5P4YA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 223
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4yA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4yA01
5P1BA 3WZ7A 4GB2A 3BUHA 5P75A 5P5EA 5DGWA 5E5JA 2I4VA 4A4QA 5P76A 5ENKA 1GVXA 5P3DA 2WF0A 4IVTA 3L5DA 4Y3YA 3AUPA 1BV9A 5P0UA 5JFPA 2P3CA 5P2TA 4L7JA 3I7EA 5P1AA 1D4YA 5P71A 5KQXA 5SY3A 4Y57A 5P1NA 1HPXA 1ZAPA 2AODA 1QBUA 1SDUA 3PSUA 4DFGA 2FNSA 5P23A 2NMYA 1IVQA 4GJ5A 1HVLA 5P18A 4E43A 1C6YA 3VLAA 1IZDA 2I4UA 1BV7A 2WF4A 3QIHA 2ZJHA 5P7FA 3PB5A 4I0IA 4DJYA 1LYWA 4X2LA 5P3ZA 4LXKA 1T7JA 5P1KA 1AM5A 3O99A 3SACA 2PSUA 4GJDA 1HVCA 5DPZA 4I12A 2B7ZA 5P27A 1K2CA 2ZHUA 4H1EA 3QVCA 3U7SA 2PK6A 5COKA 4XXSA 4Z2ZA 5P67A 3BC4A 3LZUA 1KJ7A 5OZNA 5P42A 5KQFA 5OZ7A 5P8AA 1BDLA 2IDWA 5P7VA 3D1YA 3NLSA 5OZCA 3PSYA 5P4EA 1BDRA 2ER9E 2Q63A 4J0PA 4LBTA 5OZ0A 4EXHA 5P0SA 5DQ1A 3L59A 1IZIA 5P3IA 3UF3A 4I0GA 2F3KA 2AVVA 1C6XA 5P61A 4DPIA 5P1GA 2G69A 4TRYA 1MSNA 5OZ8A 4QGIA 3S7LA 3C9XA 1W5VA 2V12C 3GGVA 5P66A 1AJVA 5P3MA 4CPRA 1HPSA 3R0YA 1YX9A 3SA3A 1MT8A 3UQUA 2G1YA 2ZJNA 1ODWA 1HSHA 4DH6A 5P0CA 1EPQE 3NUOA 4MC1A 5P6OA 3IAWA 5P6FA 5P1RA 1W5YA 4B78A 1MIQA 5P4NA 4ACXA 3ER3E 1ZSRA 2IS0A 3QN8A 1K1UA 3PGIA 2R43A 4Y3FA 4D8CA 5P35A 4Y9WA 1J71A 1FGCC 2VJ9A 2QD8A 4OBFA 3SA9A 3UDPA 5P0YA 1HTFA 5P12A 3HBOA 3NYGA 3O9FA 3MXEA 4BELA 1DMPA 5P28A 3K5GA 2FDEA 5P8TA 2VKMA 3MWSA 3TLHA 4HVPA 4QJ7A 4FM7A 3LZYA 5P1FA 3NU5A 4RZ1A 1BILA 5P0GA 1Z1HA 4FSEA 2Q5KA 2RKGA 4J1HA 4YDGA 4B05A 3PBDA 1WBKA 1B5FB 2AVQA 1BXQA 2FIVA 2BPYA 4CPQA 4FM6A 4RCDA 5P7PA 3OXXA 1T7KA 2G22A 3TOFA 4MC6A 1W5WA 5I70A 4J55A 2FDDA 3KT2A 3S43A 3OU4A 5P84A 5P7OA 4YBFA 1JLDA 4PZXA 2I4XA 2R5PA 4I1CA 4EQ0A 5P3JA 5OZ9A 3QVIA 5P17A 1SIPA 5P2VA 2AVSA 5DR1A 3O9AA 5P78A 3R1GB 2QMDA 4Y35A 4DPFA 3FX5A 4Y5AA 1D4HA 5P1SA 5P41A 2V11C 5KOQA 2IL2A 3H0BA 5HDZA 1K6VA 3VG1A 4DQGA 2Z4OA 5P5TA 2B8VA 4F76A 3UDKA 2R38A 5P07A 5P5VA 2HB4A 2NR6A 1XN2A 4FRIA 4FM8A 3IVHA 5P5WA 5P6PA 5DR4A 5P6SA 1K2BA 1XDHA 2B7FA 3DJKA 3JVYA 5P5BA 2AOEA 2QZLA 5OYZA 1F34A 4LL3A 7UPJA 3ZKSA 5KR1A 5P6ZA 2WHHA 2AOCA 3OHHA 1RPIA 3VV7A 1E82E 1AAQA 2QU2A 5OYUA 3G72A 5P2FA 3VV6A 1KJHA 3TOGA 3TPRA 4R5NA 5ISJA 5OZEA 3WSJA 2G1SA 2QZWA 5P1WA 1IBQA 4Y48A 1ZPKA 5P1XA 1SH9A 1D4KA 4OBZA 3O9HA 5P5QA 2QZXA 5P64A 3VV8A 3IVIA 4K4PA 5J25A 1MSMA 2ZJLA 1PROA 5P8JA 4Y3HA 5OZRA 5OZ3A 3Q5HA 4Y5CA 5P7TA 5P6DA 4KE0A 2QZKA 1PFZA 5P8LA 5P11A 2J9KA 3QP0A 2PYNA 3CYXA 2IEOA 1KJ4A 5P1VA 4L7HA 2XYEA 3D1XA 2BPXA 3GI4A 5P29A 1HBVA 4RYGA 3SA6A 1FQ8A 5P4IA 3OOZA 1FMUA 3F9QA 4H3FA 5P1EA 2PK5A 2WKZA 5P7UA 4HEGA 1M0BA 4Y3EA 4OBKA 4APEA 9HVPA 3FKTA 1D4IA 3S2OA 2PH6A 3PBZA 3NU3A 5OZQA 4LP9A 1B6MA 4OD9A 2QI0A 4ZEAA 3IGBA 5OYSA 1Q9PA 5P0HA 1WBMA 5OZPA 5KR8A 3CKRA 3PMYA 5DQ2A 1YG9A 1A30A 5P7WA 2PWRA 3S53A 3TPPA 1SGUA 2OHSA 1EAGA 5P7NA 4Q1NA 5P8MA 5COPA 3VSXA 4F75A 3EXOA 4Y3JA 4DQCA 4Y56A 5DGUA 3OUAA 3DUYA 1ZTZA 4B00A 1HEFE 3PM4A 2ANLA 5DR8A 5P7CA 3LIZA 1NPWA 4RROA 5P7GA 2O4KA 1FQ5A 3ZKQA 1G0VA 5P3FA 2G20A 3UQWA 3KFSA 5FIVA 4Q1XA 2B42A 5AHAA 1W6HA 5OZ1A 2UXZA 2J9JA 4I0EA 5P8VA 5P1MA 5P3YA 7HVPA 2B60A 4ZPGA 4RYCA 5T4SA 3OTYA 1DIFA 2Q3KA 2NXDA 3D1ZA 4JPCA 5P0TA 1HVSA 4I0DA 5P86A 1YTIA 5P4MA 4R92A 3D91A 3TL9A 4NPUA 4ZLSA 5P5ZA 3GI0A 4J54A 1W50A 4Y4XA 4AA9A 1GNMA 5OZYA 2JJJA 5OYQA 1F7AA 1XE6A 5P3VA 5P74A 3OK9A 2ZDZA 4B1CA 3INFA 5P7XA 3CIBA 1K6TA 1SGZA 3I2LA 5P6TA 4DJWA 1C6ZA 2P3BB 2QHYA 3URJA 5IVQA 5P19A 2ZHTA 4Y4WA 4AMTA 5P79A 4K8SA 4CKUA 5P1LA 5EZXA 4J0TA 2RMPA 5AH9A 4FAEA 1GVVA 2VIJA 4YD3A 3L5CA 4U7QA 4Y5KA 5P2SA 4HDFA 4DQFA 2QAKA 3PJ6A 4ZSPA 4R95A 2P3AA 1EBWA 3VFBA 3HD8A 3L5FA 3SLZA 4YD6A 1EPRE 4FRJA 1RNEA 3UDJA 3H5BA 5P7YA 4HLAA 3QPJA 3EM4A 1HRNA 5ISKA 2V10C 5P88A 3OADA 1SMEA 1YTJA 2R3WA 4CPTA 5KOSA 2ZHRA 5P7IA 5P3HA 2VIYA 3NWQA 5DQ5A 5P3AA 5P7ZA 1D4SA 2QMGA 2I1AA 2RKFA 4M8YA 3NDTA 1LYBA 1T6GA 3S7MA 4GZFA 3EKYA 5OZGA 3KDBA 3SA5A 4QJ6A 3OUCA 5P3BA 4N00A 2ASIA 3UFNA 1QS8A 4EWOA 4BEKA 4Z4XA 4RVIA 3L38A 3OQFA 5SZ9A 5HE4A 4BFBA 5OZ4A 4NPTA 2EWYA 1LEEA 2BQVA 5OZTA 1EPME 3RSXA 3I25A 4LC7A 3T3CA 1MT7A 1LYWB 3MSKA 1MPPA 5P3RA 4QJ8A 3T7QA 3IN3A 2XFKA 5P01A 5P5AA 1XL2A 4PEPA 4KB9A 5AH6A 5P4QA 5P43A 5OZZA 3K5CA 5HE7A 5IVSA 5P7RA 2FLEA 5HU0A 3KYRA 1MESA 1K6PA 2HPFA 2QP8A 4I0JA 3SQFA 1M43A 1LF2A 1K6CA 5P2HA 3RU1A 5P4LA 5P6HA 2H6SA 4DJQA 5P4AA 4ZE6A 5P2KA 2FMBA 4QLHA 5P5SA 3T7XA 5P1JA 2F3FA 2Q54A 5OYRA 2V0ZC 5HDUA 4YCTA 5AH7A 3WZ8A 4TRZA 1GVTA 2ER6E 3OQKA 5B18A 1HVKA 1ZP8A 5P62A 5P73A 5P77A 3B80A 1LS5A 1RV7A 4XKXA 2QCIA 3K5DA 4CPWA 3EKTA 4Y58A 1EPPE 5P58A 3G6ZA 2WJOA 3OHFA 2F80A 1UH9A 3ZKMA 3N4LA 3ECGA 1A8GA 2G1RA 4FS4A 1W6IA 2QNPA 1MUIA 5P83A 5P04A 4I8ZA 4GJBA 2ZJIA 1GVWA 1C70A 5P2EA 5P8UA 2WEAA 4AUCA 3O9LB 2NPHA 2PYMA 4MC2A 3HAWA 5P5NA 5P1TA 5P8IA 2WECA 5P8KA 2IKOA 4Y5EA 5OZWA 4Y3WA 2QNNA 3EL0A 3NDXA 4LAPA 4EYRA 5F01A 2HPEA 5P4VA 5P7BA 5APRE 4EHCA 4B0QA 3R0WA 1FB7A 1EPNE 3GGAA 1HIVA 3BGBA 2BKTA 1A94A 1FQ4A 2QU3A 2I4DA 2QI4A 3D20A 3EKVA 3FSMA 4EJLA 3S45A 3SPKA 4DUSA 3OUDB 4GJ8A 5P6UA 3BHEA 4J1KA 3BVBA 4YCYA 2IQGA 5P38A 4J0VA 5AHCA 3EL9A 3GI5A 4OC6A 5P4BA 3S56A 1SDTA 2IENA 5P5HA 2AVMA 3EM3A 3OU4B 3KF0A 1G35A 3UDNA 3ZPTA 2CEMA 5P6BA 5DQCA 5P70A 3KMYA 5P4FA 3PEPA 5P6LA 5P81A 1IDAA 4NKKA 3EKXA 5P6GA 2BJUA 3KMXA 3ZKXA 5ER1E 5P06A 5P1OA 3PCZA 4H3JA 4L1AA 5P8BA 2AQUA 1LF4A 4K4RA 2SAMA 3RVIA 2ER0E 4Y4UA 1OD1A 5P09A 5OYXA 3K4VC 2O40A 4I0FA 3GI6A 3OQAA 3KDDA 5OZLA 2V16C 2ZYEA 2QHCA 5OYTA 2ZJMA 1Z8CA 4OBHA 1PSOE 1D4JA 4HA5A 2QMFA 3IN4A 1G6LA 3ZL7A 2XFJA 1HTRB 2RSPA 2XYFA 3RTMA 2RENA 2XFIA 5P2JA 1LV1A 5P2MA 4Y3XA 5OYYA 3LIVA 3VEUA 1BIMA 4Y39A 4WY1A 3Q4BA 1CMSA 2F81A 1SBGA 4YE3A 1XL5A 5P0EA 4YOAA 3S54A 5P0RA 1MRXA 1AIDA 2Q64A 3Q70A 2AVOA 5P26A 3ER5E 2HS1A 4HDPA 3O9GA 4OBZB 5OZUA 5P52A 1FMXA 1ZPAA 5P5MA 2UY0A 1E80E 5P16A 5P2QA 5P44A 2G94A 5P5GA 2PMAA 5P1ZA 4Y53A 3UQXA 1SP5A 2AZBA 3L5EA 5IVTA 5P8QA 2VNMA 3OU1A 2I4WA 3EKPA 5P2YA 4JECA 2Z54A 1QBRA 5P5FA 5P0KA 5P5CA 5P6EA 1ME6A 5COOA 3UCBA 5P6IA 5P80A 5P3XA 5P0LA 4QJ9A 1AVFA 3EBZA 3KA2A 5P51A 2ZHSA 1HVIA 5OYWA 1ZBGA 3APRE 4WTUA 5P13A 5P6CA 5P2ZA 4Y4DA 5HCOA 1EBYA 4Y5MA 2P4JA 2OHPA 4OD9B 3KDCA 4PPHA 1A9MA 3CMSA 4KE1A 1N49A 1KJGA 3VUCA 1EC0A 2B8LA 3QRVA 5HD0A 4J5JA 5P72A 5P5YA 2ZE1A 5P0PA 4Y3ZA 2H6TA 5P8SA 3UDRA 1UH7A 6UPJA 5P1HA 3SM2A 4FL8A 5P3KA 4UPJA 5ER2E 3DCKA 4YHQA 1VIKA 5P20A 2ZJJA 4JOOA 3A2OA 3ZKNA 5P8FA 4PZWA 1HVJA 3LNKA 1GNOA 2O4PA 2O4SA 2R5QA 1TCXA 4OBJA 5P5IA 3IXJA 3Q6YA 5OZFA 4D88A 4Z22A 3EKWA 2J9JB 1MT9A 2APRA 1HXBA 5P63A 4J1FA 4DI2A 1APVE 2OAHA 5P2NA 4R93A 3ZLQA 3SA4A 5P5KA 5P3EA 5P3CA 4Y54A 4DV9A 3BRAA 3VF5A 1TZSA 1LZQA 2NXMA 5P7KA 5P37A 5P6KA 1ER8E 3SABA 1BWAA 4ZPEA 4I0ZA 5OZ6A 3EC0A 5OZ2A 2P83A 3UFLA 3OAGA 4ER1E 4Y41A 3BUGA 2HAHA 4Y4BA 4Y4AA 5P0NA 5DR7A 3VCMA 3LINA 1IIQA 2HIZA 2WL0A 3LITA 2HM1A 3VF3A 2Q11A 3I6OA 5P2RA 3VFAA 4YCKA 5HDVA 4JPEA 3RSVA 1APTE 5P82A 1LYAA 4F73A 5P7MA 2BPVA 2A1EA 3KFRA 4Y3RA 4F74A 3TPLA 2QI3A 5C9FA 4Y47A 3CKPA 2OHRA 4AA8A 1BDQA 3INEA 4U7VA 5OZKA 2BPWA 2FXEA 2PWCA 1DPJA 3NDWA 4J1CA 5P3LA 2I4QA 5BWYA 1FG6C 1HEGE 5OZOA 5DR3A 5OZSA 5P54A 4EJKA 1FEJC 5SY2A 3VF7A 1FMBA 1U8GA 4DJUA 3KM4A 1ZLFA 2ZJKA 3K5FA 3KFNA 4MC9A 4COEA 1GKTA 5P1IA 1AXAA 4J0YA 1UPJA 3OGPA 1ENTE 3QBFA 1RQ9A 5P32A 2CEJA 3G70A 2I0AA 4FE6A 5P25A 3CKTA 2WF1A 4R91A 4ZPFA 2WEBA 4H3IA 3WB5A 3K4VA 4LXMA 3R4BA 3RTHA 1BVEA 3QRSA 3FIVA 4Y51A 5HDXA 2JYSA 1BVGA 5P6XA 4FGXA 1FKNA 1BWBA 5E5KA 1TW7A 4FIVA 4Y3MA 4XX3A 5JODA 2HB3A 3FNUA 4IVSA 5P3GA 5P4WA 5P0AA 3HVPA 4L6BA 2PSVA 4ZSRA 4Y37A 2F8GA 5I3WA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P1B A;  3WZ7 A;  4GB2 A;  3BUH A;  5P75 A;  5P5E A;  5DGW A;  5E5J A;  2I4V A;  4A4Q A;  5P76 A;  5ENK A;  1GVX A;  5P3D A;  2WF0 A;  4IVT A;  3L5D A;  4Y3Y A;  3AUP A;  1BV9 A;  5P0U A;  5JFP A;  2P3C A;  5P2T A;  4L7J A;  3I7E A;  5P1A A;  1D4Y A;  5P71 A;  5KQX A;  5SY3 A;  4Y57 A;  5P1N A;  1HPX A;  1ZAP A;  2AOD A;  1QBU A;  1SDU A;  3PSU A;  4DFG A;  2FNS A;  5P23 A;  2NMY A;  1IVQ A;  4GJ5 A;  1HVL A;  5P18 A;  4E43 A;  1C6Y A;  3VLA A;  1IZD A;  2I4U A;  1BV7 A;  2WF4 A;  3QIH A;  2ZJH A;  5P7F A;  3PB5 A;  4I0I A;  4DJY A;  1LYW A;  4X2L A;  5P3Z A;  4LXK A;  1T7J A;  5P1K A;  1AM5 A;  3O99 A;  3SAC A;  2PSU A;  4GJD A;  1HVC A;  5DPZ A;  4I12 A;  2B7Z A;  5P27 A;  1K2C A;  2ZHU A;  4H1E A;  3QVC A;  3U7S A;  2PK6 A;  5COK A;  4XXS A;  4Z2Z A;  5P67 A;  3BC4 A;  3LZU A;  1KJ7 A;  5OZN A;  5P42 A;  5KQF A;  5OZ7 A;  5P8A A;  1BDL A;  2IDW A;  5P7V A;  3D1Y A;  3NLS A;  5OZC A;  3PSY A;  5P4E A;  1BDR A;  2ER9 E;  2Q63 A;  4J0P A;  4LBT A;  5OZ0 A;  4EXH A;  5P0S A;  5DQ1 A;  3L59 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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