2ZJHA

Crystal structure of the human bace1 catalytic domain in complex with n-(1-benzyl-piperidin-4-yl)-4-mercapto-butyramide
Total Genus 90
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
90
sequence length
389
structure length
356
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVYKFAISQSSTGTCMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Fragment-based discovery of novel BACE1 inhibitors using Tethering technology
rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 90
structure length 356
sequence length 389
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-03-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zjhA02
2XFIA 3CYXA 5AH7A 3QRMA 5DQ1A 4CPRA 3NU4A 5P0WA 4ER4E 3Q5HA 4XXSA 3LPIA 3M9FA 5P8VA 2ZHRA 3CIBA 5P75A 3HLOA 1FEJC 1T3RA 2G21A 4R92A 5P5ZA 1HPXA 4R5NA 3EL1A 5P6DA 4Y57A 5OZFA 5P6EA 3VV6A 2V11C 3PLDA 1EBZA 5P5SA 1NPAA 3SQFA 5P07A 7HVPA 3URLA 2BBBA 4Y37A 5OYQA 5OZ9A 5P36A 3PSYA 3IGBA 1W6HA 1RL8A 3UQUA 4EQJA 2WF2A 4FIVA 4NKKA 4Y4BA 1SBGA 4ZPFA 3NU5A 5HDZA 2Q11A 4L7GA 4A4QA 1LV1A 4Y4WA 3PMYA 5P2IA 5SY2A 4OBJA 2F3EA 4AMTA 4DQCA 3SO9A 1PSOE 3INDA 5P1SA 3OUAA 3BGBA 4YBFA 5AHCA 5OYUA 3NYGA 3OXWA 5P1MA 2QU3A 4YD4A 4JPCA 2NPHA 2HIZA 2ZHSA 5P02A 1MSMA 3LZUA 1D4KA 1HXBA 4RRNA 5P3TA 3HVPA 3URIA 2WF3A 4FE6A 3NU6A 3BUHA 1E82E 3R0WA 2NMZA 4Y3JA 4ZLSA 1RPIA 3S8IA 3TLHA 2XYFA 5P2OA 1QBRA 5OZXA 2ER7E 3QAAA 1LYAB 4YA8A 5OZ2A 3I6OA 2QHCA 5P1OA 4NJSA 3PGIA 2PC0A 5OYYA 2Z4OA 3OU4A 3HDKA 4F74A 2AOGA 5P8EA 3AIDA 2CENA 2Q64A 1SH9A 1BVGA 3HBOA 3T3CA 4M8XA 3K5FA 2QZWA 3TTPA 3GGAA 3PI5A 3TPLA 3K4VC 1GVXA 2OHLA 4YOBA 3PRSA 5TOLA 1AM5A 1OD1A 3VYFA 1IIQA 5P2BA 2CEMA 4D88A 2ZGAA 4NJUA 4L7JA 3Q3TA 4FM7A 2WF0A 3N4LA 5P3DA 5OZVA 1APTE 3OHFA 5P7PA 3T7QA 5P7EA 5P70A 5P5WA 1OEXA 3TPRA 1HTRB 2XYEA 5P6SA 3O9IA 5P0FA 5P4NA 3S43B 4GB2A 5P1YA 3OUDB 6UPJA 5P2JA 3FKTA 3JVWA 3U7SA 5CONA 5P0PA 5P7DA 5AHAA 4QJ2A 5P48A 2WHHA 5P0CA 5P49A 2G1OA 3R4BA 2UXZA 2IL2A 3KMXA 1FIVA 3B80A 1LF4A 2RKGA 2Q55A 3GW5A 5C9DA 5P0RA 2ER6E 5COPA 5J25A 5P4IA 5P46A 5P8LA 2BQVA 3KA2A 2JXRA 5P5HA 4Y3PA 1Q9PA 3D91A 2IKOA 3LIYA 4YOAA 3H5BA 3S7LA 1Z1HA 4YDGA 2O4KA 3VF7A 4BFBA 5P7XA 2QI3A 1FQ5A 3PWRA 5P5NA 5P55A 3L5DA 3ZPUA 4RLDA 5FIVA 4ZSRA 5P6AA 1EBYA 5ER1E 2G26A 5P4PA 3K5CA 1FKNA 3IVIA 5P0TA 4DVFA 5P8HA 2BPYA 3NU3A 4U8WA 4RROA 4BELA 3GI0A 4DJPA 4J0PA 4CP7A 1W5WA 1BDLA 1GNNA 4LL3A 1B5FB 2F3FA 3LPJA 1PPLE 3IVHA 2ER9E 5P7OA 1SDTA 2F81A 4PZXA 4WY1A 1KJHA 1HVSA 2AOEA 5P83A 1TCXA 5P0QA 5P34A 3O9CA 2IEOA 3QI1A 3DV5A 5P4KA 5P1IA 5P2ZA 1WBKA 5P8QA 4FSLA 5P3OA 2B7FA 1K6CA 5P0XA 5P4AA 5P08A 1FFFC 3KFNA 2G27A 2R3TA 3HW1A 2I4QA 5P7HA 3LZSA 4H1EA 3FIVA 4I0GA 4D85A 1WKRA 3OU3A 3MSKA 1MT7A 5OZGA 3OGQA 2UPJA 2ZHTA 3OOZA 3EBZA 3OQFA 5P4HA 1LZQA 1FQ6A 5P0IA 1YTIA 5AGZA 5P6FA 1A9MA 1Z8CA 2FMBA 3VEUA 2QMFA 3DV1A 3UDPA 3URJA 2Q15A 2WF1A 1MEUA 3VSXA 4Y51A 5P1HA 5P8MA 3TKWA 3BC4A 3T11A 5P3FA 4CPTA 5P1VA 1B11A 3OU1A 3PBDA 3OADA 4RCEA 1ZSFA 5P84A 4EYRA 3UDJA 5OZHA 2EWYA 3EKTA 5P2KA 1HRNA 5P1QA 3INHA 1EC0A 2J9JA 1TZSA 2OHKA 4GJ8A 5P0VA 5P13A 3KFSA 1PPKE 3S56A 3KF0A 4NJTA 3OXCA 5P2SA 2F8GA 3ZKGA 1E81E 5P4JA 3D3TA 3UDMA 1HVRA 3PWMA 2OHTA 3PLLA 2G1YA 2QD7A 2P3BA 1FG6C 1GNMA 1ZAPA 4Y9WA 3HAWA 1SDUA 3OK9A 4OBGA 4L7HA 4AA9A 5F00A 5HU1A 4ZPEA 1CZIE 2QAKA 5HE4A 5HCTA 5P28A 2QU2A 2QZXA 4Y5AA 3F9QA 3FNTA 5OZAA 4Y38A 1LYBA 2G20A 1FB7A 4ZIPA 3RSVA 5P8NA 1D4SA 4DJRA 5P1AA 4Q5MA 1K6PA 3QBFA 4I0IA 3VLBA 4Y3AA 1PSNA 4KE1A 1UPJA 4GJ9A 3VSWA 1K2CA 5IVQA 5P6YA 5P7NA 4LBTA 1YG9A 5P7CA 4TRZA 5SXNA 5OZ0A 5P3AA 5JODA 3NDWA 4ZSPA 2B42A 3OTSA 4HDPA 3SA5A 5P5EA 4EP2A 4L1AA 2VA5A 5P0BA 4ACXA 4ZE6A 5BWYA 1F7AA 4I0HA 1KJFA 2P3AA 5DR3A 5P47A 5P44A 2PWRA 5P11A 5P57A 5P7AA 5OZOA 5E5KA 4LAPA 5P3WA 1MIQA 3APPA 5P4DA 4J5JA 3BVAA 1K2BA 3CKRA 4Y3RA 4Y3LA 2H6SA 2O4PA 5P76A 5P5QA 5OZCA 1YTGA 4Y4ZA 5P23A 5P3UA 5AH6A 1BAIA 2NXDA 3OAGA 4B77A 5DGUA 5P6WA 5P18A 4CPUA 2NXLA 2I4XA 4X7IA 1IVQA 2IKUA 4OBHA 2RENA 3LINA 3VG1A 2PYNA 3EL5A 4GZFA 2R3WA 3DM6A 4DQEA 3GGXA 2CEJA 4RVXA 5P1ZA 2NNPA 5OZMA 2G69A 4YE3A 3WZ6A 4FRKA 4Y54A 3ZPSA 2P83A 3MSJA 4DI2A 4Y4TA 2PSUA 5P5YA 2FXEA 1PSAA 5OZ4A 1CMSA 1E5OE 1B6PA 2V12C 4Z2ZA 5P8FA 3NU9A 3FX5A 4QJAA 2ASIA 1MUIA 4F73A 1FLHA 3UDHA 5P5PA 5APRE 5HE7A 3VV7A 4J0VA 4FAFA 1DIFA 4QJ7A 2OHMA 5P37A 1D4YA 3KT5A 3VLAA 4A6BA 1W5VA 4Q1YA 4H3IA 3L3AA 5P73A 4HA5A 5P2NA 3SM2A 1XE5A 3EKQA 3H0BA 5P5RA 5P7FA 4PZWA 4Y48A 5P59A 2HS1A 3GGVA 1LYWA 3LIZA 1LEEA 4D89A 3BXRA 4Y6MA 4Y3HA 1EPPE 5P4SA 5OZRA 2FDDA 1CPIA 3TKGA 4Y3MA 4F76A 1HVCA 1HVJA 5P1KA 4QJ9A 2WECA 5P6IA 5P5AA 2Q54A 5I70A 2OHRA 2PQZA 1KZKA 1ZBGA 4YCYA 5P4MA 1APUE 4FM8A 4BEKA 5I3WA 1JLDA 4CPXA 5P32A 3S54A 1MTBA 2WEDA 3RTNA 1ZTZA 1EC3A 2FDPA 4FL8A 2ZE1A 5OZPA 5P69A 1BXOA 5DPZA 3MXEA 5P81A 3IA9A 2NTRA 2AVMA 4I8ZA 5P7MA 1EEDP 4DQBA 1M0BA 2O4LA 2B8VA 4I0EA 2QK5A 1K1UA 2G24A 3IXOA 3WSJA 5DR1A 3BUGA 1EPOE 3Q70A 5P2VA 4OD9B 4U7VA 5P12A 5P52A 3APRE 2AZ9A 1FF0C 3EM6A 5B18A 4Z4XA 3UDYA 3KFRA 5KR0A 4EWOA 2JJJA 2P4JA 3NWXA 4RVIA 5P3XA 3WZ8A 3GI5A 4WTUA 4OC6A 1XN3A 1UH7A 5OZKA 4BFDA 3PVKA 4K4QA 2ZJHA 4OBZA 1HTFA 5P87A 1W5YA 4K4RA 1HSGA 5P80A 5P7IA 1A8KA 5DQ2A 2QHYA 4Y36A 4EPJA 4DJWA 5OZNA 3QBHA 1FQ7A 5P8OA 1T6GA 3NWQA 5KAOA 3NDTA 3SA7A 4KUPA 5P7TA 4YD6A 5P2HA 5P27A 2O40A 3NUJA 3ZL7A 3WB5A 3O9DA 4DPFA 3K1WA 4Y58A 5P58A 3WZ7A 2AOJA 2P3CA 2FS4A 3QVCA 1SDVA 3L58A 2AOIA 4J54A 4Y39A 3RSXA 3LITA 1ODWA 5P5DA 4FRSA 3LIVA 4NPUA 5P8DA 1FMUA 1B6LA 5OYTA 5P10A 4YD5A 5P3VA 4FAEA 2QMGA 1FQXA 3OUCA 4B1CA 4ACUA 4Y5CA 4E43A 3B7VA 5OZJA 3VV8A 5P7GA 3ZKMA 3SA9A 2AVOA 3IN4A 1XS7D 2NR6A 5CLMA 3GGUA 1HPSA 1F34A 2I1AA 2FDEA 5P3HA 1LYWB 5P4WA 2I0AA 3TOHA 5P7ZA 1M43A 3NR6A 5AH8A 3HAUA 4NJVA 1BILA 1ENTE 5OYVA 4RCFA 1APWE 5EZZA 4FS4A 5P5OA 5P5BA 2G22A 3G72A 1D4JA 3KMYA 4Y56A 5P5MA 1W6IA 1YTHA 4OBKA 4HDBA 5HVPA 3BHEA 4Y5NA 2QI1A 3TL9A 1DP5A 5C9FA 4CPQA 4J1HA 5P6NA 1HVLA 3ZPTA 5P71A 3O9HA 3UF3A 1YM2A 4B1EA 3SA6A 1MT9A 2BKTA 5P2GA 2VJ9A 4PHVA 5C9BA 2FIVA 3SA4A 3VFBA 3RTHA 1XL2A 1FMBA 2ZJJA 5P2TA 1TW7A 2FNSA 1YX9A 3UFLA 1MRWA 5P0NA 1B6JA 3ZLQA 5KQYA 2IGYA 3NDUA 3UQXA 4LP9A 3PCZA 4EXGA 1TSUA 3PHVA 5IVRA 5P1DA 2QI4A 4Y3EA 3SM1A 1IZHA 5P6VA 5HU0A 4R91A 3KDBA 5P50A 2F80A 4YCTA 5P39A 2QCIA 1EC2A 1IZEA 3EKVA 1ODXA 5P4UA 4AZYA 3ZKSA 2ZJMA 2APRA 3TPPA 2FGUA 4B78A 5IS4A 1XDHA 5P8JA 2WKZA 5P2LA 5P56A 4J0TA 1DMPA 5COKA 3ECGA 3SKGA 2AOCA 1SGZA 1UH9A 1ER8E 5P1JA 5P3ZA 2AVSA 2JE4A 4GJ7A 3KDDA 3KM4A 2R43A 5OZSA 2B7ZA 2XFJA 5P0JA 5P0OA 5P20A 4Y44A 3GI4A 2QI0A 4Y3QA 1AJVA 1QBUA 3OU4B 3TNEA 1DAZC 1ME6A 2VS2A 5P78A 1D4IA 3LHGA 4Y4JA 2B60A 5HE5A 3BXSA 9HVPA 3L5BA 8HVPA 1HBVA 5HDUA 1EPNE 4H3FA 4Z50A 5P1XA 1ODYA 3MWSA 3NXNA 5P41A 4Y41A 4ZSQA 5P15A 5P5UA 5P2YA 3PSGA 4J1EA 1XE6A 3O9LA 5P40A 3O9EA 3IN3A 4AUCA 3OXXA 4GJAA 4ZEAA 5P8PA 4GIDA 4NPTA 3K5DA 3BGCA 3BRAA 2HM1A 3TOGA 3ZKQA 3G70A 4Y4EA 5HD0A 5OZZA 4GJBA 3SABA 1IDBA 2OHNA 4FCOA 5P86A 3QRSA 1KJ7A 5P4RA 4F75A 1K6TA 1D4HA 5P5XA 4PEPA 1FG8C 5P0EA 2BB9A 2FLEA 1HVHA 1AVFA 5P0AA 3O9FA 4TVHA 5OZDA 5P43A 5P68A 5P5GA 1GVWA 5PEPA 5P6BA 5P5KA 3UQRA 4RCDA 1TQFA 2HB3A 3EKXA 4DJOA 5P3BA 3TPJA 3OQ7A 1DPJA 1UH8A 5P6JA 4DQHA 2HC0A 2VIYA 5P30A 3D1ZA 5P2MA 1KJ4A 3SFCA 2B8LA 4QJ8A 1G2KA 4H3GA 2PSVA 5IVSA 4JOOA 5P14A 4ER2E 5P2UA 3UDRA 3KYRA 5BRYA 1E80E 2HPEA 5OZ3A 5DQCA 3ER5E 2ZYEA 3OUBA 3LNKA 4KB9A 2NXMA 3EMYA 5P8KA 3G6ZA 4J1CA 4LXMA 5P6GA 4FSEA 4DQFA 3RU1A 4R93A 1B6MA 3R1GB 5OZEA 1HWRA 4QGIA 1PFZA 3NSHA 5P4EA 3Q6YA 3SACA 3HD8A 5ENMA 1AIDA 1U8GA 5P3MA 1W5XA 5P1PA 3NXEA 1BBSA 3U71A 4DJUA 1T7KA 4K4PA 1QBSA 1OEWA 2PK5A 5P8SA 4J1FA 2FNTA 5KQZA 5JFPA 3PEPA 5EZXA 1DW6C 2HS2A 4RRSA 2AOFA 4GJCA 2VKMA 4LXKA 3EL9A 5HCOA 2NNKA 1BWBA 1PPME 3IXJA 3O9LB 5P60A 5P05A 3UDNA 4I11A 1QBTA 1ZLFA 3SKFA 4M8YA 6FIVA 2WEAA 4RZ1A 5P6MA 3SLZA 4KE0A 5P2EA 2WL0A 5P29A 3VF5A 3JW2A 3DCRA 5P7YA 3UCBA 4YHQA 2R5QA 1MRXA 3BUFA 2R5PA 3OU1B 1AXAA 1G35A 3PMUA 3OADB 5P1CA 4Q1XA 3VYEA 4Y5KA 5IVTA 1AAQA 4I0FA 7UPJA 3RTMA 1EPRE 5P1FA 2J9JB 5P0LA 2O4NA 3ST5A 1SIPA 2V13A 3FSMA 1FGCC 5OZLA 5P4GA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2XFI A;  3CYX A;  5AH7 A;  3QRM A;  5DQ1 A;  4CPR A;  3NU4 A;  5P0W A;  4ER4 E;  3Q5H A;  4XXS A;  3LPI A;  3M9F A;  5P8V A;  2ZHR A;  3CIB A;  5P75 A;  3HLO A;  1FEJ C;  1T3R A;  2G21 A;  4R92 A;  5P5Z A;  1HPX A;  4R5N A;  3EL1 A;  5P6D A;  4Y57 A;  5OZF A;  5P6E A;  3VV6 A;  2V11 C;  3PLD A;  1EBZ A;  5P5S A;  1NPA A;  3SQF A;  5P07 A;  7HVP A;  3URL A;  2BBB A;  4Y37 A;  5OYQ A;  5OZ9 A;  5P36 A;  3PSY A;  3IGB A;  1W6H A;  1RL8 A;  3UQU A;  4EQJ A;  2WF2 A;  4FIV A;  4NKK A;  4Y4B A;  1SBG A;  4ZPF A;  3NU5 A;  5HDZ A;  2Q11 A;  4L7G A;  4A4Q A;  1LV1 A;  4Y4W A;  3PMY A;  5P2I A;  5SY2 A;  4OBJ A;  2F3E A;  4AMT A;  4DQC A;  3SO9 A;  1PSO E;  3IND A;  5P1S A;  3OUA A;  3BGB A;  4YBF A;  5AHC A;  5OYU A;  3NYG A;  3OXW A;  5P1M A;  2QU3 A;  4YD4 A;  4JPC A;  2NPH A;  2HIZ A;  2ZHS A;  5P02 A;  1MSM A;  3LZU A;  1D4K A;  1HXB A;  4RRN A;  5P3T A;  3HVP A;  3URI A;  2WF3 A;  4FE6 A;  3NU6 A;  3BUH A;  1E82 E;  3R0W A;  2NMZ A;  4Y3J A;  4ZLS A;  1RPI A;  3S8I A;  3TLH A;  2XYF A;  5P2O A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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