1EC3A

Hiv-1 protease in complex with the inhibitor msa367
Total Genus 15
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
15
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords HIV-1 PROTEASE
publication title Optimization of P1-P3 groups in symmetric and asymmetric HIV-1 protease inhibitors
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 15
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2000-01-25

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1ec3A00
3CKTA 3S53A 4CPQA 3D1XA 5AH7A 1SH9A 2AOHA 3OWNA 3VSWA 4F76A 2ZHTA 4J1EA 4Y4JA 2QNPA 2ZHVA 5P5JA 1FKNA 2I4DA 2IKOA 5P8MA 5EZXA 1FLHA 4Y56A 3DOXA 3VUCA 3O9CA 5P1CA 4HA5A 4KUPA 5P2XA 5P82A 5P6WA 1AVFA 1HPVA 4NJSA 1FQ6A 5DQ4A 3LIZA 5P06A 1UH7A 2BPYA 2ZE1A 3ER3E 5OZGA 2Q5KA 5P25A 4TVHA 3L59A 1IBQA 2H6TA 5CONA 5P2WA 5OZKA 5JFUA 3T7XA 5P3YA 3K4VC 5P5QA 3O9EA 4RGHA 5HE4A 3OUAA 3WZ7A 5P3EA 5P6NA 5P76A 3GGXA 2HB2A 5P48A 3QI1A 1PSOE 3EMYA 5P3JA 2UXZA 4RZ1A 5P7KA 2IRZA 5OYSA 2IEOA 1W50A 2BKSA 5P4LA 4OBHA 4BEKA 5DR0A 5P5NA 3PCZA 3OOZA 1W5VA 1BDRA 5P1PA 4Y44A 5JFPA 1D4IA 1UH9A 4ZE6A 2I1AA 4RVIA 4RCEA 4YOAA 5P7HA 3FKTA 2WF1A 2G1OA 4HDPA 3GW5A 5P6RA 3L58A 3Q3TA 5P3TA 5P81A 3OXCA 5PEPA 4Y3EA 2XFKA 4YD3A 5P0MA 2V0ZC 2O4NA 1ZTZA 4PZWA 3ST5A 2OHTA 4L6BA 3O99A 5OZUA 4PYVA 1EBWA 1T6EX 1YT9A 5P33A 5SXNA 4OBKA 3UDJA 4K4PA 5SY3A 1EBYA 2QNQA 4EPJA 5P5WA 4FE6A 3QRSA 1TZSA 4D89A 4FGXA 2AZCA 1NH0A 5OZDA 3INEA 3MSJA 5P2MA 1IZEA 2WHHA 4R92A 2MIPA 1ODWA 3KT2A 5P7EA 2OF0A 5AHAA 3TTPA 2ER6E 4M8YA 3D20A 3PLLA 3KMXA 1EC3A 5P6GA 4Q1YA 3KF0A 5P0IA 3VV6A 5COPA 5P49A 4EWOA 1HEFE 3FIVA 4APRE 3VF5A 3SLZA 5P40A 2RMPA 2P8HA 1FB7A 3QROA 5P30A 1BWBA 3QRMA 3ZKNA 4HDBA 4Y5LA 2QI7A 3ZKXA 5P3ZA 1HVKA 3OQDA 4I0EA 3L5FA 4J0TA 3OK9A 1K1TA 3TNEA 4Y3JA 3T3CA 3RSVA 3KYRA 2FNTA 4PEPA 5P6YA 3QAAA 4ACXA 4OBZA 5OZPA 3OUCA 4CMSA 4RCDA 5DGUA 5P61A 3S54A 2ER7E 3LIYA 4F74A 4DQEA 3L5EA 2G27A 4Y5PA 3ECGA 5P3CA 1HOSA 5OYVA 3ZPTA 2R3WA 2VNMA 1HVCA 5COOA 5P3DA 5P7IA 5P7YA 5P0RA 2QI5A 2R3TA 1OEWA 2VJ7A 2PK6A 2IS0A 5P57A 2FXEA 2B7FA 3IXJA 3JW2A 4J0ZA 3UQXA 5P78A 4JECA 3HAUA 5P2LA 4DJVA 4YOBA 3HVPA 3EBZA 4GJ7A 5P7QA 3T7PA 4H3GA 4AZYA 5P0GA 1K2CA 3GGUA 5P75A 1OEXA 4OBJA 5P4TA 4NJUA 1MSNA 5P20A 1HTGA 3PMYA 2IL2A 2VIZA 5P1EA 2I4WA 1TSQA 1YTGA 5P28A 1EPPE 1GNOA 5I70A 4H1EA 3QVIA 5P42A 5P68A 2JE4A 3NDTA 3OXWA 5DQ2A 1SGUA 5P1QA 5P3QA 5OZVA 3QP0A 4Q1XA 5P0ZA 3KFNA 5P4IA 1FG8C 4YD4A 1C6XA 1W51A 3BXRA 2CENA 4FAEA 2HM1A 4FSLA 5P6JA 1SDVA 2P4JA 2PMAA 4GJAA 5P7AA 5IS4A 1HPOA 4Y57A 1SDUA 2VJ9A 5P3SA 2WEDA 5P1WA 3FNSA 4HE9A 3R1GB 1ER8E 3ZKMA 5P7TA 2HC0A 2I4QA 4LBTA 5P5PA 2V00A 4BFDA 4ZPEA 1LF4A 5P6EA 3PWRA 4RVXA 3S45A 5P7LA 5P7XA 5C9DA 3VF3A 4DVFA 5P6HA 1BAIA 3IN3A 3PI0A 2VIYA 5OZ1A 3TH9A 3NXEA 1BDQA 1MERA 1QBSA 1SIVA 3IGBA 4LL3A 3ZKQA 5P4VA 1T7KA 4M8XA 1J71A 2G1SA 1SIPA 2NNPA 3B80A 4K8SA 4R93A 3OQAA 4MC9A 1ZP8A 5KR1A 3K4VA 1ME6A 1NSOA 1K2BA 4DJOA 3IA9A 3OAGA 4K4RA 4MC6A 3TLHA 3INHA 2ZYEA 5HDUA 5P8HA 4I8WA 5P70A 1XE6A 5P12A 5AHBA 1EC2A 2ER9E 1YTJA 4F75A 5P4ZA 5P1JA 1FF0C 4DI2A 5P43A 4Y4TA 5P56A 3T7QA 4B70A 4GJCA 1A8GA 4Y4XA 2ZGAA 4FL8A 5OZRA 1MESA 4OBFA 4B1CA 1ZBGA 3VFBA 3QPJA 3EL5A 4L7GA 3OADA 4GYEA 2NXMA 3ZPSA 2PH8A 5P3NA 3UDYA 4IVTA 4B05A 1EEDP 3S7MA 5OYQA 4Y5EA 3AIDA 1MTRA 2BJUA 5ENMA 2BPVA 3O9LB 5P55A 4Y3SA 5IE1A 5P54A 5P3GA 5DQCA 1HIVA 5P07A 1EPOE 2O4KA 4I0FA 2CEMA 4D83A 5P3LA 2HS1A 3TL9A 5P4YA 3IN4A 4Y3YA 2FXDA 2RKFA 2G1RA 4B72A 1RL8A 3EM3A 5P8JA 4EQ0A 3CYXA 3LIVA 5P0CA 5P2BA 3UHLA 4Y38A 3BUGA 5P2HA 3UDPA 2NPHA 1ZJ7A 3U7SA 1A8KA 3JVYA 1F34A 2WEZA 4Y4DA 2G1NA 5P87A 5P7SA 4GJ9A 5OZXA 4A6CA 3NDUA 2UPJA 4CPRA 1ZAPA 5OZQA 5P7NA 3EKYA 5P4EA 5P3IA 3S43A 5P6MA 3C9XA 1MRXA 5P2CA 4D85A 3VV7A 5OZYA 1HPSA 2B7ZA 5HVPA 1M43A 4GJ8A 2G20A 5ER2E 3DM6A 1CPIA 2FS4A 5P2QA 3UDNA 3KN0A 5P3RA 4YD6A 1LYAB 4FS4A 4D8CA 4DJUA 3NU9A 5P27A 5OZ0A 3O9BA 3ZKGA 3OY4A 5P4FA 5P5UA 5P31A 2Q63A 3EL1A 4NPUA 4Y5CA 5IVRA 2SAMA 1LYWB 5OZBA 3OOTA 3KDBA 3D1ZA 3VV8A 2BQVA 5OZ5A 5P8QA 5P0PA 4ER4E 3ZL7A 4DJXA 1EPME 4GJ6A 5AH9A 1B6KA 4J55A 3NSHA 5P5XA 1E80E 5P35A 3KDDA 3EL0A 5P1FA 4DFGA 5P5CA 3CIBA 4RYCA 1LYBB 2QP8A 5P1DA 1ZPAA 3M9FA 2VJ6A 4NPTA 5OZIA 3PB5A 5P7RA 2JXRA 2AOFA 5P3VA 4ACUA 5P2UA 3PVKA 4DUSA 5P73A 4QLHA 3SA9A 3K5FA 1W5XA 1FMUA 2J9JB 5P4MA 4Y4UA 2XYFA 1HVSA 5P04A 3LPKA 1HVLA 1NPWA 4PHVA 1SDTA 3WSJA 5KR8A 4Y5GA 3WB5A 1B11A 2IENA 5P36A 5P2JA 2RENA 4EJKA 5P0WA 3CKPA 3UFNA 2V11C 3UDRA 4YCKA 4EP3A 4EXHA 3QBFA 1CZIE 5P59A 5OYTA 4Y3DA 1PPKE 2OHRA 3L5DA 4Z22A 4J5JA 3EKPA 5P2NA 5HDVA 5TOLA 2HAHA 4QGIA 5P83A 5P4JA 4QJ2A 3QVCA 5E5JA 3EKWA 2ER0E 1K6VA 4DQGA 2Q64A 4Y3ZA 4Y3GA 5P7BA 3NU6A 1MRWA 3LIQA 5P10A 4Y53A 5P71A 2OHKA 1PPME 3ER5E 1W6IA 1IZIA 2F3KA 4FLGA 5P6OA 4GMIA 1FEJC 5P5KA 3OU4A 3DV5A 1KJ7A 5P3XA 1KJ4A 5HU0A 2AZ8A 5HD0A 5P38A 5P09A 2WF3A 1T3RA 3GI5A 5I3WA 5HE5A 3FSMA 5ENKA 3ZOVA 2V13A 4Y36A 5P6ZA 1B6PA 4J1FA 4MC2A 3KA2A 2ZJIA 2G26A 5P4QA 4RCFA 2IKUA 1XS7D 2ZHSA 3CKRA 5HTZA 5P3OA 1FQ7A 1EC1A 3VSXA 1YM4A 3PBDA 2WF0A 1G35A 2NXLA 5P8PA 2QI0A 3DJKA 4EXGA 3PGIA 2Q15A 4Y5KA 5DR1A 2AOIA 3QRVA 1HEGE 3L5CA 4L1AB 5DQ1A 3OTYA 3EXOA 1M4HA 4J0YA 4U7QA 4I0ZA 5UPJA 1AXAA 3LNKA 5P3PA 3MXEA 1D4HA 1YX9A 4CPWA 3O9HA 1G2KA 1IVPA 5P69A 3NUJA 1Z8CA 3CYWA 2I4UA 2AVSA 2RSPA 3UDHA 2NMYA 2ZJJA 2QNNA 3PWMA 3APRE 1BVGA 4JPCA 1EPLE 3UQRA 4Q5MA 2AZ9A 3TPJA 3HAWA 3OQ7A 2OHPA 1HSGA 1XN2A 5P0OA 4YD7A 4XX4A 5DPZA 2QZKA 2FMBA 5P26A 5P37A 1G0VA 3HBOA 5P5YA 3EC0A 2WF2A 4ZSRA 5P2DA 3PWWA 5OZOA 4ZLSA 4QJ6A 1B5FA 3BRAA 2V10C 4L7HA 1MT8A 6UPJA 1G6LA 4NJVA 1IVQA 2P3AA 3T6IA 4QJAA 3TKGA 2Z54A 1RQ9A 4HZTA 5P6IA 5P6TA 1DP5A 4EJ8A 4ZPGA 3GGAA 1TSUA 1BVEA 2AZBA 3WB4A 2WJOA 4APEA 2P3BB 4FRSA 3I2LA 3SKGA 4EP2A 3LZUA 2AVQA 4OD9B 3LPIA 2AVVA 2R9BA 2O4SA 1AIDA 3RTHA 2ZDZA 4S1GA 2ANLA 3L3AA 4Y4BA 5P5OA 4KE0A 4ZEAA 3ZKSA 1QBUA 1D4KA 1WKRA 1D4JA 2A4FA 2QK5A 5P5EA 1HHPA 2PWCA 4CPXA 5P1UA 2QHZA 3PRSA 4Y3QA 2Q3KA 4I0GA 2NNKA 2BPXA 2PSVA 3IXOA 3OGQA 3SA6A 4OC6A 5P23A 5P0YA 5HCOA 3S7LA 1BBSA 5OYYA 4B77A 3SM1A 1SBGA 3N4LA 3Q6YA 1LEEA 5ISKA 1EPRE 3DV1A 4Y3XA 5J25A 1MTBA 1LYAA 5P0DA 3PLDA 3BHEA 1BXQA 2QD7A 3BVBA 4CPUA 1KJHA 5P60A 1HSIA 3PJ6A 1RV7A 1IZDA 2OHMA 5E5KA 1T6GA 4Y3PA 2P3DA 4Y6MA 3UTLA 1LYWA 1BV7A 4TRWA 4RYGA 5P4SA 5OZSA 1HPXA 1DIFA 4WY1A 2FGUA 1KZKA 2BPWA 5P7JA 5OZ6A 3IXKA 4Y45A 4Y47A 2R5QA 5P7PA 1GKTA 5P45A 5HU1A 4AUCA 5P7GA 2B8VA 5P0EA 3O9GA 4DH6A 5P2GA 3PSGA 1PSNA 3AUPA 2QAKA 2WEBA 2AOJA 1FG6C 4YCYA 1PPLE 4Q1NA 4GJBA 3EKTA 1GVTA 2IGYA 1XN3A 5P4UA 4JOOA 2HB3A 1T7JA 2QD6A 5P1YA 2J9JA 2XFIA 3LIXA 4CPTA 5P67A 3TPRA 5HDXA 1AM5A 3F9QA 3I8WA 5AH8A 4DV9A 5P2YA 3QN8A 5P8IA 1T7IA 1OD1A 4ZSQA 2P3CA 4DJRA 1DAZC 3FV3A 2FNSA 1MSMA 5IVQA 3OUDA 3CIDA 2I4VA 5P6UA 2B8LA 2AOGA 5P7FA 1TCXA 3SACA 2PQZA 2WECA 4K4QA 3G72A 1C70A 3Q5HA 3QS1A 5P29A 5KQXA 2A1EA 5OZEA 5P0KA 2I0AA 1AZ5A 5P5HA 4DQFA 1QDMA 3VYDA 6APRE 3R0YA 5P00A 1ODYA 5P2AA 5P2VA 1EBKC 4Y5BA 2VIJA 1A30A 2R43A 2ASIA 3K1WA 4RRSA 5OZCA 5P77A 5P89A 4A6BA 5P5VA 5EZZA 3TKWA 1KJGA 2NTRA 3R2FA 3KDCA 1D4SA 5P0LA 4BELA 2QHYA 5CLMA 5P7VA 1GVUA 4J1CA 3OGPA 1MT7A 5P6DA 1A94A 3PMUA 1TW7A 1F7AA 5P2KA 3VLBA 3OUBA 2OHNA 3SM2A 4X2LA 5P3MA 4OBZB 4DQHA 5P22A 2VA6A 2I4XA 5JODA 3VCMA 5P19A 5P5FA 1XE5A 5OZ8A 3ZLQA 5AHCA 1JLDA 5P7MA 2PC0A 4Y5NA 3TOGA 5P6AA 3UFLA 5P6XA 2QZXA 3PI5A 4Y4EA 3SA7A 1BIMA 2OHUA 3UQUA 5P6QA 3WZ6A 5OYRA 2XYEA 1BXOA 5KQZA 3BUHA 5OZTA 1IZHA 2I0DA 7UPJA 5KQFA 5P18A 5P4HA 5P5IA 1APUE 1QS8A 5P74A 4F73A 3LZVA 4GJDA 1HVRA 5B18A 5P2EA 5AGZA 5P79A 3APPA 4HLAA 1BV9A 3LPJA 3UDQA 1HVIA 2ZJHA 4YD5A 5AH6A 5P6SA 1NPAA 4Y54A 5P8UA 1FFIC 2G21A 1YTHA 5P66A 5P2OA 3I7EA 2QI1A 3S8IA 3SAAA 2NMZA 2VA7A 2QU3A 2QZWA 1APTE 3OQFA 3MSLA 5BRYA 2PWRA 4IVSA 4Y3AA 5P0JA 3BUFA 5P8CA 4CP7A 4D88A 4Y3NA 2OHSA 4TRZA 5P0UA 2AODA 2WF4A 3GI4A 1EBZA 1VIJA 2AOCA 3IVHA 5I3VA 4FM7A 3T11A 3FNUA 5P6CA 1D4LA 4CKUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3CKT A;  3S53 A;  4CPQ A;  3D1X A;  5AH7 A;  1SH9 A;  2AOH A;  3OWN A;  3VSW A;  4F76 A;  2ZHT A;  4J1E A;  4Y4J A;  2QNP A;  2ZHV A;  5P5J A;  1FKN A;  2I4D A;  2IKO A;  5P8M A;  5EZX A;  1FLH A;  4Y56 A;  3DOX A;  3VUC A;  3O9C A;  5P1C A;  4HA5 A;  4KUP A;  5P2X A;  5P82 A;  5P6W A;  1AVF A;  1HPV A;  4NJS A;  1FQ6 A;  5DQ4 A;  3LIZ A;  5P06 A;  1UH7 A;  2BPY A;  2ZE1 A;  3ER3 E;  5OZG A;  2Q5K A;  5P25 A;  4TVH A;  3L59 A;  1IBQ A;  2H6T A;  5CON A;  5P2W A;  5OZK A;  5JFU A;  3T7X A;  5P3Y A;  3K4V C;  5P5Q A;  3O9E A;  4RGH A;  5HE4 A;  3OUA A;  3WZ7 A;  5P3E A;  5P6N A;  5P76 A;  3GGX A;  2HB2 A;  5P48 A;  3QI1 A;  1PSO E;  3EMY A;  5P3J A;  2UXZ A;  4RZ1 A;  5P7K A;  2IRZ A;  5OYS A;  2IEO A;  1W50 A;  2BKS A;  5P4L A;  4OBH A;  4BEK A;  5DR0 A;  5P5N A;  3PCZ A;  3OOZ A;  1W5V A;  1BDR A;  5P1P A;  4Y44 A;  5JFP A;  1D4I A;  1UH9 A;  4ZE6 A;  2I1A A;  4RVI A;  4RCE A;  4YOA A;  5P7H A;  3FKT A;  2WF1 A;  2G1O A;  4HDP A;  3GW5 A;  5P6R A;  3L58 A;  3Q3T A;  5P3T A;  5P81 A;  3OXC A;  5PEP A;  4Y3E A;  2XFK A;  4YD3 A;  5P0M A;  2V0Z C;  2O4N A;  1ZTZ A;  4PZW A;  3ST5 A;  2OHT A;  4L6B A;  3O99 A;  5OZU A;  4PYV A;  1EBW A;  1T6E X;  1YT9 A;  5P33 A;  5SXN A;  4OBK A;  3UDJ A;  4K4P A;  5SY3 A;  1EBY A;  2QNQ A;  4EPJ A;  5P5W A;  4FE6 A;  3QRS A;  1TZS A;  4D89 A;  4FGX A;  2AZC A;  1NH0 A;  5OZD A;  3INE A;  3MSJ A;  5P2M A;  1IZE A;  2WHH A;  4R92 A;  2MIP A;  1ODW A;  3KT2 A;  5P7E A;  2OF0 A;  5AHA A;  3TTP A;  2ER6 E;  4M8Y A;  3D20 A;  3PLL A;  3KMX A;  1EC3 A;  5P6G A;  4Q1Y A;  3KF0 A;  5P0I A;  3VV6 A;  5COP A;  5P49 A;  4EWO A;  1HEF E;  3FIV A;  4APR E;  3VF5 A;  3SLZ A;  5P40 A;  2RMP A;  2P8H A;  1FB7 A;  3QRO A;  5P30 A;  1BWB A;  3QRM A;  3ZKN A;  4HDB A;  4Y5L A;  2QI7 A;  3ZKX A;  5P3Z A;  1HVK A;  3OQD A;  4I0E A;  3L5F A;  4J0T A;  3OK9 A;  1K1T A;  3TNE A;  4Y3J A;  3T3C A;  3RSV A;  3KYR A;  2FNT A;  4PEP A;  5P6Y A;  3QAA A;  4ACX A;  4OBZ A;  5OZP A;  3OUC A;  4CMS A;  4RCD A;  5DGU A;  5P61 A;  3S54 A;  2ER7 E;  3LIY A;  4F74 A;  4DQE A;  3L5E A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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