5OZ9A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 20
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz9A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5oz9A01
5P72A 5P6XA 4GJCA 4CKUA 4I8ZA 2H6SA 5P2BA 5P4VA 5HE5A 4QJ8A 5OZ7A 3CYWA 3SAAA 4DI2A 2NXLA 2HAHA 3MSKA 3JVYA 5P0GA 2H6TA 2I4XA 5IVSA 5P54A 4NJVA 4QJ6A 3GGAA 1NPVA 5P4SA 3SA5A 5P0AA 3DOXA 2R38A 3FKTA 5SY3A 2HB3A 2RMPA 5P6VA 3UQWA 2UXZA 1PROA 2OHNA 2V13A 4N00A 3VV7A 1NH0A 1OEXA 2Q55A 4HDFA 1XDHA 5P6CA 1BDQA 1KJHA 1RL8A 1ODWA 8HVPA 3OUAA 5P0EA 1HIHA 5P1GA 2P3DA 3TPPA 1AJVA 5OZRA 4Y38A 3QN8A 3EKPA 2J9KA 4F74A 3OQKA 4Y9WA 4JP9A 5P1ZA 1PPKE 1BIMA 5P5UA 1XL5A 2ZJIA 5P1TA 5P3JA 1YG9A 5P46A 3UF3A 4KUPA 5OZ4A 5OZDA 3ZKNA 5KOSA 5P7DA 4Y4WA 4I0HA 3NR6A 5P8CA 4Y51A 2QZWA 4Y5NA 2HS2A 5OZEA 4I0GA 5P4BA 2ZHUA 5P56A 5P0QA 4HA5A 4Y36A 5P60A 4AUCA 3OXCA 2OAHA 4Y53A 5FIVA 4PZXA 4A6CA 3IXOA 5P1QA 5P24A 3VF7A 1F7AA 3UDYA 2RSPA 5P3UA 4QLHA 2FGVA 1MIQA 5OYTA 2O4KA 2QHZA 4D8CA 1FQ8A 3SO9A 5P78A 5P1XA 3LNKA 5EZZA 4Y3TA 1UH8A 2OHRA 3A2OA 4YCTA 2QI4A 4Y3AA 1SIPA 5BWYA 4K8SA 3FNUA 5P2YA 5DQCA 3UHLA 4CMSA 5P34A 5P71A 5P7OA 2FNTA 1G0VA 2B7ZA 3QAAA 2R43A 4BFDA 1OD1A 3VV8A 5COPA 5P0BA 1MVPA 5OZ5A 3SKGA 1SDVA 1BBSA 5P15A 2WEBA 1HVSA 3KT5A 2OHMA 3PGIA 1FQXA 1EBKC 5P1MA 5P76A 4DJQA 3O9IA 2QI1A 1DAZC 3NDTA 3URIA 3R1GB 3FIVA 5P3ZA 1FIVA 4ZSQA 1HVRA 3GI6A 4Y3JA 1ME6A 4RGHA 3MSLA 3PI5A 5P08A 4GJ7A 4J0PA 3HVGA 4MC9A 4YD6A 3H0BA 3BVAA 3S7MA 5P7KA 5OZZA 5P7XA 5P4NA 4EJDA 1FQ5A 5DQ4A 4CPQA 3LIQA 5OZOA 3O9FA 5P8OA 3KYRA 5P1EA 2AVSA 4LXAA 4BEKA 4Z2ZA 1EC0A 1FMUA 3BUHA 4Z50A 3KA2A 3GI4A 4X2LA 3ZKXA 3SA7A 5P2ZA 4DQBA 2PSGA 1HVJA 4B1DA 5P16A 5P79A 2PWCA 4U7VA 2QZKA 3S8IA 4H1EA 4Z4XA 5P2AA 3WB4A 3GI5A 2OHKA 3UDRA 3QVIA 3D1XA 5P6UA 5P7LA 5P0NA 4ACXA 2WF3A 2CEJA 5P6BA 2QMDA 5OYQA 5P7NA 5P61A 4I0DA 3KDDA 4XX4A 2NNPA 1HPVA 5P3GA 3UPJA 1EPRE 2UPJA 3KDCA 5P7UA 2Z54A 4YCKA 3CKTA 1D4KA 2AVQA 1HTFA 2G1OA 5OYZA 1SH9A 3D91A 3OU4B 4CPSA 1MTBA 5DR7A 4M8XA 5P80A 1PSAA 2XFJA 5OZ1A 4GJ5A 1FKNA 3QBHA 5P8QA 1AZ5A 3QBFA 2F3FA 2CEMA 3WZ8A 5F01A 5P7MA 2Q54A 3SACA 4NPTA 1D4JA 4RRNA 5SXNA 1W6HA 5P8VA 1N49A 5I3YA 5P3QA 1BXQA 3BGBA 4Y5PA 2VKMA 5OZKA 5P2EA 2QNNA 2VIYA 2WJOA 5P4RA 5P1OA 1NPAA 5P42A 5OZJA 3MXDA 4YD7A 2I0AA 2QHCA 2HB2A 5IVRA 3HW1A 5P3KA 5IE1A 5P6DA 4J1EA 2R8NA 1EBWA 2FXDA 1BXOA 5P07A 5P3BA 4DJUA 3NU4A 5C9DA 3PHVA 2I4DA 1KJFA 2V10C 4F75A 5P7AA 3SM1A 3URJA 5P38A 5C9BA 2NXMA 2B8VA 2FXEA 4J1CA 4TRZA 4ZE6A 4GJAA 4TRWA 5P52A 1AJXA 5P2DA 1UH7A 3ZL7A 4J1HA 3OU4A 4J0YA 4ZPFA 4FS4A 3EM6A 6APRE 1SMRA 4EQ0A 4Y6MA 4TVHA 5P5EA 1K6CA 3VLAA 4RCEA 2AQUA 1MERA 4YDFA 2VIZA 4L6BA 5P26A 1MUIA 3CIDA 5P49A 1GNOA 4FSEA 5P7RA 3NU6A 4RYCA 1QBRA 3IGBA 5P36A 4JPEA 3S7LA 5P5OA 3KN0A 3N4LA 5E5JA 5P6SA 4NPUA 3R2FA 3OUDB 3PLLA 5OZUA 4D83A 1BWAA 1SGZA 4E43A 5P41A 4DV9A 3DJKA 5P82A 3K1WA 5P4IA 2FDDA 5P5PA 4R8YA 4B00A 3VSXA 5P57A 2O40A 3FNSA 4Y48A 3T6IA 4RYGA 1IIQA 5P3FA 3CICA 2WL0A 3TKWA 5P48A 4WY1A 3TNEA 1MT7A 1HIVA 1EC3A 1HVLA 3K4VC 4H3IA 5KAOA 2O4SA 5HD0A 3UQRA 4RZ1A 2QNPA 1B5FB 2WF2A 1XE5A 1W5XA 5P1DA 1LS5A 4QGIA 3I2LA 3VYEA 2IL2A 5P47A 1FQ4A 5P02A 3GGXA 2FNSA 1M43A 2B7FA 3DK1A 5P5YA 3IXKA 2ER6E 5HU0A 5P4OA 2Q64A 3DV1A 2R3TA 3OUDA 1FF0C 5P39A 4Y3GA 3SA8A 3Q5HA 3WZ6A 6UPJA 2WKZA 5P84A 5P87A 3ZKQA 3PM4A 4DVFA 3INEA 2IGXA 4Y5GA 1A94A 3VYFA 3LIYA 2I4WA 4Y3MA 4RROA 5P2WA 2NXDA 2FDPA 3SPKA 2BBBA 5COOA 5P64A 4ZIPA 1MSMA 4B05A 1BAIA 5P3RA 1B6KA 5P18A 3NDXA 1UPJA 3EKYA 2QMGA 4Y5KA 5P75A 3IXJA 5P2LA 5P2OA 1B5FA 4MC1A 5HDXA 5P2CA 1G2KA 2ER0E 3PRSA 4Y37A 5HDVA 3HLOA 2A4FA 3PVKA 3PB5A 3LPKA 1KJGA 5P1JA 1LF4A 1QBTA 3MWSA 3O9EA 5P2JA 2NTRA 4ZLSA 5OYYA 5P8IA 4M8YA 1B6LA 1TW7A 3C9XA 2G27A 3BC4A 4APRE 1A8GA 5P4WA 4DQGA 5BS4A 4Y5EA 4I0ZA 3G72A 3KFPA 1MPPA 2PSUA 1FMXA 3JW2A 3ZKGA 3SA4A 2NNKA 5AH7A 3D20A 3IAWA 2V12C 1HIIA 3JVWA 1C6ZA 2JJIA 1T6GA 3NU5A 5P3MA 2AVVA 1XS7D 3PBDA 3OADB 2QK5A 5P8JA 3NUJA 4AA9A 5OZYA 4DJVA 5AH9A 2IQGA 4BFBA 3BGCA 1ODYA 1XN2A 1GKTA 4Y35A 2G22A 3SA3A 1ZP8A 3KT2A 3ZLQA 2AZ9A 3VSWA 5P5XA 5OZNA 5ER1E 1SDUA 1A9MA 1FB7A 3I7EA 3TPLA 4DQHA 3PI0A 5OZTA 5P85A 4OBZB 1SBGA 2F8GA 2Q63A 4Y3WA 3RTMA 3D3TA 5P1IA 2Q3KA 2QU3A 5P73A 5P2GA 1RPIA 5P27A 1FG8C 5KR2A 2P8HA 1BV7A 3ZPTA 5P01A 1C6XA 3OU1B 5P1PA 5P7IA 9HVPA 1W51A 2V00A 4Y3ZA 1W5WA 1W5VA 2F81A 2VJ7A 1K1UA 3O9DA 1G6LA 1CZIE 4FIVA 5P43A 1APUE 3I25A 4YE3A 3OTYA 3OADA 5P2QA 3BHEA 1QBSA 4Y4EA 3OQ7A 1APWE 4GB2A 4LBTA 2F80A 5P7WA 4DQFA 5P55A 4Y47A 4PEPA 5P40A 3AIDA 2QP8A 3QP0A 1ZPAA 4FM7A 2OF0A 5P3OA 4D85A 2G1SA 2NPHA 2P4JA 4HDBA 1EPPE 3OQFA 2G20A 1WBMA 3AUPA 3HAWA 3EM4A 4Y4TA 2O4NA 4EXGA 2QAKA 5OZXA 3PSGA 2QD7A 4J17A 4OBZA 3B7VA 5P1RA 2VA5A 4MC6A 4H3GA 5P8BA 5I3VA 4FGXA 5P1FA 3IN3A 4IVSA 1HXBA 1T7KA 5AHBA 1C6YA 2QI0A 5P6WA 4Y3FA 5P3AA 3LZUA 2G1YA 2QCIA 2VA7A 4Y5BA 3OU1A 5P0XA 3HDKA 5P53A 1MEUA 2UY0A 2G21A 4EWOA 5HCTA 4Y3DA 5P66A 5P17A 3S45A 4CPRA 1K6TA 2AVMA 2PWRA 4K4PA 4GIDA 1IZIA 3URLA 3OAGB 1SDTA 5KQXA 3DM6A 5OYUA 3PWMA 3VFBA 2ZJMA 1NSOA 5P5TA 5P89A 2ZJKA 1E80E 3VV6A 3EKTA 5P13A 1MT9A 3ZKIA 3Q3TA 4XX3A 5P5ZA 3EL5A 2MIPA 4XKXA 5P25A 4ZSPA 5P4JA 5P12A 3BXRA 5P8PA 5P7ZA 4ER1E 1BDLA 3HVPA 1DMPA 1QS8A 3S54A 3BUGA 5OZGA 3T7PA 2ZJHA 1NPWA 3EC0A 3NWXA 3RU1A 5P4MA 4DQEA 1PPME 4QJ9A 5P05A 2CENA 5P0YA 5P6OA 1B6PA 3S43B 2I1AA 2Q11A 5OZ9A 3R0WA 2VIEA 2O4PA 3U71A 1RNEA 2VIJA 5P4CA 1HVIA 5P8FA 3RSXA 2AOCA 2ZE1A 2R3WA 2WEZA 3DCRA 2BPYA 5OYXA 3NLSA 5P5BA 4RVXA 2QMPA 4I10A 2AVOA 5P2NA 3VUCA 3OAGA 4YBFA 4QJ7A 5OZAA 5OZ0A 3QRMA 1HWRA 4HZTA 3T3CA 4Q5MA 3PSYA 2R5QA 5KQFA 3O9CA 2PK6A 2AODA 4BELA 2OHTA 5I3WA 1HEGE 1RQ9A 4OBGA 1BVGA 1Q9PA 3OXWA 3I8WA 4B78A 2ZHTA 5P0WA 4FRJA 5P29A 2QI7A 1LF2A 1PSNA 4Y4BA 4XXSA 4H3FA 3UCBA 4HVPA 2Q15A 3SM2A 5P6AA 3S43A 5P0HA 3WB5A 1HXWA 1BDRA 3KF0A 1GVTA 5JG1A 5P88A 4OBFA 3M9FA 2BQVA 4B1EA 3ER3E 3UDKA 5P7CA 1PSOE 2FMBA 4KE1A 4EJKA 4Y5LA 4DPIA 3K5FA 3PSUA 2AOGA 5OZPA 5P4PA 3CKPA 2BPWA 5P7QA 5P14A 1XL2A 5P5GA 4B0QA 1YTGA 5P2MA 1HSIA 1OHRA 1EBYA 1IDAA 1E5OE 4JPCA 5P8GA 5P1UA 1MRWA 2AOJA 5EZXA 3S2OA 3KDBA 4J55A 5OYWA 3ZKSA 5P3CA 3L5FA 1YM4A 4L7GA 5OZIA 1KZKA 4R91A 5P5LA 1KJ4A 4Y3NA 2ZYEA 1ZJ7A 2QNQA 3VF3A 5I3XA 1GVVA 2ZDZA 5JFUA 2IKUA 1Z8CA 4Y41A 4Y4ZA 3T11A 3TTPA 4LXKA 4AZYA 4EHCA 5P1HA 4GMIA 4Y58A 1LF3A 2O4LA 4X7IA 4Y4DA 5P8TA 1HTRB 5P7JA 2FIVA 4WY6A 3R4BA 4FRSA 1C70A 2IKOA 1XN3A 3OUCA 3CMSA 5P4GA 4GJ6A 2FS4A 1HSGA 3GGVA 3NYGA 5P32A 1QBUA 2XYFA 4FSLA 1ER8E 2PK5A 5P19A 3NWQA 1PPLE 5P74A 3NDWA 3LZYA 5P3XA 1RV7A 3S53A 3UFNA 5P3YA 3TOHA 1DPJA 4U7QA 5P3NA 3QI1A 2QMFA 1A30A 3RSVA 4KB9A 5P11A 3UQUA 1HHPA 3INFA 1EC2A 1T3RA 4EP3A 1K1TA 3RTNA 2I4VA 2OHUA 3LIZA 5OZ2A 4ZPEA 4Y5CA 2HC0A 2PYNA 3L5BA 1TQFA 3ZPSA 4DJRA 4AA8A 5P10A 2FLEA 4YD4A 5SZ9A 2OHQA 4DJOA 3WSJA 2I0DA 5P0UA 4OBJA 3TPRA 1XE6A 4LHHA 5OZFA 5ISKA 1SIVA 3EM3A 3IVIA 1U8GA 3QPJA 1W50A 5HVPA 3CYXA 3O9BA 5AHAA 5ER2E 4AMTA 3T7QA 3PJ6A 5P5SA 2BJUA 5CLMA 1EPLE 1M4HA 4Y4XA 4B70A 4CPTA 4ER4E 3NU9A 5DR8A 3VFAA 4F76A 3F9QA 5P4YA 5OZWA 2Q5KA 4K9HA 3TOGA 3DUYA 7UPJA 3MXEA 3U7SA 4YD3A 5P3SA 4K4QA 1DW6C 3PWRA 1LEEA 1TSUA 1UH9A 5KOQA 1IZHA 1OEWA 1HTEA 5P5MA 4DJYA 5P2UA 5IVQA 4J1KA 1IDBA 4J0TA 1EPQE 4GYEA 5KR0A 4KE0A 5P2HA 4FRKA 4D89A 4ZEAA 3BRAA 4GJBA 4Y56A 5DQ2A 1MRXA 1IZDA 2FDEA 2ER7E 3IN4A 5P5DA 5UPJA 3SA6A 4CP7A 1HTGA 4J0VA 1FFFC 4Y3XA 3IVHA 3OU3A 2B60A 5HE7A 4EQJA 3INDA 4H3JA 2QD8A 1D4HA 5P2IA 5P6YA 5P69A 3L38A 4Y3QA 2HS1A 3EXOA 3EL4A 4LP9A 2SAMA 3UDJA 2FGUA 1FEJC 3MSJA 5P50A 5KR8A 3OQDA 5P0PA 5P3HA 5JFPA 1PFZA 5P5WA 3TH9A 5P8KA 1HVKA 2IEOA 2RENA 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P72 A;  5P6X A;  4GJC A;  4CKU A;  4I8Z A;  2H6S A;  5P2B A;  5P4V A;  5HE5 A;  4QJ8 A;  5OZ7 A;  3CYW A;  3SAA A;  4DI2 A;  2NXL A;  2HAH A;  3MSK A;  3JVY A;  5P0G A;  2H6T A;  2I4X A;  5IVS A;  5P54 A;  4NJV A;  4QJ6 A;  3GGA A;  1NPV A;  5P4S A;  3SA5 A;  5P0A A;  3DOX A;  2R38 A;  3FKT A;  5SY3 A;  2HB3 A;  2RMP A;  5P6V A;  3UQW A;  2UXZ A;  1PRO A;  2OHN A;  2V13 A;  4N00 A;  3VV7 A;  1NH0 A;  1OEX A;  2Q55 A;  4HDF A;  1XDH A;  5P6C A;  1BDQ A;  1KJH A;  1RL8 A;  1ODW A;  8HVP A;  3OUA A;  5P0E A;  1HIH A;  5P1G A;  2P3D A;  3TPP A;  1AJV A;  5OZR A;  4Y38 A;  3QN8 A;  3EKP A;  2J9K A;  4F74 A;  3OQK A;  4Y9W A;  4JP9 A;  5P1Z A;  1PPK E;  1BIM A;  5P5U A;  1XL5 A;  2ZJI A;  5P1T A;  5P3J A;  1YG9 A;  5P46 A;  3UF3 A;  4KUP A;  5OZ4 A;  5OZD A;  3ZKN A;  5KOS A;  5P7D A;  4Y4W A;  4I0H A;  3NR6 A;  5P8C A;  4Y51 A;  2QZW A;  4Y5N A;  2HS2 A;  5OZE A;  4I0G A;  5P4B A;  2ZHU A;  5P56 A;  5P0Q A;  4HA5 A;  4Y36 A;  5P60 A;  4AUC A;  3OXC A;  2OAH A;  4Y53 A;  5FIV A;  4PZX A;  4A6C A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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