5OZKA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 31
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozkA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5ozkA01
5P7EA 5C9FA 1LYWB 5P27A 5P17A 4DUSA 3OQ7A 4FM8A 4PHVA 2FDEA 4J0YA 5P7IA 3BVAA 1D4KA 2ASIA 2QMFA 1HIHA 1ZLFA 4Y6MA 5P49A 3KF0A 3OAGB 1MSMA 1KJ4A 3F9QA 5P1AA 1IZIA 3PBDA 5OYXA 2G24A 1EPLE 4AA9A 5P8KA 4AUCA 3CIBA 2P83A 2ER6E 3KDCA 4DQGA 5P6CA 2G69A 2Q15A 4I0GA 3K4VC 4ZSPA 3SM2A 2Z4OA 3GI0A 4YD5A 5P6DA 1K6TA 1SIVA 5P3QA 2AZBA 3EKYA 4YDGA 3S53A 1FFFC 4GJAA 3SABA 4DJWA 2AODA 5P5PA 3VF7A 1XDHA 2OHRA 1HTFA 4YA8A 5P7LA 1BWAA 3EKQA 3NU6A 3L5CA 3S7MA 3NUJA 3BUHA 4WTUA 3KA2A 4CPWA 5F01A 2NMZA 3TOGA 2ZJLA 5HE5A 3S2OA 3UQWA 4RCEA 4CPQA 3KT5A 2QCIA 1KJ7A 5P7SA 5P39A 4Z22A 4RVXA 8HVPA 1K1UA 4LAPA 3R1GB 4D88A 1IDAA 5P01A 2OHQA 5P06A 5OYRA 1UH9A 1MRXA 4EWOA 3QAAA 4B1DA 4DQBA 5P1WA 1W5YA 4PZXA 4TVHA 2BKSA 1FEJC 2QU3A 3SA4A 4Y3QA 1BVGA 1KJGA 5P0KA 2QMDA 5P5AA 3T6IA 2FS4A 4Z50A 3QVIA 2WF1A 1C6YA 5COKA 5P2YA 2BPZA 1WKRA 3NU5A 1T7JA 1FQXA 3GW5A 2G26A 5P81A 5OZEA 3B80A 2WF2A 2WKZA 2PSVA 4B70A 4ACXA 4PZWA 1ME6A 2NXDA 5OYVA 1RL8A 2QZLA 3KFPA 3PWWA 1SGZA 4Y3MA 5P3ZA 1TW7A 4FL8A 2ZJHA 3PWMA 4DQFA 4ZLSA 2WEAA 5P72A 3OUCA 3ZL7A 3KMYA 3SFCA 4LXMA 5OZQA 3VV6A 3UFNA 1OEWA 1META 4CKUA 1LYAB 5P0HA 2R8NA 1VIJA 5I70A 1HOSA 2QNNA 3TTPA 2AOIA 2G22A 5OYZA 1ZP8A 1EPRE 4L1AA 1AXAA 1HVIA 4H3FA 4YD6A 2JJJA 5P4VA 5P69A 5P4SA 5P5BA 3IAWA 2JJIA 4J1KA 5P5CA 4F74A 4Y51A 1IVQA 3ZOVA 4YE3A 4RCDA 4CPSA 3OQAA 5AHAA 4QJ2A 5P7NA 7HVPA 4B1EA 2B8LA 5P3YA 5P85A 1IIQA 5P0CA 2I4UA 5P2LA 5P6OA 5P0UA 2AOHA 5P78A 3O9GA 4Q1YA 4BELA 5P8DA 2NXLA 3WZ8A 1VIKA 2VJ9A 1N49A 3G70A 3SO9A 3ZMGA 1K6PA 4FRJA 4Y54A 1D4SA 1TSUA 2AZ8A 1BV7A 5P23A 3O9BA 2SAMA 4TRYA 4Y4TA 5HDXA 3K5CA 5P5SA 3OADA 5P0YA 3SA8A 2PQZA 2FXEA 5P2BA 5P6LA 5P3AA 4OBZA 1HBVA 2R3WA 3RSXA 3QRVA 4YBIA 5P6SA 1B6KA 1SDVA 4YD7A 1F34A 2JXRA 1HVRA 5P6PA 1MT7A 5P6VA 3APRE 1A8GA 1W5VA 1QBSA 2R5QA 1HEFE 5P2XA 1GVTA 2BPWA 5P2FA 4Y3GA 5AH6A 4GJ5A 5HDUA 3TPLA 5P3XA 5SZ9A 1AZ5A 2HPEA 2PH6A 3FIVA 5P4WA 1DP5A 4JOOA 1HVLA 2IS0A 3QRMA 2NR6A 4Y5EA 1EC3A 4YBFA 5HDZA 2CENA 2OF0A 5P1BA 5OZ2A 1A9MA 4ACUA 1FIVA 4GJ7A 4M8YA 5I3VA 1EBKC 5P8HA 5P2NA 3UQPA 3PCWA 4Y3DA 1BIMA 1HSIA 1FGCC 4EXGA 5P5MA 3URIA 2BB9A 5P8IA 3CYXA 3NDUA 2B8VA 1APUE 4I1CA 4L7GA 5JFUA 4J1FA 2HPFA 3OU3A 3T7PA 5P6RA 1LZQA 4Y5NA 3DK1A 4KB9A 4U7VA 4EP2A 2J9KA 2FNSA 1ZPKA 4FM6A 3AUPA 1LV1A 4RVIA 3LNKA 1K6CA 2ANLA 4DPFA 4HDBA 5P8RA 2NTRA 2XFIA 3I7EA 4OBZB 1MSNA 3T3CA 4I12A 1G6LA 4Y4BA 3OU1A 5E5JA 2OHLA 5P7XA 4KE1A 6APRE 2RKFA 4Y45A 5P6QA 2WL0A 2WHHA 3KMXA 2P4JA 4GZFA 5P0EA 2VA6A 4QGIA 2ZHVA 3EKVA 2B60A 2UXZA 5COPA 3U6AA 2WEZA 4HA5A 5BRYA 4Y3AA 5P8SA 3TKWA 4MC1A 4FAEA 1TCXA 6UPJA 1ZSFA 3PMUA 4AZYA 5P3FA 2RSPA 4ZPGA 2ZGAA 2Q11A 4D8CA 5HD0A 5P04A 3UDKA 4EYRA 1U8GA 1EC1A 5OZ4A 1LEEA 3NYGA 1MERA 1QRPE 2UPJA 4YD4A 3CICA 3L5EA 5P2KA 5P88A 1ODWA 5P6NA 5P8QA 5P2CA 3TPRA 4GJDA 5P0BA 1CMSA 3T11A 3HZCA 1T7IA 4ZPEA 4HVPA 3OXWA 5P1UA 4OBFA 4EP3A 5ISKA 1FG8C 1W6IA 4EJDA 4X7IA 1SDTA 4S1GA 4DJVA 2ZHUA 3L5DA 5P83A 4Y39A 5P8TA 3BVBA 1HXWA 1APWE 2G94A 2QZXA 4Y3FA 5P57A 4APRE 4NPUA 3S8IA 2R9BA 5OZJA 4OC6A 2PYMA 4OBGA 2WECA 4Y5CA 1M0BA 2PK6A 4I0EA 2QI3A 4EXHA 4GIDA 5I3XA 3OUAA 1HVHA 5JODA 1YTHA 2F3KA 2G20A 4Y5PA 1PFZA 2UY0A 1C6XA 4Q5MA 2G1SA 5DQ2A 3O9HA 3SAAA 3CIDA 2JE4A 3BXSA 5DQ1A 5P09A 5P5IA 1G0VA 5P4YA 2XYFA 3O9CA 3HAWA 4ER4E 1FQ8A 5P59A 3Q6YA 4FRIA 2PSGA 5P0PA 3K5GA 1B6LA 3OGPA 5KQYA 5P4ZA 5P8EA 1ODXA 2FLEA 3OY4A 5P2OA 3SKGA 3ER5E 3D1XA 1YTGA 2BPXA 2QP8A 5P16A 4Y3XA 1EBWA 1HTEA 3WB4A 2XFJA 3IXJA 3RTMA 2R43A 4HEGA 5OZ3A 5P7VA 4OBJA 5P7TA 4LXKA 1DPJA 5P6FA 3EBZA 3UPJA 1FMXA 4K9HA 2AZ9A 3U71A 3U7SA 2QHCA 1PPKE 4ER1E 5P1SA 2NNPA 5AHBA 1B6PA 3B7VA 5P5TA 3PI5A 4IVTA 4DJYA 4NJTA 4XKXA 3L5BA 2HIZA 5DQ5A 1W5XA 2FDPA 4DV9A 5EZZA 2V11C 2ZHRA 2PWCA 3S43B 4ZEAA 3VV7A 3LHGA 4EQJA 5P25A 4B77A 5JG1A 3FX5A 3OU4A 1AJXA 1FG6C 5P1TA 4OC6B 3PEPA 5P4JA 5P5EA 1FQ5A 2V16C 4FE6A 3NDWA 3OHHA 2P3DA 2RMPA 4J5JA 5DPZA 3HBOA 5P08A 3G6ZA 3N4LA 4Y4EA 5P5FA 5P7GA 3CMSA 3HD8A 4NKKA 5P43A 2QMPA 5P2JA 2FGVA 4Y3TA 2ZHTA 3UDMA 5P4OA 2A4FA 5OZ6A 4D89A 4HLAA 4MC2A 5OZUA 4Y3LA 3RU1A 5P3KA 3SKFA 4YD3A 3L3AA 2AVVA 3SA6A 3H5BA 3PJ6A 5P7WA 3KN0A 3NU4A 5P0SA 5P1VA 4R93A 4APEA 1SH9A 5P0GA 4ZPFA 1YM4A 2O4LA 6FIVA 2BBBA 5P4QA 3NU9A 1T6GA 5P3DA 3IXKA 5P0VA 3JVYA 2IQGA 3DOXA 4Z2ZA 5P6UA 4DJRA 2PYNA 4J0PA 4QLHA 1BDLA 5SY2A 4YCTA 4F76A 2HB4A 5E5KA 5C9DA 2I0DA 5P0MA 4MC6A 5P3OA 3OXCA 1DIFA 1BDQA 5P4UA 3PM4A 3OUDA 3L58A 4Y35A 3NXNA 1BAIA 4J54A 5HU0A 5P40A 4I11A 1KZKA 4N00A 5ER2E 2JYSA 2B7FA 2IENA 5P4AA 5P3HA 3KFNA 5P7CA 3A2OA 1OD1A 1YG9A 4Y3NA 5P36A 2QI5A 1PROA 3OQKA 4B1CA 2PK5A 5OZAA 2AOCA 2V00A 3LIXA 2I4DA 1AAQA 1MTRA 5P1EA 5P42A 5P5GA 5P1CA 5P84A 5P0XA 5OZPA 4R8YA 3NU3A 3IN4A 3PMYA 5P7BA 3H0BA 5P1YA 4I8ZA 5P7UA 5P3GA 5P18A 4OBHA 1FQ7A 3PSGA 2VIJA 4R95A 2EWYA 4L7JA 3PSUA 3EL5A 5P0LA 2AVQA 4B05A 4HDPA 3PRSA 3I8WA 4Y9WA 1FQ6A 4ZSQA 4Y4WA 4RYGA 1HHPA 1K6VA 5P5DA 4A6BA 4I0JA 3NDTA 5P7FA 4DQHA 3QPJA 3KFSA 2Q3KA 2F80A 3I6OA 3SM1A 2PWRA 5OZ1A 4RLDA 3TOFA 5P7DA 3SLZA 5P55A 3ZKGA 5P2SA 5DR3A 3LITA 2F3FA 1LF4A 3O9AA 1TZSA 3EL4A 3S56A 2HC0A 4U8WA 2OHTA 5P58A 3VF3A 3HVGA 4FS4A 5HVPA 5P0WA 1SP5A 5P02A 5P6MA 2VS2A 4ZE6A 5P1PA 4A4QA 1KJHA 5P5JA 2G1OA 1FFIC 5P8LA 1XE5A 3OOTA 3KFRA 5P80A 2H6SA 2AVMA 2G1YA 5P5UA 5KQZA 1Z1HA 5DR7A 5P46A 2QMGA 1HWRA 5P6BA 4B72A 1BXOA 3UDRA 2P3CA 4TRWA 2QI4A 5P2TA 3ZPUA 2ZE1A 1MUIA 3EKWA 5P28A 5P56A 5OZFA 5P15A 5P6JA 3DV1A 1MT9A 3PCZA 4I0HA 5OZXA 4RVJA 1E82E 3D1ZA 4DJOA 2AZCA 3VEUA 1HPXA 4GJBA 3OTSA 1NPAA 5P67A 1GKTA 5P8PA 3RTHA 5P73A 4K8SA 3GI4A 2BKTA 5P37A 5IVQA 5KR0A 3LIZA 1ER8E 5P4RA 3K5DA 2O4KA 4Y4AA 2ZJKA 1PPLE 4OBDA 3DUYA 2WF3A 2WEBA 1B6JA 3LINA 3I25A 1GVVA 4EQ0A 1W6HA 4H1EA 4K4RA 2Q5KA 3HDKA 4QJ9A 2G21A 1LS5A 4L1AB 3MSKA 1YTJA 4FGXA 3T7QA 3IVHA 5P3NA 3TPJA 5P65A 1T6EX 3MSLA 3EKTA 1HXBA 3KDDA 3RSVA 3MXEA 4CPTA 5P4NA 5OZYA 3OGQA 5P1IA 5P4TA 4E43A 5UPJA 1ODYA 3DM6A 5CONA 5P34A 4TRZA 5FIVA 5HCOA 5P4BA 5F00A 1B5FA 1F7AA 5HE7A 5P6WA 5OYYA 4XX3A 2I1AA 4J0ZA 3ZKNA 1HRNA 3PGIA 3TL9A 4Y47A 1GVWA 2ZJJA 5P3CA 3GI5A 5OYTA 5P68A 5P1LA 4YCKA 3S7LA 5KR2A 4DVFA 1UPJA 5P6XA 4QJ6A 4JP9A 2HS1A 5P0JA 3N3IA 3OADB 1EPOE 5OZBA 3FNSA 1HTGA 2Q63A 5OYQA 3LPIA 5P74A 1G2KA 3NR6A 4Y5BA 5T4SA 4EJLA 3ZPSA 2QNQA 5P89A 3WB5A 1TQFA 2ER7E 2Z54A 5HE4A 4LL3A 3UDNA 3DCRA 3R0YA 3APPA 4ZSMA 5P71A 5DQ4A 1HEGE 2F8GA 5ENMA 1HVCA 4R5NA 2VNMA 3MXDA 3SQFA 3D20A 3QRSA 1WBKA 3LIYA 5OZKA 5OZNA 3NWXA 5P7YA 4Y4JA 2OHSA 5P24A 2V10C 3VCMA 4ER2E 3VF5A 3ST5A 3DJKA 5P13A 2O4PA 3UDHA 3FKTA 3EM4A 2ZDZA 5P00A 1EEDP 3IXOA 4NPTA 3UTLA 3EM3A 5P0DA 1K2CA 4XXSA 5P6HA 5AH9A 4CPRA 5OZLA 5P8CA 1D4YA 5P7MA 1MEUA 5P35A 2VA7A 3LZUA 3ZKMA 3UF3A 4D83A 1CPIA 1BV9A 5P4LA 4AMTA 3BUFA 1SIPA 5P14A 4R91A 2HAHA 3ECGA 3RTNA 5P3IA 4CP7A 3R2FA 4X2LA 4HE9A 4I0IA 3UDYA 2P3AA 5OZ7A 5SXNA 3C9XA 3RVIA 3JVWA 3QBHA 4BFDA 4TVGA 4LXAA 2FNTA 3D91A 2NPHA 3INDA 1PPME 3OU1B 3TPPA 1E5OE 4Y38A 9HVPA 4OD9A 5ISJA 5P26A 5P30A 1FLHA 3I2LA 3O9LA 5OZTA 2P3BA 5P5YA 1MIQA 5P0NA 3GI6A 1G35A 5P33A 2PSUA 3EL0A 4FLGA 2I0AA 5P0OA 5SY3A 1D4JA 2RENA 4ZIPA 4GJ9A 3OK9A 3WZ7A 1EC0A 5P7JA 3VG1A 3INFA 2PH8A 5P4CA 4I8WA 2BQVA 4QJAA 3ER3E 5P12A 2RKGA 2QD7A 4FIVA 3OAGA 4DJPA 3SA7A 1NPWA 1YTIA 1RPIA 5P1FA 1HVSA 5P2MA 2J9JA 2QI1A 5P6EA 4FRKA 5P1HA 2R3TA 3PI0A 5OZMA 4BFBA 4Y41A 4Y4ZA 4Y3PA 5P3PA 2ZJMA 1EAGA 4BEKA 3ZPTA 4EPJA 2IDWA 5P5RA 5PEPA 1PSNA 2I4VA 3ZKXA 1SMEA 5P5LA 5P47A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7E A;  5C9F A;  1LYW B;  5P27 A;  5P17 A;  4DUS A;  3OQ7 A;  4FM8 A;  4PHV A;  2FDE A;  4J0Y A;  5P7I A;  3BVA A;  1D4K A;  2ASI A;  2QMF A;  1HIH A;  1ZLF A;  4Y6M A;  5P49 A;  3KF0 A;  3OAG B;  1MSM A;  1KJ4 A;  3F9Q A;  5P1A A;  1IZI A;  3PBD A;  5OYX A;  2G24 A;  1EPL E;  4AA9 A;  5P8K A;  4AUC A;  3CIB A;  2P83 A;  2ER6 E;  3KDC A;  4DQG A;  5P6C A;  2G69 A;  2Q15 A;  4I0G A;  3K4V C;  4ZSP A;  3SM2 A;  2Z4O A;  3GI0 A;  4YD5 A;  5P6D A;  1K6T A;  1SIV A;  5P3Q A;  2AZB A;  3EKY A;  4YDG A;  3S53 A;  1FFF C;  4GJA A;  3SAB A;  4DJW A;  2AOD A;  5P5P A;  3VF7 A;  1XDH A;  2OHR A;  1HTF A;  4YA8 A;  5P7L A;  1BWA A;  3EKQ A;  3NU6 A;  3L5C A;  3S7M A;  3NUJ A;  3BUH A;  4WTU A;  3KA2 A;  4CPW A;  5F01 A;  2NMZ A;  3TOG A;  2ZJL A;  5HE5 A;  3S2O A;  3UQW A;  4RCE A;  4CPQ A;  3KT5 A;  2QCI A;  1KJ7 A;  5P7S A;  5P39 A;  4Z22 A;  4RVX A;  8HVP A;  1K1U A;  4LAP A;  3R1G B;  4D88 A;  1IDA A;  5P01 A;  2OHQ A;  5P06 A;  5OYR A;  1UH9 A;  1MRX A;  4EWO A;  3QAA A;  4B1D A;  4DQB A;  5P1W A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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