2Q55A

Crystal structure of kk44 bound to hiv-1 protease
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Design and Synthesis of HIV-1 Protease Inhibitors Incorporating Oxazolidinones as P2/P2' Ligands in Pseudosymmetric Dipeptide Isosteres.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature
pdb deposition date 2007-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2q55A00
5P6DA 5P6EA 4DJXA 1ODYA 5P62A 1HTRB 3K5FA 1Q9PA 5P4PA 3OK9A 4Y4JA 3QRSA 3KF0A 5HDVA 2HC0A 5KQZA 4GJBA 5OZPA 2PK5A 3OU4A 4KE1A 3AUPA 3BHEA 2VNNA 3NSHA 3NDTA 1D4HA 5SXNA 5P0YA 4QGIA 4Y3RA 1ER8E 1AAQA 3EM4A 1FIVA 4MC6A 4WTUA 5P6WA 3NWQA 2HAHA 4DJUA 3S85A 2AIDA 3GI0A 1FQXA 4Y51A 5DR3A 4EHCA 2AOFA 4HDFA 4K4RA 3L5CA 4Q1XA 1K1TA 3TKWA 3PI0A 3WZ6A 3SM2A 1HWRA 4GB2A 1SGUA 4NJVA 5P8HA 1NPAA 1K2BA 2FGUA 3HAUA 1OEXA 3B80A 4I0FA 5OZ9A 2AOIA 2FDPA 1KJFA 2F3KA 5P1WA 5OZYA 1BXQA 4ZEAA 5P7RA 1A30A 2AVMA 3UQPA 5P7AA 3VYEA 4JPCA 5P6CA 4LHHA 5TOLA 5P7DA 5P44A 4ZE6A 5P1PA 3TTPA 3S43A 4IVTA 3EXOA 5IE1A 5P04A 2G69A 4WY1A 2G24A 5P73A 4U7VA 2OHSA 4L7JA 5P1AA 4B00A 3UCBA 2Q11A 5P3GA 4L1AA 3BXRA 2NXLA 2G20A 3RVIA 5F00A 4LXMA 2CENA 5P5TA 1IDAA 2IS0A 4J0VA 3LZVA 3OUCA 1A8GA 2FXDA 1EPNE 3WB4A 1W5WA 2XYFA 2I0AA 2NMYA 1Z8CA 3QI1A 5P4OA 4D83A 4D88A 2G22A 1LYAA 3WB5A 5I3YA 5CONA 5P17A 5P43A 1ZJ7A 5P79A 2ZJJA 2AZCA 4FRIA 5P13A 3OUDB 4N00A 1TW7A 4DQBA 5E5KA 4FRSA 3B7VA 3KMYA 3R0WA 3T7PA 3HD8A 2WF1A 3PMUA 5HE7A 1LF2A 4Y48A 4J1HA 3VCMA 5P5OA 4RCFA 2R3TA 2I4WA 3HDKA 1EBYA 5OYWA 2PYNA 2OHPA 5KR1A 1F7AA 5P6IA 5OZQA 3CMSA 3S2OA 3NU9A 2F3EA 1EPLE 1JLDA 1E80E 1HSHA 2QCIA 5P3KA 1G35A 4YBIA 4Y57A 5P2CA 3ZLQA 2IENA 4I0DA 1ODWA 5P2OA 2OHRA 5P55A 3TPPA 5OZEA 3K5DA 5P0UA 5ER2E 5P4BA 4I0JA 1MVPA 2QNNA 3EL9A 4HZTA 4Y44A 5OYRA 4K8SA 5KR8A 1PSOE 3O9BA 1ZPAA 1SMEA 2O4SA 3VF5A 5OYQA 5P2ZA 1ZAPA 4OBZB 2V16C 5P27A 4U7QA 5P8FA 5KAOA 1D4YA 5P2RA 1D4LA 3QP0A 4ZSMA 5P4QA 1G0VA 1T3RA 3IN4A 3NDWA 5P2XA 1YM4A 3PM4A 3UDPA 4FAEA 2ER6E 5P1TA 2UY0A 4FM6A 5P5SA 4Y3AA 4RVIA 2MIPA 4PHVA 3QAAA 5DQ1A 3VLBA 3ZPUA 2VJ7A 4CPQA 5P5EA 2QI4A 5COOA 4I10A 5AHAA 4FSLA 4Y3MA 1NSOA 1BAIA 1HVCA 1ME6A 5P6OA 2ZHSA 2G1NA 2P3AA 3LIXA 3HAWA 1MSMA 2P4JA 4AUCA 4DVFA 4X2LA 4Z4XA 2IKUA 4D85A 1NPVA 4Q5MA 4DJQA 5P18A 4MC2A 5F01A 4GJ8A 3Q70A 3GI6A 5CLMA 4R95A 2QK5A 5BRYA 5P6JA 1W51A 2NMZA 5P02A 5P6GA 3SA5A 3O9LA 3QBFA 3SACA 4I0GA 5P4UA 2R8NA 3O9GA 2VKMA 5P6XA 5P0TA 3BUGA 2PH6A 4EQ0A 3R4BA 5P7XA 4Q1YA 5P0IA 4U8WA 4Y3GA 5P1MA 1EBWA 4Y5NA 5P4IA 5OZUA 4I0IA 5P7YA 2HB4A 3NDUA 4FRJA 5P7TA 3LINA 2EWYA 3KFSA 4I8WA 4H3IA 4RYGA 4FIVA 1K6CA 3KDBA 3FNUA 3IGBA 1HTGA 3DM6A 4R5NA 3BXSA 1IZDA 2O4LA 1TCWA 3D1YA 3UFNA 4M8YA 3UFLA 3S8IA 3FSMA 1MPPA 3KN0A 1VIKA 3G70A 4ZPEA 4LL3A 4MC1A 5P7CA 3TPRA 5P7KA 4DPFA 2QD7A 5P12A 4ER4E 3ST5A 3KT5A 2PMAA 1HPSA 1HOSA 3NUJA 1VIJA 2G1YA 3APRE 5P4EA 3OADB 4TVHA 4E43A 3WZ8A 1LYBB 2QI5A 4OD9B 5P4XA 4J0YA 1BVEA 4HE9A 3INFA 3K5CA 4PZWA 3R2FA 5P4RA 2QMFA 4R92A 3CIBA 4FAFA 3LIQA 5P8UA 3LIYA 3S7MA 5P7GA 5OZ0A 4HEGA 5I3XA 1IZEA 1IVQA 3N4LA 4J55A 3IXOA 1ZTZA 3D1ZA 5P2WA 3OUAA 5P20A 5EZXA 2V12C 2NNKA 2H6TA 5OZ1A 5P6NA 4DQFA 1BWBA 1FFFC 1K2CA 3Q3TA 2VA5A 3FNSA 5P5CA 4NJTA 2NR6A 3INHA 1ZP8A 1BDQA 2V00A 3DCKA 3CKRA 1SIVA 5P6UA 3EMYA 4D89A 2RKGA 2QI3A 5P8DA 3JVWA 1FMBA 5P3EA 5P11A 3FV3A 2WJOA 5OZJA 3K1WA 5P65A 5P40A 4FM7A 4J1CA 2F8GA 2ZJIA 3EKXA 4QJ6A 4DJOA 1HVSA 4Y5CA 1SIPA 3ECGA 5P1SA 5P4AA 1C70A 4A4QA 4Y4DA 5ENKA 3O99A 4RROA 3WSJA 4GJ7A 3D91A 3T3CA 1ZSFA 5C9BA 3PB5A 5P8PA 2UXZA 1D4SA 5P5PA 3SQFA 3ZKXA 5P08A 5P2QA 2HIZA 3DV1A 4COEA 5P5GA 2PH8A 4Y4XA 3KYRA 3I2LA 2WL0A 5P2NA 5P7IA 1YT9A 2P3CA 5AH7A 2B60A 3OU3A 2OHTA 5HDXA 5P0HA 2AVOA 2Q5KA 5OZGA 3CYWA 5P8SA 5KR2A 3D1XA 5JFPA 2R9BA 2Q55A 5OZFA 4J17A 3PSUA 4I11A 2J9KA 1AJVA 8HVPA 2P8HA 5HCTA 3K4VA 5P72A 3ZKGA 1MTRA 1YTHA 2BPWA 2PSUA 4Y3XA 1T6EX 1RV7A 1BILA 3UDHA 4GJ5A 5P8MA 2OHNA 5P0RA 3CIDA 3VV8A 5P2DA 4Y3QA 1C6YA 2JJJA 3U71A 3S43B 3PLLA 2PYMA 5P31A 4ZPFA 1PPLE 3OXWA 1HVKA 2NTRA 1W50A 5P30A 3OTYA 5P59A 4DH6A 5HDUA 1IIQA 5ER1E 1PROA 4L1AB 3WZ7A 1DIFA 1W5YA 4YD6A 4RRSA 2QZWA 3R0YA 5P77A 4ZPGA 4QJ7A 4Y3ZA 2R5PA 4OBKA 5P4VA 4EXGA 5P5QA 4Y47A 1GKTA 2F80A 4HDPA 1WKRA 3EC0A 3BRAA 5P2VA 4BEKA 3RTHA 2ZHVA 1QS8A 4DQEA 4DQCA 6APRE 3NR6A 5P7OA 1LYAB 5P84A 3O9DA 5P3JA 6FIVA 5P0VA 1C6XA 1LS5A 3Q5HA 3UDQA 5P8KA 3PLDA 3NWXA 5HDZA 3U7SA 3TOHA 4DJYA 3S56A 2R43A 4DQHA 1QBTA 4TRYA 2WEBA 4DQGA 3GI5A 5P7LA 5P2EA 5E5JA 3C9XA 4QJ2A 3OXVA 4B1CA 4H3GA 3IVIA 4Z50A 2VS2A 1SP5A 3FNTA 1LF4A 4GJCA 3ZMGA 2WEAA 5JFUA 4Y3FA 2FNSA 3UDJA 5JODA 2XFKA 4D8CA 2PK6A 2V13A 4QJ8A 5P45A 4JECA 3VF7A 5P57A 3NU4A 4Z2ZA 1DAZC 5P3NA 2PWCA 5COPA 5OYUA 1SMRA 2I4VA 1KJGA 5P25A 2ZE1A 3PEPA 5OYTA 2Q54A 4EJKA 4GYEA 3PCWA 4CPRA 5HE5A 5P5YA 2BBBA 2HS2A 2OHKA 5P49A 3T6IA 2Q64A 1QBRA 3NLSA 1EPPE 4CMSA 1ENTE 4L7GA 4R93A 5P6HA 1OEWA 5P4TA 4EP2A 5P4ZA 2BB9A 5P7WA 5P33A 4JP9A 5IVQA 4Y6MA 1AIDA 5P2MA 3S45A 3UDMA 1FB7A 1SDTA 3SAAA 5P48A 2FLEA 3SA7A 5P16A 2WF2A 3GGUA 4Y3DA 5P3DA 1BDRA 2I4DA 4A6CA 1AM5A 3RSXA 4ER2E 5DR1A 4XX3A 1M4HA 4CPSA 1N49A 3PMYA 2QU3A 5P5LA 5P23A 2WEZA 3EL0A 4FS4A 3UDNA 5P6MA 3OAGA 1QBUA 2F3FA 4F73A 4FE6A 5P7UA 5P60A 5P01A 2HPEA 3GGAA 5HCOA 2QI1A 1SBGA 3OU1A 1NPWA 3VUCA 5P6TA 4EYRA 4Y4AA 5P7ZA 5IS4A 1MT9A 3O9LB 1GVXA 1EC3A 5P6ZA 3PWRA 4GJDA 3CICA 3O9CA 5EZZA 1E81E 5P26A 4UPJA 5AH6A 2ZJMA 3DCRA 3TOGA 1B6MA 3NDXA 3ZPTA 2QNQA 2PC0A 2HPFA 3EL5A 3EL4A 4Y5AA 5ISKA 2A1EA 3ZPSA 2AOCA 5P61A 3QPJA 1XE5A 1W6HA 4ZIPA 5P0LA 4YD7A 4Y4TA 5P5ZA 5P3CA 3RSVA 1RQ9A 1FG6C 3T7QA 1KJ4A 5P1IA 2XFJA 2ZDZA 1EEDP 1MEUA 1SGZA 1DW6C 3BGCA 2ANLA 5P89A 2I0DA 5OZLA 4PYVA 5P8BA 4FM8A 3OOZA 1FFIC 3T11A 5P5FA 1B6LA 3VG1A 1HVJA 4B70A 4DFGA 5DR4A 5P3RA 5OZRA 1HSIA 2B8LA 4YOBA 5JG1A 4I0HA 5P7JA 2WF0A 1DP5A 4OBHA 3ZKMA 4FGXA 4Y50A 4CPXA 3PBZA 2IGXA 3KFRA 3NU3A 5P51A 1RNEA 5P2LA 1ZPKA 3INDA 5OZ7A 3UDKA 1BVGA 5AH9A 5APRE 3H0BA 9HVPA 2ZJHA 5P85A 4B77A 2ZGAA 1XL2A 3RTMA 3S53A 5P82A 3LNKA 4XKXA 1FQ6A 3PGIA 3FX5A 1HEGE 1YX9A 2Q15A 2QMPA 2WEDA 5P5XA 5P56A 3SA3A 3TH9A 5P1GA 5I3WA 1GVWA 2RMPA 5P66A 3URLA 1XN2A 3O9FA 5P0XA 4B72A 4RGHA 3TKGA 2ZHRA 3SPKA 2WHHA 2IDWA 1FG8C 5P8EA 4Y4ZA 4X7IA 5KQYA 2AQUA 5P6YA 5P1ZA 2OHLA 3IN3A 4YDFA 2IEOA 5P3ZA 3OTSA 4Y35A 3MXDA 4J1FA 2JYSA 2SAMA 1YM2A 5P3WA 4YD3A 2AOEA 5DQ5A 1GNOA 5OZSA 2HM1A 4YD4A 5OZ2A 4GJAA 4LC7A 4A6BA 1HTFA 4ACUA 2NXDA 5SY2A 4DJRA 3JVYA 2HB2A 2BPVA 4Y54A 1MTBA 4TRZA 5P64A 5P6SA 4AZYA 4YDGA 1NH0A 5P76A 3EKVA 2IKOA 1K6TA 1FGCC 5P10A 3UQWA 5P36A 4R8YA 2Z54A 4NPTA 4Y41A 5P32A 1K1UA 5OZTA 3LHGA 5P2SA 1MIQA 1YTJA 2J9JA 5OZ4A 2QMGA 3VSWA 3OOTA 1QRPE 5P5KA 2RENA 1EPME 2FS4A 4DJVA 4Y3SA 2VIEA 3OHFA 1SDVA 4H1EA 3MXEA 1EBKC 5OZ8A 4XXSA 4Y5PA 5P0OA 2VIYA 5P1DA 3DUYA 2OHMA 1APWE 3O9AA 4Y3TA 3S54A 2VIZA 1DMPA 3URIA 5HTZA 1CPIA 4Y3NA 2P83A 4EWOA 7HVPA 4J5JA 5P05A 5P1LA 5P7PA 5HU0A 4RCEA 4JPEA 1D4KA 4RVJA 1LYWA 2HB3A 4RYCA 2QI7A 2WKZA 3APPA 1FLHA 5OZWA 4KB9A 2IQGA 1A8KA 3EKYA 1PSAA 1ODXA 1HPOA 1BDLA 5P5VA 3EKWA 4EJLA 5I70A 2QD6A 2O4NA 5P8AA 4LXKA 5AHBA 5P1RA 1EC2A 5P6RA 1XS7D 5AH8A 1MRXA 5P42A 5P06A 1XN3A 4HLAA 5P0NA 1BV7A 2QD8A 3DJKA 2AVQA 3D20A 5UPJA 1FQ8A 4FL8A 5P80A 5P7NA 2QAKA 2APRA 3GGVA 1ZLFA 2H6SA 4Y56A 3PI5A 4MC9A 3KMXA 5P0PA 2PWRA 3VYFA 5P1UA 1UPJA 5SZ9A 2XYEA 5P3TA 3CYXA 3L5FA 1QDMA 5P37A 5P4DA 4RVXA 2ZJNA 3ER3E 3KFPA 2ER9E 3I8WA 4APEA 4CP7A 4B0QA 4I1CA 2AOHA 1LV1A 5P86A 4TVGA 5IVTA 1D4IA 5P88A 1WBKA 1M0BA 5P2KA 5P41A 4K9HA 1D4JA 2OF0A 2ZJKA 4EQJA 5P4LA 1HIIA 4ZSRA 2AVVA 5P03A 3LZYA 3UPJA 5OZNA 1EPRE 4R91A 2WECA 5P39A 4Y3LA 3SKGA 5P4FA 2QMDA 3MWSA 4LP9A 5P8TA 4Y45A 2G1RA 1HVLA 5P14A 3BUFA 2ZHUA 3QN8A 3QRMA 5DR8A 2B42A 2VJ6A 5ISJA 3O9HA 4Y3JA 4J0ZA 1GVTA 5KOQA 5OZAA 3EM6A 3UDYA 5P7BA 3OQDA 3EKQA 5HE4A 3N3IA 3QRVA 4Y3PA 5P15A 3AIDA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P6D A;  5P6E A;  4DJX A;  1ODY A;  5P62 A;  1HTR B;  3K5F A;  1Q9P A;  5P4P A;  3OK9 A;  4Y4J A;  3QRS A;  3KF0 A;  5HDV A;  2HC0 A;  5KQZ A;  4GJB A;  5OZP A;  2PK5 A;  3OU4 A;  4KE1 A;  3AUP A;  3BHE A;  2VNN A;  3NSH A;  3NDT A;  1D4H A;  5SXN A;  5P0Y A;  4QGI A;  4Y3R A;  1ER8 E;  1AAQ A;  3EM4 A;  1FIV A;  4MC6 A;  4WTU A;  5P6W A;  3NWQ A;  2HAH A;  4DJU A;  3S85 A;  2AID A;  3GI0 A;  1FQX A;  4Y51 A;  5DR3 A;  4EHC A;  2AOF A;  4HDF A;  4K4R A;  3L5C A;  4Q1X A;  1K1T A;  3TKW A;  3PI0 A;  3WZ6 A;  3SM2 A;  1HWR A;  4GB2 A;  1SGU A;  4NJV A;  5P8H A;  1NPA A;  1K2B A;  2FGU A;  3HAU A;  1OEX A;  3B80 A;  4I0F A;  5OZ9 A;  2AOI A;  2FDP A;  1KJF A;  2F3K A;  5P1W A;  5OZY A;  1BXQ A;  4ZEA A;  5P7R A;  1A30 A;  2AVM A;  3UQP A;  5P7A A;  3VYE A;  4JPC A;  5P6C A;  4LHH A;  5TOL A;  5P7D A;  5P44 A;  4ZE6 A;  5P1P A;  3TTP A;  3S43 A;  4IVT A;  3EXO A;  5IE1 A;  5P04 A;  2G69 A;  4WY1 A;  2G24 A;  5P73 A;  4U7V A;  2OHS A;  4L7J A;  5P1A A;  4B00 A;  3UCB A;  2Q11 A;  5P3G A;  4L1A A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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