1A 4GMIA 3ER3E 4D89A 1QBSA 1YG9A 5P86A 3T7XA 5P6UA 3QIHA 2XFJA 2OHTA 5ISKA 3ZPSA 4R8YA 5DGUA 5P64A 5P1FA 5P6YA 1HIIA 3CMSA 5P5VA 2B7ZA 1BV9A 5CONA 3OQ7A 3WZ7A 3WZ6A 1D4YA 2FGVA 2AVVA 3D1YA 4QJ6A 4FAFA 4I10A 2NTRA 4DQHA 3SFCA 5P6MA 4XXSA 5P68A 1SMRA 5P16A 1IVPA 3OU1A 1XS7D 1ENTE 5OZJA 4B1DA 1IDAA 3K5CA 4RYCA 3DJKA 4J0ZA 1BDQA 5P5KA 5P0ZA 5KQYA 3S7MA 5P2TA 5P3NA 5P3JA 3VUCA 4HLAA 4AZYA 3ZPUA 3NDWA 3SA9A 4BFBA 4Y4JA 4I0EA 3RTMA 4APRE 1BAIA 3DUYA 5HTZA 5HCTA 5P2VA 1TZSA 1A9MA 5P8VA 3EM4A 1W50A 3FV3A 4GJ6A 5P05A 4YE3A 2V10C 4MC6A 5P3HA 5P1IA 4DV9A 3SM1A 5OYZA 2PWCA 3G72A 3NUOA 5P39A 5P2IA 2J9JB 4J0VA 4FGXA 2QHCA 2V00A 1APTE 2P3DA 3UQUA 3QI1A 5P7MA 3PWMA 3KDBA 4F73A 3FNTA 3TOGA 1SDTA 2FMBA 5AH6A 3NUJA 4OD9B 4CPRA 4DJRA 3SA5A 3QPJA 4I0DA 4Y5BA 1ZBGA 2H6SA 4OC6A 5P5JA 4CKUA 2PYMA 3OU4B 2AZBA 1M0BA 5P00A 3OGPA 2R43A 5IVRA 1PFZA 5P32A 3SABA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ6 A;  2QI1 A;  1MTR A;  3K4V C;  5OYS A;  1NPV A;  1HVJ A;  1HVK A;  4DJY A;  5COO A;  4ZPE A;  1G2K A;  5P1X A;  3G6Z A;  5P8H A;  2AOG A;  3WB4 A;  5F01 A;  1AID A;  5SXN A;  3UDJ A;  4CPU A;  2RSP A;  3SO9 A;  4Q1Y A;  5P7Q A;  4DQB A;  2BPV A;  4GJB A;  4JOO A;  2BKT A;  5P62 A;  2QNN A;  3KFP A;  5P69 A;  3FSM A;  1QBT A;  3ZKN A;  4ZSM A;  5ER1 E;  3N4L A;  1FFF C;  4J5J A;  4Y4A A;  5P1Q A;  4QGI A;  3LPJ A;  3OOT A;  5P82 A;  3OQF A;  4FM7 A;  2IGX A;  3NR6 A;  4HDP A;  5P0Q A;  4ZPF A;  1MUI A;  1AZ5 A;  4YDG A;  2ZYE A;  3PBZ A;  2AOF A;  2AZ9 A;  4GZF A;  5P37 A;  4RCF A;  4EPJ A;  4D8C A;  2J9J A;  4DJQ A;  4EP3 A;  5P3O A;  5P54 A;  5P3U A;  1W6I A;  4L1A B;  4TRZ A;  1FGC C;  1NH0 A;  4CPS A;  2V0Z C;  1HPO A;  3HBO A;  2I1A A;  4OD9 A;  5P1N A;  4YCY A;  3O9E A;  5P56 A;  3VEU A;  3UQR A;  5P47 A;  4YD3 A;  3EM3 A;  3OXV A;  3NDX A;  3TTP A;  2VIY A;  3OGQ A;  5P60 A;  5P4O A;  5P83 A;  3H5B A;  4R95 A;  2P83 A;  4I0Z A;  5DQ4 A;  3NLS A;  3BXR A;  3OU4 A;  4DUS A;  2VA5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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