5P3FA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 168
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3fA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p3fA01
4EQJA 3R2FA 1FMXA 4DQHA 1ENTE 3UFNA 3DUYA 3IA9A 2WEZA 1FQ7A 1HIVA 5SZ9A 4DQCA 4FRSA 4GJ9A 3OQDA 3NXNA 4DQFA 2P83A 1LYBA 5P6OA 4APEA 4YBFA 3ZLQA 3APPA 4L7GA 5P2AA 2BB9A 3JVYA 4DI2A 5J25A 2F80A 3QIHA 1HVHA 4FL8A 5OYVA 5P1LA 5OZEA 3MWSA 5P4KA 5P6GA 4R93A 1T7JA 2QD6A 5P02A 3T7XA 2WKZA 5P8IA 1G35A 4Y3LA 5P8KA 3OADA 3GI6A 5P79A 3UF3A 1FQ4A 5P8BA 2APRA 3FX5A 2G20A 4FSLA 3LINA 5HCTA 3T7QA 5P77A 1T6GA 3QP0A 3OQFA 5P2QA 1BV9A 3S43A 4H1EA 3VF5A 2QU3A 1SMRA 1WKRA 4FRKA 4LXMA 2WF4A 4GZFA 5P35A 3NLSA 4I8ZA 4Y4WA 4Y5MA 3GGAA 5P0YA 2PWRA 5P64A 3IXOA 5DR8A 4Y39A 2AQUA 2V10C 5P33A 1PFZA 5P2KA 5P45A 3ZKQA 1MT9A 5P69A 3SA7A 1ODYA 3BGCA 3WZ6A 2ASIA 3I2LA 3DCKA 1XN3A 2NTRA 5P2ZA 1BDQA 2XFKA 2I1AA 2IEOA 2QMGA 2VJ9A 3HDKA 4EXGA 5P7NA 4B1EA 5HE4A 3GGVA 5P61A 5HE7A 3LIXA 4LXAA 4Y3NA 5P0TA 5P57A 5HTZA 1FG6C 4Y5BA 5DR1A 2ER9E 2F81A 5P2EA 3D1ZA 5JG1A 3Q4BA 2HAHA 3O9GA 3K5GA 4WY1A 3NXEA 2QMFA 3OUDA 5ENMA 2F8GA 4CPQA 2VA7A 4J0VA 4DPIA 1GNNA 4Y37A 2WF3A 5P6VA 5P8TA 4XKXA 2ZE1A 3T6IA 2UXZA 1YTHA 3KFSA 1GNOA 5KR8A 3OWNA 3VUCA 1XL5A 1YTIA 5P4YA 1PPKE 5P27A 5P2OA 4Y4JA 1IZHA 4U7VA 1E80E 1F34A 1GVXA 3RU1A 4AZYA 3U7SA 5P7VA 3UHLA 2FDPA 2VNMA 4GB2A 5P26A 3FNUA 5HVPA 3O9BA 3EL5A 1EBYA 3SFCA 3KDBA 5P7JA 5P0MA 4Y44A 1MT7A 4PZXA 3VV6A 1FG8C 7HVPA 3PCWA 5OZGA 1BILA 5P6TA 1UH8A 3EL1A 2ZHUA 3EM3A 2BKTA 3TOFA 4A4QA 4FM8A 4J0YA 3EC0A 1BVGA 3MXDA 3NUJA 3QRVA 1Q9PA 2G1YA 2XYEA 5P4LA 5COKA 4L7HA 1BIMA 1HVIA 5P6QA 5P8OA 5ER2E 2A4FA 3PLLA 1LV1A 3OXVA 4OBJA 1MSMA 3EL9A 5P5OA 4ZSPA 3VV8A 2HS1A 4CKUA 3UDMA 1G0VA 1LZQA 4DJXA 2QNPA 1ZAPA 4FE6A 5OYSA 5P7AA 2RSPA 5P7CA 1GVUA 2PSVA 3OU3A 5P06A 2ER6E 4Y45A 3I7EA 4I0ZA 4J55A 3BGBA 1DAZC 2BQVA 2Q64A 1HVSA 5OYUA 5OZNA 3BHEA 1EC2A 3ST5A 4Y3DA 5BRYA 1ODXA 3OQKA 3TKGA 3KF0A 5P4AA 3QAAA 5P1BA 1NPAA 3PMUA 3PI0A 2VJ7A 2QZXA 5IS4A 5P55A 4Y4UA 1GVVA 3O9DA 4FGXA 5P43A 1QDMA 4JOOA 5P3AA 2OHRA 3KT2A 1QBRA 1A94A 5P58A 3ZKMA 4Y5GA 1A8GA 5P20A 1SGUA 2I4QA 5AH8A 5P8MA 1MESA 1G2KA 2FGUA 4Z50A 5P7PA 1APWE 2B8LA 1W6HA 5KOSA 4R8YA 5P70A 3JW2A 2FMBA 4ZPEA 1OEXA 5P7LA 1MTBA 2O4LA 3CYWA 3UFLA 4IVSA 5AGZA 1RV7A 4CPRA 5P0DA 4FIVA 2IKOA 5HE5A 4Y3QA 4I0DA 3RTMA 4B78A 4TRZA 2PH8A 2QAKA 2J9KA 2MIPA 5P1EA 5P8PA 4YD6A 3LZUA 2B7FA 5P2XA 1MT8A 3L5BA 1FF0C 3KMYA 2OHQA 2G26A 1SDUA 4YD3A 3UPJA 2ZJLA 3OOZA 1ZJ7A 1CZIE 1NPWA 4OBGA 5P3QA 4DFGA 1AJVA 2IQGA 1SIPA 3TNEA 5KQYA 5P3SA 2OHPA 5OZSA 3UQRA 1W50A 5OZ0A 3VF7A 3OXXA 1XE6A 4UPJA 5P6XA 1XN2A 5P6LA 4F75A 5IVQA 2HC0A 5AH9A 3KFRA 5ENKA 1IZIA 4J0PA 5P81A 4HZTA 5P5YA 5OZLA 2AOIA 5P0WA 4YDGA 4HVPA 1B11A 5P7YA 2WEBA 4Y4DA 2PSGA 5P4NA 1A9MA 4ACXA 3HD8A 3EKPA 2O40A 4Z2ZA 5OZBA 4H3GA 3LZVA 5HDXA 2PSUA 5P63A 5P67A 5HU0A 4NPUA 2AZ9A 3TPRA 3PWMA 3PSUA 1J71A 5P1AA 5P6YA 2WF2A 4Y3WA 5P6RA 2NXDA 3LIVA 5OZYA 4Q5MA 5P28A 2CEMA 2HS2A 5P5CA 1TSUA 3LIQA 5KQXA 4FAFA 3TPPA 5OZ8A 1B6LA 1RL8A 3EKXA 3B80A 3KA2A 1B5FB 5P4PA 1FQ6A 1ZP8A 1SMEA 3DOXA 5I3VA 4BEKA 5P0BA 2I4VA 2B60A 2G69A 5P34A 5P3XA 2RKFA 4GJCA 4Y36A 5OZIA 1QRPE 3PB5A 5C9DA 3NR6A 1IDBA 5P6DA 2QNNA 4JP9A 5P7FA 1ZPAA 4U7QA 3SLZA 5P51A 5P4QA 1VIKA 5P3BA 3HLOA 1RPIA 1NSOA 3OHHA 3WZ8A 4RROA 4U8WA 3BRAA 5OZ5A 5P30A 3ZKSA 5HD0A 3VG1A 2QP8A 3HZCA 5TOLA 1SGZA 2FS4A 3TL9A 3KYRA 2H6TA 3HVGA 4CPUA 2QZLA 5P3NA 4L1AB 4TVGA 1BVEA 5P4JA 3URIA 5OZCA 3S8IA 5P7XA 3OTYA 2AZCA 4Y3GA 4Y5KA 5P1VA 5P0SA 5HU1A 3IGBA 5P6SA 4CPXA 4EYRA 3FKTA 3GW5A 4DPFA 1FB7A 1META 3OGQA 3CKTA 2AOJA 2Q11A 2AVQA 3ZOVA 2FIVA 1K2BA 3IAWA 2G24A 2R9BA 5P8LA 3IXJA 3INDA 3QVIA 1XDHA 3D20A 3GI5A 3O9HA 2R5PA 4ER4E 5P37A 5OZQA 4MC6A 3QPJA 4Y5CA 4B00A 4ZIPA 3OQAA 5P32A 5P4HA 4OBDA 3SAAA 5P2TA 2BPWA 1MRXA 5I3XA 2WECA 4YHQA 3NDUA 5P1PA 4ZLSA 1EPRE 4JECA 4RVJA 2Z4OA 1U8GA 4LC7A 4R91A 4FLGA 3EL4A 4Y56A 5P2DA 2FNTA 1EAGA 1IIQA 1CMSA 4Y3MA 3BC4A 1EPNE 4FRJA 4OBFA 2FLEA 3VEUA 1BAIA 5OYXA 1B6KA 3LITA 2FXDA 3TOHA 3OU4B 5P2BA 1QBTA 2NPHA 2ZHTA 5P1IA 5P1XA 4DJYA 1MEUA 5P6NA 4Y3XA 4ZSRA 4CPSA 5P4DA 2ZDZA 5P05A 4J0TA 3OAGB 5P1MA 1HSIA 1FQ5A 5OZUA 5OZ4A 5HDVA 5OYTA 5P4ZA 4ACUA 4MC9A 4LHHA 4Y3JA 3PMYA 4I11A 2ZJKA 4PHVA 2B7ZA 1OHRA 3K5FA 5P8EA 3OTSA 5P5WA 4EJLA 5P74A 3TPLA 2J9JA 3LHGA 3OU1A 4RCDA 1HXWA 1PPLE 1HVCA 4HLAA 5P4BA 5JFUA 4CP7A 5P1RA 3URLA 5P18A 2HB2A 2XFJA 3D1XA 5EZXA 4LL3A 3DM6A 3ZKXA 5JODA 5E5JA 1XL2A 2R5QA 5F01A 1FEJC 2IKUA 5P3CA 4Y48A 3OQ7A 2XYFA 2AOFA 3O9LA 5P22A 4Y9WA 2ZYEA 2HB3A 5P1YA 1BDRA 5HDUA 4I8WA 4DQGA 2PK6A 5IVTA 4FRIA 1JLDA 4Y43A 4NPTA 5P7BA 1GKTA 2I4XA 3HVPA 5APRE 4YD7A 1MSNA 4Q1XA 7UPJA 2AIDA 1FMUA 4B72A 1HRNA 4K4RA 3WB4A 2QNQA 4J1FA 5P7EA 4J5JA 2IGYA 5P66A 3PWRA 4B05A 1HPSA 4ZEAA 5P6FA 1EPOE 3WB5A 4QLHA 2ZJMA 2ZJIA 4B70A 1KJ4A 3MSKA 1MVPA 5P01A 3F9QA 2I0DA 4NJSA 3LZYA 3OU4A 3L5DA 2UY0A 2P8HA 3K1WA 5P23A 1EPME 2VJ6A 5C9BA 1KJHA 4DH6A 4NJVA 4R92A 5P8GA 5P0HA 4D89A 1WBMA 2ER0E 3OAGA 3APRE 5P65A 3SPKA 3S7LA 3LZSA 3SKGA 2BBBA 4NJTA 5OZVA 4B77A 1K6TA 4I10A 5P5DA 5OZ7A 3UDJA 5P1UA 4Y4TA 1PPME 2QZKA 2ZHVA 2G21A 4J54A 5P2WA 3PCZA 4AA8A 3NSHA 5P6KA 1HEFE 4YD4A 4F74A 1BBSA 1IZDA 3OHFA 1K2CA 4F73A 2VIJA 5P7QA 1ODWA 5P0LA 1TW7A 2FDEA 3LPKA 3UTLA 4XXSA 5P19A 1APTE 3QS1A 5P75A 2EWYA 5P2GA 4Y3ZA 5P6CA 5P1TA 5P3EA 5P3GA 3R0WA 1D4SA 3PLDA 1HOSA 2OHLA 4L6BA 3CIBA 1PROA 3VLBA 4S1GA 1QBSA 2JJJA 2JYSA 5P03A 5P5IA 5P8JA 2Q5KA 2G1RA 5OZOA 2HIZA 5P1QA 1ZSFA 2IL2A 9HVPA 3QVCA 5P4TA 5OZ2A 4I12A 2AZBA 4RYCA 5P1WA 4L7JA 2B8VA 4J1CA 5P36A 5P0CA 2NMYA 1SBGA 3C9XA 5P6JA 4IVTA 4K9HA 2VA6A 4DV9A 2QHZA 1EC0A 3NU4A 5P76A 3O9FA 4DJRA 1D4HA 4NJUA 4BELA 3KM4A 3OOTA 2NR6A 5F00A 2Q15A 2OHMA 2FDDA 5P00A 3NYGA 4RYGA 5HCOA 3S45A 1YG9A 2AODA 3TTPA 4GJ5A 4PZWA 3OUAA 1SIVA 3MSJA 4RGHA 1TQFA 4OD9B 3BUHA 5P3ZA 3PWWA 1CPIA 4OBZB 5P1OA 4GJ8A 3T3CA 3G72A 2QHCA 1QBUA 1HTEA 3LIYA 1AXAA 3TOGA 3VYFA 4DJOA 4Y4XA 4HE9A 5P0QA 2O4KA 1LYAB 3SA5A 2WHHA 3R4BA 4I0GA 4DJPA 4R5NA 1APVE 3IN4A 3SACA 5IE1A 2PQZA 5P4CA 3G70A 4Y3SA 3JVWA 2OF0A 2I0AA 5OZHA 5P5LA 1IBQA 3Q5HA 3S53A 5DQ1A 5P78A 3URJA 2IRZA 5P0FA 4B1DA 4Y4GA 3RSVA 3OY4A 5KAOA 3I8WA 5P6EA 5P1KA 1DIFA 3OK9A 5OZRA 4QJ2A 4Y5PA 4Y57A 4YDFA 3K5DA 5P71A 1T3RA 4X7IA 1LF4A 3ZKIA 2BKSA 3IVIA 1K6VA 4E43A 2FNSA 4Y5EA 3LPJA 4DJQA 3L5CA 1T6EX 5IVSA 5P0XA 3EKQA 1N49A 1YTGA 3GI4A 1AVFA 2QI0A 5P8NA 1LF2A 5P89A 1PSNA 1KJFA 2QHYA 5P2JA 4LP9A 5P8AA 3IVHA 4Q1YA 4Y4AA 5P3JA 5P6PA 1PSOE 4QJAA 1MERA 3L38A 5P3UA 1HVJA 3O9CA 3NU3A 3UDHA 4EPJA 5BWYA 5P4EA 5OYQA 1FQ8A 5P6HA 5P15A 2VA5A 1FIVA 1W51A 2PWCA 1HIHA 1B6PA 4MC1A 2FGVA 3UDQA 5P44A 4ER2E 5P13A 1UH9A 3CICA 1YTJA 5DQ5A 4OD9A 1HEGE 3TLHA 4OBZA 1G6LA 2ZJHA 4RCFA 3WSJA 5P4SA 5P6WA 1FFIC 1C6XA 5P83A 2QD8A 1C6ZA 4GIDA 2O4SA 1WBKA 1Z8CA 2QI1A 3PBDA 4H3IA 5P0NA 5P46A 3MXEA 3O9IA 5P4GA 4HA5A 3HAWA 1C70A 5P6ZA 4I0IA 2AOHA 5P4XA 1AZ5A 4APRE 6APRE 1QS8A 1XE5A 5P31A 2ZHSA 5P7ZA 1HXBA 3EKWA 5OZ1A 4Y3RA 4CPTA 5P3VA 5CLMA 3VYEA 1BV7A 5P59A 3O9EA 4GJDA 4J1IA 5P68A 4MC2A 2O4PA 4KB9A 1RNEA 1HVLA 5P3LA 4FSEA 4X2LA 3A2OA 5P4VA 3SA4A 5OZXA 1SDVA 5OZ3A 1BXOA 1EPQE 5P29A 2WEAA 5P2CA 4Y4BA 2VIYA 3EM6A 2AVSA 3OUCA 5P5HA 5P04A 3CYXA 5KOQA 3DJKA 3NDXA 1APUE 3LPIA 5P6AA 5OYYA 2Q55A 5P0GA 5DR0A 2G1SA 4PEPA 1DP5A 3NWQA 2HPEA 4EHCA 4LXKA 4Y4EA 2WEDA 2WL0A 2BPXA 3SO9A 5P3DA 5KR2A 5P41A 4M8XA 5P3RA 2XFIA 5P88A 4Y3HA 6UPJA 3UDPA 2RENA 5P5GA 2NNKA 4D8CA 4J17A 5P2HA 1M0BA 1C6YA 1BWBA 2QCIA 1EC3A 1IVPA 3KDCA 3OUBA 5P0UA 2PK5A 4RLDA 1A30A 5P6UA 5AH6A 5P2SA 1FLHA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4EQJ A;  3R2F A;  1FMX A;  4DQH A;  1ENT E;  3UFN A;  3DUY A;  3IA9 A;  2WEZ A;  1FQ7 A;  1HIV A;  5SZ9 A;  4DQC A;  4FRS A;  4GJ9 A;  3OQD A;  3NXN A;  4DQF A;  2P83 A;  1LYB A;  5P6O A;  4APE A;  4YBF A;  3ZLQ A;  3APP A;  4L7G A;  5P2A A;  2BB9 A;  3JVY A;  4DI2 A;  5J25 A;  2F80 A;  3QIH A;  1HVH A;  4FL8 A;  5OYV A;  5P1L A;  5OZE A;  3MWS A;  5P4K A;  5P6G A;  4R93 A;  1T7J A;  2QD6 A;  5P02 A;  3T7X A;  2WKZ A;  5P8I A;  1G35 A;  4Y3L A;  5P8K A;  3OAD A;  3GI6 A;  5P79 A;  3UF3 A;  1FQ4 A;  5P8B A;  2APR A;  3FX5 A;  2G20 A;  4FSL A;  3LIN A;  5HCT A;  3T7Q A;  5P77 A;  1T6G A;  3QP0 A;  3OQF A;  5P2Q A;  1BV9 A;  3S43 A;  4H1E A;  3VF5 A;  2QU3 A;  1SMR A;  1WKR A;  4FRK A;  4LXM A;  2WF4 A;  4GZF A;  5P35 A;  3NLS A;  4I8Z A;  4Y4W A;  4Y5M A;  3GGA A;  5P0Y A;  2PWR A;  5P64 A;  3IXO A;  5DR8 A;  4Y39 A;  2AQU A;  2V10 C;  5P33 A;  1PFZ A;  5P2K A;  5P45 A;  3ZKQ A;  1MT9 A;  5P69 A;  3SA7 A;  1ODY A;  3BGC A;  3WZ6 A;  2ASI A;  3I2L A;  3DCK A;  1XN3 A;  2NTR A;  5P2Z A;  1BDQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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