5ISKA

Endothiapepsin in complex with fluorinated primary amine fragment
Total Genus 85
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
85
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 85
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-03-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5iskA01
2CENA 2HS2A 1YTHA 5AH9A 4PZWA 5OZ7A 4Z4XA 2VIJA 4MC9A 5P3UA 4YCTA 2P3DA 5P42A 2RMPA 2P3BB 5P55A 3G72A 1HSGA 5P2LA 2ZJKA 1K6PA 4DI2A 3VG1A 1YT9A 2VJ9A 3GGVA 4AZYA 1AVFA 1HVCA 2VIYA 3VV8A 5P23A 4NJUA 5I3XA 5P5AA 4RVXA 5ER2E 4ZPEA 4DJXA 4Z22A 4KE1A 2V11C 4RVIA 5P1IA 3ZLQA 4B1EA 1OEWA 2WECA 3LIQA 3VF7A 4D88A 1T3RA 3MSJA 1LF3A 2VJ6A 5P65A 1D4SA 1LYAA 3ZKGA 5P0BA 2HB2A 4L7JA 2BPVA 3CKPA 1VIKA 3NYGA 2CEMA 5OZGA 5P7CA 5P4KA 4B70A 4U8WA 2QMGA 4DJUA 5P0LA 2QZWA 1PSNA 3KM4A 5P7AA 5P83A 5OYSA 4JPCA 3S43A 1F7AA 5P36A 3CYWA 5P39A 4HA5A 3UDHA 3HAWA 1TQFA 4LXKA 3TPJA 3VSXA 2FDEA 3S7LA 3OGPA 5P1NA 2R38A 3IGBA 4DVFA 5C9FA 3OGQA 4S1GA 3SFCA 3HBOA 1EBWA 1EBZA 3NDWA 5P30A 5P44A 5P62A 2ZJIA 5P1BA 5P0VA 5P0MA 3OADA 3SO9A 3NUOA 5CONA 2QMPA 5P29A 1FMBA 5P6YA 5P11A 4B77A 1GVXA 3FSMA 3IXOA 2QI7A 2AVMA 4YHQA 1FQ6A 5B18A 5HU1A 5P8CA 2BB9A 4Y4JA 2O4LA 3O9FA 4Y4ZA 3S7MA 5P2GA 1SDUA 4CPSA 3OXXA 5HU0A 5P3LA 4YD3A 3MWSA 1HVIA 4J0YA 1BV9A 1DIFA 3HAUA 2OHKA 3EKWA 5P3GA 5OZJA 2G1SA 2A4FA 5P7NA 3CICA 1W5YA 5FIVA 2I4XA 5P5GA 2Z54A 5P3JA 5P3VA 5P06A 2QU2A 3OXCA 3OXVA 1ODWA 5P5YA 3LINA 3UDPA 4Y5PA 2PQZA 4GJDA 5P2BA 3LIZA 1DMPA 5P8UA 5P4VA 5KR2A 3OU4B 3EBZA 5P1DA 5P17A 3Q70A 5P2RA 1HSHA 2JJJA 4DJVA 5P43A 4CPWA 3QBFA 2MIPA 5P6WA 4WY1A 4ZSPA 2Q63A 5P3SA 2PYMA 4OBFA 4Y3ZA 5P6LA 1A30A 4HZTA 4CPTA 5OZ0A 4F76A 2QI6A 4B0QA 4RGHA 1FQ4A 5P4QA 2PWRA 3INEA 4ER1E 1TCWA 5P84A 2OHPA 3K5DA 4I8WA 2I0AA 5HE4A 2OHTA 3FKTA 2F3EA 3BVBA 2OHLA 2QNQA 5HE5A 3T6IA 4FM6A 5P2TA 4WY6A 4ZSQA 3LZUA 1K2CA 2WF0A 3SKGA 3NDXA 5P6KA 5P00A 5P2OA 2ANLA 1LYWA 4ZEAA 4Y4WA 1B6LA 3EC0A 2ZHTA 3HW1A 4K4PA 5P6SA 1B6KA 3UDNA 5P5SA 5P67A 4YBFA 4OD9A 1W5WA 5P6UA 3G70A 4I0GA 5P8NA 5P0QA 4WTUA 2WF1A 1IDBA 3R4BA 3I6OA 1ODYA 3S53A 2AIDA 1ZSFA 4RRSA 1UPJA 5ISKA 2IGYA 4GJ9A 1APUE 2V00A 1NSOA 5P1MA 3RTHA 5KOQA 1W50A 3O9CA 3OOZA 3PSYA 3IAWA 5P2WA 5IVRA 1G0VA 1HIIA 3QP0A 5P32A 1W5VA 2AVQA 2I4DA 3IN4A 5HDUA 5P3TA 1C6XA 3SPKA 1BIMA 5AHAA 3GGAA 5P4AA 3VUCA 3ZMGA 3QROA 4FM7A 5P4CA 5P1AA 4EJDA 1B5FA 5P18A 1IZDA 2G21A 5P0RA 2FS4A 4Y3DA 3RSXA 4BEKA 5P7KA 3VFAA 1FMXA 5P35A 3RSVA 3BUHA 1ZAPA 5HVPA 2WEDA 4Y5KA 3VCMA 4ACXA 5P0CA 5P1SA 2IKUA 1Z1HA 2PK6A 3H0BA 2FLEA 3VF3A 5OZ4A 2O4PA 2I4VA 2I4QA 5IVSA 5KR1A 3OUDA 4K4RA 2NXLA 4PPHA 1HPXA 4NJTA 1BDLA 5KQXA 5P7MA 3OOTA 4R92A 5P50A 3QRSA 5P3IA 5DQCA 2I4WA 2FDDA 5P73A 3DCKA 3KT2A 3Q6YA 4D8CA 3SA8A 4A4QA 1EAGA 2ZHVA 1EPNE 3OQ7A 1APWE 4Y3TA 1AJXA 1C6YA 5P56A 2ZYEA 5HE7A 2F3FA 5P8HA 5P88A 4R95A 3HDKA 5P61A 3SQFA 2IL2A 2QHZA 1HIVA 2R3WA 5P0WA 5P77A 1E80E 3Q5HA 2EWYA 5P5DA 5AGZA 3AUPA 5P1CA 4DPIA 2PYNA 4L1AB 4Y45A 2IGXA 3CKRA 1A9MA 3O9EA 4YOAA 3TPLA 3OQAA 4J1CA 2WEAA 5DQ2A 4ZPGA 5DPZA 2HIZA 3EL1A 2QHYA 1MT7A 2NXMA 2JYSA 5P8MA 5DQ1A 4GJ5A 3BXRA 4ER4E 1ER8E 3PB5A 2BBBA 1PPME 1EPOE 1HSIA 3MXDA 1B6JA 5P6HA 3KFNA 5P1GA 5P7LA 1A8KA 4Y53A 4YDFA 1MERA 5P78A 2Q3KA 1ZSRA 4FAFA 4Y5EA 4DQCA 3R2FA 5EZXA 5T4SA 1EPQE 2OHUA 2WJOA 3NXEA 2BQVA 4RLDA 1HVKA 5OZHA 4DQBA 3ZKQA 3APRE 3QAAA 3QIHA 5P45A 4U7VA 3JVYA 4ACUA 1CMSA 1EPRE 2B42A 1A8GA 3WZ8A 4GJCA 4EHCA 3L58A 3RTMA 3L5CA 5P6DA 4B1CA 3FNSA 2UXZA 1SDVA 1T7KA 6FIVA 1LYBA 2PC0A 5P7JA 5P5LA 2R43A 5P69A 3CYXA 2J9JB 2QI0A 5P27A 3OAGB 3B80A 5P58A 3OUBA 4RCEA 1GVWA 4K8SA 4Q1YA 4GB2A 4I0EA 3IA9A 4DJYA 3SA5A 5P4NA 5P7RA 4AUCA 1HPVA 3AIDA 4J54A 5P02A 4EP2A 5APRE 2FXDA 2G22A 1BILA 3NU3A 5P3HA 5P8TA 5DR1A 3N4LA 3PHVA 4NPTA 4B78A 1CPIA 4PZXA 1LEEA 4B72A 2PSGA 5OZPA 2R5QA 5P13A 5OZSA 1SGUA 3U7SA 4ZE6A 2WF4A 3I7EA 1HPOA 5P14A 2QZXA 5DGWA 5P6NA 3NU6A 2F8GA 2VNNA 3INFA 5P1WA 3BC4A 4J1IA 3CIDA 5AHCA 1PROA 2F3KA 4Y3PA 5P6MA 3UQUA 2I4UA 4DPFA 2NPHA 5P7GA 4DJOA 1PPKE 5P6OA 4EJKA 3APPA 3HVPA 5OZYA 3O9LB 2VNMA 4CPRA 4IVSA 5P5HA 5P7YA 3NWQA 2AODA 4Q1XA 2IKOA 4TRWA 1MTRA 5AH7A 3UDKA 3PSUA 5P1PA 5P4PA 2HB4A 3DCRA 3ZPTA 2OHNA 3ZPSA 3BRAA 3CMSA 4I11A 3L5BA 2AVSA 5P3BA 4EJLA 5P4UA 2IEOA 5P28A 1W51A 2AVVA 5P1EA 4DJWA 4HDBA 4HVPA 1M4HA 4OBGA 5E5JA 3SKFA 4NJVA 5P1XA 5P81A 4OBDA 1U8GA 1B11A 5P1OA 3BHEA 3CIBA 5P80A 2B7ZA 5DR0A 4AA9A 5P5IA 5AH6A 5ENKA 4J1HA 4LBTA 1AIDA 1MSMA 5P8JA 2XYEA 2FMBA 4Y3XA 1M43A 4I0FA 5KOSA 5KQFA 5P1RA 5P4LA 5P51A 5P1QA 4EYRA 1GKTA 5P4IA 3S43B 2PMAA 5P4MA 3EKPA 4DQGA 2RENA 2OAHA 2QU3A 1FMUA 4R8YA 1EC3A 4M8XA 5P3RA 2ZE1A 1DW6C 3D1XA 1TW7A 4Q1WA 5OZMA 1TSQA 3EL9A 1SIPA 5P7BA 4QJ9A 1E81E 4Y3QA 1EC0A 1PPLE 2AOHA 5TOLA 3EM6A 5P0DA 3QBHA 5P63A 2AOEA 1YTGA 4DJPA 5AH8A 3S45A 3A2OA 3OADB 1QBRA 4HDFA 4DQFA 5P7UA 5P09A 2AOGA 3KDDA 5P2EA 5CLMA 1BV7A 4Y3RA 2AOIA 5P19A 3D20A 4XX4A 1NPWA 4Y3SA 1RV7A 3C9XA 1APTE 3GW5A 5P2XA 2QNPA 3T11A 3QVCA 1XE5A 5P20A 5P52A 3TH9A 3NUJA 3L5FA 4Y51A 3IN3A 1W5XA 5P3MA 5P0IA 3IXJA 4GIDA 3U6AA 5P4HA 5P8VA 4YE3A 3ZKSA 1ZPAA 5P5PA 3KMYA 3PRSA 5P5KA 5JFPA 5HDZA 1N49A 4AMTA 3ZPUA 1EBYA 5I70A 4R91A 1W6HA 4YD7A 4H3GA 2ZHUA 2VA7A 5P7XA 3L5EA 5OZKA 4A6BA 5OYZA 5P3QA 5OZXA 2NTRA 3OWNA 2VJ7A 4Y3LA 1K2BA 3GI5A 5P6BA 3D91A 1MPPA 3R0YA 2BPZA 4EJ8A 5OYRA 3EKVA 2Q15A 4Y54A 3TOGA 5P2SA 3LNKA 2QHCA 3ZL7A 2G26A 3OU1A 1AJVA 3NU5A 5J25A 5P5RA 1Z1RA 4R5NA 3S54A 5P33A 5P8DA 1WBKA 4A6CA 3PLDA 2HS1A 3S2OA 2QMFA 4CMSA 2FGVA 1LV1A 1BVGA 1IDAA 1ZJ7A 3FNTA 4K4QA 5P8KA 3TL9A 2P4JA 1ZBGA 1HRNA 5P38A 4Y4GA 4KE0A 5P2VA 2PSVA 2AZBA 4QJ2A 5P5MA 2QI3A 1FFFC 1QS8A 5DQ5A 3L5DA 5P0ZA 1FEJC 3DK1A 3K4VA 3UFLA 1AXAA 1SH9A 3GI4A 1FQ5A 2QMDA 3PWRA 3PI5A 2G20A 4TVHA 5P22A 4XKXA 5P01A 2P3AA 4N00A 2BKSA 1LYWB 1HVJA 1G35A 4Y44A 1HPSA 1D4YA 1YX9A 1QBTA 4Y5CA 4OC6A 4GJBA 5IE1A 4ER2E 4OD9B 4LXMA 4Q5MA 4Y3NA 4B00A 4DQEA 4E43A 5P3EA 4EQJA 5P4SA 2P3CA 4DFGA 2NXDA 3T7QA 1QRPE 4Y4UA 5P4JA 5EZZA 5P60A 4Z2ZA 3I2LA 3QVIA 5COOA 1XN3A 3U71A 3QI1A 3L59A 1K6CA 3NR6A 4XX3A 3Q3TA 2V16C 5KR8A 3L3AA 5OYQA 3QRVA 1K6VA 2UPJA 1MSNA 2BKTA 4Y5GA 4K9HA 5P15A 3FIVA 5P49A 3URJA 5P48A 1IVQA 4JP9A 5P4BA 5P1HA 2FXEA 1B5FB 1SDTA 2FNSA 1FGCC 5P8PA 3EKYA 4Y4BA 3PGIA 2PSUA 4R93A 3PCZA 3PM4A 2ER0E 5P2NA 5P2UA 4Z50A 2WKZA 4Y43A 4Y56A 2VKMA 3UQWA 2XFKA 5P6VA 5P10A 1DAZC 4J0VA 5OYYA 3SM1A 5P54A 2B8LA 4APRE 1HTFA 4FM8A 5OZ3A 3LPIA 2O40A 2NMYA 3OUDB 4QJ7A 5P05A 5P2AA 4JECA 5P37A 3ER3E 2NMZA 3NU4A 5P4OA 4RVJA 5OZAA 5P85A 3T7XA 1RNEA 5P76A 2AZCA 4PEPA 4MC1A 3FNUA 5I3YA 3EXOA 5P31A 5P16A 1J71A 2VA6A 1C70A 3PWWA 1DP5A 3IXKA 5HCOA 3VSWA 4ZIPA 4Y4XA 5OZZA 2O4NA 1HHPA 4D83A 5P6JA 5P1ZA 5P4TA 2HC0A 3EM3A 3T3CA 3FX5A 4Y5LA 2F81A 2QI5A 2FGUA 5P7SA 5P3ZA 2I0DA 1CZIE 4XXSA 1HEGE 3EKXA 2APRA 4FSEA 3UDMA 4Y36A 4IVTA 3DOXA 3EL4A 4B05A 4Y38A 1MRXA 1MUIA 5OYVA 3PSGA 3RVIA 4ZSRA 5P0OA 1YM2A 2OF0A 5P4DA 3UDYA 4D85A 1TSUA 5P6IA 4CKUA 1XDHA 3JVWA 4EXHA 2AOJA 5OZWA 1MTBA 3PVKA 1QBSA 5P2MA 2QI4A 5P0TA 7UPJA 1BAIA 4Y3YA 3UQPA 2PH8A 3QPJA 3NSHA 5P8IA 4Y5NA 1E5OE 2H6TA 2UY0A 1SMEA 3N3IA 5OYXA 1LF4A 4QJ6A 3D1YA 5P47A 4YD5A 5JG1A 2QD8A 5P6QA 3CKTA 4Y3WA 4I10A 3NU9A 2ZGAA 3OXWA 1HEFE 1SIVA 4ZLSA 1GNOA 5P74A 1B6PA 1JLDA 1HOSA 4RYCA 2OHRA 3VFBA 4LL3A 3R1GB 5P46A 5P5TA 3K1WA 3PWMA 5DR4A 1NPVA 1LYBB 3OU3A 1MRWA 4OBJA 3UHLA 3ECGA 5HD0A 5P72A 1K1TA 5P07A 4Y58A 5SZ9A 4Y3AA 2Z4OA 4GJ7A 1GVTA 5P4FA 3BVAA 5P04A 5P7WA 3TPPA 1KJ7A 1BXOA 2IENA 1UH7A 5P7OA 1ZTZA 4DQHA 5KQZA 4OBHA 3IVHA 4M8YA 1IZHA 5P6FA 7HVPA 1TZSA 3LITA 1FQXA 5P3AA 5P7VA 4Y4EA 5P5VA 1D4KA 2VS2A 5P59A 4I0HA 5P71A 3PCWA 5P8QA 4HDPA 3UDRA 3K5GA 3SLZA 5P6XA 4FRIA 3FV3A 1LS5A 3ZOVA 3TKWA 1OEXA 3L38A 4H3IA 1PFZA 5P7EA 3BXSA 2B8VA 5SY2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2CEN A;  2HS2 A;  1YTH A;  5AH9 A;  4PZW A;  5OZ7 A;  4Z4X A;  2VIJ A;  4MC9 A;  5P3U A;  4YCT A;  2P3D A;  5P42 A;  2RMP A;  2P3B B;  5P55 A;  3G72 A;  1HSG A;  5P2L A;  2ZJK A;  1K6P A;  4DI2 A;  3VG1 A;  1YT9 A;  2VJ9 A;  3GGV A;  4AZY A;  1AVF A;  1HVC A;  2VIY A;  3VV8 A;  5P23 A;  4NJU A;  5I3X A;  5P5A A;  4RVX A;  5ER2 E;  4ZPE A;  4DJX A;  4Z22 A;  4KE1 A;  2V11 C;  4RVI A;  5P1I A;  3ZLQ A;  4B1E A;  1OEW A;  2WEC A;  3LIQ A;  3VF7 A;  4D88 A;  1T3R A;  3MSJ A;  1LF3 A;  2VJ6 A;  5P65 A;  1D4S A;  1LYA A;  3ZKG A;  5P0B A;  2HB2 A;  4L7J A;  2BPV A;  3CKP A;  1VIK A;  3NYG A;  2CEM A;  5OZG A;  5P7C A;  5P4K A;  4B70 A;  4U8W A;  2QMG A;  4DJU A;  5P0L A;  2QZW A;  1PSN A;  3KM4 A;  5P7A A;  5P83 A;  5OYS A;  4JPC A;  3S43 A;  1F7A A;  5P36 A;  3CYW A;  5P39 A;  4HA5 A;  3UDH A;  3HAW A;  1TQF A;  4LXK A;  3TPJ A;  3VSX A;  2FDE A;  3S7L A;  3OGP A;  5P1N A;  2R38 A;  3IGB A;  4DVF A;  5C9F A;  3OGQ A;  4S1G A;  3SFC A;  3HBO A;  1EBW A;  1EBZ A;  3NDW A;  5P30 A;  5P44 A;  5P62 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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