2P3AA

Crystal structure of the multi-drug resistant mutant subtype b hiv protease complexed with tl-3 inhibitor
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
98
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMALPGKWKPRMIGGIGGFVKVRQYDQIPIEIGHKVIGTVLVGPTPANIIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords protease
publication title Structural Characterization of B and non-B Subtypes of HIV-Protease: Insights into the Natural Susceptibility to Drug Resistance Development.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 98
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2007-03-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2p3aA00
3OXXA 4Y35A 3ZMGA 3U6AA 4FAEA 3UF3A 5P4MA 5P72A 4DJQA 3OOTA 3NDTA 4GJ9A 3QIHA 2ZJHA 1LZQA 2OHMA 3CKPA 4EXHA 1T6GA 3SA5A 4A6CA 5P4ZA 5OYQA 4Y4JA 2WF3A 5AH8A 4GJ7A 4HA5A 5OYWA 5P5XA 3OU1A 4Y4DA 1EC2A 4JPEA 2PYMA 3GGXA 2QZWA 3LPIA 5P6XA 3WZ6A 4PZWA 3O9GA 4CP7A 3IXJA 2QZXA 1HOSA 4LP9A 1HRNA 4GMIA 1DMPA 1AM5A 3N3IA 2QI0A 5P3CA 1FB7A 3BRAA 4OBZB 3SABA 1EC0A 3UTLA 2O40A 4Y3EA 4R92A 3R2FA 5P42A 1D4JA 1HEGE 2QHYA 5P2DA 4J1FA 5P6IA 3T7QA 4J0VA 2AIDA 1EPRE 5P50A 1HVSA 5P6WA 5OZ0A 2NXLA 4F74A 3NUJA 5P8QA 4EQJA 4CPSA 4TRYA 3BC4A 2Q15A 3IVHA 2OHRA 5P3TA 2FXDA 5OZDA 1SMRA 5P0OA 1DW6C 4Y4TA 1A8KA 5P8GA 5P0XA 3EKYA 3PCZA 5OZNA 3UDKA 2VIEA 3OAGB 2G1YA 1WKRA 3PVKA 5P6TA 2B8LA 4OBHA 4DQFA 4Y43A 4BFDA 2WF1A 4QJAA 2QI1A 5I3YA 1EPLE 3L3AA 2F3KA 1ZPAA 3UQRA 2PYNA 3OTSA 4K9HA 2FGVA 3KT2A 5IVRA 4D89A 4Y3SA 1EBZA 2IENA 3ZKSA 1IBQA 3OXWA 3KMYA 1K6TA 3Q5HA 4OBJA 3GGAA 2NXDA 2PSVA 3MXDA 5JFPA 2IGYA 5P10A 1RNEA 3PRSA 2NMYA 4D8CA 3HW1A 1FKNA 3OQFA 2PH6A 4J0YA 2G69A 3INFA 4U7QA 5OZCA 5P78A 1E82E 2QNQA 5P2VA 5E5KA 3S8IA 1MT7A 3NU5A 2OHQA 4R95A 5P59A 1K6VA 1ZSFA 4FCOA 2P83A 5DQ5A 1HTFA 5C9BA 2HB2A 3UDQA 1EBKC 1HXWA 2ZJNA 3OUDA 1QBRA 2ZHVA 1SDTA 5P7XA 3EBZA 1MRWA 5P16A 2AODA 3QI1A 5P7DA 4L7GA 5P3UA 2B8VA 4RVIA 2RENA 2G27A 5P5SA 2G22A 1A94A 2B7FA 1NH0A 1B6JA 2VNMA 5P5MA 5OYXA 5P19A 4Y3QA 5P2HA 3VEUA 4QJ2A 3PLLA 5P36A 4LXAA 5P0WA 3CYWA 5KOQA 3PLDA 4B77A 2P3BA 1TCWA 3QRMA 2OHKA 4S1GA 1MSNA 3JW2A 5AHCA 3VFBA 1QBUA 5AHBA 5P49A 2AZ8A 4DH6A 1HXBA 4I0HA 1W6IA 2OHLA 5P4TA 1EPME 5P7OA 2AOJA 1BWAA 1APUE 5P80A 5P5EA 3OU4B 2V13A 4B1EA 4DQCA 2NTRA 4J0TA 5P7AA 5P6HA 5P7PA 4I12A 3DK1A 4KE0A 2A1EA 4FAFA 3GI6A 1BXOA 4LHHA 5P5JA 3GW5A 1G6LA 3QRVA 5P0CA 4L1AA 5P35A 5P7QA 3NYGA 4OD9B 4YCKA 4Y45A 2FDPA 3BUFA 3ZPTA 1D4SA 4J1IA 5P41A 5P7BA 5P2ZA 2HS2A 2VKMA 4ZIPA 5P89A 3ZLQA 5P7VA 4OBGA 3QP0A 2JXRA 2Q5KA 3SQFA 5KQFA 4Y53A 5P7YA 4DJVA 5P2EA 1B5FA 1BVEA 3D1ZA 1LYBB 5P2OA 2R3WA 4FSLA 3OUAA 3RTMA 2AQUA 5P2UA 1IZDA 1BXQA 4RCDA 3OQAA 3TPRA 1HPSA 2WF4A 4Y51A 3I6OA 3EM4A 4Y3HA 3VLBA 4GB2A 4ZPGA 1MTBA 1VIJA 2G1SA 2QI6A 3TLHA 5OZAA 4H3GA 5P24A 2B7ZA 2NXMA 4Y3JA 1PPME 2QI5A 1YTIA 5HVPA 3O99A 5P3JA 1ODYA 4RRSA 5P83A 3EM3A 4DJXA 5P02A 5OZPA 1K6PA 5DPZA 1K6CA 4YOAA 3FSMA 5P0NA 4DQHA 3O9LA 4X7IA 5SZ9A 3A2OA 5P18A 5KR1A 3MSLA 5OZ3A 3S56A 5P2NA 5P2JA 1MT8A 4Y3MA 4YD3A 2RKFA 3EL4A 5P7UA 1YM4A 3PM4A 2Z54A 5KQYA 1AVFA 3L5FA 5P2WA 3VCMA 5P8IA 5P1FA 2OHNA 5ENMA 3QRSA 4ACXA 5DR0A 1PROA 1TSQA 2J9JA 5P4SA 3ZOVA 5HE4A 3DV1A 2IEOA 3KN0A 4YOBA 1PSNA 5P3QA 3D20A 1YTJA 2NMZA 3UQXA 1YM2A 2QNNA 3QBHA 3DJKA 4K4QA 1TQFA 3U7SA 1MTRA 3OHFA 5OZRA 2HC0A 1HTGA 4Y47A 4I10A 5P1RA 3KF0A 3SKFA 2NNKA 5P7CA 5P5TA 3PSGA 4B78A 5P0BA 4WTUA 4DUSA 3PJ6A 5P2GA 4COEA 4NJVA 2ASIA 2FGUA 5P62A 2G26A 1BV7A 1W6HA 4CPXA 4ZSPA 1MIQA 2O4KA 5P11A 3IXOA 2UXZA 1BIMA 3T11A 3PEPA 3O9DA 2BKSA 3UCBA 3Q4BA 2HAHA 4HDFA 5P31A 5P4LA 4Y4WA 5BRYA 1ER8E 3PI5A 3LINA 5P86A 4R91A 3QVCA 4Y3GA 3MXEA 3OXVA 3S43B 1FG6C 3SA4A 5F00A 4FSEA 3ZPSA 5P15A 1LV1A 4Q1NA 4EJKA 3ZKGA 4U8WA 1ZP8A 5P5VA 1EBYA 5P33A 5P5WA 3QN8A 5EZZA 2PK5A 1BDLA 5P3WA 4OBDA 5P26A 2G20A 1XE6A 3CYXA 2QD6A 3O9IA 5P4VA 5P1DA 5P84A 5P0JA 4J5JA 3PMYA 3K4VA 3CKTA 1DIFA 1Q9PA 4YD6A 4APRE 1T7JA 5OZ9A 5P6FA 4OBZA 1GNOA 1AJXA 4Q5MA 3VLAA 4QJ8A 2QZKA 3BGCA 1CMSA 1TZSA 2G1NA 4Y57A 1ODWA 1DAZC 3KFPA 4Y3YA 5P30A 1HPOA 3TPJA 3SA6A 5DGWA 4I0DA 2Q63A 1FQ7A 5P3BA 2WL0A 4FRSA 3T6IA 1GVVA 3WZ8A 1MPPA 4YDGA 3ECGA 5P1JA 5P6VA 5P81A 2QHCA 5P3IA 2IS0A 4F75A 4Y5PA 3TOHA 3MSJA 4Y3XA 1FMUA 4CPRA 4GIDA 5ISJA 3VSXA 4LBTA 1IZEA 3UDJA 4PYVA 5P60A 5P48A 3VV6A 1LS5A 5P4JA 4ER4E 4DQGA 3OAGA 3K4VC 4YBIA 1KJ7A 2OHSA 1AAQA 4RCEA 5FIVA 1ZBGA 4QLHA 4JPCA 5P8NA 4Z2ZA 3SACA 1LEEA 3LIVA 2OAHA 1HVCA 2WEZA 3AUPA 3SPKA 3OQKA 1XN3A 2IRZA 3SAAA 4B72A 5P85A 4ZE6A 2PSUA 3RSXA 4I11A 5DR1A 2QI4A 4GJAA 2QD8A 3VV8A 4EYRA 4Y54A 5P3FA 4B00A 3DOXA 3URIA 2BKTA 5ER1E 3PHVA 1G2KA 2QI3A 3NXEA 2VNNA 3UDRA 5P6LA 1A8GA 2P8HA 3HBOA 5P73A 4I1CA 3INEA 5P1ZA 5P54A 5P37A 2RSPA 3PGIA 3I25A 5P6KA 4BFBA 5P0FA 5P6PA 1A9MA 5DR8A 3BXSA 5P17A 3APPA 4AZYA 1LYAB 5HTZA 3WZ7A 5OYZA 4LC7A 1W5WA 1IVPA 5P5GA 3L5BA 3SM2A 5P7EA 4Y3TA 3RSVA 1NPAA 3O9EA 3VYEA 1YG9A 4TVHA 4Q1XA 3OGQA 4EWOA 2FLEA 3T7XA 3BXRA 5P6EA 4ACUA 3KM4A 1DP5A 5P8VA 1MSMA 5P3HA 1D4HA 1K2BA 1Z1RA 1ZAPA 2Q64A 5P53A 3TKGA 3KYRA 4Y5NA 5P1QA 5P3XA 2I4VA 3BHEA 1HPXA 5UPJA 5P8AA 4GYEA 3T3CA 3O9HA 2AVVA 1IIQA 5P4GA 3VSWA 1Z8CA 3NLSA 2FDDA 2HB3A 4Y5AA 1QDMA 3LZUA 5P1WA 5HDXA 2ZJLA 1EEDP 3BGBA 2ZHRA 3O9AA 4ZSRA 5P25A 1EPPE 1ZSRA 5KR2A 5OZTA 1HPVA 5OZZA 3TL9A 4XX4A 4NPTA 5P4CA 3NR6A 1FLHA 1D4IA 2CENA 3KFRA 4FS4A 1K1UA 5P8KA 3PBZA 3SLZA 2I4XA 4Y50A 5P4OA 4YA8A 3URLA 5P2FA 4Y5CA 1QRPE 5OYTA 3G72A 5P0EA 3OU4A 2R43A 2I0DA 3DM6A 5P27A 2WF2A 5COPA 5P3YA 3S2OA 3PSUA 5P82A 7UPJA 4GJCA 5IE1A 4DI2A 3LPJA 5OZLA 1XS7D 5HU1A 4CPUA 3Q6YA 3RU1A 4JP9A 5P0DA 5I3VA 4APEA 5P2MA 4YD7A 4OD9A 4Y3FA 5P4KA 2QD7A 4Y3AA 2ZE1A 5P3KA 1LF2A 3L38A 4I0JA 3MSKA 4MC2A 5P8BA 1B6PA 1DPJA 5ENKA 2OHTA 3APRE 3OADB 5E5JA 3OUCA 3UQWA 1LYWB 3FNSA 1T3RA 3NDWA 3D91A 2BPXA 5P6NA 4GJ6A 1EAGA 1D4KA 1LYBA 1TW7A 1K2CA 3R4BA 1HVIA 5P0ZA 3OWNA 1OD1A 5P43A 2HM1A 2J9KA 2WEDA 4JECA 4DPIA 5P3GA 4RLDA 3EL1A 1T7KA 5IVSA 3AIDA 4RYCA 3EKPA 4N00A 1UH7A 4FIVA 5P0HA 3DCKA 3IVIA 5KR0A 1FGCC 5P7LA 1T7IA 4KB9A 2UPJA 5KR8A 4J1KA 5ER2E 1T6EX 5P5NA 5P7KA 5P44A 5JG1A 5P4RA 5DR4A 5P29A 2B60A 5DQCA 2O4LA 1LF4A 5P0YA 1AIDA 3BUHA 3I8WA 5P8PA 2AVOA 5IVQA 1M43A 4CPTA 4AUCA 2PQZA 5P5KA 2BPWA 3QROA 4QJ9A 3RTHA 2FXEA 3NU4A 2V12C 4YE3A 4DFGA 5P7MA 4J1EA 1NSOA 3IN4A 4XKXA 4ZPFA 3VF5A 5OZVA 2QMGA 1CZIE 1YTGA 3NXNA 3O9CA 5P5BA 5P12A 3EKWA 1HSGA 3LIQA 4FRKA 1SDUA 5P64A 3EL5A 2Q3KA 5P2SA 5P4FA 2WHHA 3OHHA 3CMSA 2SAMA 2QI7A 5KQZA 3SA9A 5P71A 4DJYA 3EMYA 4Y3ZA 5P4WA 2ZYEA 4D85A 1SH9A 5P4AA 4EPJA 2F80A 5P7FA 4B0QA 2QNPA 5P2YA 4X2LA 2BQVA 5HE7A 4Y5GA 5F01A 2MIPA 2AOGA 4HLAA 2WKZA 4D88A 3NU3A 2P4JA 3OGPA 3OTYA 5AHAA 5P0TA 5P5FA 2ER0E 5P3MA 5P8JA 3OU3A 4Y5MA 2R3TA 3JVYA 5P0KA 2I4UA 2Q11A 4IVTA 5OZ8A 5P6BA 3UHLA 1OEXA 5BWYA 3EM6A 4Q1YA 2ZDZA 3G6ZA 1RL8A 4Y3NA 4TRZA 5P8CA 5P38A 5P1EA 4I0IA 5P63A 3NU6A 4J54A 3SA3A 1YT9A 1ZTZA 1EBWA 1FQ4A 2EWYA 5P00A 3PWRA 4M8XA 3IXKA 4I0EA 2APRA 2VJ9A 1HEFE 5P0UA 5P74A 4Y48A 5P5OA 1WBMA 5OYSA 4DQEA 4LL3A 4WY1A 4YBFA 3SM1A 4CMSA 1PSAA 5P6JA 5P1LA 3T7PA 1KJFA 1IDBA 2ZHUA 3S43A 5IVTA 1HVJA 5P5PA 5OZXA 5P0SA 3B80A 3OQ7A 5P47A 2H6TA 1CPIA 4J1CA 3HAWA 3C9XA 3OOZA 1GVWA 1B11A 3FNUA 1F34A 5OZQA 5P09A 5EZXA 5KAOA 2QU2A 2F8GA 2XFIA 1HVKA 3INDA 3BVBA 4BEKA 5SY2A 1AZ5A 2BPVA 2AOEA 5P2CA 5HDZA 3M9FA 5B18A 5P5ZA 4QJ6A 5P3AA 1K1TA 4FE6A 4NKKA 5P8UA 5J25A 3ST5A 3L58A 2ZHSA 5OZYA 2ZJMA 3K5FA 5P46A 4Y4ZA 3L5DA 4Y4GA 1PSOE 4K4RA 5P0PA 5P5HA 3Q70A 5KOSA 2R5PA 3IA9A 3INHA 2AZBA 5OYYA 1EPQE 4Y39A 5P06A 3RVIA 1FMBA 1HBVA 2PMAA 2IL2A 1FF0C 5AGZA 5P22A 3S7LA 3QBFA 2I4QA 3JVWA 5P3VA 4Y9WA 5P2LA 5P0GA 4DV9A 1QBSA 3FX5A 2Q55A 1F7AA 4H1EA 5CONA 3QPJA 4Y3DA 4Y36A 1JLDA 1MERA 3S7MA 4YD5A 5BS4A 2R8NA 4F76A 4FM7A 1VIKA 4ER2E 2HPFA 3SA7A 1SIVA 5P01A 3URJA 3UPJA 3QVIA 4Y4XA 5HE5A 2WECA 4GJ5A 3LNKA 4Y37A 5P8EA 1D4YA 1HSHA 3I2LA 2AVSA 3FKTA 4Y4AA 4K8SA 4RROA 2FNSA 2ER9E 5OYVA 4GJ8A 5P0RA 1Z1HA 3LPKA 3WB5A 1HHPA 1KJ4A 4L7HA 4DQBA 5P70A 3OK9A 4A4QA 5OZUA 2JJJA 1BILA 5P6YA 2PC0A 2XFJA 3OUBA 5P7RA 2ER6E 2VJ7A 2V10C 2R9BA 3NDUA 5P8RA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3OXX A;  4Y35 A;  3ZMG A;  3U6A A;  4FAE A;  3UF3 A;  5P4M A;  5P72 A;  4DJQ A;  3OOT A;  3NDT A;  4GJ9 A;  3QIH A;  2ZJH A;  1LZQ A;  2OHM A;  3CKP A;  4EXH A;  1T6G A;  3SA5 A;  4A6C A;  5P4Z A;  5OYQ A;  4Y4J A;  2WF3 A;  5AH8 A;  4GJ7 A;  4HA5 A;  5OYW A;  5P5X A;  3OU1 A;  4Y4D A;  1EC2 A;  4JPE A;  2PYM A;  3GGX A;  2QZW A;  3LPI A;  5P6X A;  3WZ6 A;  4PZW A;  3O9G A;  4CP7 A;  3IXJ A;  2QZX A;  1HOS A;  4LP9 A;  1HRN A;  4GMI A;  1DMP A;  1AM5 A;  3N3I A;  2QI0 A;  5P3C A;  1FB7 A;  3BRA A;  4OBZ B;  3SAB A;  1EC0 A;  3UTL A;  2O40 A;  4Y3E A;  4R92 A;  3R2F A;  5P42 A;  1D4J A;  1HEG E;  2QHY A;  5P2D A;  4J1F A;  5P6I A;  3T7Q A;  4J0V A;  2AID A;  1EPR E;  5P50 A;  1HVS A;  5P6W A;  5OZ0 A;  2NXL A;  4F74 A;  3NUJ A;  5P8Q A;  4EQJ A;  4CPS A;  4TRY A;  3BC4 A;  2Q15 A;  3IVH A;  2OHR A;  5P3T A;  2FXD A;  5OZD A;  1SMR A;  5P0O A;  1DW6 C;  4Y4T A;  1A8K A;  5P8G A;  5P0X A;  3EKY A;  3PCZ A;  5OZN A;  3UDK A;  2VIE A;  3OAG B;  2G1Y A;  1WKR A;  3PVK A;  5P6T A;  2B8L A;  4OBH A; 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#chains in the Genus database with same CATH homology
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