3DV1A

Crystal structure of human beta-secretase in complex with nvp-arv999
Total Genus 95
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
95
sequence length
388
structure length
377
Chain Sequence
SFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Macrocyclic peptidomimetic beta-secretase (BACE-1) inhibitors with activity in vivo.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 95
structure length 377
sequence length 388
chains with identical sequence B, C
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2008-07-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv1A01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3dv1A02
3FIVA 3TOGA 2NMYA 5P6AA 2XYFA 2Q55A 5BS4A 2G21A 5P0ZA 5P69A 3OXXA 5OZFA 5P4QA 4QGIA 2AZBA 1ZTZA 5P47A 4GJAA 1VIJA 4Y4BA 3OHHA 5P2AA 2AOJA 3D1YA 4DJPA 1T6GA 2PWRA 3QIHA 5P4NA 3D1ZA 3SA5A 5P6EA 1W6HA 5P3SA 4Y4AA 2QI5A 4YCKA 5ISJA 1B6PA 5OZXA 3OWNA 4LXKA 4Y4WA 1LYWB 1HWRA 5F00A 3QRMA 3PHVA 2R38A 5P5PA 5FIVA 5C9FA 1YTJA 2HS2A 5AH7A 4J0YA 5P4SA 4ZSRA 1C70A 2B60A 1B11A 5P1FA 5P73A 5P3HA 1HTGA 3B7VA 3KFSA 1OEWA 3NUOA 2SAMA 4I0JA 1RL8A 3B80A 5SZ9A 3SA4A 5P8IA 4DH6A 4EPJA 3S43A 1J71A 3NDTA 2F81A 1A94A 2R3TA 4DQFA 3MXDA 5OZYA 1DP5A 1D4SA 1BDQA 1BAIA 2J9KA 1F34A 5P1GA 1DMPA 5OYQA 3NDWA 2ASIA 5P6JA 4I0EA 4N00A 5ENMA 3FKTA 4XXSA 1FLHA 3URJA 5JFUA 1BVGA 3QN8A 5P1TA 4CPRA 2VA6A 4J55A 2AIDA 2ZJNA 3T11A 1RNEA 1HEFE 5SXNA 2QU3A 1GVUA 3A2OA 3JVYA 4PPHA 3Q6YA 1HPXA 5P02A 1FQ7A 1LZQA 1Z1HA 3ZKMA 3PGIA 1NPWA 5P22A 3SQFA 5P38A 3INDA 2QNNA 5P3MA 3VLBA 4MC1A 2JE4A 3ER5E 3PJ6A 2IRZA 4I1CA 5IE1A 5P14A 4I0ZA 4EJLA 5KAOA 5OZDA 5P3LA 1MESA 3UQWA 3PVKA 2V16C 1SMRA 1OEXA 2ZJHA 3VSXA 2P3BA 2UY0A 5P4TA 1FQ5A 1JLDA 2QI0A 3RSVA 1AIDA 2AOIA 5P0AA 2ER7E 5P7PA 2HB3A 1AJVA 5F01A 1SDTA 5P2NA 5P2HA 2QMPA 3OU4B 5P2FA 2AOCA 3KT5A 4Y4GA 5P28A 5OZ4A 5P1CA 4ZSQA 5ER2E 2QI6A 3EKWA 3S2OA 2OHQA 5P6PA 2WEZA 3DJKA 3DK1A 3CKPA 2G26A 4Y3MA 1HVCA 3VV6A 2EWYA 1DW6C 3EKTA 3OQKA 3VSWA 3O99A 3L5DA 4Y39A 5IVSA 3UDPA 2VJ6A 1YTIA 1M0BA 1FFIC 2F3EA 4DJRA 2A1EA 3VYEA 2ZDZA 4I0HA 5KQFA 1UH8A 5P54A 2HAHA 3OUDB 4B1CA 5P3EA 5P0FA 4OBJA 3FNUA 2WL0A 1FKNA 3KDDA 3GI0A 4YD5A 4L1AA 3PBDA 5APRE 2G94A 5P6TA 3DCKA 2QZKA 5P08A 5P0RA 1DAZC 3D1XA 1W5VA 1XL5A 4K4RA 1E80E 2HB2A 3DV1A 4Y4XA 4L6BA 3NLSA 2G69A 5P7QA 5KOSA 4Y4DA 2VIEA 5P7VA 5P7YA 2JJJA 5P88A 1TQFA 2QHZA 4KB9A 3U71A 3EM3A 4I10A 2BPXA 1Z8CA 4I12A 2ZJMA 4Y9WA 5P6XA 1PROA 1GNNA 4K4PA 4Y5NA 4EHCA 5P20A 5HVPA 3HDKA 4APEA 1LV1A 5P8NA 3GGVA 4YE3A 5P1XA 3VLAA 5P07A 3K5DA 3WB4A 3KT2A 1EC0A 2HPFA 1YTHA 4YA8A 3LITA 4Y51A 3S43B 5P2MA 5P3GA 3DM6A 2OHKA 1EPQE 5P80A 2IKOA 4DFGA 5P6UA 5CLMA 5P0TA 1U8GA 3EMYA 3NWQA 3UDNA 1EC2A 3UDYA 2ER0E 3UFLA 5IVQA 4EQJA 5P68A 2ZE1A 2NTRA 1EEDP 1BVEA 5P2IA 3FV3A 2AZ8A 1C6XA 1GVWA 5P16A 4Y5KA 3O9HA 4R91A 2VKMA 2WF0A 3PMUA 4Q1WA 5P09A 4Y3DA 3RTHA 5E5KA 3UDRA 5OZEA 5B18A 4F73A 5P0VA 3ZL7A 9HVPA 5HCTA 3I7EA 1QBUA 1FMXA 4Y36A 4J1CA 4GJ6A 2ZHTA 4L7HA 4YOAA 1ENTE 3RSXA 5CONA 5P1LA 2FIVA 4F74A 3IXJA 4Y3LA 7UPJA 2P3BB 3M9FA 2FMBA 5P56A 1DPJA 5P0HA 5P8LA 4YDFA 4JPEA 3QRSA 1D4IA 3ZKNA 1HBVA 5P6LA 4PZXA 1HXBA 4QJ7A 1B6KA 5P0KA 5P3BA 1UH9A 5P4OA 5P6DA 1CMSA 5KR1A 4LXAA 4D8CA 3LZVA 1D4YA 4YD4A 3KM4A 2R8NA 4WY1A 4Y48A 3Q5HA 2QZXA 5P15A 4EP2A 2QMDA 4LP9A 1B5FA 1UPJA 5P1PA 1DIFA 4DQCA 1BXOA 5ENKA 3ZKXA 3OGPA 4H3IA 3PWMA 5P7UA 5P76A 3BGCA 1GNOA 1HPSA 3GGUA 5P4GA 3CIDA 2Z4OA 3QP0A 2VIJA 4HVPA 3N3IA 4Y3PA 3HVPA 4I8ZA 4X2LA 5P3ZA 2A4FA 4GJCA 5P5YA 4YCTA 1G0VA 5P0IA 5SY3A 3KFNA 3QRVA 5P01A 5HU1A 5P8UA 3KMYA 5P5MA 3SPKA 5P60A 2IGXA 2NPHA 3O9AA 5P0PA 1MIQA 2FNSA 1AJXA 3LIYA 2BBBA 1ZAPA 5P6OA 3EKXA 2Q15A 5DQ4A 3BVBA 2J9JB 5P45A 1FIVA 4HEGA 4OBHA 4LXMA 2I4QA 5P1EA 5P5SA 5P53A 2AVQA 4Y5EA 3TLHA 5P43A 1HTEA 5P7BA 3LIZA 3PCZA 5P2BA 5P48A 5P64A 3LZYA 2WF2A 4Y3ZA 5JG1A 3EKVA 3LIXA 5P18A 5KR0A 4AZYA 5P1MA 2RSPA 1KJGA 4ER1E 5P8MA 3K4VC 5KQYA 2QI1A 3OXWA 5P2KA 3U7SA 4D85A 5OZSA 5P71A 3FNSA 4ZIPA 2O4NA 5P81A 5P4VA 1SDUA 5P41A 4CPXA 3VYDA 3NU4A 1ZSRA 3PBZA 3Q3TA 1NPVA 4B00A 3NDUA 3BRAA 3G72A 1AXAA 1HOSA 5P8JA 2V0ZC 3L5EA 3SA8A 1APUE 3QI1A 2BPZA 5DR8A 4YHQA 3LPJA 5P5WA 1SBGA 3NWXA 3VUCA 1EBYA 5P66A 3KYRA 4ACUA 2B8VA 2QK5A 2WEAA 4DQBA 5P57A 3NU9A 4R95A 2PK6A 3GGAA 3KMXA 3VV8A 3DV5A 2AVVA 5P7SA 5P4PA 1ZLFA 5P6RA 5P2TA 2IEOA 2PYMA 1HVJA 1NPAA 5P3TA 1PFZA 2V12C 3EXOA 3S85A 1MTBA 4B78A 5OZOA 5OZZA 1FG8C 3T6IA 5P3FA 5P4JA 3SA7A 2OF0A 4M8XA 5P1SA 2OHNA 4FM8A 2BPWA 5P0DA 4YDGA 4RRNA 4GJDA 3TPLA 4DUSA 1GVVA 3OUDA 3R0YA 2Q3KA 2RKFA 4GJ5A 5AHBA 4Y43A 5IS4A 4WY6A 3I25A 1FQ6A 3GW5A 3VF5A 3UDQA 2B7ZA 1HSHA 3INHA 3BGBA 1B5FB 3EL4A 3APPA 1HIVA 3G6ZA 5P33A 3ZOVA 2BB9A 2BKSA 3UPJA 5P0XA 3CIBA 2BJUA 1G2KA 5P11A 3K5FA 5HCOA 2VIYA 3OHFA 5OZCA 5P8HA 2FS4A 4FM7A 5OZ7A 3UQPA 2I4VA 5P2RA 5P5FA 2OHTA 5P8PA 1T7JA 5P4KA 3TKGA 4R92A 4EP3A 3UQRA 5P44A 5P2QA 2RMPA 2AZCA 2QHCA 3C9XA 4JPCA 4ZLSA 5P31A 4D83A 5P6KA 5P4BA 5OYSA 5P0JA 4FAEA 4NPUA 3AUPA 4ER4E 1LYBA 4RCFA 3NYGA 3EM4A 5C9BA 4L7GA 3OTYA 3PLDA 1ZBGA 1QRPE 1G6LA 3D3TA 1HVIA 5DR4A 2VJ7A 2IKUA 3PSYA 1Q9PA 1PSAA 5P00A 5P3CA 2O4LA 5P4AA 1K6PA 3S7LA 3KDBA 4ACXA 2QZLA 4S1GA 1FB7A 4EJKA 3QROA 1SP5A 2FXDA 2VJ9A 2AOEA 2QZWA 4B05A 4LBTA 3VFAA 4BFBA 5P3YA 4HDPA 5DGWA 1G35A 5P7KA 5OYRA 1HTRB 2ZJIA 4AA9A 4Y4EA 2PH8A 4XX4A 3ZPSA 4GIDA 4CMSA 3NU6A 5KR2A 5P27A 2RENA 5P37A 4R5NA 2I0DA 2JXRA 2PMAA 4FSLA 3OXCA 5P52A 5P8EA 4FL8A 1FFFC 1HVHA 3HZCA 3SABA 1XL2A 1GVXA 5HU0A 3IXKA 3NSHA 3UFNA 3VF7A 5P6HA 2IS0A 4ZE6A 2PK5A 1D4LA 3FSMA 5P6GA 2R5QA 5P2CA 4Y5LA 1KJHA 1FF0C 4B72A 5P6QA 3VF3A 3NR6A 1BBSA 5COPA 2WEDA 5P7FA 2OHRA 5P5QA 2UPJA 5OZ8A 2FDEA 4EQ0A 3LPIA 1LF4A 3INEA 4Z50A 1TSUA 3URLA 4HDFA 5P5DA 5P1RA 3T7XA 2WKZA 5P78A 3NDXA 1MEUA 3ZLQA 4Y56A 2QMGA 3IN3A 2G1SA 5P4UA 3L59A 5IVTA 3PMYA 5P4RA 1TCXA 5OYUA 4Y5BA 5KR8A 3WSJA 2XFJA 4H3JA 3HLOA 5P2YA 4CPUA 2VS2A 5P5KA 5OZTA 5P62A 5HDZA 4Y53A 4OBFA 3BXRA 2P83A 4JECA 4OD9B 3PWRA 4Q1NA 5OZJA 1BIMA 3BC4A 5E5JA 1MPPA 4Y4ZA 3L3AA 4DJQA 3MSLA 2O4KA 2J9JA 3PLLA 3ZKSA 5BWYA 5OZIA 3SKGA 5OZLA 1AAQA 4RCEA 4ZPGA 4YD3A 1YG9A 5AHAA 1F7AA 1E81E 5P49A 4GJ8A 2R3WA 4I8WA 5P1NA 2B7FA 1YM2A 5P6CA 5P5CA 5P7CA 3CYWA 1EAGA 5P5BA 1BILA 2P3AA 4Y58A 3KF0A 5KOQA 2Q54A 3EL9A 4J5JA 5AH6A 4CPTA 5ER1E 4HA5A 5P5UA 3S54A 3L5CA 3HAUA 1LYBB 1M4HA 1MSMA 3OTSA 3UDJA 5P30A 1IBQA 4JP9A 5P5IA 5P5AA 4OBGA 5P1AA 7HVPA 2OHPA 5P61A 5P7OA 3SO9A 5P8AA 5DR1A 3ER3E 1N49A 4I0FA 4YD6A 4Y5PA 4OBZA 5P77A 2WECA 3KFRA 4RLDA 4LAPA 3LINA 3EKQA 3HD8A 2G27A 4Y41A 3BUFA 3KA2A 3NU5A 5I3WA 5P65A 1XS7D 3CYXA 5P34A 3T7QA 4CP7A 1EC3A 5P3AA 5P5HA 5P7GA 4U7QA 1GNMA 4Y5AA 2P4JA 4CPWA 3T7PA 1K6TA 5P2SA 1CPIA 1SMEA 4FRIA 5P3KA 1WBMA 1MVPA 2F3KA 3LHGA 2O4SA 2P8HA 4DPFA 1IDAA 4Y5CA 1FMBA 2CEMA 2PH6A 4RGHA 4GB2A 4NKKA 4DI2A 1TCWA 1B6JA 4K8SA 4TVHA 2NNKA 2G1OA 3CMSA 3JVWA 1D4KA 2BPVA 3OU1B 2PC0A 4I0DA 2ZHVA 2QP8A 1MERA 3QVIA 5P5NA 3K4VA 2B42A 1META 5P6IA 5P06A 5P7WA 5P6FA 2FDDA 5SY2A 1FEJC 5P55A 3QS1A 3NU3A 4ZPFA 3H0BA 3TKWA 4Y3XA 4YCYA 4Y4JA 3UHLA 3VEUA 4RYCA 2AQUA 2I4DA 4J1FA 2QNQA 3GGXA 4B70A 5HDXA 4A6CA 5P0BA 2FGUA 1BDRA 1IZHA 1FQXA 4APRE 4EJ8A 4Y3JA 4R93A 4PHVA 4I11A 3CICA 3GI6A 3I6OA 3LZUA 1AZ5A 3SM1A 1PSNA 4QJ2A 4J1HA 1HSGA 5P3XA 3DCRA 2P3CA 1IZIA 4DJYA 1CZIE 1FQ4A 5P70A 3PSGA 5HDUA 5OZKA 2WF3A 2R9BA 3ZKIA 4AA8A 1ME6A 2CENA 5P0MA 1TSQA 4RYGA 3O9CA 4Z4XA 5P4XA 1K6VA 3LIVA 4A6BA 3NXNA 3K5GA 1HRNA 4EYRA 3OUCA 2V00A 1XN2A 1PPME 4HDBA 5P7LA 4ZSMA 3HVGA 1E5OE 3RU1A 2FNTA 2QHYA 2V10C 5DQ1A 5OYTA 1HEGE 3PEPA 2G1YA 4RVXA 3WB5A 2F3FA 2BPYA 5P0YA 1ZJ7A 5OZ0A 5OZQA 3OU3A 5P84A 4KE0A 4Y3WA 4FLGA 4J0ZA 4TRYA 1ODWA 3OQFA 4HLAA 5DR7A 3IGBA 5P7JA 1BWAA 5P1WA 5P7EA 3PRSA 1MT9A 1ODXA 1OD1A 4NPTA 5P8KA 4Y6MA 4LL3A 1EPLE 4E43A 1BWBA 5P4CA 5OYVA 3QPJA 5P8FA 2ZGAA 4M8YA 4FGXA 5P4LA 2I4UA 4OBZB 4DPIA 5P6SA 4LC7A 5P10A 1EPPE 4RZ1A 2QI3A 1WKRA 4R8YA 5P26A 1W5XA 5OYWA 5P5RA 4Y54A 5P4HA 5P35A 2IENA 3L5FA 5OZGA 4D89A 1ZPAA 4DQGA 3MWSA 5P51A 2G22A 1HTFA 4X7IA 2OHSA 5P7DA 3R4BA 5T4SA 5P85A 4PYVA 2QI4A 3SM2A 5P5GA 1LYAA 1BDLA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3FIV A;  3TOG A;  2NMY A;  5P6A A;  2XYF A;  2Q55 A;  5BS4 A;  2G21 A;  5P0Z A;  5P69 A;  3OXX A;  5OZF A;  5P4Q A;  4QGI A;  2AZB A;  1ZTZ A;  5P47 A;  4GJA A;  1VIJ A;  4Y4B A;  3OHH A;  5P2A A;  2AOJ A;  3D1Y A;  4DJP A;  1T6G A;  2PWR A;  3QIH A;  5P4N A;  3D1Z A;  3SA5 A;  5P6E A;  1W6H A;  5P3S A;  4Y4A A;  2QI5 A;  4YCK A;  5ISJ A;  1B6P A;  5OZX A;  3OWN A;  4LXK A;  4Y4W A;  1LYW B;  1HWR A;  5F00 A;  3QRM A;  3PHV A;  2R38 A;  5P5P A;  5FIV A;  5C9F A;  1YTJ A;  2HS2 A;  5AH7 A;  4J0Y A;  5P4S A;  4ZSR A;  1C70 A;  2B60 A;  1B11 A;  5P1F A;  5P73 A;  5P3H A;  1HTG A;  3B7V A;  3KFS A;  1OEW A;  3NUO A;  2SAM A;  4I0J A;  1RL8 A;  3B80 A;  5SZ9 A;  3SA4 A;  5P8I A;  4DH6 A;  4EPJ A;  3S43 A;  1J71 A;  3NDT A;  2F81 A;  1A94 A;  2R3T A;  4DQF A;  3MXD A;  5OZY A;  1DP5 A;  1D4S A;  1BDQ A;  1BAI A;  2J9K A;  1F34 A;  5P1G A;  1DMP A;  5OYQ A;  3NDW A;  2ASI A;  5P6J A;  4I0E A;  4N00 A;  5ENM A;  3FKT A;  4XXS A;  1FLH A;  3URJ A;  5JFU A;  1BVG A;  3QN8 A;  5P1T A;  4CPR A;  2VA6 A;  4J55 A;  2AID A;  2ZJN A;  3T11 A;  1RNE A;  1HEF E;  5SXN A;  2QU3 A;  1GVU A;  3A2O A;  3JVY A;  4PPH A;  3Q6Y A;  1HPX A;  5P02 A;  1FQ7 A;  1LZQ A;  1Z1H A;  3ZKM A;  3PGI A;  1NPW A;  5P22 A;  3SQF A;  5P38 A;  3IND A;  2QNN A;  5P3M A;  3VLB A;  4MC1 A;  2JE4 A;  3ER5 E;  3PJ6 A;  2IRZ A;  4I1C A;  5IE1 A;  5P14 A;  4I0Z A;  4EJL A;  5KAO A;  5OZD A;  5P3L A;  1MES A;  3UQW A;  3PVK A;  2V16 C;  1SMR A;  1OEX A;  2ZJH A;  3VSX A;  2P3B A;  2UY0 A;  5P4T A;  1FQ5 A;  1JLD A;  2QI0 A;  3RSV A;  1AID A;  2AOI A;  5P0A A;  2ER7 E;  5P7P A;  2HB3 A;  1AJV A;  5F01 A;  1SDT A;  5P2N A;  5P2H A;  2QMP A;  3OU4 B;  5P2F A;  2AOC A;  3KT5 A;  4Y4G A;  5P28 A;  5OZ4 A;  5P1C A;  4ZSQ A;  5ER2 E;  2QI6 A;  3EKW A;  3S2O A;  2OHQ A;  5P6P A;  2WEZ A;  3DJK A;  3DK1 A;  3CKP A;  2G26 A;  4Y3M A;  1HVC A;  3VV6 A;  2EWY A;  1DW6 C;  3EKT A;  3OQK A;  3VSW A;  3O99 A;  3L5D A;  4Y39 A;  5IVS A;  3UDP A;  2VJ6 A;  1YTI A;  1M0B A;  1FFI C;  2F3E A;  4DJR A;  2A1E A;  3VYE A;  2ZDZ A;  4I0H A;  5KQF A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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