3RTHA

Structure of bace-1 (beta-secretase) in complex with 6-(2-(3,3-dimethylbut-1-ynyl)phenyl)quinolin-2-amine
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
387
structure length
371
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title From Fragment Screening to In Vivo Efficacy: Optimization of a Series of 2-Aminoquinolines as Potent Inhibitors of Beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme 1 (BACE1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 371
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2011-05-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rthA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3rthA02
1EPME 1A94A 2HAHA 4CPSA 5OZ6A 2ER9E 2ER6E 4FIVA 5P1QA 5P06A 5P77A 4LBTA 2OHRA 5P0QA 2ZJLA 4FM7A 2I4XA 1ER8E 3L5DA 5HDUA 2P3DA 2NNPA 3SA9A 5P8NA 2F81A 3OHHA 5AGZA 2RSPA 5P1BA 3EKYA 5AH7A 3TL9A 2WF1A 1FLHA 3UCBA 4GJBA 3JVWA 2QNPA 5P53A 4QJ9A 1FQXA 3ZPUA 5COPA 1KZKA 1D4LA 5P39A 3TTPA 1D4IA 5OYSA 1BXQA 4H1EA 4I0FA 5ISJA 5P5WA 4B00A 2G1RA 5P1MA 3LZVA 3CKTA 1HTRB 2QZXA 5P7LA 3H0BA 2VJ6A 5IVTA 5P03A 5IS4A 4GIDA 2HS2A 2VA7A 4YD4A 5P5OA 5P33A 4Y4AA 1Z8CA 5KQXA 2QI0A 3IGBA 5P4HA 5P20A 1FG6C 1GKTA 3UQUA 2V0ZC 2B8VA 3VUCA 3CYWA 5P2KA 2IGYA 3O9LA 3Q5HA 2ER0E 1CZIE 3OU1A 5BS4A 4M8YA 2WHHA 3NDTA 2CEMA 4KB9A 5P4LA 3SA6A 3QI1A 2NR6A 5P4JA 3FV3A 5KQFA 5P10A 4ZPFA 2JJIA 5OZPA 4FM8A 5PEPA 3KA2A 2G21A 4OD9A 5P0EA 5P72A 2NPHA 5P0RA 5HVPA 2PSUA 1QBTA 3WSJA 1HVJA 3RU1A 1T7JA 2ER7E 5OZVA 1FQ6A 5COKA 5P22A 5P84A 2J9JB 3WB5A 5P3XA 3CMSA 3O9LB 3LPJA 4QJ7A 3RSXA 2VNMA 5OZDA 1AZ5A 3N3IA 4RROA 1TQFA 1ZPKA 4YBFA 3TPLA 5P1HA 5P7IA 4RVXA 5OZRA 5P0HA 1IVQA 3APPA 4YCYA 2F80A 1IZDA 2JYSA 1YTJA 4Y50A 4JPCA 2B42A 2IQGA 2RENA 1BVEA 1MTBA 4I0DA 4I1CA 4DQBA 4Y39A 4YDFA 3DM6A 1BIMA 5OYZA 3BGBA 5OZSA 4RVJA 5P6HA 4OBZA 4LXKA 2PSGA 1HRNA 5CONA 3ZKIA 4YD3A 3NDUA 4Y4EA 2QP8A 5OZBA 5OZ2A 3URIA 2AVMA 5OZ8A 4J0YA 3PMYA 5P18A 3SABA 4Y41A 3S7MA 4ER1E 2ZJHA 5P5GA 4ZLSA 4E43A 1D4JA 1MVPA 4DI2A 5HU0A 4K4PA 4OBKA 5P89A 5I3YA 1DMPA 5P7ZA 5P86A 5P5AA 2OF0A 2QI5A 5P3RA 5P8AA 3BUGA 4EXHA 4EWOA 2WEBA 1EPRE 4OBFA 3VSWA 5HDZA 2F8GA 3PLLA 2AOEA 3DV5A 2OHPA 1GVXA 4HDPA 1HBVA 5P2RA 2NXMA 4Y58A 3PJ6A 3SKGA 1LYBA 4F75A 5OZEA 3ZMGA 1FFIC 2G27A 5P4KA 5P6EA 1M0BA 4K8SA 2BPYA 5P1PA 3BUHA 4NJTA 4Y5NA 5OYYA 3LPKA 4Y3AA 4JP9A 5P3PA 5P0TA 5P2XA 5P3AA 1FB7A 3D1ZA 5OZZA 4L6BA 1MUIA 5P15A 4F76A 5AH6A 3INHA 5P35A 3KM4A 2AVVA 5P7DA 3EL0A 5OZGA 4Y45A 2NXLA 1K6VA 4B1DA 4Z4XA 5P8LA 1C6XA 4EHCA 5P6IA 5P6PA 5OZNA 5P3BA 1LYBB 3UDPA 1PFZA 4Y3SA 3O9DA 3Q70A 4Y5MA 3O9EA 4WY1A 4KE1A 4AA9A 5P0PA 5P5LA 2G1SA 3UDJA 5P0XA 5P6LA 3RSVA 5P1RA 4YBIA 3PLDA 1HXWA 5DQ2A 1EAGA 5DR1A 3T3CA 4GJAA 5P65A 4Y4JA 2R8NA 2AODA 3HAUA 2O40A 5P30A 3UDKA 3GGAA 3LIYA 3UPJA 3EM6A 1MIQA 1QBUA 4J55A 2IEOA 1MT8A 3I6OA 2J9KA 3KMYA 1LF2A 3LITA 3SLZA 1HEGE 3ZKGA 5AHBA 2BKSA 4Y3HA 2ANLA 4J0PA 5P1TA 3NU5A 3URLA 3EKQA 5P5FA 1T6EX 3VG1A 4QJ6A 1EPOE 5P2LA 2IENA 4D8CA 5P2OA 3QVIA 4ZSQA 2XYEA 4HE9A 4FSEA 1SIPA 2BBBA 4WY6A 1ZAPA 1TZSA 5P6YA 1XN3A 4Y3JA 2AQUA 2WF2A 3FIVA 3OOZA 5EZZA 5P8TA 4NPUA 3LIQA 1IVPA 3PM4A 5P6BA 5OYVA 4Y53A 2RMPA 4YOBA 2IL2A 5OZHA 4ACXA 3CICA 4MC9A 1UPJA 4BELA 2G1OA 3SO9A 1G0VA 1VIJA 4I0EA 2O4KA 3T6IA 1K2CA 1FG8C 4RRNA 5P4DA 3U71A 2AZ9A 3UF3A 4FAFA 1HSGA 3HW1A 3EBZA 3JW2A 4CPWA 3PMUA 4Y3YA 5P1IA 3HD8A 5P6VA 4DJPA 3Q3TA 1MESA 1CPIA 4A6CA 1HIIA 1SDTA 1FFFC 1W5WA 3PBDA 1VIKA 1Q9PA 3R0YA 5P4RA 3ZLQA 5P0SA 5P7YA 3C9XA 1YTHA 5P1NA 1HHPA 2QHCA 5P4SA 3O99A 1GVWA 1T3RA 4Q1WA 5P09A 1M4HA 3UDYA 2A1EA 3SA3A 1BDLA 3L5EA 4Y3DA 2FXDA 4N00A 3L5CA 1XS7D 3EKXA 2F3KA 4U7VA 3GI0A 1BWBA 2AZCA 1ZJ7A 5BWYA 3OUDA 3FNSA 1K6CA 3EL1A 4J1KA 1LS5A 2R3TA 3WZ6A 5OZLA 3FKTA 1AXAA 5P5IA 2R38A 2OHLA 2I4VA 1W6IA 5P0WA 4CPRA 1ODYA 5P3VA 5P82A 3QPJA 4EQJA 3QIHA 5P6SA 1DIFA 5OZAA 4AZYA 4A4QA 5P40A 3I2LA 5P6RA 1SMEA 4DQCA 1NPWA 3VFBA 5P54A 4ZSRA 4B70A 5P5QA 5P2IA 5P25A 3S43A 3SA7A 3G6ZA 4TVGA 2IRZA 1ENTE 5SY2A 3OUDB 3VSXA 3PSGA 2AVOA 3UFLA 1TCWA 2HB4A 2B7FA 5P46A 3K1WA 5P5MA 3EC0A 3VF5A 5P8IA 1WBMA 5P7FA 1BAIA 5P2SA 5P70A 1YTGA 1HPVA 5P1DA 1UH9A 4Y3MA 5P08A 3CKPA 5P5RA 4AMTA 1FIVA 1PSNA 5P2JA 3O9HA 4J1EA 4DPFA 1MT9A 2IS0A 3RTMA 5P0OA 4Y4DA 4GJCA 4J54A 3HDKA 1QBSA 5P5EA 5OYTA 3S43B 5OZOA 1MSNA 3ZOVA 3GGUA 5P0NA 3OOTA 3EKPA 4J1CA 4YHQA 4COEA 5P5JA 3UDRA 5P29A 1B11A 5P2YA 2QD6A 1HPXA 4Y3XA 4TRWA 1PSOE 1UH7A 3BXSA 5OZXA 5P19A 3NXNA 4OBJA 1FQ8A 5AHCA 5P1WA 9HVPA 4OBHA 3NUJA 2AIDA 3NXEA 3L5BA 5HD0A 1B5FA 4BEKA 5P17A 5P3UA 5OZ7A 1EPNE 4Y3QA 3GI4A 1PPKE 5OYRA 5ENMA 4DJXA 5P5ZA 5P0YA 2QD8A 3I7EA 4J5JA 4DJQA 5SXNA 3ZKQA 1B6JA 4RCDA 5ER1E 2FNTA 1TSUA 4Y6MA 1WKRA 3PSUA 5DR8A 3K5FA 3PI0A 1FF0C 2ZJNA 3QBFA 1FQ5A 5P13A 1MSMA 5P2AA 1ZSFA 3NU3A 5COOA 1JLDA 5F01A 3OUBA 5P55A 5P3WA 2I0DA 3QBHA 5P4VA 3DJKA 3K5CA 3WZ8A 2VIYA 1G35A 5P6JA 5I70A 1IDBA 3BC4A 1FQ4A 5P6XA 3M9FA 3QS1A 4Y54A 5P1SA 4GZFA 3KFSA 5P3TA 5P4GA 2ZE1A 5P26A 5P3EA 5I3VA 4EYRA 5P2HA 1ZLFA 4TVHA 4I0HA 3OQDA 3NU6A 2HB3A 1W5XA 1A9MA 5P43A 3HVPA 1T7IA 2H6SA 3NSHA 1HVSA 4I8WA 4J0VA 1DPJA 3IXOA 3OUAA 2BJUA 5P3HA 4YCTA 1ODXA 2PK6A 5P0GA 2FGVA 5IVSA 5OYWA 2QAKA 4Y43A 4D89A 3UQWA 2HM1A 3BUFA 3OHFA 1A8GA 5KQYA 1FQ7A 4Y51A 5KR2A 1FMUA 5P11A 4J1IA 3ZPSA 2I0AA 2AZBA 5P5VA 5EZXA 5P0CA 3T7PA 4J1HA 5P0IA 2VA5A 5P14A 5P2ZA 5P0AA 2ZJMA 3OU1B 2ZJJA 3OUCA 5B18A 3NR6A 5P41A 5P34A 4I0ZA 2ZHUA 4YD5A 4RGHA 3OQ7A 4DH6A 1PROA 4EXGA 2QMPA 2PWCA 1SGUA 4I11A 3CIBA 3NYGA 1LV1A 3T7XA 3ER5E 4OD9B 4MC2A 3HAWA 1HOSA 3SA8A 5P38A 3AUPA 5P62A 5P4XA 3KDDA 2QI6A 5P7UA 2QHZA 2G22A 2UY0A 4YOAA 5P4PA 1K6PA 4H3JA 1N49A 2PYMA 5P1UA 4Y38A 1F34A 1D4HA 1FGCC 1EPQE 1MPPA 1GVVA 3OU4A 2O4LA 3S7LA 5P8BA 3NWQA 5P8EA 3TPPA 4K4RA 1FMXA 2PH8A 2PSVA 3PI5A 5DQ4A 5P5SA 4LL3A 5P75A 5P8KA 4Y5AA 6APRE 2OHQA 2QNQA 2AVSA 4Z22A 4QGIA 3OQFA 5HCOA 1GNMA 5P2WA 4NPTA 5P2NA 5P31A 2IGXA 2Q11A 4Q5MA 3S54A 2HS1A 5P4QA 3S2OA 3D1XA 1RNEA 1Z1HA 2BPZA 4OBZB 5OZTA 2FS4A 4U8WA 5P78A 2WF3A 5P45A 5OZ0A 3O9IA 3OU4B 1A30A 5C9FA 4GJ5A 4NJVA 5P8FA 5OZIA 5P4ZA 4F73A 3Q6YA 1HWRA 2A4FA 4CP7A 1AVFA 2R9BA 2SAMA 3L59A 5P66A 3HBOA 3OAGA 3TOGA 3FSMA 3PB5A 4LP9A 5P57A 5P1VA 5P6OA 6UPJA 2G1YA 7HVPA 2QU2A 4GJ7A 5P7AA 3DUYA 3VYDA 3QROA 1OEXA 2QHYA 2VKMA 1K6TA 3LIZA 5HE5A 4Q1YA 2CENA 5P5PA 1BV9A 5P8PA 5P6MA 5UPJA 3PSYA 1GNNA 4R93A 5P5KA 3SKFA 3NDXA 1HTFA 3TNEA 5DR3A 2QU3A 5P2CA 5P64A 2OHTA 4GJ8A 4B1EA 5P4TA 3OAGB 3TPRA 4HDFA 3VV7A 5P7EA 4BFDA 2WEDA 5P52A 3CYXA 1MRXA 1LEEA 4LC7A 5I3WA 5T4SA 3NU4A 4Y4GA 4DJWA 4NJSA 3TKGA 3LPIA 1B6LA 2ZJKA 4Y3ZA 2I4DA 3ST5A 5P16A 1KJFA 1QBRA 3VF7A 2NMZA 2XFIA 1NPVA 5JFPA 2WECA 5F00A 5P8JA 1HVKA 5ER2E 1DW6C 3K5GA 2VA6A 5P5XA 2FDDA 1BXOA 2V16C 2VJ7A 3MWSA 3VF3A 1E82E 2R43A 2QZKA 4Y3EA 4RVIA 1YX9A 5P76A 4RYCA 4DQFA 5P2EA 4L7JA 5P80A 1GVTA 3ZKNA 1BVGA 4Q1XA 2I4UA 5P1OA 4M8XA 3OGQA 3DCKA 3B80A 5P8OA 1YT9A 4YE3A 3PVKA 5P49A 3D20A 4B05A 5P1GA 1YTIA 2HC0A 3HVGA 4H3GA 2I4QA 3O9FA 4Y4UA 5OZUA 3URJA 5P3CA 3EXOA 3RTNA 2O4PA 3OXWA 1C70A 3GI5A 4YD6A 1FEJC 5FIVA 4ZPEA 4IVTA 4D88A 2Q55A 3EKVA 2P83A 2Q54A 4J0ZA 4B1CA 3ECGA 1BBSA 2AOIA 5AHAA 5P8QA 1PPME 5P7QA 3KF0A 4Y56A 5P3GA 5OZ9A 2G94A 5P6GA 2OHSA 3EKWA 1HIHA 4B77A 5P4BA 5P5BA 4X2LA 3NWXA 4OBDA 1EC3A 2VJ9A 5P83A 4YDGA 1E80E 4EJDA 5P0FA 3PEPA 3SM1A 4H3FA 2JJJA 3A2OA 5BRYA 4ZSPA 5P5YA 1KJGA 3S53A 5P3YA 5P0KA 3IVIA 4X7IA 1AM5A 4LXAA 4FM6A 5KR0A 3ER3E 3KFNA 5P2MA 3VCMA 3MXDA 1EPLE 4FRKA 5P0JA 1RQ9A 3LNKA 1D4SA 4GB2A 3CIDA 5P51A 1HSIA 4XX4A 3LZUA 5P6DA 2OAHA 5P5DA 3OTSA 3TKWA 1ZTZA 2FLEA 5APRE 5AH9A 2QI4A 5P8HA 3ZKMA 4CPUA 4DJRA 1NPAA 5P1XA 2FMBA 2AOCA 5P2TA 2HPFA 3EKTA 3IN3A 3UDNA 1TCXA 5P2DA 5SY3A 1ZSRA 5JG1A 5P28A 4GMIA 2IDWA 5P8SA 2ZHTA 1APTE 1Z1RA 4HZTA 5P79A 5P4UA 2P3CA 3ZL7A 3VEUA 4FE6A 3EL4A 3WZ7A 1J71A 1K1TA 2AOFA 3SACA 1K1UA 3S85A 3DCRA 2AOJA 3U7SA 3NDWA 1C6ZA 3K5DA 1U8GA 1EBZA 2BPVA 4DUSA 3OTYA 2WL0A 3O9BA 2ZYEA 5OYQA 5P4OA 3TLHA 5P4CA 4J17A 4R95A 1CMSA 5P0DA 1ZBGA 2AOGA 4UPJA 3BGCA 4FAEA 3MSLA 2Z4OA 5P6WA 4AUCA 5P3LA 3IVHA 5P02A 4Y3LA 4J1FA 5P68A 1RL8A 5P4EA 3UTLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1EPM E;  1A94 A;  2HAH A;  4CPS A;  5OZ6 A;  2ER9 E;  2ER6 E;  4FIV A;  5P1Q A;  5P06 A;  5P77 A;  4LBT A;  2OHR A;  5P0Q A;  2ZJL A;  4FM7 A;  2I4X A;  1ER8 E;  3L5D A;  5HDU A;  2P3D A;  2NNP A;  3SA9 A;  5P8N A;  2F81 A;  3OHH A;  5AGZ A;  2RSP A;  5P1B A;  3EKY A;  5AH7 A;  3TL9 A;  2WF1 A;  1FLH A;  3UCB A;  4GJB A;  3JVW A;  2QNP A;  5P53 A;  4QJ9 A;  1FQX A;  3ZPU A;  5COP A;  1KZK A;  1D4L A;  5P39 A;  3TTP A;  1D4I A;  5OYS A;  1BXQ A;  4H1E A;  4I0F A;  5ISJ A;  5P5W A;  4B00 A;  2G1R A;  5P1M A;  3LZV A;  3CKT A;  1HTR B;  2QZX A;  5P7L A;  3H0B A;  2VJ6 A;  5IVT A;  5P03 A;  5IS4 A;  4GID A;  2HS2 A;  2VA7 A;  4YD4 A;  5P5O A;  5P33 A;  4Y4A A;  1Z8C A;  5KQX A;  2QI0 A;  3IGB A;  5P4H A;  5P20 A;  1FG6 C;  1GKT A;  3UQU A;  2V0Z C;  2B8V A;  3VUC A;  3CYW A;  5P2K A;  2IGY A;  3O9L A;  3Q5H A;  2ER0 E;  1CZI E;  3OU1 A;  5BS4 A;  4M8Y A;  2WHH A;  3NDT A;  2CEM A;  4KB9 A;  5P4L A;  3SA6 A;  3QI1 A;  2NR6 A;  5P4J A;  3FV3 A;  5KQF A;  5P10 A;  4ZPF A;  2JJI A;  5OZP A;  4FM8 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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