4L7GA

Diethylaminosulfur trifluoride-mediated intramolecular cyclization of 2-hydroxy-benzylureas to fused bicyclic aminooxazoline compounds and evaluation of their biochemical activity against beta-secretase-1 (bace1)
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
388
structure length
373
Chain Sequence
FVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVESQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Diethylaminosulfur Trifluoride-Mediated Intramolecular Cyclization of 2-hydroxycycloalkylureas to Fused Bicyclic Aminooxazoline Compounds and Evaluation of Their Biochemical Activity Against β-Secretase-1 (BACE-1)
doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 373
sequence length 388
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2013-06-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l7gA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4l7gA02
4ER1E 5JG1A 5P87A 3PHVA 3ZL7A 4J0VA 3UTLA 5P1OA 5P74A 4QLHA 2F8GA 3BHEA 5P85A 2WEBA 2PQZA 2A4FA 2ZJNA 2I4WA 3EL1A 5P07A 4ACUA 2IQGA 4EJLA 4JPEA 1YG9A 1NPVA 1FQ5A 3LIXA 5P4CA 4Y3FA 4LBTA 3BGBA 5P0JA 5HVPA 1FG6C 5P2TA 4U8WA 4CPUA 1FB7A 2Q5KA 2VA6A 4Y3NA 3FNSA 5P1HA 2Q63A 1YX9A 5P7ZA 1HTEA 1BDRA 2P3CA 5P1QA 2I4DA 5OZBA 4PPHA 5P8TA 3OXVA 2WEZA 5IVRA 4Y37A 2I4XA 4Y5AA 4Y3GA 3WB4A 5P17A 3PLLA 3R1GB 5P4UA 5P3NA 3UDNA 3TKGA 4HVPA 1ODXA 4R95A 5P1ZA 5P2AA 1QRPE 5B18A 3HVGA 4K4QA 3NLSA 1YTJA 5P7VA 5P1VA 1FLHA 2I1AA 1AIDA 1MSMA 4H3GA 3ER3E 4FE6A 2VKMA 3M9FA 4Y4GA 4DJVA 5P3OA 3BGCA 2HC0A 1HIVA 3CMSA 2IDWA 2B60A 2NPHA 4I0JA 2QP8A 4EJKA 2O4PA 4KE1A 1BILA 5P6FA 3ST5A 1M0BA 3CIDA 1FKNA 1HEFE 2CEMA 3TKWA 2VJ6A 2QAKA 5OZ5A 4DJQA 4JPCA 5BS4A 4Y5EA 4DJYA 5P1LA 1T7KA 5ER1E 3LZVA 2FNTA 1HVSA 2ZJKA 4F73A 3N4LA 5P3MA 5P2NA 5DQ2A 4Y4JA 5P7IA 5JFPA 4JP9A 3TPRA 4I0IA 2WECA 3KMYA 3O9EA 5P4PA 5P6TA 2FDPA 2ZDZA 2QI1A 4D88A 5P6CA 4Y36A 5P3LA 5OZYA 4RRNA 5P15A 2PH6A 5OYZA 1B11A 1K6VA 2ZE1A 2O4NA 5P4SA 2BQVA 3PWWA 3DUYA 1GVUA 3ZKXA 5P0MA 5P4LA 3IAWA 3IN3A 5P2JA 4EHCA 4ZLSA 5P1FA 5P7CA 3ZKNA 5P03A 5P4MA 3JW2A 2VJ9A 3LIQA 5P6QA 3URJA 2PSGA 2ZJIA 4CKUA 1B5FB 2I0DA 3RSVA 5OZ1A 3OQFA 5OZDA 5P26A 3T7PA 3K5GA 2QMPA 4RVIA 5P4EA 2QCIA 3KDDA 4Y9WA 5SXNA 1GNOA 3TOHA 4IVSA 4DFGA 1HBVA 1AJXA 4N00A 3C9XA 5SY3A 4RYGA 2AQUA 5OZUA 4Y5CA 5IE1A 3CKPA 1SDVA 3NUOA 1EBKC 4QJAA 5P0HA 4J1CA 1APTE 5KR1A 3UDJA 4TRYA 4DJPA 4FRSA 5P3ZA 4ZE6A 4B0QA 5P0IA 3SA4A 1YM4A 3IXKA 1B6MA 3OQAA 1Z1HA 3L5EA 3PMYA 1EPNE 5P4QA 5TOLA 5P5KA 3VV7A 1HVCA 5AHCA 4XXSA 2P3BB 5P4YA 5EZXA 2AZCA 2Q11A 4NPTA 5P6ZA 1GNNA 4PZXA 3UQRA 1T3RA 3OGPA 3QROA 5P2RA 2AVQA 2HB3A 4Z2ZA 1C6ZA 2I4VA 3TTPA 3KT2A 4GJ6A 5OZTA 2F80A 5KQZA 3PSGA 3WB5A 1IVQA 1B5FA 3BVAA 3S8IA 3OWNA 4FAFA 1K6CA 2ASIA 5DQCA 1FQ6A 4ZSQA 5P2EA 2Z54A 4PHVA 2B7ZA 2B8VA 5P8AA 3ZKSA 5P1JA 4HEGA 1ZPKA 1XN3A 5P8FA 1G0VA 2QZKA 2NNKA 3MSLA 4RLDA 1QS8A 2G1OA 4B70A 4Y45A 4Y4WA 1LYWB 4TVGA 3L5FA 2IL2A 3D20A 5P1RA 3ER5E 1LYBB 3B80A 3EL4A 5AH6A 4DJRA 5P6IA 3CIBA 5P6VA 3UDRA 3BXRA 2IKOA 4I10A 5P6EA 3K5FA 2G21A 3LZSA 5DGUA 5P0FA 2QNNA 3KFPA 3ZMGA 4KUPA 2XFKA 2P3BA 5P7RA 5P2KA 5P6XA 3JVWA 3EKXA 4I12A 4GJ8A 1EPRE 3LIYA 2BKSA 4PZWA 5HE7A 5P6LA 5P2CA 3INDA 2UPJA 3PVKA 1HTRB 2VA5A 4B72A 5AHBA 1G6LA 2AZ9A 1EEDP 3VYDA 4QJ9A 2G1YA 3OQDA 4FM7A 5P2YA 5UPJA 2VJ7A 1W51A 1HXWA 4PEPA 5OYQA 3S7MA 3QN8A 1FMXA 4NJVA 5P4FA 4TRWA 5J25A 1BWBA 4DVFA 5P73A 3L3AA 4DI2A 5OZ0A 1YTHA 4RVJA 3SACA 3O9AA 1XE6A 2Q3KA 1HPXA 1MT8A 4CPXA 4DV9A 3BUHA 5P69A 1B6LA 1PSNA 3LNKA 3OADB 5AGZA 1LYWA 3OU4B 4EP2A 4LXKA 3PB5A 5P1MA 5P18A 5P13A 1EBYA 4KE0A 1QBTA 3BUGA 5AH9A 4I8ZA 1OD1A 4GZFA 4J17A 3KT5A 3GGVA 5P77A 4NJTA 2UY0A 1Z1RA 3OU3A 5P47A 3UCBA 4I11A 1K1TA 5P3BA 1W6HA 2OHQA 3LPIA 4YCTA 1UH9A 1SP5A 5P5FA 4MC6A 3RU1A 3OOTA 3O9CA 1W50A 5P49A 2FS4A 3ECGA 5P5EA 4Y50A 4BELA 3IVHA 1XS7D 4L7HA 2PH8A 1C70A 5P5IA 4Y48A 3OUCA 2QI0A 3LIZA 4LP9A 5OZ9A 3PBZA 5P2XA 3UHLA 4B78A 1DPJA 3INHA 4K4PA 5OYVA 4YD6A 5KR2A 3UQUA 5JFUA 5P64A 3EKYA 2QK5A 1FEJC 2WEDA 5OZJA 2IEOA 5P20A 3HDKA 3MXEA 3A2OA 3SA9A 4LC7A 3S7LA 2QHCA 3F9QA 5P79A 4QJ8A 5P45A 5P51A 3T6IA 3OADA 5P7UA 3OU4A 5HCTA 3L5CA 2FGVA 5F00A 5P89A 1EPOE 5P33A 4Y5KA 3ZKMA 2WEAA 2QMDA 1WKRA 5P5RA 5P4RA 2ZJMA 5P1GA 3BUFA 4WTUA 5ISKA 1TCWA 1E82E 4Y5PA 2R8NA 5P0NA 4DJUA 2FXDA 5DR3A 1HWRA 4WY1A 3QVIA 4J1FA 3FX5A 1IZIA 2FMBA 5P1SA 5OZQA 3OHHA 5KQXA 5P0YA 1QBUA 2AOHA 5P0QA 2P3AA 4BFBA 2HIZA 3BVBA 1EPLE 5P4ZA 4FIVA 3FKTA 3RTMA 3ZPSA 3LPKA 3UDMA 3I6OA 4L1AB 1K2CA 5P7QA 5OZXA 5P37A 5P28A 4MC9A 1HTGA 4EPJA 3PBDA 5OZVA 5P5GA 5E5JA 5P22A 4ZEAA 3VG1A 5C9BA 1GVVA 3Q3TA 2OHRA 4U7VA 1G35A 3VFAA 4DPFA 2QI4A 1IZEA 4GIDA 5P4GA 2G27A 5P06A 5OZ3A 1TSUA 4FGXA 2I4UA 2HB2A 1D4HA 3HAWA 3APRE 5OZHA 5KOSA 3QVCA 2HAHA 3UQWA 4AA8A 3QPJA 3RTNA 5P1PA 3DCRA 4Y4XA 3EKQA 1MSNA 3O9BA 5COKA 1ODWA 5P31A 3KFRA 3NUJA 5P88A 2R38A 5OYTA 5OZFA 5P2GA 2NXLA 3GI0A 4S1GA 3EM6A 3SLZA 1EC2A 1E5OE 4FCOA 1KJFA 3GW5A 3PI5A 5OZWA 3VYFA 2VS2A 3RTHA 4Y47A 3SKGA 4DQHA 3IVIA 5P4HA 4LL3A 3CYXA 3GGAA 3PEPA 1AXAA 4DH6A 2AZBA 4HLAA 3SFCA 4M8XA 4YBIA 3QP0A 4Y4BA 5P78A 3APPA 4EJDA 3GGXA 4L1AA 4RRSA 2AOGA 3UQXA 5P8MA 1LF3A 5P4DA 2XYEA 4XKXA 3B7VA 3I2LA 2AOJA 4I0ZA 4GJ5A 5P2MA 3EMYA 3TPLA 5P2SA 1MT7A 2QHZA 2R5QA 2BPWA 3BRAA 5P41A 3HVPA 3R2FA 5P16A 1F34A 1RPIA 4Y5LA 2CENA 2R43A 3NWXA 5OZPA 2IRZA 3IA9A 4Z50A 1K6TA 4TVHA 1Z8CA 4UPJA 3TPPA 3CICA 2VIYA 5P0ZA 1FQ7A 4HA5A 2FXEA 3MXDA 4MC2A 5IVSA 4J55A 5P01A 2B42A 2AVOA 1DW6C 3O9GA 3K5CA 1FF0C 3OOZA 5P6MA 4ZSPA 1TW7A 2ZHSA 2QZLA 3U71A 3ZPTA 5P5HA 4CMSA 4CPRA 3OHFA 3SA6A 1KJ4A 3DV1A 5OZGA 1B6JA 2NMZA 2OHPA 5P8BA 1D4JA 4Q1NA 7HVPA 5P7XA 5KOQA 3URIA 7UPJA 4B77A 3QBHA 1GKTA 4B1EA 3DJKA 2OHNA 4Y3XA 3NR6A 5P5JA 2Z4OA 1SMEA 1RNEA 5P2IA 1LEEA 1APUE 4FSLA 5P6AA 2V00A 3OY4A 1PSAA 2IS0A 2ZYEA 2I4QA 1HVJA 2FDDA 3L38A 1EPPE 5P66A 2QHYA 4Y44A 4AUCA 4GJ7A 1FFFC 1GVWA 1FMBA 5OYSA 5P71A 2AOCA 5P7GA 2OHLA 5P48A 5P2DA 2QI5A 5P55A 5P86A 1LYAB 5P2VA 1BV7A 4H3FA 3H0BA 3IXOA 4CPSA 5C9FA 4YD5A 2QNPA 3PSYA 3OXWA 4NJSA 3L59A 4Y4EA 3GI6A 1A9MA 2AOFA 1CMSA 1YT9A 5T4SA 3EC0A 4R91A 4I0GA 2PYMA 3VEUA 4GB2A 5P4WA 3UDQA 1IBQA 5P0AA 3CKTA 9HVPA 3VSWA 2APRA 5OZ7A 1RV7A 5CONA 5P0DA 1OEXA 2AZ8A 5C9DA 1MPPA 3SPKA 3NYGA 2G24A 5P19A 2R5PA 4J1EA 3HW1A 2QMFA 4RCEA 4Y3PA 1A8KA 5P83A 5DR4A 2QU2A 5OZNA 3HZCA 1SIVA 4HDPA 3DM6A 4MC1A 5P3HA 4E43A 1A8GA 5P8SA 5P70A 5P68A 2V12C 3AIDA 2HS1A 2RSPA 1EC3A 2BJUA 3ZLQA 3HD8A 3KYRA 1PPKE 1DAZC 5OZZA 1AVFA 3D1ZA 4YOBA 4Y3QA 4R5NA 4RROA 1KJHA 4Y41A 4Y5BA 4Y4ZA 5HDXA 1UH8A 3NXNA 3KA2A 1U8GA 1LYAA 2ZGAA 1MESA 4YOAA 5P8RA 4ZSRA 5ISJA 2ZHRA 5HD0A 3L5DA 3PCWA 1BDQA 5P0TA 3S54A 4R8YA 3D91A 2NXDA 2QD8A 5P67A 4F74A 1HTFA 2VNNA 3VCMA 2JJIA 3IGBA 2J9JA 4Y3YA 4I0DA 4H1EA 3EXOA 1HIHA 1MUIA 3VF7A 3PWRA 1D4IA 4J1HA 5P6YA 5P72A 5P5PA 4Y3ZA 3FV3A 5OZ4A 4B1DA 4Y39A 1YTIA 3VSXA 2AVMA 3FNUA 3NDWA 3S56A 3FNTA 5OZKA 3PMUA 2P83A 3DV5A 4DQCA 4Q5MA 5P32A 1HRNA 5P7EA 5P4OA 2G26A 1WBMA 3PI0A 4ACXA 3MSJA 1ZAPA 4ZPEA 1LZQA 3NU4A 5P0UA 3WZ6A 4F75A 4APEA 4CP7A 3OAGB 4RVXA 3NU3A 5P02A 5P2UA 5P4TA 1C6YA 2OHKA 1MEUA 4L7JA 3PRSA 5P7KA 3ZKQA 5HDZA 2PSUA 3GI5A 3UDHA 2BKTA 3UFLA 4I8WA 1ZJ7A 1K2BA 4Y4DA 2ZHTA 5P4NA 5P3UA 3KFSA 1TSQA 3BXSA 3MSKA 4OBDA 3HAUA 5P3TA 5OZMA 4CPTA 3R0WA 4DJWA 1RQ9A 5P7JA 5HDVA 2FLEA 5P1XA 4EXGA 4ZPGA 5P5UA 3KF0A 4A4QA 2ZJJA 5DGWA 4D8CA 3QRSA 1EC0A 3T11A 5P05A 3NWQA 4Q1YA 5P46A 1EPQE 3SA5A 5P11A 3K4VC 5P5NA 4F76A 3O9DA 2AVSA 2V0ZC 5P60A 3TPJA 4GJBA 5P7NA 2PYNA 5P6SA 5P8NA 4LAPA 5APRE 3GI4A 3PWMA 4Y58A 5P1DA 5P4JA 5P40A 8HVPA 2BPYA 4YDGA 3S85A 3HLOA 4KB9A 5P4VA 1M43A 4FM6A 5P0VA 1UPJA 4Y4UA 4J5JA 3OAGA 4OBGA 2WF1A 4Y3LA 4EWOA 5KQYA 4H3JA 4J1KA 2Q55A 2R9BA 4B1CA 2VA7A 3LINA 1ZSFA 1T6GA 2IGXA 2AOIA 2RMPA 6APRE 1ZP8A 1FG8C 2WKZA 2NMYA 4IVTA 2QU3A 2FIVA 1T6EX 4X7IA 1YTGA 2G69A 3O9FA 5P6BA 2O40A 4YD4A 4FLGA 3LIVA 1BBSA 3RVIA 2EWYA 5P5MA 1DP5A 5P6GA 2F81A 2G22A 2OHTA 3Q5HA 6UPJA 5P34A 2QD7A 5P09A 2PMAA 5P2FA 5P1KA 5P3DA 1EBZA 3G6ZA 1FGCC 2IENA 1PFZA 3EM3A 5P8LA 1YM2A 3RSXA 3VV6A 2PSVA 3FSMA 5P12A 1C6XA 3I7EA 3EKPA 5P57A 5DPZA 3S45A 5P8DA 5HCOA 4OBZB 5OYWA 5P24A 2MIPA 2QZXA 4I0HA 1HPOA 5P4KA 2RENA 3INEA 4OBKA 3PCZA 4Y35A 5P5WA 3TOGA 3OXCA 3OUBA 5P54A 5P3XA 4DQEA 5P58A 3S2OA 3O9HA 1ZSRA 5DQ4A 3SQFA 1SDUA 2G1SA 3G72A 3S53A 5P0LA 2OHSA 1IDBA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4ER1 E;  5JG1 A;  5P87 A;  3PHV A;  3ZL7 A;  4J0V A;  3UTL A;  5P1O A;  5P74 A;  4QLH A;  2F8G A;  3BHE A;  5P85 A;  2WEB A;  2PQZ A;  2A4F A;  2ZJN A;  2I4W A;  3EL1 A;  5P07 A;  4ACU A;  2IQG A;  4EJL A;  4JPE A;  1YG9 A;  1NPV A;  1FQ5 A;  3LIX A;  5P4C A;  4Y3F A;  4LBT A;  3BGB A;  5P0J A;  5HVP A;  1FG6 C;  5P2T A;  4U8W A;  4CPU A;  1FB7 A;  2Q5K A;  2VA6 A;  4Y3N A;  3FNS A;  5P1H A;  2Q63 A;  1YX9 A;  5P7Z A;  1HTE A;  1BDR A;  2P3C A;  5P1Q A;  2I4D A;  5OZB A;  4PPH A;  5P8T A;  3OXV A;  2WEZ A;  5IVR A;  4Y37 A;  2I4X A;  4Y5A A;  4Y3G A;  3WB4 A;  5P17 A;  3PLL A;  3R1G B;  5P4U A;  5P3N A;  3UDN A;  3TKG A;  4HVP A;  1ODX A;  4R95 A;  5P1Z A;  5P2A A;  1QRP E;  5B18 A;  3HVG A;  4K4Q A;  3NLS A;  1YTJ A;  5P7V A;  5P1V A;  1FLH A;  2I1A A;  1AID A;  1MSM A;  4H3G A;  3ER3 E;  4FE6 A;  2VKM A;  3M9F A;  4Y4G A;  4DJV A;  5P3O A;  3BGC A;  2HC0 A;  1HIV A;  3CMS A;  2IDW A;  2B60 A;  2NPH A;  4I0J A;  2QP8 A;  4EJK A;  2O4P A;  4KE1 A;  1BIL A;  5P6F A;  3ST5 A;  1M0B A;  3CID A;  1FKN A;  1HEF E;  2CEM A;  3TKW A;  2VJ6 A;  2QAK A;  5OZ5 A;  4DJQ A;  4JPC A;  5BS4 A;  4Y5E A;  4DJY A;  5P1L A;  1T7K A;  5ER1 E;  3LZV A;  2FNT A;  1HVS A;  2ZJK A;  4F73 A;  3N4L A;  5P3M A;  5P2N A;  5DQ2 A;  4Y4J A;  5P7I A;  5JFP A;  4JP9 A;  3TPR A;  4I0I A;  2WEC A;  3KMY A;  3O9E A;  5P4P A;  5P6T A;  2FDP A;  2ZDZ A;  2QI1 A;  4D88 A;  5P6C A;  4Y36 A;  5P3L A;  5OZY A;  4RRN A;  5P15 A;  2PH6 A;  5OYZ A;  1B11 A;  1K6V A;  2ZE1 A;  2O4N A;  5P4S A;  2BQV A;  3PWW A;  3DUY A;  1GVU A;  3ZKX A;  5P0M A;  5P4L A;  3IAW A;  3IN3 A;  5P2J A;  4EHC A;  4ZLS A;  5P1F A;  5P7C A;  3ZKN A;  5P03 A;  5P4M A;  3JW2 A;  2VJ9 A;  3LIQ A;  5P6Q A;  3URJ A;  2PSG A;  2ZJI A;  4CKU A;  1B5F B;  2I0D A;  3RSV A;  5OZ1 A;  3OQF A;  5OZD A;  5P26 A;  3T7P A;  3K5G A;  2QMP A;  4RVI A;  5P4E A;  2QCI A;  3KDD A;  4Y9W A;  5SXN A;  1GNO A;  3TOH A;  4IVS A;  4DFG A;  1HBV A;  1AJX A;  4N00 A;  3C9X A;  5SY3 A;  4RYG A;  2AQU A;  5OZU A;  4Y5C A;  5IE1 A;  3CKP A;  1SDV A;  3NUO A;  1EBK C;  4QJA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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