3D20A

Crystal structure of hiv-1 mutant i54v and inhibitor darunavia
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFVKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Effect of flap mutations on structure of HIV-1 protease and inhibition by saquinavir and darunavir.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-05-07

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3d20A00
5OZJA 5P23A 6APRE 3UDRA 5P4OA 1RPIA 4LL3A 5P01A 3VFAA 4Y3JA 5P16A 3OUDB 1GNMA 3I2LA 1AVFA 5P31A 1D4YA 3IVHA 1QS8A 2VNMA 5P5OA 1KJHA 2NR6A 4NJVA 4NPUA 1D4HA 1UH8A 2QD8A 3MSJA 1D4SA 5P03A 2XFJA 2AOHA 4EJLA 1RNEA 5P15A 4YOAA 5SY2A 4YDGA 4EQJA 1FG8C 2RENA 2QNPA 3IVIA 3NU9A 1APWE 2B8VA 3DM6A 4AA8A 3ZPTA 2QI1A 2R43A 5DR8A 4I11A 5P0GA 3K5DA 5P2WA 1YTGA 2B7ZA 1HHPA 5P0TA 4LP9A 4ZSPA 4KUPA 4GB2A 1MESA 4RLDA 5P3FA 4A4QA 1MTRA 5P8OA 5JFUA 1FFIC 2QZWA 1U8GA 2G27A 4DJQA 2F81A 5IVQA 5P2HA 2PSUA 4F75A 4Y4GA 3VF3A 4FE6A 2CENA 2CEMA 2I4VA 5P1ZA 2O4SA 3VCMA 1IVPA 3EC0A 1FMUA 4YCKA 5P26A 2BKSA 5P3BA 3VYEA 4I0EA 2VJ6A 3LPIA 3TKGA 3OXWA 5P5QA 2UPJA 3LZSA 2QZLA 5P3UA 3OGQA 5C9DA 1SMEA 4Y3ZA 3HW1A 2WEDA 5P5GA 5KR0A 3U7SA 2G1SA 3UQWA 3QS1A 5P1JA 4NJSA 1FQXA 3UDJA 5P89A 5P1MA 3D1ZA 1WKRA 1ZTZA 3VLAA 3NXNA 3OUDA 1SBGA 1FIVA 4RGHA 2OHNA 5P0WA 3UQRA 3L5DA 3PM4A 3EXOA 5OZ7A 2Z4OA 5P8FA 4B05A 1ZP8A 2FS4A 2FNTA 3HVGA 4L1AB 1RL8A 3APPA 5KAOA 3UHLA 2RKGA 5P2SA 5P59A 3TNEA 5P3SA 5P6TA 3CKTA 4D83A 3EKVA 4OBJA 5P3IA 3DK1A 5C9FA 4YD7A 5P4VA 4Y36A 2G1OA 1MT9A 5P3VA 3O9LB 1ZJ7A 1Q9PA 1FQ4A 1OEWA 5P2ZA 5P2XA 2HC0A 5OZ2A 3ZKGA 2A1EA 2OHUA 3EL5A 5P4LA 2WEBA 5P2IA 1BWAA 3KA2A 4J0PA 2VIEA 4PEPA 5P2MA 1E82E 5P3EA 5UPJA 5P00A 5ENMA 5P8IA 4L7JA 1B6PA 3Q70A 3OHFA 2JXRA 1ZSRA 5P19A 3CKPA 1META 4YBIA 3ZKMA 3LPJA 3OU1A 5P3QA 3L5EA 3BGCA 4H1EA 2OHSA 5BS4A 5OZQA 5KQZA 1SGZA 3QVCA 5P1DA 5P4FA 4YD3A 1QRPE 4DQGA 5P4RA 1SDVA 1FQ8A 5P7EA 5P80A 3PLLA 2FLEA 4DPFA 2QNNA 4EYRA 5P5FA 4J1EA 3BVBA 3FKTA 1HVSA 3JVYA 3OQAA 5P6BA 5P41A 2AOGA 5P32A 5HDXA 1EBKC 5P1LA 5P2AA 3NSHA 5BWYA 1B6KA 1OHRA 5HDVA 5P1IA 5P06A 5P4IA 2MIPA 5P7QA 2FXDA 1FQ7A 4DJWA 2IGYA 2OHRA 4MC1A 2WKZA 2IKUA 3O9BA 5P1CA 1BDRA 4RCDA 5P29A 5P0VA 4GJDA 4AMTA 3S7MA 4TRYA 4Z4XA 3DV1A 5P4SA 3BRAA 2H6SA 3ZKXA 5OZ9A 5P5EA 2G24A 3LINA 5SXNA 4Y54A 3O9FA 1HSIA 5P28A 1LF2A 4Q1XA 3GGUA 3NU3A 3OADA 5P68A 3RSXA 1XL2A 4YD5A 4Y3GA 4EJ8A 4J0VA 5P24A 1HVKA 4Y4TA 4EJDA 5P7GA 3URIA 3K5FA 2ZHTA 3U6AA 1EPNE 2BPYA 4I12A 2BPZA 2HIZA 5P5RA 1A8GA 2QZXA 5P5XA 3VSXA 5I3VA 3QVIA 5KR8A 3WB4A 2PWCA 5P73A 1HIVA 4MC2A 4Y5EA 5OZFA 4BEKA 4DQHA 1D4IA 2G69A 3BUFA 3KF0A 5OZRA 4Y6MA 3OHHA 5COOA 4ER1E 3UFLA 3OQFA 3TH9A 5OZSA 5P6NA 5OZ0A 2WF3A 5P1RA 2PYNA 3T11A 1G2KA 2P3BA 4LC7A 3UQXA 3INFA 3JW2A 4K9HA 2V13A 5P7SA 1LYAB 5OZ8A 2V00A 5P1VA 4EP3A 2P3DA 2OHLA 3IXOA 4DH6A 2FXEA 4B1CA 2V16C 2R8NA 4NKKA 5P3PA 1MRWA 2AZ8A 4BFDA 1IZIA 3I8WA 1K1UA 2ER9E 5OYXA 1AJVA 2VKMA 2Q54A 5P5BA 1HTFA 2JJJA 3PSYA 3S43B 5P5HA 3ER3E 3WZ8A 4J1KA 1MUIA 3HBOA 5COKA 5P18A 1NSOA 2OHPA 5DR7A 4Y3RA 1EC2A 4EHCA 5OZHA 4QJ9A 5P13A 3OU3A 2NNPA 2OHQA 3D91A 3TOFA 2WF4A 5P3TA 2ZHRA 1HOSA 4Y3WA 1FMXA 3KDCA 5P5YA 2QI7A 4ACXA 3S2OA 1MT7A 1MT8A 5P38A 1T7JA 3PBZA 4QJ6A 2XFKA 5P4GA 3NUJA 1A9MA 5P8SA 1B6MA 2WHHA 4J17A 5P7KA 3EM4A 1QBUA 5P2EA 1HIHA 5P51A 4ZPGA 3SACA 5P44A 1B5FB 5OYSA 4F74A 1W5VA 1LYWB 5OYRA 1A30A 1AZ5A 3KN0A 4GJ5A 3O9IA 1VIJA 1TCWA 5P79A 1JLDA 2I4QA 2HPFA 2PSGA 3EL1A 1GVXA 5P76A 4LXMA 3EKWA 5AHCA 4CPUA 3D3TA 4L7HA 3WSJA 2AVVA 1EAGA 2BPWA 5P7NA 2VNNA 3GGAA 5SY3A 5P1FA 1HPOA 2WF2A 4FGXA 4U7QA 1APVE 5P30A 3JVWA 5P69A 2QI0A 4AUCA 5ER2E 5P8QA 4Y5PA 3KFRA 5P7TA 3UDHA 1FFFC 5HTZA 3INEA 3VF5A 5OZZA 1BBSA 1T6GA 4ZSRA 5HDUA 4FAFA 3IA9A 5EZXA 2ZHSA 3EKXA 4Y3HA 2P3AA 2QP8A 3O9GA 5IE1A 5P3LA 1PSOE 3CYXA 4FM7A 5P5PA 3RTMA 4FM6A 3K4VC 4YE3A 5OZLA 4FSLA 4Y3EA 5P8EA 2HB2A 2B8LA 5OZEA 2XYFA 5P50A 1HSHA 4FCOA 5P6YA 5P0AA 4EJKA 4CPTA 5P4JA 1BV9A 3OXVA 1Z1RA 3FNSA 5P1SA 5P3YA 4CKUA 4HVPA 2ASIA 5P2KA 1FKNA 4Y58A 1NH0A 3VG1A 5P4UA 2VIYA 3NR6A 3SKFA 4RVJA 3MSLA 4Y45A 5P7WA 3OTSA 2QCIA 1HVLA 5I3YA 1T7IA 1M4HA 3T7XA 2P83A 3FV3A 3NUOA 3D1YA 5P27A 3FIVA 2ZJLA 2NPHA 3G6ZA 3QBHA 4Y4JA 1BV7A 2IL2A 1K6CA 3NDTA 3I7EA 2G26A 1YM4A 3L5CA 2Q5KA 1HPSA 4RVXA 5P63A 3ER5E 3SA3A 5PEPA 2BQVA 3UDKA 5P5MA 3VUCA 3Q3TA 4DJXA 1DAZC 3NDWA 1BILA 3BHEA 4XX3A 5P6OA 1YG9A 2G21A 4PYVA 4B0QA 5P8RA 4J1FA 3ZOVA 5P1XA 3L3AA 4HDPA 4I0JA 3UF3A 1TZSA 4OC6A 2QMGA 5P57A 5P6IA 5P6MA 5EZZA 1BWBA 3DCRA 2AOFA 4Y48A 5P02A 5COPA 4APEA 3RTHA 5P3AA 5P07A 1MPPA 3VEUA 4FRIA 5HE5A 3EL0A 1F34A 1D4LA 1W5XA 1HVIA 3OXCA 1TQFA 2PC0A 3S8IA 5E5JA 5P1QA 5P54A 3CIDA 3H5BA 1FQ5A 4JP9A 5AH9A 5I3XA 1IIQA 4YBFA 4Y4BA 4Y3QA 1OD1A 2AQUA 4A6BA 4HEGA 3ST5A 5P7LA 1FMBA 2AZ9A 5P3ZA 4Y35A 3OXXA 1TCXA 3AIDA 5P7RA 4DFGA 2I4UA 3RTNA 5IS4A 1SDTA 4Y4WA 1W51A 3QP0A 4Y5GA 5P2TA 5P8MA 5OZ1A 4Y47A 5P34A 3OU1B 4MC6A 4EXHA 5P5NA 1KJ4A 2V10C 5P1OA 4IVTA 3GI0A 4B00A 2AOJA 5P55A 4YD6A 1HVHA 3R4BA 4I8ZA 2VA6A 3C9XA 2VS2A 5P8CA 1CZIE 3UDQA 3IXJA 3SA4A 3KDBA 3ZKQA 1QBSA 2FDPA 1K1TA 4Y51A 5P3NA 1WBKA 5P4XA 1T3RA 1GKTA 4ER4E 2NXLA 4U7VA 3UTLA 1FG6C 1SIPA 2BPVA 2NMYA 2QMPA 2QNQA 2ZDZA 5P6FA 3PCWA 3S7LA 1TSQA 5P6RA 5P7MA 1EBWA 1PPME 4A6CA 2ZJMA 3PJ6A 2SAMA 3GGVA 1HXBA 5P6AA 5P83A 3O9HA 3TLHA 9HVPA 5P1HA 5P4NA 1HIIA 3K4VA 3ZKNA 4YA8A 1KJ7A 5P0IA 2QMDA 5P2JA 4OBZA 4H3GA 3UQUA 4Y38A 5P56A 3TPLA 4OBGA 2FGUA 3RU1A 3QN8A 3PBDA 1YTJA 4N00A 5P88A 5P1UA 3T6IA 3S54A 1SP5A 4FSEA 5DQ1A 2WECA 3SPKA 3LIYA 5P6XA 5P7DA 5P1YA 2Q63A 5P8UA 5P7BA 3S56A 4FLGA 3OADB 2G1YA 4Y3AA 5P1PA 3VV6A 3VFBA 1NPVA 5P84A 4Y4AA 1IZEA 4GYEA 3DV5A 3SA5A 3VV7A 5P62A 4R5NA 4CPSA 1IVQA 4Q5MA 5P7HA 4QLHA 5JODA 5P5DA 4J0TA 4GMIA 2WF0A 3OUCA 3DJKA 4D85A 3OU4A 1DMPA 3SAAA 3G70A 4CPWA 3INHA 5CONA 5P25A 5ISKA 5OYTA 4FL8A 4D89A 5P8JA 3PMYA 2VJ7A 1SDUA 2O4LA 2G20A 1EPPE 1E5OE 1K6VA 4Y5MA 1XE5A 3PMUA 1AJXA 4RROA 3ZMGA 5P12A 5P85A 1HVJA 3LPKA 1RQ9A 5P11A 4DJRA 3S85A 1HPXA 5P65A 1PFZA 4QJ8A 1OEXA 5KR2A 5P6KA 1HPVA 2AOIA 4LXKA 5P46A 3EBZA 5OZMA 5P09A 5P6JA 2AOCA 3DOXA 2P3BB 4YOBA 5P71A 3PI5A 4B77A 3KDDA 3UCBA 3Q5HA 4GJ6A 4MC9A 3TL9A 3BVAA 2V0ZC 1M43A 3LZUA 2EWYA 2BB9A 1HTGA 5KOSA 5P0KA 2PH8A 1YT9A 3KMXA 3PSUA 3R0WA 5DGUA 3RVIA 5P7VA 4OBFA 1IZHA 2PK6A 5P72A 4J1IA 2I4WA 1PROA 5JG1A 1HXWA 2ZJKA 3NDXA 3R1GB 5KQFA 2P4JA 1PPKE 5DR1A 3SA8A 4K4RA 2B7FA 4B1DA 1E81E 3K1WA 5P40A 2IENA 2CEJA 5DQ4A 5P6PA 2ER6E 4K8SA 5P1AA 2VA5A 3NU4A 3QBFA 5OYUA 4YHQA 3L38A 3VYDA 5OZVA 5P66A 3T7QA 2QD7A 3GI5A 4ZIPA 3SQFA 4GZFA 5OYVA 3U71A 4H3FA 1HTRB 3BUGA 5HCOA 3RSVA 2G94A 5F01A 2WEAA 5P7XA 5P6ZA 3HAWA 4K4PA 5P6GA 2NXDA 5P0OA 4XXSA 1C6ZA 4S1GA 3OOZA 1WBMA 3SA7A 1YTIA 5P5ZA 1EBYA 2ANLA 3L58A 1SMRA 2AIDA 3PEPA 3O9AA 3SABA 3PWRA 4YD4A 5P1EA 1K6PA 1K2CA 1AAQA 1EPLE 3NLSA 1Z1HA 4Y5LA 5AHBA 4OBDA 5P2GA 2V11C 1XS7D 3LNKA 2Q15A 3EL4A 3PVKA 4PZXA 1GVTA 2AZCA 4M8YA 5P7IA 3QROA 4LXAA 2OAHA 1J71A 4Y3SA 3URLA 3HDKA 1MSNA 2OHKA 1C6XA 2FGVA 2F3KA 2F3FA 1XDHA 2G1NA 3KT5A 2J9JB 5AGZA 5P5CA 4GJ9A 2I4XA 2R3TA 2AODA 4APRE 4RZ1A 5OZKA 4Y3YA 2NXMA 2B60A 3PRSA 5BRYA 3VF7A 4HA5A 5OZ5A 5P0HA 4CPQA 1KJFA 5P49A 4TVHA 1FQ6A 2HS1A 5P52A 4BFBA 3GI4A 4ZPFA 1XN3A 4HE9A 7HVPA 5P7ZA 3LZYA 3BXRA 3UPJA 3UQPA 4I0IA 4L7GA 2BPXA 3HLOA 5P1WA 5P3JA 2VA7A 2O4KA 1LZQA 5OZUA 5P7AA 1ZBGA 1LEEA 1EPRE 3PWMA 5IVTA 1KZKA 3OGPA 4R92A 2JYSA 4L6BA 3OQKA 3OUAA 5C9BA 3LHGA 5DQ5A 4HDFA 5APRE 5P2UA 3PWWA 3UDNA 2QU2A 5P1BA 1K2BA 5AH7A 1BXQA 3BXSA 5P04A 5P37A 5P3CA 1SGUA 4DJPA 5P2BA 3S45A 5P8KA 1G35A 1BVEA 5P2LA 5P8NA 5KOQA 1EPQE 5P0ZA 3PLDA 4GIDA 5P8GA 3SM2A 5HVPA 5JFPA 2O4PA 3PB5A 4Y3NA 1ZPKA 5P2QA 1G0VA 4LHHA 3HVPA 3PGIA 3I25A 3N3IA 4H3IA 4I0DA 1EC0A 1EPME 4KB9A 2XFIA 1GVUA 5P5VA 4GJ8A 5DQCA 4DUSA 3A2OA 5OZYA 5P7YA 4DQEA 4JPCA 2J9JA 2FDEA 4DQCA 5DGWA 2AVQA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZJ A;  5P23 A;  6APR E;  3UDR A;  5P4O A;  1RPI A;  4LL3 A;  5P01 A;  3VFA A;  4Y3J A;  5P16 A;  3OUD B;  1GNM A;  3I2L A;  1AVF A;  5P31 A;  1D4Y A;  3IVH A;  1QS8 A;  2VNM A;  5P5O A;  1KJH A;  2NR6 A;  4NJV A;  4NPU A;  1D4H A;  1UH8 A;  2QD8 A;  3MSJ A;  1D4S A;  5P03 A;  2XFJ A;  2AOH A;  4EJL A;  1RNE A;  5P15 A;  4YOA A;  5SY2 A;  4YDG A;  4EQJ A;  1FG8 C;  2REN A;  2QNP A;  3IVI A;  3NU9 A;  1APW E;  2B8V A;  3DM6 A;  4AA8 A;  3ZPT A;  2QI1 A;  2R43 A;  5DR8 A;  4I11 A;  5P0G A;  3K5D A;  5P2W A;  1YTG A;  2B7Z A;  1HHP A;  5P0T A;  4LP9 A;  4ZSP A;  4KUP A;  4GB2 A;  1MES A;  4RLD A;  5P3F A;  4A4Q A;  1MTR A;  5P8O A;  5JFU A;  1FFI C;  2QZW A;  1U8G A;  2G27 A;  4DJQ A;  2F81 A;  5IVQ A;  5P2H A;  2PSU A;  4F75 A;  4Y4G A;  3VF3 A;  4FE6 A;  2CEN A;  2CEM A;  2I4V A;  5P1Z A;  2O4S A;  3VCM A;  1IVP A;  3EC0 A;  1FMU A;  4YCK A;  5P26 A;  2BKS A;  5P3B A;  3VYE A;  4I0E A;  2VJ6 A;  3LPI A;  3TKG A;  3OXW A;  5P5Q A;  2UPJ A;  3LZS A;  2QZL A;  5P3U A;  3OGQ A;  5C9D A;  1SME A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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