1F34A

Crystal structure of ascaris pepsin inhibitor-3 bound to porcine pepsin
Total Genus 78
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
78
sequence length
326
structure length
325
Chain Sequence
IGDEPLENYLDTEYFGTIGIGTPAQDFTVIFDTGSSNLWVPSVYCSSLACSDHNQFNPDDSSTFEATQELSITYGTGSMTGILGYDTVQVGGISDTNQIFGLSETEPGSFLYYAPFDGILGLAYPSISASGATPVFDNLWDQGLVSQDLFSVYLSSNDDSGSVVLLGGIDSSYYTGSLNWVPVSVEGYWQITLDSITMDGETIACSGGCQAIVDTGTSLLTGPTSAIANIQSDIGASENSDGEMVISCSSIDSLPDIVFTINGVQYPLSPSAYILQDDDSCTSGFEGMDVPTSSGELWILGDVFIRQYYTVFDRANNKVGLAPVA
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords PEPSIN A
publication title Structural basis for the inhibition of porcine pepsin by Ascaris pepsin inhibitor-3.
pubmed doi rcsb
source organism Ascaris suum
total genus 78
structure length 325
sequence length 326
ec nomenclature ec 3.4.23.1: Pepsin A.
pdb deposition date 2000-05-31

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1f34A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1f34A01
1B6KA 3NDTA 4Y3JA 5P69A 1MSNA 4GJ6A 3ZKXA 3G72A 1SDUA 4EJ8A 3BC4A 3LZSA 2ANLA 1K1UA 1K6TA 3CYXA 5P0WA 2SAMA 1HVLA 4YD4A 4H3JA 1T7JA 1GVXA 3KT5A 3R1GB 4RLDA 1W5WA 5P8MA 5DR1A 3FNUA 2ZE1A 5SXNA 1W5XA 5P06A 3OUDB 4RYGA 2QU2A 4DPFA 5P5UA 4S1GA 5OZXA 5P50A 5P2VA 5DR0A 3EL9A 2HC0A 3BVBA 4J0VA 3R0WA 5BRYA 1D4KA 1IZHA 5P64A 1ZAPA 4I0EA 5P20A 3QBHA 5P7EA 3VSXA 4NJSA 3LZUA 5P6LA 5P4VA 3HAUA 2PH8A 5P45A 5P3FA 3OQ7A 2PK5A 2R5QA 2R8NA 5P0PA 5P5XA 2G94A 5E5KA 4U7QA 3FNTA 4FLGA 1EC3A 3ST5A 3EM3A 5P67A 3GI6A 5DQ2A 3URJA 3BRAA 5I70A 1APWE 3IXKA 5ER2E 3SO9A 1Z1HA 5P6VA 5P8DA 5ER1E 4I0FA 1PSOE 5AHAA 4L7GA 1A30A 1F34A 1HWRA 3QP0A 5P09A 5OZZA 2R5PA 5P4XA 5P53A 5P62A 5P88A 4LXAA 5P7QA 5P2AA 2HB3A 2ZJNA 5P6BA 5P1XA 3S53A 5P60A 5P8UA 5P6HA 2V0ZC 1KJFA 2V10C 4I12A 4GJ8A 4NJTA 4Q1WA 4CPWA 3WZ7A 4RVJA 2QHYA 3PLDA 3URLA 4PHVA 5OZJA 4NJVA 2ER9E 4L7JA 5P7AA 4H1EA 3NU6A 3EKVA 5P3XA 5P3WA 3FNSA 2QZWA 2QD7A 3CKRA 4Y47A 4ZPGA 5P7CA 5P3PA 1G0VA 3FKTA 4Y4XA 4Y3ZA 2WF1A 3QAAA 1HPSA 4I0JA 1APVE 1RQ9A 5P2RA 4ACXA 5P8EA 1BVEA 5P7NA 3OU4A 1M4HA 2AOCA 3NUOA 2G21A 5P5KA 4QGIA 2RENA 5DR8A 5KQZA 3S43A 2NPHA 1HIHA 3UDJA 3EKTA 4YHQA 1K6CA 4RGHA 2OHQA 4DFGA 4I8ZA 5P5EA 5P48A 4YD3A 1MRXA 3UDHA 5P7HA 4Y5LA 3KFNA 3PI0A 2WL0A 5OYYA 5P72A 3LITA 1PPLE 1QBTA 3EXOA 1W5YA 4D88A 4Y3PA 3NU5A 2QI7A 5DGUA 5P54A 5P8HA 3GI0A 2IENA 2WEZA 3LIXA 4HDBA 5P31A 5P1RA 5P0GA 5P6PA 3ECGA 4JECA 2R9BA 2G1RA 4Y39A 3C9XA 4YCKA 3UF3A 2QI4A 5OZKA 4B05A 1K2BA 3N3IA 1SBGA 2UY0A 5P0YA 3OXWA 1AM5A 3ER5E 5OZ1A 3QVIA 3OU4B 5KR8A 2IL2A 5AH8A 5P6FA 5KQYA 1YTGA 3O9IA 5P3OA 3S43B 4Y3TA 3N4LA 4MC1A 1EPOE 4ZSQA 5P83A 5IS4A 4K8SA 4B70A 4J1IA 1MSMA 3OXVA 5P46A 1EPRE 4J0PA 4EXGA 1WBKA 1E80E 1T7KA 4GJCA 5IVSA 5P2WA 4AMTA 4LC7A 2P3BA 3OU1A 3D3TA 1NH0A 3RVIA 1FLHA 5P29A 4F74A 4DJRA 4QJ7A 5EZXA 1QBRA 4R5NA 2B7ZA 3DUYA 5P1GA 1A94A 4TRYA 4Z2ZA 5P7KA 5P8OA 3L5BA 1HXWA 5P3DA 2P83A 3TOGA 4B78A 2QAKA 4YD7A 1T6EX 1HSIA 3BUHA 2QI5A 4NPTA 3TPJA 2Q63A 5AH9A 3S8IA 5JG1A 7HVPA 5P5HA 1ZP8A 4CPTA 4RCDA 5P68A 3Q6YA 5P38A 1YM2A 4OBZB 1XL5A 4RRSA 2FGVA 1GNOA 3HVPA 1GVVA 2PQZA 1HPVA 4TVGA 4GJBA 4Y5AA 2O4LA 4LXKA 1PROA 3VEUA 3UDNA 1LYAA 1C6ZA 2JE4A 3H0BA 2QI3A 3HZCA 5P59A 2P3BB 3QBFA 4LHHA 3UCBA 4Y6MA 3O9HA 1YM4A 3KN0A 1HVSA 3NDUA 5P5YA 5P30A 5DQ5A 5P34A 5P7VA 3VLAA 5OYUA 2B60A 4KUPA 3VFAA 1TQFA 3OTSA 1GKTA 3KFRA 4Y3HA 5OYZA 5P0AA 2QMFA 4HA5A 5P6GA 2AOIA 3EKXA 5P1QA 3A2OA 1B6PA 1C6XA 2O4NA 3APRE 2WF3A 5F00A 1EEDP 2BBBA 5P0OA 3B80A 2VIJA 3S85A 1ZJ7A 5P4PA 5P4TA 3OHFA 5P73A 3NXEA 1D4IA 1AJVA 2I4VA 3KA2A 4HE9A 4EQ0A 5P1DA 4RRNA 1MEUA 1AZ5A 2HB2A 4DVFA 3VG1A 2HB4A 2FLEA 1OD1A 5PEPA 3U71A 1RV7A 1RPIA 2O40A 2Z54A 1VIKA 3L38A 4TVHA 1FF0C 4D85A 4AUCA 5IVRA 5P8TA 2ZJHA 2PSUA 5P0MA 5IE1A 2AOFA 1ODXA 3NLSA 1LYAB 3BVAA 5AHBA 3LNKA 2IEOA 3GGXA 4DUSA 5P6MA 4Y51A 5P6NA 2IKUA 5P66A 2HIZA 5HE7A 1IZEA 4I10A 4CPQA 3ZLQA 4DQCA 5P65A 5CONA 5P1CA 4DJXA 5HU0A 4OD9A 3EKYA 3IN3A 3KFPA 1F7AA 4J0ZA 5P6JA 5P2CA 1HVHA 5JODA 5P1SA 3K5FA 1EPQE 2AIDA 4QJ2A 4DJOA 4ZLSA 5KQXA 1A9MA 4J0TA 5P5BA 1FQ8A 2VIEA 3RTMA 4D83A 1ME6A 1UH9A 5P1IA 2A4FA 2IKOA 2O4SA 4B0QA 5OZQA 1LYBA 4J1CA 4WY6A 5P78A 5P1WA 3SA6A 4Y5CA 2NTRA 3RSXA 4I0DA 5P14A 5P7GA 4Y3YA 6APRE 3DOXA 3VF3A 3KMYA 2B7FA 4J55A 4Y54A 2NNPA 3OOTA 2WF2A 4LAPA 4J1KA 1W6HA 4EHCA 3TL9A 5P40A 5P4YA 4R91A 1FG8C 1QRPE 3IGBA 4Y3EA 2I0DA 3OWNA 5OZ3A 4OD9B 5P6IA 3HVGA 1ZPAA 4YOBA 2BKSA 5P23A 1QS8A 4D89A 2G20A 5P6SA 2OF0A 1ZSRA 3ZKIA 1GVTA 5OZNA 4EJLA 5KR1A 1HTFA 3CMSA 3ZKSA 5ISKA 4FRIA 3PEPA 4UPJA 5P4GA 3OXCA 2XFJA 4QJ6A 4OBDA 5P3EA 3EC0A 5P2YA 5P7JA 3NU4A 5P86A 5P7LA 1MUIA 4HZTA 3QIHA 1HOSA 3GI5A 5HE4A 5OZWA 3KMXA 5P37A 1LYBB 1VIJA 1UH8A 4ER2E 5P8JA 1EC1A 4CPRA 4ER1E 2OAHA 5T4SA 4PPHA 5P6XA 3SQFA 3T6IA 4AA8A 3KYRA 5P1TA 3I8WA 1BVGA 2ZJLA 3UQWA 5P39A 2AVOA 1MIQA 5P5OA 1PSAA 4LBTA 4Y4WA 4GJ7A 5P4FA 5P55A 3ER3E 4R8YA 4YBFA 5OZRA 3OADB 3OU3A 3GGUA 4J54A 1FB7A 3RTNA 1RNEA 2I4UA 3UQUA 3VYDA 5P4DA 1EPME 3S54A 5OZVA 2PWCA 5P58A 3PBZA 2G69A 3GI4A 4K9HA 5P2LA 4Y5NA 4TRZA 3SAAA 3PVKA 4HEGA 4MC6A 4NKKA 5HE5A 5P24A 3EBZA 1BDQA 1D4SA 1FFIC 5P5IA 5P7YA 5P1HA 3EKPA 4BFDA 1MPPA 4Y4UA 4YDFA 2ZDZA 4I1CA 5P0EA 5P3MA 2WECA 2IGXA 4Y3RA 1FMXA 4YDGA 3TOFA 1EC0A 4FRSA 5P18A 1B5FA 3DV5A 3NDXA 3I6OA 2ZJKA 3Q4BA 4Q5MA 4Y53A 5P2BA 2I4XA 2FNTA 1HIVA 5OZCA 1MTRA 3NYGA 1PPKE 5P63A 2NXMA 3OQDA 3NUJA 5P1KA 4CPSA 4Y3LA 1BV9A 5APRE 1CMSA 2QP8A 3SA4A 3OGQA 2QCIA 3T7XA 4Y45A 4FSLA 3KM4A 5EZZA 2B8VA 3OXXA 3IXOA 4Y3NA 4M8YA 5P05A 5HDXA 1APTE 5P2DA 4MC2A 3PM4A 2P3AA 5P1JA 5P76A 4J1EA 3S56A 1ER8E 2AZ8A 5P52A 3D1ZA 5P51A 1KJ7A 3PSGA 4QJ9A 5P35A 3QRVA 2IGYA 5P3TA 4Y58A 3QI1A 1CZIE 1NPAA 3LPKA 4Y3AA 5OZOA 3BGCA 3LZYA 2AVQA 1OEXA 1AAQA 1D4LA 4TRWA 5OZ6A 3KDCA 3GW5A 1B5FB 3QPJA 1DAZC 5P04A 5P3HA 3CKPA 1EBZA 5P3RA 4RVXA 4XX3A 4WTUA 4DQBA 3B7VA 5CLMA 3UFNA 5JFPA 2UPJA 4DQHA 3TOHA 5P7DA 5P7FA 5B18A 2QK5A 3OUCA 2Q3KA 3UDMA 3ZPUA 3O9EA 3INDA 5P6ZA 1SMRA 5P3UA 5OZ9A 4EP3A 4FM6A 2R43A 3IXJA 5P2UA 5P77A 2OHNA 2NXDA 3SPKA 5P8PA 3SM2A 5P6KA 1CPIA 4PEPA 5P8FA 1UPJA 4PYVA 2FDDA 4J17A 1IVQA 1SH9A 5SZ9A 2P8HA 5P4RA 5COPA 5P0VA 4F76A 5P6EA 4Y5BA 5P6QA 4HDFA 3VSWA 2QMPA 2VNNA 1D4HA 2ZJIA 3O9FA 4EWOA 5P2NA 2R38A 3CYWA 3MWSA 5P3QA 4Y48A 1FQ6A 3BUFA 4XX4A 2JJJA 3TPPA 1SP5A 3DK1A 5UPJA 3PBDA 1YTJA 4Y5GA 4K4RA 2QHCA 2BPZA 3JVWA 1B6JA 3EM4A 3S7MA 4Y4BA 4ER4E 5P8GA 2I1AA 4FL8A 4EJKA 1XE6A 1G2KA 5P3GA 3O9LA 5KR2A 5ISJA 1HTRB 1SIPA 2ZHUA 2HS1A 2B42A 1DPJA 5P16A 3HAWA 2PSGA 5P74A 3LINA 3PRSA 5OZTA 1HPXA 5P0UA 2FDEA 3RU1A 5P01A 4XXSA 2IQGA 4DQGA 2ZJJA 4H3GA 4DQEA 1BBSA 1B11A 5P7OA 1GVWA 4QJAA 1J71A 2P3DA 2I0AA 4EXHA 1YTHA 2JJIA 5P0DA 2RKFA 4Q1NA 2CEMA 4R93A 2BPVA 5P36A 4ZE6A 5IVTA 7UPJA 2G26A 3ZPSA 4JP9A 1BDRA 3K4VA 4L1AA 1FG6C 3HBOA 2VA6A 5P2MA 3U7SA 3OQAA 3OHHA 3SACA 5P1ZA 4YCYA 1MTBA 3KDBA 1HHPA 2F8GA 5P44A 3O9LB 4GZFA 1QBUA 4R92A 5P10A 5P3CA 1FIVA 2RKGA 1T7IA 5P3AA 3IAWA 5P4ZA 2Q54A 5P2FA 2O4KA 5BWYA 1Z1RA 4X2LA 3WZ6A 4GJ9A 2VA5A 4Y3WA 5P0QA 4U8WA 4PZXA 3OU1B 3ZPTA 5P89A 5P17A 2AVVA 5P8LA 2AOHA 3MSJA 5P6CA 1LF2A 4Y4JA 4I0GA 1E81E 3QRMA 3GGAA 5COKA 3UQRA 1EPLE 1BV7A 3GGVA 2APRA 3Q5HA 1LZQA 1IBQA 4RZ1A 2P4JA 2ZHTA 2QI6A 4Y3XA 3D1YA 2WF0A 5P32A 3L58A 2AVSA 2OHRA 4ZSPA 4RROA 2H6SA 1BILA 2ZHSA 3WSJA 1G35A 3O9AA 3WZ8A 4A6CA 1XL2A 1NPWA 1FQXA 2VIYA 4L7HA 4EQJA 5P0FA 1W51A 2WF4A 5P00A 5OZ0A 5P2TA 5P4CA 1XN2A 4QLHA 3EMYA 2OHMA 5OZUA 3PSYA 5P7PA 5DR4A 5C9BA 3VV8A 1EPNE 4Y5EA 5P22A 2HM1A 3IVIA 5P49A 2OHKA 3TPRA 3IA9A 2OHPA 3K5GA 5P08A 2VS2A 5P3KA 3UDYA 3KDDA 3NWXA 2AOEA 3EL1A 4Y3QA 3VF7A 4B1EA 5OZMA 4NPUA 1EBKC 4Y50A 4J1FA 5P8IA 4R95A 2AODA 3LIQA 5P5LA 3VLBA 3O9DA 3WB4A 5P5PA 5P6WA 2AOJA 1YTIA 2OHTA 1EPPE 5P2EA 1N49A 2G1SA 3AUPA 2QZKA 4JPEA 2F3EA 5P75A 5OZHA 1IZDA 5P5VA 2V13A 1DW6C 1FQ4A 4XKXA 2VJ6A 3EL0A 4K4QA 1BXQA 4D8CA 1HSGA 1DP5A 1HEGE 4F73A 3BHEA 5P56A 5P7RA 4YD6A 4GB2A 4RCFA 5P70A 5JFUA 4Y43A 5P4LA 5HCOA 5P79A 3F9QA 3SFCA 3VF5A 4KB9A 5OZ4A 1GNNA 3SA8A 4BELA 1E5OE 1E82E 1BIMA 4CP7A 5HDVA 5P5WA 4ZIPA 2G1YA 5P8KA 2Q55A 5ENMA 3BUGA 5P61A 1RL8A 1EBYA 2UXZA 5P0CA 4EJDA 5OZ2A 4MC9A 3AIDA 3EL4A 1YT9A 5P1OA 3K1WA 1APUE 5P6AA 3LZVA 5P8SA 1HVIA 1FMUA 4Z22A 5P87A 4DQFA 1HRNA 2PH6A 3FX5A 4H3IA 3PLLA 5P42A 1W5VA 5P6UA 5OYVA 2QD8A 3CIBA 5C9DA 4DJYA 5P4AA 4YE3A 5P5QA 3INFA 5P15A 1KJGA 4IVSA 1MRWA 1FEJC 2XYEA 1HVKA 3ZKQA 3PCWA 4DH6A 2FXEA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1B6K A;  3NDT A;  4Y3J A;  5P69 A;  1MSN A;  4GJ6 A;  3ZKX A;  3G72 A;  1SDU A;  4EJ8 A;  3BC4 A;  3LZS A;  2ANL A;  1K1U A;  1K6T A;  3CYX A;  5P0W A;  2SAM A;  1HVL A;  4YD4 A;  4H3J A;  1T7J A;  1GVX A;  3KT5 A;  3R1G B;  4RLD A;  1W5W A;  5P8M A;  5DR1 A;  3FNU A;  2ZE1 A;  5SXN A;  1W5X A;  5P06 A;  3OUD B;  4RYG A;  2QU2 A;  4DPF A;  5P5U A;  4S1G A;  5OZX A;  5P50 A;  5P2V A;  5DR0 A;  3EL9 A;  2HC0 A;  3BVB A;  4J0V A;  3R0W A;  5BRY A;  1D4K A;  1IZH A;  5P64 A;  1ZAP A;  4I0E A;  5P20 A;  3QBH A;  5P7E A;  3VSX A;  4NJS A;  3LZU A;  5P6L A;  5P4V A;  3HAU A;  2PH8 A;  5P45 A;  5P3F A;  3OQ7 A;  2PK5 A;  2R5Q A;  2R8N A;  5P0P A;  5P5X A;  2G94 A;  5E5K A;  4U7Q A;  3FNT A;  4FLG A;  1EC3 A;  3ST5 A;  3EM3 A;  5P67 A;  3GI6 A;  5DQ2 A;  3URJ A;  3BRA A;  5I70 A;  1APW E;  3IXK A;  5ER2 E;  3SO9 A;  1Z1H A;  5P6V A;  5P8D A;  5ER1 E;  4I0F A;  1PSO E;  5AHA A;  4L7G A;  1A30 A;  1F34 A;  1HWR A;  3QP0 A;  5P09 A;  5OZZ A;  2R5P A;  5P4X A;  5P53 A;  5P62 A;  5P88 A;  4LXA A;  5P7Q A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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