3OUDA

Mdr769 hiv-1 protease complexed with ca/p2 hepta-peptide
Total Genus 17
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
17
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWQRPIVTIKIGGQLKEALLNTGADDTVLEEVNLPGRWKPKLIGGIGGFVKVRQYDQVPIEICGHKVIGTVLVGPTPTNVIGRNLMTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/peptide
molecule keywords MDR HIV-1 protease
publication title Nine Crystal Structures Determine the Substrate Envelope of the MDR HIV-1 Protease.
pubmed doi rcsb
source organism Human immunodeficiency virus 1
total genus 17
structure length 99
sequence length 99
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2010-09-14

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3oudA00
3UDNA 2ZHTA 5P1YA 3GI0A 3OXCA 3IVIA 2NR6A 4RRSA 3A2OA 5P8IA 5P50A 2HIZA 5OYRA 4D88A 4K4RA 5P7PA 1G35A 1PFZA 3EMYA 2IKUA 3OOTA 2HM1A 2VS2A 1EPOE 5P2JA 5P4WA 2V16C 3M9FA 4YCTA 2WHHA 3TPJA 1TQFA 2QP8A 4QJ7A 1ZPKA 4DQFA 4U7QA 3S56A 5DR4A 1DIFA 2G24A 5P82A 1DPJA 2IENA 5P2IA 5CONA 2OHTA 5ISJA 3LZUA 1YTHA 3WB5A 5P2CA 4DJXA 2XFJA 5P4CA 3VLBA 3MSKA 5OZ1A 4EHCA 5P3TA 2NNKA 4YHQA 4Y3NA 5AGZA 5P1SA 5OZ4A 5P4KA 1HIVA 5P49A 1SDVA 1LYBA 3DV1A 1LV1A 2P3CA 6UPJA 1HPOA 5DQ4A 5P73A 2VIYA 5P4IA 4Y6MA 2ER7E 4ER4E 1K6PA 2QNPA 3URLA 3PSGA 3UDMA 2MIPA 1IDBA 5P1IA 3LINA 3KFNA 4J1HA 5P6MA 4AA8A 4I0EA 3CKRA 4UPJA 3NWXA 5P8QA 5DR1A 5P0JA 4EJDA 1GVWA 1ODYA 5P28A 3QBHA 4J17A 1K6TA 5P6TA 5P2LA 5P36A 4J1EA 5COOA 5OZCA 1LYWB 4Y44A 1A9MA 3HVGA 5P5VA 4DJRA 4DI2A 3FIVA 2F3EA 5P63A 3SKFA 3VUCA 2I0DA 3IGBA 5I3VA 5IS4A 5P8PA 3UCBA 4BFDA 3PGIA 4LL3A 4PZXA 5OZKA 2BQVA 3UFNA 5P2BA 1J71A 1KJFA 3SQFA 4Y58A 4AA9A 4LXKA 3BVAA 3NWQA 5P53A 5P69A 1TCXA 5P07A 4L7GA 4QGIA 3PWRA 5P80A 3EKPA 4XXSA 3OY4A 1UPJA 3OU4A 5P66A 4ACUA 3SKGA 5P1ZA 5P4EA 3EKVA 2AZ9A 2HS2A 1AJXA 4GJ8A 5OZDA 5P4PA 3UDRA 1YG9A 3INHA 5P4YA 4AMTA 5P6CA 4JECA 3SO9A 4NJTA 2ZJNA 3VV7A 3MXEA 1OEXA 2RKGA 3OUBA 4OBKA 1PROA 1MT9A 3UQWA 4DJYA 1APTE 5OZZA 5P6QA 5P8FA 1GVXA 3KMYA 4YD3A 5P3UA 1D4LA 4J54A 5HDXA 3TOHA 2P4JA 4PYVA 5HE4A 5OZXA 2I4WA 2R9BA 5P6YA 4FS4A 2QCIA 5IVRA 4YA8A 4K4PA 3LPKA 4OBFA 4RVIA 5P0NA 4DQBA 3INDA 5ISKA 3QI1A 5UPJA 4EP3A 1EPRE 2OHSA 3NU6A 4FAFA 2J9JA 5P3MA 5P4GA 5P2MA 5AH6A 1APWE 3FSMA 3OHFA 2IRZA 5P4SA 5P6DA 2PSVA 1K1TA 3GGUA 2QD8A 2QI4A 4GIDA 5P2SA 1QBUA 4GJCA 1HVIA 3OHHA 2B8VA 1LF4A 5P4VA 1GKTA 1M43A 5P0SA 4Y3QA 1IZHA 2AVVA 5J25A 2A4FA 5JODA 3CYWA 3KYRA 5P3CA 5DQ1A 5OYWA 3MWSA 3NYGA 3PBDA 2QMGA 3VF7A 4DQHA 3VYFA 1FQ7A 4ACXA 3PBZA 3RU1A 5P6VA 1PSOE 2FDDA 3QRVA 1SH9A 2QI0A 3B80A 3OTYA 4PEPA 3T3CA 5IVTA 4K8SA 4HLAA 3LNKA 3CKPA 3BC4A 3ZKIA 3PJ6A 4Y41A 5P7YA 3TPLA 3VCMA 1B6KA 4Y45A 1EAGA 5P85A 5HCOA 5P4DA 4F75A 5DPZA 5P1TA 2BPWA 2B42A 4H3FA 5I70A 2Q54A 1D4HA 2QZWA 3TL9A 5OYQA 4I11A 1ZPAA 1MRWA 1QRPE 5P4BA 5P09A 3UF3A 3N4LA 1HVRA 4Y4ZA 1APUE 3SA8A 1B5FA 1E80E 5C9FA 4XKXA 5P6NA 5P0UA 3JVYA 3OQ7A 5P8KA 5KR1A 1FMBA 3BRAA 1KJ4A 4Y48A 3KFRA 2IKOA 5P7EA 5P5OA 3RTHA 4I0JA 5IVSA 1TZSA 3CYXA 2WEZA 3K5DA 1SDUA 3OOZA 1N49A 1AM5A 2V00A 5P3EA 5P2WA 1EBWA 1HEGE 3PI0A 3T7QA 3L58A 3LIQA 4EXGA 5P1JA 1XN2A 1XL2A 5P1CA 5P6KA 2AOJA 1HVLA 2G1NA 4YD5A 4ZIPA 1EC0A 1HRNA 2F3FA 1HPVA 4NKKA 5P5ZA 2WF4A 4FRSA 3HDKA 5P6UA 5P8SA 3VSXA 4Y3LA 2ZHSA 4GJ6A 3ZKGA 4Y51A 3ZPSA 3O9IA 2PWRA 5P3QA 5P29A 5ER1E 2FGVA 2BKSA 1HVKA 5P0OA 2VA7A 5P47A 4FSLA 2JJJA 3OQKA 2G1YA 4ZPFA 1HSGA 5P7IA 2CEJA 1D4YA 5P5EA 5HDZA 3K4VC 3PVKA 1HTGA 3S43B 4MC9A 3SM1A 4KUPA 4QJ8A 5P57A 4RLDA 1A8GA 5P7FA 1ME6A 5P23A 3VF5A 3D20A 5P6AA 5P1MA 4Y4WA 2ER6E 5P7KA 1ZSRA 5P1BA 2VJ7A 2WL0A 5P4RA 4FE6A 4D8CA 1EPME 1MTRA 3L5BA 2P3DA 1C70A 4EQ0A 5OZ2A 2P83A 4BFBA 2FXEA 5KOSA 5P2XA 5P7LA 2WEAA 4WY6A 5P6SA 1HHPA 1TSQA 3S53A 3OXXA 4Y5LA 5P1EA 5P0LA 4ZSPA 4Y3WA 4CPTA 4B05A 4QJ9A 1BV7A 2QI6A 4YDGA 4Y3GA 2P8HA 1BVGA 1XS7D 3UDJA 3NSHA 1G6LA 3AIDA 2RENA 1OD1A 4DJWA 5AHBA 1CZIE 5P61A 2FDEA 5P3LA 5P7NA 5P6FA 3LZYA 4LC7A 5OZ7A 1FQ8A 3UQUA 3RTMA 1ODWA 4I8WA 5P8DA 5P33A 3IA9A 2Q3KA 5P68A 3PI5A 1VIKA 5P20A 5OZAA 5P72A 3N3IA 5P8VA 1SMEA 4ER2E 3IXKA 5OZ0A 3OADA 2VIEA 5P10A 5P7BA 1LYWA 2FXDA 2V13A 3WSJA 4J1IA 3ZKMA 5OZOA 4DJUA 2VNNA 5P8HA 2OHKA 4Y4UA 2AZ8A 3IN4A 5P24A 4FM8A 1KJ7A 5COPA 2F3KA 4QLHA 2OAHA 5P3JA 1EBYA 3UDKA 5P5YA 3PLDA 1META 4J1CA 3FX5A 4M8YA 3RSXA 4YOAA 1UH9A 1HTEA 5P7AA 3O9GA 2AOIA 1K6CA 3PSUA 3NU3A 4Y5BA 2F8GA 3G6ZA 3VF3A 3WB4A 4HDPA 1IZEA 5OZLA 4CPQA 1EPNE 1HPXA 2QZXA 1BV9A 2WEDA 5P17A 5P8LA 2G94A 4CMSA 3HAWA 2H6SA 4NPTA 5SY3A 4U8WA 1LZQA 2ANLA 4LBTA 4RZ1A 3WZ6A 5DR3A 5ER2E 4Y53A 3SA7A 2NXMA 4KE0A 3CIBA 4Y5NA 2R38A 5OZYA 4DJQA 3ZKXA 4ZLSA 2O4PA 3DOXA 3EM4A 5KOQA 5P7ZA 2HB4A 2FDPA 4Y5CA 5P6JA 3BGBA 4NJSA 5P08A 4GYEA 4R93A 1FEJC 1C6YA 5P6OA 5TOLA 3VV8A 1T6EX 1IDAA 2ZHVA 5P3BA 2XFKA 5BWYA 1B6PA 5P5RA 4B1CA 5P6EA 2I4VA 2AVSA 3TPPA 5KR8A 4YDFA 5F01A 3PCWA 1BVEA 4FGXA 4Y4JA 5P2HA 3O9EA 2OHUA 4CPWA 1GVTA 3UDPA 3LPJA 3BHEA 3BGCA 2OHRA 5P45A 2PMAA 5IE1A 1BDRA 3BUFA 2OHLA 5P06A 4Q1WA 4CPRA 1FQ6A 3LPIA 1AJVA 5P3PA 5PEPA 3Q70A 3L5DA 2JYSA 4DJVA 5HVPA 5E5JA 5P3ZA 4CPSA 2JJIA 3QIHA 4COEA 1QS8A 4HVPA 3S85A 1QBRA 4H1EA 1EPLE 5P8CA 1SMRA 5P1LA 1CMSA 4Y4EA 5P79A 3KA2A 4ZPEA 5P5FA 3LIVA 4MC2A 5P39A 4DQGA 4I0FA 4Z50A 3DV5A 4GJDA 5P60A 1DAZC 1ZAPA 5P1WA 1LF2A 3OADB 2BPXA 1MUIA 2R43A 3S7LA 4I8ZA 4CPXA 4QJ6A 5P8EA 4K4QA 3B7VA 3GGAA 2QI3A 3EL9A 2BKTA 3UPJA 5I3WA 1JLDA 5P1NA 5DGWA 1EBZA 4HEGA 4KB9A 1E5OE 5P0YA 5P84A 2FGUA 1SBGA 3L3AA 5C9DA 1SIPA 4Y5PA 5P3KA 4KE1A 3ZOVA 1WBMA 5P15A 3EL0A 3LITA 2I4UA 5P0KA 2O4NA 4WY1A 3PLLA 3PRSA 5P1GA 4Y3DA 2QHYA 2QNNA 1BDQA 4I0DA 5P5QA 5P03A 1BXQA 4RROA 3VG1A 5P58A 4J0VA 3GI4A 4DJOA 4OC6A 1BWBA 3SFCA 2OHQA 4APEA 2HAHA 2IDWA 3EKQA 1PPME 4J55A 4Q1YA 5P14A 3H5BA 5P2KA 3SM2A 4JP9A 3ZMGA 5P83A 2ZE1A 3I6OA 2ZJKA 3UDHA 5P2QA 4HZTA 1FQ5A 1B6LA 5P55A 3TOFA 5P56A 2QI5A 5P7OA 3LIXA 3Q4BA 3TOGA 5P3YA 2QHZA 3S43A 5P04A 1T7IA 3QS1A 5APRE 5P7CA 4J0YA 3O9AA 5P2GA 5P22A 4J0PA 1FFIC 4Y5KA 3HD8A 4OBHA 3ST5A 5P6WA 4D85A 2HPEA 4YD6A 4R8YA 5P8UA 3DK1A 1HPSA 5OZFA 8HVPA 1ZJ7A 4IVSA 5P0ZA 5P2OA 5KAOA 2V11C 3CICA 5P7RA 4H3JA 3S54A 4YCYA 5P3AA 5P0WA 4RYCA 3BXSA 4Y3JA 1E81E 3Q3TA 5JFPA 4L7JA 2VJ9A 5P7JA 3QP0A 1TSUA 2UPJA 4Y4DA 4Y5AA 2P3BB 2WEBA 4I0IA 3NLSA 3TTPA 5BS4A 4MC1A 3D1YA 5OZHA 5P2YA 5OYXA 4D83A 4PPHA 2QK5A 4GJ9A 2WF3A 3KMXA 1MSMA 5P7SA 4Y39A 1QBSA 1W5XA 2B8LA 2IL2A 2XYFA 5P8OA 5P2TA 2XFIA 3VFAA 4IVTA 2HB3A 3IXOA 5P2UA 1F7AA 5B18A 4U7VA 5HE5A 3UQRA 4DV9A 2WF0A 5P51A 5OZMA 3UQXA 2PH8A 2NPHA 5OZ6A 3QVIA 2UXZA 5OZGA 3EKWA 5OZWA 5P62A 3ER5E 1D4SA 5P19A 3KDDA 3GW5A 4F74A 1NPWA 1GNNA 2Z54A 4APRE 3OU1B 1FIVA 5JG1A 1GNOA 2QAKA 4FM7A 1KZKA 4FRIA 4WTUA 3K5CA 2UY0A 5OYTA 4EJ8A 1EPQE 5P78A 5P64A 5P76A 5P26A 1D4JA 1BBSA 5P5SA 2ZHRA 3PMYA 2RSPA 1RQ9A 3QN8A 3L59A 4RGHA 3BUHA 2VIZA 4EP2A 4A4QA 3SA3A 5OYVA 5DR7A 3MXDA 5P3IA 4Y3RA 1BILA 2QMPA 4OC6B 1UH7A 1PPKE 4Y35A 4CP7A 2CENA 5OZTA 3KT5A 2B7ZA 5P2ZA 5EZXA 5P3WA 4X2LA 3T11A 4E43A 3K4VA 2Q55A 4RRNA 3EBZA 5P89A 4DPFA 5DR8A 3VYEA 5AHAA 5P44A 5P7WA 4J1FA 3GI5A 5KR0A 3QRSA 5COKA 1XE6A 1RL8A 3BXRA 2ER0E 6FIVA 3NU4A 1YTIA 1XE5A 3K5FA 4QJ2A 2PH6A 3D91A 7HVPA 3HVPA 3OQAA 5P75A 4QJAA 2ZDZA 3FNUA 3ECGA 1EC1A 5P59A 5P8TA 3T6IA 2WF1A 5P41A 4B1DA 5P8GA 3MSLA 5OZUA 2PSUA 4Y57A 2Z4OA 1W50A 2G1RA 3SA6A 4EYRA 3O9LA 1C6ZA 5P1VA 3D1ZA 5P54A 2OHNA 3EL1A 4EJLA 2G26A 5P65A 1IVQA 5P8AA 3S7MA 1LF3A 5AH7A 2PK5A 3TNEA 3O9FA 5P0TA 2ER9E 5P31A 4DUSA 5P25A 4TRYA 4GZFA 3VEUA 5P1OA 4D89A 3CMSA 5P27A 2G21A 4OBZA 1W5YA 5P5NA 3NXNA 5P4XA 5P8JA 4LHHA 3LIYA 5DR0A 1ZSFA 2ZGAA 3EL4A 5P52A 4EPJA 4J0ZA 3PEPA 3NR6A 3UDQA 1D4IA 4Y3MA 5P4HA 1HBVA 4RYGA 3LZVA 4B72A 5SY2A 4GJ5A 5P6HA 1W6IA 3EXOA 3SPKA 5P2RA 2BJUA 2FNTA 5OZPA 4J5JA 2HC0A 4B1EA 3VSWA 5OZIA 1FGCC 1RNEA 1FMXA 4F76A 2AVMA 2AZCA 2G22A 4TRZA 2O4SA 5OYZA 5I3XA 1B11A 4Y38A 2QU3A 5P0BA 2PYMA 3PWWA 1DP5A 5P5LA 5P7VA 5P46A 1HVCA 1AAQA 4Z22A 2I4DA 4FIVA 4I10A 5P32A 5P7HA 5OZJA 1WKRA 5P30A 1MT7A 3QROA 3ZKNA 3PM4A 2ZHUA 1PSNA 1HVSA 4Y9WA 3H0BA 3INFA 3VYDA 4GB2A 5P0AA 3ZKSA 5DQCA 4Y3SA 5F00A 2IS0A 4Y3EA 3KFPA 1M4HA 2AQUA 3VV6A 3EM3A 4AZYA 5OZ8A 1FFFC 4R91A 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3UDN A;  2ZHT A;  5P1Y A;  3GI0 A;  3OXC A;  3IVI A;  2NR6 A;  4RRS A;  3A2O A;  5P8I A;  5P50 A;  2HIZ A;  5OYR A;  4D88 A;  4K4R A;  5P7P A;  1G35 A;  1PFZ A;  3EMY A;  2IKU A;  3OOT A;  2HM1 A;  2VS2 A;  1EPO E;  5P2J A;  5P4W A;  2V16 C;  3M9F A;  4YCT A;  2WHH A;  3TPJ A;  1TQF A;  2QP8 A;  4QJ7 A;  1ZPK A;  4DQF A;  4U7Q A;  3S56 A;  5DR4 A;  1DIF A;  2G24 A;  5P82 A;  1DPJ A;  2IEN A;  5P2I A;  5CON A;  2OHT A;  5ISJ A;  3LZU A;  1YTH A;  3WB5 A;  5P2C A;  4DJX A;  2XFJ A;  5P4C A;  3VLB A;  3MSK A;  5OZ1 A;  4EHC A;  5P3T A;  2NNK A;  4YHQ A;  4Y3N A;  5AGZ A;  5P1S A;  5OZ4 A;  5P4K A;  1HIV A;  5P49 A;  1SDV A;  1LYB A;  3DV1 A;  1LV1 A;  2P3C A;  6UPJ A;  1HPO A;  5DQ4 A;  5P73 A;  2VIY A;  5P4I A;  4Y6M A;  2ER7 E;  4ER4 E;  1K6P A;  2QNP A;  3URL A;  3PSG A;  3UDM A;  2MIP A;  1IDB A;  5P1I A;  3LIN A;  3KFN A;  4J1H A;  5P6M A;  4AA8 A;  4I0E A;  3CKR A;  4UPJ A;  3NWX A;  5P8Q A;  5DR1 A;  5P0J A;  4EJD A;  1GVW A;  1ODY A;  5P28 A;  3QBH A;  4J17 A;  1K6T A;  5P6T A;  5P2L A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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