3ZKIA

Bace2 mutant structure with ligand
Total Genus 92
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
92
sequence length
384
structure length
365
Chain Sequence
NFLAMVDNLQGDSGRGYYLEMLIGTPPQKLQILVDTGSSNFAVAGTPHSYIDTYFDTERSSTYRSKGFDVTVKYTQGSWTGFVGEDLVTIPKGFNTSFLVNIATIFESENFFLPGIKWNGILGLAYATLAKPSSSLETFFDSLVTQANIPNVFSMQMCGAGNGGSLVLGGIEPSLYKGDIWYTPIKEEWYYQIEILKLEIGGQSLNLDCREYNADKAIVDSGTTLLRLPQKVFDAVVEAVARASLIFSDGFWTGSQLACWTPWSYFPKISIYLRDENSSRSFRITILPQLYIQPMMYECYRFGISPSTNALVIGATVMEGFYVIFDRAQKRVGFAASPCAEIAGAAVSEISGPFSTEDVASNCVP
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords BETA-SECRETASE 2
publication title Mapping the Conformational Space Accessible to Bace2 Using Surface Mutants and Co-Crystals with Fab-Fragments, Fynomers, and Xaperones
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 92
structure length 365
sequence length 384
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.45: Memapsin 1.
pdb deposition date 2013-01-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkiA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3zkiA02
5P7ZA 3OGPA 2UY0A 2H6TA 2OHQA 5COOA 3VCMA 2IEOA 4OBHA 5EZZA 3PMUA 2QMFA 1APVE 3TOHA 1FEJC 5KQXA 1TSQA 4M8YA 4FRIA 5P6HA 1BV9A 4QJ6A 1GNOA 2NMZA 5P87A 3SFCA 2NTRA 5P8KA 1J71A 1TW7A 2RKGA 3L5FA 5P12A 5P1OA 3EL1A 2PH8A 3S43B 3PI0A 4J0PA 4BFDA 1CPIA 3SO9A 2IGXA 1RPIA 1RL8A 3VFBA 5OZ3A 4Y4TA 2F3KA 5P1WA 4PHVA 1DW6C 3T7XA 3OY4A 3URLA 2ER7E 4ZSRA 1FKNA 1W5XA 5P5LA 5OZKA 3O9LA 5P3KA 3WZ6A 1HRNA 3LZUA 2HIZA 3Q5HA 3EKQA 4Y3YA 2QMDA 4GJCA 2WEDA 5P3VA 5P73A 2QMPA 5P3OA 3TPLA 3NUJA 3SA6A 1TCXA 1ZTZA 4L1AB 5P2UA 5P7PA 5IS4A 1VIKA 2ER6E 2OHMA 3D1ZA 2I4DA 1MRWA 2JXRA 5P7UA 3I2LA 3ZKIA 1SP5A 2WF1A 5P3TA 5P8VA 5P4XA 5C9DA 1BBSA 5P14A 1ZSFA 4DJVA 2R43A 5OZLA 5P7OA 4AA9A 1MT8A 3OAGB 3RSXA 1OEXA 3L5BA 4U8WA 3NYGA 3PLDA 3ZPUA 5P0AA 3HVGA 3TPPA 3GI0A 3Q4BA 1KJ7A 3HAUA 2HB2A 5P78A 1LZQA 2AOIA 2WF3A 5P39A 2IRZA 3F9QA 5P6LA 5P13A 4KE0A 5F01A 4Y4WA 4RGHA 5OZ9A 1YX9A 2H6SA 3O9GA 5P0OA 5P3JA 4J1CA 3LPIA 3PSGA 1HPSA 5P6CA 2HC0A 1LYWB 3HVPA 5P5QA 2CENA 5SZ9A 4YCTA 3KMXA 4OBKA 5P1KA 4Y3NA 4EP2A 5P8UA 3G70A 3EM4A 5P2EA 5P88A 5P3MA 5OZJA 2HPEA 3FV3A 5P5WA 1C70A 1B6JA 1ODXA 3IGBA 1HVSA 4QJAA 4Y36A 3EL0A 4GJDA 4E43A 5AHCA 5T4SA 6UPJA 3BC4A 1JLDA 4U7VA 3NU9A 5P3WA 4B72A 1PFZA 1EC1A 4FLGA 4Y4GA 2AVMA 4H1EA 3OUCA 5P2RA 1SMRA 4ACXA 3OOTA 3UQUA 4Y3AA 4R95A 3D20A 5OZUA 3QVCA 5P53A 2I4WA 2FLEA 4CPRA 3EL4A 1K1TA 3B7VA 5P59A 5OZIA 2P3BA 5P2GA 3VSXA 2O40A 1MPPA 5OZPA 3AUPA 2B7ZA 5HTZA 3KDBA 4Y47A 1ER8E 1BAIA 3SA5A 5P4QA 5P7WA 3RVIA 5HDUA 5P25A 3BXRA 4K4QA 3PBZA 3MXEA 2B7FA 3LHGA 3OU4A 4HZTA 4YDGA 4GIDA 5P38A 3UPJA 3QAAA 5P4YA 5P49A 3OXXA 3SABA 3ZKQA 2PWRA 4Y3SA 2OF0A 2VNMA 4D85A 5P1TA 4I12A 3UDYA 5DQ5A 5HD0A 3QVIA 3BGCA 2HAHA 5P1AA 1XL2A 1EBKC 1A8GA 2CEJA 4X7IA 5P8RA 4YD4A 4Y5AA 3O9DA 3RSVA 3NLSA 3NU6A 5P6EA 5P5TA 3R1GB 2AOCA 1UH8A 3GI5A 5P1VA 4ACUA 4CPUA 5P7BA 4I10A 1BDQA 5P27A 4DFGA 3SM1A 2NXMA 4L7JA 4ZPEA 5ENKA 4DJWA 2WKZA 4PZXA 2G69A 4COEA 2ZHTA 1PPLE 4Y4EA 5OZVA 3WB4A 1VIJA 2APRA 1W5VA 2OHPA 2R3TA 4NPUA 4K8SA 3T7PA 2RMPA 4ZSMA 5P15A 5BS4A 3K5CA 3LIZA 2O4PA 2BQVA 3EKXA 4B1DA 2HM1A 2ZE1A 1BXQA 5OZ5A 3OQFA 5P3XA 2BBBA 3LIXA 5JFUA 4WY1A 1WKRA 3NDTA 5P5NA 4Y3JA 3L5CA 5OZ6A 5P0WA 5P0UA 4Y3LA 4APEA 5P00A 1HPXA 3LZVA 2BPYA 5P7TA 1MT9A 5P8LA 4DQBA 4EWOA 3T6IA 5P79A 4HDBA 3T11A 3N3IA 1ZP8A 5P2OA 1SH9A 3VYFA 4LC7A 5P8QA 4BELA 3QI1A 5P8EA 5P6OA 4J1IA 5P2DA 5P5AA 1E82E 1NPAA 4Y3DA 5P4BA 1APTE 2ZJLA 5P4PA 1HPVA 1T7JA 4ZIPA 5P03A 1HVJA 2V10C 2V12C 4PEPA 5P8FA 3NR6A 4CPTA 2V16C 3PJ6A 2QP8A 2HS2A 2PYNA 5P68A 4LHHA 2B8VA 4B78A 3TNEA 5P0TA 2BPVA 4Y57A 2Q54A 4Y58A 5P07A 5P2LA 2P3CA 5P1EA 3KM4A 3OOZA 1LF2A 1ODWA 3D91A 2AZCA 4F75A 4NJSA 5P46A 4RCEA 1K6TA 5P0DA 3R0WA 1HVKA 4DQFA 3H0BA 4H3IA 5P2HA 4EJDA 4B0QA 1EPQE 2HPFA 5P2KA 1ZJ7A 4K4PA 1SMEA 3EXOA 5UPJA 2QHCA 5DQ1A 1Z1RA 4YE3A 4JPCA 5AHAA 4Y4DA 4ZE6A 5P8PA 5P1YA 1AJXA 1IZIA 3TOGA 1KZKA 1GNMA 5P0XA 2G94A 5P6XA 2CEMA 3OUDB 2XFIA 3FNTA 3UQPA 2ZHVA 3INDA 3UDPA 1SGZA 1LYAB 1YT9A 3CKPA 1FQ5A 3TTPA 1E81E 4Y5KA 3UFNA 4Y5CA 3ZKXA 2HB3A 5P2FA 2Q3KA 1AXAA 5P6GA 5APRE 4I0EA 4Y37A 3QPJA 5P77A 5DQ2A 2AVSA 5HE7A 1QS8A 3R2FA 2I4QA 3PEPA 3URIA 2V11C 4I0JA 3R0YA 5OYVA 5P4EA 1W51A 1HTEA 4J54A 3NU3A 2XFKA 3LIVA 3NU4A 2A1EA 3G72A 4Y5NA 4D88A 1YM4A 5P1IA 3OQAA 4FM6A 4B00A 1AZ5A 1MSMA 5P84A 4Y9WA 5P37A 5OYWA 1FFFC 2ER0E 2F3EA 5P8CA 3T7QA 4CKUA 5P35A 3BUFA 5OZDA 5P1XA 1T3RA 5P6BA 3URJA 3M9FA 4J1FA 3S7MA 2NXLA 2QZLA 3EBZA 3DUYA 3UTLA 2RKFA 5P81A 4FRKA 3UDKA 4I0ZA 3L3AA 2AOGA 5P7AA 1IZEA 3PWRA 3CKTA 1CZIE 2IDWA 5OZZA 1PROA 1ME6A 2AOFA 4XXSA 1TQFA 2ER9E 3BGBA 3LPJA 5EZXA 2Q15A 4Y5BA 2I4XA 5P7QA 4QLHA 2PK6A 5P3EA 5P5BA 3NUOA 4J0ZA 2QNQA 5P52A 5P44A 4EQ0A 3SKGA 1HEFE 2QI3A 3KFNA 1UH7A 5OZBA 1FB7A 5OZEA 4DJYA 3I6OA 4EP3A 3LIYA 5P3PA 4Y48A 2QAKA 4F76A 1BILA 4DV9A 5P5KA 4APRE 3CIDA 3TLHA 2PK5A 3CYXA 4I8ZA 2R8NA 2WEAA 4I8WA 2FDPA 1PPME 5OZCA 2QI6A 4DQHA 5P0CA 4Y53A 3OXVA 5P11A 3KFPA 3O9AA 3IVHA 5BWYA 3UDJA 2QNNA 3QBFA 1TZSA 4DJRA 5I3XA 5P82A 2SAMA 3ST5A 1A9MA 3K4VA 2QD6A 5OZ0A 2ZDZA 2WL0A 3PB5A 5P5XA 2QU2A 5OYSA 3L5EA 3PCZA 3DM6A 4H3GA 5P85A 3JW2A 5P8SA 4UPJA 3WZ7A 1C6ZA 2F81A 4OBZB 5P7VA 1EBWA 1DP5A 4Y6MA 5P8DA 4GJ5A 3I25A 1K2BA 5P36A 2FDDA 5DR7A 5P7XA 3QP0A 4AMTA 4IVTA 3HDKA 5DR0A 3TL9A 5P54A 3K5DA 3OU1B 4DI2A 1EEDP 2G22A 3BHEA 6FIVA 4Y3FA 5P2AA 4EXGA 5P1FA 5P6DA 3PGIA 5P1PA 4DH6A 1FG6C 2ZJNA 3LPKA 1YG9A 3HD8A 4FSEA 3VF5A 4EXHA 3KMYA 5P1ZA 3FX5A 1GNNA 3VYEA 1BVGA 1XL5A 1B5FB 1D4SA 2R9BA 1HOSA 3CIBA 5DQ4A 2IS0A 5DR8A 5P58A 3UQRA 1LYBB 5P76A 2VIJA 3UFLA 5P0NA 5HDZA 3TH9A 2UXZA 3MSKA 5P0LA 1BXOA 5P6AA 5KR8A 5P1RA 3PVKA 1IIQA 1XE6A 5P09A 4FE6A 4RCDA 5P2CA 4Y4UA 3EKWA 5P4JA 5P0SA 5P6SA 4Y3ZA 1SDUA 5P3DA 5P7KA 5KOSA 1U8GA 3FNUA 5P6IA 4DUSA 4Y4XA 3PSYA 5J25A 5OZXA 1FGCC 4OBGA 3SA9A 2A4FA 5P0KA 5CLMA 2VA7A 3INFA 2Q63A 4Y5LA 3ER3E 1HEGE 4DJOA 2WEZA 5P1BA 5P3GA 2QI1A 5BRYA 1NH0A 4ER2E 5P2YA 3OQ7A 1EBZA 4U7QA 5P5UA 1DMPA 1NPVA 1GKTA 4K9HA 2R3WA 5P6JA 3UDNA 5OZ1A 3LZYA 3DV1A 4OC6B 3O9BA 4DQCA 1LF3A 4RVIA 3D3TA 3FSMA 2BB9A 3OQDA 3PSUA 4NJUA 1XS7D 5P08A 3L58A 1IDAA 1HIVA 4YHQA 4F73A 2AZ9A 3SACA 4RCFA 2AZBA 1M4HA 1HIIA 4DJPA 1IVPA 3TKGA 2FS4A 2WEBA 4Y54A 4YA8A 5AH6A 3S53A 1EC2A 3UDMA 5COKA 2J9JB 2P8HA 3OADB 5P4TA 5P74A 4FL8A 3APPA 3DV5A 4OD9A 4DJXA 3JVYA 2VS2A 3NWQA 1HVRA 4B1CA 4FM8A 5P4SA 4LBTA 5P0MA 3S2OA 4Y4JA 5DQCA 3DCRA 3EL9A 5P5FA 3ZKMA 2I4UA 2PWCA 4QJ2A 4Y3XA 4ZSQA 4JPEA 1BV7A 3OK9A 2R38A 4XX4A 3BRAA 5OZAA 3SAAA 3O99A 3GGXA 1YTIA 5OYZA 2QZWA 4HEGA 3PMYA 5P7MA 3FNSA 5PEPA 5P4IA 5P1DA 3KDCA 2BPWA 2NPHA 4L7HA 3IN3A 3GGUA 3DJKA 1IZHA 5C9BA 3RTNA 5P5CA 1HVIA 1T6GA 1UPJA 5P8AA 1EPLE 2BPZA 2V00A 4B70A 4ER4E 1FQ7A 3ZKSA 1HVCA 2PSVA 1HSHA 2P83A 5P33A 3TKWA 2VKMA 5P34A 2I0DA 4R8YA 3H5BA 3EKYA 4Y44A 1SBGA 4Y38A 4Y56A 1IBQA 2PQZA 3ZLQA 3OHHA 3ZMGA 1GVXA 3CYWA 1KJFA 3K5GA 3S43A 1EPPE 2P4JA 5P7DA 5OZSA 3OXCA 3KT2A 4FAEA 5P2WA 5HE4A 2AVOA 5KQYA 3RTHA 4GJ8A 3S8IA 4Y39A 5P0HA 5TOLA 2I1AA 2VA6A 5P5PA 3OXWA 3TPRA 3K5FA 2ANLA 5P28A 4FSLA 5P3IA 4I0IA 2FNTA 5P19A 3GW5A 1SGUA 1QDMA 5P5DA 4ZPGA 5P0QA 1K6VA 3MWSA 5P5RA 2ZJMA 4LXKA 2XFJA 4K4RA 5P8OA 4ZEAA 5KR1A 4CPSA 2JJIA 3GI6A 5P20A 7HVPA 1T7IA 4L1AA 2IKUA 5P22A 2QMGA 5P6YA 2I0AA 5CONA 3Q3TA 5P02A 1W50A 3CMSA 3SPKA 5P6FA 5HU1A 5B18A 4Q1WA 4KB9A 4BEKA 4QJ9A 1LEEA 4JP9A 5P18A 4RLDA 2RENA 5P3NA 2G1YA 3WSJA 5P0EA 1PSOE 5P7NA 4TRYA 4GYEA 1W5YA 1MT7A 5P7HA 3OAGA 4BFBA 2O4KA 5P61A 4Y3HA 3EC0A 4Z22A 5P4GA 4Y35A 5HVPA 3OUBA 5P5IA 2WF4A 2FXEA 5P0VA 5P57A 2ZHRA 4Y5EA 4J1KA 2Q64A 5IVTA 1BWAA 3OU3A 4J5JA 1ENTE 3IN4A 4EQJA 3ZKNA 1B11A 5P2BA 2PYMA 3K4VC 1DAZC 1LYWA 5OYUA 2P3DA 1A94A 4PYVA 5P41A 3CICA 3UHLA 4DVFA 5P1GA 1HVHA 5P47A 1PSNA 3QIHA 5P04A 4CPXA 3IXJA 3O9HA 5HU0A 5P89A 5P2VA 4OC6A 3DCKA 1C6XA 5P55A 5P05A 4YOAA 5P8NA 5P80A 2R5PA 4H3FA 3LNKA 5P0IA 5OYXA 5P8GA 4EJKA 2QD7A 5P4KA 5P0FA 4H3JA 1D4KA 5P7CA 3GGVA 1QBTA 2QU3A 5P65A 1QBUA 4Y51A 5OZNA 1YTHA 4M8XA 1MERA 2G21A 5P3FA 1GVTA 2NNKA 3I8WA 4Y4ZA 3MSJA 5DR3A 3GI4A 4TRZA 3PWWA 3VFAA 3OWNA 5JG1A 5OZHA 3N4LA 1HSIA 4Y5MA 5P24A 5OZYA 5OZTA 3VF3A 4YBFA 4XX3A 2Q5KA 1Q9PA 1K6CA 2Q55A 1AIDA 3RTMA 1B6LA 3D1XA 3KFRA 4YD3A 5I3YA 2EWYA 5P2NA 5P2MA 4DJQA 5P0JA 3ZL7A 1HVLA 3ZPTA 3LZSA 1B6PA 3A2OA 1N49A 4YOBA 4Z4XA 3AIDA 5P70A 4ZSPA 4HVPA 3IXKA 5HCTA 1NPWA 1B6MA 4LXMA 4J55A 1ZPKA 1KJ4A 2WF2A 4EPJA 3WB5A 1QBRA 3SA8A 3L5DA 3NDXA 4FRJA 5P3QA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7Z A;  3OGP A;  2UY0 A;  2H6T A;  2OHQ A;  5COO A;  3VCM A;  2IEO A;  4OBH A;  5EZZ A;  3PMU A;  2QMF A;  1APV E;  3TOH A;  1FEJ C;  5KQX A;  1TSQ A;  4M8Y A;  4FRI A;  5P6H A;  1BV9 A;  4QJ6 A;  1GNO A;  2NMZ A;  5P87 A;  3SFC A;  2NTR A;  5P8K A;  1J71 A;  1TW7 A;  2RKG A;  3L5F A;  5P12 A;  5P1O A;  3EL1 A;  2PH8 A;  3S43 B;  3PI0 A;  4J0P A;  4BFD A;  1CPI A;  3SO9 A;  2IGX A;  1RPI A;  1RL8 A;  3VFB A;  5OZ3 A;  4Y4T A;  2F3K A;  5P1W A;  4PHV A;  1DW6 C;  3T7X A;  3OY4 A;  3URL A;  2ER7 E;  4ZSR A;  1FKN A;  1W5X A;  5P5L A;  5OZK A;  3O9L A;  5P3K A;  3WZ6 A;  1HRN A;  3LZU A;  2HIZ A;  3Q5H A;  3EKQ A;  4Y3Y A;  2QMD A;  4GJC A;  2WED A;  5P3V A;  5P73 A;  2QMP A;  5P3O A;  3TPL A;  3NUJ A;  3SA6 A;  1TCX A;  1ZTZ A;  4L1A B;  5P2U A;  5P7P A;  5IS4 A;  1VIK A;  2ER6 E;  2OHM A;  3D1Z A;  2I4D A;  1MRW A;  2JXR A;  5P7U A;  3I2L A;  3ZKI A;  1SP5 A;  2WF1 A;  5P3T A;  5P8V A;  5P4X A;  5C9D A;  1BBS A;  5P14 A;  1ZSF A;  4DJV A;  2R43 A;  5OZL A;  5P7O A;  4AA9 A;  1MT8 A;  3OAG B; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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