5AGZA

Disubstituted bis-thf moieties as new p2 ligands in non-peptidal hiv- 1 protease inhibitors (ii)
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords PROTEASE
publication title Disubstituted Bis-Thf Moieties as New P2 Ligands in Non-Peptidal HIV-1 Protease Inhibitors (II).
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (z2/cdc-z34 isolate)
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2015-02-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5agzA00
5SXNA 3PBDA 2FMBA 4Y3LA 3VG1A 3K5FA 5P84A 4PZXA 4B1CA 2ER0E 5P89A 3MWSA 4L7GA 5P0YA 2PWRA 3OXXA 4TRYA 5OYUA 3PWWA 1ENTE 2Z54A 3LIQA 5P7YA 4E43A 5IVRA 4ER4E 3VEUA 3DV1A 4KE1A 2ER7E 5P2JA 4HE9A 5P7RA 2O4NA 5P50A 5OZBA 1PPLE 4H3FA 2ZGAA 4CPSA 5I3XA 2QI7A 2ZDZA 1SMEA 4Z50A 4B1DA 1HVKA 5P1FA 3EM4A 2HC0A 4YD6A 4WTUA 4DV9A 5C9FA 3QBFA 1FG6C 2B42A 3TPRA 3L38A 2PSVA 1FQ4A 3PSGA 4EJKA 1XDHA 5P07A 1MUIA 5P6XA 5P3IA 4I0DA 1BDLA 5P0ZA 1SIPA 1GKTA 4FRJA 5P5GA 4L1AB 2AZCA 2RKFA 3KN0A 4KE0A 2Z4OA 5P71A 4NJUA 2VA5A 5P1UA 3UDYA 2FDDA 2FNSA 2HB4A 5P5WA 4QLHA 4FM8A 5P34A 5P2SA 3LNKA 5AH8A 3GGAA 5P1LA 5P3XA 5I70A 5BS4A 4MC9A 4B78A 3VLAA 4J54A 3S54A 2Q3KA 5P4FA 1PROA 5P4UA 4RVXA 4CPQA 2B7FA 5P5VA 4Y4ZA 1D4HA 2ZHTA 4Y3PA 4D88A 2NMZA 3PGIA 2I4QA 2WHHA 4GJ8A 5P4QA 4CP7A 5P6HA 3SAAA 5BRYA 1EAGA 3ZLQA 5P79A 2HPFA 4Y3JA 5P3JA 2QI4A 4BELA 5P3UA 3HVPA 4GIDA 2IGYA 5E5JA 3O9LA 3S56A 4Q1XA 1FQXA 1HVLA 4Y57A 1YTGA 1AJVA 4OBZA 1B5FA 3PLLA 5P7BA 3GI6A 5P70A 4WY1A 3EKQA 1G2KA 4DI2A 1KJ4A 4CPWA 2UY0A 5P45A 4L7JA 4J0ZA 3NDXA 3CMSA 5P47A 4Y4JA 3VV8A 4GB2A 1APWE 2IKUA 1MT9A 4EJLA 3R2FA 3O9DA 5P24A 3I6OA 2F80A 3ER5E 2WF0A 3VFBA 4RRSA 1Z1RA 2P3CA 2APRA 5P33A 5P8OA 5P8BA 3BXSA 5P6WA 5HU0A 4Y9WA 5P6DA 3RTNA 3ZKMA 3TTPA 3KM4A 4Y5KA 3ZPSA 1D4KA 2OHRA 3I25A 5B18A 2QZWA 1MSMA 5P77A 1SDVA 2BPXA 1DAZC 2P3BA 5P46A 5UPJA 3INDA 2G27A 4CPUA 1W6HA 5P8MA 3L5CA 3OAGB 1EPOE 3NUJA 1T7KA 5P4LA 5P5MA 5P0PA 3GGUA 5IE1A 5OYSA 5JODA 4NJSA 3OQ7A 1YX9A 2ZHRA 4K4QA 4ZPFA 2XYEA 3SFCA 4ZIPA 3VYEA 4DH6A 1GNMA 1Q9PA 5P0TA 1IZIA 2IKOA 1FFFC 3U7SA 3PEPA 3IXJA 2QMDA 3DK1A 3MSKA 4BFBA 5P1YA 2QU2A 5P10A 4J1IA 3OGQA 5P4HA 3NR6A 3NXNA 5P35A 2MIPA 4Y5CA 1LYWB 3VCMA 5P06A 1AVFA 1FF0C 3RU1A 2AIDA 5OYRA 3L3AA 2I0DA 5P5RA 2QI1A 5P2UA 1HVCA 1SIVA 3UF3A 4ZPGA 3PRSA 5P8DA 3UDKA 3S7LA 5P5KA 5P8LA 1T7IA 3UDQA 3G6ZA 1RNEA 2HS1A 5P17A 4D89A 3EKWA 4J1HA 5OZRA 2A1EA 5P4NA 1G35A 3L5DA 4TVHA 1TQFA 1E5OE 5P8CA 4FRKA 1QRPE 3KF0A 2XFJA 3L5EA 4FAEA 4XX3A 3GI4A 1BDQA 5P8KA 4DQGA 3VF7A 4RYGA 2R5QA 5P86A 5P61A 4RVJA 5P1WA 2OHSA 3NU5A 4OD9B 2WEDA 1GNOA 3PSYA 1HEFE 5P1TA 5P3NA 5P1JA 3Q5HA 1HPOA 1BXOA 4D8CA 3VYFA 4EJ8A 2AOFA 4GJDA 4YBIA 2G24A 3LPKA 5P1EA 5P8SA 4FGXA 2G94A 3EXOA 1EC1A 1ZAPA 5F00A 3DCRA 2BPYA 3LIVA 4R5NA 5P2HA 5P6UA 5P6OA 1FMUA 1B6JA 3OHFA 5P01A 1RL8A 5P39A 3ZKQA 2WEAA 3VF3A 3N3IA 4ER1E 1PSNA 1U8GA 2RMPA 1MERA 3NDTA 2QMPA 5P15A 1RQ9A 2NPHA 2RSPA 1SDUA 5P4PA 5P3GA 5COPA 5IVSA 5P2QA 5P6QA 2B8LA 4Y43A 5P3TA 2PQZA 3KYRA 5HU1A 4Y4GA 4Q1YA 4D85A 2HIZA 5P8RA 3RSVA 5P7PA 1XL5A 5P3OA 4Y3QA 5P64A 3ST5A 3VYDA 2VA6A 4A6CA 5P1PA 5OYYA 1PSAA 4X7IA 3PWMA 5P2GA 5P52A 1LEEA 4TRZA 5KQZA 5P43A 1E81E 2JYSA 4QJ9A 1HEGE 1ZLFA 2Q55A 2P8HA 3QBHA 5P2AA 2AZ9A 5P19A 1ODYA 2FDEA 4L1AA 2UXZA 4DUSA 4XX4A 2Q11A 3LPJA 3D1XA 5P7GA 1AIDA 2IQGA 5OZTA 5P28A 5P0GA 1HTGA 1LYAB 5P7LA 1EPRE 5P5TA 5OZNA 5P4YA 2WF3A 5P5OA 5P58A 1K2BA 5ISJA 5HDZA 4Y3WA 1GVUA 1APTE 2QHYA 3QVCA 4M8XA 5TOLA 2RENA 1JLDA 4PYVA 5P2BA 4YDGA 5P23A 3INFA 2PK6A 2AODA 3TPJA 2I4WA 4Y37A 1E82E 1DIFA 2FXDA 5OZOA 3PI5A 3PCWA 5P3PA 5P5LA 3L5FA 4J1FA 3NSHA 5P0XA 1KZKA 2ZJMA 3IAWA 3SA3A 2QNQA 2G21A 4FAFA 1MRWA 5P7FA 1NPWA 2AOJA 3EKVA 5P16A 3OWNA 1ODXA 2BBBA 1BILA 5P85A 1UH8A 5P2XA 1QBUA 5P5JA 4COEA 5IVQA 1ODWA 2VA7A 3S2OA 4Y4EA 4DQBA 2QI3A 4YCTA 3MSJA 5OZ0A 1FLHA 5P87A 1T6GA 3Q6YA 2VIJA 5P38A 1G0VA 3EL1A 4I12A 4D83A 4GYEA 3BUFA 1AXAA 1W51A 2P4JA 3LIYA 4Y36A 4HVPA 5P4TA 2PSGA 3NU3A 1XN3A 4DJUA 4Q1WA 3DCKA 5P7HA 1LYBA 4B0QA 5P75A 2QMGA 2FS4A 4I8ZA 3UDNA 4EYRA 5P0UA 5P6ZA 5JFUA 4H3IA 5P27A 3CIBA 2WF4A 1K6CA 5P8AA 3D91A 3F9QA 5P1KA 4B1EA 3GW5A 4R91A 2QHZA 5P2RA 1CPIA 3INHA 3LZYA 5P7OA 4R8YA 5P13A 5P18A 4HZTA 3SQFA 5P6CA 2NNKA 3PLDA 1G6LA 5P0CA 1D4LA 5OYTA 2R3TA 3DJKA 2BKSA 5P4EA 4AA9A 4RCFA 1ZPAA 5P14A 2OHMA 3PM4A 1YT9A 4DJOA 1EPLE 1EC3A 2PWCA 3S45A 4GJ6A 2O4PA 5P73A 3ZOVA 4NJVA 4RRNA 1ZSFA 1HXBA 3QS1A 3EL9A 5KR2A 3AUPA 4EHCA 5P48A 1HTFA 5OZPA 1EBWA 2UPJA 5P1QA 2AVMA 4JPEA 5P4RA 5P7WA 3NYGA 1SGUA 5P60A 1HIHA 3ZKSA 4H3GA 3BGBA 5P03A 3OUDB 5DQ1A 5P3VA 3PVKA 1HTRB 2WJOA 5P1NA 4ZSRA 1J71A 1AZ5A 5ENMA 3OUAA 3TH9A 5OYWA 5OZJA 3BVAA 4YOAA 4LXKA 3KT2A 3S43B 2R9BA 2I4UA 1B6PA 3RTHA 3DOXA 5DQCA 5P7DA 1B6KA 2ANLA 3NDUA 1ZBGA 3EMYA 3T3CA 2Q64A 4WY6A 4Y58A 5P6IA 4R93A 4PHVA 3SM1A 2F8GA 3SA8A 1BDRA 4K9HA 1LF4A 4JPCA 3O9HA 4OD9A 1FQ6A 3QRVA 4I0JA 2HM1A 4QGIA 1C6YA 5DGUA 4J0YA 2V13A 5P80A 5ER2E 1VIJA 4YBFA 5P5PA 4FSLA 3VSWA 4FIVA 2HB2A 4RLDA 1FG8C 4Q1NA 1HVSA 2G1NA 1BV7A 2R38A 5P65A 2QZXA 2XFIA 3OU4A 2NXDA 1YTJA 4PZWA 2NMYA 3SA4A 5P3ZA 2PH6A 3CKPA 4OC6B 1IDBA 5P11A 3D1ZA 4RVIA 4Y6MA 5OZ7A 2ZJKA 3KFRA 2VJ6A 1F7AA 5AH9A 1HBVA 1MESA 1NPVA 4Y54A 5DR7A 3LITA 1XN2A 3WZ7A 3I2LA 3RVIA 3UQWA 3UTLA 3BUGA 1HSIA 3OUBA 5DR1A 1MIQA 1FQ8A 1HVHA 1GVWA 2EWYA 2WKZA 2J9JB 3JVWA 2FNTA 5AGZA 5P2EA 3UDHA 3OUCA 3SABA 5P78A 5P0MA 3IN4A 1OHRA 4Y3MA 3UFLA 4QJ6A 2IEOA 4AZYA 3UQUA 3PCZA 3ER3E 5P42A 2CEJA 5P0EA 5SZ9A 6APRE 1QBSA 1TZSA 3OXVA 5P7QA 5P5NA 5P6VA 1TSUA 4R92A 5OZXA 1VIKA 3UDMA 1XE6A 1KJFA 3I7EA 1EBKC 5P5FA 3OOTA 2ZHSA 5OZQA 5HTZA 4Y4UA 5P55A 5P36A 3UQPA 5JG1A 2B7ZA 3Q3TA 3K5DA 5P66A 2IDWA 3SACA 2I4XA 5F01A 2OHUA 1D4JA 1YTHA 5P3EA 3QVIA 2O40A 4AUCA 3TKGA 3PSUA 5P0DA 1MVPA 2QZKA 5OZFA 2WEZA 3EBZA 2QD7A 4B70A 3PI0A 1QS8A 4LXAA 3NLSA 5P0HA 3SO9A 5P8UA 4DJQA 1PSOE 5IVTA 1SH9A 5P6EA 2CEMA 2ZHVA 3HD8A 1FIVA 1LV1A 3TPPA 5KR8A 3URLA 1ZJ7A 5P57A 1LZQA 5P3CA 4Z22A 1MEUA 1EEDP 5OZCA 4DQHA 4I0ZA 4J55A 5P40A 4OBKA 3UHLA 5P7JA 3CYWA 4Y51A 1YM4A 5OZIA 4N00A 2VJ7A 5P6GA 1T7JA 1HPSA 2G1RA 1DW6C 5P62A 2AQUA 3OADB 2O4SA 3LZVA 3PBZA 5DQ2A 5DR4A 2Q5KA 5P7KA 5P82A 4YDFA 4RROA 2IENA 2XFKA 4Y4XA 3T7XA 3UDPA 5PEPA 4FSEA 3OXWA 3LPIA 2FIVA 3SA9A 1CZIE 3EL5A 4QJ7A 2ZJJA 1W6IA 5P74A 4APRE 4Y3GA 2V10C 1SMRA 1M4HA 3MXDA 1MRXA 1PPKE 4MC1A 5OZ3A 5P5ZA 5DR8A 5P5HA 2CENA 3EL0A 4Z2ZA 4Y45A 4YCYA 1HSGA 1W50A 3S7MA 3UCBA 1HOSA 5KAOA 5OZGA 3O99A 5KR0A 3WB5A 5P5DA 6FIVA 3IVHA 4JECA 2ZJHA 4DJWA 3VSXA 3O9FA 2BQVA 2O4LA 4XKXA 2R43A 3TOHA 4F75A 3CKTA 7HVPA 2P3DA 1HSHA 2QI5A 1NSOA 3D1YA 4I0GA 4OBFA 5OYQA 5P2IA 1DPJA 4HLAA 2PC0A 1M43A 1OEWA 5P5BA 1HPVA 5P72A 3Q70A 5P8GA 1RPIA 1IIQA 1MT8A 3NWXA 5P4IA 4LXMA 2G69A 3ECGA 1EBYA 1W5YA 4Y47A 5P6BA 3ZMGA 1BAIA 3HVGA 4ZE6A 5P7MA 4L6BA 5P2TA 4RZ1A 2R8NA 2I4DA 5P2VA 2B60A 2O4KA 2ZJIA 3NXEA 4LL3A 3VV6A 3G72A 1RV7A 3IVIA 5P4ZA 3EL4A 4Y3NA 2PYMA 4Y3TA 2PSUA 5HDUA 5P56A 5P6LA 1A94A 4DPIA 5P05A 2G1OA 3IN3A 3QIHA 4F76A 5HDVA 5OZ8A 3OQFA 3MSLA 1XE5A 5HE7A 2NTRA 2V11C 2H6TA 2AVSA 1ER8E 2QD6A 5P5UA 4FRSA 1T3RA 5AHAA 3KFSA 2AVVA 6UPJA 3HAWA 4J0PA 4YD3A 5P6RA 5P2LA 4Y35A 1AJXA 3O9LB 1D4IA 5P8IA 3LHGA 3LINA 4YD4A 3HDKA 5P02A 3EKPA 4OBZB 5OZHA 5P0KA 4EQ0A 1YG9A 5P1AA 1B5FB 1APVE 1UPJA 1QBTA 5P1IA 4J17A 4Y3AA 2BPWA 1NH0A 4Y3XA 1K6VA 5DR3A 2AOGA 3ZPUA 1FEJC 1F34A 4XXSA 3DM6A 3FIVA 1LF3A 5P76A 5KQXA 4KB9A 5P3RA 3LZSA 8HVPA 5P2YA 3BHEA 3O9AA 1W5WA 4OBGA 5P4CA 5P0FA 4DJVA 2QU3A 4GJBA 2VIZA 3GI5A 3OGPA 1GVTA 2AVQA 3WZ8A 4ZSPA 3CICA 1PPME 1BWBA 4QJ2A 3ZKGA 3SKFA 1HVIA 3EM6A 4OBJA 3OOZA 3NWQA 1B11A 2JJIA 1HIIA 2P3BB 1HVRA 1K1UA 2F3EA 4CPTA 4EJDA 1IZEA 4H1EA 4OBHA 2P83A 5P8HA 3RSXA 3IXOA 5P0LA 1Z8CA 4Y4BA 5P8EA 5OZ5A 5P6PA 1C6XA 3PHVA 2PMAA 2WL0A 2F3FA 5P8JA 3T7PA 3SKGA 5P2DA 5P4VA 5P3HA 5P5CA 5P32A 4EQJA 5APRE 4I11A 3OY4A 2OF0A 4FRIA 5P08A 4Y3RA 1KJHA 5P5EA 4QJ8A 5OYXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5SXN A;  3PBD A;  2FMB A;  4Y3L A;  3VG1 A;  3K5F A;  5P84 A;  4PZX A;  4B1C A;  2ER0 E;  5P89 A;  3MWS A;  4L7G A;  5P0Y A;  2PWR A;  3OXX A;  4TRY A;  5OYU A;  3PWW A;  1ENT E;  2Z54 A;  3LIQ A;  5P7Y A;  4E43 A;  5IVR A;  4ER4 E;  3VEU A;  3DV1 A;  4KE1 A;  2ER7 E;  5P2J A;  4HE9 A;  5P7R A;  2O4N A;  5P50 A;  5OZB A;  1PPL E;  4H3F A;  2ZGA A;  4CPS A;  5I3X A;  2QI7 A;  2ZDZ A;  1SME A;  4Z50 A;  4B1D A;  1HVK A;  5P1F A;  3EM4 A;  2HC0 A;  4YD6 A;  4WTU A;  4DV9 A;  5C9F A;  3QBF A;  1FG6 C;  2B42 A;  3TPR A;  3L38 A;  2PSV A;  1FQ4 A;  3PSG A;  4EJK A;  1XDH A;  5P07 A;  1MUI A;  5P6X A;  5P3I A;  4I0D A;  1BDL A;  5P0Z A;  1SIP A;  1GKT A;  4FRJ A;  5P5G A;  4L1A B;  2AZC A;  2RKF A;  3KN0 A;  4KE0 A;  2Z4O A;  5P71 A;  4NJU A;  2VA5 A;  5P1U A;  3UDY A;  2FDD A;  2FNS A;  2HB4 A;  5P5W A;  4QLH A;  4FM8 A;  5P34 A;  5P2S A;  3LNK A;  5AH8 A;  3GGA A;  5P1L A;  5P3X A;  5I70 A;  5BS4 A;  4MC9 A;  4B78 A;  3VLA A;  4J54 A;  3S54 A;  2Q3K A;  5P4F A;  1PRO A;  5P4U A;  4RVX A;  4CPQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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