4A6BA

Stereoselective synthesis, x-ray analysis, and biological evaluation of a new class of lactam based hiv-1 protease inhibitors
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPIEICGHKAIGTVLVGPTPTNVIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords POL PROTEIN
publication title Synthesis, X-Ray Analysis, and Biological Evaluation of a New Class of Stereopure Lactam-Based HIV-1 Protease Inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2011-11-01

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4a6bA00
2QZKA 4Q5MA 3EKQA 5P86A 5OZ5A 4I8ZA 2WL0A 5P5JA 4EPJA 3NXNA 1BDQA 3HDKA 1GVUA 1WBMA 5ENMA 5OZ9A 5P0TA 3OU3A 3OAGA 2IGYA 4YDGA 4ACUA 3B80A 5P8RA 4DV9A 5P8NA 1EC2A 5KOSA 9HVPA 3VF7A 3FSMA 1K6CA 5P3VA 4RRSA 2AVOA 1DW6C 3BGCA 4R8YA 2XFJA 4RYGA 3O99A 4CMSA 4Z22A 3QI1A 2R3WA 3G72A 5P3QA 4RVJA 5P7XA 1PFZA 4BELA 5P7UA 2WHHA 5P0EA 5P6SA 3O9AA 2PK6A 5P8VA 2JJIA 1RL8A 4DJWA 3PWRA 5P4DA 1A94A 1LYWB 3TPRA 3SA6A 5P2RA 5P58A 4DQHA 5OZAA 1XDHA 1K6TA 3PSGA 2OHNA 2R9BA 5OZ1A 5P03A 4YD4A 5JFUA 3U71A 2QAKA 3OOTA 5P16A 5P8KA 2QMGA 3GI4A 5P20A 4B1CA 3PLDA 5P87A 1QS8A 3EM4A 4Y4EA 1RNEA 3OY4A 5DQ4A 5OZTA 5P88A 4FAEA 2R5PA 2ZGAA 4Y3GA 5OZ8A 5P65A 1Q9PA 3MXDA 1LYBB 4Y45A 5P0KA 3CMSA 1XS7D 3QIHA 4Y5NA 3QPJA 4B72A 5P4PA 5P2MA 4H3IA 3FNUA 3KMXA 2HB3A 3UDJA 2QI4A 5P5DA 4D83A 5P0QA 5P25A 5SY3A 5P7RA 3WZ7A 4PPHA 5P4GA 1E80E 2IS0A 1T6EX 2QHCA 2ZHRA 3L5EA 3OU1B 1E81E 1LF4A 3IXOA 4AA9A 4L1AA 4EXHA 5AGZA 2VA7A 5P89A 3S43B 2CEJA 3Q70A 1C6YA 5P7YA 2WEBA 4BFBA 5P66A 3BUGA 3DUYA 3NWXA 4MC2A 4H3FA 2VNNA 4GIDA 2PH8A 3LZYA 5P06A 3PCWA 2F8GA 4I0DA 2BBBA 5P2BA 5SXNA 3L5FA 5P0WA 2B60A 4EQJA 4YCYA 5P38A 2UPJA 4Y37A 5KOQA 3ZKSA 1HVLA 5P3EA 1FFIC 3BC4A 4PHVA 4RGHA 1BXQA 1EPQE 4Y5EA 5P5AA 5P2EA 4BEKA 3SLZA 3OTYA 5P49A 5IVSA 3VV8A 3D20A 1AM5A 1KZKA 3O9CA 3VSWA 5P5CA 1HVRA 3MWSA 3OQKA 1M4HA 5EZZA 3UDQA 4I12A 3CKPA 1HEFE 1LEEA 2Z4OA 1LF2A 3PBDA 5P5WA 4DQGA 1KJ4A 5P1XA 5P4IA 4DJVA 1B6JA 2ZJIA 2BPZA 4Y3AA 2IENA 4B0QA 3LIYA 3FIVA 5P5LA 3UF3A 3PSUA 5P6CA 3O9IA 4GJ9A 4OBJA 1FQ6A 5P02A 2R5QA 2O4LA 5P7SA 3LPJA 5DR0A 5OYUA 2PSUA 2HS2A 2F3EA 3H5BA 1BV7A 3KDBA 4FRSA 5P59A 5P8CA 3WZ8A 1EPPE 2VNMA 4EQ0A 5P57A 2MIPA 3ZPTA 5OZJA 4OBFA 4LXAA 5AH8A 3QS1A 2JJJA 3PMUA 3NR6A 5P5TA 4RCDA 4GJ6A 3LPKA 5P0XA 5P6KA 1IBQA 2G1YA 4I0GA 5P2WA 4FLGA 3BGBA 4JECA 1ODYA 1YM2A 2NMZA 3EKPA 2OHPA 5P7AA 2OHRA 1MSNA 1A30A 5P77A 2I1AA 3NLSA 1YTGA 3KT2A 4H3JA 5P3RA 4K4RA 3KF0A 5P84A 5OZOA 3SM2A 3CIDA 5P51A 4HZTA 5P2YA 1LYWA 1YTHA 3UDMA 4Y4BA 3SO9A 3ZOVA 5P7WA 3DV1A 2FMBA 3MXEA 1FQ5A 2JXRA 5P3MA 2I0DA 2AVVA 4FRKA 5DR8A 2ZHUA 3K5FA 1FG6C 5P48A 5P1JA 2QNNA 3KMYA 5IS4A 1EBYA 1EPRE 1BDRA 3NSHA 1MTRA 5P4SA 4BFDA 2PSGA 2NPHA 5P3GA 3R1GB 4FM7A 3QBFA 4PZXA 5P3PA 1T7KA 5OZLA 3NU9A 3LITA 4TRZA 2QU2A 4Y3MA 4F76A 3D1ZA 2ZJNA 1SDVA 3QROA 5P40A 2PH6A 3DCRA 3CKRA 1C6ZA 2G94A 4YBFA 3PVKA 3LPIA 1G2KA 4I0FA 2AVMA 2QZLA 4Y57A 4K8SA 2V13A 3RVIA 5P1KA 3R0YA 4CPSA 3QVCA 4M8YA 4ZPGA 4XXSA 5FIVA 5SY2A 3EM3A 5P4MA 1D4IA 5P8LA 3SA8A 5P09A 1D4KA 2HB4A 5P5EA 5P76A 5P37A 1ZSRA 5P69A 1U8GA 3KDCA 1AVFA 4YE3A 5P64A 1TCXA 1AAQA 3TOFA 3PM4A 3INFA 2FNSA 4HLAA 4OC6B 5OZXA 3NUOA 3S53A 5P3UA 2G1SA 2IKUA 4X2LA 4JPCA 2WF3A 1ZAPA 5HCOA 5AHAA 2R8NA 1EBZA 5P6PA 5P6OA 3IAWA 4Y4TA 5E5JA 3H0BA 1XL5A 4Y3EA 3TPLA 2Q5KA 3UDRA 2ZJKA 2ZJMA 3IA9A 5P5XA 1BILA 1FEJC 5ENKA 5P1QA 5P8TA 3CICA 3NXEA 4DJUA 1RQ9A 1HVKA 3NU3A 2AVSA 2O40A 3A2OA 1SMRA 2AOIA 2IGXA 5OZQA 2HC0A 2PSVA 1DPJA 3EMYA 4OBKA 3RSVA 5P2JA 3SA3A 5P32A 4AZYA 4ZSMA 3PI0A 4Y53A 3CYXA 5P6QA 5P5FA 3Q5HA 4Y3FA 1HWRA 2OHMA 1B6PA 2V11C 3NU6A 5P7JA 4ZSQA 5P6VA 3UHLA 2V12C 5IVRA 3PCZA 5P54A 3LINA 4ZEAA 4FRJA 2QNPA 3RTHA 1E5OE 2QZXA 1W5XA 1EBKC 4J1IA 5P4RA 3TKWA 5P00A 3PI5A 5P3IA 4LC7A 3LZVA 4Y35A 5P05A 4RVIA 4LP9A 5P6EA 3UDKA 4CPWA 5P6IA 3QN8A 2VIJA 4QLHA 5DPZA 5P8JA 4ZSPA 5DQ5A 4Y3TA 4FAFA 4OD9A 5P3OA 1FMXA 1SH9A 4MC9A 3SKGA 1FLHA 3SFCA 3I25A 1YX9A 2FNTA 3TTPA 3VFBA 2V16C 5P3TA 5OZCA 1HSGA 3OXWA 3NDUA 1KJGA 3I8WA 1FGCC 5P07A 4DVFA 3O9FA 2I4WA 1LYAB 4J0ZA 5P7OA 5P8UA 3LIZA 1K2BA 4Y41A 1EPME 1ME6A 4J1HA 3O9DA 4PYVA 3HVPA 4X7IA 3GGXA 5IE1A 5P4BA 3L58A 1IDAA 1EC1A 2AIDA 4FSLA 5OYYA 2ASIA 5P6WA 3NDTA 1APWE 1SGUA 1MIQA 2AOHA 6APRE 4GMIA 5ER2E 5P4WA 3VG1A 4L6BA 5P2TA 4F74A 4Y3WA 5P61A 3C9XA 2VIZA 4Y43A 1F34A 4HEGA 4Q1WA 5P46A 5ER1E 3LIXA 3PWWA 4YCKA 3Q4BA 4HDPA 1RV7A 1C6XA 1HTGA 4NJUA 5P0FA 4I10A 3EC0A 1BVGA 1T7JA 3S7MA 2I4XA 5P0AA 4DQFA 5JG1A 4RLDA 1APTE 1FMBA 5P36A 1DIFA 4UPJA 5P8EA 5P6NA 5P23A 5P0VA 4B70A 1HIHA 3OOZA 1DP5A 4YDFA 5P04A 3DJKA 5OZEA 4XKXA 4Y48A 4ZSRA 5OZ6A 3APPA 1HPXA 3TKGA 4EP3A 4J5JA 3PEPA 1K2CA 3EKWA 2WKZA 4EJLA 4HVPA 3PBZA 2OHTA 3OGPA 3HBOA 3KN0A 5HD0A 3M9FA 1IZEA 3LZUA 3OHHA 2O4SA 2VKMA 1CMSA 5P4YA 1FG8C 2RMPA 3IXJA 5CONA 3HVGA 2NNKA 4XX4A 3OXVA 3URJA 1MT7A 4KE1A 1XN3A 1NPWA 3S2OA 5P62A 2BKSA 3RTMA 3MSKA 1W5WA 3HAUA 3SA7A 2RENA 4Y3SA 5I3XA 2AZCA 4DQCA 1GNOA 3GGVA 1K1TA 4J0VA 5P3BA 3NWQA 1OD1A 3VEUA 4HA5A 3ZKXA 4I0EA 4A6BA 5PEPA 3PRSA 3G70A 4APEA 1HVCA 4GJDA 5P2GA 5P8AA 3WSJA 5DGUA 5HTZA 1M0BA 4Y3QA 5P56A 4DI2A 1BIMA 1T6GA 2OHKA 1FQXA 2QP8A 4B1DA 1BDLA 5P2QA 1VIJA 1XL2A 1HTEA 4Y38A 4J1CA 5P8HA 4AUCA 1QDMA 2FXEA 3MSLA 5KR8A 1FQ4A 4Y44A 3NDWA 5P6GA 4Y4DA 5OZ0A 3VUCA 4APRE 4Y3NA 3MSJA 3R2FA 2G69A 3ZPSA 4OBHA 2P83A 5P01A 4ZIPA 2F3FA 4EYRA 5P3NA 5P6UA 5P8PA 3ER5E 5P0PA 5P2KA 5P1YA 5P11A 1W5YA 1BWAA 4J54A 2QU3A 5P8SA 3OADB 3IN3A 1VIKA 1NPAA 2OHQA 4RCEA 3SA4A 5P41A 5P2FA 3INHA 1G6LA 1LF3A 1AXAA 4HE9A 4N00A 4EWOA 5P7HA 5P4NA 3GGUA 3NYGA 5P1GA 5P4UA 4WY1A 3OQDA 5B18A 1APUE 4NJSA 5HU1A 2FXDA 4QGIA 4Y51A 2G20A 3ST5A 3FNTA 2HAHA 1ENTE 2NXLA 3WB5A 2QMFA 4B05A 3TPPA 2BPVA 5OZMA 3VFAA 4AMTA 4J1KA 3IVIA 5P5QA 2ZHTA 3FV3A 5P53A 3OU4B 5HDVA 5P8IA 4I0HA 3G6ZA 5P5MA 5P1OA 3OXCA 2A4FA 4MC1A 2ZE1A 2AOJA 1IDBA 3UQRA 5OZFA 4JOOA 1FB7A 3PWMA 5DR7A 1YTJA 4KE0A 4YHQA 4DQEA 4S1GA 2QI6A 4DPIA 5EZXA 1SDUA 3OHFA 4DFGA 4Y5PA 3EKYA 1WKRA 2JYSA 5P7ZA 4U7QA 2CENA 2R3TA 2ZHSA 3DK1A 3D1YA 2BJUA 3O9LB 3OUDB 1IZHA 1SMEA 5P0MA 4QJ6A 4Y4ZA 2QD6A 4J17A 2H6SA 4ZLSA 1C70A 3WB4A 5OYXA 2NXDA 4Y39A 3EL9A 4H3GA 3ZKGA 1JLDA 2Q54A 4YA8A 3VLBA 2R43A 5P6FA 3L5BA 5P2LA 5TOLA 3TNEA 3CIBA 5P0UA 3ZPUA 1ZPAA 1F7AA 4QJ8A 5T4SA 5P6DA 3UQPA 4COEA 2QD7A 1BAIA 2AOFA 1G35A 4L7GA 4XX3A 2I0AA 2BKTA 5KR2A 3KT5A 5P3FA 5P1MA 5OZ3A 3VSXA 1ZBGA 4CPQA 5P6ZA 1MERA 1FMUA 3URIA 4D8CA 1META 4TRYA 5P5GA 5OZUA 4OBZB 5P7TA 4TVGA 4RRNA 1FQ7A 3L3AA 2AZ8A 5P2HA 3GI0A 5P6YA 2G27A 1LYBA 5I3WA 2EWYA 5P68A 1GVWA 2QZWA 1BV9A 5P42A 3HD8A 3OTSA 5AHBA 4CKUA 4DJYA 5DGWA 3ECGA 5P8OA 4YD6A 5P6XA 3OU1A 1EPNE 2ZHVA 5P2IA 4R91A 3LNKA 4YOAA 5P19A 3UDYA 3BXRA 4Y3XA 3K4VA 1MUIA 2ZYEA 5AH6A 7UPJA 3S43A 2HS1A 4Y4UA 7HVPA 2IRZA 5KQZA 3UQWA 2OF0A 1Z8CA 4CPTA 5P1IA 1T7IA 3PJ6A 1YTIA 2G21A 3O9GA 1HPSA 5HU0A 3BVBA 3OADA 3BHEA 4Y3DA 3UFNA 1K6VA 5OZVA 3OK9A 5P0GA 2Z54A 3D3TA 4J1EA 5P1NA 3O9HA 5P7KA 2WEZA 1XE6A 3JW2A 2BB9A 3EL4A 5HDXA 1NSOA 5P1SA 4Y9WA 1UH9A 5P4ZA 2P8HA 1W6IA 2FIVA 4DUSA 5P2XA 2J9JB 4MC6A 5P3SA 1TCWA 4CPXA 4Z50A 1IVQA 3K5CA 2NNPA 2NR6A 5P6TA 5P71A 1YG9A 2VIEA 3VYDA 3D1XA 1B6KA 3L38A 1XE5A 2NXMA 2VS2A 4DJPA 2B42A 5JODA 3OU4A 5P1HA 5P10A 5P1CA 1OEWA 5KQFA 5P45A 2I4UA 3O9EA 3WZ6A 5CLMA 4DQBA 1HTFA 2XYFA 3KFNA 4PEPA 5SZ9A 4DJRA 4A6CA 5P3XA 3OWNA 4FIVA 3EKVA 3DV5A 1KJ7A 2ER9E 3EKTA 5P5SA 3OUDA 2APRA 4R92A 4Y3YA 2V10C 2QNQA 5P5YA 3GI6A 5OZDA 3KA2A 2WF2A 3EL1A 3VF3A 4D88A 3PSYA 2FDDA 4H1EA 3KM4A 5P4XA 5JFPA 4HDFA 3PGIA 5P4QA 2O4KA 3I6OA 5P1BA 4LAPA 5P1AA 3DCKA 4Y58A 5OZHA 5OZ4A 4Q1YA 5P80A 1HSIA 2OHSA 2B8VA 4ZPEA 4FGXA 1LS5A 3VLAA 3T7PA 3VYFA 4JP9A 4EJKA 1OEXA 2Q64A 1SIPA 2FDPA 1GNMA 5DQCA 3ZL7A 5P1EA 1SIVA 5P3LA 3SA5A 5J25A 5P4EA 4DPFA 3EL5A 5P5HA 1CZIE 5OZ2A 2Q3KA 5HE5A 4I0IA 4EHCA 5P4OA 2QI0A 3UDPA 3APRE 3PB5A 5DR4A 5I3YA 2P3AA 3NUJA 2AZBA 3VV7A 5OZBA 5IVQA 4CPRA 4FM8A 5HCTA 4CPUA 3IVHA 3S8IA 5P1ZA 5OZYA 4Q1NA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2QZK A;  4Q5M A;  3EKQ A;  5P86 A;  5OZ5 A;  4I8Z A;  2WL0 A;  5P5J A;  4EPJ A;  3NXN A;  1BDQ A;  3HDK A;  1GVU A;  1WBM A;  5ENM A;  5OZ9 A;  5P0T A;  3OU3 A;  3OAG A;  2IGY A;  4YDG A;  4ACU A;  3B80 A;  5P8R A;  4DV9 A;  5P8N A;  1EC2 A;  5KOS A;  9HVP A;  3VF7 A;  3FSM A;  1K6C A;  5P3V A;  4RRS A;  2AVO A;  1DW6 C;  3BGC A;  4R8Y A;  2XFJ A;  4RYG A;  3O99 A;  4CMS A;  4Z22 A;  3QI1 A;  2R3W A;  3G72 A;  5P3Q A;  4RVJ A;  5P7X A;  1PFZ A;  4BEL A;  5P7U A;  2WHH A;  5P0E A;  5P6S A;  3O9A A;  2PK6 A;  5P8V A;  2JJI A;  1RL8 A;  4DJW A;  3PWR A;  5P4D A;  1A94 A;  1LYW B;  3TPR A;  3SA6 A;  5P2R A;  5P58 A;  4DQH A;  5OZA A;  1XDH A;  1K6T A;  3PSG A;  2OHN A;  2R9B A;  5OZ1 A;  5P03 A;  4YD4 A;  5JFU A;  3U71 A;  2QAK A;  3OOT A;  5P16 A;  5P8K A;  2QMG A;  3GI4 A;  5P20 A;  4B1C A;  3PLD A;  5P87 A;  1QS8 A;  3EM4 A;  4Y4E A;  1RNE A;  3OY4 A;  5DQ4 A;  5OZT A;  5P88 A;  4FAE A;  2R5P A;  2ZGA A;  4Y3G A;  5OZ8 A;  5P65 A;  1Q9P A;  3MXD A;  1LYB B;  4Y45 A;  5P0K A;  3CMS A;  1XS7 D; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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