3PI5A

Crystal structure of human beta secretase in complex with bfg356
Total Genus 98
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
98
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design, synthesis and SAR of cyclic hydroxyethylamine (HEA) BACE-1 inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 98
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2010-11-05

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi5A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3pi5A02
5DQ5A 5P3QA 5SY3A 2G1RA 3DCKA 3G6ZA 3VSWA 4FE6A 1IBQA 5P1ZA 5P61A 5P6EA 5P0WA 1U8GA 4LXMA 2ER6E 3EMYA 1YG9A 5P2LA 5OZUA 1IVPA 2PSGA 5P10A 2ZHRA 5P0FA 3DV5A 4I0HA 5HDXA 5P7WA 4I11A 1G6LA 1MT8A 2MIPA 3L38A 2SAMA 1KJ4A 5P3SA 1QBTA 1CZIE 4J1HA 3UDRA 1GNNA 4H3GA 2G1NA 4I8ZA 5OZ2A 4Q5MA 5P0LA 1APWE 5P4YA 1AIDA 2XFJA 2PYNA 3GGVA 1A8KA 1BWAA 1PSNA 3KA2A 3ZKNA 1YTIA 4Y3SA 3H5BA 5P69A 4Y5BA 5DGUA 3FV3A 3O9LA 5P3YA 2ASIA 4ACUA 3NLSA 5KQFA 3RTMA 3D1ZA 1HBVA 3U7SA 1APUE 2PH8A 1DPJA 4L1AB 2JJIA 4DJWA 4Y45A 1TCXA 1FMBA 4Y9WA 3O99A 4DJPA 5I3VA 1FQ4A 1D4LA 3L58A 2WF2A 5BS4A 5OZBA 5P11A 2WHHA 3SA7A 2UPJA 1BWBA 1LYBA 4FGXA 5P3XA 4AMTA 5EZZA 3LNKA 4Z50A 3EKQA 4YCYA 5P1XA 5P8FA 3O9EA 5P28A 4NKKA 3KDBA 1SH9A 2AVMA 1UH7A 5P3CA 3HZCA 1DW6C 5OYZA 1K6TA 2CEJA 3Q6YA 2FS4A 4Y35A 2F3KA 2UXZA 4K4QA 2JJJA 3KM4A 2ZE1A 5P70A 5P7NA 5P5FA 4DV9A 1DIFA 3ZKGA 3PWWA 3S2OA 4DJUA 4EWOA 2BPXA 3SM1A 5P25A 5P2DA 3S8IA 2WF1A 4JECA 4YA8A 1SDUA 5P5BA 1HPOA 1TW7A 5P3PA 4TRYA 4ER2E 2OHSA 3PLLA 3SKFA 5P1VA 5P3RA 2HB3A 5P56A 3EKVA 4AUCA 3K5DA 4I1CA 4L7HA 4OBKA 5JFPA 3I8WA 3GGAA 5P60A 1CMSA 2BKSA 2RKFA 4Y3AA 4L6BA 5P4HA 3UQXA 2OHTA 5P3OA 5P7AA 5P0QA 3APRE 1XN3A 5P1OA 4Y36A 3OTYA 4RRNA 4JP9A 1UH8A 3VF3A 5P4XA 3ZOVA 5DR3A 1IDBA 4QJ6A 5P5RA 5HE5A 5P14A 3M9FA 1RV7A 2IGXA 1Z1RA 2I4DA 3EKXA 1OEXA 3BC4A 4XX4A 1T7JA 3ZKMA 2IRZA 5P7ZA 2G1YA 3KFNA 2IEOA 2G21A 4B78A 3PCWA 3PLDA 5P29A 2Z4OA 1GNOA 4J1KA 2F81A 2HIZA 5P8CA 4AA9A 4A4QA 3WZ6A 3Q3TA 1HXWA 2PWRA 5DR4A 1EPNE 1EPRE 5P5QA 3EKPA 1LS5A 3TNEA 3OUDB 5P40A 5ISKA 5HU0A 2J9KA 1GVXA 2V13A 3EL0A 1B6JA 5P5OA 5P0TA 2F3EA 5P19A 3IXJA 5OZZA 1LF3A 1PSAA 3G72A 5P4KA 4Y3MA 3S45A 4Q1XA 4B70A 4B72A 5P8PA 3QVIA 3PWMA 3VV6A 5P63A 4R5NA 5P7PA 5P6GA 3OK9A 3D91A 4B1DA 5P34A 3UTLA 1HIIA 3QI1A 3AIDA 2Q5KA 3OY4A 5P1LA 3URLA 5P5XA 3F9QA 4BFDA 2VS2A 3GI0A 1WKRA 1F34A 1YTJA 1Z8CA 5AHBA 1HEFE 2G94A 2QMFA 3FNSA 5P06A 3SA8A 1FQXA 5P46A 2JYSA 3UDKA 5P55A 3WB4A 2VJ6A 3R0YA 5P3AA 5P5CA 5P62A 5P02A 3K5CA 5P81A 1D4SA 3RSVA 5IVTA 5OZ1A 1K2CA 4EYRA 1BVEA 3H0BA 3S56A 5HDUA 5P64A 5P51A 3SAAA 1AVFA 5P1AA 2VJ9A 3TOHA 4NPTA 1MEUA 1MTBA 5P2YA 3S7LA 3KMXA 3K5GA 3T7QA 5P26A 1SBGA 5OYQA 4EJLA 1HSGA 3DM6A 1F7AA 5COKA 3L5EA 5P3MA 5P2KA 4TRWA 3VFBA 5P53A 1EAGA 5P32A 4HE9A 3ER5E 1YX9A 4FRIA 4YD4A 3NUJA 2P83A 3PMUA 1UH9A 5P2EA 2PYMA 4DI2A 2BPZA 3BGCA 1SMRA 5P5MA 2B60A 1CPIA 3VFAA 1C6YA 1ENTE 5IVQA 3DV1A 4D89A 3UDPA 4PZWA 4PZXA 3RU1A 3VYEA 1HPSA 1D4HA 3LZSA 5P12A 1G2KA 4APRE 5OZKA 4GIDA 5P24A 1ER8E 1M43A 5AHCA 1RL8A 3UF3A 3GI4A 4EJ8A 2XYFA 3S43B 2NTRA 5OZEA 5OYXA 5DQCA 3KMYA 5C9BA 4Y4DA 4OBZA 2OHUA 3R1GB 5OZ8A 1HTFA 1XE5A 5P05A 4ACXA 5P3KA 1ZLFA 4U7QA 1YM4A 2AOIA 2NNPA 5P7BA 5P3ZA 3U71A 5P4FA 2ZJNA 3EKWA 5P00A 2UY0A 5P8HA 3S7MA 4Y3HA 4Y5MA 3EBZA 5P2BA 5P2IA 4GJAA 5P1BA 4U8WA 1MSNA 5P1DA 4FM7A 1EC0A 2F3FA 5P8JA 4NJUA 2NPHA 1B6LA 2B8LA 2OHKA 4ZPEA 3OADB 3TOGA 3VYFA 3LITA 5P3BA 2ER0E 2OHNA 2QD6A 5P33A 4Y3GA 2P3CA 5P41A 4Q1WA 3L5FA 5IVRA 4ZSMA 5OZGA 4I0GA 5P0OA 1A9MA 2O4NA 3NU5A 4B77A 5P1NA 5P77A 3DJKA 5P50A 4IVSA 2J9JB 2QMDA 2B8VA 4Y5EA 4GJCA 2NXDA 2IGYA 3D3TA 3O9CA 1B6MA 3NR6A 5P23A 5P47A 5OZYA 5BRYA 5P7TA 5I3WA 5P6JA 5P2VA 3OHHA 1T7KA 1C6ZA 1FG6C 3VG1A 5DQ4A 1FQ5A 5ER2E 4ZEAA 4QJAA 4DPFA 3PBDA 2PC0A 4H3JA 1LYAA 2QHCA 5DQ1A 3WSJA 5P4PA 5P3HA 5OYSA 1K1UA 1EBZA 2V00A 2VIYA 1HTGA 5P4IA 3VV7A 2P4JA 2ZGAA 1QBSA 4B0QA 1XN2A 1BDRA 5P1GA 3K4VA 4EXGA 3EM4A 4DQCA 2XYEA 4DQFA 1W50A 5P6WA 1TSUA 4IVTA 3T7XA 5P4ZA 4PEPA 3VYDA 3OXCA 1MPPA 2HB4A 5P5JA 4D8CA 1MERA 4Y3JA 3INFA 3OQFA 5KR0A 1FEJC 4B1CA 2Q63A 4F74A 3OTSA 4DQGA 1NSOA 5KQZA 1D4JA 5P86A 4B05A 2Q3KA 4ER4E 4ER1E 3WZ8A 4FRKA 4Y3FA 5P5ZA 1B6PA 3L5BA 5OZLA 2G1SA 1PSOE 5P4EA 2AIDA 5OZ5A 5P58A 4DJQA 4D85A 4Y3WA 1AAQA 5P82A 4COEA 4GB2A 5SY2A 1RQ9A 4LAPA 1BV9A 1VIKA 5P2QA 1LV1A 4QJ2A 5P84A 1FKNA 5P8QA 1FLHA 5P7JA 3SLZA 2RENA 3HVPA 1AXAA 2P3DA 2WF0A 4Y3RA 5DR8A 2VNMA 2FGVA 3INHA 1ZPKA 4Q1NA 1MUIA 2P8HA 5P27A 5P7IA 1FG8C 2AVVA 3O9IA 1K6PA 1DMPA 3BGBA 5P80A 5KOQA 2AOFA 3KT2A 1EPPE 5P2SA 3ST5A 1META 5OYWA 3O9DA 3IVIA 4Y4UA 2HB2A 3UDJA 4DH6A 3OUAA 1M4HA 5OZ6A 5P1FA 3NYGA 3VCMA 4JPCA 4OBFA 3L5DA 4BEKA 5P0HA 3GGXA 1WBKA 3I25A 1EPLE 2NXMA 3K5FA 5OZPA 4ZPFA 1XL2A 3RTHA 5P0JA 3UQPA 4L1AA 5P8LA 5P15A 3OU1B 4FAEA 2IL2A 1MESA 5OZ9A 4OBDA 4Y48A 6FIVA 5SXNA 5P6IA 4UPJA 4FLGA 3UDMA 2RSPA 5DR0A 2O4SA 5P18A 3LHGA 5P0YA 3UQUA 4OC6B 1HIHA 5P36A 5P6AA 1EC2A 2IDWA 4R93A 1ODYA 4QGIA 5P5NA 4DJOA 5P7RA 5P22A 5IVSA 5P6PA 5P13A 5P1EA 2FMBA 3T3CA 3TKGA 2QI7A 5P16A 3LINA 5P7SA 2QI1A 4FAFA 2CENA 3SQFA 3INDA 3ZLQA 1NPVA 3BHEA 1FIVA 4M8YA 3S54A 5P7MA 2NR6A 4J0YA 4FM8A 5OZNA 3QS1A 4HDFA 1TQFA 5OYTA 3KN0A 3K4VC 4H1EA 4GZFA 3AUPA 4Y5AA 2NNKA 2PK5A 4YDFA 3TKWA 3QROA 4DQBA 2V16C 4QJ9A 5P2GA 4Y44A 3UPJA 3D20A 4E43A 4YCKA 2R3WA 4FRJA 3KDCA 3K1WA 2AOCA 4RVJA 2ZHTA 4Y5LA 1ZSRA 5P5YA 4OBGA 5P0BA 3KDDA 5E5KA 3OGPA 3PWRA 4F76A 4PPHA 5P76A 5P6FA 1G35A 3L3AA 5P09A 1HIVA 3EM3A 2BQVA 3JVWA 3FX5A 3QBFA 7HVPA 3HAUA 1YM2A 3RSXA 5P6QA 5P2JA 1D4YA 1BXQA 1T6EX 2AZ8A 5P35A 3FNUA 4EP3A 2O40A 4QJ8A 3EL1A 1MT9A 4HA5A 4L7GA 3GGUA 3TL9A 2VIZA 3OAGB 2QI0A 5P4LA 1YTGA 2QHYA 4RVIA 5P0UA 4CPTA 2VKMA 5P1RA 3L5CA 1LEEA 4J0TA 4WTUA 5DGWA 3NXNA 5P4RA 5P6RA 4YE3A 3R2FA 3NDXA 3ZKIA 2IENA 1IZDA 5ER1E 4Y3ZA 4PYVA 5P4AA 5P88A 3PJ6A 5PEPA 3NU6A 2G69A 2Q11A 1BV7A 4Y3LA 2G24A 3OUDA 4J1CA 5OZTA 1BBSA 2I0DA 2QMPA 3PSUA 2F8GA 5P6NA 5P7DA 2ANLA 2VA7A 3INEA 3TPPA 3SABA 5P2WA 3T6IA 1XDHA 5P7VA 4I0EA 2QI4A 5P6ZA 3ZKSA 2FDDA 4RYCA 3ZPSA 4Y58A 5P4TA 4CP7A 2WECA 5P1KA 5BWYA 5IE1A 2BPVA 1EEDP 3UFLA 1PPKE 4Y3DA 3MXEA 3OUCA 4R91A 3TPLA 4HDBA 4A6CA 5P75A 5P68A 4HVPA 3OOTA 3UDQA 7UPJA 1HXBA 5OYVA 3LPKA 2R5QA 1KJGA 3VF5A 5P2ZA 5FIVA 5HTZA 2B7FA 5P3DA 2G1OA 3PMYA 5P44A 2QU3A 5P0ZA 3D1YA 5P6MA 3VUCA 4OD9B 5P83A 5P0PA 1HOSA 1LYWB 3LIYA 3LZUA 4DVFA 1ODWA 3QRMA 3UDYA 2ZJLA 3ZKQA 4B1EA 3IVHA 3JW2A 1M0BA 4MC9A 4I10A 5P38A 1GVVA 5P0RA 4EP2A 4YD5A 2R38A 5TOLA 4GJ9A 5P4VA 2WL0A 3URIA 1HVJA 5P7FA 5DR1A 2PWCA 4J1FA 4YD6A 4ZE6A 1MTRA 3HD8A 1EBYA 3CIBA 5OZSA 1APTE 1EC3A 4FCOA 4Y5CA 3GI6A 4Y4ZA 5KAOA 3A2OA 4Y4XA 4GJ5A 2AOJA 1NH0A 5P4WA 5P1PA 3B80A 1EBWA 1T7IA 1ZPAA 4K9HA 4GYEA 3BXRA 1ZSFA 2PSUA 3QBHA 2O4PA 5ISJA 4LC7A 3EC0A 4Y5PA 5P0MA 5P17A 1FQ6A 5AGZA 4Y3PA 2ZDZA 3ECGA 5C9FA 5P2FA 1SGZA 4CPUA 4BFBA 2IKOA 5KR2A 1SDVA 5P8RA 1GNMA 5T4SA 2PMAA 1LF2A 2FGUA 3NDWA 4NJSA 2Q64A 1ZJ7A 3PSGA 1T3RA 1FFIC 5P6SA 1MT7A 3OU4B 1IZHA 4ZIPA 1ZBGA 4RLDA 3HBOA 2WF4A 4Y4TA 3T7PA 5P2CA 5P74A 5P3IA 2G20A 3S43A 1GVTA 3VLBA 3QRSA 5HD0A 1HHPA 1HPXA 3UQRA 1SP5A 2BPWA 4YDGA 1DP5A 1K2BA 4DPIA 5P0VA 3IN4A 4LXAA 5P4OA 4Y4JA 1K6VA 2WEAA 3OQ7A 4J0PA 4L7JA 5P31A 4Y47A 5AH9A 2I1AA 2NMYA 5P42A 2PK6A 5I70A 2B7ZA 1VIJA 1HVCA 1GVUA 4Y53A 2G27A 5P5GA 5CONA 5P7GA 2WEDA 1B5FA 3OADA 5HE4A 5P6XA 4WY6A 5P8AA 1A8GA 4H3IA 1QRPE 1FF0C 2R8NA 3EL9A 4GMIA 2F80A 5AH8A 1G0VA 4Y4BA 5P6BA 3KF0A 1QBUA 5OZRA 1RNEA 1HSIA 5OZAA 3LZVA 1W5VA 4FS4A 4Y37A 4RYGA 1D4IA 2VIEA 3OWNA 1B5FB 2I4WA 5P89A 2J9JA 4ZSPA 3DCRA 4GJ8A 5P7XA 4HDPA 4DJRA 1C70A 2AVOA 1C6XA 4TVGA 1BILA 5P2HA 1BXOA 4R95A 1APVE 3O9FA 3OQKA 4CPWA 5P5DA 4J17A 1MRXA 1EC1A 3KYRA 6UPJA 1A94A 5P8KA 3WB5A 1MIQA 4HEGA 5ENKA 5AH7A 5P0AA 1HSHA 2PH6A 5P65A 3UFNA 4J0ZA 3LPJA 3APPA 5OZJA 4EPJA 2H6SA 5P07A 4OBHA 5P73A 1FGCC 4DJXA 1XL5A 4YOAA 1LZQA 5P3NA 2AQUA 5P1JA 4Y57A 4I0IA 2I4XA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5DQ5 A;  5P3Q A;  5SY3 A;  2G1R A;  3DCK A;  3G6Z A;  3VSW A;  4FE6 A;  1IBQ A;  5P1Z A;  5P61 A;  5P6E A;  5P0W A;  1U8G A;  4LXM A;  2ER6 E;  3EMY A;  1YG9 A;  5P2L A;  5OZU A;  1IVP A;  2PSG A;  5P10 A;  2ZHR A;  5P0F A;  3DV5 A;  4I0H A;  5HDX A;  5P7W A;  4I11 A;  1G6L A;  1MT8 A;  2MIP A;  3L38 A;  2SAM A;  1KJ4 A;  5P3S A;  1QBT A;  1CZI E;  4J1H A;  3UDR A;  1GNN A;  4H3G A;  2G1N A;  4I8Z A;  5OZ2 A;  4Q5M A;  5P0L A;  1APW E;  5P4Y A;  1AID A;  2XFJ A;  2PYN A;  3GGV A;  1A8K A;  1BWA A;  1PSN A;  3KA2 A;  3ZKN A;  1YTI A;  4Y3S A;  3H5B A;  5P69 A;  4Y5B A;  5DGU A;  3FV3 A;  3O9L A;  5P3Y A;  2ASI A;  4ACU A;  3NLS A;  5KQF A;  3RTM A;  3D1Z A;  1HBV A;  3U7S A;  1APU E;  2PH8 A;  1DPJ A;  4L1A B;  2JJI A;  4DJW A;  4Y45 A;  1TCX A;  1FMB A;  4Y9W A;  3O99 A;  4DJP A;  5I3V A;  1FQ4 A;  1D4L A;  3L58 A;  2WF2 A;  5BS4 A;  5OZB A;  5P11 A;  2WHH A;  3SA7 A;  2UPJ A;  1BWB A;  1LYB A;  4FGX A;  5P3X A;  4AMT A;  5EZZ A;  3LNK A;  4Z50 A;  3EKQ A;  4YCY A;  5P1X A;  5P8F A;  3O9E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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 2AZB A;  1TSQ A;  1OEW A;  4Y41 A;  5P7C A;  2G22 A;  3QRV A;  2PQZ A;  5HVP A;  5P7E A;  3N4L A;  3O9B A;  1NPA A;  5P1H A;  2WF3 A;  5OZH A;  1QS8 A;  5P4C A;  5OZW A;  5P30 A;  3O9G A;  1W6H A;  5IS4 A;  5AH6 A;  3NSH A;  1BAI A;  3EXO A;  2Q15 A;  1OHR A;  4I0F A;  1BIM A;  5P4B A;  2OAH A;  5P03 A;  3OU4 A;  1HTR B;  4F73 A;  5P3F A;  4K8S A;  1YTH A;  5P2N A;  1FQ8 A;  3UCB A;  5F01 A;  2VA5 A;  1SIP A;  4YBI A;  4NPU A;  4GJ6 A;  5OZC A;  1SIV A;  4KE0 A;  3R0W A;  4EHC A;  5P54 A;  3NDT A;  2HAH A;  3SA6 A;  2QK5 A;  3C9X A;  4Y4G A;  5P7H A;  5OYR A;  4YCT A;  1BDQ A;  1D4K A;  3UQW A;  3NWX A;  1KJF A;  5P4S A;  3CKR A;  5P3V A;  4QJ7 A;  5P6V A;  5P8O A;  4NJV A;  4DFG A;  2BB9 A;  3GI5 A;  4J0V A;  3OQA A;  4FIV A;  3EL4 A;  5P0E A;  2VA6 A;  3CID A;  2ZHU A;  5P7U A;  4CMS A;  4ZLS A;  1W6I A;  3TOF A;  2BBB A;  2EWY A;  4LBT A;  1HPV A;  5C9D A;  3CKT A;  5P59 A;  5B18 A;  3PBZ A;  3NDU A;  4JOO A;  5P39 A;  3EKY A;  2V11 C;  3SA5 A;  2QD7 A;  5P6L A;  2HPF A;  2OHR A;  2R3T A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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