4Y48A

Endothiapepsin in complex with fragment b50
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Structures of endothiapepsin-fragment complexes from crystallographic fragment screening using a novel, diverse and affordable 96-compound fragment library.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-02-10

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y48A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4y48A01
1A94A 2I4UA 2QMDA 2QHCA 3UDRA 3RSVA 4YHQA 1LYAA 5P3UA 2Q55A 4PEPA 1FFIC 3K5CA 2JXRA 1XN2A 4E43A 1IZEA 4Y6MA 3PMUA 5P87A 2F8GA 5SY3A 5P07A 2RSPA 4CMSA 2H6SA 1YTHA 3BGCA 3GI5A 5P09A 1EPRE 3NR6A 4MC1A 4YOAA 5P1QA 2UY0A 2ZHRA 3OUDA 1B6PA 5P77A 5COOA 3OU1B 5P02A 1K2CA 1APTE 5OYRA 1AVFA 4QJ2A 4Y35A 5I3WA 3VV6A 3K5GA 1FEJC 4BFDA 5P8HA 2G26A 1NPWA 3R0WA 5P2JA 4HDPA 3BRAA 1HTRB 1NPVA 4Y44A 2ZJHA 1PSAA 5P5DA 4DPFA 3EM6A 2PH8A 3OU1A 4Y3XA 3UDHA 4ZEAA 2OHLA 4ZSPA 5CONA 1PROA 2MIPA 3UDMA 5P5CA 2PYMA 5P45A 3TOGA 3SA3A 1AAQA 3VLBA 3VLAA 3PHVA 3KFRA 5OZBA 3NUJA 1UH7A 5P10A 5P06A 3IXOA 1BV9A 5P4DA 3EL9A 5P2QA 2PMAA 4Z22A 2V00A 4OBJA 3OQAA 4LXAA 4QJ9A 5P1YA 2NXMA 3HD8A 5P7UA 5P0EA 4CPTA 5ISJA 3INEA 3KDBA 3OK9A 1KZKA 4Q1NA 1EEDP 5BRYA 3MSKA 5P3JA 5IVRA 1FKNA 3R2FA 3GW5A 3IVHA 3OXWA 1WBKA 4BEKA 3NDUA 2AVMA 3QP0A 4PZWA 3VV8A 2IGXA 2V11C 1CPIA 5HE5A 5P6ZA 2FNTA 3KF0A 2J9KA 2G1OA 4WY1A 3KM4A 3TOHA 2NMZA 3QROA 5P12A 4GJBA 3S56A 1A9MA 3DK1A 4Q1XA 5P6WA 2ZHVA 3INDA 5OYVA 5P8RA 1YM2A 2J9JA 2PWRA 2F81A 2IENA 1HPSA 5P01A 3TKGA 2ZJJA 4YBIA 4JPEA 4AA9A 5P6SA 3ZKXA 2AZ8A 1RL8A 5P51A 2G1YA 5P74A 5P78A 3LZVA 3ZKQA 5P2EA 4KUPA 1BIMA 4R91A 3MWSA 4YA8A 3EM4A 3CMSA 2AVSA 2BPVA 2VS2A 4JPCA 3BHEA 1B5FA 4J0ZA 3TKWA 1YTGA 4J0VA 3IGBA 4RVIA 2I4WA 1AZ5A 5P22A 4HDFA 5P0QA 1IDAA 5DR1A 5E5JA 5P49A 5P8IA 3A2OA 4EPJA 1EBZA 4ACUA 2AVOA 4GJ7A 5P33A 1MT9A 3UFLA 3UPJA 2OHSA 3DM6A 3OU4B 5P0PA 3L59A 5P5TA 2EWYA 3RTHA 2QZKA 2V16C 4ER2E 4YD3A 3Q4BA 4B05A 4NKKA 1HHPA 2QI4A 5P0CA 2WF3A 3GI4A 4Y43A 5P8UA 5HVPA 2O4NA 2OHKA 1NPAA 2FGVA 3K4VC 3ZOVA 1QBUA 2NNPA 5P1ZA 5KQXA 5P8QA 5P3EA 5P0HA 5OZ8A 3LIQA 2VNMA 1RNEA 2R5QA 3T3CA 2AVQA 4I0GA 2QZXA 4RRNA 2G24A 3D3TA 3U7SA 1RPIA 4FM7A 3NXEA 4EXGA 1IZHA 3PLLA 5BS4A 4AMTA 3HAUA 5P6HA 3ZKMA 1D4YA 4Y39A 5P69A 5P75A 1SIVA 2IKOA 5P29A 1EPME 2P3BB 4Y4XA 3KFSA 5P53A 5I70A 2WKZA 3WSJA 5P1KA 5P6EA 1LV1A 5KQZA 1LF4A 5P4EA 2NXDA 2Q3KA 5P1VA 5EZZA 3PSGA 2G1SA 4ER4E 3KDDA 2RMPA 3PSUA 5P6BA 4GJAA 3KFPA 5ENMA 4XX3A 3O9LB 4Y3QA 1B6MA 5P0WA 5P65A 5P6LA 2G20A 2O40A 4DQHA 1HIIA 5KR2A 1FF0C 2Z4OA 4Y38A 1YT9A 4RGHA 4M8XA 1UPJA 1HRNA 3QRSA 3D1XA 4FAEA 4D89A 2QZLA 1HIVA 4QJ7A 2QD6A 3PWWA 4A4QA 1KJHA 3TPJA 5UPJA 5P2YA 5P11A 5P2IA 3O9LA 3SQFA 3T6IA 1LYWA 3CKPA 3NU4A 5P1RA 3SA4A 5OZOA 1EPPE 2HS1A 3H0BA 4IVSA 5P4VA 4GYEA 2BQVA 1FMBA 1SMEA 2WF2A 5P6DA 1EPQE 1FQ6A 3HVGA 5KOSA 5HCOA 3L5FA 4LXKA 2V10C 4DQGA 5P80A 5P7BA 5SXNA 3VYFA 2NR6A 4YD5A 2WJOA 1TSUA 2A1EA 5P6XA 3ECGA 3QVCA 1HVCA 1FMXA 5OZUA 5P61A 5P27A 2B8LA 4YCTA 5P1WA 3LPJA 1HSGA 4L1AA 1K1UA 5IE1A 3MXDA 4Z2ZA 5P0NA 1MEUA 3S54A 4QJAA 1CZIE 3UQRA 5OZEA 2F3KA 3PI5A 5P48A 4R5NA 5P5WA 2XFIA 5P73A 3OHHA 3Q5HA 4J1HA 1YM4A 1DIFA 2V0ZC 5P15A 2ANLA 1Z1RA 5P1AA 2QD7A 2WF1A 3OADA 2NPHA 5DR3A 4KB9A 3QRMA 3TPPA 5C9BA 5HTZA 5P8VA 3ZKGA 4H3IA 5IS4A 3OXVA 4Y3EA 3OAGA 1MTBA 1APUE 1LF2A 3OOTA 5P3ZA 2BPYA 5P0IA 4MC6A 3ER3E 4TRYA 5P2RA 5HDUA 5HD0A 3U71A 5P4NA 5P3LA 2BBBA 1EBWA 4I0ZA 4YDFA 1C6ZA 4EJKA 2QMPA 5P0MA 2IS0A 4HDBA 4I10A 2NTRA 5P4OA 6UPJA 3S7LA 1HVKA 4DQEA 2QU3A 5C9DA 1JLDA 2XFJA 3URLA 4Q1WA 3VUCA 4Y3WA 4EWOA 3HLOA 1K6TA 5P7VA 5P2MA 5P6RA 4Z50A 1FGCC 3EL0A 1LS5A 3UCBA 1FQXA 4NJVA 4YDGA 3UDQA 2ZJLA 5KQYA 4B72A 4DJPA 5P2LA 5P44A 1W6IA 1NH0A 4D83A 1BBSA 4XXSA 5OZXA 7UPJA 4YBFA 3DUYA 3FSMA 5HE7A 3CIDA 1ME6A 1K2BA 4J1IA 5P79A 2ZYEA 2FMBA 1XN3A 3SA6A 4CPWA 2ZJKA 5P2CA 5P6OA 2BJUA 2FIVA 4X7IA 5P6JA 4I1CA 5OZZA 1G35A 3LZSA 4Y3HA 5P8JA 1AXAA 5F01A 2RENA 3QN8A 4L7GA 5P8EA 3O9CA 3IXKA 4B1EA 1LEEA 5P40A 2CEMA 4FRSA 2ASIA 1OHRA 3D1YA 5P4BA 3UDJA 1ODWA 5OYSA 4IVTA 1N49A 5P6QA 4DJUA 5JFPA 3O9HA 3F9QA 2Q63A 3PBDA 5KR0A 5P5PA 1B6JA 2VKMA 5P1XA 4ZSMA 1XE6A 4U7QA 5P8SA 5P47A 5DR8A 1EC0A 5P6TA 4F76A 1W51A 3D91A 2AOEA 1PSOE 5P4TA 5P6VA 5P7WA 5P5MA 3EM3A 5P4UA 5DR0A 2PH6A 3PCWA 2ER0E 3JVWA 4AUCA 4KE1A 4DUSA 5P7GA 5P2KA 4Y4TA 5COPA 3KMYA 3VFAA 3QBHA 5P0VA 3I2LA 4FSEA 1W5XA 4K4PA 3ST5A 1K6PA 3KYRA 4R93A 5B18A 1ZAPA 2JE4A 5HDXA 2QI3A 1LYBB 5DR4A 2VNNA 2WF0A 4FM8A 4J55A 5OZ4A 4CPUA 5OZHA 3ZL7A 4J5JA 4K4RA 1MERA 1KJ7A 3N4LA 4J54A 3HW1A 1T6GA 9HVPA 3Q3TA 1ER8E 4R8YA 3UDNA 2BKSA 3WZ7A 1C70A 1GVUA 1LYBA 2NMYA 1K1TA 3KA2A 1RQ9A 4OBDA 5KOQA 5I3VA 3EMYA 1GVTA 1FQ8A 5OYTA 5HDZA 4DJQA 1ZP8A 1QRPE 4U7VA 5P05A 2P4JA 4DFGA 4I8ZA 4QLHA 5P6GA 4YD4A 5AHBA 3S85A 5P13A 1GNNA 2NNKA 5APRE 2FS4A 2OHPA 2WEAA 3OWNA 2Q5KA 4RRSA 5P28A 3SKGA 3MSJA 3G6ZA 1FG6C 1AJXA 5P00A 5AHCA 1IDBA 1HTFA 1HIHA 4Y5AA 2B7FA 5P2FA 3I7EA 4H1EA 4OD9B 4Y3PA 5P62A 2G21A 8HVPA 5DQ4A 4F73A 5P30A 5P7YA 3NDXA 5P7SA 4ZSRA 3NU3A 3SA9A 3G72A 3ZMGA 1G6LA 5P8DA 4CKUA 4DJWA 2V13A 2QNNA 3ER5E 1GVWA 2V12C 2H6TA 4LBTA 4OD9A 3OGQA 2QI0A 2G27A 4DJOA 5P0KA 3UDYA 5P5HA 3SA8A 5P4CA 1OEWA 3EL4A 3LNKA 5P2DA 5P25A 4XKXA 2Q54A 5ENKA 2VIYA 3APPA 3BUGA 5OYUA 1Z1HA 4NJTA 5P4KA 5P83A 4GMIA 5P3SA 1UH8A 4F75A 3BXSA 5P6NA 3NSHA 2XFKA 2G1RA 2IRZA 2VJ9A 5P6IA 5AH7A 5P7XA 3VSWA 1VIKA 4Y4UA 1SDUA 5OZLA 4JECA 1HVRA 2HIZA 3DOXA 2IL2A 3IN3A 3RU1A 4UPJA 2I4QA 5OZQA 1HVHA 5P59A 4GJ9A 5P5XA 2I0AA 3RTNA 2UXZA 2Q64A 5JODA 2IEOA 2ZHSA 4Y58A 3N3IA 4OBFA 3SA5A 3HVPA 4RLDA 2FXEA 1QBSA 3LINA 1BDLA 3K1WA 5P7IA 4GJ8A 1QS8A 1APVE 5HCTA 1HPXA 4Y41A 4CPXA 4L7HA 2HS2A 5P70A 3EKYA 1ZTZA 4OBKA 4HZTA 2ER9E 5P08A 4B77A 2UPJA 5HDVA 3NU5A 5P57A 5OZJA 5P17A 3BVBA 5P0SA 2QHYA 5E5KA 2R38A 4I0EA 3VFBA 3O9BA 3TPRA 2AIDA 2BPWA 5HE4A 3IAWA 4Y4EA 3QIHA 5P4YA 3OU4A 5P0YA 2I0DA 2P3DA 5OZRA 1BDQA 5P7AA 5P4RA 3S45A 3T7XA 1EBKC 1WKRA 3EXOA 4Y57A 4B0QA 4FAFA 5P88A 3G70A 5P5LA 1HWRA 5P5AA 1EAGA 5P4MA 1ODYA 3S2OA 5P0RA 3VG1A 1T7JA 3EKQA 4FL8A 4WTUA 1DAZC 3S53A 1W50A 5OZ3A 1HVJA 3DCRA 5P2BA 4R95A 5P3CA 3S43B 5IVQA 1HBVA 5P1IA 5P7PA 4A6BA 2Q15A 2AOGA 3RVIA 1META 1T6EX 5HU1A 5P63A 4RVXA 3TL9A 1YX9A 5P2VA 2FDEA 4GB2A 5OZFA 3KT5A 2FGUA 2JJJA 2QI1A 3VSXA 5P4GA 4Y4GA 3S43A 4EJDA 4Y3GA 3OQDA 3HBOA 4EYRA 2P3BA 3IA9A 5P4ZA 4Y3MA 3INFA 3TNEA 5P6AA 1TSQA 3NLSA 3EC0A 2RKGA 3QS1A 4D85A 1K6CA 2A4FA 2VA6A 1BWBA 5P1UA 2HPEA 2BPXA 5P3WA 4OBZB 1E82E 1VIJA 2AOJA 4TRZA 1RV7A 4RVJA 5P6FA 3R0YA 4Y3DA 5P4JA 3Q70A 3O9DA 3RTMA 5CLMA 1BVGA 5P2UA 3LPIA 5P2AA 2Z54A 5P0UA 4L6BA 3CKRA 1T7IA 2G1NA 3GGVA 1BV7A 5P43A 2AOIA 3EKWA 4OBZA 2G94A 4Y50A 1FFFC 1ODXA 5P3MA 5OZ1A 5KQFA 4J17A 5P1EA 2WL0A 3EKTA 5P5UA 1IIQA 4Y56A 1HSHA 3OY4A 3L58A 5P3NA 3EKPA 2OHMA 3AUPA 3TPLA 5P68A 1SGZA 4RZ1A 3LIVA 2ZGAA 2VIJA 5OZCA 3Q6YA 2PK5A 3NXNA 5P26A 1FG8C 5P0BA 5P4PA 3O9EA 5P1FA 5COKA 1GVXA 5P2SA 4B00A 4B1DA 5P34A 3NU9A 2O4PA 5AGZA 5OYZA 3L3AA 1IZDA 5OZPA 4F74A 1OEXA 2OHTA 1B6KA 2PWCA 2ZHTA 4B78A 5C9FA 2AVVA 5P54A 1MSMA 4FS4A 3GI6A 5P84A 3OGPA 5P8MA 3NU6A 1D4IA 1FQ4A 4HE9A 4EHCA 5P76A 4Y5GA 3UDKA 1MVPA 1MUIA 5P55A 4DI2A 5P41A 2I4DA 1D4KA 5P7TA 2AOHA 1BXOA 1GNMA 2HC0A 5P3HA 2AOFA 2QK5A 2ZE1A 3WB4A 4KE0A 3ZKNA 2HB2A 4N00A 5PEPA 4Y4JA 1QBRA 5P8AA 5P8LA 4PYVA 3D1ZA 5JG1A 3KN0A 5P81A 5OYWA 3UDPA 1EC1A 5P2GA 5P7JA 4Y3ZA 5OZTA 2FDDA 4RCDA 3OTYA 1MPPA 3PGIA 5P7FA 3ZKSA 3L5CA 4DV9A 4AA8A 4I0JA 5KAOA 3ZLQA 3OUCA 5P5OA 4PPHA 3FNSA 5OZGA 3HZCA 2IKUA 2O4KA 5OYQA 3OOZA 2QI6A 1A8GA 3H5BA 3VYEA 1MESA 3FNTA 5P8KA 5P1OA 2G22A 4GZFA 3IVIA 2I4VA 3WZ8A 4Y3RA 1TQFA 4Y47A 5P0XA 1B11A 3CYXA 3SKFA 5OZYA 3LITA 2F3EA 5P5VA 4K4QA 2QAKA 2R9BA 2QNQA 2O4LA 2P3AA 4ZPEA 1MRWA 2G69A 3URIA 2FLEA 3NWQA 4I8WA 2R3TA 1IZIA 3O9GA 5P0ZA 4BFBA 1D4LA 5AHAA 5KR1A 1EBYA 3FX5A 1MT8A 1A8KA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1A94 A;  2I4U A;  2QMD A;  2QHC A;  3UDR A;  3RSV A;  4YHQ A;  1LYA A;  5P3U A;  2Q55 A;  4PEP A;  1FFI C;  3K5C A;  2JXR A;  1XN2 A;  4E43 A;  1IZE A;  4Y6M A;  3PMU A;  5P87 A;  2F8G A;  5SY3 A;  5P07 A;  2RSP A;  4CMS A;  2H6S A;  1YTH A;  3BGC A;  3GI5 A;  5P09 A;  1EPR E;  3NR6 A;  4MC1 A;  4YOA A;  5P1Q A;  2UY0 A;  2ZHR A;  3OUD A;  1B6P A;  5P77 A;  5COO A;  3OU1 B;  5P02 A;  1K2C A;  1APT E;  5OYR A;  1AVF A;  4QJ2 A;  4Y35 A;  5I3W A;  3VV6 A;  3K5G A;  1FEJ C;  4BFD A;  5P8H A;  2G26 A;  1NPW A;  3R0W A;  5P2J A;  4HDP A;  3BRA A;  1HTR B;  1NPV A;  4Y44 A;  2ZJH A;  1PSA A;  5P5D A;  4DPF A;  3EM6 A;  2PH8 A;  3OU1 A;  4Y3X A;  3UDH A;  4ZEA A;  2OHL A;  4ZSP A;  5CON A;  1PRO A;  2MIP A;  3UDM A;  5P5C A;  2PYM A;  5P45 A;  3TOG A;  3SA3 A;  1AAQ A;  3VLB A;  3VLA A;  3PHV A;  3KFR A;  5OZB A;  3NUJ A;  1UH7 A;  5P10 A;  5P06 A;  3IXO A;  1BV9 A;  5P4D A;  3EL9 A;  5P2Q A;  2PMA A;  4Z22 A;  2V00 A;  4OBJ A;  3OQA A;  4LXA A;  4QJ9 A;  5P1Y A;  2NXM A;  3HD8 A;  5P7U A;  5P0E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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