2HPEA

Comparison of the structures of hiv-2 protease complexes in three crystal space groups with an hiv-1 protease complex structure
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTLEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase(acid protease)
molecule keywords HIV-2 PROTEASE
publication title Comparison of the Structures of HIV-2 Protease Complexes in Three Crystal Space Groups with an HIV-1 Protease Complex Structure
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 1994-09-21

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 2hpeA00
1TCWA 1QBRA 4ZPEA 5P7KA 5P80A 5P69A 3SABA 3O9DA 2ZJIA 5P4HA 3TOHA 4FRJA 3KM4A 3D3TA 5ISKA 3WB4A 3K5FA 5OZPA 3HD8A 5DGUA 5P5ZA 4LXAA 4DQCA 3INHA 3PWMA 1HPXA 4Y5KA 2VA6A 3VSWA 4BFDA 3D1XA 4J0VA 5P5GA 1AZ5A 5P07A 3HDKA 3TOGA 5AH8A 3UQXA 1T6EX 3BVBA 2HPEA 1HVRA 1HVIA 2I0AA 1JLDA 5P78A 1IDAA 3PI5A 3VYEA 1YX9A 1J71A 2QI3A 5P4BA 5T4SA 5P6EA 4RCDA 3APRE 5P6NA 4YCKA 3IXOA 3UFNA 3DCKA 5P0MA 5P8FA 4NKKA 3GI5A 4I1CA 5P7JA 2OF0A 1SMEA 4GJ5A 1K6VA 4Y3TA 2O4NA 2G1OA 5AH7A 5P06A 1IZDA 2OHSA 4RVIA 1W5WA 5P60A 4YHQA 3R1GB 1MRXA 3N3IA 3KFPA 5P4OA 4CPRA 3IXKA 5OZZA 2NTRA 2ZDZA 3DK1A 5COOA 5OZMA 3VLBA 5DQCA 3EM6A 3U6AA 4EJLA 4YA8A 1D4YA 2F3KA 4R8YA 3VV6A 4Y3NA 4CP7A 5P2XA 4OBGA 5IVRA 4NJTA 5P2LA 4DJVA 3CYXA 4GYEA 3QAAA 2JXRA 4R93A 4EHCA 5P0NA 5P2NA 3OAGA 3DM6A 5DGWA 3UDJA 5P6MA 2CEJA 5P0AA 5P6XA 5P87A 5AH6A 3VFBA 1ZSFA 5OZTA 5J25A 1SDUA 5P6PA 5P1JA 3N4LA 5KQYA 5P3XA 2HB4A 2F81A 5AGZA 3KDCA 2WF0A 3DJKA 5P6YA 5P86A 1K2BA 4I0HA 3LZVA 4Y3DA 1NPVA 4DJYA 4IVTA 1YM4A 5P32A 3TPPA 3PBDA 1HSHA 1W6HA 3PM4A 5DPZA 1HTGA 4Q1XA 1LF2A 2XYEA 5P4QA 3AIDA 4Y57A 2QHCA 5OYRA 3DV1A 5HU1A 1YM2A 3OADA 4MC9A 3OXXA 2AOJA 1A30A 1U8GA 3KT5A 5E5JA 1IVPA 5OZOA 2AOFA 4EQJA 1Z1RA 1EPPE 3SA6A 3SKGA 4Y36A 2G1SA 5P6VA 2NXMA 4M8YA 3SM1A 4DH6A 5P5IA 3WZ6A 5P4NA 2PWCA 1YT9A 5P67A 4YE3A 2P3CA 2VIYA 3MXEA 4FM8A 5P46A 5P3OA 2AIDA 1MSNA 3D1ZA 2VS2A 3O9AA 1D4LA 4GJDA 3OU1B 5OZCA 3GGVA 3IAWA 5OZIA 4DQBA 5P8OA 4AMTA 2HB2A 4GJAA 3T6IA 3RU1A 3ER5E 5IS4A 4Y9WA 2PSUA 4J1HA 5P30A 2WF3A 1XL5A 5HE7A 3D20A 1XE5A 2QD7A 4Y3JA 4Q1WA 1G0VA 2AOGA 1D4KA 5DR3A 2UY0A 5SY3A 1Q9PA 3QIHA 5P1PA 3DOXA 4B77A 5ISJA 4MC2A 5P1EA 2ZJNA 3MSKA 5KOQA 4EYRA 4DQHA 5OZ0A 5AHAA 1APUE 3LPJA 3QRMA 3R4BA 3KFNA 4B1EA 5P15A 5F01A 4H3JA 5P6RA 3CKPA 3UFLA 1EPLE 5OZYA 4Y39A 2V16C 3TKWA 1MUIA 1ER8E 3NDUA 4B00A 4KUPA 4I0JA 4E43A 4Y3QA 2QP8A 5P72A 4RYGA 2P3BB 3TPJA 5P0IA 5P2AA 5P0OA 3EL5A 2RKFA 2AZBA 2VKMA 2QHYA 5P3MA 4I11A 1E81E 3K4VC 5P7EA 4TVHA 4I0GA 1XDHA 5P8AA 4LC7A 1QS8A 5P43A 2IKUA 3Q4BA 1PFZA 5P4FA 2AODA 5P3FA 4R95A 2G69A 2RMPA 4M8XA 6FIVA 4Y44A 3MSLA 4APRE 2QMDA 5IVSA 2NNKA 3UQPA 3OUCA 5P3QA 4YCTA 4OD9A 4PYVA 4F76A 3QRSA 3LZSA 5P2TA 2I0DA 3G72A 5P2KA 5P4VA 3INEA 2QI0A 3LITA 2SAMA 1QBTA 2FGVA 1K1TA 5P11A 5P02A 5P4DA 1HPVA 5P1VA 3O9FA 2FNSA 5COKA 3WB5A 5P3IA 3ER3E 3NXEA 4Y3SA 2UXZA 1DMPA 4HE9A 2JJIA 3IVHA 1LYAB 4F75A 4Y3EA 4AA9A 2F80A 3TLHA 4NJVA 2AZ8A 3UQWA 4QJAA 4ZE6A 1CPIA 5OZWA 2JE4A 5P29A 2WEAA 1B5FA 4QLHA 3OU4B 5IE1A 5HDZA 1NSOA 2NXDA 3VLAA 4NJSA 2QU2A 1GVTA 1UPJA 3OGPA 3T11A 3CIDA 1HVJA 5P19A 2ANLA 5P0WA 3EL1A 5P5AA 5KR2A 4YD3A 3EMYA 3GGXA 3FV3A 4EJDA 5HDXA 3K5DA 5BS4A 4Y4JA 1W5VA 1HTFA 3C9XA 5P3GA 3LPIA 2OHRA 2R38A 2I4UA 5P2CA 5P1UA 1BDLA 4YD7A 5DQ1A 5SY2A 4XX4A 5P4WA 1EPNE 1IIQA 1PROA 4JECA 2I4QA 5P89A 5UPJA 2QCIA 5P55A 3O9LB 4J0YA 1FLHA 2NXLA 3NSHA 2HB3A 5OZAA 5OZ6A 5P0FA 2WECA 2ZHVA 3OXWA 2IKOA 1AAQA 2VIZA 4J5JA 3B80A 1WBMA 3LINA 3PSUA 5CLMA 5P7RA 4DJQA 5HVPA 1EPQE 5P8TA 1FQ6A 2ZYEA 1LYBB 2BKTA 4J1EA 3PJ6A 2AQUA 4JP9A 3ZKMA 5P7QA 1E82E 3EKTA 3UQUA 4MC1A 3PB5A 1BILA 1HIIA 2P3AA 4CPWA 3S7MA 5OZ4A 3SPKA 5P74A 2MIPA 2FXDA 5P09A 5P0HA 3LIXA 1ZJ7A 1YTJA 3OY4A 2OHQA 1A94A 1ZPAA 5P8LA 2J9JB 3NU4A 2P4JA 4K4QA 1RPIA 2AVOA 5P58A 5P4RA 1HOSA 5P8SA 2I4VA 1IZIA 4Y3WA 3KDBA 3GI6A 5OYTA 2ZJKA 1UH7A 2WF4A 2QHZA 3VF3A 1BBSA 1W5XA 5P50A 1F34A 4J1FA 4HDPA 6APRE 5P08A 3LZYA 3GI0A 2I4DA 2XFJA 5P7OA 4I12A 5P0EA 5P5LA 1PSOE 5SZ9A 5OZVA 3FNTA 3S85A 1HPSA 4Y45A 5P7IA 2OHLA 4OC6A 3UCBA 4ZSRA 2AVMA 3ZPUA 5OZ7A 4QGIA 4Y5AA 3OTSA 4GJBA 3BXRA 1HWRA 4FRSA 4Y4XA 3UF3A 3ZKXA 5HU0A 5P5CA 4FAEA 3UDYA 5P2UA 3OUDB 2I4WA 5OYVA 3OHFA 4J0TA 4ZIPA 3BRAA 1SMRA 5P8HA 4EP3A 4DJPA 3D1YA 2PYMA 4Y5LA 4CPXA 1EC3A 4NJUA 3O9GA 3CKTA 3OOZA 4ZSMA 5EZXA 5P2EA 4RRSA 3SA3A 5P1TA 3CICA 3R0WA 3SA5A 1TCXA 5OZDA 5P5SA 5P01A 4EP2A 4GIDA 1GKTA 2R3TA 5OZ9A 2O40A 4OBZB 5P8CA 2PH6A 3RSXA 4Y5NA 5P7DA 5OZBA 4WTUA 5P23A 5P26A 1HPOA 2QD8A 1EPRE 3GW5A 3O9HA 5P1DA 3UDKA 4Y58A 1HTEA 3NWQA 5P7WA 3ZKNA 1KJGA 4QJ9A 3H5BA 3URJA 1TZSA 3OK9A 5KAOA 1XN3A 4RCEA 3ZKGA 3IVIA 5P7FA 5P5HA 1W51A 4DPFA 1EC0A 2QNNA 2VA5A 5P6CA 3PWRA 2BBBA 2FNTA 1MSMA 1BXQA 1C70A 4Y3RA 2I4XA 5P4XA 3KN0A 1IZEA 5HCTA 5P6ZA 5DR1A 1FG6C 3QI1A 4YD4A 5P1GA 4XX3A 3K1WA 5P5PA 5P7CA 5I3XA 5P45A 4F73A 1TW7A 3S56A 4BFBA 5OZLA 3NDXA 4COEA 4L7JA 4ACXA 4PPHA 1HVHA 5P3TA 5P3HA 1ZTZA 1HVSA 4Y53A 1A8KA 1GNMA 4S1GA 3TL9A 2ZJJA 2F3EA 1NPWA 4EXHA 1LS5A 4GJ8A 3ZPTA 2AVSA 3Q70A 4Y43A 4BELA 1EC1A 2IGXA 4B1CA 4Y3AA 3UDMA 1DP5A 4B0QA 5P8IA 3I25A 3L5CA 2B7ZA 3KFRA 5P0DA 2FMBA 1T3RA 2RENA 2PSGA 5JFPA 3TKGA 1HIVA 4FAFA 5P8JA 5P6OA 3SLZA 5P5VA 1BV7A 1IBQA 2NNPA 3G70A 5P47A 1IZHA 2QZKA 1RNEA 2VIEA 1RL8A 4D85A 1FIVA 4J0PA 4U8WA 5I70A 1A8GA 2QAKA 1T7KA 4AA8A 2FDEA 4DVFA 1LF3A 4FE6A 4LL3A 1EBYA 4WY6A 1BXOA 5P7ZA 4J1IA 2OHUA 2QZWA 2QMFA 1N49A 2Q3KA 3LIVA 5P18A 1BVEA 4Y4EA 3JVWA 4FCOA 3S53A 3OAGB 4U7QA 4Y56A 3VFAA 5P70A 2QI1A 5P62A 2G1RA 3T7PA 5P8QA 5APRE 5P4PA 1M4HA 1D4HA 5JODA 5P3RA 5P68A 4CPQA 2XFKA 2R9BA 4YBIA 1KZKA 4AZYA 1XE6A 5P66A 3R2FA 4Y4GA 1EAGA 1FQ5A 5P3DA 1T7JA 3KMYA 3KDDA 4CKUA 1ODWA 3HAUA 1LYWA 2FIVA 3M9FA 2V13A 2AOIA 3OQ7A 5P3UA 2O4LA 5P3LA 3NU3A 5P3AA 5P2OA 4FRKA 5P0QA 4AUCA 3I2LA 3OADB 5KOSA 2AOCA 3ZKQA 4Z2ZA 3S43A 2APRA 5P24A 4HLAA 3FX5A 5AH9A 4K9HA 1BDQA 5OZQA 3TH9A 2JYSA 2WEBA 4EWOA 4F74A 3ZMGA 2Q55A 3PGIA 4TRZA 5P2WA 1GVWA 3IXJA 4ZLSA 5P3WA 1MT7A 1K1UA 2Q5KA 3CIBA 3HZCA 2CEMA 3VYDA 2AZ9A 1ODXA 1FG8C 2AOHA 5P33A 3O9EA 5P0YA 3L38A 3TOFA 3NYGA 2P3DA 5DQ4A 5P2ZA 3DCRA 4NPUA 3CMSA 1VIJA 5HD0A 5P64A 1KJFA 1A9MA 3OQKA 1HVLA 5P59A 4DFGA 1UH9A 1QBUA 5P4UA 4Y3LA 5P22A 5OZSA 4FSLA 4LXMA 4QJ7A 4ZPFA 1W6IA 3VSXA 5P6WA 5SXNA 4PZWA 2QZXA 1K6TA 3LNKA 3O99A 4JOOA 5P85A 2PWRA 4X7IA 4YDGA 3PSGA 1PSAA 4Y5MA 2AVQA 5P8UA 3TNEA 2BQVA 3DV5A 4Y3PA 3KMXA 2Z54A 1DPJA 2FS4A 2ZJHA 4J1KA 1APTE 5P0TA 5P1NA 2VNMA 8HVPA 4XKXA 4L7HA 5P00A 2HS1A 4XXSA 2NMYA 4CPSA 5P1XA 3RSVA 5P83A 1EPME 4LP9A 2A1EA 3SAAA 2Q15A 1HBVA 3UTLA 5P3SA 5P17A 5P7TA 3FSMA 5P2MA 3PCZA 5P3EA 1B6PA 1MIQA 1YTHA 5P84A 4K4RA 5P42A 5P71A 1SIVA 4DV9A 3PHVA 2J9KA 3QS1A 1LZQA 3HLOA 1TSQA 1BIMA 1MTBA 5P2YA 4ER2E 1ENTE 1T7IA 3TTPA 4MC6A 4A6CA 5P2HA 3EL0A 5C9FA 4FLGA 5P36A 4YOBA 5OZ2A 5P4YA 2PSVA 2WL0A 5COPA 4OBFA 3PRSA 5P20A 5P5DA 5P2BA 3URIA 5P3KA 5P4KA 7UPJA 1K6PA 5P44A 3WSJA 5P54A 3QRVA 1D4SA 2HM1A 2HPFA 4CPUA 4ZSPA 3JW2A 5P38A 5P6UA 1LYAA 2G1NA 1RV7A 2VNNA 5P3JA 5P4MA 3S8IA 3OQAA 3BXSA 2VJ7A 2I1AA 2V12C 4Y3YA 3UDHA 4J1CA 5P10A 1PPME 3HBOA 3R0YA 4OBJA 2G27A 4Y6MA 4RRNA 5BWYA 5P6AA 5P6KA 2HC0A 4Y35A 1AIDA 2ZHUA 1YTIA 5P2DA 4YD5A 4L1AA 2BPXA 1EC2A 3SFCA 7HVPA 2G26A 1B5FB 1PPLE 4GJ7A 4I0DA 5KR8A 5DR7A 5OZGA 2NPHA 5P0XA 2QZLA 3QVCA 4RYCA 3BHEA 5P0BA 4KE1A 5P4IA 1SDTA 1SH9A 2G24A 2FDPA 4ZSQA 1GNNA 5P1HA 1ODYA 5OYQA 1AM5A 1BV9A 4PZXA 1ZLFA 3I8WA 5DQ5A 5KR1A 3S54A 5P56A 4DJOA 5OZEA 1XL2A 4QJ6A 2FDDA 5HDUA 5P8BA 2FLEA 5P1IA 1G35A 4J17A 3PMUA 5P2IA 5P73A 1HRNA 4Y4BA 3RTHA 3VCMA 5P7BA 5P8GA 1NH0A 4EJ8A 2ZHSA 4D83A 2ER0E 4YOAA 2WKZA 2AOEA 5C9DA 1DW6C 1GVUA 3CKRA 3ZLQA 5P2VA 1MTRA 4ZPGA 3FIVA 5P1WA 4RZ1A 1B6JA 1FMBA 4GJ6A 2O4SA 5P3ZA 5EZZA 4LHHA 4LXKA 5P5WA 4YBFA 3VG1A 4Y5PA 2J9JA 3EKVA 5P6HA 5P5UA 2G21A 2PK6A 3ZKSA 2QNPA 1IDBA 4OBDA 3I7EA 3QROA 2QI4A 3ST5A 2QMGA 4Y3XA 4JPCA 3EKQA 4QJ8A 1HXWA 5P41A 5PEPA 1GNOA 1KJ4A 3T7XA 3FKTA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TCW A;  1QBR A;  4ZPE A;  5P7K A;  5P80 A;  5P69 A;  3SAB A;  3O9D A;  2ZJI A;  5P4H A;  3TOH A;  4FRJ A;  3KM4 A;  3D3T A;  5ISK A;  3WB4 A;  3K5F A;  5OZP A;  3HD8 A;  5DGU A;  5P5Z A;  4LXA A;  4DQC A;  3INH A;  3PWM A;  1HPX A;  4Y5K A;  2VA6 A;  3VSW A;  4BFD A;  3D1X A;  4J0V A;  5P5G A;  1AZ5 A;  5P07 A;  3HDK A;  3TOG A;  5AH8 A;  3UQX A;  1T6E X;  3BVB A;  2HPE A;  1HVR A;  1HVI A;  2I0A A;  1JLD A;  5P78 A;  1IDA A;  3PI5 A;  3VYE A;  1YX9 A;  1J71 A;  2QI3 A;  5P4B A;  5T4S A;  5P6E A;  4RCD A;  3APR E;  5P6N A;  4YCK A;  3IXO A;  3UFN A;  3DCK A;  5P0M A;  5P8F A;  4NKK A;  3GI5 A;  4I1C A;  5P7J A;  2OF0 A;  1SME A;  4GJ5 A;  1K6V A;  4Y3T A;  2O4N A;  2G1O A;  5AH7 A;  5P06 A;  1IZD A;  2OHS A;  4RVI A;  1W5W A;  5P60 A;  4YHQ A;  3R1G B;  1MRX A;  3N3I A;  3KFP A;  5P4O A;  4CPR A;  3IXK A;  5OZZ A;  2NTR A;  2ZDZ A;  3DK1 A;  5COO A;  5OZM A;  3VLB A;  5DQC A;  3EM6 A;  3U6A A;  4EJL A;  4YA8 A;  1D4Y A;  2F3K A;  4R8Y A;  3VV6 A;  4Y3N A;  4CP7 A;  5P2X A;  4OBG A;  5IVR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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