5HDXA

Bace-1 in complex with (7ar)-7a-(5-cyanothiophen-2-yl)-6-(4-ethoxy-5-fluoro-6-methylpyrimidin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-2h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-2-iminium
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure-Based Design of an Iminoheterocyclic beta-Site Amyloid Precursor Protein Cleaving Enzyme (BACE) Inhibitor that Lowers Central A beta in Nonhuman Primates.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2016-01-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdxA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5hdxA02
5P7KA 5P6TA 1EPME 5P4CA 3VFAA 5P3KA 3KT5A 4WY1A 3N3IA 3TOHA 2AOIA 5P0WA 2UPJA 2ZJIA 3K5DA 3T11A 3ZKNA 4MC2A 1SP5A 2G21A 1N49A 5HVPA 4CP7A 1FKNA 5P1WA 3BHEA 1IVQA 2F3FA 4Y5GA 4U7VA 5P8TA 5P05A 3OOTA 4J0TA 4DJVA 5P1BA 5DQ1A 3T3CA 3ZKSA 5P7ZA 3KM4A 4Y5KA 4J5JA 5P45A 4J1EA 5P29A 2AZ8A 1APUE 1PROA 3IN3A 1TZSA 5P3HA 3GGVA 3TOFA 1XE6A 3K1WA 5P0DA 2WF1A 4Z22A 3A2OA 1M0BA 1ZPAA 1UH9A 3PJ6A 5P2SA 5TOLA 5P8OA 5DR4A 4R92A 3IAWA 2FMBA 5P0JA 4CPRA 2JYSA 3ZLQA 3EL9A 3NXNA 1QBSA 5P6RA 4J1CA 5P2OA 3Q3TA 5P51A 3HAUA 1FIVA 3Q5HA 5P2BA 3CKTA 4Y51A 2FS4A 1B5FB 2J9JB 1AZ5A 5P6YA 3EKWA 3UFLA 2I4QA 5OZMA 5OZJA 5P8BA 2G1SA 1HTGA 4EJDA 3S45A 3FV3A 5AGZA 5HU1A 2PC0A 2AOGA 4HDFA 4M8YA 2WKZA 2FDEA 3OQ7A 2IQGA 5P69A 4Y58A 4DPFA 5P36A 3DV1A 5P0ZA 2AOJA 1HHPA 3SACA 3TPPA 3VCMA 4FRSA 5OZTA 6FIVA 1XE5A 5P7SA 5P8UA 3R2FA 1W5XA 1QBRA 1UH8A 2Q3KA 4L7HA 4I1CA 5P6EA 5DR7A 2J9KA 4Y3HA 5P7YA 5P2CA 4AMTA 3CIBA 5P3BA 3H5BA 3L5FA 2HB4A 2QU3A 3APPA 2IEOA 5OYRA 5P4WA 3PBDA 5P3NA 4I10A 5P28A 4K8SA 3QVCA 5P7MA 2HPFA 4HZTA 5P2WA 1FFFC 2ZGAA 5OYXA 5P0GA 3NDWA 3CMSA 5P07A 1HOSA 5P2RA 1HVHA 3Q4BA 3OWNA 1CPIA 4I0JA 5APRE 1MSMA 3S56A 2HB3A 4Y4UA 1SDUA 4QJ9A 5OZWA 5P6MA 3HVGA 4Y3MA 4Y6MA 5I70A 1TQFA 4Y9WA 4YCYA 3ST5A 2QZXA 4EPJA 1EPOE 5P8GA 4DH6A 5P2JA 1KJ4A 5PEPA 3UQRA 5KQFA 3TKGA 2QZWA 5P1FA 1B5FA 5KOQA 5P0MA 5EZXA 3NU5A 4GJCA 1FFIC 4KE1A 1HIVA 4D89A 4Y4EA 5OZQA 1LZQA 3EM3A 2BPVA 5P6WA 1RQ9A 3L5EA 4YD5A 4Y3DA 3PMUA 4KE0A 3L38A 5P1CA 4OBFA 5P7RA 5P1SA 3L3AA 5B18A 3BUGA 4Y5NA 5OZNA 5P1EA 2PQZA 4Y5CA 5DR8A 5P24A 1W5WA 3EKXA 1HXWA 2A4FA 5P1JA 5P63A 4A6BA 2HIZA 2PSVA 3KMXA 4DFGA 4U7QA 2VIJA 5P27A 3SA7A 5P3CA 1OEWA 3RTNA 1ZSFA 3RVIA 3UQXA 3R0YA 3R1GB 3AIDA 5DQ2A 2VJ7A 4FAEA 4M8XA 1ZSRA 5P55A 5P20A 2ZJNA 1DMPA 1GVXA 1GVVA 1B6PA 5OZ7A 1A8KA 5P0BA 2NXMA 3WSJA 5P2VA 3ZPTA 1GNOA 4CPUA 4L7GA 5P5DA 2RENA 3UDKA 3NWQA 4AUCA 1B6MA 2PYNA 3CKPA 5I3YA 3IN4A 4Y47A 2QD6A 3KYRA 2NTRA 4DQCA 4XX3A 3INDA 4EP3A 3PCZA 3EL0A 5P0LA 2PSGA 3HAWA 3C9XA 3QIHA 4ZEAA 1HVSA 5P0AA 5AH7A 1XDHA 3NWXA 2BQVA 4GB2A 1F7AA 4I0FA 3O9HA 3UTLA 2VIZA 3NDXA 3QN8A 5P30A 3FIVA 5P74A 3ZL7A 1FGCC 4Y4WA 3T7XA 1IDAA 3RSXA 3VEUA 7HVPA 3OU4A 2WF4A 3UF3A 1SDVA 3LIQA 2HM1A 2JXRA 5AHBA 5P2HA 1G0VA 4ZSPA 2H6TA 5AHCA 2QI6A 3LZVA 3M9FA 4U8WA 3QRVA 3D1ZA 5P39A 1D4IA 3OUCA 4TRYA 2I4DA 5P6LA 3S43B 5P4JA 5P6XA 1EC1A 3KN0A 1FB7A 5P8MA 5P7WA 5P2XA 4J55A 4KB9A 2IKUA 3IA9A 4CPXA 1VIKA 1IIQA 1HVKA 1MT9A 3GGUA 2BKTA 1M4HA 2QK5A 1EC3A 2VS2A 5P7OA 4AZYA 3T7QA 2V16C 3QRSA 5OZUA 5P3OA 3QRMA 2IL2A 4FGXA 5P17A 1LYAB 3OUBA 2FGUA 5P6NA 3MXDA 3UDJA 3PLLA 4JPEA 4B1EA 3EL4A 4DJXA 1EBKC 5CONA 1MTBA 4Y35A 3HBOA 3JVYA 4DUSA 5P6AA 2VKMA 4FE6A 4Y4AA 5OZAA 5P1QA 1GNMA 5P5LA 5P4UA 5P7UA 4XX4A 3NDUA 4Y4ZA 3GW5A 3NU9A 5P7IA 5P8NA 1ODXA 3RTHA 4Y50A 3I25A 1MRXA 2H6SA 5P08A 4WTUA 5P5VA 3SKGA 4LXKA 7UPJA 3CIDA 5P6QA 5BWYA 2Q11A 3L5CA 2VJ6A 5P38A 4QJAA 4Q1YA 2O4NA 4FL8A 4Y4BA 2F80A 2PH8A 5P6UA 2OHPA 4F76A 3I6OA 3QI1A 4QGIA 2G1OA 1SIPA 5OZ2A 1B11A 4Y3EA 3UFNA 4Y5PA 5P8IA 3SA6A 3WZ6A 4NJTA 4XXSA 1BVEA 2B7ZA 2PK6A 1PFZA 3GGXA 1IBQA 5P2ZA 3SQFA 1QS8A 5P35A 3VYDA 1ZLFA 1ODYA 2B8LA 4Z4XA 3DOXA 3PWMA 4LXAA 5P44A 1PSAA 3WB5A 4OBGA 1MIQA 1A94A 3UDYA 4Y3WA 2NXLA 5KQYA 1DW6C 3S7LA 4X2LA 5P62A 3LIVA 5P41A 1ENTE 5P5JA 3JVWA 2P3BB 3OXXA 4R91A 5KAOA 3PEPA 4LXMA 1DAZC 4Q1WA 5KR1A 2AIDA 2A1EA 5OZDA 4J0ZA 5C9FA 4GIDA 5P13A 4YHQA 2QZKA 5P7AA 1AIDA 5DPZA 3OK9A 2QNPA 4GJBA 3OUAA 3UQWA 4AA9A 3OADB 2QI4A 3O9DA 5P2GA 4Y3ZA 1RV7A 5HDUA 3CYWA 1ZP8A 4Q5MA 5P34A 3BGCA 4EP2A 2R3WA 3HD8A 2FNTA 3GGAA 2G69A 3LPIA 5P0RA 5E5KA 3VF3A 2WEZA 5P5YA 1W5VA 3VLBA 2NMYA 1J71A 1LF3A 3LIXA 5P7EA 3O9IA 3O99A 5F01A 2Z54A 2VA5A 4EXHA 3SLZA 4DQGA 2QI7A 5P3RA 4FRKA 1AXAA 5P1YA 5P4EA 1VIJA 4K4QA 4TVHA 3EM4A 1BILA 5P3TA 5P4DA 3PSUA 3OTYA 4I0IA 2R5PA 1HVLA 3S2OA 4J0PA 4K9HA 4LL3A 2WEAA 3U7SA 2QMGA 1BVGA 2ZJKA 4YD3A 1A8GA 5P60A 5P43A 3IGBA 1W6IA 2AZBA 2WL0A 5P3YA 1EPRE 5P3ZA 1BDRA 4UPJA 1FEJC 1LYWB 1TCWA 1HVJA 3MWSA 1MT8A 3B80A 3OU1A 2QZLA 4NKKA 3SA8A 5ISJA 3OAGA 3Q70A 3ZKMA 2P3BA 1IZEA 5P1KA 4RGHA 3PSYA 5P50A 1HIHA 4I8WA 5P5BA 3CKRA 3LIZA 5P0OA 5OZRA 3UPJA 3OXVA 4DJWA 5OZ0A 4FAFA 5P5KA 3H0BA 2NNKA 5P3PA 4HDBA 5HE5A 5P3IA 4Y4GA 5I3VA 3RTMA 2PK5A 5P33A 2FNSA 5C9DA 3ZKXA 2BPYA 5P75A 1TSQA 4DQHA 1K2CA 5P54A 1HXBA 3QBHA 3NXEA 2G27A 5P4PA 2V11C 2I4UA 5P40A 1G2KA 3APRE 5P1LA 4ACUA 1BIMA 5P1RA 4Y3TA 5P76A 2P4JA 4Y39A 1QBUA 3O9CA 2ZJJA 5P80A 5P1ZA 5OYQA 5OZBA 3K4VA 2QI3A 1HVRA 2QHCA 4J1HA 5P06A 5P5TA 3LZYA 1YX9A 5P3AA 3TNEA 4PZWA 1PPKE 5IVRA 4H1EA 4RCFA 5P5SA 2ER9E 4OBHA 4OD9B 5P5WA 3FNSA 2BJUA 2IGYA 5P87A 5P8QA 4D83A 3PRSA 4JP9A 3O9GA 5P4TA 1AJXA 2IRZA 3KFNA 5P7VA 2APRA 5P1HA 2OAHA 3BUHA 1QRPE 3OGQA 2G94A 1KZKA 2VIYA 5P46A 5KR0A 2QI0A 3KFPA 2NNPA 4ZE6A 2AVQA 2QP8A 4LAPA 5P0EA 5P8CA 1NPVA 2ZHRA 2HS1A 2WEBA 3UHLA 1E81E 3K5GA 5P0XA 5P2DA 5P8KA 1EPQE 5P84A 5P03A 5P16A 1LF4A 3KDBA 2JJJA 3K5FA 2PYMA 1FG6C 4K4PA 5P8SA 4DJOA 4LHHA 3UQUA 3L58A 3EL1A 5P83A 1OHRA 4B1CA 3BUFA 5E5JA 4QJ6A 2ZE1A 3PWWA 2F3KA 3VF7A 2J9JA 4R5NA 1SBGA 3G72A 5EZZA 3OUDB 4B1DA 2IGXA 3HZCA 4Y53A 4A4QA 4LBTA 1BDLA 4YDGA 2AVSA 3TKWA 1K6PA 1BBSA 5KQZA 4BEKA 2BB9A 5P6HA 5P2UA 3UDPA 4DJRA 1FQ8A 2BKSA 2FXEA 4N00A 1FF0C 3FNUA 3OQKA 4AA8A 2VA7A 1ODWA 1FMUA 3PGIA 4TRWA 3DJKA 2I0DA 5P8PA 3SA4A 5HU0A 4RLDA 4HLAA 4CPWA 4RVJA 1LS5A 5P8JA 3SPKA 2P3DA 2IS0A 3PB5A 5P2QA 5P7CA 5P0SA 4OC6B 5HTZA 2OHUA 1IVPA 5P01A 5P5NA 3URIA 1D4KA 3QS1A 2G1NA 3HDKA 5P6ZA 5P8AA 5IVQA 4Y56A 1HIIA 5P3LA 1B6LA 2QD7A 4LC7A 1XS7D 4B77A 4EWOA 2ER0E 5P1MA 3KFSA 5IS4A 4NJVA 5P1NA 3SFCA 1EPPE 1HBVA 2B8VA 1YM2A 2AQUA 5OZ9A 1XN2A 5P37A 1AAQA 4D85A 4J1IA 2G26A 5JODA 4MC1A 3IVIA 4TRZA 1EC2A 5P2MA 5DGWA 4EQ0A 5P6JA 5HDVA 4GJ5A 5DR3A 5P7NA 5P8FA 1G35A 5P8LA 2WF2A 3TPRA 3MXEA 3LPJA 1EBZA 3PCWA 3EKQA 1FLHA 4BFBA 5P49A 3IVHA 4Y5EA 3Q6YA 2ER6E 3VYFA 5P8DA 1WKRA 2PH6A 5KR2A 4FSEA 5P0TA 1EEDP 4Y3LA 5P4VA 4DJQA 2I1AA 3UDQA 1UPJA 1JLDA 5OZPA 5OZ3A 1GVTA 5P2YA 3EMYA 3MSLA 1OEXA 5OZFA 3TTPA 4QJ8A 2WEDA 5P0HA 5P3WA 1YT9A 4PHVA 5OZXA 5ISKA 1A30A 5P82A 5OZYA 3T6IA 5P68A 4J54A 2V12C 1HPVA 3EBZA 3BC4A 3SO9A 3TOGA 3LZSA 1QBTA 4Q1NA 5P6KA 2I4WA 3TPJA 5P3GA 1BDQA 1YTJA 3L59A 2NPHA 1PSOE 3VF5A 2WF3A 4APEA 5OYZA 1CZIE 1BV9A 4Y3PA 2O40A 4S1GA 3LPKA 2OHTA 2ZDZA 4Y3XA 3S85A 4I11A 5P6VA 2RSPA 2VA6A 1K1UA 3O9LB 2Q5KA 3VG1A 5P0NA 2OHNA 3OHHA 4FLGA 5P04A 3GI6A 3L5DA 3N4LA 4COEA 2QMDA 3UDRA 5P5FA 4Y5BA 5P2IA 5OYUA 5P3FA 2ZJHA 2BBBA 1E82E 3NU6A 2BPWA 5P89A 2VNNA 3ZPSA 3LZUA 4DJYA 5P4AA 1DP5A 5P78A 5OZVA 4RZ1A 5P4NA 1T6GA 4J0VA 3PI5A 5P4GA 5ENKA 1HVCA 3KDCA 2F8GA 4LP9A 5P32A 4YD6A 4JPCA 1EBWA 1ZPKA 3K4VC 5P5IA 4GJDA 1Z1HA 1KJHA 3INHA 3LITA 4FS4A 4DV9A 1ZJ7A 1OD1A 3FNTA 4E43A 5CLMA 2V13A 3LHGA 5P4OA 5P0PA 5P3XA 3G70A 4GZFA 5P6PA 5P23A 4Y4XA 4R8YA 2CENA 5P3JA 3KF0A 4X7IA 5P4YA 3WZ8A 5AHAA 3VLAA 4L7JA 4Y3FA 4JECA 1SH9A 4H3IA 4HVPA 3OY4A 5OZ5A 3NLSA 2XFKA 2UY0A 2OHLA 4RCEA 4Y37A 5P4SA 5AH8A 4MC9A 1MTRA 5P4LA 1T7KA 3HW1A 4Y3GA 1KJGA 5OYYA 5P1IA 5P3VA 5P6CA 3S43A 4H3JA 4J0YA 5P7JA 5P7HA 5P6OA 4EQJA 3O9LA 5F00A 3O9FA 3TPLA 3EKVA 1K1TA 3OGPA 2PWCA 1RL8A 4RYGA 2PSUA 4Y4TA 3KMYA 3LIYA 5P7BA 4EJKA 1Z1RA 2I4VA 5OYVA 4Y3YA 5OZLA 5P26A 4RYCA 4ZPGA 5P73A 3I7EA 4I12A 1HSHA 5IE1A 1Q9PA 4YDFA 1LYAA 4Y3RA 2QI1A 2QMPA 5P1PA 3BGBA 5SY3A 1F34A 5OZKA 2OF0A 4CPQA 2B7FA 2QAKA 2RKFA 5P71A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7K A;  5P6T A;  1EPM E;  5P4C A;  3VFA A;  5P3K A;  3KT5 A;  4WY1 A;  3N3I A;  3TOH A;  2AOI A;  5P0W A;  2UPJ A;  2ZJI A;  3K5D A;  3T11 A;  3ZKN A;  4MC2 A;  1SP5 A;  2G21 A;  1N49 A;  5HVP A;  4CP7 A;  1FKN A;  5P1W A;  3BHE A;  1IVQ A;  2F3F A;  4Y5G A;  4U7V A;  5P8T A;  5P05 A;  3OOT A;  4J0T A;  4DJV A;  5P1B A;  5DQ1 A;  3T3C A;  3ZKS A;  5P7Z A;  3KM4 A;  4Y5K A;  4J5J A;  5P45 A;  4J1E A;  5P29 A;  2AZ8 A;  1APU E;  1PRO A;  3IN3 A;  1TZS A;  5P3H A;  3GGV A;  3TOF A;  1XE6 A;  3K1W A;  5P0D A;  2WF1 A;  4Z22 A;  3A2O A;  1M0B A;  1ZPA A;  1UH9 A;  3PJ6 A;  5P2S A;  5TOL A;  5P8O A;  5DR4 A;  4R92 A;  3IAW A;  2FMB A;  5P0J A;  4CPR A;  2JYS A;  3ZLQ A;  3EL9 A;  3NXN A;  1QBS A;  5P6R A;  4J1C A;  5P2O A;  3Q3T A;  5P51 A;  3HAU A;  1FIV A;  3Q5H A;  5P2B A;  3CKT A;  4Y51 A;  2FS4 A;  1B5F B;  2J9J B;  1AZ5 A;  5P6Y A;  3EKW A;  3UFL A;  2I4Q A;  5OZM A;  5OZJ A;  5P8B A;  2G1S A;  1HTG A;  4EJD A;  3S45 A;  3FV3 A;  5AGZ A;  5HU1 A;  2PC0 A;  2AOG A;  4HDF A;  4M8Y A;  2WKZ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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