2IRZA

Crystal structure of human beta-secretase complexed with inhibitor
Total Genus 93
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
93
sequence length
391
structure length
379
Chain Sequence
RRGSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGAWAGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYN
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Discovery of oxadiazoyl tertiary carbinamine inhibitors of beta-secretase (BACE-1).
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 93
structure length 379
sequence length 391
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2006-10-16

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2irzA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2irzA02
4Y6MA 2WKZA 1FFIC 4Y56A 1SDVA 5P1AA 3TPPA 2RMPA 1HEFE 3PMYA 3SA8A 5IVSA 4RCDA 4CPQA 4Y5AA 1IZIA 2V11C 2B8VA 2XYFA 4TRZA 5HCOA 5P30A 4YA8A 5OZPA 2O4KA 2PYNA 1YG9A 2P3AA 3QBHA 5I3WA 4HDBA 2PMAA 1TQFA 2PWCA 4J1CA 1HTGA 5P8RA 2FNTA 2AVVA 4Y50A 2AZ8A 3GI0A 3TH9A 4R91A 3FNTA 4YD5A 3VLAA 3UQXA 1WBMA 5P4FA 2BPXA 2QZXA 2VKMA 5P0JA 3APRE 4GYEA 5P4SA 2QZWA 1HSGA 5OZOA 3HZCA 3T7XA 1UPJA 3VYFA 2ZHSA 2I4VA 1DP5A 5P0NA 4Y5EA 1PPKE 3EKYA 5P8LA 5P82A 4B1DA 3HDKA 5OZTA 4KB9A 3VYEA 4EJLA 1ER8E 2J9JB 5AGZA 4J17A 2WF1A 4YD6A 3EM3A 5P7TA 1EBWA 5HVPA 4D8CA 1BIMA 4FRSA 1EAGA 2FGVA 3EKPA 3BHEA 5P66A 1IVQA 5P3LA 5P42A 1LYWB 3B7VA 1PPME 2F8GA 5P6MA 3LIVA 4EWOA 3R0WA 5HDUA 3HVPA 3IN3A 5J25A 2R3WA 3G6ZA 3NWXA 3GGXA 3EKTA 1FMXA 1G6LA 4Y4ZA 3MXEA 1B5FA 3H5BA 2NNPA 3T7QA 4GB2A 3OOTA 2IENA 5P7HA 5P78A 4L7GA 1YM4A 3OU4A 5P4LA 3NU6A 5OZDA 1SDTA 3VCMA 3TLHA 5P1EA 4Y5NA 1UH7A 3OXCA 4I0DA 3R1GB 5P1UA 4ER2E 2J9KA 4LBTA 3GGAA 5P8MA 1YTHA 3FSMA 1XE5A 1TCWA 3O9FA 5P1MA 5P50A 3TPJA 5ISJA 5P1OA 3DK1A 4R8YA 3R4BA 5P1QA 5P6HA 2G26A 3BRAA 2OF0A 3ER5E 2VA6A 1SIPA 4Y4WA 3IN4A 4Y5BA 5P29A 5P3UA 3SO9A 2G27A 1DAZC 3BGBA 4Y4DA 1AZ5A 3OUDB 3S43B 2XFKA 4OBJA 1MPPA 5OZBA 2FDDA 5F00A 3O9HA 3URIA 2PH8A 4OC6B 3DJKA 5P5EA 3CKRA 1QBUA 3I8WA 5BS4A 5P7YA 2O4SA 3O9IA 2BKSA 3SA6A 1K2BA 2WHHA 3O9CA 5P36A 3VF7A 4YCTA 4B1EA 4J0TA 4EQ0A 4Y41A 1HVIA 5P5MA 4Y3LA 1A30A 1APTE 5OZ8A 3ST5A 5P3YA 3QVCA 3U71A 2ZHRA 1LF3A 2CENA 4A6CA 2F3KA 1EC2A 1ZP8A 5P3WA 5P3VA 5P4AA 5P49A 5OZ4A 5P3TA 5P2UA 5P2YA 3UTLA 3K5DA 5ER1E 1EPQE 2OHQA 4QLHA 3PBDA 1T3RA 5P79A 4Y4BA 1HXBA 4DQFA 2VJ9A 1T6EX 3PGIA 5HU0A 3OAGA 4Y5KA 4CP7A 1MT8A 3L5EA 2FLEA 5P57A 5P2QA 4APRE 5P0MA 3ZPUA 1LZQA 5P1LA 3HAWA 1FIVA 3KA2A 5OYZA 5OYWA 4AA8A 3A2OA 4F74A 3TKWA 4RVIA 4A4QA 5P1PA 1EPME 5P40A 1GKTA 5P5VA 5P0SA 2HB4A 5P76A 3SKGA 5P86A 3D91A 2PWRA 2HPEA 3AUPA 3ZKMA 3R0YA 4Y43A 4XX4A 5P2ZA 3SABA 1META 3LINA 4EPJA 4I0FA 2IS0A 1M4HA 5P4HA 5OZAA 3FKTA 1QBSA 3EBZA 4COEA 4Y3RA 5P48A 3N4LA 3GI5A 3NDWA 3DV5A 3INDA 3SA9A 4FAEA 2Q15A 2V10C 5IS4A 2Q3KA 5SY2A 3ZL7A 5P72A 3SM1A 4R5NA 4APEA 1TW7A 1W5VA 1BVEA 5P77A 4QJ7A 4Q1WA 2G24A 4QJ6A 1QRPE 4I0IA 3VSXA 4DJVA 4LXKA 5P3XA 3U7SA 4OBFA 2IL2A 4H1EA 5P69A 3PSGA 2UXZA 5P6LA 1KZKA 4EXGA 1MT9A 1ODXA 2MIPA 4ER4E 4HA5A 3S7LA 4I11A 4B77A 2IKUA 2QMDA 1IBQA 1MT7A 3ZOVA 5OYRA 1RNEA 5P51A 3DCKA 2B42A 4Y4UA 1HSIA 3WZ8A 3OUAA 5P6IA 2Q5KA 3KFNA 5OYUA 5P7MA 2I4XA 2QI1A 1CPIA 2Q11A 2BB9A 4ACUA 5DQ4A 3IVHA 3EC0A 1SMEA 4GJ6A 2NMZA 5P1IA 3PWRA 4Y4AA 4FS4A 5P4OA 4RVJA 3VV8A 3GI4A 1E82E 1NSOA 4GJ5A 1Q9PA 2PC0A 4Y35A 5P32A 3LPIA 2QHCA 1LYAA 1K6TA 4FCOA 5P2WA 3OK9A 3HLOA 4FRJA 4OBDA 3SA3A 2G1SA 3KMXA 5P85A 3LIQA 3L5BA 4Y5LA 5P47A 1B5FB 5P2HA 1XDHA 1PROA 5P1BA 1BDLA 3IXJA 3GI6A 1D4KA 1FG8C 2A1EA 3OU3A 4LHHA 5P6FA 3OU4B 5F01A 3UPJA 4OD9A 3UF3A 4CPRA 2WEAA 3LPJA 4FLGA 2HB3A 2Q64A 4Y9WA 2I0DA 5P0XA 2G22A 1BILA 3Q6YA 4FM8A 4AA9A 1MEUA 4Y3DA 4H3FA 2QI3A 4S1GA 1BWAA 4Y4GA 5HD0A 4EHCA 2IQGA 4PPHA 9HVPA 2ER6E 3CYWA 1XL5A 1HBVA 3EKXA 2JXRA 5P25A 2I4DA 5DQCA 5P7OA 4DFGA 3IAWA 1J71A 3BUHA 4RZ1A 2EWYA 2FXEA 2BKTA 4Q1XA 5P6UA 5P7JA 2OAHA 3INHA 1RL8A 2AODA 5P1HA 5P8QA 3PSUA 5P2XA 4L6BA 5P0EA 2VIYA 4Y39A 1HIHA 2I1AA 5P5AA 3Q3TA 3NR6A 1E81E 1G0VA 3KM4A 2ZJMA 3L5FA 5P4ZA 1OD1A 5P4CA 7UPJA 5ISKA 4IVSA 5P8VA 3KT2A 5P6AA 1HPXA 3NXEA 2R38A 4J1KA 1M0BA 1IDAA 5P45A 2WF3A 1EBYA 1EC1A 3VF3A 4XX3A 1MRWA 4QJ8A 5OZ9A 2Z54A 4F73A 1B6JA 1T7KA 4HVPA 5HCTA 2OHNA 5P53A 1HSHA 5OZIA 1T7JA 5FIVA 4YBFA 4U7VA 5AH6A 3OAGB 1HVJA 2P4JA 5P33A 2F3EA 3BVAA 3LITA 3IGBA 1HTRB 1HOSA 4Y3GA 5P1TA 4K4PA 5KQYA 3VLBA 5P2LA 2VJ7A 3FNSA 1IZHA 2RSPA 5P7CA 1NPWA 5IVTA 1K6CA 1D4LA 3QRVA 3PBZA 4DJRA 1Z1RA 4GJ8A 1KJFA 3EL1A 4RGHA 1C6YA 4Y38A 5KOSA 1GVTA 3JW2A 3KDBA 5EZZA 4J1FA 5P6EA 3RTHA 1ZPAA 5P1DA 4DQBA 3C9XA 4DVFA 3LIYA 5P4QA 2H6SA 3KMYA 2QHYA 4Y3NA 3EL0A 2V0ZC 2VNNA 3WB4A 5P2JA 3UDYA 4OBKA 3TOGA 2AOEA 5KR1A 3S56A 4EYRA 1HEGE 4D85A 1ZSFA 4I10A 5P8KA 3RTMA 3TNEA 1APVE 4JPCA 3L58A 4RRSA 5P1JA 4GJBA 4L7JA 4Y3PA 5P1WA 5JG1A 5P0FA 1XE6A 4NJTA 1D4HA 5P7VA 5P83A 3TOHA 2I4UA 4Y3SA 5OYTA 1HWRA 4ZPGA 4B78A 4PZXA 4Y4EA 5P38A 5P41A 4Y3YA 5P2GA 3NUJA 3OUBA 3IA9A 5HTZA 5OZ1A 4Q1NA 5P2BA 5P5CA 3PLLA 5KAOA 1EEDP 3URJA 5P8SA 1EBKC 5JFPA 2G1RA 3NDUA 2CEJA 3T3CA 2QI5A 5P5RA 4CPSA 5P1RA 4DV9A 5OYQA 5P3RA 5AH9A 1G35A 2QZLA 1BV7A 1ODWA 5P7SA 5P1GA 5OZ0A 2WF2A 1HVHA 1K1TA 2P3DA 5P7KA 1TSQA 5P3HA 4OBHA 5I70A 3QRSA 2AOCA 4GJ7A 2VIZA 4RCEA 1KJGA 5P59A 5P5GA 1FLHA 5P22A 5HE4A 1APWE 1QDMA 2PSUA 2PK5A 5P4XA 5P5XA 5P3PA 4OBGA 1WBKA 2BQVA 4OD9B 1EPNE 3OQAA 3LZVA 5P39A 2Q55A 3BXSA 3QRMA 3KDCA 5P2TA 5P5BA 3OY4A 4HLAA 4R95A 5ENKA 1IDBA 5P5YA 1W5XA 4CPUA 5P0DA 2NXLA 3OWNA 5P4IA 3OXXA 5OZ3A 1HIIA 3MSJA 2FNSA 1IVPA 5E5KA 3OGPA 2IKOA 4FE6A 1EBZA 4M8YA 6UPJA 1F34A 1ZJ7A 5P6GA 2WJOA 3JVWA 4LC7A 1D4SA 3RU1A 3NXNA 3L5DA 4DQHA 5P3OA 3PSYA 5P7DA 5P8TA 1YX9A 2V00A 2FGUA 4ZPFA 5P37A 4U8WA 2O40A 1AAQA 4YE3A 5P8PA 1ODYA 3GGUA 1LF2A 5P17A 4IVTA 3RSXA 3O9DA 2AOFA 2R8NA 5P1SA 2HC0A 3UHLA 3NUOA 5P35A 1PSNA 1HPVA 4KE0A 3AIDA 4RCFA 1IIQA 3QP0A 1ZSRA 2QP8A 4I8WA 2BPVA 3Q70A 3QBFA 2OHPA 3PVKA 3KT5A 1K6PA 3NU9A 4L1AB 5KQXA 1Z8CA 2F80A 4Y47A 3BC4A 1AJVA 1AVFA 4Y3TA 1ZAPA 5P5JA 3EL5A 1RV7A 1N49A 3RVIA 3EM4A 3JVYA 5P6PA 3OQDA 5P2VA 5P5QA 5DR8A 5P7WA 5P7AA 2NXDA 2QD8A 2F81A 4Y4TA 2R5QA 4LAPA 3UFNA 3SM2A 5P3EA 1KJHA 3VV6A 2VJ6A 5P1NA 2NNKA 3G72A 5P6NA 4B70A 4J1IA 5P20A 5P6WA 5P62A 5P80A 5P6TA 5P0CA 2QU3A 3OTSA 2R3TA 2WL0A 1GNNA 3D1ZA 4QJ9A 3EL9A 4DJYA 2O4PA 5OYXA 3SA4A 5P87A 5P0RA 5P0AA 5P7LA 5OZZA 5P24A 4KUPA 1PSAA 1HVLA 2ER7E 4B72A 3MSKA 4B0QA 3Q4BA 3NLSA 5P67A 5OZHA 5DPZA 5P0WA 4NJUA 1XS7D 4Y37A 5P2AA 1KJ7A 2AQUA 4Y57A 5OYVA 2RKFA 5P7EA 5P7ZA 2P3BA 4B05A 5P0VA 2V12C 3EM6A 3VV7A 5I3YA 5P84A 5P4YA 2CEMA 5P5IA 3NWQA 1HXWA 5P3AA 2B7FA 2QD6A 3HW1A 5P09A 3MXDA 5KR0A 4YCKA 4KE1A 5C9DA 1E80E 5P5PA 1YTIA 5P3KA 4ZSQA 5P28A 5P52A 3TOFA 3DUYA 4YDFA 4R93A 1C6ZA 3ZKGA 2G1OA 3OXWA 3ZMGA 5P0LA 2JJIA 1GVVA 4Y53A 3K4VA 5AH8A 2QMPA 3O9BA 5P08A 3S8IA 4DJWA 5P06A 4HDFA 4BELA 3RSVA 3D20A 4HDPA 4ACXA 3G70A 3LPKA 5P8IA 2ZJHA 5OZ6A 3FIVA 2JJJA 4BFDA 5P5OA 5P7RA 4X2LA 4PYVA 1CMSA 5P3JA 3OHHA 5SY3A 5OZXA 5DGWA 2FS4A 1W5YA 3O99A 3I6OA 1MRXA 1AJXA 4MC1A 4YD4A 4Y3QA 7HVPA 5P1KA 2I0AA 2I4WA 5COKA 1W6IA 2HS2A 3NSHA 4UPJA 5HE7A 5DR0A 4DPIA 1ZBGA 1MSNA 3S54A 4MC2A 2QMGA 2IEOA 4TVHA 5P5SA 1FF0C 6FIVA 5I3VA 4ZSRA 2XFIA 3KF0A 2HM1A 4DQGA 2UPJA 3LIZA 5P2NA 4DUSA 1W5WA 1XN3A 3ZKXA 1TZSA 2B7ZA 2OHLA 4J0VA 5P2EA 2FIVA 3WB5A 4RYGA 1CZIE 5IE1A 4Y45A 5P2KA 5P27A 2HS1A 2HPFA 3KDDA 4JP9A 1MIQA 5P2FA 2WEDA 5P3GA 5P4NA 5OZLA 5ENMA 3UDHA 5P73A 1BXOA 1PSOE 3PWMA 4YD7A 5P6CA 5P60A 2Z4OA 3N3IA 3UDRA 2OHUA 5P3DA 3PI0A 1W6HA 5P71A 1UH8A 2XYEA 5P8NA 3VSWA 4Y5GA 4EJ8A 3SACA 1RQ9A 4F76A 1GVUA 1PFZA 5P1XA 5P5LA 5DGUA 2G1NA 2Q63A 3HD8A 2BPWA 4Z4XA 2FXDA 4YHQA 1BBSA 5C9BA 5P3BA 3UCBA 5P00A 2O4NA 2P3CA 3VEUA 5P6DA 1A94A 5P74A 5P0IA 1DW6C 2XFJA 3LZSA 2AIDA 5KR2A 5DR7A 2QZKA 3T7PA 3KFSA 1WKRA 2HB2A 5P4VA 1YT9A 5OZWA 4FRIA 4K4RA 4ZIPA 2QMFA 3LNKA 2G69A 5P7NA 3PWWA 1K6VA 1AM5A 1B6MA 4Y3WA 5BWYA 1HVKA 1D4IA 1T7IA 5T4SA 4DJUA 3L38A 2R43A 3PRSA 2AZ9A 2JYSA 4I12A 3O9AA 4FAFA 3CKPA 4Q5MA 5IVQA 3LHGA 2JE4A 2P8HA 3NU4A 4DQEA 4NKKA 3BVBA 5OZYA 5P4EA 3K4VC 2FDPA 4YOBA 1BDRA 2AZBA 4ZSMA 5P4UA 5P8AA 5P7QA 5P02A 5JODA 3MWSA 3R2FA 2NR6A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4Y6M A;  2WKZ A;  1FFI C;  4Y56 A;  1SDV A;  5P1A A;  3TPP A;  2RMP A;  1HEF E;  3PMY A;  3SA8 A;  5IVS A;  4RCD A;  4CPQ A;  4Y5A A;  1IZI A;  2V11 C;  2B8V A;  2XYF A;  4TRZ A;  5HCO A;  5P30 A;  4YA8 A;  5OZP A;  2O4K A;  2PYN A;  1YG9 A;  2P3A A;  3QBH A;  5I3W A;  4HDB A;  2PMA A;  1TQF A;  2PWC A;  4J1C A;  1HTG A;  5P8R A;  2FNT A;  2AVV A;  4Y50 A;  2AZ8 A;  3GI0 A;  3TH9 A;  4R91 A;  3FNT A;  4YD5 A;  3VLA A;  3UQX A;  1WBM A;  5P4F A;  2BPX A;  2QZX A;  2VKM A;  5P0J A;  3APR E;  4GYE A;  5P4S A;  2QZW A;  1HSG A;  5OZO A;  3HZC A;  3T7X A;  1UPJ A;  3VYF A;  2ZHS A;  2I4V A;  1DP5 A;  5P0N A;  4Y5E A;  1PPK E;  3EKY A;  5P8L A;  5P82 A;  4B1D A;  3HDK A;  5OZT A;  4KB9 A;  3VYE A;  4EJL A;  1ER8 E;  2J9J B;  5AGZ A;  4J17 A;  2WF1 A;  4YD6 A;  3EM3 A;  5P7T A;  1EBW A;  5HVP A;  4D8C A;  1BIM A;  4FRS A;  1EAG A;  2FGV A;  3EKP A;  3BHE A;  5P66 A;  1IVQ A;  5P3L A;  5P42 A;  1LYW B;  3B7V A;  1PPM E;  2F8G A;  5P6M A;  3LIV A;  4EWO A;  3R0W A;  5HDU A;  3HVP A;  3IN3 A;  5J25 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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