5P5AA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 235
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5aA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p5aA01
1XN3A 5UPJA 1C6ZA 5OZ8A 5IVQA 3D3TA 2QMGA 4FRKA 2AOCA 5OZBA 1EC0A 5J25A 5P04A 5P4YA 1A30A 2QHZA 1GVUA 2ZHRA 3LIZA 5OZAA 1YTJA 3ZKNA 3S43A 5P8CA 2NR6A 3PBDA 4ZLSA 2AOFA 1HVHA 3EL1A 4AMTA 4Y4EA 1B6MA 3B80A 4PPHA 1C6YA 1QBSA 4RCFA 5OZ7A 3INHA 3VEUA 1HTFA 5P1XA 3LZYA 4ZIPA 1EPME 3QVIA 4R5NA 5HDXA 4Y3PA 5E5JA 4APRE 2NTRA 4OBKA 3OUCA 4Y38A 5APRE 4Y5BA 1IZEA 3F9QA 1LYAB 5P8NA 2H6SA 2PWCA 5OYVA 5P20A 2G22A 1Q9PA 5P0OA 4AZYA 3DK1A 2Q5KA 5P2IA 5P6WA 5P0VA 4J17A 4YCKA 5P7GA 5P7TA 4RVIA 3O9EA 5P4EA 2IGXA 1B6KA 3KFNA 5P8GA 5E5KA 5P63A 4Q1NA 3DCKA 2QHCA 3UDQA 4Y48A 2XFKA 4B72A 4XX4A 6APRE 2PSGA 1KJGA 5P6FA 5P5YA 5ISKA 4FL8A 5IVRA 2P8HA 4EQJA 5P1OA 4Y37A 2J9KA 5AHCA 5P02A 3SACA 1AZ5A 3TPPA 4DQCA 1YTIA 4GB2A 3TL9A 3UDRA 3PGIA 2R38A 1LYBA 5P84A 5P1QA 5P72A 3UQWA 2JXRA 4FRSA 5P55A 4ZSMA 1FF0C 1HVJA 3PI5A 1EPQE 1BDRA 5P6YA 1D4LA 2B7FA 1HOSA 2B7ZA 5P75A 1PSOE 4YOBA 4ZSQA 3ZL7A 1K1TA 5F00A 1NH0A 4HZTA 5IS4A 2FDPA 4HVPA 2O4LA 2O4KA 5P0QA 3ECGA 5DR8A 3APRE 4APEA 3RU1A 4Y5NA 3UDKA 1XDHA 2QU3A 3O9FA 1DW6C 1DP5A 4AUCA 2V10C 1EAGA 3PM4A 5EZXA 3PWWA 1JLDA 1W6HA 3NDUA 1T7JA 4J0PA 5P1GA 4LAPA 5P0ZA 1ENTE 3QRVA 5P8LA 1MERA 2AVOA 4MC6A 5P4GA 1FQ5A 4FS4A 3QS1A 4ZSPA 3BGCA 1HVRA 3DJKA 5P68A 4D85A 5P6AA 5DGUA 1F7AA 3OU1B 2OHLA 1EBKC 1OEWA 3S54A 1D4JA 2SAMA 4I12A 5DPZA 1W5VA 2Z54A 3EXOA 3KFSA 1MEUA 4DQEA 5P7FA 3JVYA 2AZ8A 3Q6YA 1HVSA 3ER5E 4B00A 2P3BB 3WZ7A 3DV1A 3T3CA 2HB3A 4Y3SA 1MRXA 4B1CA 1XL5A 5P27A 5OZLA 2Q15A 5SY3A 2QZLA 4R95A 5KR2A 4EP2A 3WSJA 4OBGA 2IQGA 5P7VA 1ME6A 4MC2A 1IIQA 1HSIA 1HTGA 4OD9B 3UQUA 5P09A 5HU0A 1EC1A 5P6IA 5P60A 1HPVA 5P67A 2AOIA 3VF3A 5I3XA 1SMRA 1LYAA 5DQ2A 5P87A 3G6ZA 4GJ9A 3A2OA 4Y50A 4HDPA 5P2YA 1XE6A 1XS7D 5P8QA 5P7YA 3RSVA 2IS0A 2ZJMA 5KR1A 2AVVA 3KFRA 1FB7A 2PQZA 4YA8A 3OUBA 3EKQA 2QNNA 3G72A 3SA8A 1E80E 1PSNA 3UTLA 4DV9A 4NPUA 4Q1XA 5P7PA 3VLAA 3OQAA 4J1HA 4Y5AA 5P00A 4ER1E 4ER2E 3RTMA 4D88A 1G35A 5P2KA 3HBOA 2OHMA 5P32A 2G1NA 3NDWA 4H3GA 4Y3EA 5P41A 4L7GA 4HEGA 5P0NA 1RL8A 4EHCA 5HTZA 2G24A 1MPPA 3LITA 4J0VA 4QJ7A 4DUSA 2OHQA 3EBZA 3LZVA 4FGXA 2H6TA 2AZ9A 3VLBA 4RCEA 4I0JA 4Y3ZA 4NJVA 4A6CA 1ODXA 3PCZA 5DR3A 1WBMA 3S7MA 5OZ9A 2ER0E 1GNOA 4FAEA 4DJRA 5P80A 1ZAPA 1KJFA 3T7QA 1K2BA 3FNTA 4DPIA 1N49A 1YG9A 5OYQA 3QRSA 4GZFA 3SM1A 5P07A 4WY6A 2I0AA 3SA6A 1QS8A 5P22A 5P2VA 3QBFA 1D4HA 2PH8A 3RSXA 1TW7A 5OZVA 5P7NA 2UXZA 2F8GA 3TOFA 1M43A 2F80A 5P7WA 4GJBA 3GI5A 5P29A 2MIPA 3UDHA 2G94A 4Y3GA 5P1SA 5P6HA 1ODWA 3VV7A 3QVCA 4LXAA 4GJCA 1FQ4A 1HHPA 5P65A 3OQDA 5P8FA 5CONA 2ANLA 5P3KA 2XYEA 3NXEA 2HPFA 1GKTA 1LEEA 3OU1A 2AZBA 4DVFA 3VYFA 2RSPA 5P0DA 2HS2A 4DQBA 1W51A 3PI0A 2HB4A 1HEFE 3K5CA 2P3BA 4LXMA 4RVJA 3R2FA 3GI0A 5DQ5A 2VJ9A 3NU3A 2P4JA 4FAFA 1BWAA 5P8MA 4I8ZA 5P0JA 4H3FA 5OYYA 1FKNA 1ZBGA 1T7IA 2APRA 4DQGA 4X2LA 4OD9A 3R4BA 1IZIA 5P3WA 3NR6A 2QI4A 5P5CA 5P45A 3UDJA 3EL9A 2Q63A 4E43A 3SA7A 5P8BA 1BAIA 1NSOA 2VIZA 3NYGA 5P2NA 4CP7A 2Q54A 5P2HA 5P5LA 2V0ZC 5P11A 5P03A 1G6LA 1AXAA 5P2QA 2FLEA 5SY2A 4OBDA 1APWE 2ER9E 1NPVA 2NMYA 3R0WA 5P1HA 4FRIA 5P4AA 3S85A 5DR7A 4DJUA 5HD0A 5P2OA 2O4PA 1SIPA 5P5KA 1QBTA 3DOXA 5P5SA 5OZKA 1NPAA 1EBZA 1HIIA 2WF3A 3L58A 5OZDA 5P4BA 1EPOE 1APTE 1K6PA 3TPJA 4J1KA 3PLLA 5P7JA 3VF7A 2V12C 3L5CA 2QD7A 1M4HA 3C9XA 2OHSA 1LS5A 5P3PA 3WZ6A 2HB2A 5P1AA 3K5FA 3ZKMA 1BDLA 3TOHA 1SDUA 2QAKA 5P13A 4EXGA 5P5OA 4BELA 4DJYA 2BJUA 5P3GA 4J54A 5P37A 2VJ6A 5JG1A 1RPIA 3L5BA 2NXDA 5AHAA 5P57A 5P4PA 5P6CA 3SAAA 2ZHSA 2Q64A 1FMUA 5P6JA 1J71A 1FQ6A 2IKOA 1UH9A 4Y54A 2I4XA 3K1WA 5P1IA 3UDYA 5DR4A 4Y57A 5P40A 1HVIA 1HVCA 4QJ9A 2HM1A 1K2CA 2WF2A 3HZCA 3GW5A 4Y43A 2AOJA 3HVGA 5BWYA 4EXHA 3S8IA 5P1ZA 3QIHA 4J0YA 5P3FA 4EQ0A 3N3IA 5P4DA 5P47A 2QI3A 3UFLA 2QK5A 4ACXA 4HDFA 5P4IA 5P1RA 1QDMA 4FSLA 1TSQA 5P5AA 4DQFA 3EM4A 1LZQA 2AOEA 5P1LA 1PSAA 2O40A 5P50A 4L7JA 4Y3DA 3ZKIA 4RRSA 5P1KA 3SPKA 2BB9A 2PYNA 3VG1A 1B6LA 1ZSFA 3NDXA 3PSYA 1DPJA 5P2GA 3DUYA 4DJOA 3IVIA 4EJLA 4GMIA 4U7QA 5P4FA 3RTNA 3VYEA 3HVPA 4FE6A 4B1EA 5P3UA 4YOAA 4YHQA 5P5WA 5OZJA 1SDTA 5P4LA 4TVGA 3RVIA 4BFBA 4B0QA 5DQ4A 1GNNA 5P05A 1ODYA 1YTHA 4KB9A 4I0DA 1MT9A 5P52A 3QPJA 4HE9A 1WKRA 3UHLA 3PMUA 3IN3A 2QCIA 6FIVA 5P8TA 1HWRA 2O4NA 1SMEA 3OQ7A 4TRWA 5P76A 5P7SA 2RKFA 5AHBA 4XKXA 1OHRA 3OU3A 2OHRA 3LIVA 2QI5A 1FMBA 5P74A 4MC1A 1RNEA 4OBZB 2WL0A 2ZHVA 3KYRA 4NJUA 2OHPA 5HE4A 2QMPA 5ER1E 4YCTA 4TRZA 3S56A 5P8AA 2PK5A 5P7KA 4F73A 4FM7A 4HA5A 5P0UA 5P7HA 3U7SA 4F74A 3N4LA 2HC0A 5P6RA 3UCBA 2OHTA 4B70A 5P6QA 3CKTA 3SLZA 1TCWA 1BV7A 3GGUA 3FX5A 5P35A 3ZPSA 4Y58A 1APUE 4LL3A 5COOA 3EKTA 1K6VA 5P2TA 2RENA 5HE7A 2OAHA 5P59A 4CPQA 4B1DA 3QROA 1WBKA 5P7IA 4CPRA 4M8XA 2QNQA 5OZ2A 5OZIA 4QJAA 5P1UA 4WTUA 5C9BA 1HTRB 3HD8A 2P3DA 4F76A 4FM6A 5P7LA 1ZPAA 1QRPE 3NDTA 1CZIE 2J9JB 2V13A 5IVTA 5P3XA 2VIYA 4PHVA 5OZQA 2AVSA 2RKGA 2HIZA 4RZ1A 2G1OA 5P8IA 5JODA 5P39A 1K1UA 2QI0A 4TRYA 5P17A 2G21A 2WECA 1MSMA 5P2SA 4HDBA 4Y4UA 1W6IA 4YD4A 3IVHA 1D4KA 5OZUA 5KQXA 2FNSA 1E5OE 5P3JA 5P2LA 5P5NA 3HAUA 3PBZA 1PFZA 5P2XA 5P4KA 5P38A 2PWRA 5P4XA 5KQYA 3KT2A 4D83A 4Y5GA 1AIDA 1T6EX 3QP0A 1FLHA 4Y4WA 2ZHTA 3OGPA 4LHHA 5P18A 2B8LA 1ZTZA 1KZKA 5P25A 4ACUA 3I8WA 3VSWA 1FQXA 2VIEA 1VIKA 3R1GB 3OXXA 1FIVA 4Y4BA 4R8YA 4I0EA 3FSMA 5P2CA 2QU2A 1FEJC 5OZZA 2BPYA 2UPJA 5P3AA 5P5TA 4Y3XA 2FS4A 3SA9A 4CPTA 1IVPA 5P0LA 1HPSA 4OC6B 5P1MA 4I8WA 4Y3NA 4DJQA 5AH8A 3OOZA 5OZEA 5P43A 4Z2ZA 5B18A 5HU1A 6UPJA 2JJIA 3SKGA 4K4RA 2AOHA 3TPLA 2QHYA 5P8KA 5OZ0A 1AM5A 4YD5A 5P6ZA 4DFGA 3ZOVA 2PMAA 3BUHA 1META 4D8CA 3H5BA 4K9HA 5KOSA 5P48A 3TPRA 1HSHA 5P42A 5P5MA 3VYDA 3INFA 4Y3FA 1NPWA 4DJPA 5P53A 2BPZA 2CENA 3D1YA 5TOLA 3LIYA 4KE0A 5BS4A 1XE5A 1DIFA 4EWOA 4OBZA 2A1EA 5OZNA 4N00A 5P1FA 2ZJLA 3I2LA 1BDQA 5OYUA 1D4SA 1UPJA 1PPLE 3UF3A 5P46A 5P0YA 4ZPFA 3MWSA 2AZCA 5P06A 2BKSA 3KT5A 5P2RA 2CEMA 2R3WA 5P30A 5P7CA 3KA2A 4EPJA 3OUAA 3PMYA 4JP9A 4Y4XA 2V16C 1MT7A 4QJ8A 5OZGA 4Y47A 5T4SA 2ER7E 2AVMA 2HPEA 2BQVA 1C6XA 4I0IA 5P83A 3URLA 3HDKA 3KFPA 5P69A 4RRNA 3VSXA 1A9MA 3OU4B 3H0BA 3MSLA 3TNEA 3INEA 2QI1A 5P7XA 3BXSA 4I0GA 5P6KA 2QMFA 2J9JA 2JYSA 5P6VA 3UDNA 3UQRA 1BVEA 4J1IA 1QBUA 4QJ2A 4Y4DA 2G20A 3KDCA 2PC0A 4H1EA 3PB5A 5P81A 4CPXA 3DCRA 4L6BA 5P4OA 4A4QA 5IVSA 1MUIA 5P23A 4Y45A 3ZKSA 3D20A 3IGBA 4Y3MA 1YM4A 1GVWA 5OZXA 2P3CA 4YBFA 5P24A 1FFIC 4Y3LA 1W5XA 4GYEA 3EM6A 1C70A 5P1EA 4Y56A 4Q1WA 5P31A 4B77A 3OQKA 5P0GA 4GJDA 5P0WA 5P4UA 3S45A 4I0HA 1KJ4A 5P2BA 1LF3A 5OZWA 5P5JA 5OZ4A 1LYWB 3INDA 5P0CA 3SA4A 4OC6A 4J1FA 3PLDA 2OHKA 5JFUA 4Y9WA 4RCDA 5P8JA 3KM4A 4S1GA 2IENA 3I7EA 3BVAA 2I1AA 2BPVA 4AA8A 1LV1A 5OZ1A 5KR0A 3LZSA 4GIDA 3I6OA 3LINA 3O9AA 4Z50A 4JECA 3URJA 2V00A 1EPRE 2QI6A 5P5BA 5P89A 1SH9A 5DGWA 4ZE6A 2VIJA 5P5QA 1CMSA 2G1SA 4B78A 2IRZA 5P6XA 5P82A 4LC7A 3R0YA 4I1CA 3KN0A 1IDBA 1TSUA 4EP3A 5SZ9A 5P1YA 1XN2A 3TH9A 2QZXA 3IXOA 5P78A 3EL5A 5P14A 5OZ6A 3BC4A 5DR0A 5P36A 5OZTA 3EKYA 1HEGE 3TLHA 3NLSA 5P5GA 5OZFA 2WHHA 2PH6A 4PYVA 1ZLFA 4Y5KA 5P0RA 5P6TA 5HVPA 1B11A 2AIDA 2CEJA 1DAZC 3DM6A 4DI2A 3PHVA 5P1TA 2VA7A 3ZKGA 5P16A 3NWQA 5OYTA 1VIJA 1EBWA 3T6IA 3AIDA 1SBGA 4IVTA 3OU4A 4X7IA 3EKPA 4B05A 1IZDA 5P3RA 5P7RA 5P3CA 5P5UA 2R43A 3SA3A 4PZXA 3LNKA 2FDEA 4GJAA 4M8YA 5P0AA 1T3RA 1LF4A 3OK9A 2IKUA 5ENKA 5HCOA 2WF4A 3OXWA 1B5FB 3VV8A 2B8VA 1EC3A 4GJ7A 5KR8A 3OOTA 4I0FA 5FIVA 3OY4A 5P1NA 5HDVA 3ZPUA 4Y4GA 3MSKA 1Z1RA 1HIVA 3LPJA 5P8PA 4EYRA 5P6SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1XN3 A;  5UPJ A;  1C6Z A;  5OZ8 A;  5IVQ A;  3D3T A;  2QMG A;  4FRK A;  2AOC A;  5OZB A;  1EC0 A;  5J25 A;  5P04 A;  5P4Y A;  1A30 A;  2QHZ A;  1GVU A;  2ZHR A;  3LIZ A;  5OZA A;  1YTJ A;  3ZKN A;  3S43 A;  5P8C A;  2NR6 A;  3PBD A;  4ZLS A;  2AOF A;  1HVH A;  3EL1 A;  4AMT A;  4Y4E A;  1B6M A;  3B80 A;  4PPH A;  1C6Y A;  1QBS A;  4RCF A;  5OZ7 A;  3INH A;  3VEU A;  1HTF A;  5P1X A;  3LZY A;  4ZIP A;  1EPM E;  3QVI A;  4R5N A;  5HDX A;  4Y3P A;  5E5J A;  4APR E;  2NTR A;  4OBK A;  3OUC A;  4Y38 A;  5APR E;  4Y5B A;  1IZE A;  3F9Q A;  1LYA B;  5P8N A;  2H6S A;  2PWC A;  5OYV A;  5P20 A;  2G22 A;  1Q9P A;  5P0O A;  4AZY A;  3DK1 A;  2Q5K A;  5P2I A;  5P6W A;  5P0V A;  4J17 A;  4YCK A;  5P7G A;  5P7T A;  4RVI A;  3O9E A;  5P4E A;  2IGX A;  1B6K A;  3KFN A;  5P8G A;  5E5K A;  5P63 A;  4Q1N A;  3DCK A;  2QHC A;  3UDQ A;  4Y48 A;  2XFK A;  4B72 A;  4XX4 A;  6APR E;  2PSG A;  1KJG A;  5P6F A;  5P5Y A;  5ISK A;  4FL8 A;  5IVR A;  2P8H A;  4EQJ A;  5P1O A;  4Y37 A;  2J9K A;  5AHC A;  5P02 A;  3SAC A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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