5P4CA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 201
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4cA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p4cA01
1YX9A 2R5PA 4Y5NA 5P39A 4XXSA 3KYRA 4Y3PA 4TRYA 5P49A 4DPFA 2HB3A 3TPJA 4GZFA 3VEUA 3I7EA 5P1LA 5P71A 2B42A 1FB7A 5P0QA 4ER1E 3SO9A 1K6TA 3PSUA 5P75A 5P1DA 4R92A 1MERA 1QBTA 4AA9A 4K8SA 1ZTZA 4GJ8A 6APRE 4ZSPA 5P2GA 5HU0A 3WZ7A 1LV1A 4LXKA 3ST5A 1BDRA 3DJKA 4Y9WA 2NR6A 1DMPA 5P3CA 5OZXA 3LZUA 2QI3A 1EC2A 3B7VA 5P42A 5P2AA 3PMUA 3WSJA 3KMYA 2CENA 3NUOA 4CP7A 3L5DA 1B6MA 1E82E 3UQUA 1IVPA 5P4UA 1HVJA 4HDFA 5P1NA 4DQBA 3EKVA 4KE1A 5JFPA 3NR6A 5HE7A 5P52A 5P13A 4Y3DA 5P2DA 2J9JA 3EM6A 2WEDA 4J1KA 5I3VA 5P1EA 3NXNA 1W5VA 2WL0A 3L59A 5P11A 1QS8A 2ER9E 2ZJNA 4CPUA 1FQ7A 4KUPA 1SDVA 3ZKNA 3TLHA 2WJOA 5JFUA 3BHEA 4FGXA 4RGHA 5P0AA 1BDQA 2ZGAA 1SDUA 5P67A 3OOZA 2VA6A 4FRSA 4YD3A 3HDKA 4MC2A 5P5SA 3CKTA 1B5FB 5E5KA 2BPYA 3KDCA 5P0RA 5P5KA 3LINA 1B11A 4Y3MA 5OZ6A 5P03A 4HE9A 3LIXA 3EKYA 4A6CA 2MIPA 5P2JA 4Y47A 3NDXA 4ACUA 2G94A 3KN0A 4TRZA 2V00A 4APEA 1G35A 2I4VA 4EQ0A 2HB2A 5P2XA 2FS4A 4F75A 4FSLA 2QCIA 1SBGA 1AM5A 1FQXA 2PSVA 5P40A 1ODWA 1QDMA 2PYMA 2AVVA 5OZWA 2IL2A 5OZSA 5P0XA 1EPQE 4EQJA 1HPVA 4BFDA 5P4FA 4LXMA 9HVPA 2G1NA 3GGXA 2VA7A 5P1RA 1GVXA 3WZ8A 1MSNA 2Z4OA 5P35A 1LYWA 5P7BA 1ZLFA 1XL5A 2IQGA 4J55A 3PLDA 3ZPTA 1RV7A 1HVRA 4Y4XA 3L5FA 4CPTA 3S2OA 4LAPA 1LF4A 5P5RA 1AIDA 3UDMA 5P1VA 5P6IA 4GJCA 5P18A 3VF5A 2XYFA 4Y4BA 1HEGE 2JE4A 2VIEA 5P6EA 5OYVA 3OAGB 3QRSA 3URLA 4L6BA 3K5CA 4H3FA 2QHYA 3I25A 3EKWA 4Y44A 4L1AA 2HPFA 5P5WA 4Y53A 4XX4A 2IS0A 2G1RA 3OADB 4GJBA 4AUCA 2QU3A 1ODYA 3TPRA 4OD9A 4ZPGA 5P5AA 4Y45A 5P69A 5OYWA 4ACXA 5BS4A 1CMSA 1GVVA 4ZE6A 5P28A 5P8IA 5P6ZA 5P51A 5P8BA 5HDXA 3SKGA 5P7ZA 4B70A 2VA5A 3QS1A 1M43A 3UDJA 2IKUA 3LPJA 1FEJC 5OZIA 2G24A 5DR0A 4EPJA 1IZIA 4RYCA 3TKWA 1HEFE 5P1JA 2R38A 1APVE 5P5ZA 4GYEA 3HLOA 3VYDA 1XE6A 1BXOA 5DQCA 2P8HA 3OUAA 4EP2A 3NU3A 5P3BA 2FDPA 5P5EA 3LPKA 4DH6A 2OAHA 2R43A 3GI0A 2QZKA 1XN3A 5P0PA 5P1TA 2IDWA 1C6XA 4PZWA 3HAUA 1YG9A 5P2IA 5P26A 5P0YA 4IVTA 3GGAA 5P7AA 1GVTA 5P1KA 5P4BA 4Y51A 2I4WA 4JPCA 3VFAA 5P85A 4B1DA 2AVOA 3NU5A 2Q64A 2BPVA 2PMAA 3O9LB 1PPLE 1HSIA 2Q54A 4Y39A 5KR8A 5P7CA 3R1GB 3QI1A 1YM2A 1MUIA 5P38A 1FLHA 1VIKA 2FDEA 5P60A 5AH7A 3K5DA 4Y37A 3FSMA 1SGZA 4Y5LA 5DGUA 3TOHA 3LZYA 3QRMA 5IVRA 3VV6A 3EL5A 1BAIA 3PBDA 5P8JA 1MRXA 4MC6A 5P86A 5KOSA 4YDFA 5P2SA 4BEKA 1EPNE 1GKTA 3UCBA 2AOEA 5OZVA 5P7GA 4OBZA 5P4CA 1ZPKA 4ZIPA 4NJVA 3LIZA 2V11C 1AJVA 3CKPA 3HAWA 2V10C 5P6CA 5HCOA 3EL9A 4I0IA 3PI0A 2RKFA 1K6CA 2A4FA 5HE5A 5P63A 5CLMA 1LS5A 4DQHA 2BKTA 4Y56A 4RCEA 5F00A 3SM1A 1HPOA 1W5WA 2WECA 3INDA 2Q3KA 5P2RA 2AQUA 4EJDA 3OQKA 2PSUA 3LNKA 1EPPE 4J0VA 1GNOA 4B0QA 5AHBA 3S7LA 4K4PA 3NWXA 3I6OA 3VLBA 4EWOA 4EXGA 5P0NA 4Y38A 2VNMA 4Y43A 3VV8A 2QNNA 3CICA 4PPHA 2VIZA 5P6OA 4DQGA 5OYYA 1MEUA 2J9JB 3IXJA 3BRAA 3S56A 5HDVA 1WBMA 3SKFA 3KFNA 3OU4A 4DUSA 3GI6A 3LZVA 2F3FA 4Y35A 5P4XA 5P8HA 2UXZA 1C70A 5OZFA 4YCKA 3KMXA 5P4DA 3INEA 4Y5CA 1APWE 1PSAA 4WY1A 5P8AA 2R3WA 3ZKSA 1KJGA 2I0AA 5P1FA 4DJYA 3TL9A 4FM8A 1OHRA 5P5LA 4Y3RA 3FV3A 4ZSQA 1T3RA 4OBKA 2QI5A 5BRYA 2IENA 1ENTE 1XS7D 4Y3XA 4RZ1A 5P0WA 4Q1WA 3OU1A 5P6RA 4FSEA 3EXOA 2NNPA 2JYSA 2ZE1A 5P5GA 4PZXA 2V0ZC 1KJFA 1FGCC 3O9DA 2QK5A 5P7UA 5P8NA 5P6PA 5COKA 4RROA 1D4LA 3VYEA 5P0ZA 2NMZA 1TCWA 1FG8C 5OYRA 5P7NA 3UDPA 5P2WA 3IVIA 4ZSRA 5HE4A 3H0BA 2H6TA 1BBSA 4J1CA 3I8WA 5P1PA 5HCTA 1AJXA 5P2LA 3D1XA 4EXHA 5DR4A 3OWNA 4J1EA 5P3AA 5P6JA 5P7DA 3KDDA 3FNSA 5P1XA 2VJ7A 2QD6A 2AOFA 5P74A 4EJLA 5P4MA 1LYWB 1EC0A 3LHGA 3PEPA 5T4SA 5P3RA 3GW5A 4OBHA 2QHZA 4R8YA 2I0DA 3ZL7A 2QU2A 3EKXA 3VFBA 2OHMA 4EYRA 4A6BA 5P34A 5P2HA 3PRSA 2ZHSA 4M8YA 3RSXA 4Y4TA 3IA9A 3O9BA 1HTRB 3IGBA 2F80A 2XYEA 3UDHA 1IZDA 5DPZA 4WY6A 2WEBA 5P0GA 1D4KA 3OQ7A 4Y3LA 5P4KA 5P3FA 5P07A 4L1AB 1QBUA 5P8DA 3CMSA 3ZLQA 2AOGA 1GVUA 1IVQA 4OD9B 1PSNA 2NXDA 4LC7A 5OZ2A 4COEA 1EBWA 4GIDA 5P1UA 4Y3FA 3T7XA 5P17A 5P4HA 5P5OA 3URIA 4I10A 3SA5A 5ER2E 3SQFA 5P58A 5P3NA 2R8NA 2HIZA 3KF0A 5ER1E 3EBZA 2F3EA 2R5QA 2SAMA 5P0LA 1K2CA 5P4JA 5P73A 5P7WA 3OHFA 4YD6A 3H5BA 5P36A 5P3VA 5P14A 5P5UA 3PBZA 4FL8A 5P6HA 5P1WA 5P6TA 4YD4A 1G0VA 3U71A 4CPWA 4DVFA 4EJKA 1BVGA 1DP5A 3PI5A 4D83A 5P27A 1MSMA 2ASIA 1META 2V12C 3IVHA 4I0FA 4EHCA 1NH0A 5P8SA 4K9HA 2IGYA 5P3ZA 1RNEA 1BVEA 1KJ4A 1FG6C 2FMBA 5P6MA 2PH6A 5P43A 3QVCA 2IKOA 3FNTA 5P6GA 4YCYA 3ZPSA 3ZKMA 3ZPUA 2F81A 2R9BA 3OXXA 5OYTA 5P25A 4TVGA 5P0DA 5P65A 3UDRA 1SIPA 5P4NA 5P5YA 5E5JA 1EPME 3DV5A 3TOGA 5SY3A 4Y5MA 1LF2A 2O4NA 4Y3QA 5P3IA 4I8ZA 4FRIA 5KQXA 3HVPA 3O99A 5P6SA 3SPKA 5UPJA 2HPEA 3Q70A 5P8LA 3ZOVA 3OGQA 4R93A 1UH7A 2ZHVA 5P06A 3U7SA 4DJXA 1A8GA 2QNQA 2V16C 1TCXA 2VS2A 4BELA 3OXCA 3IAWA 2ZJIA 5ENMA 1KZKA 2APRA 1JLDA 2PK5A 5ENKA 2FXEA 2ER0E 1KJ7A 4GJDA 3S8IA 1W51A 4LBTA 5P0KA 4B1EA 1PSOE 5OZUA 5P3KA 4JP9A 4EP3A 5COPA 4ER2E 1BV9A 4B00A 6UPJA 4Y3WA 4DJQA 5P0FA 3QPJA 3NU6A 3ER5E 5AH9A 3VSXA 5P3DA 4FM7A 5P1ZA 1FQ4A 3FNUA 5P1OA 2WEAA 3TPLA 1HPXA 5P6KA 4Q1YA 5P5IA 4OBZB 5P1SA 3OGPA 4RVIA 4MC1A 2QI7A 1HVIA 1BV7A 5P8EA 3Q4BA 4Y4DA 4NPTA 1EPRE 1TSUA 5P2KA 4AZYA 3S43A 2OHLA 1HTEA 4A4QA 3KA2A 4Y3AA 3PWMA 5KR0A 5OZNA 5OZCA 5ISJA 2VJ9A 5DR8A 3LITA 5DR3A 5P0IA 5P88A 2PQZA 5OZMA 2IRZA 1FKNA 2Q55A 3FX5A 3PWWA 3HD8A 5KAOA 3GI4A 3Q5HA 4LXAA 1WKRA 4Y4UA 3G72A 4I1CA 4J0PA 4QGIA 2HB4A 3SA3A 3SM2A 3Q6YA 1MPPA 1EC3A 1D4YA 3T6IA 3IXKA 1SGUA 3KT2A 3NYGA 4YDGA 3O9IA 5P01A 5P2FA 4PEPA 3UDQA 3PGIA 3EKPA 4YOBA 5P00A 4DFGA 4Y4WA 3NDTA 4Y5BA 3OU4B 4Y4EA 4YD5A 3BVBA 3KFPA 5IE1A 3PCZA 2Q5KA 5P6YA 2PK6A 3CIDA 3T11A 3DCRA 5DR7A 4U8WA 2I4XA 4RRSA 5P1CA 1LYBA 3L38A 5P4AA 5P7OA 5P1YA 4FAFA 5P66A 5P7VA 4B78A 5OYSA 2F8GA 3OQFA 1IIQA 4YCTA 5ISKA 5P6FA 3BVAA 3OUDA 5P4RA 4OBGA 2ZDZA 4NPUA 5P8CA 3RTMA 1IZEA 3IXOA 5P4PA 1TW7A 3R0WA 5P5QA 1D4JA 1N49A 2AOHA 3T7QA 1HVSA 3EM4A 3OU1B 1EEDP 4WTUA 4Y3GA 1GNMA 2QHCA 4Z22A 5P89A 4GMIA 4Y3NA 1XN2A 3BGBA 3VSWA 5KR1A 1EAGA 1BWAA 5APRE 3OHHA 5P04A 2QD8A 5P7RA 3D1YA 4LL3A 5P64A 1QBSA 1HXBA 3VLAA 2ANLA 1IBQA 5P5DA 2G20A 4Y3ZA 1ZSRA 1NPVA 3URJA 5P02A 4Q1NA 2QMPA 5P2MA 1YTJA 2NXMA 1OEWA 4GJ9A 3OTSA 5P4IA 2P83A 4Y3YA 5P3PA 4J17A 1B6JA 4FCOA 4QJ7A 2RENA 3UHLA 2Q11A 4ZSMA 4TRWA 3QIHA 1F7AA 5TOLA 2RKGA 5P0TA 5AHAA 2AVMA 3SFCA 1FMXA 1EBKC 5P7KA 5P3OA 4FIVA 3O9HA 2AODA 2OHRA 1DPJA 4D89A 4J5JA 1FMBA 5P59A 4KB9A 5I3YA 5FIVA 4YD7A 1RQ9A 1Z8CA 2WHHA 1FMUA 3OU3A 5OZJA 7HVPA 3BGCA 3OUCA 5P7JA 3HVGA 3PWRA 4DV9A 5I3XA 3L5BA 1K2BA 5OZAA 5OZ3A 3FKTA 2WF2A 5AH8A 4QLHA 1WBKA 4IVSA 3SA9A 2H6SA 5P4VA 5P62A 4NJUA 5P20A 4I8WA 5P3TA 5P4YA 4Y50A 4HVPA 5P3MA 5J25A 4K4QA 2BPWA 5P2CA 5CONA 5P3XA 3UFNA 3JVYA 2CEJA 1ER8E 3HZCA 3TTPA 1AXAA 3DUYA 2WF4A 5P5NA 5HU1A 1W6HA 3PVKA 3QBHA 4D88A 3TPPA 3DCKA 2J9KA 3QAAA 1HIVA 5F01A 2I4UA 2ZYEA 3WB5A 5OZ8A 4Y57A 1YTGA 4Y3SA 5P0CA 2HS1A 5P81A 3IN4A 3UDNA 5JG1A 5B18A 1B6LA 3O9GA 5P8OA 1BWBA 3D91A 7UPJA 1YT9A 4QJAA 5IVSA 3BUFA 4Z50A 1YTHA 5P24A 3O9AA 5DQ2A 3WB4A 2HC0A 1W5XA 2R3TA 1LF3A 4J0ZA 3OXWA 5P8GA 1MVPA 3MSLA 4H3JA 1SMEA 2QZXA 3DV1A 1B6PA 1HTGA 3HBOA 5P84A 3VG1A 2O40A 2BJUA 5P2EA 4I12A 4Y5PA 1E81E 4Y54A 3UDKA 3D20A 4Y5KA 3OXVA 4X7IA 3NU9A 2JXRA 3UFLA 1AZ5A 1EBYA 5HTZA 2OHTA 4DJOA 5P2OA 4H3IA 5P3LA 2HM1A 4R91A 5P0MA 5P8PA 5P7IA 4Q1XA 1D4HA 4DQCA 2G1SA 1K1UA 5P0HA 2VKMA 2QD7A 3T7PA 5P4WA 1Z1HA 2Q63A 5P79A 5P2ZA 3K1WA 4J0TA 5P1MA 4QJ6A 3MXDA 5C9DA 5OZHA 4KE0A 1HVKA 4D8CA 4RVJA 3PMYA 5P48A 5P12A 1HRNA 5C9BA 5KQZA 4FAEA 2B8VA 3GGUA 4ZLSA 3S45A 2OHQA 1VIJA 5P5BA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1YX9 A;  2R5P A;  4Y5N A;  5P39 A;  4XXS A;  3KYR A;  4Y3P A;  4TRY A;  5P49 A;  4DPF A;  2HB3 A;  3TPJ A;  4GZF A;  3VEU A;  3I7E A;  5P1L A;  5P71 A;  2B42 A;  1FB7 A;  5P0Q A;  4ER1 E;  3SO9 A;  1K6T A;  3PSU A;  5P75 A;  5P1D A;  4R92 A;  1MER A;  1QBT A;  4AA9 A;  4K8S A;  1ZTZ A;  4GJ8 A;  6APR E;  4ZSP A;  5P2G A;  5HU0 A;  3WZ7 A;  1LV1 A;  4LXK A;  3ST5 A;  1BDR A;  3DJK A;  4Y9W A;  2NR6 A;  1DMP A;  5P3C A;  5OZX A;  3LZU A;  2QI3 A;  1EC2 A;  3B7V A;  5P42 A;  5P2A A;  3PMU A;  3WSJ A;  3KMY A;  2CEN A;  3NUO A;  4CP7 A;  3L5D A;  1B6M A;  1E82 E;  3UQU A;  1IVP A;  5P4U A;  1HVJ A;  4HDF A;  5P1N A;  4DQB A;  3EKV A;  4KE1 A;  5JFP A;  3NR6 A;  5HE7 A;  5P52 A;  5P13 A;  4Y3D A;  5P2D A;  2J9J A;  3EM6 A;  2WED A;  4J1K A;  5I3V A;  5P1E A;  3NXN A;  1W5V A;  2WL0 A;  3L59 A;  5P11 A;  1QS8 A;  2ER9 E;  2ZJN A;  4CPU A;  1FQ7 A;  4KUP A;  1SDV A;  3ZKN A;  3TLH A;  2WJO A;  5JFU A;  3BHE A;  4FGX A;  4RGH A;  5P0A A;  1BDQ A;  2ZGA A;  1SDU A;  5P67 A;  3OOZ A;  2VA6 A;  4FRS A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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