3NDUA

Hiv-1 protease saquinavir:ritonavir 1:5 complex structure
Total Genus 19
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
19
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVIEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIIIEIAGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Investigation of 2-Fold Disorder of Inhibitors and Relative Potency by Crystallizations of HIV-1 Protease in Ritonavir and Saquinavir Mixtures
doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 19
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B, C, D
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-06-08

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3nduA00
5P0CA 1E5OE 5P4MA 3ZLQA 4GJCA 2WJOA 4QLHA 4Y6MA 5OZSA 4I0JA 3PWMA 4DPFA 4OBZA 4J0ZA 4Y3ZA 1DPJA 1PPKE 4Y5MA 5P8CA 3GGUA 4QGIA 5P6IA 2H6TA 5P54A 5J25A 1F7AA 1FQ5A 4YD5A 5AH7A 5P1WA 5P2LA 1ENTE 4OBKA 1XL2A 2JJIA 2RKFA 5P3TA 3SA6A 2O4LA 3NSHA 2IGYA 5OZ6A 2J9JB 3MXEA 2WECA 3EM4A 4Q1YA 3I25A 3HVPA 3I7EA 5IVSA 1AM5A 4RYGA 1IBQA 4WY1A 1KZKA 1SP5A 4FRJA 4I8ZA 5P3BA 2FNTA 5P4IA 1FEJC 5P2AA 4F75A 5P6WA 4M8XA 3OUDB 1FFFC 4AUCA 1HHPA 5P5JA 2VS2A 2XFIA 3R1GB 5P3XA 5P3FA 3B7VA 1IVPA 4FRKA 4BFBA 3GW5A 1PSNA 1HBVA 4DV9A 5P76A 3URLA 2ZHUA 3QBFA 5P3EA 2IS0A 4XKXA 2R38A 5P1JA 3ZKXA 1PROA 5P6EA 2Q3KA 2P83A 1RNEA 5P8QA 4EJLA 4GJ6A 9HVPA 5AGZA 1B6LA 5JODA 1G2KA 5HE7A 5P55A 3NUOA 3PHVA 4GJDA 5P8BA 3O9GA 1FG8C 3S56A 1C6YA 4KE1A 7HVPA 2IGXA 3GGVA 4L1AB 2NMYA 5P3QA 3RTMA 5P6CA 2G1RA 3GI5A 5KQFA 3SM2A 3WZ8A 7UPJA 2XFJA 3JVYA 2FDPA 3OUBA 3G70A 2G21A 1A94A 3S8IA 2Q54A 5KR2A 3LNKA 2CEMA 4Q1WA 5P02A 2EWYA 5P34A 5OZBA 4HEGA 5APRE 5UPJA 3ZMGA 5OZTA 5KR0A 5P06A 5OZMA 1K6PA 3ZKMA 1LYBA 4L7GA 3KYRA 1TSUA 4I0FA 8HVPA 5HTZA 1FF0C 3LITA 5P72A 3UDRA 3ZKNA 1A9MA 3QRSA 2P4JA 3UDKA 3PWWA 3O9DA 2ZHTA 5P8MA 4DQFA 1RPIA 3TPJA 1GVVA 2VIJA 3PSUA 1HVSA 2V11C 1Q9PA 3HVGA 1OEXA 2XYEA 1BIMA 3QVCA 4EXHA 5OZPA 4DQCA 3TOFA 3PWRA 2ZDZA 2UXZA 4QJAA 3QVIA 1YT9A 5OZAA 5DPZA 5P20A 4DVFA 1IZEA 3UHLA 5P88A 3ST5A 1MRWA 3FNSA 2QD7A 3UFLA 2AVQA 4NPUA 4K8SA 2QHYA 3K4VC 3QRVA 4Y3TA 3ZOVA 1HOSA 3R4BA 1W5WA 4CPTA 2FDDA 4YD4A 5P04A 3SA4A 1LZQA 4TRZA 1HEGE 4YE3A 3WB5A 5P3NA 5KOSA 2QMPA 3APRE 5P30A 3PJ6A 1BBSA 3NU3A 5P45A 3UQRA 3SAAA 2WKZA 4X7IA 3Q3TA 5DR1A 2WEZA 2VKMA 4Q1XA 4H1EA 1UPJA 2AVSA 2R5PA 5P0HA 3SA9A 5P29A 4ZE6A 3KT5A 3LHGA 4Y4TA 4Y4AA 4YD7A 2WF3A 3EKYA 1QBTA 3UDMA 2NPHA 1ZAPA 3CYXA 4AMTA 2UPJA 5HCTA 2Q64A 5P28A 5P4RA 5P7FA 1ZBGA 5P2JA 5P7PA 5SY2A 5P5YA 2ER6E 2PQZA 4J55A 1ZTZA 2PH6A 3OU1A 5P2RA 4DJYA 4DPIA 3HBOA 5IVQA 2WEAA 4YOBA 5P3PA 3TOHA 3EKPA 2OAHA 1W6HA 5P25A 1W5YA 1KJGA 2Q55A 3IVIA 2V16C 2QI4A 5P1SA 5P4GA 4FAFA 3QP0A 4Y50A 1HTRB 5DR8A 5P3JA 1APTE 1ER8E 5P00A 2ZJLA 5DGUA 3F9QA 4OBHA 5P8RA 4OBZB 2F3KA 4D89A 5CLMA 1BXQA 1MERA 2FXDA 3DJKA 3UQUA 5P6JA 5P5RA 1Z8CA 3EKWA 5P8VA 4KE0A 2RMPA 5P1XA 5P50A 3NU6A 3NXEA 5OZ2A 1ME6A 5P6OA 5P2BA 2AOIA 4YA8A 5P58A 2AOHA 1PSAA 5P6PA 4EP2A 2IKOA 4MC2A 2QZKA 3BUHA 1W6IA 3S7LA 2I4UA 3KFPA 3EL1A 2G1NA 3WB4A 5P8OA 4H3GA 3BUGA 4R8YA 3DM6A 4WTUA 3EBZA 1C70A 3EL5A 2Q5KA 4Y3AA 4Z4XA 1YM2A 1K6VA 3O9HA 3O9LA 3K5CA 3KM4A 3S54A 4ZSRA 2QMDA 3FSMA 5OZYA 4LL3A 5JFUA 3TNEA 5P4FA 5P66A 2XYFA 3T7XA 5P0UA 3UDJA 1GNMA 3VLBA 5P5DA 2JE4A 5P4EA 3VFAA 1EPME 1EC0A 3Q6YA 5KR8A 3PEPA 5P3DA 1G0VA 2G1YA 5KQZA 3TPLA 2ZJKA 2PK6A 4FM8A 2QU3A 3MXDA 2G26A 5P13A 3URIA 3PRSA 4KB9A 5P8UA 4I0IA 1EPQE 2QP8A 3INFA 5P1DA 2JJJA 3T7QA 1IZHA 3M9FA 3LINA 4M8YA 1KJ7A 1LS5A 4HDPA 3VV7A 4LXMA 5COKA 3GGXA 4JP9A 5P2VA 5P4YA 4RGHA 3EL4A 5P14A 1BILA 3PSYA 1SBGA 5JFPA 4DQGA 5DQ1A 5P3UA 1LYBB 1IZDA 4Y3PA 2QMFA 5P6NA 5P6AA 5P4TA 1APUE 3UQWA 2J9KA 5DR0A 3A2OA 5P0AA 2VNMA 3OUAA 5P7AA 2ZHVA 3D1XA 4HE9A 4CPUA 4Y53A 4A6BA 5P6MA 5OZKA 3TTPA 2ZHRA 1BDLA 3OADA 5F01A 4LXAA 5P57A 4J0YA 5AHCA 4RRNA 3EKVA 5P3VA 1SDTA 4OBGA 5P7BA 2VJ9A 3RSXA 2AVMA 4B1EA 1E80E 3PVKA 1XL5A 3ER3E 3VSWA 2VIYA 1HSHA 3S2OA 3TH9A 1CPIA 2QI7A 3QN8A 5JG1A 5P5GA 5ISJA 5I3YA 1SIPA 4I0ZA 5OZFA 3SFCA 3INEA 3UDPA 5OZWA 1HVJA 1EPOE 5P07A 5P26A 3QS1A 3Q4BA 5P27A 5OZOA 5P63A 1SIVA 5I3VA 1NSOA 4K4QA 4XX3A 1XN3A 4Y57A 5P7QA 3EKXA 2CEJA 5P1FA 5KOQA 2R9BA 4EWOA 5P7RA 3KF0A 5P3MA 3RSVA 3LZSA 4EJKA 1PPME 1B11A 1T7KA 5P5EA 5P67A 5C9DA 4TRYA 1APWE 5P7GA 2IEOA 4I10A 5EZXA 1BVEA 5P7ZA 3MSJA 4NJVA 5P41A 2BBBA 3WZ7A 2JYSA 3PB5A 5P1NA 5P42A 3L5BA 4I8WA 3IVHA 4Y3RA 4I1CA 4GYEA 3OU1B 1MPPA 4Y4ZA 5P0LA 1APVE 4K4PA 1EBWA 3QPJA 2BPVA 5P5WA 2G69A 5P7TA 5P1AA 3U7SA 2BPWA 4PPHA 4U7VA 1BWBA 2IENA 2V13A 4QJ6A 5P75A 2AOCA 5P1EA 1GVXA 5AH8A 1ODXA 3OK9A 2FDEA 2APRA 5P08A 1G35A 2VJ6A 5P5OA 1MEUA 2F3EA 5P1QA 5P7HA 1BVGA 5P1BA 1A30A 3L59A 5E5JA 4B72A 4Y51A 3OUCA 1MUIA 5ENKA 5P1CA 3VEUA 3QBHA 4ER1E 4X2LA 5P1GA 4L6BA 5P5TA 2OHQA 5P0TA 5P6KA 4CP7A 5P2EA 1ZSRA 5P87A 1BV9A 3KFRA 5P2HA 4YD3A 5P03A 5P3HA 2UY0A 3VF3A 2QI5A 5OYRA 2I1AA 5P1KA 4JPCA 4NKKA 5P5VA 4DJQA 1MRXA 5OZVA 1MVPA 3PLDA 4EQJA 3OU3A 4Y58A 3MWSA 4FRIA 1EBZA 4HDFA 3EL0A 3DK1A 4Y5LA 3QI1A 4NPTA 3K4VA 3VV6A 4J17A 1W50A 1OD1A 1HPXA 5P7KA 2BJUA 5P2XA 3L5EA 5P4DA 5OYUA 2HIZA 1BDRA 4CKUA 5P4ZA 4K9HA 4Y4WA 3LIYA 3VF7A 5OZ8A 4D83A 2V10C 4R91A 2V00A 3O9LB 2NXLA 4R92A 5P48A 4Y3MA 1AIDA 5C9FA 5P85A 2QZXA 4H3JA 4Y4EA 1NPVA 1SMRA 2PSGA 2WF0A 5P3ZA 4LHHA 4Y5AA 1HVHA 4XXSA 4YHQA 2Q63A 3FX5A 4BELA 3L5CA 1U8GA 2G1SA 1MSMA 4Y3JA 1CMSA 3HLOA 3O9IA 3VG1A 2QD8A 4CMSA 2HB3A 3IXJA 1ZSFA 1GVTA 1D4LA 1FMUA 4YCTA 2G1OA 5P8FA 2QHZA 3UDHA 4DJPA 3JVWA 3AUPA 1T6EX 1W5XA 1A8GA 5P16A 2R5QA 1LYWA 3OGPA 1W5VA 3DCKA 3VSXA 5OZLA 3O99A 1Z1RA 3RTNA 3TKWA 5OZ1A 2HS2A 4Y41A 4FIVA 5P10A 3LPKA 2QK5A 3RU1A 3SKFA 1E81E 4OBJA 1DIFA 3LPJA 5ER1E 2G20A 3OWNA 4TRWA 5HDZA 1EC1A 3LZYA 5P2KA 4QJ7A 3D20A 3UF3A 5P79A 3OADB 2I4QA 4YDFA 4FM7A 5P5IA 5P2CA 2ANLA 5P7DA 3OQFA 1KJFA 5P5NA 5P60A 3QROA 4J1KA 3EM3A 1MSNA 1MT9A 3PM4A 1K6CA 5P6VA 5P64A 3CICA 4ZSPA 4NJSA 3UDNA 4Y36A 2G22A 5P5XA 2Z54A 4B77A 3BUFA 1HVKA 4WY6A 2FXEA 2NNKA 2AQUA 5P7NA 5P82A 5P74A 1EAGA 5P2DA 1TQFA 4RZ1A 1FMXA 3O9BA 4APRE 1PFZA 2PYNA 5P3CA 5P1MA 2BPZA 5OZ7A 2QAKA 4Y3NA 1ZLFA 1HTEA 4I0DA 5P3GA 4LC7A 4ZPFA 1RV7A 3S43A 1F34A 5DQ5A 4I0HA 1YTIA 1EPNE 1LV1A 2R3WA 4RCEA 5P1RA 3O9AA 2P8HA 3HZCA 3DOXA 4N00A 2QMGA 4Y43A 4D85A 4AZYA 3O9CA 1ZPAA 5P43A 5P32A 5P6TA 3PBZA 5BS4A 2HM1A 5P24A 1FFIC 5P8IA 1QBUA 3FV3A 3ZKSA 5EZZA 5C9BA 2CENA 5P6YA 5P0YA 5P47A 2VIZA 3L58A 1OEWA 4FS4A 3BHEA 5P0XA 4ZIPA 1AJVA 4A4QA 1ZJ7A 5P46A 3H5BA 3VF5A 3FNUA 5P7LA 3IN3A 5DGWA 1HPOA 2WF2A 2AOEA 4LBTA 4FGXA 5P1LA 6UPJA 4MC9A 2PMAA 1SGZA 2SAMA 3SABA 2AIDA 4J0PA 3VYDA 3G72A 2PWRA 1YTHA 3GI4A 1MTBA 3NDWA 4F76A 3L5FA 4COEA 2G94A 4F74A 4YCYA 2OHPA 6FIVA 1YG9A 3BGBA 5P4AA 3EXOA 3LZUA 5P8NA 5T4SA 2VA7A 4QJ8A 3S45A 5DR7A 2PSVA 3D3TA 3ZL7A 5ER2E 4ER4E 2ER0E 1C6XA 4U7QA 3CKRA 2QU2A 4MC1A 1LF3A 4U8WA 2AODA 5P0KA 5P01A 1HPVA 5ENMA 5P2IA 4DUSA 2VA6A 1GVUA 4EXGA 5P5MA 2B60A 3QIHA 2QI0A 5P6SA 5OYYA 3D91A 5P78A 3OXWA 4DFGA 3NDTA 1N49A 1DAZC 1YTGA 2NMZA 3WSJA 1FGCC 4L1AA 3RVIA 4DJVA 5P86A 2IKUA 4Q1NA 1MT7A 5OZ4A 4Y5KA 5IE1A 4K4RA 2AOJA 3S85A 3CKTA 5P1ZA 5P7EA 4EHCA 5P3KA 4LP9A 5AHBA 1HVCA 4J0TA 3BRAA 5P17A 5P0VA 4J54A 3PCWA 1FQXA 5P0DA 5OYWA 3SA7A 3C9XA 1J71A 5P1YA 3ZKGA 4Y3WA 2NXMA 3CMSA 3Q5HA 2Z4OA 1YTJA 4APEA 2G24A 5P0MA 4CPSA 3CYWA 4ZSQA 4GJ8A 3GI0A 1DMPA 1VIKA 5P37A 4DJRA 3NU4A 2ZJIA 5P0FA 4EPJA 4Y5PA 5P8LA 3BVAA 4UPJA 5P6QA 4Y4GA 1LYWB 4GJAA 4RVJA 1LF2A 4OBFA 2P3DA 1UH8A 3NDXA 5P73A 1KJ4A 4EJ8A 3MSKA 1WBKA 3HAWA 5OYVA 4YDGA 1HSGA 4L7HA 4YD6A 5P7XA 4IVSA 3SQFA 1LYAA 2OHMA 4GB2A 2Q15A 3NXNA 5P5ZA 5P5FA 3PBDA 2O40A 1BDQA 3T3CA 1OHRA 4Y3HA 2BPYA 5P2WA 3RTHA 3TPPA 2WF1A 2RENA 5P3OA 2I0AA 1GKTA 1BV7A 4TVGA 3UQPA 5P3WA 3I6OA 4GJ7A 5P5PA 1K1TA 2ZJMA 5P33A 5KAOA 2FNSA 6APRE 5P5CA 1HWRA 1FLHA 1K2CA 2B7FA 3OTSA 3OAGA 5P0JA 5P1OA 3ER5E 1T3RA 3OXXA 5P0EA 4DQHA 1IIQA 5P6GA 3ECGA 5HE4A 5KQXA 1EPLE 2RKGA 5SZ9A 1RL8A 1META 1EPPE 3NU5A 1T7JA 3OQ7A 3SLZA 5OZ3A 4IVTA 3SKGA 4L7JA 5HVPA 3L3AA 5P6DA 1K6TA 2XFKA 1KJHA 1BAIA 2QNPA 1AXAA 4NJTA 4CPRA 1AJXA 3R0WA 2F3FA 1XDHA 2I0DA 1XE6A 5P7JA 3ZKIA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P0C A;  1E5O E;  5P4M A;  3ZLQ A;  4GJC A;  2WJO A;  4QLH A;  4Y6M A;  5OZS A;  4I0J A;  3PWM A;  4DPF A;  4OBZ A;  4J0Z A;  4Y3Z A;  1DPJ A;  1PPK E;  4Y5M A;  5P8C A;  3GGU A;  4QGI A;  5P6I A;  2H6T A;  5P54 A;  5J25 A;  1F7A A;  1FQ5 A;  4YD5 A;  5AH7 A;  5P1W A;  5P2L A;  1ENT E;  4OBK A;  1XL2 A;  2JJI A;  2RKF A;  5P3T A;  3SA6 A;  2O4L A;  3NSH A;  2IGY A;  5OZ6 A;  2J9J B;  3MXE A;  2WEC A;  3EM4 A;  4Q1Y A;  3I25 A;  3HVP A;  3I7E A;  5IVS A;  1AM5 A;  4RYG A;  1IBQ A;  4WY1 A;  1KZK A;  1SP5 A;  4FRJ A;  4I8Z A;  5P3B A;  2FNT A;  5P4I A;  1FEJ C;  5P2A A;  4F75 A;  5P6W A;  4M8X A;  3OUD B;  1FFF C;  4AUC A;  1HHP A;  5P5J A;  2VS2 A;  2XFI A;  3R1G B;  5P3X A;  5P3F A;  3B7V A;  1IVP A;  4FRK A;  4BFB A;  3GW5 A;  1PSN A;  1HBV A;  4DV9 A;  5P76 A;  3URL A;  2ZHU A;  3QBF A;  5P3E A;  2IS0 A;  4XKX A;  2R38 A;  5P1J A;  3ZKX A;  1PRO A;  5P6E A;  2Q3K A;  2P83 A;  1RNE A;  5P8Q A;  4EJL A;  4GJ6 A;  9HVP A;  5AGZ A;  1B6L A;  5JOD A;  1G2K A;  5HE7 A;  5P55 A;  3NUO A;  3PHV A;  4GJD A;  5P8B A;  3O9G A;  1FG8 C;  3S56 A;  1C6Y A;  4KE1 A;  7HVP A;  2IGX A;  3GGV A;  4L1A B;  2NMY A;  5P3Q A;  3RTM A;  5P6C A;  2G1R A;  3GI5 A;  5KQF A;  3SM2 A;  3WZ8 A;  7UPJ A;  2XFJ A;  3JVY A;  2FDP A;  3OUB A;  3G70 A;  2G21 A;  1A94 A;  3S8I A;  2Q54 A;  5KR2 A;  3LNK A;  2CEM A;  4Q1W A;  5P02 A;  2EWY A;  5P34 A;  5OZB A;  4HEG A;  5APR E;  5UPJ A;  3ZMG A;  5OZT A;  5KR0 A;  5P06 A;  5OZM A;  1K6P A;  3ZKM A;  1LYB A;  4L7G A;  3KYR A;  1TSU A;  4I0F A;  8HVP A;  5HTZ A;  1FF0 C;  3LIT A;  5P72 A;  3UDR A;  3ZKN A;  1A9M A;  3QRS A;  2P4J A;  3UDK A;  3PWW A;  3O9D A;  2ZHT A;  5P8M A;  4DQF A;  1RPI A;  3TPJ A;  1GVV A;  2VIJ A;  3PSU A;  1HVS A;  2V11 C;  1Q9P A;  3HVG A;  1OEX A;  2XYE A;  1BIM A;  3QVC A;  4EXH A;  5OZP A;  4DQC A;  3TOF A;  3PWR A;  2ZDZ A;  2UXZ A;  4QJA A;  3QVI A;  1YT9 A;  5OZA A;  5DPZ A;  5P20 A;  4DVF A;  1IZE A;  3UHL A;  5P88 A;  3ST5 A;  1MRW A;  3FNS A;  2QD7 A;  3UFL A;  2AVQ A;  4NPU A;  4K8S A;  2QHY A;  3K4V C;  3QRV A;  4Y3T A;  3ZOV A;  1HOS A;  3R4B A;  1W5W A;  4CPT A;  2FDD A;  4YD4 A;  5P04 A;  3SA4 A;  1LZQ A;  4TRZ A;  1HEG E;  4YE3 A;  3WB5 A;  5P3N A;  5KOS A;  2QMP A;  3APR E;  5P30 A;  3PJ6 A;  1BBS A;  3NU3 A;  5P45 A;  3UQR A;  3SAA A;  2WKZ A;  4X7I A;  3Q3T A;  5DR1 A;  2WEZ A;  2VKM A;  4Q1X A;  4H1E A;  1UPJ A;  2AVS A;  2R5P A;  5P0H A;  3SA9 A;  5P29 A;  4ZE6 A;  3KT5 A;  3LHG A;  4Y4T A;  4Y4A A;  4YD7 A;  2WF3 A;  3EKY A;  1QBT A;  3UDM A;  2NPH A;  1ZAP A;  3CYX A;  4AMT A;  2UPJ A;  5HCT A;  2Q64 A;  5P28 A;  5P4R A;  5P7F A;  1ZBG A;  5P2J A;  5P7P A;  5SY2 A;  5P5Y A;  2ER6 E;  2PQZ A;  4J55 A;  1ZTZ A;  2PH6 A;  3OU1 A;  5P2R A;  4DJY A;  4DPI A;  3HBO A;  5IVQ A;  2WEA A;  4YOB A;  5P3P A;  3TOH A;  3EKP A;  2OAH A;  1W6H A;  5P25 A;  1W5Y A;  1KJG A;  2Q55 A;  3IVI A;  2V16 C;  2QI4 A;  5P1S A;  5P4G A;  4FAF A;  3QP0 A;  4Y50 A;  1HTR B;  5DR8 A;  5P3J A;  1APT E;  1ER8 E;  5P00 A;  2ZJL A;  5DGU A;  3F9Q A;  4OBH A;  5P8R A;  4OBZ B;  2F3K A;  4D89 A;  5CLM A;  1BXQ A;  1MER A;  2FXD A;  3DJK A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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