3GGXA

Hiv protease, pseudo-symmetric inhibitors
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords V-1 protease
publication title 2-Pyridyl P1'-substituted symmetry-based human immunodeficiency virus protease inhibitors (A-792611 and A-790742) with potential for convenient dosing and reduced side effects.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D, E, F, G, H
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2009-03-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3ggxA00
5P4ZA 5AHBA 4I0DA 4XX4A 5P0TA 2OHSA 2ZJJA 5P1AA 5TOLA 5P4EA 3N3IA 1HVRA 1W50A 3GGAA 4Y5CA 5P3BA 4BELA 4DJWA 3PI5A 3Q4BA 4CPXA 3SA3A 3ZMGA 3WB4A 4IVTA 1EPME 1W5YA 2AOIA 1FEJC 3HD8A 4HDFA 2AODA 3SACA 4Q1NA 2QI0A 5P3PA 4WY6A 5P2UA 4TRYA 2AVQA 1HTRB 1DP5A 5P28A 3IXKA 3Q3TA 4GMIA 5P0MA 1T6EX 5P4QA 5P64A 5P1FA 1MPPA 5P1OA 5P3QA 4RYGA 4Y39A 3URJA 4Y3AA 2AOHA 5DGWA 5P71A 1NSOA 3SA7A 2QI7A 2AVSA 3O9CA 3FNUA 3GGVA 2IGXA 1EEDP 5SY3A 1B6PA 1RPIA 2HAHA 3O9LB 3EL5A 5P5BA 3O9IA 4YD6A 3EKWA 1QS8A 4D88A 3DM6A 4EXHA 3VSXA 1D4LA 1FQ5A 3N4LA 4Y3FA 3OUDA 3IN4A 1KJHA 3AIDA 2QI1A 4L7JA 3OUBA 3U6AA 3TOHA 5P5EA 4Y9WA 1G0VA 1HEFE 5P6XA 3OU3A 5HE4A 2P4JA 2PWCA 3VEUA 2PWRA 2IKUA 4YBIA 5P7IA 2UPJA 1ZPAA 2G20A 5P79A 5P8GA 2WHHA 4J0YA 3UDRA 3HDKA 4Y51A 4DFGA 3EKYA 4I12A 4ZSMA 3FV3A 5HDUA 5P16A 3O9DA 2ZHRA 3NDTA 3KF0A 1D4IA 5JFPA 4TVHA 3GI0A 2O4LA 2JYSA 2P3BB 5P1MA 2OHNA 3D20A 1GVTA 1K2CA 4YE3A 2O4NA 1LF2A 3U7SA 1HWRA 3D1ZA 3QVIA 1HHPA 5OZ1A 5P41A 3UDQA 4I0GA 4CPTA 3SA8A 1TCXA 2RKGA 5P0KA 3LIQA 3JW2A 4Y4UA 5KAOA 5OZYA 3PBZA 3QRMA 4EJDA 3BUFA 1EC3A 1LYBA 5P34A 5IVRA 2G69A 5P5YA 1B5FA 2HS1A 3OY4A 4EWOA 2QNNA 3FIVA 2ER7E 4ER1E 1XE5A 4D83A 5P12A 5COPA 3PHVA 5P1GA 4LL3A 1NPVA 3SA6A 1HVCA 4R5NA 5P38A 4EJLA 1AXAA 4L1AB 1NH0A 3PMYA 3Q70A 4RCFA 3VYDA 1U8GA 3NLSA 1FKNA 3NU9A 2QHZA 3MXDA 2V0ZC 4XX3A 3ZPUA 1K1TA 5HCTA 5JODA 1FIVA 1OEXA 1W5VA 3O9AA 3QRVA 1LEEA 5P6QA 1K1UA 4CP7A 5P88A 3CIDA 1GVVA 4DPFA 5P2LA 2P3AA 5P31A 5P3LA 2CEMA 2QI3A 2QAKA 5P8CA 5IVQA 1T7IA 1UH9A 1F7AA 5KR1A 3T7XA 4Y4TA 4Y3TA 2NXMA 3S45A 4DJPA 1EBWA 3M9FA 4YD3A 3BVAA 2BBBA 4D85A 3PWWA 3DCKA 2PSGA 3QBFA 1E82E 2R43A 3OOZA 4PEPA 2VJ9A 1ZP8A 5P87A 2FLEA 5UPJA 3NUJA 5HD0A 4AZYA 3I2LA 2AVOA 3K5DA 1K6VA 1LYWB 2ZGAA 1ER8E 4DJXA 1UH8A 3BGCA 4FCOA 1ZJ7A 5P1HA 1PPKE 5OYTA 1W5WA 3TKGA 3KDDA 4PPHA 1GNNA 3DUYA 5P7DA 5OZHA 2I4UA 4COEA 4YCTA 4LBTA 1Q9PA 2IEOA 5P86A 1LYAA 2G94A 3IXOA 3PSUA 5P2NA 4F73A 1C6XA 5P53A 2O4KA 3NXEA 4MC1A 3GGXA 3NU3A 5OYQA 4I0ZA 5P7EA 4Y58A 5P10A 4J1CA 1EBYA 3JVWA 4Y4GA 5OZFA 3IN3A 1APUE 5P1YA 3L5BA 5OYWA 4FIVA 4Y5GA 2R3WA 1AJXA 1LS5A 3IGBA 3PSGA 3BXSA 2AOJA 5P7RA 3UQXA 5OYUA 2WL0A 5IVTA 5P58A 5P72A 3INHA 1YT9A 2R5QA 5P1RA 1C6YA 4Y50A 1UPJA 1TQFA 5P4WA 5P6IA 3R0YA 1EC1A 3LIYA 1IDBA 5P0RA 4BFBA 3TPLA 4D89A 4J55A 4M8YA 5HU0A 2AZBA 4Q1XA 1YG9A 2IKOA 5HDZA 1ZBGA 5P29A 1IVPA 2Q55A 4H3GA 3PB5A 5P3WA 4EPJA 1K6PA 4RRNA 5P46A 2I0DA 3PGIA 5P6GA 3RSXA 4ER2E 3WB5A 1FQ4A 1ZSFA 4QJ8A 3ZLQA 5P7XA 2HM1A 4DPIA 5P5MA 5P0UA 4CPSA 1AM5A 3QBHA 5P0QA 1D4JA 5P2WA 3VV6A 3TPRA 4DJRA 1SDUA 5P67A 5P3MA 2ER0E 5P7NA 5P4IA 2IRZA 3PCZA 1SGUA 1AIDA 5P23A 3ZKXA 1TZSA 4PYVA 3VFBA 5P5RA 2A1EA 3OGPA 1MTRA 5P01A 4OBZA 3S56A 1SIPA 3BRAA 5P5PA 2VJ7A 5JFUA 5OZNA 5P75A 3LZYA 2WEBA 4TVGA 5P0LA 1MESA 2CEJA 1T3RA 3OGQA 5OZ2A 2I1AA 3UQUA 3KN0A 4Y3ZA 3QPJA 3UQWA 1IZHA 2G21A 3K1WA 5P26A 2PQZA 4B70A 2G24A 5P3OA 4FGXA 5OZ6A 4Y48A 5P7OA 1HTGA 3INDA 4GJDA 4EYRA 4J17A 3LZVA 3QROA 4DH6A 5P7CA 1YX9A 3RTHA 5P2ZA 5OZRA 3I25A 2IQGA 1HTEA 5P44A 2OHUA 1VIJA 2Q3KA 9HVPA 2ANLA 2QMPA 1XN2A 3NWQA 2VJ6A 3QRSA 7UPJA 5P39A 3OQDA 3O99A 3KYRA 1APTE 4B1EA 2VA5A 2OHQA 1LV1A 4QJ9A 1GVWA 1AJVA 5OZLA 5P2TA 4J0ZA 3EM6A 4A6BA 4J1EA 4GJCA 3T6IA 4GJBA 1K6TA 4NJSA 3TOGA 3NU6A 5P4VA 2QI5A 1MSNA 5P03A 4QJAA 4Y38A 4OBKA 3K4VC 1ME6A 3PJ6A 3R4BA 3H0BA 5P4HA 1PSAA 2BPWA 2AVVA 5J25A 1D4SA 4Y5KA 1W5XA 2QZKA 4PHVA 2EWYA 5P32A 5CONA 5P70A 2HS2A 1TW7A 1IZDA 4TRWA 2QK5A 5P4LA 3RSVA 5P82A 4Q1YA 5F00A 4FRSA 4Y35A 2F3EA 4GIDA 4YHQA 5P61A 5P7YA 5P8KA 4ACUA 3QI1A 2QNPA 1UH7A 2ZJMA 5OYXA 5P2QA 4Z4XA 4CKUA 5P1QA 3SFCA 5P59A 3NWXA 3QIHA 5P1JA 5P74A 5P5WA 5OYZA 2OAHA 5KR2A 1EPRE 4J1KA 2I4VA 2Q15A 4FRIA 4Y5MA 7HVPA 3PMUA 4RGHA 2WEZA 1C6ZA 4Y3PA 4U8WA 4HZTA 5HTZA 3OUDB 5AH9A 5OYVA 4QLHA 4K4PA 1IZIA 4MC2A 3KFSA 2WF0A 4XXSA 2ZJLA 1FF0C 5PEPA 4DUSA 3TOFA 2XYEA 3PBDA 4FSLA 1EPLE 1OD1A 5P7GA 4ZSPA 3HBOA 4GZFA 2BKSA 5KQFA 1DMPA 2OHTA 3EL1A 1SDTA 4ACXA 4AMTA 4ER4E 5P60A 5DPZA 2UXZA 3CIBA 4FS4A 5P0IA 1BDLA 2IDWA 5OZMA 3I8WA 1MT8A 3OQFA 5P09A 5P25A 4BEKA 5P3HA 4CPRA 5P8SA 5P4FA 3R2FA 2B8VA 3LINA 5P68A 3OU1A 3NXNA 1MUIA 1DPJA 3L5EA 3OUAA 5P5CA 3O9HA 1MT7A 2V12C 4H1EA 2RKFA 3LIXA 5P0CA 3NYGA 2F3FA 3TH9A 5P8IA 3ZKQA 2CENA 2G1RA 5P3DA 3KDBA 1BVEA 1LYBB 2PH6A 1YTIA 1MRXA 3UDPA 1ENTE 1RL8A 5OZBA 3UPJA 3PLDA 5P13A 1PSNA 3R1GB 4Y3YA 4F75A 2ER6E 3EM4A 3OTSA 3EKVA 2FDPA 4YCYA 1QDMA 3DJKA 4Y5PA 1D4KA 3ZKIA 3BUHA 3ZKSA 4B77A 1SMEA 4HDBA 1FMBA 2R8NA 2A4FA 3OU4A 2ZHSA 3ZPTA 1BXOA 3T11A 3IXJA 2ZJIA 5P14A 2AQUA 4X2LA 3QP0A 8HVPA 1EPOE 2PK5A 2J9JA 4ZE6A 4ZPEA 2AOGA 3OQKA 1YM2A 3S85A 1SDVA 3ZPSA 3HZCA 1YM4A 3BHEA 5P2VA 3EL4A 1HSGA 1OHRA 5P3VA 5P7AA 4ZLSA 4APEA 5P1KA 3KDCA 1BAIA 5AGZA 4K4RA 5OZQA 5P33A 2G1OA 3DCRA 5P42A 3Q5HA 5P5IA 2Q54A 3SA9A 1WBMA 1BDQA 3Q6YA 4YBFA 2AZ8A 4F76A 3H5BA 3OOTA 1E80E 5C9BA 2VA7A 2XFIA 5P4SA 2WEAA 1FQ8A 1HSIA 2G26A 1XL2A 4FAFA 4Y57A 3PLLA 2IS0A 1T7KA 1HVJA 2BPVA 2QI4A 3IA9A 4DQGA 1FQXA 4HDPA 3EKPA 5P4NA 4Y37A 2R9BA 3VYEA 5KOQA 4J5JA 4I8ZA 4R8YA 2RMPA 5OYSA 3NR6A 4JPCA 5P0NA 2HPFA 1HIVA 2VS2A 5KQZA 1ODWA 3GGUA 4RVJA 4QJ7A 1BV7A 1LYAB 3IAWA 5DR1A 4Y4DA 1GVUA 3S54A 3SQFA 3O9LA 4OBJA 1QRPE 4EJ8A 5P22A 5KQYA 1ZAPA 3SM2A 5P7UA 3K5CA 5HDXA 5P65A 5OZ7A 5AHCA 3OADA 5P2DA 5P0AA 4DQCA 3ST5A 4B72A 3C9XA 4B1CA 3DK1A 3UDHA 4OBGA 4B0QA 4I0JA 4RRSA 5P06A 4WTUA 4DQHA 4FE6A 1EC0A 5P5OA 3PWMA 5P2CA 3D1YA 3BC4A 3A2OA 3S43B 3NDUA 5OZ3A 4R91A 3L38A 2FNTA 5AH7A 5P3UA 3UFNA 3MWSA 5ISJA 4ZIPA 3FNSA 1A8GA 2BB9A 3S53A 2WF2A 2WEDA 4YCKA 2O40A 3K4VA 5IE1A 3OAGA 5P0BA 2NPHA 3KFRA 5P3YA 5P4PA 2HC0A 1PSOE 3OXXA 4H3FA 4Y4EA 2JJJA 3EC0A 2OHLA 1SMRA 2AOCA 5P17A 1E5OE 4GJAA 5P6JA 5F01A 5P3GA 1M0BA 5P37A 5P6UA 4L6BA 3KMXA 4CMSA 4FAEA 2QNQA 2ZE1A 3NUOA 3OHHA 5HDVA 4JECA 4FLGA 5HE5A 4Y53A 3PWRA 2JJIA 3HVGA 4YDFA 4F74A 5CLMA 5P1UA 2Q11A 1APWE 2HB2A 3EKXA 2XFKA 2QHCA 2Q5KA 2P3CA 5P8HA 3L59A 5P8RA 1MRWA 2VNNA 4NPTA 1N49A 1PROA 3QS1A 1AVFA 5P4AA 3O9EA 3KT5A 3L3AA 5P4JA 5ENMA 5P6FA 5P7KA 5P2BA 4B00A 1HVLA 3MSJA 2WF3A 3K5FA 4NPUA 4DJYA 4DQEA 3G70A 5P4XA 3IVIA 3G72A 4YOBA 5OZUA 5P0OA 3WZ8A 3UQRA 1HRNA 5P0PA 5P2HA 4YA8A 5P6BA 1TCWA 1K2BA 3CMSA 4WY1A 5P19A 3HLOA 5P2SA 5P3KA 2PSVA 2NTRA 5P7BA 2WF1A 5C9FA 3BGBA 3HVPA 1HEGE 3ECGA 2VIZA 3L5DA 3VV7A 1RNEA 2AOEA 2JXRA 4MC9A 4TRZA 1T7JA 5OYRA 2VKMA 5P3TA 2G1SA 5KR8A 4Y3SA 6UPJA 5P7HA 3UFLA 4K8SA 5OZVA 2O4PA 4NJTA 3VSWA 5P2JA 5P3AA 5OZ9A 4DJUA 1CPIA 2FNSA 4FRJA 5IVSA 1XS7D 2IGYA 5P76A 5P7LA 1XE6A 3NDWA 2QHYA 5P52A 1XL5A 1MT9A 5P6DA 5P3JA 3DOXA 1LF3A 4Y5EA 2FDDA 4DJOA 4QGIA 5P3FA 4NJUA 5P0SA 3CYXA 5HU1A 2PMAA 1HPXA 4J1FA 4Y4ZA 3APRE 3RU1A 3LIZA 4M8XA 5P5FA 2PH8A 4Y3LA 1M43A 1XDHA 3QVCA 1VIKA 5P36A 4N00A 1EPNE 4RYCA 5P62A 4OC6A 4Y3XA 3DV5A 1G6LA 1NPAA 2G27A 4FRKA 4YD7A 3T7PA 3KM4A 5P56A 4I0FA 1FG8C 1CZIE 3HW1A 3OK9A 4Y4AA 3NU4A 4DQFA 5DR7A 1QBTA 1BILA 5P6WA 4Y3RA 1FB7A 1FMUA 3UDYA 5P4GA 1D4HA 5P4OA 4K9HA 5P1NA 3UDKA 3SABA 3O9BA 5P45A 1BWAA 1IIQA 1SBGA 5SXNA 4CPUA 2B8LA 5P6ZA 4AA8A 1EAGA 1RQ9A 3WSJA 5P6YA 2WF4A 2NNPA 5DQ1A 3TPPA 2OHPA 3GI5A 3APPA 2J9KA 5P0WA 5KR0A 3TNEA 4LC7A 4FM8A 5DQCA 4HA5A 4R93A 3IVHA 5OZCA 4JOOA 5P6VA 4S1GA 3KFPA 3L5CA 2ER9E 1FG6C 1DIFA 3SLZA 5P6MA 1A30A 2AVMA 1KJ4A 2QZWA 3PEPA 2PYNA 2F80A 5P6CA 5P3NA 2VIJA 3LZSA 5P7FA 1WBKA 2I4WA 5P5TA 4GYEA 1YTHA 1ZLFA 3QAAA 5P4CA 5P8QA 3T3CA 1BDRA 5BS4A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P4Z A;  5AHB A;  4I0D A;  4XX4 A;  5P0T A;  2OHS A;  2ZJJ A;  5P1A A;  5TOL A;  5P4E A;  3N3I A;  1HVR A;  1W50 A;  3GGA A;  4Y5C A;  5P3B A;  4BEL A;  4DJW A;  3PI5 A;  3Q4B A;  4CPX A;  3SA3 A;  3ZMG A;  3WB4 A;  4IVT A;  1EPM E;  1W5Y A;  2AOI A;  1FEJ C;  3HD8 A;  4HDF A;  2AOD A;  3SAC A;  4Q1N A;  2QI0 A;  5P3P A;  4WY6 A;  5P2U A;  4TRY A;  2AVQ A;  1HTR B;  1DP5 A;  5P28 A;  3IXK A;  3Q3T A;  4GMI A;  5P0M A;  1T6E X;  5P4Q A;  5P64 A;  5P1F A;  1MPP A;  5P1O A;  5P3Q A;  4RYG A;  4Y39 A;  3URJ A;  4Y3A A;  2AOH A;  5DGW A;  5P71 A;  1NSO A;  3SA7 A;  2QI7 A;  2AVS A;  3O9C A;  3FNU A;  3GGV A;  2IGX A;  1EED P;  5SY3 A;  1B6P A;  1RPI A;  2HAH A;  3O9L B;  3EL5 A;  5P5B A;  3O9I A;  4YD6 A;  3EKW A;  1QS8 A;  4D88 A;  3DM6 A;  4EXH A;  3VSX A;  1D4L A;  1FQ5 A;  3N4L A;  4Y3F A;  3OUD A;  3IN4 A;  1KJH A;  3AID A;  2QI1 A;  4L7J A;  3OUB A;  3U6A A;  3TOH A;  5P5E A;  4Y9W A;  1G0V A;  1HEF E;  5P6X A;  3OU3 A;  5HE4 A;  2P4J A;  2PWC A;  3VEU A;  2PWR A;  2IKU A;  4YBI A;  5P7I A;  2UPJ A;  1ZPA A;  2G20 A;  5P79 A;  5P8G A;  2WHH A;  4J0Y A;  3UDR A;  3HDK A;  4Y51 A;  4DFG A;  3EKY A;  4I12 A;  4ZSM A;  3FV3 A;  5HDU A;  5P16 A;  3O9D A;  2ZHR A;  3NDT A;  3KF0 A;  1D4I A;  5JFP A;  4TVH A;  3GI0 A;  2O4L A;  2JYS A;  2P3B B;  5P1M A;  2OHN A;  3D20 A;  1GVT A;  1K2C A;  4YE3 A;  2O4N A;  1LF2 A;  3U7S A;  1HWR A;  3D1Z A;  3QVI A;  1HHP A;  5OZ1 A;  5P41 A;  3UDQ A;  4I0G A;  4CPT A;  3SA8 A;  1TCX A;  2RKG A;  5P0K A;  3LIQ A;  3JW2 A;  4Y4U A;  5KAO A;  5OZY A;  3PBZ A;  3QRM A;  4EJD A;  3BUF A;  1EC3 A;  1LYB A;  5P34 A;  5IVR A;  2G69 A;  5P5Y A;  1B5F A;  2HS1 A;  3OY4 A;  4EWO A;  2QNN A;  3FIV A;  2ER7 E;  4ER1 E;  1XE5 A;  4D83 A;  5P12 A;  5COP A;  3PHV A;  5P1G A;  4LL3 A;  1NPV A;  3SA6 A;  1HVC A;  4R5N A;  5P38 A;  4EJL A;  1AXA A;  4L1A B;  1NH0 A;  3PMY A;  3Q70 A;  4RCF A;  3VYD A;  1U8G A;  3NLS A;  1FKN A;  3NU9 A;  2QHZ A;  3MXD A;  2V0Z C;  4XX3 A;  3ZPU A;  1K1T A;  5HCT A;  5JOD A;  1FIV A;  1OEX A;  1W5V A;  3O9A A;  3QRV A;  1LEE A;  5P6Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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