2G69A

Structure of unliganded hiv-1 protease f53l mutant
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGLIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords protease
publication title Mechanism of Drug Resistance Revealed by the Crystal Structure of the Unliganded HIV-1 Protease with F53L Mutation.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 3.4.23.16: HIV-1 retropepsin.
pdb deposition date 2006-02-24

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2g69A00
5OZ9A 3IVIA 5P2MA 2FNSA 5P13A 4Y39A 1FLHA 4AUCA 2NXDA 1F34A 3SA8A 3SA6A 2P3DA 5P4WA 4Y3SA 3T6IA 3PCZA 1BBSA 5P4UA 4Y45A 5HDVA 2PK5A 3UDQA 5P1FA 3ZPSA 1SMRA 3EL9A 1LYWB 5KR8A 5DR3A 3LPIA 2IQGA 1TCXA 5P3DA 4DJYA 3INFA 4I10A 5P0EA 5P64A 5P2EA 3S8IA 4OC6B 5P3IA 3VV6A 1HPOA 5P5CA 4HE9A 2P3CA 2QP8A 5P0AA 4J0VA 4WTUA 5CLMA 2V0ZC 5P2UA 5J25A 4Y4DA 3O9GA 1SMEA 5P7CA 4S1GA 4DFGA 3K5DA 1QBRA 1IVQA 1M4HA 2AVSA 2APRA 3KF0A 3LIYA 2Z4OA 4E43A 4I1CA 5P3LA 2F3EA 5P3WA 1K6TA 5P2IA 2PQZA 3EL0A 2F81A 4I8WA 4CPXA 1C70A 5TOLA 5P15A 1HVIA 1TW7A 3WSJA 4YHQA 1HPSA 4QGIA 5P8KA 1SDVA 4RGHA 3LZVA 2P3BB 3EM3A 2VNMA 2QI1A 4Y3MA 5P6JA 5P4XA 5P0GA 2QMFA 1Z8CA 1ZPKA 5P4YA 1B6LA 5P28A 3IXKA 3NWQA 2F3KA 2I0DA 3A2OA 2IKOA 1NPVA 1YTGA 4EXGA 5P67A 1UH8A 1K1UA 1KJ7A 1EC3A 3GGAA 4JECA 2IRZA 5P8RA 1FFFC 5P8HA 4D89A 4FS4A 5P5VA 4EJ8A 1XDHA 4IVSA 5P48A 1ZBGA 1W5XA 3OOZA 4Y48A 5EZXA 3G6ZA 4KB9A 3CKPA 2QI0A 2OF0A 4DI2A 3S54A 3APRE 5P4PA 3MXEA 1SGZA 4L6BA 1LYAA 5P75A 3ZMGA 3EL5A 1HIHA 3U7SA 5P73A 5P2JA 5OZPA 1FQXA 3TTPA 3O9DA 4Y3JA 4LHHA 2PWCA 4YE3A 5P0ZA 5P5FA 1NSOA 2BPWA 4TVGA 3TH9A 5OZVA 2NTRA 2FXEA 4I0IA 3FIVA 2HPFA 3SKGA 3URIA 3ZKMA 3OU1B 3S7LA 3INHA 4Y3ZA 4DJQA 8HVPA 3KFPA 1EPPE 2QZXA 2OHKA 3TPPA 3CICA 5P0BA 1IDAA 5T4SA 1TSQA 3IN3A 2QZKA 5P11A 4A4QA 4I0DA 4ZSRA 4MC2A 5OZQA 5P7BA 6FIVA 5P6TA 3RVIA 1YX9A 3OUDA 4Y4EA 4OBFA 4M8YA 5P0VA 5P6EA 2QMDA 3OTSA 4CMSA 3VF3A 3RTMA 3PMYA 4ZSPA 2Q15A 3VSWA 2FGUA 5P19A 5P0FA 5AHAA 1ZJ7A 1BWAA 4R8YA 1GNOA 1KJHA 1EAGA 5P7SA 5P5KA 1Z1RA 1T6EX 2OHNA 3URLA 5JG1A 3WZ7A 1G2KA 5P0YA 4H1EA 5OZFA 3LINA 5P5UA 2AOCA 4CPWA 1YTJA 4ZSQA 4Y4AA 1MUIA 4FM8A 1D4SA 4J55A 1D4IA 4CPQA 3HVPA 1ODXA 3LIXA 1NPWA 5SZ9A 5OZ3A 4RROA 3TPLA 3DV5A 2NR6A 3SA5A 4LL3A 3LNKA 3KM4A 3ZKNA 1A8KA 1HIIA 3OUAA 1T7JA 4YD4A 2QI3A 3WB5A 4D8CA 5KQXA 5P8NA 3UDJA 2QK5A 5P09A 5P8TA 5P79A 3L3AA 3O9LB 4Y43A 5P3KA 5P6CA 3OUCA 3O9IA 1FMUA 1CMSA 5P0TA 2G1SA 1ZTZA 5OZTA 5P16A 3INEA 3ZKSA 4B00A 1AM5A 4JP9A 1HEFE 4PHVA 5P25A 3D1ZA 3DM6A 1VIJA 5OZ6A 5JODA 5P0SA 3BRAA 1ZSRA 4Y3DA 2ANLA 3HZCA 4Y35A 3VF5A 2FDDA 3O9BA 5P5EA 4R5NA 3UDPA 5HVPA 5P2HA 1B6MA 2AOJA 3OGPA 5P4HA 4L1AA 4Y58A 4FM6A 5E5JA 5KQFA 1IIQA 5P87A 3NUJA 3GI5A 4Y5AA 1KJ4A 4Y3TA 5OZOA 4XX3A 3KFSA 3VYEA 4FSEA 5P8IA 5P7PA 1MRXA 2IL2A 5P2YA 3BXSA 4DQBA 1HVKA 1HPXA 4Y4TA 3TKWA 4PPHA 4F76A 1FG6C 1GVVA 1K6PA 5SY2A 5P60A 2QZLA 3KFNA 2F3FA 1NPAA 3UCBA 3SQFA 5P3ZA 5P3EA 2ZHUA 3U6AA 5IVQA 3NDTA 2AOFA 4PZXA 2HPEA 4FIVA 2VA7A 3PSGA 2F80A 5P65A 2RKFA 4DJWA 2AOIA 5F00A 5P6YA 5P3GA 5P4KA 5P89A 5HU0A 1XN2A 4YOBA 1FF0C 4X2LA 5P56A 4Z2ZA 4FSLA 3B80A 4EJDA 1MT8A 4ER4E 5P2VA 5P74A 3SM1A 5IVRA 4GJ7A 1W6IA 4B1CA 2PH8A 2B7ZA 4OBHA 2WF1A 3PWRA 4ACUA 4Y3FA 4Y4BA 2BKTA 2O4PA 2QI4A 4K8SA 5ISJA 3PEPA 1BAIA 3CKRA 2O4LA 1OEWA 5C9BA 1W51A 3PGIA 2J9KA 5P4TA 5P4OA 3GI0A 5OZ5A 5P8MA 4FL8A 5P47A 1IZHA 2QAKA 4QJ2A 5IVTA 3SO9A 1APWE 3VV7A 5P66A 5P33A 5P6OA 1FEJC 4JPEA 5APRE 3O9HA 4RYGA 2B60A 1RNEA 3OQAA 4Y3RA 5P2XA 5P4RA 1OHRA 4ZE6A 3UQRA 1HVHA 4WY6A 5AH7A 5P0MA 3UPJA 5P2GA 5P2TA 5DGWA 3F9QA 3L5CA 5OZ7A 1SP5A 2G21A 4FRJA 4F74A 5OZNA 2NNPA 4Z22A 3LIVA 1B5FB 3PWWA 2OHRA 3IXOA 3EBZA 4Y3LA 3TOGA 1RQ9A 3O9EA 4NJTA 5OZMA 4R93A 2R43A 5P4CA 1BIMA 1XE5A 1GNMA 1HVRA 2WF4A 4YD7A 1EEDP 1HOSA 3K1WA 1EPQE 2HS2A 3TLHA 1EC0A 5P5TA 4Y4ZA 1CPIA 2IS0A 4Q1NA 3T7XA 1AZ5A 5DQ5A 3OADB 5P14A 5P37A 2QZWA 3HW1A 5DQ4A 4Y51A 3L5DA 3GI4A 4DPIA 2V00A 5P0NA 3RTHA 5P5IA 5OZXA 3WB4A 1C6YA 3L38A 4BFDA 1PSNA 9HVPA 4RCFA 3PBZA 4F75A 2NXMA 4CPUA 2G1OA 2OHMA 4R91A 5P3XA 5P3SA 3PJ6A 4RYCA 4CPRA 5P3QA 5P7JA 6UPJA 5ER2E 4IVTA 2NPHA 4Y4JA 2QMGA 3CKTA 2ZE1A 3R1GB 4ACXA 1EPRE 1GKTA 5HD0A 1GVTA 2R3WA 2ZJLA 1XN3A 5P6AA 3JVYA 1LF4A 3EMYA 2I4DA 2AVMA 5P6LA 5PEPA 3Q3TA 4PEPA 3QBHA 5IE1A 4APRE 2VIYA 2ZHVA 3EL4A 4DH6A 1LF3A 4H3JA 5P4QA 4GYEA 1GVXA 2FNTA 5P4EA 5P6FA 1GVWA 1ZSFA 4Y3EA 3TL9A 3EKYA 2HB4A 3QVCA 1U8GA 4DVFA 6APRE 3EKPA 1JLDA 2G24A 2G69A 4HLAA 2ZJMA 1QBUA 4HDFA 3KT5A 4HDBA 1AVFA 3DCKA 3EC0A 2ER9E 4B05A 5P4ZA 1K2CA 3IA9A 4LXKA 4ZEAA 4J0YA 4Y57A 4FE6A 3WZ6A 1A30A 2J9JA 3FNUA 5P06A 3D1YA 2RSPA 1META 4RZ1A 5OZUA 2I4VA 2AZ8A 2FGVA 5P6DA 3Q5HA 3I2LA 4ZSMA 5P5OA 2R3TA 3ZKXA 5P3TA 3O9CA 2BPYA 4Q5MA 1IZEA 5IS4A 4J0TA 5P1WA 3UF3A 3EM6A 5P7NA 3PSUA 3ZKGA 5P84A 5P1OA 5P3UA 2QI7A 1LYBA 3OAGA 3TPJA 1XS7D 4YD3A 5P3OA 4KE0A 3K4VC 4PYVA 2QMPA 4GIDA 3QN8A 1LS5A 5P03A 1RPIA 1SIPA 3ECGA 4DQGA 1M0BA 1RV7A 5P6QA 1WBMA 5OYQA 3SA7A 3L59A 1HIVA 3ZKIA 5BWYA 3UDRA 3PM4A 3LZSA 3C9XA 3PLLA 4RVIA 1AJVA 5P2FA 4D85A 4Y9WA 4OD9B 1EC2A 2I1AA 4X7IA 5EZZA 4EJLA 3S56A 1G0VA 1SH9A 3S7MA 1T7IA 1IZDA 3O9FA 5P4JA 5P0XA 2Q64A 3AUPA 4COEA 5P1ZA 3UFNA 3INDA 3L5BA 4Y6MA 2AZ9A 4A6BA 1MRWA 5OZJA 1HTFA 4WY1A 1FQ7A 4YBFA 4ZIPA 1QBTA 1G35A 4K4QA 3NWXA 2QCIA 4L7JA 4YD5A 4Y36A 5P3PA 1T3RA 1GVUA 2HB3A 5P6BA 3SM2A 3DOXA 5P2SA 5P00A 2PYNA 3BGCA 2UPJA 1QDMA 3TKGA 5P58A 5P8VA 3R4BA 2Q55A 5P1RA 1M43A 2Q3KA 3EXOA 4EQ0A 5SXNA 1EPME 1HXWA 3O99A 2VJ7A 4YOAA 5P1AA 4HEGA 2B8VA 2VA5A 5OZAA 5P70A 3KMXA 1PPKE 3U71A 5P7UA 3K5GA 4Y37A 2UXZA 3ER3E 3NSHA 5IVSA 5P69A 3QP0A 1BXOA 3BUHA 3EKWA 3VV8A 2PH6A 2XFIA 4AMTA 1MTRA 4Z50A 4DUSA 3BC4A 2A4FA 5P0OA 5P68A 4TRZA 4ER1E 3R2FA 5P8AA 4K9HA 4QJ6A 5DQCA 2P83A 4Y4UA 1ER8E 4QLHA 5P12A 5AH8A 2G94A 4B1EA 1HXBA 3UDKA 3VYFA 3NU4A 1BVGA 5AH6A 1HTGA 5P41A 3KN0A 4OBZA 2BKSA 4YD6A 4DJPA 1EBYA 4TVHA 4GJAA 1SDUA 5DPZA 1EBWA 5COOA 3TNEA 3OWNA 2AVVA 5P0LA 5P44A 5P1VA 5P57A 3MSJA 3QI1A 4EYRA 3B7VA 3JW2A 5OZIA 4FRIA 5B18A 3EM4A 5P5PA 3OXXA 4GJ6A 5P1QA 5P6VA 2BPXA 4Y3XA 2ER0E 5P8DA 1LEEA 1TSUA 3BVBA 4OBGA 5COKA 1G6LA 2VNNA 1HSIA 5AHBA 3NR6A 1IZIA 5P1MA 3QS1A 2V11C 3VLBA 3S43A 4Y5EA 5P7ZA 4DJUA 4DQEA 5P4VA 2R5PA 1HHPA 3AIDA 4Y44A 2O4NA 2OAHA 1BILA 4Y3QA 1K1TA 5OZGA 2I4QA 2IEOA 5DR8A 5P5LA 5P2OA 5P3NA 3PLDA 3CIDA 2I4WA 5P2BA 7HVPA 2QU3A 4YCYA 5KR2A 3NUOA 1AIDA 3H0BA 5P10A 3QPJA 3OGQA 2QHCA 3IAWA 1LYWA 3KDDA 3OHFA 1PSOE 4Y4WA 1BV7A 5P4SA 2V13A 5P2ZA 3APPA 1W5YA 3OU4B 4Y50A 5OYYA 3UQXA 2MIPA 3QROA 5P62A 3O9AA 4UPJA 5P1GA 4LXMA 5OZWA 1YT9A 4OC6A 2AVQA 4Y54A 4QJAA 5P5HA 5P45A 3KYRA 5P4AA 3GI6A 5P5JA 4EP3A 5I3XA 2R38A 1HBVA 4U7QA 5P38A 2OHPA 4LP9A 3BHEA 4NKKA 3Q70A 5OYWA 5OZBA 5P7AA 4CP7A 2QHZA 2A1EA 2JE4A 5P2QA 4CPSA 2IGYA 4Y5NA 5SY3A 4DJRA 4Y3GA 3OTYA 2VJ6A 2VKMA 5P2NA 2OHQA 3GGXA 2AOGA 2BPZA 1QBSA 5I3YA 5P7VA 4I0JA 2WEAA 2WJOA 4LC7A 5DGUA 2NNKA 5P1CA 5P6SA 5P7KA 3EL1A 1BWBA 3DUYA 5P7MA 1VIKA 2P3BA 5P61A 5P7LA 1B6PA 1N49A 3NU9A 4Q1WA 5P0WA 3PCWA 1DPJA 3PSYA 1D4YA 5P04A 5P3AA 4A6CA 5HCTA 5P30A 3ZPTA 1AXAA 5P7HA 1D4HA 2PK6A 4NPUA 1WKRA 1XL2A 3QAAA 3SPKA 5OZZA 5AHCA 1APTE 1J71A 5P1EA 3VCMA 3T7PA 1NH0A 1LYAB 1YM4A 3OXVA 3S45A 1APUE 3RU1A 5DR4A 4GJ8A 4Y3WA 5P0KA 3BUFA 4J0PA 2BPVA 5JFUA 3GW5A 5P63A 3OQKA 1IVPA 2IENA 3TOHA 4DV9A 1ZP8A 5P72A 1T7KA 2RENA 1CZIE 4BEKA 4AZYA 4GMIA 3WZ8A 4ZPFA 1HSHA 1TCWA 2FMBA 1IDBA 2WF2A 4J1HA 3QIHA 2B7FA 5P2RA 3HAWA 1ME6A 1MSMA 3ZPUA 5P88A 4KUPA 5P1IA 2IKUA 2WEBA 4I0EA 5P4BA 4ZLSA 4NPTA 4Y3YA 1EBKC 3OU1A 5P85A 3I8WA 5P0UA 3BXRA 3PBDA 5P6RA 3UFLA 5P1TA 5P4IA 2ZHTA 3DV1A 3OXCA 4Y5GA 2AIDA 3OUDB 2Q11A 5HDUA 5P08A 3I25A 3EKXA 4DQFA 2VIEA 4B70A 5P7OA 2XYEA 5I3VA 3SKFA 2NXLA 2WF3A 5OYUA 3UTLA 3EKVA 5P4LA 2WEDA 3UHLA 3VUCA 4Y5KA 3N3IA 1LZQA 1A94A 3HBOA 1FQ5A 5OZCA 2I4XA 2ZJJA 4EHCA 5P55A 3NDUA 3PMUA 4DJXA 3FKTA 4EQJA 3G72A 4FRKA 2B8LA 2HM1A 3M9FA 2SAMA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZ9 A;  3IVI A;  5P2M A;  2FNS A;  5P13 A;  4Y39 A;  1FLH A;  4AUC A;  2NXD A;  1F34 A;  3SA8 A;  3SA6 A;  2P3D A;  5P4W A;  4Y3S A;  3T6I A;  3PCZ A;  1BBS A;  5P4U A;  4Y45 A;  5HDV A;  2PK5 A;  3UDQ A;  5P1F A;  3ZPS A;  1SMR A;  3EL9 A;  1LYW B;  5KR8 A;  5DR3 A;  3LPI A;  2IQG A;  1TCX A;  5P3D A;  4DJY A;  3INF A;  4I10 A;  5P0E A;  5P64 A;  5P2E A;  3S8I A;  4OC6 B;  5P3I A;  3VV6 A;  1HPO A;  5P5C A;  4HE9 A;  2P3C A;  2QP8 A;  5P0A A;  4J0V A;  4WTU A;  5CLM A;  2V0Z C;  5P2U A;  5J25 A;  4Y4D A;  3O9G A;  1SME A;  5P7C A;  4S1G A;  4DFG A;  3K5D A;  1QBR A;  1IVQ A;  1M4H A;  2AVS A;  2APR A;  3KF0 A;  3LIY A;  2Z4O A;  4E43 A;  4I1C A;  5P3L A;  2F3E A;  5P3W A;  1K6T A;  5P2I A;  2PQZ A;  3EL0 A;  2F81 A;  4I8W A;  4CPX A;  1C70 A;  5TOL A;  5P15 A;  1HVI A;  1TW7 A;  3WSJ A;  4YHQ A;  1HPS A;  4QGI A;  5P8K A;  1SDV A;  4RGH A;  3LZV A;  2P3B B;  3EM3 A;  2VNM A;  2QI1 A;  4Y3M A;  5P6J A;  5P4X A;  5P0G A;  2QMF A;  1Z8C A;  1ZPK A;  5P4Y A;  1B6L A;  5P28 A;  3IXK A;  3NWQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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