1D4HA

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor bea435
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1999-10-04

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1d4hA00
5P65A 2BBBA 4B72A 2HB2A 5OZYA 2A4FA 4J0TA 3VEUA 5OYYA 5P4HA 4FRIA 4EP2A 4OC6A 4OD9A 3SA4A 2WEDA 5P3FA 3TPJA 4F75A 2IKOA 4I10A 2F3FA 5P56A 1AAQA 1FGCC 1SP5A 1ODWA 1KJFA 3VF7A 1HSHA 1MTRA 1PSAA 2G22A 2PYNA 5P55A 4FRSA 5P5MA 2ZHTA 3R1GB 5HE7A 5P4NA 5JODA 1AJXA 2QMGA 5HCTA 4ER1E 1E81E 1EAGA 2PWCA 3APRE 4H3JA 4I8WA 4J1HA 5P0QA 1W6IA 1CMSA 3H5BA 1XS7D 3SM1A 1ODYA 5P7RA 1HEGE 2AOHA 5P1IA 1HVJA 1HTEA 5P5OA 1MRXA 1UPJA 5P8RA 3L5BA 1TZSA 3EKYA 4J0YA 1B6KA 1E80E 2WEBA 5OZVA 3UDHA 1EPME 4ZSRA 5P3ZA 5P5TA 1MERA 5P6SA 4Y5MA 5P78A 1EC1A 4UPJA 1MEUA 5ISJA 1DMPA 4Z2ZA 5P1YA 5DR1A 4DI2A 5P1DA 1YG9A 3KT2A 2HB4A 1Z1HA 1XE6A 2QMFA 3EKVA 4EYRA 4DJWA 3RTMA 3S45A 4DJVA 4B78A 2FDEA 3U6AA 2I0DA 4Z22A 4EJ8A 2FNTA 3OGQA 2B8LA 5P3GA 5OZ6A 4B1EA 1AJVA 5P16A 3EM4A 4K4QA 5P8FA 1TCWA 1XL2A 5P5WA 5P79A 3GGAA 2WL0A 3NDUA 1EPOE 3Q70A 3BXSA 5SZ9A 1HPVA 5P0VA 4HVPA 5SXNA 1LZQA 4U7QA 5P53A 2VS2A 2I1AA 4QLHA 1K2CA 2AVSA 2SAMA 4CPWA 4PHVA 5P3CA 5AH7A 3Q5HA 1HTGA 4NJVA 3MSKA 3R0WA 3RTNA 3WZ6A 1TCXA 2AOFA 2EWYA 3ECGA 2G26A 2VNNA 1BILA 4B1CA 3NDWA 4I12A 4X7IA 5P1MA 2VIZA 5KR8A 2PH6A 3BVAA 3INHA 2QAKA 4YD7A 4U8WA 1HVSA 2O4SA 3HLOA 3MXDA 5P0PA 5P1HA 1OEXA 3K4VC 5P2UA 2FIVA 3INFA 2ZJJA 3PMUA 5P5EA 2OHSA 4OC6B 5P81A 5P68A 3PBDA 2VKMA 1CZIE 5KR2A 4B1DA 5KR0A 4LHHA 5ENMA 3G72A 2J9JA 4D83A 3BGBA 3PSGA 5P1XA 5P7CA 5P8SA 3O9DA 3OY4A 5P84A 2NR6A 5P61A 1SMRA 3ZL7A 5OYWA 1ZSFA 2AOCA 1XN2A 2O4KA 4Q1YA 5P2XA 5HDXA 3ZKGA 2R8NA 4FRJA 5SY3A 3OUAA 1WKRA 3GI6A 5P5VA 1K6CA 5DQ2A 5P2KA 4Y3XA 1ZAPA 5DR0A 5P30A 3NDXA 5FIVA 3AIDA 5P0JA 4HDBA 5P7BA 5OZ4A 1ZPAA 5P4CA 4FM8A 2H6TA 3ZKIA 5P44A 2ZYEA 1HEFE 2QZWA 5P8JA 3I6OA 2HAHA 3LIYA 3GI0A 3S2OA 2IRZA 2PK6A 1GVTA 5OYQA 5P6YA 1FKNA 5P05A 5P2LA 2HPFA 2WF4A 3OU1B 4OBHA 1G2KA 5P3NA 5P2QA 1SDTA 4AMTA 5I3YA 1HIVA 1U8GA 3BUFA 3UCBA 3IXOA 4ZPEA 1B11A 1EBZA 5OZ1A 4Y3ZA 5P01A 5P3OA 2UPJA 4HZTA 2FLEA 2CEJA 4FGXA 5P3MA 3PCZA 5P6KA 5P4BA 5OZWA 3NUOA 3UFLA 2QD7A 2Z4OA 4L7JA 4K9HA 3QROA 5BWYA 2G1OA 1APVE 3OQDA 2AZBA 5P5YA 5P3QA 2ER7E 2PSVA 1MVPA 2J9KA 3T7QA 3IA9A 5OZMA 5P1BA 5P4WA 5P6DA 3MXEA 1GVXA 5P4TA 5P4QA 5EZZA 5P18A 5DR8A 5P63A 5SY2A 3IAWA 1QRPE 1EBKC 3SA3A 3UDJA 1K2BA 4Y39A 4FM6A 5P8LA 5KQFA 4F76A 5P00A 5P6XA 4NPTA 5P0WA 4LBTA 4XX4A 2Q3KA 3O99A 1K6TA 1PSNA 5P74A 2I4XA 5P7VA 1F34A 2BPVA 5AH9A 3JVYA 5P4ZA 1FQ4A 1N49A 1LF3A 1ENTE 1DP5A 2WECA 5P5AA 4FM7A 4Y3RA 4FLGA 5OZNA 2AODA 5HDUA 5IE1A 1HHPA 1DIFA 2FDDA 4DQCA 4K8SA 4J17A 5P2BA 2OHTA 1F7AA 1T7KA 2ZJLA 3T3CA 4YDFA 2QI5A 4L7GA 2PC0A 4ZE6A 1IVQA 5P5HA 2APRA 3KDDA 4ER2E 5ER1E 4CPSA 4XXSA 2ZHVA 3I8WA 5KOSA 5KQZA 3CYWA 4DQBA 4ZIPA 1FQ8A 5P3TA 4Y3GA 3H0BA 4B70A 1D4LA 3I2LA 2VIEA 5P2HA 5P48A 2H6SA 2VA7A 3UDYA 3TH9A 1TSUA 2J9JB 4CKUA 5P1TA 2I4VA 4JPCA 2P8HA 4DPFA 1QBTA 1BVEA 3DUYA 4J0PA 4D8CA 1EC2A 1IVPA 1PROA 4EXGA 3EC0A 1EC0A 4KUPA 1NPVA 1PPLE 2VNMA 3QBHA 5P4RA 3SA8A 3VV7A 3MWSA 2OHLA 4PPHA 4Y45A 5OZLA 2IKUA 1OHRA 5P15A 3O9HA 5P5QA 3Q3TA 4EJLA 5P2GA 3SA6A 3PBZA 3QPJA 3AUPA 5P2YA 3LITA 5P49A 4J1KA 1LF4A 3EKPA 1HXWA 5OZ7A 3O9CA 1HVLA 4KE0A 5P8CA 4Y5LA 3O9GA 3CMSA 2BQVA 3S43A 2P83A 4OBGA 5KR1A 5P3LA 3GI4A 4I0DA 2O40A 4Y3YA 5P0SA 1LYAA 4RVXA 5P2IA 2AVOA 4R5NA 3T7XA 3EKTA 5BRYA 3TLHA 2OHPA 5P4VA 2HPEA 3UDPA 4I0HA 3LHGA 5P3JA 4Y4WA 2AOJA 3VF5A 4YCYA 5OZGA 1KJ7A 4Y51A 5P3YA 1BDRA 2RMPA 4Q5MA 2XYFA 1IZIA 2I4WA 5OYRA 2IGYA 5P6OA 2BJUA 3NXEA 1XDHA 1META 1M0BA 2JE4A 3QBFA 1QDMA 2G21A 5P3KA 1SH9A 4TVHA 4Y58A 1W51A 2P3CA 1FMXA 4GJAA 2PYMA 4RVJA 3PMYA 1OD1A 2V12C 3EKXA 3LNKA 3R0YA 4APEA 3JVWA 1B5FB 2AVVA 3IN3A 4Y43A 1D4YA 3KFSA 4YD5A 1IDBA 4FE6A 5AH8A 1B6JA 1B6PA 2V00A 2QU3A 3D1ZA 4XX3A 3NXNA 4Y53A 3TKGA 4FSLA 4PYVA 5P29A 4J1CA 5P2SA 2QHCA 4ACXA 2R3WA 5P3VA 1LEEA 3NU9A 4EP3A 4BFBA 3NWXA 3OXCA 5P1UA 5P0ZA 5P8IA 5AHAA 2B7ZA 5P2FA 1YTGA 3TOFA 3ZLQA 4NJTA 3OUDA 5P6BA 3FV3A 3NU5A 5C9DA 2IS0A 5P5NA 3NR6A 5P6AA 2Q15A 1FQXA 4OBFA 5P36A 5P1PA 4IVSA 3FX5A 3NU6A 5OZJA 5P6VA 3BUHA 2FS4A 2R5PA 5OZSA 1TQFA 1G35A 5AHCA 3HVPA 3NU4A 4LXMA 5P8UA 4D89A 4TVGA 3Q4BA 5P6QA 3QN8A 5P8NA 5OZOA 1W50A 3R4BA 3VF3A 5OZDA 2V11C 2BPWA 3LZVA 2B7FA 4GJCA 5OYZA 4L1AA 5TOLA 3BC4A 4Y9WA 5OZ5A 4F74A 1MESA 1ER8E 4Y4BA 1BV9A 3L5CA 4CPRA 3SAAA 2FXEA 3UDNA 5P0OA 1IDAA 4Y57A 4Y54A 1BXOA 5P7MA 1AM5A 3IXKA 5P69A 1LYWA 2QNNA 4CPQA 3UQWA 4Y3NA 3K1WA 3WB4A 5P4KA 2QZKA 3ER5E 1GVVA 3UDRA 1HTRB 3LINA 5HDVA 2QHYA 2B42A 3PJ6A 5P0UA 4Y38A 4Y35A 5F00A 5OZZA 5IVSA 3DJKA 4KB9A 3D3TA 4DJRA 4J55A 5P6MA 4YOBA 5P6RA 1FLHA 4Y4XA 2AOGA 3EL5A 5DQ5A 4EXHA 1YTJA 5P07A 4DVFA 3O9FA 3DV5A 2AQUA 2G24A 1T7IA 5UPJA 5P6PA 1BDQA 5P6LA 4DV9A 4MC6A 4Y4GA 1E5OE 3VFBA 3S43B 4Q1XA 3UQPA 3N4LA 3SA5A 3DK1A 4QJ6A 3HD8A 3L3AA 3QVCA 1LYAB 1SDVA 4YCTA 4GJ5A 1FMUA 4GIDA 5OZUA 5P6HA 5P41A 1LYBA 5P82A 2VJ9A 4QJ7A 4H3FA 1ZP8A 2AOIA 3A2OA 5HCOA 2PWRA 3CIDA 5P3AA 3PCWA 1SIVA 3GI5A 3UF3A 3NYGA 5HE5A 2OHKA 3FSMA 5DPZA 5P6JA 1C6XA 2G20A 1OEWA 1KJGA 2R9BA 5P1FA 4DJYA 5P5JA 5P77A 1HRNA 5APRE 1ZTZA 4Y3LA 5OZBA 5OZAA 4ZSPA 4OBZB 4EWOA 4M8YA 3UQXA 1FQ6A 4EJDA 5P7NA 2FGVA 3PRSA 4JPEA 4DQGA 5P39A 1EPRE 4RGHA 3UQRA 2NXDA 5P8BA 4LXKA 4RCDA 1YM4A 2AZ8A 3S85A 4A4QA 3OQAA 3UQUA 3HZCA 5P8HA 3TPLA 5IVRA 4K4RA 1A8KA 2HM1A 1E82E 5P0YA 5P6UA 1UH8A 3LPIA 2ZHSA 3UPJA 2Q5KA 1W6HA 3TTPA 3R2FA 2QD6A 2VIJA 3BGCA 1UH9A 5P8AA 2R38A 4Y4TA 5P2AA 4Y3JA 2I4QA 1AIDA 3OUDB 3PWRA 2WF3A 1EBYA 5P0CA 5P7EA 4OD9B 1MT9A 3HAUA 1IZEA 4RZ1A 4QGIA 4Y3FA 3S56A 5P1SA 5P1EA 1AXAA 5ENKA 3ST5A 2ZE1A 4RRNA 1FFIC 2FMBA 4HLAA 3EBZA 1ZBGA 2ZJHA 5KQXA 5CONA 5P46A 1A94A 2QHZA 1M4HA 2G1NA 3D1YA 1C6ZA 4J0ZA 5P7GA 2PH8A 5P24A 5OYXA 2VJ7A 1D4SA 5P51A 5P73A 4B77A 5OZTA 5P54A 3S54A 4GYEA 1GNOA 2QI4A 1HPSA 4ZSQA 1PSOE 5P4YA 4RYCA 3DOXA 4L1AB 3BHEA 3QIHA 4Y56A 4OBJA 2G94A 5P62A 2QMPA 3CYXA 5P52A 5P0FA 4Y37A 4L6BA 4NKKA 2ZGAA 1GVUA 5P7QA 2G1YA 3LIZA 3NWQA 5P57A 1M43A 4HA5A 3SKFA 3M9FA 5T4SA 1LYWB 5OZFA 1D4IA 1C70A 5P0NA 1DW6C 1W5VA 2QU2A 2UXZA 4J0VA 4WY6A 3RTHA 3OUBA 5P5XA 2QZLA 4CPUA 3GGUA 2Q11A 3S53A 5P3HA 1IZDA 4AA9A 2PMAA 4GJBA 3OTSA 5P4AA 5P7IA 4RVIA 2QI7A 5P8DA 4R8YA 5P66A 5P6IA 5P7WA 5DQ1A 5P1WA 1TW7A 4BFDA 1SGZA 3L5FA 5P5FA 5P0MA 3TOHA 2WEAA 4BELA 3HDKA 3HBOA 1KJ4A 5DR4A 4RROA 4LXAA 3O9LA 5P25A 8HVPA 2RSPA 1KJHA 1ME6A 3I25A 2PK5A 5P0RA 5COKA 3LPKA 3PEPA 5P23A 3OUCA 2IL2A 1LYBB 4H3GA 1ZLFA 2FDPA 1HVKA 4PZWA 1BIMA 4FS4A 2WHHA 4Y3EA 2IQGA 3OHHA 3TPRA 1AVFA 4Z50A 3NSHA 4DQEA 5P7AA 3RU1A 5P72A 1G6LA 5P3IA 4D85A 3G70A 3EL9A 4BEKA 3VV6A 1CPIA 4COEA 5P4DA 4LP9A 5P2JA 2XYEA 2VJ6A 5P86A 1BDLA 2RENA 2OAHA 3OWNA 5P7SA 3IXJA 4ER4E 2ER6E 5P5ZA 4QJAA 5P8TA 4GJ6A 3G6ZA 5P0GA 2AZCA 4OBDA 4Y47A 5P13A 3ER3E 2P3DA 1T3RA 5P3PA 5P59A 4DQHA 5KAOA 3NU3A 3IGBA 5P5KA 1NPWA 4ZLSA 1G0VA 4I0ZA 5P1VA 4R91A 5OZIA 1MRWA 3OOTA 3OXVA 2OHRA 6APRE 1NH0A 1FMBA 3SA9A 1HIIA 3LZUA 3GGVA 2PQZA 5ISKA 5DGWA 1A8GA 4EJKA 3DV1A 3S7LA 1T7JA 2I4DA 5P17A 5P1ZA 2P4JA 2ZJIA 3T6IA 5P4OA 1D4JA 1EPNE 1HPOA 4R93A 3ZKMA 5P3WA 1VIJA 2QMDA 5P5UA 5DR3A 4TRWA 4A6BA 5P4EA 4HE9A 2R3TA 3PLDA 1YTHA 5P6ZA 5OYUA 1ZJ7A 2G69A 4I0JA 1PPKE 4AA8A 3I7EA 2ER0E 3ZPSA 1EPPE 4FIVA 3NDTA 5OZ8A 5P70A 2ER9E 1FB7A 2F3EA 4Y5KA 5C9FA 3MSLA 3SLZA 2QZXA 5OZCA 4EHCA 3EXOA 3F9QA 5P3RA 2F80A 4M8XA 1YTIA 1LV1A 4S1GA 5P0IA 2OF0A 2HC0A 1K1UA 3OXWA 3IVIA 2AZ9A 5P1LA 5KOQA 4PZXA 5P80A 4DJXA 3KN0A 4QJ2A 3N3IA 5E5JA 4A6CA 5OZEA 4I11A 6UPJA 3OOZA 5P2TA 1HBVA 3RSVA 5P32A 4NJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P65 A;  2BBB A;  4B72 A;  2HB2 A;  5OZY A;  2A4F A;  4J0T A;  3VEU A;  5OYY A;  5P4H A;  4FRI A;  4EP2 A;  4OC6 A;  4OD9 A;  3SA4 A;  2WED A;  5P3F A;  3TPJ A;  4F75 A;  2IKO A;  4I10 A;  2F3F A;  5P56 A;  1AAQ A;  1FGC C;  1SP5 A;  1ODW A;  1KJF A;  3VF7 A;  1HSH A;  1MTR A;  1PSA A;  2G22 A;  2PYN A;  5P55 A;  4FRS A;  5P5M A;  2ZHT A;  3R1G B;  5HE7 A;  5P4N A;  5JOD A;  1AJX A;  2QMG A;  5HCT A;  4ER1 E;  1E81 E;  1EAG A;  2PWC A;  3APR E;  4H3J A;  4I8W A;  4J1H A;  5P0Q A;  1W6I A;  1CMS A;  3H5B A;  1XS7 D;  3SM1 A;  1ODY A;  5P7R A;  1HEG E;  2AOH A;  5P1I A;  1HVJ A;  1HTE A;  5P5O A;  1MRX A;  1UPJ A;  5P8R A;  3L5B A;  1TZS A;  3EKY A;  4J0Y A;  1B6K A;  1E80 E;  2WEB A;  5OZV A;  3UDH A;  1EPM E;  4ZSR A;  5P3Z A;  5P5T A;  1MER A;  5P6S A;  4Y5M A;  5P78 A;  1EC1 A;  4UPJ A;  1MEU A;  5ISJ A;  1DMP A;  4Z2Z A;  5P1Y A;  5DR1 A;  4DI2 A;  5P1D A;  1YG9 A;  3KT2 A;  2HB4 A;  1Z1H A;  1XE6 A;  2QMF A;  3EKV A;  4EYR A;  4DJW A;  3RTM A;  3S45 A;  4DJV A;  4B78 A;  2FDE A;  3U6A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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