4QLHA

Crystal structure of drug resistant v82s/v1082s hiv-1 protease
Total Genus 45
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
45
sequence length
203
structure length
198
Chain Sequence
PQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNFPQVTLWQRPLVTIKIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMSLPGRWKPKMIGGIGGFIKVRQYDQILIEICGHKAIGTVLVGPTPSNIIGRNLLTQIGATLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease, linker, Protease
publication title Crystal structure of drug resistant V82S/V1082S HIV-1 Protease
rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 45
structure length 198
sequence length 203
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2014-06-12

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4qlhA02
5P8SA 2NXLA 1SDTA 1IZIA 3S53A 3DJKA 3IA9A 2P3AA 3Q6YA 2FIVA 4COEA 1N49A 5OZ8A 5DR1A 3VV8A 5OZZA 5ENKA 2Z54A 4Y6MA 4EJKA 4YCKA 5P7RA 1K6VA 5P19A 3KFSA 5P81A 1HRNA 4KE0A 3ZKGA 5P0JA 5OZSA 3OU4B 1LEEA 3HZCA 2O4PA 3EKYA 3KT2A 1B6PA 2BPVA 5P3ZA 5P0KA 2HPFA 5P0YA 3TLHA 1TSQA 1KJ7A 4I0IA 4RVJA 4WY1A 4AUCA 5KR0A 5P43A 1ER8E 4LXKA 4DVFA 5P51A 4Y5MA 5P3XA 3O9EA 1HPXA 3OTSA 3IXOA 3SAAA 1BVEA 4D89A 1W51A 2IRZA 5DR4A 2AZ8A 2G1SA 2VA6A 5P3GA 1MRWA 5IVQA 1IZDA 5E5JA 3PBDA 1IDBA 5BWYA 5DQ4A 4OD9A 2VJ7A 2VIEA 4B1EA 4ACUA 2BPXA 3L5CA 1HIIA 3TPLA 5P8PA 3OGPA 4ZE6A 2WHHA 3O9DA 1GVUA 4K8SA 4TRWA 2Z4OA 5COKA 5E5KA 4MC1A 5DGUA 2FXEA 3NXEA 5J25A 3QI1A 3OADB 5P2AA 4I8ZA 3SQFA 4FSEA 1BWAA 4R95A 1VIKA 3EL1A 3UDMA 2FS4A 3SFCA 1KJ4A 5P74A 3T7PA 3OQAA 4I8WA 3VYDA 4B00A 3OUDA 3UQRA 2AZCA 3QVIA 4Y36A 5OZ3A 4WTUA 5P2CA 1M4HA 3S85A 4XX3A 2R3WA 3VCMA 1QDMA 1DIFA 3I2LA 2RMPA 1META 2WF2A 5P1CA 3QN8A 2V10C 3GI5A 2IS0A 2XFKA 2PWCA 3PHVA 2Q3KA 4XX4A 3EMYA 4B70A 1SIVA 4GJBA 2UY0A 4AMTA 5P6YA 5OZ9A 5P13A 1SIPA 2B8VA 1LYAB 3NWXA 2AVSA 1G35A 5P79A 3WSJA 3S8IA 4APEA 4DQHA 4I0GA 5OZEA 3VFBA 2I4DA 4HE9A 5P59A 1APVE 5P5HA 4DQFA 1HTRB 4K9HA 3OOZA 4DQBA 2AVOA 5FIVA 1EPPE 4ZLSA 1LZQA 5I70A 1PROA 2JJIA 5P5GA 5HDZA 5P85A 4R92A 4EWOA 3SKGA 4Y3WA 5P5KA 1HVLA 2ZJJA 5KQFA 4J0VA 2G20A 5PEPA 2QZWA 5KQYA 3PB5A 4Y3XA 3LINA 3SA6A 1HIHA 1HVJA 1RV7A 3D1ZA 3LZUA 3OOTA 5P4OA 3VYEA 4R91A 4Y4UA 5HDVA 4YBIA 4EJLA 4K4RA 3EC0A 5P60A 2G1NA 2ER9E 2I4QA 4FM8A 5OYZA 1YM4A 3K5CA 3G72A 5P02A 3RTNA 4RVIA 5P5MA 4Y56A 5P1JA 5AH7A 5OZ1A 1FIVA 2FDDA 3K5FA 2QD6A 1F7AA 2R43A 5P2YA 3OXVA 3KT5A 1MT7A 2QHCA 3ZPSA 5P7WA 3DM6A 5P6NA 3A2OA 2IDWA 3L3AA 4FRKA 1PSNA 3QS1A 3GGXA 1FEJC 1OHRA 3SA4A 5P0SA 5I3WA 3CYXA 1E81E 4DV9A 3D20A 3Q70A 4FIVA 1HPSA 2HS1A 1DMPA 4DJRA 4L1AB 2RENA 5HCOA 1PSAA 3LNKA 5P5QA 5OZRA 1EC2A 4GJCA 5OZ6A 3GGVA 1UH8A 2B7FA 3FNUA 2VA7A 5P1FA 4JECA 5DQCA 4B77A 1MERA 3NDUA 3D1YA 5P50A 5P29A 5P73A 4PYVA 1K6TA 2IL2A 2QD8A 5P7FA 4DJWA 2V0ZC 3VSWA 3VV7A 5P2UA 1APUE 4I0FA 2G1RA 2QI3A 3NLSA 8HVPA 5JFUA 3OUBA 4Y4TA 5P66A 3QP0A 5P7YA 2IQGA 5P8FA 1FQ7A 5OZVA 5P3MA 3ZOVA 1MTRA 3DCKA 2OF0A 3VV6A 3EM3A 1ZP8A 1Z1HA 5P05A 3UHLA 1KJHA 2ZGAA 1TW7A 3L58A 2BPYA 2VNNA 3GGAA 2G21A 2QNNA 3UF3A 2BJUA 5P3BA 3TL9A 4PPHA 3NWQA 1APWE 4QJ6A 2ER6E 5OYQA 5P1UA 5AH8A 1HPOA 1K2BA 1PPKE 2BQVA 1HVHA 3PLLA 4DJOA 2XFIA 4Y54A 3ZKSA 5P8HA 4Y39A 2ZJHA 1XE6A 5P4BA 2BBBA 5P1YA 4KE1A 5P8QA 1MPPA 2HB3A 3LZVA 4HDFA 5P70A 5P7VA 1KJFA 1IBQA 1EBZA 1BILA 3IVHA 3ZPTA 1W50A 5DGWA 1XL5A 3PMYA 3R1GB 4DJYA 1ZSFA 2XYFA 2WEZA 5KOSA 4Y5AA 2WJOA 5P6HA 3HW1A 1HEGE 1T7IA 4EYRA 1KJGA 3LIXA 5P7QA 3TPJA 1QBSA 5P06A 1APTE 5P1RA 5P18A 1CZIE 4S1GA 3QROA 2PH8A 4ZPFA 1CPIA 2CEJA 5P0UA 2IGYA 4Y37A 3O9FA 1FLHA 4MC9A 3N3IA 2QP8A 5P3TA 5P4ZA 2AZBA 2A1EA 4K4PA 2NNPA 3KYRA 1BDRA 5P53A 2VIYA 2G22A 5P1WA 5F01A 1C6YA 1C6XA 1E80E 4GIDA 4MC6A 5P2SA 5P0MA 4RYGA 4QJ7A 1BXOA 5P4TA 5P58A 2FNTA 3RTHA 2AZ9A 2Q63A 2PC0A 4Y3EA 4I10A 4ACXA 2OAHA 3HVGA 3S43B 5P7OA 1HXWA 3S56A 4EP3A 5C9FA 4RYCA 5T4SA 2G1OA 2ER7E 3RVIA 4B78A 3OHHA 4Y3GA 2HC0A 2QD7A 3PWWA 3SKFA 3PSGA 5OZPA 5P4DA 5DQ2A 2OHMA 2NMYA 1ZPAA 1SGZA 5P0NA 5COOA 5P04A 5P2IA 5P17A 2IENA 5P0AA 3KA2A 5OYRA 3EM4A 3O99A 5P2KA 3PEPA 4YA8A 1B6KA 5KAOA 4Q1YA 4J1CA 3HBOA 1BXQA 5P3FA 5P1DA 5IVSA 3D1XA 4DJPA 5P7HA 3MSKA 3L59A 5P6RA 3VFAA 3TTPA 4CPXA 3KFPA 1D4IA 3SPKA 4M8YA 3APRE 4HLAA 5P0ZA 2ZE1A 1GNMA 4YD4A 3K4VC 4LXAA 4EJDA 3EL4A 4J0TA 2QCIA 2QMGA 3TPRA 1HXBA 1YTJA 1WBKA 2BKTA 3S2OA 4QJAA 4EXGA 3D91A 5P40A 2JJJA 1BDQA 4Y3FA 5P1GA 5P67A 1EC1A 4Y5KA 5P8EA 3K5DA 4Y3SA 5P6EA 5P1VA 4DJQA 5KQZA 1FG8C 4Y3PA 5P42A 3OHFA 3QAAA 4CPQA 2V16C 1HBVA 1DP5A 2J9JB 5P2JA 4QGIA 5P45A 4I11A 5C9DA 5P7UA 5P0WA 5IE1A 5P2DA 2IGXA 4ZSMA 1SH9A 3PRSA 5P75A 4HEGA 1AZ5A 3NU9A 3IGBA 3VYFA 3VLAA 5OZKA 5P1MA 5P1ZA 1LF2A 3EKQA 1TQFA 5P6BA 1W6HA 3B7VA 3K5GA 5P52A 4Q1WA 1ZAPA 4LP9A 4OD9B 5UPJA 5P7ZA 3ZKXA 2ANLA 2P3CA 2J9JA 4GJDA 1B6LA 4L7GA 1AM5A 3EKVA 3OU1B 5C9BA 4AA8A 3PVKA 2QI5A 1IDAA 4Y38A 5P6KA 5P4YA 1W6IA 1ENTE 5P3UA 2OHLA 4Y50A 4Z4XA 5P5VA 2IKOA 5BRYA 4HDBA 1FMUA 2PQZA 4OBZA 5P5RA 1SGUA 1OEXA 5P3LA 5P5CA 5P39A 2OHQA 4GYEA 3G70A 3EKWA 4FRIA 5P6OA 2O4SA 5F00A 3TOGA 2PMAA 1EBYA 3MXEA 2HB4A 2PYNA 3BXSA 3OUDB 5P5SA 1W5YA 5HU1A 1ME6A 1OEWA 4RROA 4I0EA 1HSHA 3PLDA 4A6CA 3OU1A 2NPHA 1W5WA 1XN3A 1QBRA 4J1HA 3OXCA 2NXMA 4Y3DA 4Y41A 2WKZA 1GKTA 3SLZA 3PMUA 1GNNA 1HVKA 5P2ZA 5P47A 3K4VA 3BUFA 4Y5EA 5P0OA 4ZPGA 5P27A 1HVIA 3ECGA 3EKTA 5P01A 4D83A 4GJ6A 3UDPA 3PGIA 3PM4A 4H3GA 4QJ9A 3OWNA 5P4EA 2FGUA 4H3FA 1DAZC 3I25A 2B7ZA 4U7QA 3LZSA 3S7LA 5OZ4A 1FG6C 3EM6A 1FQ8A 1SDUA 5P44A 2CENA 4Y3MA 1XL2A 3ZKQA 4FCOA 1AJVA 1GNOA 5JG1A 4ER1E 1ZLFA 1LV1A 3T7XA 3UFLA 5OZ7A 4RCDA 1Q9PA 2QI4A 2WF0A 5P6WA 5P3OA 3PJ6A 5P3RA 5P3YA 2AQUA 2QK5A 3ER3E 1HEFE 6APRE 3SA7A 4Y48A 5P61A 2HS2A 1XN2A 4DH6A 5P2WA 5ISKA 5P6DA 1HTGA 2I1AA 2R5PA 1ODXA 4NKKA 4EQ0A 2NXDA 3H5BA 5P46A 5P2NA 5P3IA 3BUGA 5AHCA 4J1FA 4OC6A 1BVGA 3ST5A 4YCYA 4L7HA 4BELA 4J0PA 5P4JA 4CPSA 3LPKA 4J54A 5P3VA 4I12A 3ZKIA 3UQWA 1MT9A 1G0VA 2P83A 3NYGA 5P8GA 4Y4GA 5HE4A 3DOXA 4FGXA 5P5DA 5P7IA 1K2CA 2NTRA 4GJ9A 2ZYEA 3GI4A 3Q4BA 2JE4A 3UQXA 4OBDA 4JOOA 4H3JA 4LAPA 2ZHVA 3RSXA 4R5NA 5P08A 4YDGA 4WY6A 1B5FB 3UFNA 5P8KA 5HE5A 2G69A 5P41A 3CIDA 1EPME 3SABA 5P4WA 2PK6A 5P0PA 1NH0A 4DJUA 5P3AA 5P56A 3UDYA 3R0YA 5P8TA 4IVSA 3UQUA 3QPJA 4GMIA 1BAIA 2QMDA 1D4SA 1FQXA 3VUCA 4EXHA 2ZHUA 4YE3A 1MRXA 4Y45A 3QIHA 1AVFA 2FNSA 5OZGA 2OHPA 4IVTA 3UQPA 4APRE 4GZFA 2QZLA 2AOJA 5P6LA 3OQ7A 5I3VA 5P4HA 3O9LB 2NNKA 2BKSA 5ENMA 3ZLQA 3EL9A 2IKUA 3ER5E 2AODA 1FQ4A 4Y5BA 1B5FA 4CKUA 5COPA 4Y53A 3URLA 3EXOA 2O4LA 2VA5A 3O9HA 4MC2A 4Y3YA 4Y3JA 1T6EX 1PSOE 4RGHA 1MESA 5DR3A 1YTGA 2AOHA 5P6TA 5P89A 5P23A 4FAFA 4F74A 3AIDA 2WF1A 5P0EA 3OK9A 2QMFA 2XYEA 4OBGA 4DQCA 4RCFA 5OZIA 3URIA 5P84A 4Y3AA 4J5JA 5P5EA 1BV9A 2Q64A 4PZXA 1MUIA 2P3BA 3LPIA 1A94A 3O9LA 4Y35A 4Y47A 5OYXA 4ZSQA 5P4MA 1IVPA 1G6LA 2F3EA 3SO9A 1FFIC 5HTZA 1LYBB 5P69A 5P3NA 2A4FA 4Q5MA 1ZSRA 5P3DA 3KDBA 5P1AA 4TRZA 5P3JA 1BBSA 5HCTA 2O40A 3NDWA 4I1CA 3TKGA 1T7KA 3KFNA 5SXNA 3HVPA 5P5FA 5AH6A 4U7VA 1SP5A 3QVCA 2OHUA 1HTFA 3PCZA 4YDFA 3DCRA 3NDXA 4D85A 5HDXA 1WBMA 1HOSA 3L5DA 1SMRA 2WF4A 2NR6A 3MSJA 5APRE 4R93A 2AOGA 2FGVA 1HWRA 5OZYA 5P7CA 3CKRA 5P7KA 2F81A 3Q5HA 1SDVA 4Y5NA 1LYBA 3O9GA 1NPWA 3KMXA 2I4VA 7UPJA 4ZIPA 3EKPA 3C9XA 4CPRA 3BGCA 5P7AA 4DFGA 5P8RA 1UPJA 5OZCA 3VF7A 5P8NA 3OXXA 2ASIA 5P68A 1TCWA 4FM6A 5OZMA 3OUAA 1G2KA 3OAGA 3T7QA 4UPJA 5KOQA 4Q1XA 1CMSA 4R8YA 1HIVA 2JXRA 5P28A 5KR8A 4Y57A 3EL5A 5P5JA 4DQEA 5P1XA 5IVRA 5OZAA 2I0AA 4HZTA 4A6BA 1EPNE 3HLOA 2PH6A 4ER4E 5P2RA 2HIZA 5P11A 1MT8A 5OYUA 4GJ7A 1PFZA 5BS4A 5P1PA 4Z2ZA 2HPEA 5P5BA 5TOLA 5P6VA 4NJSA 1C6ZA 4H3IA 4J0ZA 1NSOA 1TSUA 2V13A 4Y3QA 4U8WA 3PWRA 5P65A 5P83A 9HVPA 5P0RA 3T11A 2VIJA 4FRSA 1EPOE 1XS7D 3KFRA 5P88A 3FV3A 3R4BA 4BEKA 2VJ6A 5P07A 4H1EA 5OZFA 2ZJLA 3UDRA 2R5QA 4NJTA 5P4NA 1QRPE 2QNPA 5P2MA 2I4WA 3OTYA 2RKGA 1MEUA 4J1IA 5P8UA 2FXDA 2R9BA 1K1TA 6FIVA 3L5EA 1IVQA 4Y4WA 5P8DA 3S7MA 4Y4JA 5P0CA 3PWMA 3O9BA 1QBUA 2WF3A 2SAMA 3NDTA 5P6FA 2F3KA 4Y44A 3MWSA 5ISJA 3DV1A 5P5LA 5SY2A 3IXKA 4DI2A 1YTIA 5P3KA 4FM7A 5I3YA 2VJ9A 3HAWA 3INEA 1RQ9A 4QLHA 4E43A 2ZDZA 5HVPA 4DJXA 3FIVA 4Y4DA 3SA9A 4B05A 5P8JA 5P3PA 2OHTA 4I0JA 5P0HA 3KMYA 3CKTA 1LF4A 2QZXA 3SM2A 5P2XA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8S A;  2NXL A;  1SDT A;  1IZI A;  3S53 A;  3DJK A;  3IA9 A;  2P3A A;  3Q6Y A;  2FIV A;  4COE A;  1N49 A;  5OZ8 A;  5DR1 A;  3VV8 A;  5OZZ A;  5ENK A;  2Z54 A;  4Y6M A;  4EJK A;  4YCK A;  5P7R A;  1K6V A;  5P19 A;  3KFS A;  5P81 A;  1HRN A;  4KE0 A;  3ZKG A;  5P0J A;  5OZS A;  3OU4 B;  1LEE A;  3HZC A;  2O4P A;  3EKY A;  3KT2 A;  1B6P A;  2BPV A;  5P3Z A;  5P0K A;  2HPF A;  5P0Y A;  3TLH A;  1TSQ A;  1KJ7 A;  4I0I A;  4RVJ A;  4WY1 A;  4AUC A;  5KR0 A;  5P43 A;  1ER8 E;  4LXK A;  4DVF A;  5P51 A;  4Y5M A;  5P3X A;  3O9E A;  1HPX A;  3OTS A;  3IXO A;  3SAA A;  1BVE A;  4D89 A;  1W51 A;  2IRZ A;  5DR4 A;  2AZ8 A;  2G1S A;  2VA6 A;  5P3G A;  1MRW A;  5IVQ A;  1IZD A;  5E5J A;  3PBD A;  1IDB A;  5BWY A;  5DQ4 A;  4OD9 A;  2VJ7 A;  2VIE A;  4B1E A;  4ACU A;  2BPX A;  3L5C A;  1HII A;  3TPL A;  5P8P A;  3OGP A;  4ZE6 A;  2WHH A;  3O9D A;  1GVU A;  4K8S A;  4TRW A;  2Z4O A;  5COK A;  5E5K A;  4MC1 A;  5DGU A;  2FXE A;  3NXE A;  5J25 A;  3QI1 A;  3OAD B;  5P2A A;  4I8Z A;  3SQF A;  4FSE A;  1BWA A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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