5IVQA

Crystal structure of hiv protease complexed with methyl n-[(1s)-1-benzhydryl-2-(3-morpholin-4-ium-2-ylpropylamino)-2-oxo-ethyl]carbamate
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Discovery of MK-8718, an HIV Protease Inhibitor Containing a Novel Morpholine Aspartate Binding Group.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2016-03-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ivqA00
1BV7A 5KQZA 1EC1A 3OU4A 5F00A 2R3TA 3QVCA 5HU1A 1ZSFA 4ZLSA 1APUE 2HAHA 4OBJA 4OBHA 2FGUA 2JE4A 3R4BA 1FLHA 1LV1A 5OZ0A 5KOSA 3VSXA 1GVVA 2XFJA 3QBFA 3CIBA 3EKVA 5P0JA 3F9QA 3APRE 6FIVA 4Y45A 3NLSA 2I4UA 3TOGA 2V00A 4L7GA 2AZ8A 5B18A 5P5WA 1FQ6A 5P3CA 1ZBGA 3S43A 3SABA 5P14A 5P59A 3ZKQA 1AJXA 1MTBA 2QMDA 4CP7A 4DPFA 2VNMA 3CKTA 2AOJA 4QJ2A 3KFRA 5AGZA 3K5FA 3L38A 4J1CA 3INHA 3L5BA 4APRE 3NWQA 5P6TA 2WF4A 1FKNA 4X7IA 4YBFA 1BDLA 5P38A 1DMPA 4RRSA 1M0BA 3A2OA 1SDVA 1ZJ7A 2CENA 5P5GA 5P7OA 5P5MA 5P8KA 4I11A 1C6XA 5OZTA 5P73A 5OZCA 5P7RA 3CYXA 3RSXA 1JLDA 3UDYA 4Y3JA 2QP8A 3DJKA 5HCTA 2JJJA 4J0TA 2P4JA 1ODYA 2F3EA 2Q55A 4CPXA 3UDMA 5OZWA 5SY3A 4LBTA 3NUOA 4I0DA 5P6MA 4AUCA 5P39A 5I70A 4RGHA 5P5IA 3L59A 6APRE 2MIPA 2QMFA 4DH6A 2OF0A 5HDZA 5DR0A 3OOTA 5OZUA 4J0YA 1OD1A 2RENA 1HXWA 4J1EA 5P82A 4DUSA 3D1XA 3KT5A 3LPIA 5KR2A 3SO9A 5P8PA 1SIVA 4F73A 3OK9A 4Y3DA 3S7MA 1HSIA 4Y5AA 5OZ8A 5P3KA 1TCXA 5P0OA 1HPXA 1ZSRA 4MC1A 3BHEA 1GVXA 4PZWA 3KYRA 4DJQA 3PHVA 4DJYA 2AZCA 5DPZA 4FIVA 5P5DA 4ER4E 3TNEA 3UQPA 2QI7A 4EJDA 1HVKA 4I0ZA 1BVGA 2QD7A 3NXNA 2B7ZA 2VNNA 4Y47A 4QJ9A 4QJ7A 6UPJA 4NPUA 1QRPE 2G20A 3WZ8A 5OZ1A 3O9CA 1T7IA 3EM3A 5P7IA 4Y3EA 1HVIA 2V11C 2QZLA 2NPHA 4B78A 1GNNA 4Y4DA 3EKTA 4IVTA 4GZFA 4L6BA 5P1KA 5HTZA 3QP0A 5P3VA 1FQXA 4Y5KA 5P3AA 3WSJA 2B8VA 3R0WA 5P1BA 5P20A 3VSWA 5P3OA 2HIZA 5P4PA 3IXJA 5P3PA 3OXVA 3B80A 5P0GA 5PEPA 3L5CA 5P18A 1SDTA 5OYUA 5OZEA 5P58A 3SAAA 5P0XA 3SM2A 1FQ8A 5P6DA 2B60A 5P1JA 4AMTA 1C6ZA 1RNEA 5P2NA 5JODA 1GVTA 4DV9A 3PSGA 3UDKA 5BWYA 1ZAPA 2ZJIA 2PSVA 3KMYA 3TL9A 3Q5HA 1BDQA 5P4VA 3IGBA 4HZTA 3OADA 2WHHA 3ER3E 5P70A 3O9GA 5P0IA 5P6LA 1T7JA 4KE1A 5C9DA 3FIVA 2RKGA 5P2ZA 5P4KA 4Y58A 1VIKA 5P0NA 5P6UA 1MIQA 1MTRA 5P7KA 5P4LA 1BAIA 1K2BA 3DUYA 5P0HA 5P2IA 5P48A 3OU1B 1MPPA 5P36A 1ZPAA 2Q5KA 1RL8A 5P3JA 4ZPGA 4QJ8A 2PK5A 4J1IA 4Y41A 4UPJA 5P1RA 5P49A 4GJBA 3TLHA 1AAQA 3VV6A 4GJ5A 5JG1A 2O4SA 5JFUA 2HB4A 3HAUA 1ZPKA 3KF0A 3PSYA 1ER8E 3OUDA 3DOXA 3URIA 2ZE1A 2G1SA 1FQ7A 4K8SA 5P22A 3CKRA 2NNPA 5P1DA 5P5JA 2I4XA 3VG1A 5P8MA 1HVJA 2WEBA 3EKYA 2IRZA 5KQFA 3BUGA 3DCRA 5P77A 3UDJA 1AZ5A 3JVWA 5BRYA 2R43A 3PEPA 5P6ZA 1AJVA 3OOZA 4CPUA 5P5LA 5OYRA 4QLHA 1W6IA 4A6BA 4PEPA 3TPLA 3SA9A 5P19A 4RVJA 3Q70A 1E82E 3MSLA 5I3WA 2UXZA 5P5YA 4Z50A 4D89A 5P4SA 1YTHA 2AVOA 3BXSA 5P04A 4Y3MA 5IVSA 3AUPA 4FAEA 4U8WA 4JPCA 5P4OA 4Y3GA 4RVXA 2O4KA 2R5QA 1APTE 5P4HA 2P3DA 3SA4A 5P0DA 5FIVA 5DGUA 5P65A 3G6ZA 5P64A 5P0AA 3VF7A 3S7LA 3S53A 5JFPA 1QDMA 3KMXA 2BJUA 1FEJC 2JJIA 3I6OA 5P5SA 4ZSMA 1AIDA 5P1IA 2ZJJA 5OZSA 2ANLA 2FNTA 2UY0A 4YDFA 2QHZA 4TVGA 4DJOA 3S45A 1HTGA 2QZXA 3K5GA 4ZPEA 5P1GA 2QI1A 5P2TA 4B1CA 3K1WA 4GJDA 3KDCA 5P1UA 5P2KA 3INFA 4OBDA 4RROA 1D4KA 2PSUA 2VA6A 3LPJA 4JECA 4Q5MA 5P26A 4Y3NA 5P1HA 4EQJA 1PFZA 1T3RA 3LIVA 2EWYA 3T7XA 3GI5A 5DR8A 2O4PA 4R8YA 4BEKA 5P2MA 4B72A 4Q1WA 1TZSA 3OUAA 5P8HA 5DQCA 2QMPA 5OZOA 1MRWA 4NJVA 3RU1A 4GJ9A 1HRNA 1XE5A 3VV8A 4ER1E 4FM7A 3CICA 4K4RA 2AVMA 5P11A 4AA8A 3ZPSA 3BGBA 3MXDA 5P45A 3KN0A 5HE4A 2NNKA 4U7VA 4WY1A 5P30A 5P4FA 3T3CA 4Y5LA 5P8RA 4M8XA 1EAGA 5P52A 2QI6A 3QRMA 1SGZA 3OXWA 3CYWA 2AOFA 5P60A 4Z22A 3O9AA 4GJAA 1IZDA 4JOOA 4LXMA 3KDBA 3PI5A 2Z54A 4YD4A 1CPIA 4Y51A 1QBRA 3EL0A 2ZJKA 2NR6A 5P8EA 5J25A 2WKZA 2BPXA 1HTEA 1EPLE 2WF0A 4Q1NA 4F76A 5P4QA 5P0TA 2VJ9A 1W5WA 5DR4A 3PWMA 3ZKSA 3DV5A 4JPEA 2B8LA 3UPJA 5I3YA 3OADB 4B05A 3UDHA 2FDPA 1A30A 1D4SA 3UFNA 3ZPUA 2FNSA 5DGWA 3QAAA 3VFBA 4B0QA 5P4AA 5P3BA 5T4SA 3Q6YA 3OGPA 3LPKA 5P43A 1IZEA 4FRSA 4YDGA 4MC9A 3NDTA 5P6GA 2PH8A 2RKFA 4NJTA 2IQGA 3D20A 2G27A 3EM6A 1K2CA 1GVUA 2BKTA 5P6HA 5P01A 3ZMGA 2FDDA 5P24A 4H1EA 1IVPA 2G21A 5P5XA 2ER7E 4DJVA 3SACA 4Y3YA 5P6YA 5P7XA 4J1FA 5P40A 1QBTA 3GGXA 3NXEA 4BELA 5P8QA 1C6YA 3VF5A 3BXRA 5P6SA 2IGYA 4Q1XA 4KE0A 5P1EA 5P1SA 3VEUA 3M9FA 5P41A 5P12A 3L3AA 1T6EX 4J0VA 5HDVA 5P7QA 5P1FA 4RCEA 5P35A 4GMIA 1IZIA 5ENMA 5P0LA 4I0GA 1OEXA 3EKQA 3HVPA 4HVPA 4J0PA 5P8AA 5P0CA 4FM6A 4HLAA 2PC0A 1RQ9A 3OY4A 3OQ7A 1EPPE 2PK6A 3UTLA 4CPTA 1W6HA 5P51A 5DQ2A 3PLDA 1FFFC 1SMRA 5P7LA 1J71A 5C9FA 5P80A 2IENA 4J5JA 2BQVA 3TOHA 2AVSA 3EC0A 3OU1A 3ZKMA 4RZ1A 4BFDA 4Y44A 2QD6A 1FFIC 3UQXA 1D4YA 5P0QA 3VUCA 1HEGE 2ZDZA 5P15A 2RMPA 3DCKA 5OZRA 2FXDA 1PSOE 4YOBA 5P0EA 1HSGA 4YD6A 2VIJA 5P4IA 2Q64A 1E80E 1PPKE 1F7AA 4HE9A 5UPJA 3U71A 5P1WA 5P8IA 2G1NA 5P6CA 1ENTE 3OHHA 4IVSA 3H0BA 3LZUA 4PYVA 5P07A 3FV3A 5P1NA 4LXAA 3O9IA 3RTHA 5P79A 1KJGA 2ZJHA 5P00A 4OBGA 5P2GA 7HVPA 1AM5A 1RPIA 3NDUA 4LP9A 4H3FA 4ZPFA 5I3XA 4GJCA 5KQXA 1QS8A 1YM2A 5P1AA 5HD0A 5AH8A 5P0KA 3T7PA 5ER2E 1HOSA 3K4VA 5OZIA 2NTRA 3EBZA 3PCZA 2OHKA 1XN2A 1Z1RA 2VJ7A 3ZOVA 4RRNA 1NPVA 2OHNA 2IKUA 2NXLA 4Y4AA 5P8DA 5P1CA 1HTRB 5DR3A 5OZKA 3UQRA 3LZYA 1KJHA 3T7QA 1HVHA 4YCKA 1NPWA 3OTSA 3G70A 4DQEA 5P2UA 4I8WA 1ODWA 2ZHRA 5E5JA 1NSOA 4I0JA 2VIZA 3R2FA 5P23A 2AOGA 1MSNA 1EPQE 2OAHA 5P1OA 3NDXA 2I4QA 3I25A 3PMUA 5HU0A 1VIJA 1F34A 3QBHA 4DPIA 5P4RA 3EM4A 4MC2A 1D4LA 4B77A 4ZSQA 5P0RA 5P7EA 3UDRA 1TCWA 3FNTA 3SA7A 3N3IA 2G26A 2P8HA 4I8ZA 4Y53A 5P8GA 5P63A 4Y3ZA 5P16A 3ZKIA 2HS2A 5OYTA 5P3HA 2QK5A 4ACUA 5P4MA 5P03A 3R0YA 5P87A 2R38A 5P17A 5P6AA 5P2DA 3PWWA 5OZZA 5P5OA 3EL1A 2Q63A 1G0VA 1TSUA 3PSUA 3KFPA 3FNSA 3PRSA 4Y3FA 4I10A 5P0MA 4APEA 4Y5CA 3OTYA 1BDRA 5OZ5A 3PGIA 5P6RA 3U6AA 1M4HA 1ODXA 5P6FA 5HE5A 5P1LA 1NH0A 2FIVA 5OYQA 2QD8A 1K6VA 4D88A 3INEA 3U7SA 3ZLQA 2BB9A 3DV1A 2CEJA 5TOLA 3HDKA 1IZHA 5P3SA 1B6JA 1META 2I0AA 5P8FA 4R91A 5P3UA 5OZXA 5P2OA 5P4XA 2QAKA 1G6LA 2VKMA 4B1EA 1APVE 2ER6E 3SA5A 2F3FA 5P2CA 4GJ8A 1BVEA 4RLDA 5P84A 3IVIA 3B7VA 5P44A 4Y50A 1A8GA 5P5AA 4Y5EA 2UPJA 5AH9A 5P1TA 2APRA 4K4QA 2HC0A 1FMBA 2Q15A 5P42A 4AZYA 5P5TA 1BILA 2PH6A 4R92A 2VS2A 1PSAA 1Q9PA 3D3TA 2VIEA 1GNOA 4R5NA 5P2VA 4CKUA 5P2XA 5P6JA 5P8BA 3BVAA 5P10A 1HVRA 4D85A 1UH7A 5SY2A 1HBVA 2V13A 2XYEA 2ZJMA 4LXKA 4Y57A 5P25A 5P7MA 3OXCA 5P3XA 3IA9A 4LHHA 1Z8CA 4E43A 4B70A 4Y3SA 5P5ZA 4Y3WA 4TRYA 1YTJA 1BWBA 5P4WA 2AVQA 3VYEA 5P6NA 5P7DA 5IVRA 5BS4A 3TKGA 4OC6B 5SXNA 5P1VA 5AH6A 5P75A 4FE6A 4Q1YA 2HPFA 4DJXA 4Y3TA 5OZHA 5EZZA 4YD3A 2FDEA 3NDWA 4J0ZA 3VCMA 3BGCA 2Q11A 4HEGA 2ER9E 4Y3HA 5P0UA 2WF1A 3KFSA 5P2WA 5P88A 1K1TA 1LS5A 3KT2A 1YTIA 2ZHSA 5P6QA 3O99A 4Y37A 4Y3RA 4OBZB 1N49A 4KB9A 4L7JA 1OEWA 5P3NA 5P4JA 1B6LA 4Y38A 4CPSA 1FIVA 4YBIA 3ZKNA 3FSMA 4I0FA 3LNKA 2FXEA 5P5CA 3ZPTA 3APPA 4K4PA 1IDAA 5P7TA 1T6GA 5IVTA 5P6KA 1A94A 1K6PA 4EPJA 4Y4WA 4Y6MA 2G24A 2ER0E 5P71A 5P7FA 4EP3A 4Y4UA 3K5CA 4DQCA 3UDNA 3VV7A 3WZ6A 2OHLA 3RTNA 5APRE 3SQFA 2QZKA 3CKPA 5P5VA 3NUJA 1EPOE 4Y4JA 5P1YA 1IVQA 4EQ0A 1W50A 3LIQA 5P7YA 5P8NA 1EC2A 4Y43A 1UPJA 3UFLA 2IKOA 4Y5MA 5P4TA 5OZBA 5OZ4A 5P0BA 1MVPA 3PVKA 2JXRA 1ZP8A 3K5DA 4I12A 4MC6A 1SP5A 4FGXA 4Y3AA 4J1KA 1UH8A 2F3KA 4EP2A 1FMUA 5P3MA 4FAFA 3GGVA 3DM6A 3S54A 2PWRA 3IXKA 5P69A 3IVHA 4Y54A 3PJ6A 5P2SA 1HPOA 1SBGA 4H3GA 5P54A 3UDPA 2PSGA 4Y56A 1GKTA 3FKTA 3O9DA 4RVIA 1FG8C 5P08A 1HTFA 3RTMA 1EPME 3S8IA 4FRIA 5DQ5A 4DQFA 5CLMA 5P5RA 1HVSA 2PQZA 3QIHA 5P1XA 1KJ4A 3IAWA 2NMYA 5AH7A 1CZIE 1EPNE 1HSHA 1MUIA 5SZ9A 2R9BA 1LF4A 4YE3A 2BPZA 3Q3TA 4CPRA 4EHCA 3OUBA 3VYDA 1ME6A 3MXEA 3VFAA 4FCOA 3EKPA 4RYGA 3KDDA 2BPYA 5OZQA 3NU4A 2AZ9A 1MEUA 1MT9A 5P05A 5P5KA 4L7HA 1IBQA 3PWRA 4TRWA 5P29A 4PHVA 5P0SA 3NU9A 2OHSA 5DR1A 4XX4A 5OZFA 1FF0C 5P50A 4FSLA 5OZLA 3OQAA 5P2YA 1MESA 1YG9A 3RSVA 3GI4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1BV7 A;  5KQZ A;  1EC1 A;  3OU4 A;  5F00 A;  2R3T A;  3QVC A;  5HU1 A;  1ZSF A;  4ZLS A;  1APU E;  2HAH A;  4OBJ A;  4OBH A;  2FGU A;  2JE4 A;  3R4B A;  1FLH A;  1LV1 A;  5OZ0 A;  5KOS A;  3VSX A;  1GVV A;  2XFJ A;  3QBF A;  3CIB A;  3EKV A;  5P0J A;  3F9Q A;  3APR E;  6FIV A;  4Y45 A;  3NLS A;  2I4U A;  3TOG A;  2V00 A;  4L7G A;  2AZ8 A;  5B18 A;  5P5W A;  1FQ6 A;  5P3C A;  1ZBG A;  3S43 A;  3SAB A;  5P14 A;  5P59 A;  3ZKQ A;  1AJX A;  1MTB A;  2QMD A;  4CP7 A;  4DPF A;  2VNM A;  3CKT A;  2AOJ A;  4QJ2 A;  3KFR A;  5AGZ A;  3K5F A;  3L38 A;  4J1C A;  3INH A;  3L5B A;  4APR E;  3NWQ A;  5P6T A;  2WF4 A;  1FKN A;  4X7I A;  4YBF A;  1BDL A;  5P38 A;  1DMP A;  4RRS A;  1M0B A;  3A2O A;  1SDV A;  1ZJ7 A;  2CEN A;  5P5G A;  5P7O A;  5P5M A;  5P8K A;  4I11 A;  1C6X A;  5OZT A;  5P73 A;  5OZC A;  5P7R A;  3CYX A;  3RSX A;  1JLD A;  3UDY A;  4Y3J A;  2QP8 A;  3DJK A;  5HCT A;  2JJJ A;  4J0T A;  2P4J A;  1ODY A;  2F3E A;  2Q55 A;  4CPX A;  3UDM A;  5OZW A;  5SY3 A;  4LBT A;  3NUO A;  4I0D A;  5P6M A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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