1MT9A

Viability of a drug-resistant hiv-1 protease mutant: structural insights for better antiviral therapy
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLNTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQIPVEICGHKAIGTVLVGPTPANIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase substrate
molecule keywords PROTEASE RETROPEPSIN
publication title Viability of drug-resistant human immunodeficiency virus type 1 protease variant: structural insights for better antiviral therapy
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2002-09-20

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1mt9A00
3IXOA 2PYMA 3OU4B 4CPQA 4YCYA 1HSHA 5I70A 5P2OA 5P6DA 3DM6A 5OZNA 5P2CA 5P12A 5P6OA 1HOSA 5P4JA 5P23A 4RCDA 4DUSA 3S53A 5P7KA 2FS4A 3DJKA 5HE4A 3HVGA 4Y43A 3MSJA 3PRSA 2ZGAA 3LINA 4I8WA 2V00A 5P19A 3G72A 1XE6A 1MPPA 5JODA 1W5VA 2G27A 4Y5KA 4F73A 5DR7A 3IXKA 4MC2A 3HVPA 5P4HA 3VF3A 5IS4A 2ZE1A 5OZ7A 3PCWA 3EKVA 4Y38A 3QN8A 3WZ7A 5ISJA 5P2SA 3OY4A 3UPJA 5P8MA 5P3TA 4Y54A 2WHHA 5P5VA 3I25A 5P4LA 2RMPA 2I1AA 4OD9B 4RYCA 1NPAA 2VJ7A 3UDMA 5P7IA 1M43A 4I0DA 3TOHA 5P7WA 4YDFA 1XE5A 3BVAA 4Y5MA 2G1YA 5P0XA 4J1HA 2OHLA 4OBGA 3ZKXA 3CICA 5P0ZA 2I4QA 5P06A 1MTBA 5P6EA 3ZPTA 1MESA 1GVXA 1K2BA 5OZAA 5P5FA 4ZLSA 4J1EA 2WEAA 3QROA 3ZKNA 1UPJA 3GGAA 3O9BA 5OZRA 1IDBA 3HW1A 1ODWA 2OHUA 2AZCA 3R0YA 2V12C 5P5GA 4J0TA 4RCFA 5P8LA 5OZ9A 2B7FA 1K1TA 1DP5A 2WEDA 5OZ8A 1A30A 3S54A 5P3PA 1J71A 2AOHA 3DOXA 2HPEA 2QI5A 1W6IA 4K4RA 1QBTA 4HLAA 3FX5A 1SIVA 5EZZA 1QBUA 4D89A 5P75A 5DQ1A 2QMDA 5KQXA 2JJIA 5P4DA 1ZLFA 4GB2A 1SDUA 4LBTA 6FIVA 5P3GA 4B0QA 2NXLA 4FM7A 4M8XA 3OQFA 4J1KA 5P2GA 5P2RA 3I2LA 4RRNA 4FAFA 1K6TA 1TW7A 1ZBGA 5DQ2A 2FXEA 5IE1A 1CZIE 1EC2A 2VIYA 4DFGA 3NLSA 5P7BA 5P5OA 2VIEA 3H5BA 2G69A 3D1YA 3O9CA 3KFSA 5P3QA 4BFDA 1MT8A 5AGZA 4Y5GA 4U8WA 1LF4A 3O99A 5BS4A 4Q1WA 3NDUA 5CONA 5OZGA 5P11A 2PH6A 5P4UA 2QZXA 4ER2E 1SDVA 3NDTA 5DR4A 5P1JA 3N3IA 4Y3DA 3UQXA 5P38A 3VLAA 2ZJKA 2QP8A 1T7KA 1META 1MSMA 5P8DA 5P3ZA 3L5FA 3VV7A 2AVOA 3ZPSA 3PJ6A 1AVFA 5P5LA 1C6ZA 3LITA 3SA5A 5C9DA 1ZJ7A 4NJSA 3DV5A 4CPRA 3KT5A 2P3DA 1MRXA 3KM4A 1IBQA 1AZ5A 5P1GA 5P4VA 2ZHSA 3EXOA 1D4JA 3PVKA 4H3IA 5P5XA 1EPPE 1MIQA 1GVTA 5BWYA 4WY1A 3OXWA 4Y3GA 4EQJA 1ZTZA 1VIKA 4A6CA 5P2KA 4ZPEA 5JG1A 4FS4A 3O9EA 3LIXA 3APPA 5OZLA 3PSGA 1K6PA 3BXRA 1KJFA 3FKTA 2UXZA 3B7VA 5P4NA 2FIVA 4FM8A 5P3CA 3ZKGA 1SBGA 1T6EX 5P7FA 2QI3A 1FQ5A 1T7IA 5P70A 5P62A 1TCWA 4I0FA 5P6WA 4Y3EA 4DVFA 4Z4XA 5OZQA 3UDPA 3HAWA 5P7SA 4AZYA 4A4QA 2BKSA 2NMZA 3UDNA 5P82A 1IZHA 1HVLA 2V13A 2OHPA 1LYAA 2HB3A 1A8KA 5HDUA 5C9FA 3LIVA 3KDBA 4EWOA 4Z22A 4ZSPA 5P2HA 1XL2A 1W51A 2QI1A 4I0HA 5P1NA 3KN0A 3SQFA 3PI5A 5P2MA 2HC0A 1M4HA 2B8LA 5T4SA 3RSXA 3SA4A 5P2XA 5P8TA 4JPEA 3R1GB 1HTEA 1GNNA 3HBOA 1C70A 1E80E 3S85A 2WL0A 3URJA 5P3YA 2CENA 5P2WA 2G1SA 3QAAA 1BDQA 3IVHA 3LNKA 4J1CA 4ZEAA 2AZ9A 5P0UA 4Y4JA 5AH6A 3PBZA 1MTRA 5P1YA 2G94A 3QIHA 1DPJA 4F76A 2O4KA 4PZWA 2AOEA 4GJ9A 5P4XA 2VA5A 4MC9A 4RRSA 1ODYA 3BUGA 5P5YA 4Y4XA 3PGIA 5OZTA 4Y4EA 5P8IA 5P4RA 2FLEA 4YA8A 3OAGA 5P79A 3K5GA 4H3FA 5P14A 2ER6E 4L1AB 4Y48A 1FMXA 2QCIA 3PWMA 4Y3ZA 3S45A 5P4FA 3NU6A 6UPJA 5HDZA 1W50A 5OZHA 5P27A 4Q1XA 5P0CA 2AZBA 5OYRA 4RVXA 3VSWA 5P0YA 5P20A 4UPJA 5OZWA 4WTUA 3OUDB 3VLBA 1IZDA 4I0EA 2Q63A 5P00A 1MT9A 3ZOVA 3LIZA 1PSAA 2ZJIA 5P56A 2XFKA 3URIA 1B6KA 2R5QA 4XX3A 3K4VA 1XN3A 2NTRA 5F01A 1HPOA 3UCBA 5P77A 4DJOA 2Q5KA 3EM3A 1EPOE 3L59A 5P35A 4JPCA 5P7DA 5P7EA 1ME6A 5ENKA 4TVHA 5P3WA 2QZKA 3QS1A 2VIJA 1B6PA 3BGBA 3UQWA 4R8YA 1FG8C 5P7CA 2QD8A 5P1DA 2F3KA 4Y4GA 1EBZA 3IGBA 3O9LB 2O4LA 4EP2A 1YX9A 3UF3A 3LZVA 5P67A 5P1VA 5OZSA 5C9BA 3Q5HA 3T7PA 5OYZA 4L6BA 5P5MA 2IRZA 3Q3TA 5P6CA 4AA8A 3L3AA 2ER9E 5P51A 4GJAA 5P15A 5OZYA 4L7GA 3OGQA 1C6XA 4DQFA 1F34A 3EC0A 1EPQE 4YCKA 1XDHA 5DR0A 3LPKA 1HVRA 5JFPA 4LP9A 1TCXA 3G6ZA 5P6AA 1RQ9A 2FNSA 5P52A 4IVTA 1A9MA 2PSVA 5P44A 2WF0A 3L58A 5P34A 5P40A 2WF3A 4CPWA 3KYRA 3OQKA 2IGXA 5P1BA 3RTHA 3UFNA 1ENTE 2R38A 4J54A 4D8CA 2A1EA 4Y4AA 5P4QA 1D4HA 3OOTA 2I4WA 3LIQA 3R2FA 4DPFA 5OYVA 5P6YA 3OHHA 1Z1HA 1B5FA 4PHVA 1MUIA 1LYWA 4Y5EA 5OZ1A 1LEEA 4HA5A 4TVGA 1APVE 1FGCC 4Y41A 2PK5A 3DUYA 5P8AA 2QI7A 5P6TA 1D4YA 5P8KA 3SA6A 3UDJA 2Q11A 4KUPA 5P8HA 5P61A 5OZ5A 5P7ZA 2ZJLA 4QGIA 1BIMA 3PEPA 1PSNA 3S43A 1DAZC 1YT9A 3PLLA 2IEOA 4I12A 5P2TA 5P2FA 2V10C 3VCMA 5P5ZA 5P4BA 3OU1B 4TRWA 2G21A 4ACUA 1HTGA 5OYSA 4H1EA 2IDWA 5P10A 5OZZA 4FLGA 2APRA 9HVPA 4U7VA 1APWE 4PYVA 1EBWA 5P59A 3KFRA 4Y3PA 4OC6B 4ZPGA 5HVPA 3JVWA 5OYYA 2IGYA 5P1KA 1KJ4A 3EL0A 5OZDA 1SGZA 5OYWA 5P2JA 1HVJA 4I10A 4FGXA 4LXKA 4LXMA 4IVSA 3IA9A 5HD0A 5P07A 2PSGA 3Q70A 3K5FA 1IIQA 2V16C 4GJBA 4Y3MA 5OZIA 2OF0A 5HCTA 2PH8A 3GI6A 5KR1A 4LHHA 4WY6A 1AJVA 1HHPA 2ASIA 5P0SA 5P7GA 2P3BA 2FXDA 2J9JB 2VS2A 5P55A 2RKFA 4OBFA 5P09A 4RROA 2G1RA 3SKFA 2FDEA 4K9HA 3S56A 2A4FA 4YHQA 5P7VA 1IZIA 4OBHA 2HB2A 2Q64A 1FQ7A 3OK9A 2P3AA 5P68A 1A8GA 4Y5PA 1EAGA 4YOAA 5IVQA 3FIVA 2JE4A 1QDMA 5I3VA 3I8WA 1BDRA 5P0TA 1FQ8A 4OBZB 4YOBA 5P1RA 1HSIA 5P8JA 2BB9A 4FIVA 5P74A 5HE5A 4Y3QA 2HM1A 3D1XA 1LF2A 3M9FA 5P78A 4Y36A 3EL1A 5OZUA 3UQRA 5P05A 3UDHA 1LYBB 5TOLA 2ZHTA 4Y4ZA 1NPVA 1Z8CA 3TTPA 5P6MA 2AOIA 4MC6A 3PB5A 3CKPA 5KQYA 4GJ8A 1W5YA 5P66A 1BV9A 2BPWA 2B42A 1WBMA 4Y56A 1NPWA 1XN2A 4COEA 5P0EA 4ACXA 5P4CA 3VF5A 1HTRB 5P7MA 2OHSA 2WJOA 4J0PA 5P0JA 5AH7A 2HPFA 5P7NA 5P7LA 3WZ8A 4U7QA 3EBZA 3OU3A 2QI4A 3QBHA 2BPZA 1LF3A 5P6IA 1BAIA 2AZ8A 2WEBA 3APRE 2WF1A 5P01A 5P80A 3K5CA 4Y45A 3IAWA 4DJVA 5P2NA 3DV1A 1UH7A 2QNPA 2G20A 5P6BA 2HS2A 4YD5A 3VG1A 5P5IA 4Y4UA 5ISKA 3UDQA 5P8VA 4I8ZA 4J55A 1SDTA 2OHQA 5P0BA 2H6SA 3UDRA 5P0GA 4H3JA 3PSUA 4X7IA 3NXEA 5P1EA 5P54A 5P1WA 3KFPA 4Y4DA 3DK1A 5P2BA 1EC1A 1IVPA 5P4WA 4EP3A 4OC6A 1G2KA 2F3EA 3KMXA 4NPUA 5P0AA 2NNKA 5P2QA 3O9FA 1EPME 1BBSA 2ZHVA 3SA3A 4DJYA 3OU4A 4GJ5A 3SA9A 1XS7D 5P83A 3LZYA 3INDA 5P3VA 3ECGA 3VV8A 2NNPA 1C6YA 2RKGA 3TKGA 1TZSA 4B72A 5P1ZA 3OXCA 4Y5LA 4Y53A 3SO9A 1APUE 3C9XA 1BXQA 3O9IA 4Y3TA 2IQGA 5OZVA 3UFLA 3ZPUA 3L5BA 1G35A 4APEA 1UH8A 1G0VA 5P5PA 3QP0A 1HEFE 5HDXA 2B7ZA 1PSOE 4FRJA 5P45A 4DI2A 5DQ4A 5OZCA 4YD7A 4TRYA 5COPA 3MSKA 2F8GA 5P1AA 3U71A 1HRNA 5P13A 3R0WA 3OHFA 4FCOA 3UQUA 3SM1A 4HDFA 5P6PA 2IENA 4XXSA 3VYFA 5P88A 4CPTA 1W6HA 3FNSA 3GI4A 1SMEA 3R4BA 5ER1E 3NU3A 5P5QA 4OD9A 4FL8A 3CKTA 2ER7E 3I6OA 1OD1A 1PPME 1GVWA 3D3TA 4F75A 4OBJA 1U8GA 3CYXA 5P1FA 4D85A 4J0YA 1YTHA 3NU4A 3GGUA 5P7YA 5P0RA 4BELA 3D91A 5P2IA 2FDDA 1SP5A 3KFNA 1M0BA 5OYUA 5IVRA 3PM4A 3TLHA 1B6JA 2P83A 8HVPA 2CEMA 4FSLA 4RZ1A 1WKRA 3K1WA 1AJXA 3TPRA 4ZSMA 2ZJMA 1FEJC 3WB5A 4FSEA 1DW6C 2Q55A 4DJRA 2ZHRA 3PLDA 3EL5A 4F74A 3RU1A 3GI5A 4Y50A 5P3HA 3IN3A 2BBBA 4D88A 3TPJA 5P0OA 3ZL7A 5OZ2A 2I0DA 2P8HA 5P6LA 1KJGA 5P6NA 1D4KA 5P37A 4Y6MA 3MSLA 4Y9WA 4HEGA 3TNEA 4QJ6A 3SKGA 3FNUA 4XX4A 5P7RA 5DGWA 3QRVA 2PC0A 4Y3HA 5P4GA 1RV7A 3L5EA 5P22A 2QZWA 5OZOA 3QBFA 5PEPA 5P08A 2WF2A 1HWRA 1HIIA 4ZSQA 2V11C 1ER8E 5P4EA 5AH8A 4DJUA 3BXSA 2JYSA 3NWXA 4YCTA 4J17A 2I4UA 3NU5A 2R3WA 4YD6A 1HPSA 1HVHA 1NH0A 3BUHA 3OOZA 5P1SA 1FQ6A 4Z50A 3EKWA 4OBDA 5P3IA 3MXDA 1Q9PA 1HPXA 4JOOA 1KZKA 5P24A 1HVKA 1K6CA 4CPSA 4A6BA 2BPVA 1ZSFA 1E5OE 3VV6A 1SIPA 5P71A 5P5UA 5P8EA 2JJJA 2BJUA 3VFAA 4RCEA 5DGUA 5P4TA 2HB4A 4Y3JA 5P31A 3PMUA 4DQHA 4Z2ZA 5OZKA 3EMYA 2PMAA 5P04A 1PROA 4LAPA 2R3TA 4R95A 4DJXA 4Y44A 5P8QA 2NPHA 3CIBA 1MSNA 2XFJA 5P3SA 5IVSA 1FFFC 4CP7A 3SACA 4ZPFA 2AVSA 5P7UA 4AMTA 3KT2A 3EM6A 1UH9A 4Y5BA 5P43A 2QI0A 3HZCA 5P5EA 2QU2A 4Y5AA 4LC7A 3NUJA 4FM6A 5P2ZA 1FLHA 1K1UA 1W5WA 5P1CA 3L38A 5P29A 5P4PA 5SXNA 3VYEA 1D4IA 5P0LA 5P3OA 1IDAA 1A94A 4I11A 5P1OA 3NSHA 3UDKA 1YTIA 3SPKA 3BVBA 3GGXA 1ZAPA 3B80A 5P3MA 2ZHUA 5P5AA 5F00A 2FNTA 3U7SA 2XYEA 1EC0A 3LIYA 4EJKA 3URLA 2I4VA 1TSUA 3PMYA 4I0IA 5P0QA 3ER3E 3TPPA 4GYEA 4HVPA 4GJDA 2EWYA 5P7JA 4DPIA 1MRWA 3TOFA 5P1HA 4K4QA 3LZSA 4Y39A 5IVTA 2WF4A 5P47A 3OUBA 4YBFA 3ZLQA 5KR2A 3TKWA 5P5HA 3AIDA 4LL3A 4CPUA 5OYQA 2R9BA 3MXEA 4EXGA 5OZ4A 4JECA 3S2OA 3LPJA 4DJWA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3IXO A;  2PYM A;  3OU4 B;  4CPQ A;  4YCY A;  1HSH A;  5I70 A;  5P2O A;  5P6D A;  3DM6 A;  5OZN A;  5P2C A;  5P12 A;  5P6O A;  1HOS A;  5P4J A;  5P23 A;  4RCD A;  4DUS A;  3S53 A;  5P7K A;  2FS4 A;  3DJK A;  5HE4 A;  3HVG A;  4Y43 A;  3MSJ A;  3PRS A;  2ZGA A;  3LIN A;  4I8W A;  2V00 A;  5P19 A;  3G72 A;  1XE6 A;  1MPP A;  5JOD A;  1W5V A;  2G27 A;  4Y5K A;  4F73 A;  5DR7 A;  3IXK A;  4MC2 A;  3HVP A;  5P4H A;  3VF3 A;  5IS4 A;  2ZE1 A;  5OZ7 A;  3PCW A;  3EKV A;  4Y38 A;  3QN8 A;  3WZ7 A;  5ISJ A;  5P2S A;  3OY4 A;  3UPJ A;  5P8M A;  5P3T A;  4Y54 A;  2WHH A;  5P5V A;  3I25 A;  5P4L A;  2RMP A;  2I1A A;  4OD9 B;  4RYC A;  1NPA A;  2VJ7 A;  3UDM A;  5P7I A;  1M43 A;  4I0D A;  3TOH A;  5P7W A;  4YDF A;  1XE5 A;  3BVA A;  4Y5M A;  2G1Y A;  5P0X A;  4J1H A;  2OHL A;  4OBG A;  3ZKX A;  3CIC A;  5P0Z A;  2I4Q A;  5P06 A;  1MTB A;  5P6E A;  3ZPT A;  1MES A;  1GVX A;  1K2B A;  5OZA A;  5P5F A;  4ZLS A;  4J1E A;  2WEA A;  3QRO A;  3ZKN A;  1UPJ A;  3GGA A;  3O9B A;  5OZR A;  1IDB A;  3HW1 A;  1ODW A;  2OHU A;  2AZC A;  3R0Y A;  2V12 C;  5P5G A;  4J0T A;  4RCF A;  5P8L A;  5OZ9 A;  2B7F A;  1K1T A;  1DP5 A;  2WED A;  5OZ8 A;  1A30 A;  3S54 A;  5P3P A;  1J71 A;  2AOH A;  3DOX A;  2HPE A;  2QI5 A;  1W6I A;  4K4R A;  1QBT A;  4HLA A;  3FX5 A;  1SIV A;  5EZZ A;  1QBU A;  4D89 A;  5P75 A;  5DQ1 A;  2QMD A;  5KQX A;  2JJI A;  5P4D A;  1ZLF A;  4GB2 A;  1SDU A;  4LBT A;  6FIV A;  5P3G A;  4B0Q A;  2NXL A;  4FM7 A;  4M8X A;  3OQF A;  4J1K A;  5P2G A;  5P2R A;  3I2L A;  4RRN A;  4FAF A;  1K6T A;  1TW7 A;  1ZBG A;  5DQ2 A;  2FXE A;  5IE1 A;  1CZI E;  1EC2 A;  2VIY A;  4DFG A;  3NLS A;  5P7B A;  5P5O A;  2VIE A;  3H5B A;  2G69 A;  3D1Y A;  3O9C A;  3KFS A;  5P3Q A;  4BFD A;  1MT8 A;  5AGZ A;  4Y5G A;  4U8W A;  1LF4 A;  3O99 A;  5BS4 A;  4Q1W A;  3NDU A;  5CON A;  5OZG A;  5P11 A;  2PH6 A;  5P4U A;  2QZX A;  4ER2 E;  1SDV A;  3NDT A;  5DR4 A;  5P1J A;  3N3I A;  4Y3D A;  3UQX A;  5P38 A;  3VLA A;  2ZJK A;  2QP8 A;  1T7K A;  1MET A;  1MSM A;  5P8D A;  5P3Z A;  3L5F A;  3VV7 A;  2AVO A;  3ZPS A;  3PJ6 A; 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 5P7E A;  1ME6 A;  5ENK A;  4TVH A;  5P3W A;  2QZK A;  3QS1 A;  2VIJ A;  1B6P A;  3BGB A;  3UQW A;  4R8Y A;  1FG8 C;  5P7C A;  2QD8 A;  5P1D A;  2F3K A;  4Y4G A;  1EBZ A;  3IGB A;  3O9L B;  2O4L A;  4EP2 A;  1YX9 A;  3UF3 A;  3LZV A;  5P67 A;  5P1V A;  5OZS A;  5C9B A;  3Q5H A;  3T7P A;  5OYZ A;  4L6B A;  5P5M A;  2IRZ A;  3Q3T A;  5P6C A;  4AA8 A;  3L3A A;  2ER9 E;  5P51 A;  4GJA A;  5P15 A;  5OZY A;  4L7G A;  3OGQ A;  1C6X A;  4DQF A;  1F34 A;  3EC0 A;  1EPQ E;  4YCK A;  1XDH A;  5DR0 A;  3LPK A;  1HVR A;  5JFP A;  4LP9 A;  1TCX A;  3G6Z A;  5P6A A;  1RQ9 A;  2FNS A;  5P52 A;  4IVT A;  1A9M A;  2PSV A;  5P44 A;  2WF0 A;  3L58 A;  5P34 A;  5P40 A;  2WF3 A;  4CPW A;  3KYR A;  3OQK A;  2IGX A;  5P1B A;  3RTH A;  3UFN A;  1ENT E;  2R38 A;  4J54 A;  4D8C A;  2A1E A;  4Y4A A;  5P4Q A;  1D4H A;  3OOT A;  2I4W A;  3LIQ A;  3R2F A;  4DPF A;  5OYV A;  5P6Y A;  3OHH A;  1Z1H A;  1B5F A;  4PHV A;  1MUI A;  1LYW A;  4Y5E A;  5OZ1 A;  1LEE A;  4HA5 A;  4TVG A;  1APV E;  1FGC C;  4Y41 A;  2PK5 A;  3DUY A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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