4BFBA

Bace2 xaperone complex
Total Genus 99
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
99
sequence length
383
structure length
373
Chain Sequence
FLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGLPVAGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLDGFWTGSQLACWTNSETPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMGAGLNYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/immune system
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 99
structure length 373
sequence length 383
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-03-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfbA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4bfbA02
3F9QA 1TCXA 2JJJA 5P6DA 5P8SA 3IAWA 3JVWA 3WZ6A 1K6VA 4Y53A 2R38A 5P5DA 5P3TA 2OHLA 4Y4ZA 3RVIA 3L5CA 5CLMA 1XS7D 1FFFC 2JYSA 5P2BA 5P0NA 5P6IA 4ZIPA 5HU1A 5P0AA 3I8WA 3PBZA 3KM4A 4Y35A 4LC7A 4YOBA 2Q63A 5P4QA 5P3XA 3HW1A 5P22A 1TZSA 5AHAA 2P3BA 3S2OA 2G22A 3VLBA 4Y58A 3PB5A 3EKYA 5P4UA 1GNMA 2ANLA 5KQFA 3EKQA 1AVFA 5COOA 2QI3A 5P24A 4R93A 5P5PA 2UXZA 4PZXA 5P2FA 2PH8A 5ISJA 3FIVA 5P6LA 1CPIA 2OHTA 2I4DA 1META 3KFSA 5P61A 5P5MA 2G20A 5OZBA 2H6SA 1Z8CA 2OHKA 2O4PA 3OQ7A 5P2EA 5KOQA 3PLDA 3D91A 3PHVA 3DM6A 1PFZA 3S54A 3HD8A 5DR7A 5P7RA 3UDJA 4I0FA 4DQCA 5P3RA 1W5VA 1YTGA 3Q70A 1PPLE 1MTRA 2ZHUA 5P3BA 5C9FA 3EL5A 3LHGA 5OZXA 2R8NA 2OAHA 1ZLFA 1D4YA 1OEWA 1LZQA 2FDEA 3SAAA 3SACA 4H3JA 3VV8A 2ZGAA 5OZ4A 4LXMA 2IGYA 3K5CA 1KJGA 3PRSA 5P34A 1APWE 1HEGE 5OZUA 4YD3A 5P32A 4ZLSA 3QRMA 4DPFA 3OXXA 4J1FA 4Y4AA 4COEA 5P5BA 5P8TA 3SA6A 2I0AA 4RCDA 2ER6E 3VYFA 4NPUA 4RVIA 5KQZA 1BDRA 2PWCA 5P04A 3G70A 1HIHA 4HDPA 5HE4A 3OQFA 1W5YA 3TLHA 4Y4WA 1Z1HA 4Y5KA 3M9FA 4L1AA 3NDTA 4A4QA 3ST5A 5P4YA 3PBDA 5P7MA 5OZIA 5P3FA 1W6HA 4EP2A 2ZJHA 3NU9A 1MERA 3ER5E 4X2LA 5SZ9A 4DJXA 1B6MA 2NNPA 3S43B 4B1EA 4HLAA 2J9KA 2WHHA 4Y44A 3QPJA 4EJLA 4Y3TA 1BXOA 5P5VA 3ZL7A 3KT2A 2NMYA 2ZJJA 2QMFA 1KZKA 1BAIA 4GJ6A 3NWQA 5P57A 2IKOA 1LYAA 4Y5CA 1EC3A 5OZ9A 4I8WA 2ZJNA 3TOHA 4J1CA 4ZSQA 3OGPA 3FNTA 4PHVA 4YD7A 3ZPUA 1EPOE 4Y3GA 5P7OA 5P5NA 5P3IA 4K8SA 3VEUA 4JP9A 4L7JA 3SM2A 2WEAA 5P4ZA 5P7FA 3MSLA 5P1QA 4ER1E 5P5TA 2BB9A 3LIYA 5P15A 3EL1A 3CICA 4DI2A 3FX5A 5P6BA 3O9HA 4R5NA 4HZTA 5P84A 4FE6A 5P4VA 3HBOA 3OK9A 5P8JA 5P3QA 3BUGA 3INFA 3NDWA 2ZHVA 1YTJA 5P2AA 4FRSA 3RTHA 2PC0A 4ZPFA 4YD6A 2V13A 5P08A 2OHNA 3OXWA 3CIDA 3URIA 1FQ7A 5P5GA 2NPHA 5P0QA 5P3JA 5P85A 1BIMA 4FGXA 4KE1A 4Y3MA 3WZ8A 4NJUA 5P1ZA 3PSUA 4CPTA 5P2KA 9HVPA 4FLGA 2BQVA 1W5WA 1MT8A 5DGUA 5I3XA 3K5GA 3GI4A 5P6UA 3ZPTA 2QZXA 3L58A 1TSQA 4OBFA 1SIPA 3EBZA 3SABA 4GJAA 2OF0A 2QI7A 3S7LA 3UDHA 4D89A 5P4AA 3QBFA 4CPSA 5P4NA 4YE3A 4DQEA 3BXRA 5P1FA 5P2QA 3O9DA 1UH9A 3PWMA 1FG6C 2QZLA 5P8VA 5I3YA 3UQPA 1EBWA 3PEPA 5P6RA 1G2KA 2R9BA 1HPXA 4ER4E 5P28A 3LNKA 4JOOA 1ENTE 5P70A 3KFPA 4Y3EA 1IZEA 2QZWA 3EL0A 1D4IA 5P8UA 2AODA 1HVKA 4A6BA 2APRA 1FIVA 4FL8A 4GJDA 1BXQA 4KB9A 4TRWA 4QJ8A 3PWRA 3ZKSA 1Z1RA 1KJFA 2G1NA 5P40A 4PZWA 2BPYA 2R3WA 3HVGA 4DJOA 3DV1A 4XX4A 1DMPA 3LIVA 4ZSPA 1HWRA 4J0YA 5P8LA 4Q1XA 4RCFA 4FM6A 3I25A 1W5XA 4HDFA 4RVXA 5P6GA 3GGUA 2ZJMA 1FQXA 5OZ6A 2NMZA 2WF2A 2Z54A 5P4MA 5P3LA 5I3WA 2AQUA 5P78A 5P7WA 5HVPA 5P2GA 5P0KA 3PM4A 3LZSA 4H3IA 5P1EA 5P6QA 5P4WA 4GYEA 3DCKA 3OAGA 3IXKA 1LF3A 1BDLA 2P83A 4F76A 1APTE 1YM2A 1MRWA 5P8RA 4YD5A 3O99A 5P5SA 5P80A 2AZBA 3I2LA 4PYVA 4YCYA 3L5FA 1NPVA 3QAAA 5P6VA 1APVE 1B5FB 5JODA 3AIDA 3UF3A 4OBHA 2WJOA 3KT5A 3OU1A 5P3WA 2O4SA 5P67A 1BDQA 2PWRA 5P1PA 3FNSA 5DQ2A 1D4KA 1EPRE 3OUCA 5P0JA 3TOFA 5P7LA 1FMXA 3Q5HA 2WEZA 5P5KA 3ZOVA 4DJVA 4ZPGA 2Q64A 5P44A 3EXOA 5P5ZA 5P5QA 5OZFA 4EWOA 5P7VA 1QRPE 2AOEA 4DV9A 3OUDB 1EPQE 1SMRA 4AA9A 2PYNA 4J0TA 1MT9A 1KJ4A 4WY1A 1MTBA 2P3BB 4EJDA 1KJ7A 1RL8A 5P7JA 1RNEA 4Q1WA 3QVCA 5P1VA 5OZEA 5P0XA 2QNQA 3SA5A 3PGIA 2HAHA 1FQ4A 2VJ9A 5P2TA 2WL0A 5ENMA 5P52A 5P8QA 5P6SA 4R91A 2F3EA 5P13A 3NDUA 1XE6A 4L6BA 2HM1A 4ZPEA 1C6YA 2VIZA 1SDUA 5IVQA 4DUSA 2BPXA 2J9JB 5P0DA 2MIPA 3I7EA 4RROA 5OZKA 5P38A 5SXNA 4Y37A 4TVHA 2B8LA 3NU6A 4RZ1A 5IS4A 4Y3DA 3D1YA 4E43A 2AOIA 5P65A 5OZ0A 1A8GA 5OZJA 3KA2A 3BVBA 5P3ZA 2PQZA 5B18A 3KFRA 5TOLA 4OBZB 1PROA 2F8GA 3VLAA 2ZJKA 1MIQA 3L5EA 2FGVA 5P6KA 3O9FA 4B1DA 2IL2A 1ZPKA 1DW6C 1IZIA 3K5DA 3QP0A 4Y3SA 5P0OA 3LPIA 3NLSA 1K6CA 3SA7A 5P7YA 1T7JA 1YT9A 4H3GA 1MRXA 5P8HA 4L7HA 3UFLA 4I0IA 5P01A 2QI4A 3S45A 1EAGA 2QP8A 5F01A 2QD8A 3UQWA 2BKTA 1HXBA 3EL9A 2QI0A 6APRE 4LXKA 2QZKA 2G94A 2O4LA 3SKGA 5P1BA 2SAMA 5OZCA 1SGUA 1HVLA 2QMPA 3ZKMA 4EQ0A 2AZCA 5OZ7A 2JXRA 4FCOA 4L1AB 4XX3A 1ME6A 5P4JA 3IN4A 3DOXA 1AXAA 2R3TA 3UHLA 4I0DA 2AVVA 3EC0A 2B8VA 3SKFA 5C9DA 5P0ZA 4APEA 1K6TA 4YA8A 1UH8A 1HEFE 3T6IA 1GVWA 3TNEA 4Y50A 2QU3A 5KR8A 5HU0A 5OYWA 3TPRA 1LYBA 2VS2A 5P43A 5P7AA 2QHZA 1W6IA 1FKNA 3TTPA 2FNSA 4I12A 1EBKC 5BRYA 5P3DA 4DJWA 1EPPE 1K2BA 3ZKIA 2IENA 2CEMA 3UCBA 5APRE 1PSAA 3G6ZA 4YHQA 2OHSA 1M0BA 5OZYA 1MEUA 5P6NA 5HCTA 3UDRA 5P06A 5OZHA 1T7IA 2A1EA 4B1CA 1IZDA 4J55A 2HIZA 3ECGA 4JECA 5OZ2A 1HIIA 5P1MA 4CPQA 1C70A 4Y4XA 3HAUA 3PI0A 5P3CA 1F7AA 3KN0A 4Q5MA 2VKMA 1T6EX 5I70A 5P2JA 5P7TA 3VV7A 5OYUA 4Y43A 4Y4UA 3LPJA 3EM6A 3FV3A 4F74A 3SPKA 2QU2A 1B11A 5KR1A 1YTIA 3IVHA 4Y4GA 2WF1A 5P6EA 1FQ5A 3PLLA 5ISKA 3BUHA 4F75A 4WTUA 2PH6A 5P89A 3APRE 2AOJA 1NPAA 4Y3WA 1BVGA 5P20A 5P4RA 3VF7A 3KYRA 1NPWA 3VF3A 5P1XA 4S1GA 1OHRA 3GGXA 2FNTA 3CYXA 3S7MA 5P54A 3UQUA 2B7ZA 5PEPA 2P3CA 2V10C 1AIDA 3O9IA 4DH6A 4YD4A 4DQBA 5P5XA 4LBTA 3LIZA 1WBKA 4OBKA 3PWWA 4FSEA 1NH0A 3BC4A 5P66A 3ZPSA 5OZPA 3T11A 1HPOA 5CONA 2F3FA 5P3GA 5P5WA 1UH7A 1QS8A 4I0JA 3T7XA 1BILA 2RENA 1MSMA 5P6JA 1ODWA 5P0GA 4X7IA 3KF0A 5FIVA 4D83A 1IBQA 4EHCA 4Y5MA 5EZXA 2FGUA 5IE1A 2R5QA 2QD7A 5P4HA 1ZJ7A 3K1WA 1FG8C 5P16A 4B05A 3D3TA 1G35A 3OQDA 4QLHA 2FS4A 4H1EA 1YG9A 2G1SA 4R95A 5P27A 2NXMA 1LF4A 1BVEA 4GMIA 3B80A 5P0IA 2AOHA 1HVCA 5AH7A 4EXHA 2EWYA 5IVRA 1HSHA 5P7PA 5P7HA 5P4XA 5P2HA 1LYWB 4N00A 5P50A 3LINA 4RGHA 1HOSA 2O40A 3RU1A 4EQJA 4Y3FA 3D1XA 4RYCA 3OU4A 4U7QA 1LF2A 3IVIA 1F34A 4J17A 1ODXA 2R43A 3LZUA 5P3SA 4B78A 2F80A 5P77A 4K4RA 5P1UA 5OZTA 3NYGA 1GVXA 1XDHA 3ZKNA 4QJ7A 2Q54A 1M43A 2ZYEA 3GI6A 3VYDA 2HB2A 5P00A 3WSJA 1XL5A 2QI1A 5P7NA 3EKPA 2I0DA 3EM3A 3HLOA 4B72A 5P3UA 5P4IA 1A30A 3PCZA 5P7IA 4Y3XA 1RV7A 5SY3A 5OZNA 4RYGA 3VF5A 3VG1A 3IN3A 1XL2A 1QBUA 4Y4EA 4J0ZA 3L3AA 1HRNA 2IKUA 1HVHA 4PPHA 3TL9A 4CP7A 1EBYA 2HPFA 4FAFA 1HTGA 1D4HA 5P4TA 4D85A 5OZSA 3Q3TA 4Y3NA 2QMDA 2B42A 4DQFA 3TOGA 2QHCA 4Y5NA 4Y3YA 3S56A 1YTHA 1AJXA 1OD1A 1SDTA 3APPA 5P63A 4ER2E 5ER1E 5P60A 5P8PA 5P71A 4BEKA 4HVPA 4FRIA 2CENA 6UPJA 3NUOA 1HPVA 3DJKA 3LIXA 4DJRA 4RLDA 5P48A 3LZYA 1GNNA 2AIDA 5P45A 5P8NA 4TRYA 5DR4A 4K4PA 1SMEA 1ZAPA 5HD0A 5P0LA 3T7PA 3QIHA 1ZTZA 4M8YA 1SDVA 5P5IA 3RSVA 4HA5A 2ER0E 5P6TA 5J25A 1GVTA 2QCIA 3HDKA 1BV9A 5AHBA 5DGWA 5P2ZA 3OADB 1FF0C 5COPA 5P72A 3S8IA 5P03A 3OWNA 3KDDA 2I1AA 1GVUA 2BBBA 5P7EA 3IXJA 2BJUA 2FXDA 1RPIA 4Y9WA 3S53A 5P8MA 3BXSA 3O9LB 1QDMA 4OD9B 4AZYA 4BFDA 3O9BA 3R1GB 2VIYA 4ZE6A 4IVSA 1GKTA 5P2SA 3O9GA 3N3IA 3INDA 1APUE 3L59A 3SM1A 5COKA 1J71A 5P68A 4HDBA 5P1HA 5P5RA 4Y54A 5OZMA 4I8ZA 5P53A 1XN2A 1K6PA 3CYWA 2OHUA 5P83A 4Y3RA 4LP9A 2HS2A 5P5LA 3KMYA 3S43A 4Z22A 2NR6A 5P1GA 3MSJA 4LXAA 3UDMA 5P10A 5OYQA 1CZIE 5P33A 3O9AA 5P56A 2G26A 1HXWA 4I0EA 2BKSA 4RVJA 1ZBGA 1HVRA 1E5OE 5KAOA 5P1NA 4DJPA 5P0SA 5P5HA 5P7SA 2QHYA 3OGQA 2AVQA 4I0GA 5DQCA 5P2OA 3HZCA 5OZQA 1HBVA 5P81A 4D8CA 2A4FA 2Q11A 1ZPAA 1HVIA 1C6ZA 5SY2A 5E5KA 5P8CA 1FGCC 3UDPA 4YCKA 5P82A 2IS0A 1T3RA 1RQ9A 5OZRA 2ER9E 3R2FA 4Z4XA 1FQ8A 1GNOA 3DUYA 5ER2E 5T4SA 4A6CA 5P0UA 1K2CA 2PSVA 4B70A 5P0HA 5P64A 1SBGA 3EMYA 3OHFA 3T3CA 1M4HA 2XYEA 4Y45A 1Q9PA 4I11A 3R0YA 4EJKA 4J1EA 3URLA 5P6XA 2VJ7A 5P5OA 3TKWA 2FDPA 5P1OA 5P46A 1DPJA 1DP5A 1QBRA 3KDCA 4Y38A 4I0ZA 4PEPA 2H6TA 4GIDA 5P75A 3IA9A 3PVKA 5OYXA 3Q4BA 3T7QA 5P5EA 1FLHA 3NSHA 2P3AA 4Z2ZA 4FSLA 3EKWA 3EL4A 5P7UA 5P1WA 2AZ8A 1AAQA 5P6PA 1B6PA 5P36A 1TCWA 4Y3JA 4IVTA 3H5BA 3CKRA 2O4NA 5KR2A 3DV5A 5P6CA 3BHEA 2B7FA 1OEXA 2G69A 2AOCA 3UDYA 4EXGA 4Y47A 2Q5KA 3D1ZA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3F9Q A;  1TCX A;  2JJJ A;  5P6D A;  5P8S A;  3IAW A;  3JVW A;  3WZ6 A;  1K6V A;  4Y53 A;  2R38 A;  5P5D A;  5P3T A;  2OHL A;  4Y4Z A;  3RVI A;  3L5C A;  5CLM A;  1XS7 D;  1FFF C;  2JYS A;  5P2B A;  5P0N A;  5P6I A;  4ZIP A;  5HU1 A;  5P0A A;  3I8W A;  3PBZ A;  3KM4 A;  4Y35 A;  4LC7 A;  4YOB A;  2Q63 A;  5P4Q A;  5P3X A;  3HW1 A;  5P22 A;  1TZS A;  5AHA A;  2P3B A;  3S2O A;  2G22 A;  3VLB A;  4Y58 A;  3PB5 A;  3EKY A;  5P4U A;  1GNM A;  2ANL A;  5KQF A;  3EKQ A;  1AVF A;  5COO A;  2QI3 A;  5P24 A;  4R93 A;  5P5P A;  2UXZ A;  4PZX A;  5P2F A;  2PH8 A;  5ISJ A;  3FIV A;  5P6L A;  1CPI A;  2OHT A;  2I4D A;  1MET A;  3KFS A;  5P61 A;  5P5M A;  2G20 A;  5OZB A;  2H6S A;  1Z8C A;  2OHK A;  2O4P A;  3OQ7 A;  5P2E A;  5KOQ A;  3PLD A;  3D91 A;  3PHV A;  3DM6 A;  1PFZ A;  3S54 A;  3HD8 A;  5DR7 A;  5P7R A;  3UDJ A;  4I0F A;  4DQC A;  5P3R A;  1W5V A;  1YTG A;  3Q70 A;  1PPL E;  1MTR A;  2ZHU A;  5P3B A;  5C9F A;  3EL5 A;  3LHG A;  5OZX A;  2R8N A;  2OAH A;  1ZLF A;  1D4Y A;  1OEW A;  1LZQ A;  2FDE A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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