4QJ8A

Crystal structure of inactive hiv-1 protease variant (i50v/a71v) in complex with p1-p6 substrate variant (p453l)
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGVGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structural basis and distal effects of Gag substrate coevolution in drug resistance to HIV-1 protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus type 1 (arv2/sf2 isolate)
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-03

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qj8A00
5KR2A 3FNUA 3S54A 5P1AA 1UH7A 1NPVA 4I10A 5P6DA 5C9DA 2ZJMA 2QMGA 5P06A 3O9GA 5DR8A 2I4WA 3CICA 3UHLA 2G22A 5P3JA 1WBKA 5OZMA 4I12A 5P4ZA 5P4QA 5P22A 4EXHA 3NXEA 2IQGA 4DH6A 5OZ5A 4Q1XA 2H6TA 3CIBA 4RCDA 5P7SA 3TPRA 3HBOA 3ZL7A 5OZ7A 1APUE 1DIFA 4GJ5A 5P3KA 5P01A 3CKRA 2V10C 4FL8A 4Y54A 2NTRA 4DPIA 2OHUA 1BIMA 2OF0A 4GJCA 3OHFA 1YTHA 1GVXA 5P8UA 1IDAA 5P0YA 5P6UA 4CP7A 5P32A 5P40A 1ER8E 1EPLE 3DUYA 5COOA 1YX9A 4R8YA 4J54A 3ZPUA 1B5FB 4QJ9A 4Z4XA 3LINA 3GGVA 4Y5KA 5P41A 1NSOA 5P00A 4HDPA 2OHSA 5P25A 5P65A 2Z4OA 5P2UA 4OBGA 4Y5GA 2UPJA 3PRSA 4Y3WA 5JFUA 4DPFA 3S85A 4RCEA 1EBKC 5P3IA 5P2XA 3S8IA 2R9BA 3SA6A 1HIHA 3UDJA 5P6XA 4CPQA 1HPVA 3BHEA 5P7GA 1DPJA 4Y6MA 4H1EA 1MT7A 3DV5A 5KQYA 4NJUA 1HPOA 1HRNA 2QZKA 4YCKA 4Y3HA 4GJ9A 2QD7A 5HDVA 5OZFA 2AZCA 1TSQA 1OHRA 4U7QA 5P3MA 4JPCA 4NJTA 5P4RA 2PYMA 5HCTA 2WECA 1MPPA 4Y5EA 2BPWA 4PZWA 5JFPA 3OQAA 2Q5KA 1HVSA 2QU3A 2PWCA 4Y4ZA 1FLHA 5P3PA 1GNNA 3H5BA 6UPJA 3BUFA 4BELA 5P2VA 5P6OA 3JVYA 3TL9A 5P1EA 3KDCA 5P6SA 5P6BA 4F76A 3QBFA 2PH6A 3OOTA 5P71A 4Y3SA 5HCOA 5P1VA 3OUAA 4L1AA 4FLGA 2QZWA 5P19A 3L58A 5ER1E 5P58A 3OQFA 1MRXA 4AMTA 4J17A 5I3YA 1AIDA 2XYEA 1AVFA 5COKA 2AQUA 5P6LA 3UCBA 5P3YA 5AHCA 4RLDA 5P3SA 4KB9A 1HVHA 4GJ8A 4PHVA 2ZHRA 1A9MA 3F9QA 1EC0A 3EM3A 2VJ7A 3PBDA 5P13A 5HE5A 3OUDB 5P4GA 5P4NA 1OEXA 3SA3A 1UH8A 2VIYA 5P48A 5SZ9A 2WF3A 4R93A 3IVHA 5P07A 3IXOA 5DR7A 4DJRA 4EJDA 5IE1A 5AH7A 2G1RA 5P7TA 2R43A 4YBIA 3IAWA 4H3GA 1BDQA 1W51A 1A94A 2IS0A 2BB9A 1PROA 3L5CA 1KJ7A 4EQJA 5P2GA 3TLHA 5OZLA 5P69A 2AOJA 2QMDA 4YD6A 5CONA 4Y4EA 1QRPE 3OQ7A 1OEWA 2AVVA 9HVPA 5P3GA 2OHPA 5P8FA 2BBBA 2OHQA 1T7JA 3LZSA 4ZSRA 3PSGA 3LPJA 2QI3A 4DJVA 5OZ6A 1YM2A 3EL4A 1LV1A 5P6HA 5P16A 3OU1A 4FM6A 3K5CA 3O9AA 1G6LA 4A6BA 1U8GA 5P3VA 3BC4A 5OYZA 5KR8A 3SA5A 3QROA 4PEPA 3SACA 3BGCA 3L5DA 1NH0A 2NXLA 4Y5LA 4ACXA 1EBZA 5P02A 5P0TA 3R4BA 5T4SA 3Q6YA 4DQCA 4I0DA 3OGQA 2OAHA 1HOSA 4ER1E 5DR3A 3I25A 4QJ2A 1VIKA 4GJBA 4J1CA 5P8VA 2WL0A 3O99A 2BQVA 2XFJA 4J0YA 5P3TA 5P66A 4JOOA 3OUCA 5P6MA 4H3FA 1HWRA 5P8PA 1LZQA 4Y39A 5P3FA 2BKSA 3LNKA 5P2EA 2ZHVA 1FIVA 3VUCA 2HC0A 2Q63A 5EZXA 1YM4A 1MVPA 3RVIA 5P86A 1FKNA 4Y3AA 4Y3EA 5OZKA 5P8OA 4L7HA 4RYGA 5P2LA 5P33A 2FGUA 5P1UA 5P64A 4QJ6A 2AZ8A 1C6ZA 5P4VA 1KJFA 2VKMA 3NUJA 1LYBB 3HDKA 2VIEA 3JW2A 1ZAPA 4FM8A 1N49A 1SDTA 5IS4A 4B00A 5P7BA 1HSGA 3UQWA 1ZLFA 1QDMA 4J5JA 3QS1A 3KFSA 1K1TA 3EC0A 5P2CA 5P0XA 1MEUA 3LITA 5I3VA 5HU1A 4GJDA 2QI7A 5IVSA 5OZTA 4J0ZA 3GI6A 1EEDP 4OBZA 3S43B 3DCKA 2QCIA 5P57A 3PEPA 5P1IA 3LZYA 5P0DA 4DQEA 2ANLA 3SKGA 2VIZA 5P1JA 3LIZA 5OYUA 3VYEA 4Y3ZA 2VJ6A 4KE1A 5P29A 5P44A 4HDBA 3GGXA 4APRE 3KT2A 5P0RA 3TPPA 5P8CA 5DQ2A 3R1GB 3WZ6A 1D4JA 3O9IA 5OYTA 2QI1A 4N00A 3LZVA 1EPRE 5P4MA 3BVAA 1GNOA 5P0WA 5P5NA 5P4KA 2VA7A 1UH9A 3QBHA 8HVPA 3ZKSA 4Y53A 4RZ1A 1BVGA 2P3DA 5P6GA 1BILA 3ER3E 5P7MA 1GVWA 1SH9A 1VIJA 1XL5A 4Y4BA 5P4WA 5P7NA 4B78A 4H3JA 4APEA 5P3QA 5BWYA 2F3FA 3VG1A 2OHKA 3MSJA 4OD9B 2FNTA 1MIQA 2G1SA 1HTEA 1KJHA 4K4PA 3RSVA 5P1RA 4B05A 2P3BB 5P4IA 3K4VC 1XE5A 3UQRA 3VV8A 4AUCA 3T7QA 3EKXA 1B5FA 5P2IA 5P0AA 2QP8A 3CMSA 5OZXA 1IZHA 3VLAA 5OYVA 3DV1A 3L5FA 3SLZA 3NUOA 4KE0A 2FGVA 3D91A 3S45A 4RRSA 5P2OA 3NR6A 5P6VA 2R3WA 3UQUA 5P2QA 3IXKA 4M8YA 2WF4A 5P77A 1QBSA 1PPME 5P6AA 4B77A 1FQ5A 2A4FA 4GMIA 3D1ZA 5P6CA 5P38A 2JJIA 3O9CA 1JLDA 3HZCA 2JYSA 4E43A 3Q70A 4ZPEA 2QD6A 5P1SA 3SA4A 5HE7A 3QAAA 5P0OA 1HEFE 2ZJNA 3CIDA 4HEGA 5P1CA 5P28A 1SDUA 3QI1A 1YG9A 2PWRA 2PK5A 5P1KA 4LHHA 5P7PA 3KDDA 2G26A 3TOGA 5P8IA 3EXOA 5P56A 2IKOA 3T6IA 5P51A 4ZLSA 1T3RA 5P3HA 3FNSA 1DMPA 5DQ5A 5P76A 4R95A 3VEUA 4EWOA 5P0FA 2XFIA 2Q64A 1SP5A 4NKKA 5P2YA 5OZ3A 5P87A 3KT5A 3QP0A 5P0MA 3ZKGA 4K4RA 4ER2E 4OBKA 5P68A 3G70A 3L38A 2B7FA 5P1YA 5P61A 3OUDA 5P0VA 4Y5CA 5OZ8A 2AVMA 5AHAA 1HSIA 1HVLA 3PJ6A 4ZSQA 1T7IA 4K4QA 5P1WA 5OZ0A 4D89A 3VSXA 3SAAA 2I0DA 3SM1A 1IVPA 3APPA 3HAUA 5P7JA 2R8NA 5P1HA 3SA8A 1XN3A 3INDA 2OHMA 3VYFA 3NU6A 5P04A 5P4TA 2O4KA 3LHGA 3K4VA 4LXMA 5P2JA 5P6FA 2HPEA 3SM2A 2AODA 2QMPA 5I70A 4Y3XA 4ER4E 3APRE 3UDPA 3BVBA 4HVPA 5P1OA 4CKUA 3UF3A 4I0EA 3KF0A 1LS5A 4YD5A 2HPFA 1XN2A 4QJ7A 5P2DA 1FQ8A 2BPVA 5P1BA 4DV9A 4Y4JA 4PYVA 1ODXA 1C6YA 3QRVA 3RSXA 4AA8A 5P2RA 2QD8A 2Q3KA 4ZPGA 3S2OA 3S7MA 3I6OA 5P5EA 3URLA 5P4PA 4Q1YA 5OYQA 3RTMA 4YCYA 5C9BA 3NDWA 1XDHA 3Q3TA 1ME6A 4NJVA 1SMRA 5P2AA 4F73A 3N4LA 3EL9A 2NMZA 1MTBA 4A4QA 3K5FA 2IGYA 4DJYA 5P0SA 4EXGA 2HAHA 1T6EX 4I0FA 3PSYA 1G2KA 1FQ6A 5P1QA 3I8WA 4K9HA 4NPTA 1E80E 5P0NA 3UDQA 3EKYA 1SIPA 5HVPA 3KDBA 5P34A 3HVGA 4XX4A 2AVOA 1HIVA 3OGPA 3UTLA 2WEDA 4DQHA 4RYCA 3FX5A 1TCXA 5P17A 2AOIA 3PBZA 1ENTE 4PPHA 4OBHA 4TRZA 4EP2A 3OQDA 5KQZA 4FAFA 3PSUA 3PMYA 2B7ZA 3OQKA 2PK6A 1EC2A 3T11A 1HTGA 2AOHA 5P7EA 5P08A 2QNNA 5HU0A 5P67A 3KFNA 3WB5A 4I0ZA 2AZ9A 1B6KA 5I3XA 2BPYA 2ER9E 3HD8A 2XFKA 2QHYA 4Y57A 4Y5MA 3OU4B 4Y51A 4ZSPA 3O9EA 4Y3YA 4B0QA 3BGBA 3UDHA 1EPNE 1M0BA 4Y3FA 4FM7A 3GGUA 3OOZA 2O4LA 4RRNA 3ECGA 3LPIA 2WHHA 5ENKA 1LYBA 4RGHA 3EKTA 2WEBA 5P3WA 2QHZA 5P43A 1K6TA 4Y4TA 4YD7A 5KQFA 1ZP8A 2IKUA 5P49A 1HVRA 2QI0A 1IZDA 2WKZA 2F81A 5P8LA 3QVIA 1RQ9A 5I3WA 3S43A 5IVTA 3GI0A 4D83A 3PI0A 5P81A 4CPWA 3T7XA 3G6ZA 3QN8A 1T6GA 3UDYA 3OK9A 4Y41A 5P36A 1IZEA 1ODYA 2HM1A 4EJLA 3EL1A 3SA9A 5KR1A 1HBVA 3D1YA 1SGZA 1IDBA 2UY0A 3EKVA 1BWBA 2O4PA 2QHCA 5JG1A 2ZJHA 5P7IA 4I0IA 3HAWA 3WZ7A 5P10A 4I0HA 5P2MA 3UDNA 2V16C 5P6RA 4U7VA 5P4JA 3NDTA 2J9JB 4Y4AA 1BDRA 5DR4A 2AVQA 5KAOA 5P4EA 1MUIA 4QJ8A 5P3NA 1PFZA 3T3CA 3DM6A 5P8NA 4DJUA 5P75A 1MESA 3ZOVA 2O40A 5OZGA 5P18A 1BWAA 3U7SA 4FAEA 1APTE 3INFA 2AOFA 2P83A 3SO9A 3OXVA 4OD9A 2F3EA 1NPWA 1LYAB 2P3BA 1CMSA 4HZTA 4HA5A 3PLDA 4Y5PA 3TPJA 5P5MA 1SIVA 1IZIA 4I0GA 1LF2A 5P7FA 4XX3A 1SBGA 5KR0A 4Y38A 5P0KA 3WZ8A 2QAKA 5DPZA 2RKGA 4FRIA 1E5OE 1RL8A 4TRWA 5P78A 5P5SA 4TVHA 3D3TA 5P8AA 3BXRA 2RKFA 3NSHA 5P6ZA 4EP3A 2B8VA 5P0EA 5OZZA 4I8WA 5P55A 4Y3QA 3OTSA 1HPSA 2IRZA 4J0VA 3U71A 3EL5A 5OZ1A 4J1KA 6FIVA 1AJVA 3ZKNA 5P0QA 5HTZA 5P0PA 3TNEA 4Y50A 5P6KA 4Y4XA 5P4DA 4TRYA 3EKPA 3I2LA 3KN0A 5P82A 3SFCA 1G0VA 3JVWA 3R0YA 5P03A 5P6IA 5CLMA 2B42A 1HHPA 2QNPA 4AA9A 2O4SA 1AJXA 3CKPA 4ZEAA 1GVVA 5P7AA 2ASIA 5P72A 2VNMA 5OZYA 4RROA 3FNTA 1QBRA 3ZKXA 1HTRB 1PSAA 2OHRA 2G1OA 5OZVA 3K5DA 2ZHSA 1Z1HA 3UFLA 5OZQA 1PSNA 4OBFA 5P8EA 2NPHA 3K5GA 3D20A 5OZHA 3EM4A 4Y3RA 5P3DA 1XS7D 3ZLQA 4RCFA 5ISJA 3PWRA 5P7LA 1K2CA 4Y3MA 5P5CA 3TOHA 3ST5A 2FDEA 4OC6B 5P3LA 3A2OA 4HDFA 5P3RA 3KM4A 4GJAA 5OZEA 4YHQA 3FSMA 4Q5MA 1EAGA 2AOCA 5P2BA 5FIVA 3NXNA 3ZKQA 1WBMA 3ZPSA 4QJAA 3IVIA 5P5BA 1G35A 2UXZA 5KOQA 2NNPA 2ZE1A 5P7ZA 2QK5A 1ZTZA 3VF3A 3EL0A 3ZKIA 5HD0A 4Y56A 5P3BA 5P47A 5P88A 4Y58A 5P79A 5P5PA 4EPJA 5P6PA 5P7YA 3QRSA 3VLBA 1W50A 2Q55A 4Y43A 3GI4A 4Y5NA 1ZPAA 5P4CA 4ACUA 2FIVA 4J1EA 5OZBA 3GI5A 3OY4A 5COPA 4NPUA 2RMPA 5P8RA 1XL2A 3NDXA 1TZSA 2G24A 3ZKMA 4Y4DA 2FDDA 5P5RA 5OZWA 5P1LA 4YOBA 1HVIA 2NR6A 4LXAA 5P2WA 3AUPA 2I4QA 1AZ5A 4R5NA 4X7IA 3OHHA 7UPJA 1E82E 4AZYA 2AOEA 2F3KA 4FE6A 2QNQA 3CYWA 3LPKA 4DJPA 4Q1NA 3IGBA 4J1FA 4JECA 5P6JA 3VCMA 1DAZC 5P59A 5P60A 2J9KA 3WSJA 3OXXA 4XXSA 3LIYA 1LF3A 4Y4GA 5P05A 4L7GA 5P12A 1LYWB 4DI2A 5P5OA 2H6SA 3CYXA 5E5JA 2ER7E 1FQ7A 2PSUA 5OZ4A 5P70A 3UDRA 4H3IA 3Q4BA 4DQFA 4LL3A 4A6CA 4CPTA 2WF0A 3QRMA 3O9DA 1RNEA 1KZKA 1EPQE 5OZDA 2IGXA 4UPJA 4GYEA 5DQ1A 3RTNA 1APWE 5P0ZA 3S7LA 4EJKA 5P5YA 4EJ8A 1ZBGA 3NLSA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5KR2 A;  3FNU A;  3S54 A;  5P1A A;  1UH7 A;  1NPV A;  4I10 A;  5P6D A;  5C9D A;  2ZJM A;  2QMG A;  5P06 A;  3O9G A;  5DR8 A;  2I4W A;  3CIC A;  3UHL A;  2G22 A;  5P3J A;  1WBK A;  5OZM A;  4I12 A;  5P4Z A;  5P4Q A;  5P22 A;  4EXH A;  3NXE A;  2IQG A;  4DH6 A;  5OZ5 A;  4Q1X A;  2H6T A;  3CIB A;  4RCD A;  5P7S A;  3TPR A;  3HBO A;  3ZL7 A;  5OZ7 A;  1APU E;  1DIF A;  4GJ5 A;  5P3K A;  5P01 A;  3CKR A;  2V10 C;  4FL8 A;  4Y54 A;  2NTR A;  4DPI A;  2OHU A;  1BIM A;  2OF0 A;  4GJC A;  3OHF A;  1YTH A;  1GVX A;  5P8U A;  1IDA A;  5P0Y A;  5P6U A;  4CP7 A;  5P32 A;  5P40 A;  1ER8 E;  1EPL E;  3DUY A;  5COO A;  1YX9 A;  4R8Y A;  4J54 A;  3ZPU A;  1B5F B;  4QJ9 A;  4Z4X A;  3LIN A;  3GGV A;  4Y5K A;  5P41 A;  1NSO A;  5P00 A;  4HDP A;  2OHS A;  5P25 A;  5P65 A;  2Z4O A;  5P2U A;  4OBG A;  4Y5G A;  2UPJ A;  3PRS A;  4Y3W A;  5JFU A;  4DPF A;  3S85 A;  4RCE A;  1EBK C;  5P3I A;  5P2X A;  3S8I A;  2R9B A;  3SA6 A;  1HIH A;  3UDJ A;  5P6X A;  4CPQ A;  1HPV A;  3BHE A;  5P7G A;  1DPJ A;  4Y6M A;  4H1E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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