3S45A

Wild-type hiv-2 protease with antiviral drug amprenavir
Total Genus 16
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
16
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQFSLWKRPVVTAYIEGQPVEVLLDTGADDSIVAGIELGNNYSPKIVGGIGGFINTKEYKNVEIEVLNKKVRATIMTGDTPINIFGRNILTALGMSLNL
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Protease
publication title Critical differences in HIV-1 and HIV-2 protease specificity for clinical inhibitors.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 2
total genus 16
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.47: HIV-2 retropepsin.
pdb deposition date 2011-05-18

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3s45A00
1MSMA 4U7VA 4F76A 4H1EA 4B77A 3FKTA 5P70A 1OHRA 3NUOA 4XX4A 3VFAA 5TOLA 5DR4A 5HU1A 2BPWA 5P11A 4LL3A 1CZIE 1K2CA 4DJVA 5P43A 1SH9A 1BXOA 3LZYA 1MESA 1KJ4A 2PSGA 5P7MA 1A30A 5P42A 5P25A 5P1JA 1APWE 5P0IA 3UQUA 4H3IA 5P3JA 5P4RA 1LYWB 3O9HA 3SO9A 5P3DA 5P8NA 2HPFA 2QI7A 3L38A 4Y5CA 5DR1A 5P4YA 2FLEA 2B7FA 2OHKA 5P3BA 3M9FA 4X2LA 5SXNA 1IZHA 4J0YA 1Z1RA 4Y5LA 4FCOA 5C9FA 1HRNA 1E82E 4YCKA 2AZBA 4YHQA 5P7ZA 1BV7A 1SBGA 5COPA 4ACUA 2V12C 5P38A 4J1CA 5P6PA 3EL1A 3VYFA 3EL5A 4EJKA 1W6HA 5P8GA 5P0YA 5P0ZA 5KR1A 1EC1A 5ISKA 5P50A 3HVGA 3OTYA 1HIHA 1UH7A 3G72A 4OD9B 5P31A 1HPXA 5P29A 1IIQA 3CKTA 2QI1A 3OQKA 5P06A 4BELA 3GI4A 4Y4DA 1RNEA 2PWCA 2XFJA 3KDDA 4GIDA 3VEUA 2VJ9A 1HTRB 4Y3NA 5P0BA 2IKOA 3R0WA 3APRE 3BVBA 3NWXA 1FQ4A 5P63A 5ENKA 1KJFA 4L7JA 5AGZA 2PH6A 4R8YA 4Y56A 5P5YA 1T3RA 1EPQE 5OYTA 4APEA 1IDBA 5DQ4A 3ZPUA 3L5DA 4Y3HA 3LHGA 5P34A 3IVIA 1M4HA 5P56A 3D1XA 3QRVA 2QI3A 3SAAA 1UPJA 5AH6A 5P1ZA 5P6TA 5OZ8A 5P7IA 1G6LA 5P88A 4KUPA 3B7VA 3OU1A 3OXVA 4M8YA 4L1AB 1FQ7A 1AXAA 3OXXA 1M0BA 5P87A 4QGIA 5HDUA 2FXEA 4GJ8A 4Y53A 4I8WA 3OQFA 5P5WA 2VNMA 3L5BA 4J17A 4U7QA 4I12A 1NPVA 3EM4A 4NJUA 1FFIC 9HVPA 3NXNA 1DPJA 1G2KA 4NKKA 2ZHUA 3SM1A 3RTNA 2QAKA 1XDHA 3SA6A 4OBGA 1QDMA 5OZKA 1PPKE 2AOIA 1BDLA 1RPIA 3S54A 2I0DA 5P7FA 4Y4JA 3QRMA 1D4KA 3TKWA 1HSIA 5P4JA 3UHLA 1BDRA 1FEJC 1NH0A 4ZE6A 1FG6C 5P4QA 1MSNA 2IGYA 2ER7E 2AZCA 2R43A 3D20A 3S43B 4CPRA 5P2CA 5P0PA 2QMFA 1ZPAA 4Y3LA 5P41A 3GI0A 5I3YA 4FGXA 1IDAA 4Y5NA 5OZWA 4OBHA 5B18A 1LYBA 2IS0A 4FRIA 3T7XA 5P44A 3UQXA 2AVSA 5P3WA 5P3PA 1B5FA 1MTRA 4GJBA 3K5GA 5P8SA 1SGUA 1TZSA 2ZJIA 2Q3KA 5I3VA 3R1GB 3LZSA 4DJXA 2F8GA 4ZPFA 2AZ9A 7UPJA 2HIZA 4ACXA 4Y51A 4Y5KA 5P6BA 1BILA 5P20A 5P7JA 4CPTA 2QD6A 5P02A 3OU4A 3OUDB 5P0DA 5P6MA 5OZPA 4CPSA 2QZWA 4YDFA 3VG1A 3JW2A 5CONA 2QMPA 5P7DA 5IVRA 5IVTA 3L5FA 2I0AA 6UPJA 4GJ9A 4B05A 3IVHA 1FQ5A 4ZSPA 1BWBA 2AVQA 3KFSA 4DV9A 3VYDA 5P7TA 3EL0A 5P0AA 5DQCA 5P8PA 3DCRA 3FSMA 1LS5A 3TPPA 2Q63A 3AIDA 5P0RA 3CICA 3NXEA 5P0TA 2QI0A 5P8UA 5KR8A 5ISJA 2AOHA 3Q70A 4J1HA 4RZ1A 4DH6A 1E5OE 3K1WA 4TRYA 2RSPA 1FFFC 2P3DA 4Y5PA 5P3KA 5P7VA 1HWRA 5P16A 5F00A 1YM2A 3TKGA 4J1IA 4DQFA 5P6CA 1TSQA 2ZHRA 5P6KA 1K6CA 4A6CA 5P0FA 1TCWA 3PI5A 3CYWA 4YBIA 3Q6YA 5P2LA 4OBZA 3BUHA 2JYSA 5P14A 5P24A 5KR2A 5P5EA 3U6AA 3PBZA 5P4GA 1MEUA 2NNPA 3JVWA 4GMIA 5P2XA 5OYRA 3NDXA 1B6LA 2O4SA 3T7QA 5P6DA 4DJUA 5P8EA 3U71A 4ZSQA 5P0LA 5P49A 2V13A 5P2JA 4I10A 5DR0A 5P4VA 5P75A 1HTEA 2QZLA 5P5MA 2QCIA 5AH7A 4Y4AA 4PEPA 4YD3A 1LYBB 3EL9A 3TOHA 4RROA 3IAWA 5OYXA 2QNPA 3DOXA 2QI6A 3VSXA 3UCBA 1LYAA 1K6TA 3VV6A 3EKQA 4B1EA 1YTHA 1PROA 1ZPKA 4BFDA 3BUFA 4Z4XA 5P0QA 4RRNA 3ECGA 4YCYA 2BPYA 5P1GA 1F7AA 5P23A 5P6WA 5P4IA 2FDPA 5P67A 4R91A 5P6UA 1A8KA 5P1OA 5P03A 2HS1A 5P3QA 3WB4A 5P7XA 2P3AA 2NR6A 2OHMA 3SA3A 4J0PA 2IL2A 4DPIA 5P0SA 5P1IA 5P2QA 2QP8A 4Y3DA 3NUJA 4QLHA 1C70A 2IQGA 5P3MA 1EBZA 5P5OA 4LP9A 3QPJA 3OHHA 5P26A 1HTFA 4Y35A 1AM5A 5P76A 4MC1A 5OZ2A 5AH8A 3O99A 5DR8A 2G26A 4RCFA 3KM4A 5P4EA 1ZJ7A 1A94A 3O9AA 3KDCA 5P4HA 5P52A 1YT9A 5P73A 5P8KA 5P10A 4FM7A 3HZCA 4Y3MA 3ZKMA 5P65A 3UDKA 2APRA 2AQUA 4NPUA 2F80A 5COOA 1B6KA 1BAIA 1FG8C 5P6GA 3QP0A 3UDNA 5P1AA 5P5QA 3TPLA 5P7UA 5P8MA 3ZL7A 5HE4A 2WL0A 3I8WA 5P13A 1RQ9A 4IVSA 3PSGA 2FIVA 2F3KA 3MXEA 3EXOA 1W5VA 1W50A 5P7SA 3VV8A 5P8TA 1KJGA 1PPME 2VJ7A 1ODWA 4R93A 5P2HA 4HE9A 3S53A 1LF4A 1YTGA 2NTRA 3BGBA 2OHUA 2I4XA 1W5XA 3EL4A 4YD4A 1MRXA 2ZGAA 2NPHA 3QBFA 4I0JA 3VUCA 5P1XA 4EXGA 3PMYA 5P6ZA 5P7WA 3UFLA 5P19A 1HVKA 3OQ7A 4CMSA 5P2YA 5OZ6A 4FL8A 1OEWA 3ER3E 4DJQA 4Y37A 4ZLSA 1FQ8A 5P60A 2NXLA 1AJVA 2G27A 4NJTA 5I3WA 1HVJA 3OQDA 3ZKSA 5P72A 5P66A 4QJ6A 5P2EA 5OZHA 3URLA 1T7KA 4DQEA 2OF0A 1XN2A 3AUPA 5P5JA 5I3XA 4OC6A 3SA5A 3OGPA 1BV9A 3KYRA 5P7KA 3FNSA 2HS2A 5IE1A 1IZEA 4J54A 1D4IA 3VV7A 3IN4A 5P84A 2QHCA 5P01A 5J25A 2FGUA 1WKRA 5P3AA 1YG9A 2WECA 5P37A 1SIVA 3ZMGA 5P86A 4Y3GA 5DGUA 3RSVA 3KT5A 4L6BA 5P7CA 1ME6A 1BBSA 1PSNA 5P61A 1DAZC 3D1ZA 4F73A 2PQZA 3O9BA 5HE7A 5P3RA 2ZJLA 5P3UA 3UDRA 1HPSA 2PC0A 4DJOA 4Y54A 3OU3A 5P5HA 5P6IA 4CP7A 4Y3ZA 5P3XA 4HA5A 5DQ5A 3TOGA 2QI4A 4ZSMA 1EAGA 1SGZA 5P0JA 2NMZA 1EBYA 3LIQA 4Y5GA 4TRZA 4JECA 2BPXA 3LNKA 3S45A 2G22A 1ZP8A 2O4PA 4GJCA 5KOQA 2Q55A 5P5PA 4H3JA 4I0ZA 2ZHVA 5P8JA 2OAHA 3TNEA 5P39A 5OZFA 4BFBA 5P1DA 3I7EA 2PSVA 1XE5A 2Z54A 3TPRA 1KJHA 4Y3FA 5P8OA 3KMYA 2QD7A 3RTMA 5P5SA 3T6IA 5P4SA 3EKXA 1FMUA 1WBMA 2QHZA 5OZXA 3OOZA 4Y41A 3D91A 3HLOA 2BB9A 2QMGA 1HVHA 2G24A 3NDTA 5P8HA 2VIEA 5SZ9A 5BS4A 1FF0C 1QBRA 5P4LA 5P4FA 2G20A 3BVAA 1YM4A 2R3TA 4QJ7A 5OZ5A 3I2LA 3T3CA 3RSXA 5P8IA 3UQPA 4I0GA 5OZ3A 4R95A 4ZPGA 4Y4EA 3HVPA 2VIJA 5P17A 2AOJA 4PPHA 3ZLQA 5JFPA 1C6XA 4Y47A 5P2SA 4OC6B 3OADA 2SAMA 3NU9A 4Z2ZA 5P1FA 1ZLFA 1APUE 5P46A 5P58A 4GZFA 2PH8A 2ZJMA 4TVGA 1T6GA 4J1EA 5IS4A 4L7GA 3MWSA 5P6JA 4D83A 1FQ6A 4Y3WA 5P68A 4GJDA 5P77A 4Y57A 3LIYA 5HE5A 2OHPA 3TOFA 3SA8A 4JPEA 1FB7A 1MVPA 2V10C 4CPWA 2PMAA 5P2RA 5AHCA 5OZZA 5OYVA 5KQFA 5OZAA 2CEMA 3UDMA 2ZHSA 2ZYEA 3OAGA 5P8RA 5P2KA 1FKNA 3RTHA 3DM6A 2O40A 4E43A 2BKSA 2ZJNA 1AZ5A 4GJ6A 4B78A 3WZ7A 2WEZA 5P89A 5P7AA 3PRSA 8HVPA 5EZXA 3EM3A 2OHLA 5OZIA 4MC9A 5P3IA 3CIBA 1RL8A 1HPVA 2CEJA 4EQJA 2RKFA 3SKFA 5OYUA 5P05A 1MRWA 3L59A 3LIXA 4FLGA 3EKWA 5OYQA 3D3TA 3OXWA 4WY1A 3O9GA 4Y5MA 3PGIA 2BPVA 2IGXA 3NU4A 4LXKA 5HDVA 5P6NA 3EM6A 1HXBA 4MC2A 4Q1YA 2ZJJA 5APRE 5P69A 2FDEA 4FAFA 5OYZA 5P8DA 4B1DA 4JP9A 3T11A 1MPPA 3QI1A 4I8ZA 3UDJA 3ZKXA 1HVIA 3OUAA 4GJ5A 4EXHA 4EQ0A 5P54A 5P12A 4D88A 3F9QA 1EC0A 5P3HA 4KB9A 1APVE 4HZTA 5P1RA 5P0VA 5P04A 5P62A 4I11A 3EMYA 4AUCA 1MIQA 1RV7A 3MSLA 4YCTA 3QVIA 3PMUA 2J9JA 1PSAA 3URIA 2PK5A 2R8NA 2O4NA 5JODA 2JE4A 5OZTA 5P5IA 4Y50A 2WEDA 5OZ4A 5P15A 3ER5E 3FNTA 4K8SA 2Q54A 3EKYA 2R5QA 3WSJA 5P4KA 1EBKC 2VNNA 2WF4A 5P5VA 4ER2E 4B0QA 4Y4GA 1D4HA 2QHYA 4Y3SA 1YTJA 5P5BA 4GYEA 5CLMA 4EYRA 3O9FA 1ZSFA 3OU1B 4L7HA 3ZKNA 4FS4A 3INHA 3SACA 2IKUA 2P4JA 4HEGA 1T6EX 4AMTA 2P83A 4K4QA 1UH8A 3ZKGA 3WB5A 1HVRA 1QBSA 3KT2A 4CPQA 2A1EA 4DVFA 5P0OA 2VKMA 1LF2A 4RLDA 3ZPSA 1SP5A 1CPIA 1EPOE 2JJIA 3SKGA 4NJVA 3GGUA 1HBVA 3K5CA 5P79A 3CKPA 2FS4A 1DIFA 3UPJA 1EPRE 4Y6MA 1M43A 1HSHA 3DUYA 5P59A 4HLAA 6FIVA 4Q1XA 3O9IA 3TL9A 5P5UA 2QZXA 2R38A 3OOTA 2G1YA 1VIJA 1LZQA 4XXSA 5OZQA 4RVIA 1GVTA 1W5YA 2ZE1A 3INEA 5P81A 5P5CA 5KR0A 4R5NA 5DPZA 2AVOA 3PLLA 2WF2A 3DK1A 1T7JA 5P7NA 1FLHA 5OZ7A 5P55A 3I25A 3PWWA 4DFGA 7HVPA 4LC7A 3VF7A 1HXWA 4ZEAA 3BHEA 1B5FB 3PSYA 3KN0A 1ZTZA 2G21A 4TRWA 4NJSA 4FM6A 2I4VA 1A9MA 1MUIA 4U8WA 1PSOE 4Y3AA 2RKGA 4QJ9A 4WY6A 1VIKA 4Y5BA 5P4ZA 2WEAA 5P0CA 1ZAPA 4Y43A 2R9BA 5KQYA 5P1NA 5P07A 1HVLA 3MSKA 4D8CA 4GB2A 1JLDA 2FGVA 1SDVA 3QS1A 4B00A 3QRSA 3OU4B 5P3LA 4B1CA 4QJAA 2J9JB 2PWRA 2B8LA 3S56A 4IVTA 1G0VA 3HAUA 4S1GA 3OTSA 4J0TA 4NPTA 3LIZA 3LPKA 4J0VA 1SMEA 5P4TA 2PYNA 1CMSA 5P0EA 3MSJA 5P6LA 5P7GA 2OHTA 5P0UA 2PSUA 3UDPA 5OZCA 5KAOA 5P8VA 1IBQA 3ST5A 1K1UA 4I1CA 3EC0A 2OHSA 2WKZA 3PJ6A 2AVMA 4PYVA 4ZSRA 5P3OA 3FV3A 5P08A 1W6IA 2ER0E 2FNSA 5OZ0A 4Y3TA 1MT8A 5P6XA 1E81E 2V0ZC 5P27A 4PZXA 2ZDZA 5DGWA 1EC2A 3K4VA 4LAPA 4OBZB 4Y44A 4GJAA 1FMXA 5E5KA 5UPJA 5OZDA 3WZ6A 5T4SA 2V11C 4HDFA 2I4UA 3QN8A 4LXMA 5P0MA 5BWYA 4DJYA 1OEXA 3LINA 1LYWA 4Y3XA 5P4XA 2P3CA 3LZVA 4J55A 4H3FA 3C9XA 4F74A 4YE3A 4KE1A 5E5JA 4DJWA 3L58A 2VIYA 3N4LA 4R92A 1IVPA 3GGXA 2EWYA 2H6TA 1GVWA 5P3FA 3PB5A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1MSM A;  4U7V A;  4F76 A;  4H1E A;  4B77 A;  3FKT A;  5P70 A;  1OHR A;  3NUO A;  4XX4 A;  3VFA A;  5TOL A;  5DR4 A;  5HU1 A;  2BPW A;  5P11 A;  4LL3 A;  1CZI E;  1K2C A;  4DJV A;  5P43 A;  1SH9 A;  1BXO A;  3LZY A;  1MES A;  1KJ4 A;  2PSG A;  5P7M A;  1A30 A;  5P42 A;  5P25 A;  5P1J A;  1APW E;  5P0I A;  3UQU A;  4H3I A;  5P3J A;  5P4R A;  1LYW B;  3O9H A;  3SO9 A;  5P3D A;  5P8N A;  2HPF A;  2QI7 A;  3L38 A;  4Y5C A;  5DR1 A;  5P4Y A;  2FLE A;  2B7F A;  2OHK A;  5P3B A;  3M9F A;  4X2L A;  5SXN A;  1IZH A;  4J0Y A;  1Z1R A;  4Y5L A;  4FCO A;  5C9F A;  1HRN A;  1E82 E;  4YCK A;  2AZB A;  4YHQ A;  5P7Z A;  1BV7 A;  1SBG A;  5COP A;  4ACU A;  2V12 C;  5P38 A;  4J1C A;  5P6P A;  3EL1 A;  3VYF A;  3EL5 A;  4EJK A;  1W6H A;  5P8G A;  5P0Y A;  5P0Z A;  5KR1 A;  1EC1 A;  5ISK A;  5P50 A;  3HVG A;  3OTY A;  1HIH A;  1UH7 A;  3G72 A;  4OD9 B;  5P31 A;  1HPX A;  5P29 A;  1IIQ A;  3CKT A;  2QI1 A;  3OQK A;  5P06 A;  4BEL A;  3GI4 A;  4Y4D A;  1RNE A;  2PWC A;  2XFJ A;  3KDD A;  4GID A;  3VEU A;  2VJ9 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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