2I4WA

Hiv-1 protease wt with gs-8374
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGMTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Suppression of HIV-1 Protease Inhibitor Resistance by Phosphonate-mediated Solvent Anchoring.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-08-22

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2i4wA00
3SA3A 1EC1A 1FEJC 4QGIA 5I3VA 5OZFA 5HU0A 5C9BA 1HVRA 5P4UA 5OZGA 3IXOA 5P83A 2BPVA 5P11A 3LZVA 1UH8A 4DQHA 4EQJA 4YE3A 3D1YA 5ENMA 3UFNA 5P0IA 1EBWA 5P6DA 3UDHA 5P76A 4Y3HA 1NPVA 5P5BA 5OZNA 2WF2A 2WEZA 4JECA 1HPXA 3ZKGA 4PZWA 4GJ7A 5P4RA 2HC0A 5OYQA 3RSXA 4QJ9A 1ER8E 4Y4EA 4I0IA 5AH6A 1YTIA 2RKFA 3ZPSA 5P5GA 1LF2A 5P28A 5HTZA 5P4JA 1HTGA 2P3CA 4HDFA 5P56A 4OBFA 2PSUA 5P3KA 5P5RA 1G0VA 5C9DA 2FXDA 4PZXA 2IL2A 1LS5A 5P0XA 1EBZA 4X2LA 3ECGA 2I4XA 2I4WA 1K1TA 5P6IA 2QNQA 1ODXA 3NDWA 5IE1A 5P7DA 1BV9A 2QP8A 3WZ6A 2JJJA 4Y47A 5SZ9A 4DQCA 1C6ZA 2NMYA 2R43A 5OZ3A 5P06A 3ZMGA 5KAOA 5OZBA 2OHNA 2QD7A 4WTUA 3BXSA 3EKQA 5P5AA 5AHAA 3O9CA 3SAAA 2HAHA 4CP7A 1AZ5A 4Y3NA 4Y4UA 4RCFA 1A8GA 3GI6A 2I4DA 2ZHUA 4ZPGA 1GVXA 4R91A 5OZDA 1KJGA 3LPJA 2QAKA 5CONA 2RKGA 5P04A 3LZUA 4OBKA 5P2JA 5P0QA 4Y5PA 2H6SA 1KZKA 1HVKA 5P49A 4D83A 3IXKA 2AVQA 5P5NA 2AOCA 4R92A 3GGAA 4LP9A 1FF0C 1T7JA 2QI6A 5DQ5A 2AZBA 3URJA 4S1GA 1D4JA 4TVGA 2OHPA 3KFNA 2FXEA 5P71A 5C9FA 5P0UA 5BS4A 5P10A 3IAWA 5KOQA 3KDDA 4ZEAA 5APRE 5OYZA 2O4NA 3OQKA 4AZYA 3U7SA 1MRXA 3S54A 3NSHA 2QMDA 3AUPA 5P7PA 1E81E 5ER1E 5P62A 4Y48A 8HVPA 4EQ0A 3UQWA 4WY6A 1BXQA 4FM8A 3O9AA 3M9FA 2QZKA 3HD8A 2WHHA 1ZJ7A 4DFGA 3UDRA 3H0BA 4Q1NA 4Y9WA 5P0JA 4COEA 1NPWA 5P6TA 3JW2A 4RCEA 4HE9A 2AOEA 4JOOA 4OBJA 2P3AA 3OXVA 3S7MA 5P2XA 4OBZA 1RV7A 1K6VA 4R93A 3KMYA 5PEPA 2VA5A 5P5PA 5P6VA 5P4DA 1Q9PA 3HDKA 5P4XA 5P86A 4J1CA 5P02A 4YBIA 4L7GA 2FGUA 1TW7A 2Q55A 1Z8CA 2IENA 5P12A 5P6KA 4OBZB 4Y6MA 2G1RA 4YA8A 3EXOA 2AVOA 3O9FA 5P30A 5P25A 2ER7E 1QDMA 5P8LA 1FMXA 3OADA 4BEKA 4ER2E 1GKTA 4L7JA 5P6YA 5P7OA 3U6AA 1QRPE 1HVIA 5P0ZA 5P78A 3OGPA 3KA2A 5OZ5A 3OUCA 2IRZA 2QI3A 4Y3TA 2XFKA 3OADB 3Q70A 1HHPA 5P4IA 4L6BA 5OZKA 5P2DA 4F73A 1BWAA 5BWYA 5P34A 4FCOA 2ER6E 1MUIA 5P1QA 1ZLFA 5P52A 5P63A 4FSEA 3QIHA 5P23A 5P54A 4Y4JA 2FDPA 5P7HA 3IN3A 5P5EA 5P82A 2FDDA 5P1HA 3EKWA 4J1IA 2WJOA 1ZBGA 5P7VA 1EPPE 1FB7A 4ZIPA 4FRKA 4Y4TA 5P55A 5P5SA 1LZQA 2VJ9A 3G6ZA 5OZZA 3Q3TA 4Y3GA 1GVVA 4HZTA 3TPRA 5F01A 2HS2A 4RYGA 1T6EX 2VS2A 2Q54A 2QZLA 2PYMA 1K6TA 2PC0A 2HB3A 4Y4BA 2Q11A 3OU1A 1XN3A 1FQ6A 4QJ2A 5OZ7A 5P6JA 3LPKA 3MXEA 5OYUA 1MTBA 3HVGA 5DQCA 5P1CA 1CMSA 2I0DA 2R8NA 4CPQA 4OBDA 4Y4AA 3OU1B 1MESA 4X7IA 5KQXA 2WF4A 5OYSA 2A1EA 3O9BA 1IDBA 1FQ8A 4APEA 1C70A 5OZXA 1YM2A 3HZCA 3OQFA 4JP9A 5P0BA 5P6BA 5P3WA 4EYRA 2G26A 2G21A 5KQFA 2AVMA 2O4LA 3L59A 4YBFA 3QAAA 2BQVA 4Y3XA 4Y3LA 1SDTA 1EC3A 5P50A 2IEOA 3LIQA 3EL0A 1XL2A 3VLBA 5P7UA 2B60A 3URLA 1B6LA 5DGUA 1EPNE 3LNKA 2VA6A 4Y53A 3NDTA 4A4QA 2NNKA 4YCYA 5P7BA 5P17A 3S56A 5FIVA 5KR0A 5P2YA 5P41A 5P6EA 3EM6A 2RSPA 5P3SA 5P3ZA 5DR3A 2ASIA 4XKXA 4Y3EA 5P6XA 5P32A 4DQFA 3UDQA 3VEUA 3OHHA 1E5OE 5P7MA 4Y5LA 3NR6A 2PQZA 4I8ZA 1IZHA 4FE6A 1WKRA 5P3NA 5P8FA 3TTPA 4RRNA 3S45A 1YX9A 1MTRA 5P89A 4DJPA 1SGUA 5OYTA 4AA8A 5OZCA 4CPUA 3OTSA 3ZKQA 3D91A 5P5DA 4DV9A 1HPOA 1FQ5A 5P8NA 1FQXA 2HPFA 4IVTA 4Y5MA 3DUYA 4QJAA 3QBFA 4B1CA 2OHTA 5SY3A 3T11A 3BUHA 1AVFA 2G1NA 1VIKA 5P3DA 1ODYA 1E80E 2OF0A 3UQRA 5P0CA 3UPJA 4GJBA 1MRWA 5JFUA 5P1YA 5KR8A 3D3TA 3N3IA 2G1YA 5P4HA 1MIQA 1K1UA 2I0AA 5P8AA 4F74A 2WEBA 2ZHTA 5DQ1A 4EPJA 5DGWA 5P15A 5P6MA 4HA5A 1HTEA 1FFFC 4J0ZA 2ANLA 3SA9A 3SACA 5P5JA 2OHQA 5P4CA 1APTE 2PYNA 3OGQA 5P38A 5ER2E 4DJXA 4R8YA 5JFPA 3RTHA 5P6FA 3TLHA 5P7KA 5P3BA 5P2RA 5P8SA 1UPJA 5OZ8A 4YOBA 2FNTA 2JXRA 3UDMA 3BXRA 3MSKA 2ZHVA 5P3GA 5P7CA 1T7KA 5OZOA 3L5BA 2B42A 2WF0A 5P0HA 5P7WA 4DJYA 4YCTA 5P18A 5P40A 5OZVA 3G70A 1RPIA 3CKTA 3L58A 2AODA 5P3HA 2WL0A 3PGIA 4YD6A 1BVEA 3CYWA 3BGBA 5IVRA 4LXMA 2AOHA 1OHRA 2Q63A 5P2BA 3NU6A 4PHVA 3TOGA 4Y5EA 3MSLA 5P4KA 3OQDA 1HSIA 4PPHA 4FRIA 3TPPA 2UY0A 1D4HA 1YM4A 5P1MA 2XFIA 5P4OA 1LYWA 5P43A 4K8SA 4DQEA 3QRMA 2PH8A 1ODWA 4R95A 2CEJA 1E82E 1GVTA 3EKPA 3L5FA 3K5DA 5P8KA 1OD1A 5P20A 1IDAA 3UDNA 4Y5AA 4Y50A 5P8MA 3OQ7A 3PHVA 3ZKMA 4Y5GA 3EKYA 5P13A 2V16C 2PMAA 5P3TA 4NPTA 5P44A 6FIVA 6APRE 1XL5A 4EJDA 4QJ8A 5DQ2A 4BELA 2PK6A 3LINA 3NU9A 1W50A 2PSVA 5P67A 4MC2A 4GJ8A 4Z50A 5P7NA 5EZZA 3UQPA 2P4JA 2RMPA 3OY4A 4QJ6A 3OK9A 2QK5A 3ZKIA 1KJ7A 5P0YA 4RYCA 2QZWA 2VIJA 2V00A 4EJLA 4APRE 1LYAA 2ZYEA 2NTRA 5P6SA 3ZLQA 2Z54A 5P3AA 4NPUA 5P5ZA 2FDEA 3GGUA 3LIYA 3OHFA 2WECA 5P1OA 4Y3SA 4GJ9A 2VKMA 3CICA 3ZKXA 1LYAB 2HB2A 4EXGA 5P59A 3KN0A 3U71A 4NJVA 5P51A 3TKWA 2WF1A 5HDVA 5HVPA 3QRSA 5AH7A 5P8VA 1TQFA 3O9EA 5P6NA 2CENA 2SAMA 5P5CA 5OZUA 5HCTA 4Y4ZA 2Q3KA 1META 3MWSA 3VYDA 2NR6A 1QBRA 3VYEA 1UH7A 3D1ZA 3BHEA 3SFCA 2A4FA 1HSHA 2HPEA 1NPAA 4EHCA 4DJVA 1NH0A 5AH8A 5P8EA 1FKNA 3PSGA 2QCIA 2AOIA 3UDKA 4ACUA 1YTJA 1K2BA 3VCMA 1EBKC 3APPA 4GJCA 2V11C 2ER0E 5I70A 5P7QA 5P0SA 3SM1A 3ER5E 1TCWA 2FNSA 4Y58A 3TOHA 3NXEA 5E5JA 5DR4A 4A6BA 4Y3AA 4Y56A 3FV3A 3LZSA 5P01A 3QN8A 1HVCA 4FM6A 1HPVA 4J55A 3DCKA 5P7SA 6UPJA 3D1XA 5OZRA 3BVBA 1PFZA 1PSOE 2J9KA 4FM7A 1AAQA 2IGXA 3B7VA 5P8PA 4DPFA 1APWE 5OYVA 5I3WA 2OHUA 4PEPA 4Y38A 2Q15A 1BDQA 1DMPA 1SMRA 4J1EA 5COOA 2B8LA 1KJHA 5P33A 4J1FA 3PRSA 1TZSA 3VG1A 2P3DA 5P1SA 5DR1A 5P22A 5P4LA 3WZ8A 2G27A 5P2LA 2NPHA 3LIZA 2V10C 3UDYA 1BWBA 1HTRB 4HEGA 5P1VA 5P2KA 4GJAA 2JE4A 5AHCA 2P83A 1K6PA 5P1LA 5P7TA 5P2GA 2BB9A 2FMBA 4FRSA 4LXAA 5P2VA 4FSLA 4J5JA 4I0JA 5P3CA 2R38A 1DIFA 2HB4A 2XYEA 5SXNA 2G1SA 5P0KA 3CIBA 1N49A 4BFDA 3UDPA 4B1EA 2QZXA 5P61A 3HBOA 2WEAA 4A6CA 1WBKA 5P5WA 5P8JA 4B70A 5P88A 4CPXA 4Y3RA 4QJ7A 4LXKA 1DPJA 5P1FA 3WZ7A 5P8QA 2B7FA 3O99A 2O4PA 3L5CA 5P2UA 4DJUA 5P0FA 2EWYA 3D20A 1ZTZA 1K6CA 5B18A 3IGBA 5P1TA 3WB5A 1MEUA 2QU2A 5P1AA 5IVSA 5OYRA 3ST5A 5P3YA 3LHGA 1HBVA 3IN4A 3WB4A 5P8HA 4CKUA 3VV6A 5OZLA 2QNNA 5HD0A 4K4QA 3K5CA 5OZHA 5P5TA 1PPME 4Y37A 1A94A 2VNMA 5P48A 4TRWA 3PI5A 1TSQA 5P1JA 1D4LA 4Q1XA 5P2IA 1GNMA 4YD7A 5P6ZA 3LIVA 2QI0A 3VF3A 4Y3YA 3SQFA 3UF3A 3EC0A 2BPYA 4TRZA 3NUJA 3DCRA 5P70A 3GI4A 3SLZA 3URIA 1SMEA 4Z2ZA 5P5MA 3NU4A 4L1AA 2NXMA 4TVHA 2AVSA 3SABA 3RSVA 2IKOA 5P3RA 3VFAA 3NXNA 4KB9A 1MT8A 4Q5MA 3PEPA 3A2OA 2PH6A 5P0WA 5DPZA 4Y4DA 3EM4A 1RL8A 5KR2A 1FMUA 4U7VA 4I0EA 5P1BA 4L1AB 4RROA 5P03A 5P3JA 5IVQA 5P00A 1FQ7A 5P6GA 3KYRA 4Y35A 4QLHA 2HIZA 2OAHA 1HVLA 5P3IA 3SKGA 2ZJLA 1FQ4A 4M8XA 4B05A 1EEDP 4AMTA 4LBTA 4DPIA 5P7EA 5P0GA 2NMZA 2V0ZC 5HDXA 3R0YA 4H3IA 5P0EA 5P58A 1IBQA 2H6TA 5P3EA 5P7JA 3NWXA 5P1GA 1W5WA 2AOGA 3L5DA 1XN2A 4ZPFA 5OZAA 3EKXA 4NJUA 3OUAA 3CKRA 1XDHA 4I8WA 5BRYA 3DV5A 3EKTA 5P31A 3PSUA 1BVGA 2CEMA 5P2FA 4EXHA 4J0TA 4EWOA 2ZGAA 3BRAA 5UPJA 1SGZA 5P8RA 4E43A 5P6QA 2ZJHA 5P4AA 3SO9A 2PK5A 2AOJA 3QVIA 4H3FA 1UH9A 4Y5KA 2QMPA 4YHQA 1M43A 5IS4A 5P8TA 2ZJKA 5P16A 5ENKA 1OEWA 4OBHA 2OHSA 2QMFA 5P27A 4RVIA 1W51A 5P05A 3EL5A 4Y54A 4ZE6A 1BDLA 4FAFA 5P3LA 3OTYA 1EAGA 5P80A 2NXDA 3DK1A 4CPTA 5P8DA 4HLAA 5P45A 5P87A 1D4SA 4Y3JA 3EMYA 4MC1A 3QPJA 4GZFA 5P60A 2Q5KA 4RRSA 5P4BA 1FGCC 3NYGA 1MSMA 3PMYA 1M0BA 1Z1HA 3FSMA 1BAIA 5P85A 4J1KA 4NKKA 5HU1A 2F3FA 2FLEA 4R5NA 5P65A 3CKPA 3OU4A 5P0VA 1AXAA 3CIDA 2G22A 1LF3A 5P4PA 4Y3QA 4ER1E 1HVHA 3TPLA 1NSOA 5DR7A 3SA8A 5P3FA 3KT5A 4ER4E 2IS0A 4OC6A 3GGVA 3OU4B 3T3CA 3VF5A 5P0RA 2QI4A 4DQGA 5AHBA 1IZDA 2F80A 5OZIA 5P0LA 5KR1A 1IVQA 3LZYA 3OUDA 5P2HA 5P47A 4OC6B 5SY2A 2R9BA 3Q5HA 5P5XA 5P6CA 5EZXA 3GI0A 5IVTA 3PWWA 1QBSA 5P2WA 3O9IA 1VIJA 2G20A 3OXWA 5AH9A 3OUDB 1HIHA 2QI1A 5P7YA 4LL3A 1B6MA 3T6IA 5OZ1A 2OHKA 5P7GA 1B6JA 4D89A 5ISKA 3PB5A 3KDBA 5P09A 4B77A 5P24A 3WSJA 3OXCA 3KFPA 1ENTE 1EC0A 4HDPA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3SA3 A;  1EC1 A;  1FEJ C;  4QGI A;  5I3V A;  5OZF A;  5HU0 A;  5C9B A;  1HVR A;  5P4U A;  5OZG A;  3IXO A;  5P83 A;  2BPV A;  5P11 A;  3LZV A;  1UH8 A;  4DQH A;  4EQJ A;  4YE3 A;  3D1Y A;  5ENM A;  3UFN A;  5P0I A;  1EBW A;  5P6D A;  3UDH A;  5P76 A;  4Y3H A;  1NPV A;  5P5B A;  5OZN A;  2WF2 A;  2WEZ A;  4JEC A;  1HPX A;  3ZKG A;  4PZW A;  4GJ7 A;  5P4R A;  2HC0 A;  5OYQ A;  3RSX A;  4QJ9 A;  1ER8 E;  4Y4E A;  4I0I A;  5AH6 A;  1YTI A;  2RKF A;  3ZPS A;  5P5G A;  1LF2 A;  5P28 A;  5HTZ A;  5P4J A;  1HTG A;  2P3C A;  4HDF A;  5P56 A;  4OBF A;  2PSU A;  5P3K A;  5P5R A;  1G0V A;  5C9D A;  2FXD A;  4PZX A;  2IL2 A;  1LS5 A;  5P0X A;  1EBZ A;  4X2L A;  3ECG A;  2I4X A;  2I4W A;  1K1T A;  5P6I A;  2QNQ A;  1ODX A;  3NDW A;  5IE1 A;  5P7D A;  1BV9 A;  2QP8 A;  3WZ6 A;  2JJJ A;  4Y47 A;  5SZ9 A;  4DQC A;  1C6Z A;  2NMY A;  2R43 A;  5OZ3 A;  5P06 A;  3ZMG A;  5KAO A;  5OZB A;  2OHN A;  2QD7 A;  4WTU A;  3BXS A;  3EKQ A;  5P5A A;  5AHA A;  3O9C A;  3SAA A;  2HAH A;  4CP7 A;  1AZ5 A;  4Y3N A;  4Y4U A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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