3OQAA

Crystal structures of multidrug-resistant clinical isolate 769 hiv-1 protease variants
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPSNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 Protease
publication title Contribution of the 80s loop of HIV-1 protease to the multidrug-resistance mechanism: crystallographic study of MDR769 HIV-1 protease variants.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oqaA00
2JYSA 3TPJA 4EJDA 3GGXA 2ZJHA 1HTFA 3CKTA 5P77A 5P02A 2I4QA 5P18A 3TLHA 3ZOVA 3PB5A 5P5OA 2IDWA 1SMRA 3C9XA 3WZ8A 5P40A 2VIJA 4WY6A 5P44A 2Q15A 2ER9E 3OADA 5P62A 4YD5A 5P20A 2V12C 1FF0C 1NPWA 5OYRA 2PYNA 4AA8A 5FIVA 5OZ3A 4Y43A 3UQXA 3NUOA 4Y5NA 5P4OA 3HVPA 1A8GA 5P3GA 3GGAA 3IVHA 2QZKA 4OC6B 3S56A 1QBTA 5P75A 3QBFA 4U8WA 5P2GA 5P1ZA 4GMIA 4Y5MA 5P2VA 5P53A 5P7ZA 1LF3A 4CPQA 5P7VA 1PSNA 4EJLA 3OXXA 3SKGA 1QS8A 5P8QA 2G69A 3TH9A 3T7XA 4QJ8A 3KM4A 3RTMA 5P8EA 4DQBA 2G1YA 5SY3A 5P0EA 1HVRA 4Y3LA 3K5CA 1FQ7A 5P7XA 4TVGA 2HB4A 3VF3A 3I25A 3I2LA 2XFIA 5P42A 4I0EA 4Y3TA 1B6LA 2AOCA 3NU9A 5P6PA 4Y5BA 5P1PA 2BPZA 4EP2A 3PCZA 3OUAA 5P4UA 5P8BA 3GI5A 4N00A 3CMSA 5P85A 3VYEA 3OUCA 4OD9A 3PEPA 2BQVA 1EC2A 1B6MA 4LXMA 4Y50A 2Q64A 5P3RA 1ZJ7A 2CEMA 1JLDA 2G1NA 4Q1YA 5P5BA 3CKRA 4IVTA 2I0AA 4L7JA 3DM6A 1PFZA 3FNUA 1BIMA 3GI0A 5P3CA 4I12A 5P58A 5P89A 4D89A 3INEA 2H6SA 2HAHA 2NTRA 4EP3A 1EPME 3EC0A 4NPTA 5P3EA 3SLZA 3IAWA 4FL8A 4RCEA 5JFPA 3QRMA 3FV3A 4PEPA 3AUPA 1M4HA 4H3IA 5P6UA 3IA9A 1BWBA 3O9IA 1M0BA 5AHCA 4L1AA 5OZVA 2FIVA 4X2LA 4YDFA 4HDBA 5P04A 2OHTA 3I8WA 1TCXA 5DR1A 4Y3RA 2V0ZC 4B78A 2WL0A 4ZPGA 1META 5P2CA 5P1GA 1LEEA 1LYAB 2B8LA 3I6OA 3UDHA 2BPWA 8HVPA 2B60A 2IS0A 4J1IA 1W50A 2J9KA 3LNKA 3VSXA 2R38A 2XFKA 4PYVA 3BUHA 5P1CA 2VIEA 2O40A 3GGUA 5ER2E 4B1DA 5OZ4A 5P8KA 5P6EA 3O9LA 3OGQA 3BGCA 3OAGA 5P5RA 5P0JA 4YD7A 1RQ9A 4Y35A 5P0KA 3UF3A 2WEBA 5P0VA 2A1EA 4GYEA 3KDCA 5P1NA 2QNQA 2WF0A 1DAZC 4YHQA 5P86A 1VIKA 3L5EA 5SXNA 2AOFA 1BVGA 1T6EX 4OBHA 1BXQA 2NMYA 2VJ9A 4D83A 4Y3MA 2VIZA 5P3ZA 1HIVA 1MTBA 4IVSA 1IVQA 3NU6A 4EQJA 3Q3TA 1PPME 4J1EA 3OUDB 5P2FA 1XE5A 3K1WA 1F34A 1IIQA 5HCOA 5P43A 5P6BA 5P5AA 2Z4OA 5E5KA 1NH0A 5P69A 5P7FA 4LBTA 3EKPA 3NXEA 5OZ8A 3L58A 1UPJA 3ZKNA 4Y3ZA 5P8TA 4B77A 1EPOE 2IGXA 2CENA 4MC6A 1HOSA 5P7YA 4LXKA 2FXDA 2PQZA 3PSUA 2P83A 2G24A 5P13A 4Y4ZA 5P8OA 5P6FA 4HZTA 1A94A 6FIVA 3R4BA 4OBZA 4ZSPA 1HEGE 1HVLA 3PSYA 5KQFA 3U6AA 2NXLA 1FIVA 5P33A 1CMSA 5P5EA 3HVGA 1LYWB 2QHCA 3KFSA 1NPVA 3KF0A 5P2OA 2MIPA 1B11A 1BDRA 5P1YA 4Y3HA 5P0GA 1BXOA 3OQAA 3FNTA 4H3FA 1LYBB 1MUIA 2Q11A 4Y3JA 2FS4A 5ENKA 3JVYA 3UQRA 1XL5A 5P81A 4RVXA 1D4KA 4Y54A 5P6KA 5DR4A 4DFGA 4Y56A 4FRIA 1K6PA 3BVBA 5P0UA 5P6CA 4R92A 5P06A 3U7SA 4DJVA 4Y4BA 4L7HA 1MT7A 5P6XA 5P76A 3SPKA 4XX4A 2PWCA 5KQZA 5P8DA 4DJWA 2ASIA 4DQHA 3EKVA 1UH7A 2EWYA 3CYWA 1IZIA 3UDNA 5OZFA 2NNPA 3R2FA 5P63A 5OYTA 1D4IA 2WKZA 3ZKQA 3KFPA 4DV9A 3KT2A 5P3NA 5SZ9A 5P48A 4A6BA 5P4AA 4B1CA 5P54A 5P22A 3PMUA 4OC6A 1D4JA 2FDEA 5P4ZA 1E82E 5P2ZA 3VUCA 3DV1A 5APRE 5P4GA 3UFNA 1BBSA 2R5PA 4YOAA 3S7LA 3IN3A 1APWE 5OZYA 1MT9A 3UHLA 4EQ0A 3OHHA 1EPNE 2HS1A 5P2YA 2HB2A 4Y3PA 5P0AA 5P6WA 2ZGAA 3VG1A 4Y4UA 5P1RA 3UDQA 1HHPA 3VV8A 1YG9A 3KDBA 3LZSA 3NLSA 4J1CA 3FKTA 5P8HA 3NR6A 4CPUA 4YD6A 3Q5HA 4EJKA 5OYWA 5P7GA 3SACA 4R93A 5P49A 4RZ1A 5P72A 3O9DA 3ER5E 4FCOA 5P6MA 3LZVA 4Y5GA 3VF5A 2JJJA 3S43B 1Z1HA 4M8YA 2QD8A 5P8PA 5P7PA 3VSWA 5P1AA 2RMPA 4B05A 5P88A 2WF3A 5P6NA 5P30A 1BILA 1FMUA 2RKFA 2RENA 4HVPA 2WEDA 3SO9A 3TPRA 3TKGA 4B0QA 2QI0A 4J0VA 5P4BA 4B00A 3HLOA 4RLDA 5P5TA 4YD4A 1AM5A 1TZSA 1BAIA 4BEKA 4D8CA 2PMAA 1SH9A 3UPJA 5P15A 3PBDA 5HDXA 5P3YA 5P6HA 5P8CA 5P4PA 5ISKA 3BRAA 3S45A 1HPOA 2OHRA 1APVE 1ZP8A 2CEJA 5P39A 2O4PA 5P3PA 5P4DA 5P8NA 1XL2A 3RTHA 2IKUA 1VIJA 2QHYA 4Y36A 4TRYA 5P5HA 1Z8CA 5F00A 2RKGA 1LYAA 2B7FA 5P1MA 4K4QA 2NR6A 5HVPA 2QU2A 1GKTA 1A9MA 1SDTA 1MRWA 4FRKA 1HTGA 1MEUA 4YOBA 2IKOA 4Y3NA 4KE1A 5TOLA 2AVQA 3ZPTA 1KJFA 5P8JA 3CYXA 4LC7A 5OYUA 5P3TA 5P7WA 3VYFA 5OZ1A 5HU1A 1ENTE 4GJ6A 4U7QA 1A8KA 5HE7A 5P17A 4YBFA 4J0ZA 1BVEA 3LITA 4QJ7A 5P70A 2O4NA 2I4WA 3LIZA 3S7MA 2FDPA 2Q55A 4Z2ZA 4K9HA 2OHKA 2AZ9A 3MSLA 2P3BB 4HE9A 2P8HA 1ZPKA 5E5JA 1W5VA 1FFFC 2R9BA 4LXAA 4Y3SA 2ANLA 3T7QA 5P27A 2QAKA 3EL5A 2QP8A 5ENMA 4Y4JA 4BFBA 4K4RA 5P4XA 5P32A 2OHSA 2WHHA 3G72A 5JFUA 5OYQA 3LHGA 5P0SA 2VA6A 4Y3FA 4I0DA 1GVWA 1YTGA 3ZMGA 5IVRA 2R8NA 5P61A 5P6QA 4H1EA 4LP9A 3B80A 3IXOA 2G21A 5P1XA 1EBKC 5P4JA 4FS4A 5P0MA 4Y3YA 2IL2A 3OHFA 3Q4BA 4YCYA 3OXVA 4Y53A 4DPFA 4ZPEA 3SQFA 3UQUA 3ECGA 2Z54A 2OHUA 3O9CA 4I1CA 2FGUA 5P7IA 3FNSA 3N3IA 5P5QA 4A6CA 4J1FA 4YD3A 5P65A 3CIBA 4ZIPA 1LYWA 1T6GA 2ZHSA 3VF7A 3O9AA 3SA4A 5C9BA 5P2NA 3ZLQA 3UDJA 1LYBA 5P1VA 3D20A 3FSMA 3HBOA 3VV7A 2VJ7A 3RTNA 5P1OA 3BUFA 1FG6C 4XKXA 1GNOA 1W6HA 1Z1RA 4TRZA 2QI1A 2XFJA 3DV5A 4DPIA 5P4FA 1J71A 9HVPA 2ER7E 4Y39A 4ZLSA 5P3VA 2J9JB 1YX9A 1W5XA 2HB3A 5KQYA 1D4YA 2RSPA 3D1ZA 4GIDA 1PPLE 5P6AA 4CP7A 1KJ4A 5P25A 5P41A 3R0YA 1SIVA 3QROA 5P03A 5P59A 3H0BA 4Y44A 5I70A 3S8IA 5P4SA 4L6BA 4RGHA 3D1YA 3DJKA 5P78A 3FX5A 4RCDA 4DJXA 5P01A 3A2OA 4GZFA 1GNNA 1TQFA 2UY0A 2A4FA 4K4PA 4Q1XA 5P3XA 5B18A 3ER3E 2QHZA 4EJ8A 3EL1A 4FM6A 1ZSFA 5P2DA 2XYFA 5P73A 2PH8A 5P5YA 2UXZA 5OZUA 5P2JA 1ZAPA 3OU1B 5P34A 5P8MA 3OQFA 3PVKA 2NNKA 2NXDA 1HBVA 5OZNA 3EM6A 5P5KA 1C6XA 3SA5A 5P6YA 1W51A 5P1JA 1C6ZA 5OZJA 3ZPSA 5P2HA 2WEAA 3EBZA 5OZRA 4D88A 5P1BA 5P2TA 3UDPA 2PH6A 3SKFA 4I0JA 5DQ1A 3NUJA 5P3IA 1EPLE 2BKTA 3INHA 4YCTA 1T3RA 1AVFA 5P67A 5OYXA 5P0WA 3Q70A 3S54A 1EC0A 2OHPA 2Q5KA 5KOSA 3PHVA 2FXEA 1FEJC 4APRE 1KJHA 1MESA 3S43A 3OOTA 3O9GA 3ZPUA 1FQ4A 1TSUA 5P60A 5P3QA 4Y4GA 2QD6A 1YTIA 4S1GA 2BJUA 5P5FA 5HDUA 5P3JA 5OYZA 4H3JA 5OZSA 3OXWA 5KOQA 4FE6A 3ZKMA 4DJUA 2I4XA 4QJ2A 6APRE 4I0FA 4EHCA 3KT5A 5P5ZA 5HU0A 2QI3A 2O4KA 2R3TA 3KMYA 1B6PA 2AZCA 4L7GA 5P7LA 4Y3AA 4I8WA 5I3XA 5P2AA 3DCKA 1HVIA 5P4QA 3CIDA 2P3DA 2F8GA 5AH9A 5OZXA 1APTE 4GJ5A 5OZCA 2ZYEA 3VYDA 3VLAA 5P38A 4RROA 3PMYA 5P3DA 2JE4A 1MTRA 4A4QA 1ZLFA 3Q6YA 4AZYA 4NJTA 4UPJA 5P2IA 5P83A 2Q3KA 7UPJA 5DPZA 4NKKA 4Q5MA 1WBMA 3QVIA 3MXEA 1BDQA 3NSHA 2FDDA 1DP5A 3SA3A 3LPJA 5OZ9A 2VNMA 4JPCA 1XN2A 1YM4A 3T6IA 4EXGA 1EBYA 5HCTA 4X7IA 2AOEA 5P2EA 3PLLA 5P79A 1ME6A 3INDA 4U7VA 3URLA 4DQGA 3U71A 5KR1A 3NWQA 3WB4A 1KZKA 3NDXA 5P0BA 1TSQA 4GJ8A 3L5BA 4J55A 5P07A 1LF4A 3EKQA 4Y38A 5OZ5A 4EXHA 4Y5LA 1HPSA 5OYYA 3S85A 3VV6A 5P00A 3PSGA 2BPYA 3O9BA 5P1KA 4FSEA 5HD0A 1MSMA 5P7NA 4ZSRA 2Q63A 5P6GA 3NDWA 1T7JA 4J0TA 2VKMA 1WKRA 3EM4A 2AVVA 2AIDA 2R43A 1N49A 2BPXA 3OK9A 2PSUA 3QAAA 1IDAA 3LIVA 5P24A 4Y3XA 2G20A 5P8FA 1G35A 5P36A 5P7HA 1AZ5A 2O4LA 4Y5PA 3F9QA 4ZSQA 2ZHTA 5P3KA 5BS4A 1ZTZA 4GJBA 1MRXA 1K1UA 2QI6A 4NJUA 1UH8A 3UCBA 4ACXA 3ZL7A 5P5WA 3TPLA 5OYSA 2IGYA 3AIDA 3OQKA 4GJ9A 5IE1A 4I10A 2V16C 3N4LA 2QMPA 4M8XA 3K5FA 4KUPA 5P74A 3EL4A 2P4JA 3IXJA 5P6DA 5ER1E 5P2KA 3VFAA 2IENA 1IZDA 2HIZA 2AOIA 1PROA 3OWNA 2QMGA 4Y4EA 1W5YA 1M43A 5P6ZA 2AZ8A 3ST5A 4I0GA 1UH9A 4ER1E 1SDUA 5P1TA 4I11A 5KR2A 3KMXA 3EMYA 2J9JA 3S53A 5P19A 2AOGA 1FMBA 4DQEA 1QRPE 3MWSA 3QI1A 4CKUA 5KQXA 3D91A 5COOA 1ODXA 3TOGA 1KJGA 3HAWA 3SAAA 1HRNA 1WBKA 3UDMA 1Q9PA 5P5UA 1LV1A 3S2OA 5OZAA 3QP0A 3PI5A 2IRZA 5P6OA 5P0RA 1OEWA 5P4YA 3LPKA 7HVPA 3R0WA 3WB5A 1RNEA 5HDVA 4CPSA 5OZEA 5P52A 2FGVA 1HIIA 2HS2A 1SGZA 3EXOA 5P4LA 3OU1A 5P7TA 4HDFA 3NWXA 4CMSA 2OHMA 1HSIA 3FIVA 3L5FA 3UQPA 4JECA 3EL9A 5IVQA 5C9DA 4CPTA 2XYEA 4MC9A 5I3YA 4Y3EA 5P4IA 3UDKA 2WJOA 5P2RA 5JODA 3GI6A 3ZKSA 5P7SA 1QBUA 3HDKA 3IVIA 5OZHA 3NU5A 4DQCA 3UQWA 5P1DA 3EM3A 2QI7A 3IXKA 4ZSMA 4Y4AA 2OHQA 4HLAA 5P09A 5P1WA 2G1SA 4FRJA 5P7CA 1HWRA 3CICA 5P0IA 5P5XA 3GGVA 4JPEA 1MPPA 3VFBA 5P0HA 1DPJA 1FB7A 2OHNA 4Y3GA 1AJVA 4EYRA 4R8YA 2PSGA 4WY1A 3HD8A 2JXRA 5OZQA 2NPHA 2APRA 4RYGA 5OZIA 2AZBA 2V11C 4GJAA 1GVUA 1PSOE 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2JYS A;  3TPJ A;  4EJD A;  3GGX A;  2ZJH A;  1HTF A;  3CKT A;  5P77 A;  5P02 A;  2I4Q A;  5P18 A;  3TLH A;  3ZOV A;  3PB5 A;  5P5O A;  2IDW A;  1SMR A;  3C9X A;  3WZ8 A;  5P40 A;  2VIJ A;  4WY6 A;  5P44 A;  2Q15 A;  2ER9 E;  3OAD A;  5P62 A;  4YD5 A;  5P20 A;  2V12 C;  1FF0 C;  1NPW A;  5OYR A;  2PYN A;  4AA8 A;  5FIV A;  5OZ3 A;  4Y43 A;  3UQX A;  3NUO A;  4Y5N A;  5P4O A;  3HVP A;  1A8G A;  5P3G A;  3GGA A;  3IVH A;  2QZK A;  4OC6 B;  3S56 A;  1QBT A;  5P75 A;  3QBF A;  4U8W A;  5P2G A;  5P1Z A;  4GMI A;  4Y5M A;  5P2V A;  5P53 A;  5P7Z A;  1LF3 A;  4CPQ A;  5P7V A;  1PSN A;  4EJL A;  3OXX A;  3SKG A;  1QS8 A;  5P8Q A;  2G69 A;  3TH9 A;  3T7X A;  4QJ8 A;  3KM4 A;  3RTM A;  5P8E A;  4DQB A;  2G1Y A;  5SY3 A;  5P0E A;  1HVR A;  4Y3L A;  3K5C A;  1FQ7 A;  5P7X A;  4TVG A;  2HB4 A;  3VF3 A;  3I25 A;  3I2L A;  2XFI A;  5P42 A;  4I0E A;  4Y3T A;  1B6L A;  2AOC A;  3NU9 A;  5P6P A;  4Y5B A;  5P1P A;  2BPZ A;  4EP2 A;  3PCZ A;  3OUA A;  5P4U A;  5P8B A;  3GI5 A;  4N00 A;  3CMS A;  5P85 A;  3VYE A;  3OUC A;  4OD9 A;  3PEP A;  2BQV A;  1EC2 A;  1B6M A;  4LXM A;  4Y50 A;  2Q64 A;  5P3R A;  1ZJ7 A;  2CEM A;  1JLD A;  2G1N A;  4Q1Y A;  5P5B A;  3CKR A;  4IVT A;  2I0A A;  4L7J A;  3DM6 A;  1PFZ A;  3FNU A;  1BIM A;  3GI0 A;  5P3C A;  4I12 A;  5P58 A;  5P89 A;  4D89 A;  3INE A;  2H6S A;  2HAH A;  2NTR A;  4EP3 A;  1EPM E;  3EC0 A;  4NPT A;  5P3E A;  3SLZ A;  3IAW A;  4FL8 A;  4RCE A;  5JFP A;  3QRM A;  3FV3 A;  4PEP A;  3AUP A;  1M4H A;  4H3I A;  5P6U A;  3IA9 A;  1BWB A;  3O9I A;  1M0B A;  5AHC A;  4L1A A;  5OZV A;  2FIV A;  4X2L A;  4YDF A;  4HDB A;  5P04 A;  2OHT A;  3I8W A;  1TCX A;  5DR1 A;  4Y3R A;  2V0Z C;  4B78 A;  2WL0 A;  4ZPG A;  1MET A;  5P2C A;  5P1G A;  1LEE A;  1LYA B;  2B8L A;  3I6O A;  3UDH A;  2BPW A;  8HVP A;  2B60 A;  2IS0 A;  4J1I A;  1W50 A;  2J9K A;  3LNK A;  3VSX A;  2R38 A;  2XFK A;  4PYV A;  3BUH A;  5P1C A;  2VIE A;  2O40 A;  3GGU A;  5ER2 E;  4B1D A;  5OZ4 A;  5P8K A;  5P6E A;  3O9L A;  3OGQ A;  3BGC A;  3OAG A;  5P5R A;  5P0J A;  4YD7 A;  1RQ9 A;  4Y35 A;  5P0K A; 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 3SAC A;  4R93 A;  5P49 A;  4RZ1 A;  5P72 A;  3O9D A;  3ER5 E;  4FCO A;  5P6M A;  3LZV A;  4Y5G A;  3VF5 A;  2JJJ A;  3S43 B;  1Z1H A;  4M8Y A;  2QD8 A;  5P8P A;  5P7P A;  3VSW A;  5P1A A;  2RMP A;  4B05 A;  5P88 A;  2WF3 A;  5P6N A;  5P30 A;  1BIL A;  1FMU A;  2RKF A;  2REN A;  4HVP A;  2WED A;  3SO9 A;  3TPR A;  3TKG A;  4B0Q A;  2QI0 A;  4J0V A;  5P4B A;  4B00 A;  3HLO A;  4RLD A;  5P5T A;  4YD4 A;  1AM5 A;  1TZS A;  1BAI A;  4BEK A;  4D8C A;  2PMA A;  1SH9 A;  3UPJ A;  5P15 A;  3PBD A;  5HDX A;  5P3Y A;  5P6H A;  5P8C A;  5P4P A;  5ISK A;  3BRA A;  3S45 A;  1HPO A;  2OHR A;  1APV E;  1ZP8 A;  2CEJ A;  5P39 A;  2O4P A;  5P3P A;  5P4D A;  5P8N A;  1XL2 A;  3RTH A;  2IKU A;  1VIJ A;  2QHY A;  4Y36 A;  4TRY A;  5P5H A;  1Z8C A;  5F00 A;  2RKG A;  1LYA A;  2B7F A;  5P1M A;  4K4Q A;  2NR6 A;  5HVP A;  2QU2 A;  1GKT A;  1A9M A;  1SDT A;  1MRW A;  4FRK A;  1HTG A;  1MEU A;  4YOB A;  2IKO A;  4Y3N A;  4KE1 A;  5TOL A;  2AVQ A;  3ZPT A;  1KJF A;  5P8J A;  3CYX A;  4LC7 A;  5OYU A;  5P3T A;  5P7W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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