5P8JA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 352
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8jA01
4OBZB 3R0WA 3S54A 4Y3QA 1GNOA 5JODA 5P00A 1D4LA 5ER1E 5OZGA 1CZIE 2IKUA 2NNPA 5P6DA 3Q6YA 5P3NA 2QI3A 5OZNA 3BXRA 3AUPA 1SMEA 4FM7A 4KE1A 4AA9A 5P88A 3FNTA 5P4HA 2OHLA 4IVTA 3K5CA 4H3JA 5OYZA 5P3RA 4DUSA 5P25A 5P0RA 1SGZA 4OC6A 5SY2A 4J1KA 5P4NA 5DPZA 1Z1HA 4U8WA 2PSUA 3INHA 5DR3A 2QMGA 3O9DA 3GI5A 5P4OA 3T7PA 4R93A 3PI0A 5P3MA 5P30A 4FL8A 4JOOA 5P66A 4Y44A 1HBVA 3QP0A 4HDPA 3EM4A 2O4KA 5P7EA 1MESA 2B7FA 1FB7A 5OZBA 1GVWA 3PSUA 3PSGA 3O9GA 5P5PA 1RPIA 5P2AA 1HOSA 2F3EA 3OUDA 5P0DA 1MIQA 3VLAA 5P6GA 3VFBA 3OK9A 2VJ6A 5P76A 5P2KA 3IVIA 3UPJA 5P5DA 5KQZA 2R38A 1K2CA 5P2EA 1B6KA 1YTHA 5P40A 5OZ9A 5P4LA 3HVGA 2QU3A 1EPOE 4ER1E 2EWYA 4EQJA 1D4KA 4APRE 4Q1NA 5P3QA 3EM3A 1FQ8A 1RNEA 1SGUA 5P29A 1XS7D 4NJVA 3MSKA 1D4IA 1BIMA 3VEUA 3PRSA 5P7UA 5P53A 4FRIA 5I3VA 1SDUA 5HCTA 3UTLA 3O9LA 4YBIA 5P7IA 2BBBA 1HTFA 1OEXA 4Z22A 5DR7A 2XYFA 1C70A 5P82A 3IN3A 5P2HA 3L5EA 5P38A 3EM6A 3TPRA 4I12A 2WF2A 4I0IA 5HE7A 3CIDA 1XL5A 2J9JB 3T11A 2VA5A 1ENTE 4GJAA 1NSOA 2IQGA 2IKOA 2ER9E 2Q11A 4FS4A 5P7SA 2QAKA 1WBMA 4M8XA 1RV7A 4OBFA 5P0HA 1QDMA 1SMRA 2V13A 4YBFA 5IVRA 3MWSA 3CKTA 2OHUA 1HVRA 3PGIA 1AAQA 3QRMA 4Z50A 1GKTA 3KDCA 1LF2A 5P8JA 3LPJA 5OZOA 5P5UA 5P6HA 1IVQA 1B6MA 3RSXA 5P11A 1KZKA 5HE4A 5AHBA 3RSVA 3L5DA 3OY4A 4JECA 3UQPA 2G21A 2ZJMA 5DGUA 5KR2A 1FIVA 1AJXA 1YX9A 3ZPUA 1MT9A 4RYCA 4Y4UA 2AZ9A 4GYEA 5P39A 2JJIA 4B78A 2VIZA 1BWAA 1EPQE 4DJWA 5PEPA 2Q63A 3EKYA 4Q1YA 4Y3EA 2BB9A 2VS2A 5P59A 2OHQA 5DQ4A 5P0ZA 3OQDA 4K9HA 1PPME 4H3GA 2FGUA 5KR8A 5P8CA 1T6EX 4NJSA 1BVGA 2P3DA 1EAGA 3OQAA 2F8GA 5P6FA 4Y4BA 5P5IA 3DV5A 3HAWA 5P5SA 2NNKA 2G1NA 5I3XA 5OZHA 5OZAA 1UPJA 2PMAA 2RENA 3MXDA 4GJ8A 3Q5HA 3TKGA 3SA6A 4ZPFA 5P46A 3LZYA 1EC1A 5OZ7A 1T7KA 1A9MA 2WECA 3NDWA 3OADB 3WB4A 3R2FA 5P3JA 5P6BA 3CICA 5KOQA 4BFDA 5P5YA 2VJ9A 5P7DA 5P1UA 3K5DA 5OZTA 3VSWA 4X7IA 5P7QA 5P4TA 1KJHA 4I1CA 1ODXA 4I0GA 2QI1A 5P5RA 4Y5CA 3HVPA 2IENA 5KAOA 1BV7A 1LYWA 5P4SA 5P6SA 3PSYA 1FQ4A 3PB5A 3S7MA 2WEZA 4CP7A 5KR1A 3HLOA 3PCWA 1ZAPA 2JXRA 4PPHA 1MSMA 3OGQA 4NPTA 3R4BA 5P1IA 4AMTA 3EKVA 1YTGA 4D89A 4Y57A 2NTRA 4Y4GA 3KMYA 3OU4B 1A8KA 5P5JA 5BRYA 1FG8C 1B6PA 3ST5A 3K5GA 5P1GA 5P4RA 3HDKA 4Y5LA 4I0FA 5P16A 3BXSA 4EWOA 2HPFA 5P0KA 3TTPA 1QS8A 5P6IA 2ZHVA 4J0ZA 5P68A 2Z4OA 5DQCA 3WZ7A 3OOTA 1T7IA 1UH7A 3S43A 3NU6A 2NMYA 3LZVA 5P1NA 5P72A 4GJ5A 2NPHA 3Q4BA 4CMSA 2QP8A 3IAWA 4CPXA 4DH6A 1IDAA 2JJJA 2V00A 2G1SA 5P1YA 1HXWA 4Y47A 4Y3TA 2QU2A 5P2FA 1T3RA 3KFSA 3IXOA 1ZJ7A 2V11C 4Y3NA 5OZ6A 3LITA 4YCKA 4HE9A 2QI5A 4HA5A 4Y35A 4YD6A 4I8WA 3CMSA 5P6EA 2G1RA 1B6JA 3ZKXA 5OZQA 1MUIA 2P8HA 4EQ0A 5OYTA 3CYXA 5OYQA 3Q70A 2G69A 5P56A 4R95A 5P1KA 4D8CA 5P8OA 2ZJHA 2WHHA 5P2UA 4GJDA 3Q3TA 3GI4A 4CPWA 4FLGA 4L1AB 7HVPA 3CKPA 5P0FA 5P06A 2QI0A 3D20A 3LNKA 2AZCA 4YOBA 5P05A 2AOGA 3LINA 2HC0A 2R8NA 5HE5A 5P1OA 3PWMA 3R0YA 5HDZA 4ZEAA 2ZJJA 3OTSA 3ZPSA 2I0AA 5P7NA 4OBGA 4Y3MA 5P1SA 1LEEA 4OBKA 3VF5A 4OBDA 1GVTA 5P24A 5P7FA 5P1ZA 2AOHA 5P67A 5P8LA 3I2LA 4Y56A 5P55A 2NXLA 4K4PA 3WZ6A 5P5LA 5EZZA 4ACXA 1YTIA 2VJ7A 1HVLA 5P5KA 4D83A 1GNNA 5P51A 5ER2E 2P83A 1Q9PA 4HVPA 2AOEA 3INDA 4HDBA 5P8NA 1W5XA 1SIPA 3LIVA 3ZKIA 5OZJA 2JYSA 3OUBA 5IVTA 4K8SA 2J9KA 4DJPA 5P22A 1IZIA 3LZUA 4GB2A 4HZTA 1EBZA 1NH0A 5P0CA 5P7XA 2I0DA 2BKSA 2PH8A 3TOHA 1D4JA 3S45A 2Q3KA 2HB2A 8HVPA 2VIJA 3FX5A 5P2NA 1AIDA 1QBSA 5P7GA 5P5OA 3NYGA 5P3TA 5P4JA 5P8FA 4GJCA 2WF3A 3ZKSA 3DUYA 3D1YA 5P4DA 1FMXA 2G26A 1C6ZA 5P1PA 1META 3GGAA 3IXKA 3DCRA 5P1AA 5P8KA 3EKQA 3I25A 3S85A 1BWBA 5F01A 2FIVA 5AH8A 1B5FB 2RKFA 4EJ8A 3ZLQA 4ER4E 5BS4A 4Y5PA 5P6YA 2ZHTA 3TPLA 4RYGA 5P6QA 3KM4A 1HIVA 5P2OA 4L7HA 5P0GA 4EXGA 5P4FA 3QBFA 5OZVA 4DJRA 5DGWA 1HVIA 2I4DA 2QD8A 4EXHA 5P0LA 2F3FA 2WEBA 4ZSQA 5P8RA 3NWXA 4M8YA 3AIDA 4I0ZA 2Q15A 3IA9A 3DK1A 1LYAA 3IXJA 5C9DA 4OC6B 3VG1A 1E80E 2NMZA 5P2WA 1GVUA 3I7EA 4HDFA 5P1CA 5P84A 2OHKA 1C6YA 4BELA 2NR6A 3URJA 5P7RA 4RLDA 3UHLA 5P36A 4NJUA 3ZKNA 5KQXA 2APRA 3BVAA 5P63A 3BUGA 3SA9A 3LIXA 5P8MA 5P86A 4Y3PA 3S2OA 3SABA 4COEA 5P3WA 3EMYA 5P5GA 4Y4DA 5ISJA 3VYDA 5P77A 2WF4A 5IVSA 1QBUA 4Y3SA 3UDNA 1YM2A 2HB3A 2V10C 5P5WA 5P4IA 3FNSA 3WSJA 3OUDB 5AHCA 5OYSA 3KT5A 5P0QA 3BHEA 1GVXA 1E82E 3O9CA 4I0DA 5P5EA 5P61A 3G70A 5P6AA 4RVJA 2UY0A 2QNQA 3QAAA 2FS4A 4RGHA 4ZIPA 3T7XA 1HIIA 1TZSA 1FQ6A 1SH9A 2V12C 2BPVA 2CEMA 2HIZA 5P85A 3S8IA 5P3LA 4YE3A 3KFPA 2AIDA 3F9QA 5P1EA 1KJGA 5KQYA 4DQCA 5P1DA 2G20A 4FE6A 3ZPTA 1K2BA 3ECGA 3OWNA 4EJLA 4J1FA 5UPJA 3DM6A 1XL2A 5P8IA 2BPWA 1DIFA 1FMBA 3O9LB 4DFGA 4Y53A 1FG6C 3DOXA 3QBHA 1VIKA 5P3XA 2WEAA 1KJ4A 4Y3RA 1KJ7A 2QCIA 1XE5A 5HVPA 1G35A 5EZXA 1Z8CA 5HU1A 5CLMA 5P2GA 2IL2A 5P18A 9HVPA 2FDPA 5E5JA 5P3OA 4DJVA 4MC2A 4Y54A 3MXEA 2BKTA 3D3TA 3D91A 3LPIA 5OZ4A 5P2QA 5P3EA 5P1FA 4OD9A 1ZSRA 1FKNA 4ZLSA 4UPJA 4Y5MA 2G22A 2OAHA 5P3CA 6APRE 5P0AA 3K4VA 1ER8E 3A2OA 1CPIA 5P1VA 1B6LA 5AGZA 2WJOA 2Q5KA 4Y4JA 1NPVA 3L5CA 1W6IA 2QD7A 4QGIA 5OZCA 1SDVA 2OHPA 4WY6A 5P4VA 1HEFE 5P74A 3SA8A 5P45A 5P2BA 5P70A 4B05A 3JVYA 4J5JA 3NDTA 1IZEA 4RROA 3GGVA 3R1GB 4Y9WA 5P0XA 5P31A 3PJ6A 5OZFA 5P6TA 4ZSPA 5OZSA 5P4GA 4Y51A 3UQXA 1IZDA 5DQ5A 1QRPE 4FSEA 5P4KA 1APTE 1GVVA 1RL8A 2AVSA 3VV7A 5P3BA 2QZKA 5P0UA 2OHTA 6UPJA 5P6OA 2BQVA 5P26A 3T3CA 4RCFA 4Y3AA 4I0JA 5P0JA 5ENKA 1PSAA 2VA6A 3KDBA 2R43A 2B60A 4Y3XA 4EP3A 4OBHA 3OUAA 4J0VA 5JFPA 5P8EA 2QI7A 1K1TA 2WKZA 4LAPA 3APRE 2HS1A 5ENMA 4EPJA 4I8ZA 5OYYA 1IDBA 4J0TA 4B1CA 5P4AA 2AODA 5P54A 5P0WA 5P5QA 4NKKA 2OHMA 3JVWA 3OQKA 4Y6MA 3URIA 5P6WA 1AXAA 1BAIA 1FGCC 1FQ7A 3SKFA 3ZKQA 1ZSFA 1EPLE 1XE6A 1LYWB 1D4YA 4EYRA 1WKRA 5P7CA 2HB4A 2QZWA 3BVBA 5P27A 2R3TA 5OZKA 5P6PA 5I3YA 3MSJA 5P3IA 1BXQA 4RCEA 4APEA 3VLBA 5P8PA 4H1EA 3EXOA 5HDXA 3WZ8A 2AQUA 3QI1A 5P23A 4Y41A 3ZOVA 3OTYA 2BPXA 1FFFC 5OZUA 5P4YA 3OAGA 2ZDZA 4YD4A 5COKA 3N4LA 3PEPA 3NWQA 1YTJA 5P7HA 2QK5A 1TSQA 5P08A 1EPNE 1PSOE 4DQEA 5P7WA 2MIPA 2I1AA 4Y3LA 2Q54A 3LPKA 3QN8A 3S53A 1K6PA 2NXMA 1LYBA 5P64A 3S43B 5DR4A 4YD7A 3RTHA 2I4XA 3CKRA 4QJ9A 4Y5KA 3O9EA 4Y5GA 3NU3A 5P41A 5I3WA 1HEGE 3EL1A 3RTMA 2ZYEA 3BC4A 3NDXA 2P3BA 1BDQA 3L59A 1HTRB 2ANLA 3KMXA 2VNMA 2IDWA 3SFCA 5COOA 3VUCA 1K1UA 4B72A 5P32A 2VNNA 3OOZA 3PM4A 4KUPA 4EJDA 5C9FA 4E43A 5E5KA 4J0YA 3FIVA 1SIVA 2AVOA 2AVVA 4D85A 5P42A 2OHRA 4Y3GA 2I4QA 5OYUA 4YCYA 2I4VA 3SLZA 5P58A 3OHFA 5P7BA 5P20A 1E5OE 1LF3A 4B77A 5P01A 4GJ6A 5P1RA 4BEKA 2XYEA 3DV1A 5P3HA 1F7AA 4Y3WA 4YD5A 3S7LA 6FIVA 4Y37A 5P69A 3S56A 2AOFA 2PYMA 3NXNA 1DW6C 4FM8A 2ZHUA 1HVSA 4ZPEA 1JLDA 4CKUA 2XFKA 3KDDA 5P2CA 4Y5NA 4FSLA 4JPCA 5P4QA 1LZQA 3FNUA 5P5TA 1MTRA 1A8GA 2WF0A 2HM1A 5P33A 5P2ZA 5TOLA 1A30A 1ODYA 2PQZA 2QD6A 2QMFA 1HIHA 2G27A 1K6CA 3QPJA 3O9FA 5P04A 1AM5A 5P89A 5HU0A 5P1HA 5DR0A 3UQWA 2WEDA 5OZ8A 1EBKC 1ODWA 4Y38A 3VSXA 5HCOA 1K6TA 4XXSA 3OXWA 4OBJA 1RQ9A 1W5WA 3OGPA 1IIQA 1BDLA 2G1YA 1TSUA 1BBSA 5P80A 1ZP8A 2ZHRA 4TRYA 5P1XA 4XX4A 1OD1A 1CMSA 5JG1A 4Q1XA 4J1HA 5P7VA 4FRJA 2QHYA 2AOJA 2VKMA 1VIJA 1ZBGA 4DVFA 4AA8A 5P1TA 2FLEA 3L3AA 4QJ7A 3U71A 5OYWA 5HDUA 5P47A 1EEDP 3SQFA 4QJ8A 5DQ2A 3RTNA 1PSNA 1D4HA 2SAMA 2FNSA 1ZPKA 2O4PA 5P3GA 3SM2A 5B18A 1DPJA 4KE0A 3SA5A 5P3DA 2WL0A 3K1WA 4HLAA 5OYXA 2F81A 1IVPA 4TRZA 5P4ZA 1PFZA 1NPAA 4K4QA 1NPWA 5F00A 4TRWA 3ZKMA 3FV3A 4QJ6A 3L5FA 1QBTA 4FM6A 2G24A 3PI5A 2PH6A 4X2LA 4RZ1A 3EKTA 4H3FA 4WY1A 4RVIA 2QZLA 4WTUA 5P4UA 4IVSA 4DQFA 3EC0A 4Y3YA 1FMUA 2B8LA 5P5ZA 3PWRA 5P2JA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 4OBZ B;  3R0W A;  3S54 A;  4Y3Q A;  1GNO A;  5JOD A;  5P00 A;  1D4L A;  5ER1 E;  5OZG A;  1CZI E;  2IKU A;  2NNP A;  5P6D A;  3Q6Y A;  5P3N A;  2QI3 A;  5OZN A;  3BXR A;  3AUP A;  1SME A;  4FM7 A;  4KE1 A;  4AA9 A;  5P88 A;  3FNT A;  5P4H A;  2OHL A;  4IVT A;  3K5C A;  4H3J A;  5OYZ A;  5P3R A;  4DUS A;  5P25 A;  5P0R A;  1SGZ A;  4OC6 A;  5SY2 A;  4J1K A;  5P4N A;  5DPZ A;  1Z1H A;  4U8W A;  2PSU A;  3INH A;  5DR3 A;  2QMG A;  3O9D A;  3GI5 A;  5P4O A;  3T7P A;  4R93 A;  3PI0 A;  5P3M A;  5P30 A;  4FL8 A;  4JOO A;  5P66 A;  4Y44 A;  1HBV A;  3QP0 A;  4HDP A;  3EM4 A;  2O4K A;  5P7E A;  1MES A;  2B7F A;  1FB7 A;  5OZB A;  1GVW A;  3PSU A;  3PSG A;  3O9G A;  5P5P A;  1RPI A;  5P2A A;  1HOS A;  2F3E A;  3OUD A;  5P0D A;  1MIQ A;  3VLA A;  5P6G A;  3VFB A;  3OK9 A;  2VJ6 A;  5P76 A;  5P2K A;  3IVI A;  3UPJ A;  5P5D A;  5KQZ A;  2R38 A;  1K2C A;  5P2E A;  1B6K A;  1YTH A;  5P40 A;  5OZ9 A;  5P4L A;  3HVG A;  2QU3 A;  1EPO E;  4ER1 E;  2EWY A;  4EQJ A;  1D4K A;  4APR E;  4Q1N A;  5P3Q A;  3EM3 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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