5DR4A

Endothiapepsin in complex with fragment 231
Total Genus 84
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
84
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Endothiapepsin
publication title Crystallographic Fragment Screening of an Entire Library
rcsb
total genus 84
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2015-09-15

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5dr4A01
3JVYA 3R0YA 3BUGA 1TCWA 1YTIA 4NJTA 4GJ7A 3OGPA 4ER2E 3KT5A 5P4YA 3OU3A 3LPJA 5P7EA 1HXBA 5P8QA 1XN2A 3OXVA 3BGBA 1ZSRA 2A4FA 4J1CA 4PHVA 1QBUA 5P1AA 5P6SA 5P7UA 3N3IA 3O9GA 3O9FA 3OY4A 3PMUA 3PSYA 5OZ8A 1DIFA 5OZZA 3ZPSA 5P86A 5P8SA 3UPJA 3G6ZA 3OU4A 1U8GA 3OADA 1W5YA 4CMSA 3IAWA 1CMSA 3L3AA 3VFAA 5OZRA 3TOGA 3GI4A 3NR6A 4F75A 4EXHA 5P4QA 1C6ZA 3IXJA 2I0DA 4OBZB 5P3WA 2G1RA 2AOFA 1XS7D 2Q3KA 5HE7A 1BILA 5P3VA 1ENTE 5P3AA 3TPLA 3VF3A 4AMTA 1WKRA 5OYYA 3UQRA 4BELA 1HVKA 2VJ9A 1KJ4A 1W6IA 5P8BA 3TTPA 2A1EA 3KFSA 4QJ2A 2PSGA 3T7XA 3QI1A 4ER1E 1T3RA 4Y36A 5P19A 1HIVA 4LC7A 1K6CA 5P66A 5OYSA 5P00A 2F3FA 2SAMA 3C9XA 3OUDA 2B7FA 4NPUA 3S2OA 3SO9A 4HDBA 2QU3A 2ZJNA 5IVTA 1HIIA 1SIVA 4GJ6A 4ZSRA 4CP7A 3Q6YA 2G20A 1MSMA 5P11A 4I0IA 2QZKA 2BB9A 5OZ7A 5P0CA 3RSVA 2NMZA 3PWWA 5P7PA 5P5DA 5OZDA 5P4HA 4LXKA 1ZP8A 5P2MA 3SA6A 5P60A 2NNPA 2I1AA 4GJBA 3TPPA 4ZSQA 3GGAA 3PRSA 3ZPUA 5P7JA 3PJ6A 2OHPA 4YCYA 2VJ7A 1XE5A 3ZLQA 5BRYA 5P1RA 2NXDA 4DQCA 5P5AA 4TVGA 1G0VA 4Y4UA 1HPVA 2PYMA 3RTHA 3ZPTA 5P0FA 5P7XA 4Q1YA 5P1CA 3Q3TA 4K4RA 2AZ9A 5P45A 4Y3JA 4Y39A 2VIJA 4Y41A 5P8UA 1YM4A 2AOHA 2QCIA 3QROA 5P78A 4I0DA 5P14A 4BFDA 2I4WA 3LPIA 3B80A 1GVWA 3EMYA 3SA3A 4Y3SA 1B6JA 3KDDA 5AH9A 5I3VA 3R1GB 4D8CA 1BDRA 1IDBA 5P0XA 3UCBA 1T6GA 5P08A 1LYWB 5P5XA 3FX5A 3MSKA 4I0JA 2QZLA 3G72A 5P1JA 4YA8A 1CPIA 5DR3A 1W6HA 2FLEA 4B1CA 2IEOA 5P58A 1Q9PA 3PVKA 4PYVA 5P55A 3O99A 1BDLA 1LF2A 5P0UA 4CPTA 1EPOE 2RKGA 3QIHA 4RVJA 1QBTA 5AHBA 3UF3A 4R5NA 5P2UA 3D1ZA 3VEUA 4RYCA 5P7LA 1XDHA 4F73A 3NUOA 4Y3EA 5P6MA 4DI2A 5P4NA 5P10A 4I8WA 5P27A 1LYAB 3L5FA 5P3TA 2Q64A 5KQFA 4J54A 4OBHA 5I3YA 3O9CA 4EJLA 3K5CA 3LITA 5P8JA 4GZFA 4JPCA 5P4OA 5OZ9A 3AIDA 3SA8A 4YOBA 2V11C 2MIPA 5P0AA 1HXWA 4Y54A 4Y5LA 4OBJA 4MC6A 4CKUA 4ZE6A 3BXSA 2ER6E 3SA5A 1KJHA 2PK5A 3FV3A 3L5CA 1Z8CA 2OHMA 5ISKA 2BQVA 2I4VA 2WKZA 4OBKA 4Y5KA 5P2KA 4I0EA 2QD8A 5P36A 5P2IA 4Y3DA 2VA7A 3LPKA 1VIJA 5C9FA 3MXDA 1FGCC 1YTHA 3LZSA 4PEPA 3HAUA 1MIQA 1YTJA 3IVHA 3T7QA 2QU2A 1EC0A 1TSUA 1W50A 1YX9A 4Y5GA 4ZSPA 3NXNA 2F3EA 4R93A 1BXQA 2IL2A 3UDKA 4LHHA 2FXEA 5P1LA 2AZCA 3O9IA 4DQFA 4OBFA 2Z4OA 5DQ5A 1SIPA 2IQGA 4DJYA 3SACA 1DW6C 5P4TA 5P0EA 4NJUA 3PSUA 5P2HA 2IS0A 4HDPA 3BVAA 5P5WA 5P5IA 3SFCA 2WHHA 4WY1A 3JVWA 3L58A 5P6UA 1FF0C 2HS1A 4I10A 2P3CA 5AHCA 4J1FA 5HDZA 3SQFA 2B42A 4D85A 2NXLA 2XYEA 2ER7E 3PBDA 5HDUA 3GGVA 4J1KA 4Z4XA 2QNQA 5P2LA 3ZMGA 3VG1A 5P1WA 4YHQA 4YE3A 1AM5A 3PEPA 4J0ZA 5T4SA 4YDGA 2R8NA 4HE9A 3TLHA 5P4WA 6APRE 3OOTA 2P8HA 3ER5E 3GW5A 1ODWA 4B0QA 2HB4A 5HE5A 2R43A 2PC0A 5P56A 5P29A 1IVPA 2F8GA 4IVSA 5P0TA 4EQJA 4EYRA 1TW7A 1JLDA 5KQXA 1MTBA 1HIHA 4HDFA 3HDKA 2AOIA 4Y3RA 1BBSA 3DOXA 5P8PA 1XN3A 4YD5A 1M4HA 3AUPA 5I70A 4Y3MA 4HEGA 4DV9A 1IVQA 2PWCA 2G21A 1IZDA 2QD6A 5HCOA 3ER3E 2AVVA 2G24A 5IVRA 4B1DA 4NJVA 3OXXA 5P5GA 2WF3A 5HTZA 2PWRA 3PI0A 3BRAA 3DV5A 4YBFA 1MT8A 2OHLA 1FQ7A 3EL4A 4WTUA 1HVIA 4Y5BA 1APVE 2R5QA 2RENA 1FG8C 3OUBA 5P4SA 3VF5A 5P43A 3INHA 1FQ6A 1MPPA 2CEJA 4YOAA 2V13A 3O9HA 1K2BA 5OYWA 4EP3A 4DJPA 1F7AA 4Y3LA 5P3JA 3UDMA 5OZOA 4KUPA 2AODA 3KDBA 3K4VC 4L7GA 2BPWA 3HVPA 1AXAA 5P1KA 3U71A 3URJA 5P1YA 1KJ7A 1TSQA 1BDQA 1META 1UH8A 3M9FA 1MTRA 5P5QA 3VF7A 4LAPA 4FCOA 3T6IA 1AJVA 4EJDA 2I4DA 5P1VA 1EPPE 1FIVA 3UTLA 5BS4A 1ZJ7A 1NPVA 5F00A 5DQ2A 4PPHA 2ZDZA 1VIKA 3LZYA 3S45A 5P44A 1RPIA 1AVFA 1FLHA 4Y5EA 3EKYA 5P1OA 1AIDA 1YG9A 5P54A 4FIVA 3ZKXA 2HB2A 1BXOA 3NU4A 4Y5CA 5P7ZA 2AZBA 1EC2A 4QJ9A 4I0FA 1EPNE 3I6OA 1B6MA 4R95A 1K6VA 5P03A 2I0AA 2J9JB 3URIA 2Q11A 5P1FA 2R9BA 3OQKA 2CENA 4Y3FA 3EXOA 4N00A 5P26A 1FMUA 3EKPA 5P6OA 2O4KA 4RZ1A 5P0ZA 3UQPA 4GMIA 4Y4TA 3KF0A 5P8AA 1EBYA 5TOLA 1M43A 4HA5A 4HVPA 1OEWA 4ZEAA 3RTNA 5P6VA 5P23A 5SY2A 1MT7A 1MVPA 5P3BA 3MWSA 4RROA 5P4LA 3EKXA 1DAZC 1EAGA 1D4JA 2B8VA 2F80A 1XL5A 1HPOA 5IVSA 5P6TA 5P33A 3QVCA 5P63A 3EKVA 2NNKA 2O40A 2QAKA 2ZHSA 4I8ZA 3CICA 5P1QA 4Y35A 4NKKA 4PZXA 1D4IA 4J17A 5P0SA 1E80E 5P15A 5P6QA 3EM6A 4OD9B 4Y37A 3TPJA 3HW1A 2P3DA 3BHEA 4Y3ZA 3GI0A 4H3IA 4TVHA 4ZPEA 5P68A 5P3UA 5OZ3A 5HE4A 4J55A 5P2OA 3CMSA 5P82A 3QRVA 2HC0A 2JYSA 2WL0A 4CPRA 4I0HA 5P8NA 2WEBA 1D4HA 2ZHTA 5SXNA 2QHYA 2BJUA 5OZKA 5OZ0A 5P0RA 3EKWA 3BXRA 3OHHA 4Y3YA 4K4PA 4RLDA 1AAQA 2FXDA 4H3JA 5APRE 3D1YA 4LL3A 1HTFA 2O4PA 4DJOA 5P0LA 4M8XA 5AGZA 5OZEA 5P4VA 5B18A 5P61A 5P34A 5P72A 1LEEA 1DP5A 5P4RA 3PSGA 1YTGA 5OZFA 5P1HA 4Y4BA 4I11A 1GVVA 5OYTA 4Y51A 5P09A 4EJKA 4TRYA 2R5PA 3UDRA 3ZKNA 1OHRA 4GJ5A 3RTMA 5P74A 3K5FA 5P6WA 3PGIA 2QNNA 5P80A 4Y53A 5P18A 1FEJC 1GVTA 2G94A 4DJRA 9HVPA 1HPXA 2I4UA 5P7IA 3OK9A 5P2GA 3MSLA 3D91A 2OHNA 3VSXA 4YCTA 4DQEA 3L5DA 5P8MA 4DJQA 3ST5A 1LYBA 3ZKMA 3NUJA 5P84A 2J9KA 1WBKA 4ZLSA 5P71A 5P57A 5SY3A 4COEA 4KB9A 3OHFA 4Q1NA 4DPFA 5P2BA 4FAFA 4OC6A 3KDCA 3WZ8A 5OZHA 3S7LA 5P4JA 3B7VA 5P4MA 2NPHA 1HVCA 3U7SA 3OXWA 5P35A 3SA9A 5C9BA 2I4XA 3SA7A 4YD4A 2BBBA 4LP9A 2WJOA 1LF4A 1T7KA 3OUAA 2APRA 4FRKA 3UDHA 5P12A 4B78A 4L1AB 2UY0A 4YD7A 1PPKE 1UH9A 4FE6A 5KR1A 3VV8A 2OHSA 5P8HA 2Q55A 2BPVA 2QHCA 3Q70A 1KJGA 4Y3PA 4NPTA 5P37A 1B5FB 1RV7A 4Y4ZA 2QI6A 5OZLA 1PROA 4DQHA 4BEKA 4L7HA 5P7OA 5P3SA 4H3GA 1HRNA 2P3BA 4J1HA 1T7IA 5P3NA 3HD8A 1BWAA 1MSNA 2OHTA 1IZEA 3S8IA 3K5DA 5DQ1A 5P6HA 2Q15A 1G6LA 1MESA 2HAHA 3KMXA 2FGVA 2NMYA 2XYFA 5P53A 5P5YA 1FMBA 2QI4A 2WEAA 2R3TA 4PZWA 3OTYA 4QJ8A 5P6YA 1ODYA 5P7AA 4Y3WA 5P5LA 3TL9A 4B77A 2RKFA 4Y9WA 4Y48A 2QD7A 5P6BA 5P13A 1W5XA 4YDFA 4CPUA 1K2CA 2JJIA 4OD9A 2WF4A 3NU6A 5P4CA 5IVQA 4H3FA 5P6XA 2VA5A 5P4EA 1ZPKA 3NSHA 4A6BA 3A2OA 3FIVA 5P50A 4AZYA 1E82E 3K1WA 4FAEA 4B05A 4D83A 5OZYA 2AQUA 5P7KA 5OZXA 5P5JA 3SM2A 3QBHA 4Y5NA 2OHUA 2ZGAA 3TKGA 1HPSA 5P3HA 3RU1A 3SABA 1XE6A 5P88A 5OZVA 4I0GA 5KAOA 4F74A 3UQUA 4XX3A 4OBZA 5P8TA 5P2FA 1MT9A 1E5OE 3VFBA 1QRPE 5P7WA 1W5WA 1APTE 1SBGA 5P2CA 5P6FA 2WECA 3HZCA 3EKQA 4FRSA 5P4AA 3FNTA 2F81A 2ZHVA 5EZXA 4NJSA 5P2XA 3BUFA 4H1EA 3EL0A 5OZ5A 5HVPA 5P2VA 2V0ZC 4A4QA 5P73A 2QP8A 1F34A 1GVXA 4E43A 5P5PA 2FNSA 4Y3AA 3OOZA 3SAAA 1HTRB 1YT9A 4CPSA 5P79A 4Y50A 1GKTA 5P3QA 3UDPA 4ZPFA 2WEZA 4MC1A 4FS4A 2QMDA 5P8FA 2JJJA 1ZLFA 2VIYA 4LXAA 3APRE 4TRZA 3KT2A 5ENMA 4Y5AA 5KR0A 1QS8A 1D4YA 3OTSA 4J1EA 4S1GA 3CKPA 4Y4DA 1MRXA 1E81E 4DQBA 3O9BA 3ZKQA 5FIVA 5P7CA 1HSGA 1NH0A 5OZBA 1BVGA 3HLOA 6FIVA 4Y4EA 4ZPGA 3QVIA 3ZKGA 3PBZA 5KR8A 2ZHUA 1Z1RA 3EM3A 1IZHA 5P2SA 2FDDA 5P8RA 3DCRA 4L1AA 5P0OA 5OZ4A 5P38A 1SMEA 5OZWA 5P3EA 5P8CA 3FKTA 5P5VA 2OHRA 5OZSA 4Y3XA 1HSIA 2FIVA 4Y5MA 4Y3GA 2O4LA 3UDQA 4QJ7A 5P3FA 5P16A 1FKNA 4FSEA 4R92A 3QRSA 3NLSA 5P85A 4AUCA 1IZIA 5COOA 3IXKA 1BV9A 2ANLA 3QN8A 4IVTA 3ZKSA 1HVHA 1ZPAA 4Z2ZA 1ZAPA 1RL8A 2FDEA 1ME6A 1EPLE 1LYWA 5P04A 1GVUA 5P7RA 4RCFA 1PSOE 1FFFC 2PSUA 5P7QA 5P31A 4TRWA 4OBGA 5P28A 4FRJA 5I3WA 5P1BA 5P0HA 3OU4B 3OADB 3QBFA 1UH7A 3R4BA 5HDVA 1HSHA 4R8YA 5P4DA 5P1SA 2XFJA 1M0BA 1SGUA 3EL1A 4FM6A 5P0MA 5P0GA 3TOHA 1A9MA 5P3XA 3O9AA 2PMAA 4DH6A 2QMGA 3U6AA 5OZIA 3RVIA 5P7TA 1MRWA 2PH6A 3I2LA 1SMRA 3WZ7A 2ZHRA 4J0PA 4U7VA 5JODA 1ODXA 2V12C 2G1OA 1LYAA 5P69A 4Q1XA 5SZ9A 5OZAA 4Y4WA 1MERA 5P32A 5P2ZA 2WF1A 4Y4XA 3PB5A 3MXEA 5P51A 2HIZA 3IN3A 5P40A 2BPXA 5P7FA 1NPAA 2G1SA 1Z1HA 5P5FA 2OAHA 2NR6A 4QLHA 4K4QA 3LIYA 1W51A 4QJ6A 5JFPA 5P0JA 2O4SA 5P8LA 4DPIA 4RVIA 2AVSA 5P1EA 1KJFA 3LIXA 2VNNA 1QBRA 1YM2A 5P0KA 2I4QA 2XFKA 4A6CA 2VJ6A 5P3LA 3SPKA 2QI1A 3DUYA 4GYEA 1FMXA 5P4GA 3OUCA 1PPLE 4J1IA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3JVY A;  3R0Y A;  3BUG A;  1TCW A;  1YTI A;  4NJT A;  4GJ7 A;  3OGP A;  4ER2 E;  3KT5 A;  5P4Y A;  3OU3 A;  3LPJ A;  5P7E A;  1HXB A;  5P8Q A;  1XN2 A;  3OXV A;  3BGB A;  1ZSR A;  2A4F A;  4J1C A;  4PHV A;  1QBU A;  5P1A A;  5P6S A;  5P7U A;  3N3I A;  3O9G A;  3O9F A;  3OY4 A;  3PMU A;  3PSY A;  5OZ8 A;  1DIF A;  5OZZ A;  3ZPS A;  5P86 A;  5P8S A;  3UPJ A;  3G6Z A;  3OU4 A;  1U8G A;  3OAD A;  1W5Y A;  4CMS A;  3IAW A;  1CMS A;  3L3A A;  3VFA A;  5OZR A;  3TOG A;  3GI4 A;  3NR6 A;  4F75 A;  4EXH A;  5P4Q A;  1C6Z A;  3IXJ A;  2I0D A;  4OBZ B;  5P3W A;  2G1R A;  2AOF A;  1XS7 D;  2Q3K A;  5HE7 A;  1BIL A;  5P3V A;  1ENT E;  5P3A A;  3TPL A;  3VF3 A;  4AMT A;  1WKR A;  5OYY A;  3UQR A;  4BEL A;  1HVK A;  2VJ9 A;  1KJ4 A;  1W6I A;  5P8B A;  3TTP A;  2A1E A;  3KFS A;  4QJ2 A;  2PSG A;  3T7X A;  3QI1 A;  4ER1 E;  1T3R A;  4Y36 A;  5P19 A;  1HIV A;  4LC7 A;  1K6C A;  5P66 A;  5OYS A;  5P00 A;  2F3F A;  2SAM A;  3C9X A;  3OUD A;  2B7F A;  4NPU A;  3S2O A;  3SO9 A;  4HDB A;  2QU3 A;  2ZJN A;  5IVT A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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