2HC0A

Structure of hiv protease 6x mutant in complex with ab-2.
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALIDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKIIGGIGGLIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLIGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Structure of HIV Protease 6X Mutant in complex with AB-2
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-06-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hc0A00
5OZSA 5IVTA 4EYRA 5P7MA 3FSMA 2OHLA 4ZSQA 5P45A 1HPSA 5P0VA 5P1YA 1WBMA 1YTGA 5SY3A 5P2VA 1ZSRA 4Y3FA 3SA7A 5P3QA 3S56A 3HD8A 2VNMA 2XYEA 3EL9A 4WY1A 5P6SA 3PCWA 2FLEA 5JFUA 5P5FA 1IDBA 5P88A 5P1PA 5P8VA 5P2LA 1MT8A 3ZKQA 4Y3RA 5OZNA 3OUDB 4F74A 3GI6A 5P54A 1FMXA 5P7AA 3UDYA 1MSNA 5AH6A 5P8HA 1D4HA 5P01A 4J5JA 4U7QA 1GNNA 3KDDA 5P2MA 5KOSA 2G1OA 5OZ0A 5P5HA 2V12C 5P82A 8HVPA 1OEWA 1TCXA 1K1UA 1ER8E 3EL4A 1AIDA 1HPOA 5P5EA 1MPPA 4GJ7A 1EBYA 2QHCA 4MC6A 2WF1A 1HOSA 1MRXA 2R43A 2NMZA 4Y5NA 2ZJMA 4DPFA 3BXRA 4Y45A 5P07A 3SKGA 5P22A 2VS2A 3BGCA 5DR7A 3DCRA 4LP9A 3BHEA 2HPEA 4DVFA 5P7IA 5ENMA 2HC0A 4DJXA 5OZ3A 4EJDA 4Y5LA 3WB4A 2OHSA 5P6IA 2OHPA 4GJAA 3PCZA 4I0IA 4DJYA 1SH9A 5P4AA 2HB3A 4J1IA 4KUPA 5P8DA 3TOFA 5OZVA 3UQXA 5P6OA 4J1CA 3OK9A 2B7ZA 4IVSA 1META 5P0EA 4Q1XA 3N4LA 4LXAA 1BXOA 4R5NA 2G1SA 5P1KA 5P7GA 5P6LA 1LZQA 2QI4A 5EZZA 3UQUA 2RMPA 5P1OA 5OYWA 4Y3ZA 5P3PA 3BRAA 4GJ6A 1YTIA 4EWOA 1FF0C 1B5FA 1B6JA 5P3SA 5P1MA 1LF4A 4Y48A 3L5FA 1HPVA 4Y4EA 4Y37A 1SIPA 1JLDA 1KJHA 2BBBA 1VIJA 2PSVA 5P37A 2P8HA 5P7PA 3HAWA 3OU4A 1QS8A 3FNUA 1E5OE 2QHZA 4B70A 2BJUA 5P18A 5HDVA 5P7BA 1HBVA 1IVPA 5P25A 1LYBB 2O4LA 4DJRA 1W5WA 5P7HA 2B7FA 4J1HA 5IE1A 3OQFA 5P87A 1EC0A 2AZ9A 1MTBA 3JVYA 5E5KA 2V0ZC 5P64A 2VJ7A 3T7QA 3MSLA 5F01A 1MEUA 1MERA 2QMPA 5P3ZA 5P6KA 3DJKA 1D4SA 4J0VA 2QI0A 5P5OA 5KR8A 4DQFA 3O9AA 3RTHA 1FIVA 4OD9B 3LZVA 4RCFA 4GJ9A 3TL9A 5P15A 1FQ7A 2IQGA 4FL8A 4RCEA 4YE3A 3EL1A 5P2YA 5P5JA 5P03A 5P2QA 4Y53A 5CLMA 2QK5A 2Z4OA 3EKWA 1IIQA 4DJOA 1HVCA 1EPNE 4LHHA 1T3RA 1CPIA 4H3FA 2ZJLA 2ER0E 4Z2ZA 3EKVA 2CEMA 4Y3YA 3WSJA 2G26A 2AOEA 2NMYA 3QBHA 4HDBA 3SQFA 3NDWA 4GMIA 5SZ9A 2VA7A 4ZSMA 2PSUA 1NPWA 5DR8A 4ZPFA 1FQ6A 5P11A 3NYGA 2NNKA 4H3IA 2I4QA 2AOHA 2BPWA 2G94A 5P12A 5P0QA 3I7EA 5P2IA 3N3IA 1D4JA 2FS4A 5P8CA 1G35A 5JG1A 1OD1A 2QNNA 4Y4WA 1LYAA 3KFNA 5P0SA 2ZHTA 3K5DA 1MRWA 4R8YA 1B6PA 1HIIA 3HAUA 5OZGA 3NR6A 1TW7A 2AVVA 4I0EA 4OBGA 3SACA 4I10A 1TCWA 1EBWA 3IVHA 5P7NA 4Y4GA 3NDXA 4YA8A 4BEKA 4APEA 3QBFA 5P4JA 5P3KA 5P0KA 5P0UA 3QROA 5P6FA 1CZIE 3LIQA 4ZE6A 5P0HA 3SA3A 5P3BA 4I1CA 3PBDA 5P4EA 3SA6A 5P2DA 1EPLE 3OQAA 4J1FA 3PI0A 1Z1HA 2QMDA 4ZPGA 5ER2E 1G2KA 2Q55A 3ZOVA 3HVGA 3O9LB 2FDDA 4I0GA 4Y4UA 4ZEAA 5P1RA 2UY0A 1HHPA 5P5ZA 2OHMA 3OXVA 4YD3A 4J55A 4QJ2A 3NWXA 4Y5BA 4Y4JA 4YDFA 1E81E 5P20A 5P59A 3DUYA 5P8RA 4Y3EA 5KOQA 4Y58A 3G6ZA 3O9EA 5P2KA 4J0PA 3A2OA 4RROA 1HSIA 3TLHA 4KE1A 3R0WA 2RENA 1BWBA 4PPHA 1NSOA 2QAKA 3LZSA 2G69A 5OZAA 5P8GA 1F34A 2JJJA 4JP9A 4GZFA 5HVPA 4Y50A 3LITA 3NXEA 1RL8A 4NJTA 4Y4XA 4HE9A 3HBOA 2HIZA 3OUAA 4ER4E 4U8WA 3VV8A 2BPXA 3D1YA 5OZ9A 2ER7E 1A8GA 3D1ZA 3PSYA 5KR0A 3ER3E 3O9GA 5P8UA 4Y41A 3IN4A 3KFRA 5P8IA 5P8KA 5P2TA 5P55A 5ENKA 1AZ5A 4RVJA 2NTRA 3ZKNA 5OZFA 4WY6A 5OZ5A 5OZKA 3ZKGA 4WTUA 4Y51A 4EP2A 3O9FA 3UF3A 3GGXA 5P6UA 2ANLA 5P16A 4YD4A 1WBKA 3SA5A 5OZ6A 1A8KA 1W5XA 4DI2A 4L7JA 5OYUA 5OZXA 2PH6A 4CKUA 3TOHA 5P8BA 3S7MA 5P5BA 3QRVA 1BIMA 4RVXA 1AXAA 4B05A 5KQFA 3VYDA 1PSOE 2QNPA 4YOBA 5P5KA 5DR3A 3INDA 1MVPA 4Q5MA 4B1EA 5IS4A 5KR1A 1TZSA 3R0YA 1GVXA 2WEDA 5P1UA 2IRZA 1HIHA 5P4QA 3S45A 1BILA 2PYMA 5OZWA 5P4LA 4LXKA 4B00A 3O99A 5P38A 4AA8A 3APRE 5P0JA 2FIVA 4TVGA 1M4HA 3M9FA 5AH9A 3LIVA 5SXNA 5I70A 3BVAA 5P2BA 4X7IA 5P4HA 2RKGA 3FIVA 4Z50A 5P1IA 1SP5A 3APPA 2G21A 2QNQA 1HVHA 3OHFA 4A4QA 3LPKA 5P0NA 4DQEA 1IDAA 2ZHVA 1DPJA 2R38A 2F81A 4S1GA 5P6ZA 5AHCA 2VNNA 5KQXA 2J9KA 1BDQA 5P27A 4GB2A 5P6RA 5P1AA 4YD6A 3GW5A 4I8WA 4L6BA 5HCTA 1T7KA 2WF4A 2VA5A 3O9IA 3I25A 1NPVA 2AOIA 2QMGA 5B18A 1GVWA 4K9HA 5P4BA 2BPZA 3ZKXA 4LXMA 4DQHA 1GNOA 1UH7A 5OZIA 5P51A 3S85A 3PHVA 4Y5GA 4YBFA 1GNMA 5P6NA 5P7ZA 3VF5A 5P0XA 3LIXA 4ZLSA 5P5GA 5JFPA 3DOXA 4ZIPA 1ODWA 1GVVA 4FAEA 4GJCA 5P6YA 3PB5A 5BWYA 2PWRA 2R8NA 5P3LA 3CIDA 4Y5MA 2O4PA 2IGYA 5P43A 3F9QA 1FQ4A 1ZAPA 1K6TA 5P1XA 3L5DA 4UPJA 3SA8A 5P7UA 3ZKSA 3ZPUA 5DQ4A 2JXRA 3K1WA 2MIPA 5P2GA 4Y4BA 5P5NA 4YHQA 5P1NA 5P7FA 2HB2A 4RCDA 3R2FA 2BQVA 1DAZC 1HEGE 4OBFA 3QN8A 5P7WA 3BXSA 5P0RA 3K4VA 4LC7A 2P3BB 1EPRE 3BUHA 2ZJIA 5HDUA 5DR4A 4F75A 5P76A 4YCTA 1D4KA 1D4YA 5P4PA 1T7JA 2VJ9A 5P69A 4GIDA 3URIA 1J71A 2WF3A 4PEPA 5DGWA 4EXGA 5P8NA 1LYWB 3UQWA 2QU3A 3G72A 1B11A 3CMSA 3EM4A 5P4MA 5OZ2A 1Z1RA 3JW2A 4L1AB 4IVTA 4QLHA 1BBSA 3DK1A 5P5WA 4M8YA 3FKTA 1IBQA 4QGIA 3KMXA 1IZIA 2A1EA 2G22A 4I12A 2AIDA 4Y5AA 3RU1A 1HWRA 3B80A 3CYXA 3WB5A 3CICA 4Y5KA 2WEZA 5DQCA 1QBRA 1SGZA 3OU3A 5P46A 3FV3A 1LS5A 4B72A 2WKZA 3O9DA 1UH8A 4Y3QA 5P6TA 3UDNA 5P4NA 5P2HA 1SDUA 1XE6A 5P75A 1MT7A 1QBSA 2Q11A 3IXOA 1E80E 2R3TA 3Q70A 3OQKA 3KT5A 5HDXA 3NDTA 2QD6A 1ZSFA 1SIVA 5HE5A 5OZTA 3U6AA 5P62A 3INFA 1DMPA 4EXHA 3MSJA 5DQ5A 3EKXA 3RVIA 3QAAA 4M8XA 3ECGA 3S54A 2OHQA 2QU2A 1XE5A 5ISKA 5P10A 3PEPA 5C9FA 4YDGA 4I0HA 4HEGA 1QBTA 3U7SA 1FB7A 1APUE 3NDUA 3WZ7A 2AQUA 4TRWA 5DGUA 2NXDA 5P4IA 1XS7D 5AH8A 2PC0A 5P17A 5P6GA 1XN2A 5P4RA 3ZMGA 3ST5A 4YOAA 4CPWA 3K5GA 5P36A 3ZL7A 4J17A 1APVE 3S2OA 5P53A 2FNSA 3PLLA 1HTEA 1D4IA 1HTGA 1HTFA 2OF0A 4K4QA 5P78A 1A94A 3IXKA 3BGBA 4Y3DA 4LBTA 2V16C 1XL5A 5P05A 1N49A 3SKFA 2I0AA 3PSUA 3L59A 5P00A 1LYBA 2IGXA 4X2LA 2IKUA 3VFAA 3MWSA 5P4UA 5P0IA 5JODA 4D8CA 4Y3SA 3KMYA 2AZBA 2P3CA 3LZUA 2XFKA 5P50A 3NSHA 4OBDA 5HE4A 1FMBA 3T11A 5P7TA 1BV9A 1PROA 1YM2A 4K8SA 1FG8C 3I2LA 5P8FA 2PK6A 4D83A 4ER2E 4H1EA 5P7QA 3T6IA 1YTHA 4Y54A 1MESA 4OD9A 6APRE 5OYTA 1LV1A 4JPCA 1KJFA 4BELA 3TKWA 3EMYA 4OBZB 3OADA 2O4KA 3K5CA 4CPSA 2ZYEA 1AVFA 4XX4A 5P04A 3L5BA 3HLOA 5OYSA 5P0BA 2H6SA 1SMRA 4DFGA 3NWQA 2R9BA 1EEDP 3Q3TA 4Y57A 3NU3A 2NXMA 2HS2A 1HVRA 5P1WA 4D85A 4Y4AA 4QJ6A 3WZ8A 5E5JA 4GJ5A 1YT9A 2QP8A 4J1EA 3HVPA 2ER9E 1ENTE 3TPLA 4EJKA 2Q54A 4AZYA 3TKGA 2AVQA 4R92A 4FLGA 2JYSA 5P3CA 3O9BA 4RYGA 1SMEA 3PJ6A 3UHLA 5P5VA 5SY2A 5P3VA 3Q4BA 5P5DA 5P8MA 5DPZA 2UXZA 2HS1A 3G70A 2B60A 4EHCA 1LYAB 4I0FA 3OU1B 5P5XA 3GI5A 1VIKA 4L7HA 5P3GA 1YX9A 4MC9A 5P5UA 2XYFA 3SABA 1FFIC 3U71A 4Y47A 4ER1E 4YCKA 2ZE1A 1C6YA 2QD7A 7UPJA 3O9HA 5EZXA 5P8TA 4AA9A 3D20A 5P3DA 1K1TA 5P1JA 4DQBA 1AJXA 2B42A 4OBHA 1A30A 3QRMA 3EC0A 3QIHA 2FGVA 1NH0A 5ISJA 3PWWA 4HVPA 1EBZA 2BPVA 5P31A 4Q1YA 5P2ZA 1KJGA 4F73A 2G20A 1FKNA 4Q1NA 1CMSA 2QI1A 2VA6A 5P6WA 3BC4A 1U8GA 5F00A 5P44A 1Q9PA 5OZYA 5P60A 2A4FA 1AAQA 3OOZA 5P2RA 5P2SA 5IVRA 5IVSA 6FIVA 2FDEA 4HA5A 4Y44A 2PWCA 2G1NA 2V11C 5P5LA 5P63A 1EPPE 5P19A 3OY4A 2B8LA 3NXNA 5P89A 4JOOA 1HVSA 3IA9A 1BWAA 5P68A 3DV5A 3LHGA 1QBUA 2CEJA 5OYVA 5P1EA 5P2AA 5P34A 5P32A 3FNSA 1C6ZA 3UQRA 5P6HA 2JE4A 2QHYA 4DQCA 5P5IA 3S8IA 3KDBA 4RYCA 5P41A 5OYYA 1PSNA 3IVIA 5P7CA 2G1YA 2ZHUA 1YTJA 5OZHA 3CKPA 3UDHA 1T6GA 3EM6A 4R91A 1W5VA 4ACUA 3TOGA 5P72A 3VF3A 2ZHRA 5KAOA 3IAWA 3LNKA 4NKKA 1FQXA 5P47A 1QDMA 1APWE 4ZSPA 2G1RA 2P3AA 5P3RA 5P7LA 4J0YA 2ZJJA 3T7PA 5P6VA 5P2FA 4QJ7A 5P66A 3UDPA 5P6QA 5ER1E 5P5RA 2I1AA 3D91A 4MC2A 1FQ8A 4GYEA 5P2CA 1ZBGA 4DJQA 3KT2A 2BKTA 2QZWA 3INEA 3RSXA 1HSGA 3OXXA 5P6BA 3VCMA 1UPJA 2AVSA 4OC6B 2OHTA 5P4ZA 3SM1A 1MIQA 1K6PA 3PGIA 4ZSRA 4FCOA 1B6KA 3IGBA 1M0BA 3VG1A 5P0CA 5P26A 5P5QA 2ZGAA 3L5CA 4Y3XA 1FG6C 1SGUA 2BKSA 1NPAA 1ODYA 5P39A 2BB9A 1MSMA 4GJDA 5DR1A 5P1CA 1EPQE 4TVHA 3URJA 5AHAA 1LF2A 4HLAA 1FEJC 3NUJA 3UDQA 5P1DA 2J9JB 2F3KA 3PVKA 5P8SA 4XX3A 4Y5PA 2RKFA 3TPPA 2BPYA 3KN0A 5P4WA 3PSGA 2WEBA 4Y39A 5P1TA 2ER6E 3ZPTA 4YBIA 3GGVA 1XDHA 5P7XA 5P3IA 4B1DA 5P6MA 4B1CA 4GJ8A 3GGAA 3R1GB 2AZ8A 4FM6A 5HCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZS A;  5IVT A;  4EYR A;  5P7M A;  3FSM A;  2OHL A;  4ZSQ A;  5P45 A;  1HPS A;  5P0V A;  5P1Y A;  1WBM A;  1YTG A;  5SY3 A;  5P2V A;  1ZSR A;  4Y3F A;  3SA7 A;  5P3Q A;  3S56 A;  3HD8 A;  2VNM A;  2XYE A;  3EL9 A;  4WY1 A;  5P6S A;  3PCW A;  2FLE A;  5JFU A;  5P5F A;  1IDB A;  5P88 A;  5P1P A;  5P8V A;  5P2L A;  1MT8 A;  3ZKQ A;  4Y3R A;  5OZN A;  3OUD B;  4F74 A;  3GI6 A;  5P54 A;  1FMX A;  5P7A A;  3UDY A;  1MSN A;  5AH6 A;  5P8H A;  1D4H A;  5P01 A;  4J5J A;  4U7Q A;  1GNN A;  3KDD A;  5P2M A;  5KOS A;  2G1O A;  5OZ0 A;  5P5H A;  2V12 C;  5P82 A;  8HVP A;  1OEW A;  1TCX A;  1K1U A;  1ER8 E;  3EL4 A;  1AID A;  1HPO A;  5P5E A;  1MPP A;  4GJ7 A;  1EBY A;  2QHC A;  4MC6 A;  2WF1 A;  1HOS A;  1MRX A;  2R43 A;  2NMZ A;  4Y5N A;  2ZJM A;  4DPF A;  3BXR A;  4Y45 A;  5P07 A;  3SKG A;  5P22 A;  2VS2 A;  3BGC A;  5DR7 A;  3DCR A;  4LP9 A;  3BHE A;  2HPE A;  4DVF A;  5P7I A;  5ENM A;  2HC0 A;  4DJX A;  5OZ3 A;  4EJD A;  4Y5L A;  3WB4 A;  2OHS A;  5P6I A;  2OHP A;  4GJA A;  3PCZ A;  4I0I A;  4DJY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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