4ZLSA

Hiv-1 wild type protease with grl-096-13a (a boc-derivative p2-ligand, 3,-5-dimethylbiphenyl p1-ligand)
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Structure-Based Design of Potent HIV-1 Protease Inhibitors with Modified P1-Biphenyl Ligands: Synthesis, Biological Evaluation, and Enzyme-Inhibitor X-ray Structural Studies.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 bh10
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-05-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4zlsA00
5P66A 5OZ9A 5P70A 1BILA 2ZHRA 5HCOA 5P6QA 5APRE 3VFBA 1KJFA 1N49A 2OHPA 4I1CA 5OZQA 1HIVA 3OHHA 5P4SA 5HU0A 4EPJA 2I4DA 3EM6A 3TOFA 5P1DA 2G69A 4Z50A 3EKPA 4ZIPA 2RKFA 3ZKSA 5P3QA 2AZBA 1SH9A 3OXVA 2HS1A 5P49A 4GJAA 2ZE1A 2IEOA 2I4XA 3PWRA 4YOBA 4Y53A 4ACUA 2NMYA 2QI4A 3H0BA 4H3JA 3QRMA 2HM1A 4FL8A 5P6DA 4YHQA 5P67A 3WZ7A 5P2LA 5AHAA 3SA5A 2BB9A 3HBOA 4YA8A 4DUSA 4Y4BA 1MT8A 4Z4XA 1APTE 5P7EA 3TOGA 5P0HA 2BPXA 3EKVA 4I0IA 3EMYA 5P28A 4Y58A 5OZMA 5P45A 3NSHA 5P0LA 1HIHA 1B6MA 7UPJA 3QPJA 1F34A 3QRSA 4Y4TA 4NJVA 3OAGB 1LF4A 4U7QA 1A30A 1F7AA 3MSLA 5P05A 1IZIA 3UQUA 4U8WA 5P4TA 4QLHA 5P0OA 3KFSA 3I25A 3UDKA 4ER4E 1FKNA 4CMSA 5P0SA 2AODA 5AHCA 1LEEA 1HVCA 2B7FA 5OYUA 3QBHA 3QROA 5P4FA 5BRYA 2G20A 4Q1YA 2G1RA 4R92A 1XL5A 2Q15A 3SA7A 4LXAA 4B1CA 3KMYA 5OYXA 4Y6MA 2WF0A 1YTHA 9HVPA 1U8GA 5P57A 5P55A 5P6GA 3UQRA 3BXRA 3LHGA 1PPKE 3T6IA 4M8YA 1D4JA 2PK5A 5P1KA 3TPPA 4EYRA 4EXGA 1IZDA 5DGUA 2HS2A 3QVIA 3UDQA 4DQCA 2WHHA 3K1WA 3OQAA 5OZ2A 5P15A 4FAFA 5C9DA 5HE4A 3OADB 4Q1NA 3QIHA 1B6PA 3HVGA 3OK9A 1RL8A 1K2CA 3D1ZA 3OU4B 4Y38A 5DPZA 2BQVA 4L1AA 3U7SA 5P5LA 1WBKA 1RV7A 4I0HA 5P3NA 4Y5MA 5TOLA 4EWOA 1UH8A 3EKWA 3U6AA 5DQ1A 5OYTA 3JVYA 5P2HA 1HOSA 3PJ6A 1BAIA 3I2LA 5P5NA 4K9HA 1MERA 3VLAA 3VCMA 4DFGA 1W5WA 5P8PA 4GYEA 5P4WA 4FLGA 2FS4A 5KR0A 3GGXA 3B80A 5P2YA 2VA6A 1ZPKA 5P8LA 2FNTA 1C6XA 3R0WA 5P3UA 2WJOA 3U71A 1IZHA 2ER6E 5P04A 5P14A 5JODA 4TRYA 5P2CA 2PYNA 2WKZA 5P6JA 2G1NA 4Y4DA 1G2KA 4FM8A 5JFUA 1SGUA 1EPLE 3OU3A 2APRA 1GNMA 4CPWA 2Z4OA 5E5JA 2QZWA 5OYZA 2A1EA 5P8TA 5DR1A 1LYAB 1ZSFA 4NJTA 5P3MA 1HEGE 3DUYA 5P36A 4DV9A 5HDVA 5P4YA 3G6ZA 3SM1A 2AZCA 5P0XA 3DCKA 5P5BA 5ER1E 2ANLA 3HAWA 5AH8A 5P4GA 3ZPTA 5P08A 5P74A 4GJBA 4TVHA 5P73A 3SQFA 2UY0A 4I0ZA 3OQKA 3D1YA 2JYSA 4GJ7A 5P30A 3S54A 4I0JA 1UH7A 1HVSA 5P83A 4H3IA 5CLMA 5P7UA 1CMSA 5HDZA 3HDKA 5P2OA 4EJ8A 1LYWB 4DQEA 2R5PA 2V10C 3S8IA 5P2JA 2FXEA 2F3EA 3NXEA 1MRWA 3TH9A 4Y4ZA 4QJ7A 1OD1A 3PLDA 4RRNA 3SKGA 3L38A 4Y3YA 5BS4A 3KA2A 3ZMGA 5E5KA 1IVQA 3K5DA 3QN8A 1VIJA 5P5DA 3FNTA 5OZIA 4NPTA 3NU4A 2WEDA 4B78A 3WZ6A 3UFLA 4XX3A 1HVHA 2FDEA 5OZDA 3GGUA 1FMXA 4MC9A 2ZJKA 1BDLA 2ZHTA 3ECGA 5P7YA 3BUHA 4PZXA 4KUPA 4KE0A 5OZUA 1GNOA 5P2MA 3KDCA 1HSIA 4UPJA 3HVPA 5P4VA 3LIZA 4Y3LA 4DQHA 1OEWA 2UXZA 2OF0A 1W5XA 1MUIA 5I3WA 1FQ5A 1FGCC 2AVQA 4Z22A 1GVTA 5EZXA 2J9JA 3EBZA 3OU1A 1FQ6A 1T6GA 8HVPA 1JLDA 4OC6B 2NNPA 2AZ9A 3FV3A 3MXDA 4CPSA 4YCYA 2QU2A 3TLHA 1A8KA 3R4BA 5P1BA 5P39A 5HDXA 1EPQE 1DPJA 3TKGA 1D4KA 1HHPA 1G0VA 1HXWA 4AA9A 4R93A 1B6LA 6APRE 1OEXA 5P0AA 5OZHA 4Y3AA 5P3LA 5P5JA 1BDQA 4KB9A 5P20A 4MC6A 2I1AA 5P6WA 3EL0A 5DR8A 2B60A 2Q55A 5P5MA 5P4IA 5KQXA 3FNUA 1K2BA 5P3HA 2AVVA 2WEAA 5P8NA 5OZVA 5OYRA 5OZJA 4WY6A 3IGBA 2F3KA 3S7MA 1RPIA 1M4HA 2IKOA 1BDRA 3LPIA 3PEPA 5P0NA 5P1WA 5P5RA 5P8UA 1MRXA 5OZEA 3EKQA 4Y39A 5P0PA 5P0WA 3ZKMA 4QGIA 5P0FA 2QU3A 4IVTA 2PYMA 4NKKA 5IE1A 5HE5A 5P3SA 4Q1XA 4Y3TA 1PPME 2ZGAA 3EKTA 5DR0A 4LXMA 2CENA 1YTJA 1ZP8A 4I0DA 4J1KA 2G1YA 2NMZA 5P6VA 5DQCA 1QBRA 1EBWA 1DAZC 4E43A 5P4LA 5P86A 3UQXA 3SA8A 1Z1RA 4OBHA 4RGHA 3RTMA 3ZOVA 2FMBA 5COPA 3UCBA 3OTYA 2ER7E 5P33A 4Y4WA 4PEPA 5P0QA 3L5EA 1IDAA 3K5FA 1MT7A 3PMUA 4Y47A 1E82E 4B0QA 2VA5A 1K6PA 4Y3DA 4EHCA 3IVHA 3UPJA 4Y51A 2I4VA 1XE5A 5P09A 2AVOA 2I4WA 2OHKA 2HIZA 5P6AA 3NU5A 5P8DA 5P4UA 5OZ1A 3PCZA 1ZAPA 3TPJA 1GKTA 1G35A 5P7JA 6UPJA 3CKTA 5P75A 1ZPAA 5FIVA 3R1GB 5P3XA 4FM6A 3LZVA 5CONA 2VIEA 5P7LA 5P0YA 2OHLA 4TRWA 5P8EA 3EXOA 4J1IA 5IVRA 3NWQA 5P6FA 3TOHA 2AOEA 2XYEA 3NXNA 3PB5A 1YTGA 5OYYA 3QVCA 4NPUA 5P0VA 5P19A 5P2SA 5P4KA 3NR6A 3ZKXA 3ST5A 4EXHA 3CYXA 5P26A 1XN2A 5P32A 2AOFA 4OBJA 4GZFA 1DW6C 2PSUA 5P5VA 4I10A 2VIJA 5P18A 1B6JA 1D4HA 3CICA 3MWSA 3R2FA 5P2QA 2B42A 2PH8A 5P13A 2J9JB 5P4DA 3OU1B 1KJ4A 4EJKA 2OHSA 2XFKA 5P4HA 2FLEA 1PSNA 5P4EA 1FMBA 5KQFA 2JE4A 5P2IA 4CPRA 3VYEA 4ZE6A 4H3GA 2I4UA 2FGUA 1SDTA 2RENA 2PC0A 5BWYA 5P4XA 1YX9A 3ZL7A 4RROA 5P7IA 5P0DA 3KN0A 5P8OA 2PQZA 4ER2E 3OGQA 5P0EA 1IDBA 1BXOA 5COKA 5P1HA 2FDPA 3DV5A 5P5ZA 4RCFA 5AH6A 4Y3HA 5P58A 3S43A 5P7RA 3OUDA 1C6YA 1IBQA 1HTEA 4FS4A 5ENKA 4F76A 3UTLA 1TCWA 2G21A 1EPRE 4R8YA 4J0PA 2NPHA 2PSVA 3GW5A 3OQFA 3BUGA 3OWNA 1EPPE 4D88A 3PI5A 5P5PA 4M8XA 4Y5LA 5P22A 4GJ6A 3D20A 4AZYA 5P29A 1EPOE 3UDNA 1LZQA 1HRNA 1YT9A 4YD7A 2QD8A 3KF0A 5OZ5A 4GJDA 5OZKA 3BRAA 3HAUA 3Q4BA 5KR8A 5P1LA 5P40A 5P8IA 4Y3FA 5OZ8A 3SA6A 5OYSA 5OZGA 5P0MA 2R9BA 4HDPA 5P6EA 3MSJA 4Y3PA 3OQ7A 5OZWA 3RSVA 2G22A 5P1EA 5AH9A 4J17A 4TVGA 4Y5NA 1TSUA 4ZSMA 1LF2A 2WF1A 4QJ6A 3GI0A 5P7WA 4GJ5A 1Z8CA 3L5DA 3LITA 3KM4A 3IXJA 5P0GA 4DJQA 3ZPSA 5P3RA 1KJ7A 1DP5A 1FFIC 4B1DA 5P80A 5P8SA 2PWCA 3AUPA 5P6HA 2OHRA 5AHBA 1ODYA 5P0JA 5COOA 5P00A 4Y4XA 1K6VA 3WB5A 5P3DA 3KMXA 3PCWA 2B8LA 4LAPA 1C6ZA 5P7QA 5ISKA 4B70A 3FNSA 3VF3A 5KQZA 5P71A 2VS2A 2QZKA 4JECA 2VA7A 1EBZA 2AOIA 4Y57A 5P0TA 4Y36A 4APEA 2R5QA 1SP5A 5HTZA 2AVMA 3SKFA 4J1FA 4ACXA 4EP3A 5P11A 3SLZA 1T7JA 2BBBA 2NXMA 2OHUA 4Y5AA 1ZTZA 4OBGA 3OOZA 3VYDA 5JG1A 4GJ8A 2QI7A 5P3CA 1HWRA 5P52A 3EM3A 1FB7A 1GVUA 4JOOA 3GI5A 4J1CA 3PWMA 4RVJA 5P5QA 4Y35A 5P5IA 5P7AA 1YM4A 4RVXA 5P5OA 1T3RA 4J0TA 1ZSRA 5P6UA 1NSOA 3MSKA 3OXCA 3UDHA 1AXAA 2WF4A 2OHQA 1BVGA 2G26A 5P0ZA 5OZPA 2UPJA 4GMIA 4Q5MA 2QI5A 1VIKA 2V13A 5P77A 2NXLA 5P8FA 4IVSA 5P01A 5P1MA 4CKUA 1FMUA 3URLA 5P53A 3QI1A 4HDBA 1FF0C 4FGXA 2ZHVA 3G72A 3OY4A 4FE6A 5P1CA 5UPJA 2QI1A 5IVTA 3H5BA 1TZSA 3LINA 2F80A 1C70A 4Y56A 3O9GA 5P1AA 3O9HA 1BWBA 5HCTA 1KJHA 3TPLA 5P6TA 1EBKC 5P76A 4A4QA 5OZTA 2WEBA 5P59A 4YD4A 4HZTA 5P8BA 5P5UA 5P10A 1UH9A 5P4AA 4OD9A 2VIZA 3LIVA 5P2ZA 2OHTA 1EC0A 3HD8A 2FGVA 2Z54A 1QRPE 2O4PA 1KZKA 4XXSA 3BC4A 4K4PA 1MEUA 4X2LA 1APUE 3IA9A 3LIQA 1SMEA 5P5CA 2P3BA 3KDDA 5P5SA 3KYRA 5P6KA 2CEMA 4XKXA 1KJGA 4Y3GA 3S43B 3OUDB 4RCDA 2BPYA 3ZKIA 3WZ8A 5P7XA 5KOSA 4Y48A 5OZ0A 4ZLSA 3PMYA 4MC2A 5P37A 5I3VA 2IENA 3BVBA 5P3BA 3S7LA 1AAQA 4J54A 5P7FA 1PROA 1EC1A 3PVKA 7HVPA 1W6IA 3INFA 4BFBA 4XX4A 3PM4A 4K4RA 3VG1A 3EKYA 5P5GA 4PZWA 4L7HA 4GJ9A 4R91A 5P35A 3S85A 5P64A 5P3YA 3I6OA 1MPPA 1SDVA 5P68A 2IS0A 5P5HA 2P8HA 5P2RA 5P7PA 2PWRA 4DJUA 4EJDA 1BXQA 1XL2A 4D8CA 2V12C 5P7NA 2ER0E 3SM2A 4I0FA 4CPQA 5SXNA 5HVPA 5P6LA 4D83A 2VJ7A 4Q1WA 4YCTA 1D4IA 4DJWA 2IDWA 3O99A 1T7KA 2BKSA 3ZKNA 1D4YA 4B1EA 2B7ZA 3SFCA 1EEDP 1HPSA 2O4SA 1QDMA 4FM7A 5P2WA 2NTRA 5OZOA 4AA8A 1BVEA 3UFNA 2HB2A 1AIDA 3TKWA 1EPME 4A6CA 5P1UA 2IGYA 3TPRA 4Y37A 5P5XA 2JJJA 3DM6A 4YOAA 1OHRA 4B05A 2QZXA 3NU3A 4L1AB 5P69A 3O9EA 4Y4EA 4J0YA 5F00A 3SA4A 2V16C 2Q11A 4CPXA 5P17A 5B18A 1YTIA 3T7QA 5P54A 1W5YA 3QRVA 1FEJC 4I0EA 3VV7A 5P3KA 3GGAA 3KT5A 4L7JA 2O4LA 1EC2A 2HAHA 4APRE 1AVFA 5HU1A 5SY3A 3OHFA 2QMFA 2AOJA 1XN3A 5I70A 2IRZA 5P3AA 5IS4A 2QI3A 5P1VA 5P1TA 3LIYA 5P4CA 1UPJA 2VJ6A 4Y3NA 4B72A 5OYVA 5OZLA 2IQGA 5P2EA 2FDDA 1QBSA 5EZZA 5OYQA 1FFFC 3RU1A 3UF3A 5KAOA 4Y9WA 4RYGA 5P88A 5P84A 5P63A 2QI0A 4LBTA 3UQWA 1AZ5A 3SA3A 5DQ5A 4ZSQA 1K6TA 3DK1A 4Y44A 1RNEA 3INHA 3L5FA 3GI4A 3TL9A 4CP7A 3CKRA 3EL5A 3O9IA 1HVIA 4FRKA 2IL2A 3WB4A 3Q70A 5P6RA 5P60A 5P89A 4FRIA 2HC0A 3O9LA 3HLOA 5P46A 5P6XA 3S45A 4DJYA 4QJ8A 2NNKA 4J55A 1DMPA 2R8NA 5P1GA 5P6ZA 4Y5PA 4LHHA 3BHEA 2B8VA 1FQ4A 3VF5A 3RSXA 4YE3A 5DR7A 1MESA 1ER8E 2VJ9A 5P1OA 5ER2E 1K1TA 3JW2A 4Y50A 4DJOA 4Y4JA 3APPA 4K8SA 1EAGA 4I11A 2Q5KA 4D89A 2OHMA 3D3TA 2P3BB 5P8KA 5P7BA 4AUCA 1Z1HA 2ZYEA 5P2DA 4FRJA 4Y3SA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P66 A;  5OZ9 A;  5P70 A;  1BIL A;  2ZHR A;  5HCO A;  5P6Q A;  5APR E;  3VFB A;  1KJF A;  1N49 A;  2OHP A;  4I1C A;  5OZQ A;  1HIV A;  3OHH A;  5P4S A;  5HU0 A;  4EPJ A;  2I4D A;  3EM6 A;  3TOF A;  5P1D A;  2G69 A;  4Z50 A;  3EKP A;  4ZIP A;  2RKF A;  3ZKS A;  5P3Q A;  2AZB A;  1SH9 A;  3OXV A;  2HS1 A;  5P49 A;  4GJA A;  2ZE1 A;  2IEO A;  2I4X A;  3PWR A;  4YOB A;  4Y53 A;  4ACU A;  2NMY A;  2QI4 A;  3H0B A;  4H3J A;  3QRM A;  2HM1 A;  4FL8 A;  5P6D A;  4YHQ A;  5P67 A;  3WZ7 A;  5P2L A;  5AHA A;  3SA5 A;  2BB9 A;  3HBO A;  4YA8 A;  4DUS A;  4Y4B A;  1MT8 A;  4Z4X A;  1APT E;  5P7E A;  3TOG A;  5P0H A;  2BPX A;  3EKV A;  4I0I A;  3EMY A;  5P28 A;  4Y58 A;  5OZM A;  5P45 A;  3NSH A;  5P0L A;  1HIH A;  1B6M A;  7UPJ A;  3QPJ A;  1F34 A;  3QRS A;  4Y4T A;  4NJV A;  3OAG B;  1LF4 A;  4U7Q A;  1A30 A;  1F7A A;  3MSL A;  5P05 A;  1IZI A;  3UQU A;  4U8W A;  5P4T A;  4QLH A;  5P0O A;  3KFS A;  3I25 A;  3UDK A;  4ER4 E;  1FKN A;  4CMS A;  5P0S A;  2AOD A;  5AHC A;  1LEE A;  1HVC A;  2B7F A;  5OYU A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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