1LYBA

Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin d: implications for lysosomal targeting and drug design
Total Genus 11
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
11
sequence length
97
structure length
97
Chain Sequence
GPIPEVLKNYMDAQYYGEIGIGTPPQCFTVVFDTGSSNLWVPSIHCKLLDIACWIHHKYNSDKSSTYVKNGTSFDIHYGSGSLSGYLSQDTVSVPCQ
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords CATHEPSIN D
publication title Crystal structures of native and inhibited forms of human cathepsin D: implications for lysosomal targeting and drug design.
pubmed doi rcsb
source organism Streptomyces argenteolus subsp. toyonakensis
total genus 11
structure length 97
sequence length 97
chains with identical sequence C
ec nomenclature ec 3.4.23.5: Cathepsin D.
pdb deposition date 1993-04-22
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 1lybA00
5P7JA 1QBRA 3OU3A 3EKWA 5P1HA 4FAEA 2Q64A 4Y36A 4EJLA 1FEJC 3DM6A 2HB3A 1K1UA 5KQYA 3LINA 2BKTA 5P3DA 1HVSA 2HB4A 5P5XA 2H6SA 3S2OA 5OZEA 3QROA 5AH8A 3UQUA 2NNKA 5IS4A 1PSOE 2ZHVA 4Y4DA 3CKRA 1N49A 4NPTA 4NJVA 1LF4A 4L7HA 4L7JA 4U7VA 1LYBB 5P1UA 2P8HA 3TPJA 3ECGA 5ISJA 5P7AA 2QI4A 3VCMA 4DJRA 3K4VA 5EZXA 5P4DA 5P8LA 4I0ZA 3ZKXA 1APWE 1UH8A 3QI1A 4Y4ZA 5P38A 5KAOA 2XYEA 3GI4A 3IN4A 5P1RA 5P44A 5P39A 3HZCA 3PCWA 3TPRA 1SDVA 5P01A 5P0OA 7HVPA 1DIFA 1YTIA 1DMPA 5P4GA 3UPJA 1GVTA 1UH9A 1FMXA 3WB4A 1IVPA 3TOFA 1QBTA 1IZEA 1WBKA 5P0ZA 5P1WA 5P33A 1B5FB 5P6EA 3Q6YA 4YDGA 1T6EX 2R5QA 2PK6A 5P3OA 2ZYEA 1W6HA 1EPRE 4I0FA 3OXVA 4QLHA 4JPCA 1W5XA 5OZPA 2QU3A 2VIJA 4DPIA 1SGZA 3ZPSA 2G26A 5P2JA 1PPLE 4Y37A 4U7QA 4Y4EA 3SA4A 5KR2A 4DQGA 3DCRA 3VUCA 4LBTA 1EEDP 4AMTA 5P54A 2ER9E 3PB5A 1E82E 5TOLA 2HAHA 3D3TA 5P5HA 3K5CA 1EC1A 4Y57A 4EP2A 3U6AA 2R43A 5P26A 4QJAA 5P31A 2FLEA 4A6BA 4HA5A 2HM1A 3NSHA 3O9HA 2VIZA 1SGUA 4FS4A 2OHUA 4DQFA 3NU3A 5DGUA 5SZ9A 3O9EA 1HVRA 4DJOA 3VYFA 5P89A 1RL8A 5UPJA 5OZMA 4GJ9A 1HXBA 2VA6A 4OBJA 2ZHRA 4ZSQA 1ZP8A 2P3CA 4APEA 4DFGA 4L6BA 1FQ4A 1C70A 1B6PA 3D1ZA 3NDWA 4PEPA 3KN0A 3IGBA 5ER2E 5P4SA 3VYDA 3NXEA 5HTZA 1VIJA 1CZIE 3R0WA 5P29A 3UDYA 3SA3A 5I70A 2XYFA 4CKUA 4HEGA 1FG6C 4I1CA 4YD4A 3SO9A 5P5KA 3INFA 5P8PA 5P2GA 3O99A 2AVMA 3URIA 2AZBA 1EBKC 5P00A 5ENKA 5P6IA 5BS4A 4H3IA 1IVQA 3LIYA 4GIDA 2BKSA 1ODWA 5P8IA 5OZVA 2G1OA 2WF4A 1BWAA 1YTHA 1Z1HA 3OU1A 3LIZA 2AQUA 5P7EA 4J0VA 3D91A 1C6YA 4M8XA 4FL8A 2HPEA 2Q11A 5OZBA 5JODA 2OHNA 1MIQA 4Y3HA 4B70A 4FM6A 3KDDA 5P5IA 3EL9A 1LYAA 5HE5A 4YE3A 1QRPE 4NJTA 5P28A 3NXNA 5AHAA 2CEMA 5P1DA 3N3IA 3EKXA 3NDUA 1ZSRA 4FRIA 3ZLQA 5P88A 4RCDA 2WJOA 3WB5A 4AZYA 3QRVA 1C6XA 2HB2A 4OBZB 5OZ6A 2VIYA 2VS2A 5OZRA 4EQJA 2AZ9A 4H3GA 5P7FA 4J1KA 3S56A 5IVTA 4J0TA 1BBSA 3QS1A 2PK5A 5P3IA 5JFPA 4Y3FA 2BQVA 5P40A 5P43A 4FCOA 2NR6A 1E81E 3D1XA 4WY1A 4EP3A 2APRA 5P4KA 5P71A 3RTNA 3S45A 1DAZC 5P3MA 5P0LA 3OGPA 3Q3TA 5P6NA 1EC2A 3LPIA 3OUAA 5P3NA 4OBGA 5P8AA 4K9HA 5JFUA 5P37A 5DR3A 2BJUA 3S8IA 5P17A 3UDKA 4RLDA 1LF3A 6UPJA 1KJFA 3T7PA 3NU4A 5P8TA 5DQ1A 1MT8A 5F00A 4YD3A 5P2VA 3KDCA 1YTGA 1PROA 3NU5A 3Q70A 3FNUA 3HAWA 1XS7D 5P0UA 2IS0A 1HVKA 3L5FA 3KA2A 5P7XA 4Y4BA 2WKZA 2VJ6A 1BXQA 1HIVA 4XXSA 2OF0A 2RKFA 2WF2A 1M43A 4YA8A 4Y53A 3KMXA 3G72A 2AOEA 2B60A 4CP7A 3PWRA 1AZ5A 4FM7A 4F74A 2AOCA 1F34A 5P3JA 3UHLA 3SKFA 3SA5A 3NDTA 4Y3TA 1C6ZA 3QBHA 5P1VA 3TNEA 4DQEA 5P0JA 2G24A 4DQBA 5KR1A 5P2FA 2P3AA 5OZOA 3VFAA 4ER1E 4RYCA 3PCZA 2Q63A 3OXWA 6APRE 3EL0A 1FQ8A 1HSIA 2Q3KA 5P2BA 2ER7E 2O4NA 4Y4TA 1HVIA 5P3ZA 3GGVA 5P6XA 5P49A 5P1XA 5P4TA 5P23A 2JYSA 3IN3A 5P11A 4RZ1A 3OQKA 5P3PA 1IBQA 5B18A 1MVPA 1K6TA 2JJJA 4WTUA 3LIQA 5P1KA 2NPHA 4I11A 1PPME 5OZWA 5P78A 5P0TA 5AGZA 4ER4E 5HVPA 5P66A 5P1NA 2QZXA 1LEEA 2WF1A 3VG1A 3OQ7A 3VV7A 5HU0A 2WEZA 1FB7A 3NU9A 4RCFA 3HAUA 1HTFA 4JECA 3UQPA 4MC2A 1EPLE 5P5GA 1D4KA 5P1GA 1B6LA 3PGIA 1XE6A 1TSUA 5OZ1A 1OEWA 3HVPA 2FIVA 1TZSA 4ZPEA 4Y5NA 2J9JB 4Y3MA 1HWRA 4YBFA 2VJ7A 2G69A 5P5EA 5P4VA 3OUDA 5P2EA 3HLOA 1HIHA 4L1AB 3DCKA 1LS5A 1W50A 3L58A 1K6VA 4LXKA 5P2XA 3HD8A 3UDJA 3S53A 2JJIA 3LPJA 3TH9A 3OOZA 4NJSA 2PSUA 4EHCA 5P8HA 4J1CA 3PRSA 3OHFA 5HD0A 3T11A 6FIVA 4KE0A 2QZKA 4Q1XA 5P7IA 5P5OA 3RTHA 5P3XA 4EJKA 5P1TA 4A4QA 1AVFA 1XL5A 5OZ4A 3KT5A 5P5BA 5P8NA 1U8GA 3FKTA 3EM3A 3IVHA 3NDXA 4Y4XA 5P7BA 3NWXA 1AXAA 1E80E 1KJGA 5OZ9A 5P5AA 5T4SA 2HIZA 4Y4AA 5P8JA 1XN2A 5P5QA 3K1WA 3UQRA 3T7XA 4B78A 4RCEA 3ZOVA 1QBSA 4OD9A 5P7TA 4LL3A 4Y47A 3ZKMA 5P2IA 4YCKA 3U71A 3RVIA 3TKGA 5P73A 3BGCA 3S54A 1APTE 2AOJA 1B11A 3PBDA 3IXJA 5I3XA 3TL9A 3S7LA 2QD6A 2ER0E 5P1MA 3UQWA 5DQ5A 2QMGA 4ZE6A 3MSJA 5P1EA 3OQDA 5P35A 4B1CA 4Y54A 5P12A 4EYRA 2F3EA 5OZ7A 1NH0A 3ER5E 2HS1A 3LIVA 5P2DA 3OGQA 5P76A 7UPJA 3UDRA 3KYRA 1JLDA 4BFBA 3UQXA 4XX3A 4Y3ZA 4GJCA 3ZKNA 5C9BA 5P2TA 3GI6A 3O9DA 4I0GA 3O9GA 5P4BA 1DPJA 2G1NA 1HVCA 3R2FA 2PH8A 3KFPA 3CMSA 5P1IA 3PVKA 3QIHA 1SMEA 3PLDA 5P55A 3GGXA 5P8QA 5P22A 2UXZA 2ASIA 1AM5A 3OQFA 5KOSA 5P25A 5OZ8A 4DJYA 4Y51A 4DH6A 1K2CA 2BBBA 2HS2A 4J17A 3R1GB 5P8KA 2B7ZA 2ZJLA 4DQCA 5IVQA 1SMRA 2FMBA 2NTRA 4TVHA 1RQ9A 1AIDA 1RPIA 3BXSA 5P2SA 3TOHA 3SM2A 3VF7A 5P4WA 2QHCA 4K4PA 2FDPA 5P0PA 2A4FA 5P6CA 1APUE 5P3FA 2VA7A 4Y5BA 3VYEA 3PI0A 1UH7A 4LP9A 4RYGA 5P5UA 3FNTA 3T3CA 3KMYA 2V12C 2QK5A 3EC0A 1BVGA 2QZLA 5P57A 4GJDA 5P85A 5P41A 5P3BA 3UTLA 2R3TA 3LHGA 5P61A 2QNQA 4DJQA 2QI1A 3WZ7A 5P3VA 1FFIC 5P15A 3INDA 1YT9A 5P6QA 2FS4A 2AOFA 5P2ZA 1BDRA 4LXMA 3B7VA 4I0HA 1HPOA 3LZYA 1ZAPA 1FFFC 2NXMA 3T7QA 5OZNA 2R5PA 1ZTZA 3PLLA 4J1EA 1PSNA 4Y41A 4Y5CA 5P6HA 5I3WA 3S7MA 4Y50A 4KE1A 1HIIA 4DJXA 5P6SA 2V16C 5P8RA 5DR1A 2QHYA 2V0ZC 5OZQA 4CPUA 1DP5A 3D1YA 1PPKE 5SY3A 4Y3PA 5P08A 1G35A 1HSGA 1RV7A 3SA6A 5P5FA 4Y39A 2I0AA 3L3AA 1GKTA 2P4JA 3QVCA 4EJDA 3Q5HA 2NMYA 5P1YA 3K4VC 5P0HA 1T3RA 3TTPA 4DJVA 1SBGA 5P5MA 3IA9A 5P51A 2CEJA 4JOOA 4ZSPA 4NKKA 1NPAA 2OHPA 5COKA 1BXOA 1ODYA 4R91A 1D4YA 1SIPA 2QZWA 2ZDZA 2B7FA 1XDHA 2BPVA 3DV5A 4I8ZA 5P7VA 4RVIA 4A6CA 5AH6A 3HVGA 5P6JA 3SM1A 4YD6A 3APRE 4AA9A 4OBFA 5P6GA 1ENTE 4LHHA 3OU1B 4OBHA 2BPYA 1E5OE 1ZBGA 2XFIA 1AAQA 3O9CA 5P68A 5HCOA 2O4SA 4H3JA 5P3WA 5P8DA 3CKTA 1LYAB 3EKQA 4NJUA 5P30A 4QGIA 5P7DA 1SH9A 5P19A 1M0BA 4R5NA 5KR8A 4BELA 4APRE 4D88A 3VEUA 4YDFA 3I25A 1W51A 1YG9A 1IIQA 5P5VA 2HPFA 1B6JA 2QI7A 5P6RA 5P7PA 3PI5A 2AVOA 1YTJA 2OHTA 5P6TA 2G1SA 3M9FA 5P4CA 2Z4OA 2I1AA 2G27A 3BHEA 3EKTA 1KJ4A 5P4LA 4DVFA 8HVPA 1HOSA 3LITA 5P10A 1MRXA 1D4SA 5P7KA 2R9BA 1T7JA 4Y3LA 3L5CA 1T6GA 5P7QA 2IGYA 2O4LA 3EKYA 4Y5KA 2AZCA 2RKGA 5CONA 2XFKA 2I4XA 5P70A 3DV1A 4CPRA 3MSKA 2VA5A 3SLZA 4Y5GA 3OQAA 4Y48A 4Y5AA 1HXWA 5P5SA 5P4FA 3EXOA 5P7CA 4DUSA 4J0YA 1BIMA 3MSLA 3N4LA 5KQXA 5DQ4A 1QDMA 5P3TA 3RSVA 3FNSA 2F3FA 5BWYA 4Y3SA 2QHZA 3I8WA 5P27A 2VKMA 5AHBA 3BUFA 2QMDA 3BGBA 3Q4BA 5P74A 4ZSMA 4F73A 5P0QA 1ZSFA 2RMPA 4Y4UA 4HZTA 5JG1A 2V10C 5P45A 1HVHA 1MT9A 2EWYA 5P1LA 2P3BA 2QCIA 1IZIA 5COOA 5P1SA 3ZKIA 3T6IA 5P75A 2I4QA 1OHRA 5P8SA 5OZ2A 3BVAA 1VIKA 3ZL7A 2QD7A 1BVEA 4BEKA 3EKPA 1NPWA 3JVWA 4I12A 4EQ0A 2WEBA 1GNOA 1HHPA 3F9QA 5P3GA 5P6PA 4Y5MA 5OZHA 5OYXA 4CPQA 5P14A 3SQFA 1WBMA 3CIBA 5P50A 5P77A 1QBUA 4IVSA 4R95A 5P0GA 5P62A 3VF5A 2QMFA 3GGUA 3APPA 4I8WA 3OAGA 1MUIA 3OOTA 5P4IA 3SACA 1MSNA 5IE1A 2OAHA 5P2UA 3LZVA 5P6MA 2CENA 1MERA 4I0DA 2B8VA 2PSVA 2V00A 3PBZA 5P4RA 5HDZA 1EPOE 1UPJA 2AOGA 4U8WA 4OBKA 1F7AA 5P8FA 4Y38A 5P0AA 1LV1A 5P0RA 5COPA 1BAIA 2OHQA 2QI3A 4TVGA 5P2WA 5OZIA 4FSLA 5P64A 5P6VA 5P6BA 2P3DA 5FIVA 5P0XA 1FG8C 3ER3E 1EC3A 4M8YA 5OYVA 3HBOA 5P42A 3O9IA 5P4OA 3L5EA 3OUDB 5OZLA 3NWQA 5P46A 4ZLSA 3NR6A 1IZHA 1EPPE 2ER6E 2IENA 3GI5A 3PJ6A 5P3AA 3OXXA 5P0NA 2BPWA 4RRNA 2BPXA 5P8UA 5P4NA 1TSQA 3SFCA 5DR4A 4OC6B 5P1CA 4Y43A 5P6DA 5BRYA 2BB9A 1HTRB 4FAFA 4J5JA 3A2OA 5P5RA 4OD9B 2PYNA 2B8LA 1PSAA 2G21A 2QI5A 5P0IA 4PZWA 3PSYA 2G1RA 3VSXA 4CPXA 4OBDA 3IXKA 2I4DA 5P16A 2PC0A 2ZJIA 2AZ8A 3SA8A 3TLHA 1TCXA 2WL0A 3EM6A 5OZ0A 5P2QA 5P82A 2OHLA 1ZJ7A 3PM4A 4KB9A 5P0KA 5P5ZA 5EZZA 2FNSA 3O9LA 2PWCA 5P47A 3VF3A 1HRNA 4B77A 4Y5LA 5KOQA 3ZKQA 5OYSA 1HEFE 2WECA 5P7GA 5P80A 5P4YA 3VLBA 3NLSA 3EL5A 5F01A 1SIVA 3G70A 5P32A 4Y58A 3INEA 4GJ6A 5IVSA 2P83A 4B00A 3VV6A 4Y56A 4QJ7A 3AIDA 4YCYA 4XKXA 4OC6A 2R8NA 4HDBA 4J55A 3OADA 4HE9A 3LIXA 5P67A 2AODA 1META 3GI0A 4D83A 3QAAA 3OUBA 5P5YA 3TPPA 1Q9PA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P7J A;  1QBR A;  3OU3 A;  3EKW A;  5P1H A;  4FAE A;  2Q64 A;  4Y36 A;  4EJL A;  1FEJ C;  3DM6 A;  2HB3 A;  1K1U A;  5KQY A;  3LIN A;  2BKT A;  5P3D A;  1HVS A;  2HB4 A;  5P5X A;  2H6S A;  3S2O A;  5OZE A;  3QRO A;  5AH8 A;  3UQU A;  2NNK A;  5IS4 A;  1PSO E;  2ZHV A;  4Y4D A;  3CKR A;  1N49 A;  4NPT A;  4NJV A;  1LF4 A;  4L7H A;  4L7J A;  4U7V A;  1LYB B;  5P1U A;  2P8H A;  3TPJ A;  3ECG A;  5ISJ A;  5P7A A;  2QI4 A;  3VCM A;  4DJR A;  3K4V A;  5EZX A;  5P4D A;  5P8L A;  4I0Z A;  3ZKX A;  1APW E;  1UH8 A;  3QI1 A;  4Y4Z A;  5P38 A;  5KAO A;  2XYE A;  3GI4 A;  3IN4 A;  5P1R A;  5P44 A;  5P39 A;  3HZC A;  3PCW A;  3TPR A;  1SDV A;  5P01 A;  5P0O A;  7HVP A;  1DIF A;  1YTI A;  1DMP A;  5P4G A;  3UPJ A;  1GVT A;  1UH9 A;  1FMX A;  3WB4 A;  1IVP A;  3TOF A;  1QBT A;  1IZE A;  1WBK A;  5P0Z A;  5P1W A;  5P33 A;  1B5F B;  5P6E A;  3Q6Y A;  4YDG A;  1T6E X;  2R5Q A;  2PK6 A;  5P3O A;  2ZYE A;  1W6H A;  1EPR E;  4I0F A;  3OXV A;  4QLH A;  4JPC A;  1W5X A;  5OZP A;  2QU3 A;  2VIJ A;  4DPI A;  1SGZ A;  3ZPS A;  2G26 A;  5P2J A;  1PPL E;  4Y37 A;  4U7Q A;  4Y4E A;  3SA4 A;  5KR2 A;  4DQG A;  3DCR A;  3VUC A;  4LBT A;  1EED P;  4AMT A;  5P54 A;  2ER9 E;  3PB5 A;  1E82 E;  5TOL A;  2HAH A;  3D3T A;  5P5H A;  3K5C A;  1EC1 A;  4Y57 A;  4EP2 A;  3U6A A;  2R43 A;  5P26 A;  4QJA A;  5P31 A;  2FLE A;  4A6B A;  4HA5 A;  2HM1 A;  3NSH A;  3O9H A;  2VIZ A;  1SGU A;  4FS4 A;  2OHU A;  4DQF A;  3NU3 A;  5DGU A;  5SZ9 A;  3O9E A;  1HVR A;  4DJO A;  3VYF A;  5P89 A;  1RL8 A;  5UPJ A;  5OZM A;  4GJ9 A;  1HXB A;  2VA6 A;  4OBJ A;  2ZHR A;  4ZSQ A;  1ZP8 A;  2P3C A;  4APE A;  4DFG A;  4L6B A;  1FQ4 A;  1C70 A;  1B6P A;  3D1Z A;  3NDW A;  4PEP A;  3KN0 A;  3IGB A;  5ER2 E;  5P4S A;  3VYD A;  3NXE A;  5HTZ A;  1VIJ A;  1CZI E;  3R0W A;  5P29 A;  3UDY A;  3SA3 A;  5I70 A;  2XYF A;  4CKU A;  4HEG A;  1FG6 C;  4I1C A;  4YD4 A;  3SO9 A;  5P5K A;  3INF A;  5P8P A;  5P2G A;  3O99 A;  2AVM A;  3URI A;  2AZB A;  1EBK C;  5P00 A;  5ENK A;  5P6I A;  5BS4 A;  4H3I A;  1IVQ A;  3LIY A;  4GID A;  2BKS A;  1ODW A;  5P8I A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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