2ZHUA

Crystal structure of bace1 at ph 5.0
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
387
structure length
370
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Crystal structure of an active form of BACE1, an enzyme responsible for amyloid beta protein production
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 370
sequence length 387
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-02-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2zhuA02
1B6MA 2R8NA 5P5CA 3WZ7A 4Y3AA 2ZJIA 1D4HA 3ZLQA 1GVTA 3L5CA 3ZKGA 4ZSPA 5HD0A 2O4KA 1KJHA 5ENKA 5P1AA 2CEJA 2R5QA 1HVLA 3K4VA 2B7ZA 2QI0A 3LHGA 4DJUA 3NLSA 3UDHA 4B1EA 4Y3XA 4LL3A 3TPRA 5P6KA 2WEDA 3NSHA 4GJ5A 5P4YA 2F80A 5IVQA 2OHUA 1ZPKA 1TSQA 3HDKA 3PMUA 4AUCA 3O9CA 5P1NA 4FLGA 3O9HA 2QMDA 4FL8A 3PBDA 5P2BA 4FGXA 3KA2A 5P0EA 3S8IA 3O9DA 5HU1A 3T3CA 4OBZB 5P03A 5P08A 3SO9A 5P25A 1BXQA 5P07A 5AGZA 1K6PA 2ZJLA 6UPJA 3OGPA 5P3CA 3SABA 1T7IA 5P8CA 4FAEA 2O4LA 5ISKA 1MSMA 4LXKA 5OYUA 5P0TA 4J0ZA 2WF3A 5P3LA 5P6YA 4AMTA 3OXCA 4EJLA 3CICA 1LEEA 1W5XA 1HIVA 4OD9A 2VNMA 5KQFA 1CPIA 5P3XA 5P1EA 4DQFA 3UQPA 3NU4A 1FF0C 3S53A 1LYAA 5P27A 1META 3D1XA 5P7DA 4CPUA 1D4JA 4Y3GA 2OHMA 2VA7A 1HHPA 1VIKA 5APRE 2G1RA 4OBGA 3JVWA 5P4MA 5SY2A 1SP5A 7HVPA 1CMSA 1HXWA 5P5LA 5P4DA 3UF3A 3SA7A 5OZOA 2B7FA 4DJPA 5AH6A 3EM6A 5P6VA 5P6BA 4HEGA 5OZVA 3ZKSA 3SA8A 1HBVA 3IXJA 3O9EA 5P0MA 2BPXA 3KFNA 4TRZA 5P4XA 4NJVA 1E80E 2F3EA 5P0XA 3LIZA 4L7JA 5OZSA 2AOGA 5P5AA 2P3DA 2PSGA 3SKGA 2QI4A 1FQ8A 1HVCA 5P77A 4Y4JA 5J25A 3NU5A 4A4QA 5P2LA 1C6YA 3EBZA 1B6PA 1AJXA 3I8WA 3OQKA 5P6ZA 1PSOE 3VF3A 2QAKA 4Y5NA 5P1PA 1TCWA 5P29A 5IVTA 1A94A 5P87A 2G69A 5P7UA 1RNEA 1XE5A 5P7ZA 2I4DA 1W5YA 2I0AA 6FIVA 2QMPA 3OUDA 2IEOA 4I0GA 2VIEA 4CPTA 2VNNA 3FX5A 5OYYA 5P52A 3ZPTA 4CP7A 4QJ9A 2R5PA 4H3JA 4YOBA 3DM6A 4Y4BA 5P7LA 1APWE 5P68A 1MT8A 5P2YA 4Y39A 4Y3QA 1TQFA 5P7SA 3GI5A 3ECGA 1FGCC 3OUAA 4J54A 5P5EA 5OZHA 3S43B 3OUCA 3T7QA 5OZCA 5OZMA 5P0JA 4X7IA 2RSPA 1LYBA 4GJDA 3KDCA 1WBKA 3KFSA 3CYWA 2FIVA 3TPJA 3KF0A 3GI6A 2JYSA 3SLZA 3G72A 3PLLA 4YCTA 3IN4A 5P1YA 3MWSA 5P5DA 2PH8A 4I10A 5HE7A 4H3GA 4KUPA 4DQCA 5OYZA 2OHTA 1A9MA 5P74A 5P7HA 4Y36A 2O40A 5P12A 5P8KA 2AOIA 4D83A 3O99A 4JECA 4KB9A 3NU9A 1T6GA 5OZ2A 4Y6MA 5P5PA 5KR0A 5SXNA 5OYRA 3IA9A 3HVGA 2WL0A 5P1QA 3U71A 1B11A 5P8HA 2VJ7A 4Z22A 5P3UA 5FIVA 3R1GB 3LZUA 5P7KA 3EL5A 5KOSA 1UH8A 5P5HA 3KYRA 3BVAA 3B80A 3NWQA 3UDJA 4DJVA 5P2CA 2FNSA 2P8HA 5P47A 1YM2A 1TW7A 1EPME 4NKKA 2V00A 4R8YA 2ASIA 3BGBA 1DP5A 1TZSA 2HS2A 3S85A 4LP9A 5P2EA 5P67A 2ZHVA 2G20A 3DV1A 4RLDA 4FAFA 4DQHA 2R3TA 4F76A 2HIZA 2NPHA 5OZPA 5OZ7A 5P11A 3PWMA 2ZHSA 4FCOA 1HIHA 4Y5CA 2R43A 5P3AA 5P2GA 3HLOA 4U7VA 5P8BA 2Q63A 5P85A 2IQGA 4B72A 2AQUA 2MIPA 2QI1A 2Z4OA 5P35A 3UTLA 3VSXA 2PC0A 5KOQA 1G35A 3BXSA 3O9LA 1EBYA 2JE4A 1EPNE 1QRPE 3URJA 3L5BA 1XS7D 5P57A 2WJOA 3EM3A 4B0QA 5P22A 2P83A 3ZKMA 3EKVA 4Y53A 4OD9B 1SMRA 1EBKC 3EKXA 4RVJA 3TL9A 5P0AA 3NYGA 5HDZA 1LYAB 5ENMA 4Y5AA 5HDXA 2IENA 1ZJ7A 5P4PA 3DCKA 3VYFA 1SMEA 5P32A 5P2TA 5P28A 5OYVA 3FIVA 2ZJKA 4HVPA 3CMSA 4NJUA 3PLDA 5OYSA 2OHNA 4RROA 4R92A 4Y3HA 2JJIA 4DV9A 3OOTA 3TNEA 4IVSA 3NDTA 1BDLA 3OAGB 3K1WA 1PROA 1NH0A 5P42A 4D89A 3ZMGA 4I0IA 5P2MA 5CLMA 5ISJA 2UXZA 3PCZA 3VYDA 2BPZA 2NMZA 3BC4A 5P7GA 2PMAA 5IVRA 2ZHUA 5P5XA 5P5YA 5P8FA 4TVGA 4B78A 5OZ4A 5P2FA 1RPIA 4PHVA 3CIDA 5OZ8A 2G1NA 1K1UA 1ODXA 5P7MA 2J9KA 5P1HA 4RRSA 3NUJA 6APRE 3O9AA 3QRMA 3I2LA 1MIQA 1ZP8A 3QVIA 1FLHA 1W6IA 4WY1A 3BUFA 5ER2E 4J1HA 2QCIA 2J9JB 4YBIA 5P2JA 5P2OA 5P3DA 3JVYA 1Q9PA 1MEUA 1HTFA 5KR1A 2XFIA 5P76A 1WKRA 4OBFA 5P6OA 4YDGA 3OUDB 5P5RA 3LIQA 2G21A 3Q6YA 4Y58A 2SAMA 5P3KA 3RTMA 2NNPA 4DJRA 4YDFA 5ER1E 4RCEA 3UDNA 5P5NA 3O9FA 3TLHA 1FFFC 5AHCA 5P63A 4Y9WA 1FQ7A 5KQZA 2QZWA 5HDVA 5P55A 3K5CA 3VF5A 3CKPA 4I8WA 2F3FA 2O4NA 3KMXA 2NTRA 5P24A 5OZIA 2F3KA 4GYEA 5P2KA 2R38A 1FEJC 4HA5A 1LYBB 2FDDA 4PYVA 4EPJA 1K6CA 1J71A 3OXVA 1FMXA 1EBZA 2O4SA 5P14A 4GJ9A 3H5BA 1MT9A 4B77A 4Q1YA 1E5OE 3Q70A 1T7KA 5P58A 3QIHA 1LF4A 1HPOA 4J0PA 5OYWA 2A1EA 5P2UA 3UFNA 3OTSA 2BPYA 3S45A 3GGAA 2QD8A 1W6HA 3S56A 3I6OA 5P0KA 5P05A 2I4XA 3PWWA 2PYMA 5P70A 5P3YA 3T11A 1OHRA 2PH6A 5P1GA 4DH6A 1ODYA 5P59A 2HM1A 1EPPE 3ER5E 4ZE6A 4YD3A 5KR8A 2CEMA 5HCOA 2Z54A 2QZKA 5P5SA 1NPWA 1IVPA 3INDA 3R4BA 3VLAA 1XDHA 3QROA 3HVPA 1GVVA 3OK9A 4J0TA 3ST5A 4I1CA 1DW6C 5P13A 1W5VA 5P1XA 2F81A 4B70A 1D4SA 5P7TA 3OQAA 4EXHA 4RGHA 2BQVA 3PWRA 5P38A 3AUPA 2XYEA 2PYNA 1NPAA 3EKQA 5I3VA 5C9BA 4LHHA 5P1WA 2JJJA 1C70A 3QN8A 5P2WA 3OXWA 5OZDA 2VJ6A 3RSVA 2FXDA 1HVRA 3RSXA 4Y3DA 5HE4A 1GVUA 1IZHA 5P17A 3GI4A 2FLEA 5I70A 3EKTA 1QBTA 2QNPA 4CPRA 5P1CA 4MC9A 4E43A 5P7CA 1SGUA 4Y4AA 5P1RA 5P7OA 5OYQA 2QD6A 4D8CA 2I1AA 3PCWA 5P45A 4M8XA 2UPJA 5P10A 3O9LB 1GVWA 4FM6A 5P3OA 2QMFA 1FQ5A 3GGXA 1ZAPA 3S2OA 2QZXA 3Q5HA 2NXLA 3SAAA 2ZYEA 2QD7A 5P0LA 5P2SA 3WZ6A 5DPZA 3S54A 1PSAA 3QI1A 4L7HA 4OBJA 5DGUA 5I3YA 5P4SA 3ZKXA 2EWYA 1D4LA 3PRSA 5DQ4A 1RQ9A 5P0FA 5P19A 3G70A 1IZIA 1TCXA 2NXMA 1LS5A 3MSLA 3UDKA 5OZRA 2VA5A 5T4SA 1BXOA 4K4PA 2PSVA 3PBZA 5P6DA 4CMSA 4DQGA 5P80A 1FMUA 3OOZA 1MUIA 1K6VA 1XL5A 4ER4E 1RL8A 4KE1A 1EC3A 4GJ6A 3SFCA 1QBRA 4Y51A 3IAWA 4B00A 2PWRA 4JPCA 4LXAA 3IVIA 2G27A 3OWNA 2QU2A 3EL4A 3MXDA 5BWYA 5P3RA 5P6JA 1SDTA 4DVFA 5DR3A 5P6CA 3UDQA 1E82E 1EC2A 1HPXA 5P6SA 1HRNA 5F00A 5P7BA 5OZ0A 2HB4A 5OZ5A 1T3RA 3NWXA 2NXDA 4DFGA 4RVIA 1MRWA 5P5KA 5P0NA 5P3IA 2PSUA 4GJ8A 3OY4A 1YTJA 4I11A 1OD1A 3OQFA 1SBGA 4QJ2A 5HU0A 1D4IA 2P3BA 1ME6A 3KFPA 4OBKA 2OHPA 3NR6A 1MTRA 1SIVA 5KQYA 3T7PA 2QHYA 1EPOE 1LF3A 4FRSA 5P4WA 2VA6A 3L3AA 3BHEA 1U8GA 3OQDA 5JFUA 3QAAA 3N4LA 1EPQE 5P8LA 2V12C 3NDUA 2QNNA 3D91A 5IS4A 3HD8A 4Y3RA 1BDRA 1M43A 1GKTA 5E5JA 4H3FA 3FV3A 1FIVA 5P6HA 1BAIA 2G94A 3N3IA 2QNQA 3TKGA 1W51A 3KT5A 4XX4A 1HTRB 5P6TA 3M9FA 2NNKA 4Q1XA 3ER3E 2R3WA 5P18A 4Y47A 1YTIA 2WF1A 1HEGE 3IXKA 4ZSMA 5P7PA 2BB9A 4APRE 1APUE 4PPHA 3SA3A 5P5JA 3L5DA 5P3SA 1AIDA 2AZ9A 5P1JA 5P30A 3U7SA 2FGUA 4A6BA 2Q11A 5P8NA 4DI2A 5P8VA 4Q1WA 4Y4DA 1FQ4A 2RKFA 5P4IA 5P84A 2IGYA 3NXEA 1AVFA 4MC1A 2IKUA 5DR7A 5P5ZA 4S1GA 3OU1A 3DUYA 4Y5KA 5OYXA 2NR6A 4ZIPA 2Q15A 2FXEA 1FMBA 1HOSA 1EC0A 3RVIA 4CKUA 5P2ZA 4Y54A 1DPJA 3CIBA 4GJBA 4YBFA 1BWAA 5AH7A 2BKSA 1LV1A 3EL9A 3D3TA 4ACXA 5P2RA 4LC7A 1BV9A 5P8UA 4EWOA 4AA8A 3KT2A 5P46A 4DQEA 4F75A 3PM4A 3TOFA 2QHZA 5P51A 2IKOA 5OZZA 5P3JA 4D85A 4OC6A 5P4TA 2B60A 3APPA 4YE3A 3K5FA 1HTGA 5CONA 1EC1A 5I3XA 1M0BA 5P26A 3LIVA 1MESA 1ZSRA 1SGZA 3KDDA 2QI6A 1WBMA 5P01A 5P4FA 5P3GA 1K1TA 3CKRA 4R5NA 5OZYA 1APVE 2F8GA 4EXGA 3PB5A 2O4PA 4FSLA 2H6TA 4EJDA 4Y4EA 3FKTA 4BELA 5P0OA 1DMPA 4A6CA 4Y44A 5P2IA 4D88A 5P60A 4YCKA 5OZEA 3VV6A 3INEA 4YCYA 5B18A 2VKMA 3LITA 2WKZA 5P15A 5P79A 5P1OA 4TRYA 4F74A 5HTZA 3UQUA 3R2FA 1BWBA 4Y3ZA 1XE6A 2FDEA 3L38A 2IS0A 3EXOA 5P3TA 2OF0A 5AH9A 4TVHA 2AOHA 1C6ZA 4BEKA 3KM4A 4XXSA 1KJFA 5OZ9A 4HLAA 2QMGA 5P04A 5P41A 5P1BA 4CPSA 5P6GA 5P3BA 4TRWA 1UPJA 3K5DA 5P5MA 3ZKNA 3K4VC 1KJ4A 3K5GA 3PVKA 5P0PA 1HSHA 5P4JA 5P6EA 4BFBA 1ZPAA 3HW1A 2AVSA 4I0EA 4Y3SA 5P4OA 1FQXA 5P6MA 5P7RA 3TOGA 3NDWA 4R91A 4L6BA 5P0SA 5P8SA 4Y4XA 1QBSA 3O9GA 4FSEA 1HEFE 2XFJA 3OU4A 1NPVA 4RCFA 5P65A 4Y3LA 1IDBA 1IZEA 2BBBA 1MSNA 5P8JA 3NXNA 4I8ZA 1GVXA 5P2VA 1OEWA 1CZIE 2BKTA 1B6LA 1ER8E 2WF4A 3R0YA 3HBOA 4I0ZA 2ZJMA 4ZPGA 1RV7A 2G26A 4K9HA 1A8KA 2P3BB 5BRYA 3Q4BA 1YX9A 3D1ZA 4J1IA 5DQ2A 5DQ5A 1Z1RA 3WB4A 4I0DA 3A2OA 5OZLA 3KMYA 5P83A 4GMIA 5P43A 5P0ZA 4CPXA 4F73A 5P5BA 1C6XA 1Z8CA 3F9QA 3OADA 2ZGAA 4NJTA 3RTNA 1MVPA 3BRAA 3ZPUA 1PFZA 5KQXA 4RCDA 1AZ5A 5P0WA 2B42A 3IGBA 5P7YA 3TTPA 4Y41A 5P6RA 5P20A 5P2NA 5P34A 4K4RA 1QDMA 3QPJA 4FM8A 1PPLE 5COKA 5P0CA 5DQ1A 1EEDP 1KJGA 2OAHA 5P3QA 2BPVA 4EP2A 4HDPA 2ZE1A 1PPKE 1QS8A 5P1VA 5P4RA 4EJKA 3OQ7A 3LPIA 3GI0A 1K2CA 3RTHA 3VLBA 5COOA 4ZPEA 1K6TA 5P53A 5E5KA 5P89A 1T6EX 5P4LA 3SM2A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6M A;  2R8N A;  5P5C A;  3WZ7 A;  4Y3A A;  2ZJI A;  1D4H A;  3ZLQ A;  1GVT A;  3L5C A;  3ZKG A;  4ZSP A;  5HD0 A;  2O4K A;  1KJH A;  5ENK A;  5P1A A;  2CEJ A;  2R5Q A;  1HVL A;  3K4V A;  2B7Z A;  2QI0 A;  3LHG A;  4DJU A;  3NLS A;  3UDH A;  4B1E A;  4Y3X A;  4LL3 A;  3TPR A;  5P6K A;  2WED A;  3NSH A;  4GJ5 A;  5P4Y A;  2F80 A;  5IVQ A;  2OHU A;  1ZPK A;  1TSQ A;  3HDK A;  3PMU A;  4AUC A;  3O9C A;  5P1N A;  4FLG A;  3O9H A;  2QMD A;  4FL8 A;  3PBD A;  5P2B A;  4FGX A;  3KA2 A;  5P0E A;  3S8I A;  3O9D A;  5HU1 A;  3T3C A;  4OBZ B;  5P03 A;  5P08 A;  3SO9 A;  5P25 A;  1BXQ A;  5P07 A;  5AGZ A;  1K6P A;  2ZJL A;  6UPJ A;  3OGP A;  5P3C A;  3SAB A;  1T7I A;  5P8C A;  4FAE A;  2O4L A;  5ISK A;  1MSM A;  4LXK A;  5OYU A;  5P0T A;  4J0Z A;  2WF3 A;  5P3L A;  5P6Y A;  4AMT A;  3OXC A;  4EJL A;  3CIC A;  1LEE A;  1W5X A;  1HIV A;  4OD9 A;  2VNM A;  5KQF A;  1CPI A;  5P3X A;  5P1E A;  4DQF A;  3UQP A;  3NU4 A;  1FF0 C;  3S53 A;  1LYA A;  5P27 A;  1MET A;  3D1X A;  5P7D A;  4CPU A;  1D4J A;  4Y3G A;  2OHM A;  2VA7 A;  1HHP A;  1VIK A;  5APR E;  2G1R A;  4OBG A;  3JVW A;  5P4M A;  5SY2 A;  1SP5 A;  7HVP A;  1CMS A;  1HXW A;  5P5L A;  5P4D A;  3UF3 A;  3SA7 A;  5OZO A;  2B7F A;  4DJP A;  5AH6 A;  3EM6 A;  5P6V A;  5P6B A;  4HEG A;  5OZV A;  3ZKS A;  3SA8 A;  1HBV A;  3IXJ A;  3O9E A;  5P0M A;  2BPX A;  3KFN A;  4TRZ A;  5P4X A;  4NJV A;  1E80 E;  2F3E A;  5P0X A;  3LIZ A;  4L7J A;  5OZS A;  2AOG A;  5P5A A;  2P3D A;  2PSG A;  3SKG A;  2QI4 A;  1FQ8 A;  1HVC A;  5P77 A;  4Y4J A;  5J25 A;  3NU5 A;  4A4Q A;  5P2L A;  1C6Y A;  3EBZ A;  1B6P A;  1AJX A;  3I8W A;  3OQK A;  5P6Z A;  1PSO E;  3VF3 A;  2QAK A;  4Y5N A;  5P1P A;  1TCW A;  5P29 A;  5IVT A;  1A94 A;  5P87 A;  2G69 A;  5P7U A;  1RNE A;  1XE5 A;  5P7Z A;  2I4D A;  1W5Y A;  2I0A A;  6FIV A;  2QMP A;  3OUD A;  2IEO A;  4I0G A;  2VIE A;  4CPT A;  2VNN A;  3FX5 A;  5OYY A;  5P52 A;  3ZPT A;  4CP7 A;  4QJ9 A;  2R5P A;  4H3J A;  4YOB A;  3DM6 A;  4Y4B A;  5P7L A;  1APW E;  5P68 A;  1MT8 A;  5P2Y A;  4Y39 A;  4Y3Q A;  1TQF A;  5P7S A;  3GI5 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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