5P42A

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 191
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p42A02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p42A01
2RSPA 5P4VA 2G26A 4Y4ZA 1HIVA 5OZSA 4OD9A 4KE1A 1TSUA 3QROA 4EJKA 2V00A 2F3KA 5P4OA 5SY3A 4PZWA 1HIIA 4J1FA 1FLHA 3L5CA 5P0HA 5P1OA 4J1HA 3BC4A 3PBDA 5P6UA 2G20A 4ZPEA 5DPZA 4RYCA 4Y3GA 2JJJA 5P4DA 5P6AA 1XL2A 3SQFA 2JYSA 5HDXA 4X7IA 1W6HA 2BJUA 5P5IA 3LHGA 2ZE1A 5P0QA 1PPKE 5P37A 2O4SA 4EWOA 4R93A 2IKOA 2BQVA 2PH6A 3L58A 2J9KA 5P7VA 2OHQA 1BXQA 1HRNA 5P1TA 2PWCA 1E5OE 2VIZA 4DPFA 1HVLA 5HD0A 5OZ9A 5P2VA 4Y3LA 5P5BA 1WBMA 5IVRA 5P61A 5HTZA 1BDLA 5IE1A 4ACUA 4OBGA 2QI6A 3TPLA 5OYXA 3VV6A 1QDMA 3H5BA 2R3TA 5P4LA 4DJXA 4RVXA 4Y4DA 5P03A 3R4BA 4HZTA 5P75A 3BVAA 5P55A 5KQZA 2NXMA 4J1KA 3FV3A 1D4KA 3QBHA 4D89A 3OU1B 5DR7A 5P1DA 3PBZA 1HSGA 3DK1A 5P8OA 1BXOA 5HE4A 2OHLA 5P0TA 5P29A 1HVKA 1IBQA 4CPUA 2O40A 3LPJA 2FNTA 5P78A 1G2KA 5P2UA 4BEKA 5P38A 3EKXA 1MT8A 3L38A 5P24A 5OZRA 5P40A 3SKGA 3BUHA 1HPSA 5P4YA 4Y3DA 5KR1A 3HVGA 2P3DA 3T7QA 1KJFA 4RRSA 3PEPA 4LBTA 4Y4BA 2A4FA 2JE4A 4Y4EA 3OADB 5OZXA 4YE3A 2PMAA 4J0YA 3UDYA 3K5GA 5P6YA 5P43A 5P3VA 4DJUA 3Q4BA 1B11A 3NWQA 3VF7A 2G1SA 4RYGA 5P2OA 5I70A 2R8NA 5P4WA 1SMRA 5P3HA 5OZDA 5C9FA 5P4SA 3OU4B 4BELA 5P00A 5P5OA 7HVPA 3F9QA 4J0PA 4OBZA 4PYVA 5P3TA 1MVPA 3APPA 2WEDA 2QU3A 1W5XA 2HB3A 3KDCA 4GIDA 4CP7A 4L7JA 3OHFA 1ZSRA 5P5JA 1HVJA 5P0AA 5ER2E 4FLGA 2VIJA 2QAKA 2Q11A 4Y37A 4AA9A 2XFKA 1E81E 4DJQA 2FDDA 5HE7A 1MUIA 5P1PA 4Y3MA 5HVPA 2AODA 4D8CA 1BVEA 1MT9A 2P3CA 3OHHA 3ZKIA 1QBRA 4JPCA 4EXHA 4PEPA 1HVSA 4Y3FA 3VFBA 3SA5A 5HDVA 2QI3A 4DH6A 3VV8A 1MIQA 2HB2A 3PJ6A 2QMDA 3OGQA 2V11C 3NUJA 5P7GA 5F01A 5KQXA 3PCZA 5P5AA 1YG9A 1B6MA 4EJDA 2QHCA 5P0LA 3O9CA 4I0JA 1QRPE 2Q64A 1W51A 5P48A 1GVTA 4IVTA 4U7VA 2QD7A 4F76A 4FRIA 1SDTA 2QMFA 5P3IA 5P0FA 5F00A 5KQYA 4FM7A 4Y5AA 1D4YA 5P3KA 5P87A 5P5WA 2ZYEA 5KOQA 2OF0A 4QGIA 5P6RA 1E80E 5P20A 3WB4A 3OXCA 5P5VA 2AZ9A 5P6PA 1NPVA 2FNSA 5P14A 1XE5A 3NDWA 4FS4A 3CKRA 3PSUA 5P0EA 5P22A 3O9DA 2B8VA 4ZEAA 5P36A 5JFPA 3QP0A 5P6ZA 4ER2E 5P3YA 4I0HA 4ZSQA 5E5KA 3PI0A 5OZ6A 5P4FA 1PSOE 2QZLA 2BPYA 4XKXA 5P7EA 5OZJA 5P0PA 3L5EA 2NXLA 5P6WA 1BDRA 4RROA 2XFJA 3EXOA 1AM5A 3QRVA 3MXEA 2VIYA 2FS4A 3SA6A 4F74A 2Q15A 1MTBA 3PMYA 1HEFE 5P2JA 1SMEA 3JVWA 3Q6YA 1SH9A 3PWMA 5P3FA 1EC1A 4EJLA 3KFRA 5ENMA 1XN3A 1TCXA 2AOHA 1TQFA 3TOGA 3DUYA 3EBZA 4ZPFA 4FL8A 1WBKA 5P3WA 2PC0A 3NU9A 1G35A 3DJKA 2IENA 2P3AA 5FIVA 5BS4A 2R5QA 3K1WA 5P8JA 3EKWA 1XL5A 2ZJNA 2ER9E 3MXDA 3WZ8A 4EQ0A 4Y4UA 3TOHA 4A6BA 1BWAA 4I0EA 1VIKA 1KJGA 2G1YA 3OY4A 3SFCA 3QVIA 2G24A 1AVFA 4LXMA 4ER1E 6FIVA 4DJPA 4FM8A 1D4LA 5P17A 4NKKA 1A8GA 4ZE6A 4J1IA 5COOA 5P79A 4KB9A 1K1UA 1GVXA 5P0OA 5P1GA 1EPQE 1HWRA 3UFNA 4R91A 4HDFA 4WTUA 1FEJC 2AOEA 5OZTA 5AHAA 3UQPA 2R3WA 5P64A 3VF5A 1U8GA 4GJ5A 5P8HA 3FNUA 1XDHA 1HOSA 4Y3TA 3JVYA 1EC3A 4LXKA 2RKFA 4OBZB 3CIBA 4XXSA 5P5EA 3O9BA 4QJ7A 5P89A 3GGUA 3G6ZA 3S85A 4Y4GA 3UQXA 3RU1A 3EKPA 3VG1A 1TSQA 3GGAA 5EZXA 6UPJA 5HDUA 2VIEA 5P2ZA 3N3IA 3SAAA 3QIHA 3S53A 3T6IA 3OU1A 2BPZA 1TZSA 5OZ3A 2ZHUA 5P0GA 5P88A 3URLA 3OXXA 5P1HA 4DJYA 3LPIA 4YBIA 5BWYA 5P42A 2FGUA 5P8SA 5P7CA 5P74A 5P4XA 3RTNA 2NNPA 1HSIA 5P4TA 1BIMA 3GI6A 1DP5A 2FIVA 1WKRA 5P28A 5P5ZA 1HBVA 1D4IA 4CPSA 1BBSA 4Y3EA 3GGXA 3WSJA 2BPVA 4A6CA 5P8EA 2OHNA 3SA3A 1EBYA 3OADA 5P8RA 5P3MA 5P8IA 4Y38A 1PPLE 5P7TA 5P2KA 1M4HA 5P7UA 2OHMA 5P77A 5P71A 5P4KA 3HLOA 5P5FA 3T11A 3KF0A 4QJ2A 5ISKA 5HCOA 1C6ZA 3URJA 3CYXA 5IVSA 5AH8A 3LPKA 2VA7A 5OZGA 4YBFA 3IXJA 1DMPA 1BVGA 3AIDA 1GKTA 1RNEA 2AVVA 5P67A 3O9LA 5HDZA 5HU1A 2G94A 4H3FA 1NPWA 1DPJA 2G1NA 2HIZA 2AOFA 5P6QA 3K5DA 2XYEA 5OZ8A 2I0DA 3OXWA 5P2TA 2RKGA 1EPRE 5P6TA 3ZKNA 3IA9A 1A30A 4YHQA 4R92A 5P70A 2G69A 3PWRA 1ZP8A 1IDBA 4Y3PA 5P7RA 3SACA 1ER8E 3PSGA 1GNNA 4A4QA 4K9HA 1APUE 3H0BA 4Y3QA 5P1UA 1BILA 1T7IA 4Y56A 3LIVA 3KMXA 5P5UA 3OUBA 2AIDA 4Y3WA 3EKQA 1HVCA 1FGCC 4Q1XA 1KJHA 3Q70A 5P4CA 5C9BA 4L7HA 5P8TA 1CZIE 4I12A 5P3DA 2BKTA 2P4JA 2PH8A 5P39A 4B00A 1HVHA 2PK6A 4Q1YA 2I1AA 5P49A 2IRZA 1FQ4A 1EC2A 2AVOA 1KZKA 1W6IA 5P5CA 5DGUA 3QI1A 2FMBA 5CLMA 3S56A 4R5NA 5OZ7A 4Q5MA 5P6EA 4RVJA 3PMUA 1A8KA 1Z1HA 5P3ZA 2HPFA 4Y3RA 3OQKA 1ZSFA 4TVHA 5P7DA 3NU3A 4R8YA 3QBFA 5P27A 3GI4A 5P52A 3BVBA 5OZ0A 1FIVA 4B1DA 1ODXA 4BFDA 4ZLSA 4I0IA 2SAMA 2FXDA 3UDPA 4QJ8A 3S2OA 2AVSA 2OHPA 5P45A 5J25A 3RSVA 1GVVA 3VSWA 4Y5GA 5UPJA 1GNMA 2B42A 4KUPA 2ER6E 1LV1A 1HXWA 5P1ZA 4DFGA 4AA8A 4Y4XA 3EKYA 5P2EA 2QNQA 1B6LA 1FMUA 3INEA 1DW6C 2AOCA 4EP3A 1Q9PA 1AZ5A 5DQCA 5P4QA 5P6JA 4XX3A 3RVIA 5P8MA 4J1CA 1C6XA 1OEWA 5P0JA 5P1WA 5P2CA 5P2AA 1D4JA 4COEA 3I2LA 3LINA 5P1QA 4M8XA 2I0AA 5SY2A 4Y58A 3VSXA 3WZ6A 3S43A 1AJXA 3LIYA 5I3VA 1HVIA 5P4BA 1MRXA 2WF4A 5OZKA 2I4VA 1TW7A 4FSLA 4OC6A 4Y5KA 5P3AA 2IGYA 2V10C 3IN4A 4HVPA 3A2OA 2ZHRA 1T6GA 1GVWA 5DR8A 1EPLE 5P0ZA 3BXSA 3DV1A 5DR0A 4DQBA 3GI5A 1IZHA 5P4EA 1J71A 1JLDA 3TPPA 5P7JA 2BB9A 3AUPA 1ME6A 5P08A 1MESA 4GJCA 1CMSA 4U7QA 4ZIPA 2ZGAA 1D4SA 3ZOVA 5P34A 1EAGA 4Y5LA 2QI5A 2UXZA 2WHHA 5P4AA 3OUCA 3NSHA 3FNSA 2OHKA 5P7FA 3HVPA 3O9LB 5P51A 4YDFA 4TRZA 3TOFA 3ST5A 4J0VA 3TTPA 4HDPA 4YDGA 4B78A 1MRWA 1IZIA 1D4HA 5OZVA 1ZJ7A 5P86A 5OZPA 5P8DA 3INFA 4CPRA 2WF3A 1G0VA 4DQCA 2J9JA 2F3EA 2Z54A 1ODWA 3GI0A 4FCOA 2G27A 3PVKA 5DQ1A 2WEBA 1YM4A 3IXKA 3EL1A 5P3CA 4QLHA 4I0FA 1LYAB 4JPEA 5AGZA 1BV7A 2I4QA 5C9DA 1B6KA 3HZCA 3APRE 3G70A 4B1CA 4Y35A 5P7PA 5I3YA 4CPWA 5P4GA 1M0BA 4NJUA 3UQWA 3SA4A 4TRYA 1FQ8A 5P5LA 3ZKGA 1QBTA 3KFSA 4Y50A 2B60A 3LIXA 3HBOA 2WJOA 4YCYA 2G22A 3KYRA 2QP8A 5P1KA 4N00A 3ER3E 5OZNA 1FQ5A 4EXGA 3EL0A 5P3UA 3RTMA 3Q5HA 5P1FA 1MERA 3D1ZA 1XN2A 2QI0A 5P44A 1BV9A 5OYRA 1NPAA 1FB7A 2XFIA 3LZVA 2A1EA 5P3PA 4EHCA 3KDDA 5DQ5A 1FMXA 5OZ5A 3LITA 4YOAA 1HTEA 1YTJA 5P6CA 5P8GA 2CEMA 2QHYA 4Y9WA 5P8BA 3SM1A 1AAQA 5P1EA 5P0UA 3GW5A 3R1GB 3O9EA 3K4VC 4YCTA 3UQRA 5P6DA 5P09A 1A9MA 1T7JA 1HVRA 1APWE 4OBFA 4S1GA 2FGVA 1HSHA 4DVFA 3VYDA 5PEPA 5P35A 2Q3KA 3VYFA 3BRAA 1N49A 5P5NA 2ASIA 5P2GA 3QPJA 3U71A 3K5FA 5P8UA 1YX9A 3PB5A 1K6VA 3UHLA 2WEAA 1LYBA 2QNPA 4H1EA 3NU5A 1FQ7A 2WF0A 4EYRA 2HS1A 5P65A 1EPME 4Y48A 3S43B 3L5DA 5P82A 3NWXA 3DOXA 5P6KA 4ACXA 4Y3NA 1BAIA 5P0VA 4MC9A 1SIVA 2QI7A 2Q55A 2PSVA 3O9HA 5P7SA 4OC6B 1SBGA 3EMYA 2QMGA 2VJ7A 5P7BA 3UDNA 3ER5E 1SDUA 1MT7A 2CENA 4DV9A 3I25A 2B7ZA 8HVPA 3IN3A 3NXEA 3TKGA 4I0ZA 1FFFC 3KFPA 4CKUA 1MTRA 2P8HA 5P2LA 3NXNA 2WEZA 5P1JA 3PLDA 2V12C 3OUDA 3RTHA 3QN8A 3ZKQA 1T7KA 5OZMA 4HE9A 2QU2A 5KR2A 1B5FA 3OOZA 1DIFA 4Y54A 4Y3AA 3D20A 2O4LA 3HD8A 5P6XA 1A94A 3EKVA 4MC1A 3OQFA 3L3AA 3VV7A 3CKTA 3PGIA 2AQUA 5P2HA 1HTFA 2PYMA 4I10A 4DJOA 2O4PA 3FIVA 5OZCA 4B0QA 1T6EX 5P3OA 5P07A 3EKTA 2R5PA 1W5VA 4Y5NA 5P85A 5KR0A 5P4RA 5IVQA 5OZ4A 5P1RA 5P5YA 3QVCA 3UDHA 3PM4A 4DQFA 3UDRA 3ZKXA 2AVQA 2J9JB 1FMBA 4M8YA 4DJRA 4GYEA 2HC0A 2FXEA 5OZBA 5P0IA 1IZDA 1MSNA 2QZWA 3R2FA 5IVTA 4HEGA 4FAFA 5P3RA 4F73A 4I1CA 4L7GA 2XYFA 3NU6A 4L1AB 4JECA 3D3TA 5P0BA 5P1CA 3R0WA 3TL9A 4B70A 5AHBA 3FKTA 5AH7A 4GJ9A 3EL4A 5P2XA 2ZJHA 4APRE 5P19A 2V0ZC 4Y39A 3CICA 5P6LA 5P6IA 5KOSA 3PWWA 5P0XA 4LXAA 3VUCA 2NNKA 5P0MA 2PYNA 4IVSA 4J54A 2PQZA 5OYTA 3IGBA 3HDKA 5P32A 3CIDA 4B05A 2ZHSA 5P47A 1PSAA 3D1XA 5P7LA 3ZPTA 4CPXA 3EL5A 1EPPE 2G1OA 3I8WA 4RCDA 4RZ1A 4Y5BA 2CEJA 4FE6A 4FRJA 4LL3A 3O9GA 5P4PA 3OQ7A 1LEEA 5JFUA 5P1IA 3BUGA 5HU0A 1BWBA 3IVHA 2Z4OA 3EC0A 2ZJMA 4FSEA 5IS4A 1AJVA 5P5MA 5P5TA 5KAOA 4J1EA 1K1TA 5P7HA 4WY1A 3NYGA 2QI1A 4Y6MA 5P2FA 1E82E 5P4JA 4DI2A 5P63A 5P1BA 3G72A 4XX4A 1FKNA 5P25A 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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 2RSP A;  5P4V A;  2G26 A;  4Y4Z A;  1HIV A;  5OZS A;  4OD9 A;  4KE1 A;  1TSU A;  3QRO A;  4EJK A;  2V00 A;  2F3K A;  5P4O A;  5SY3 A;  4PZW A;  1HII A;  4J1F A;  1FLH A;  3L5C A;  5P0H A;  5P1O A;  4J1H A;  3BC4 A;  3PBD A;  5P6U A;  2G20 A;  4ZPE A;  5DPZ A;  4RYC A;  4Y3G A;  2JJJ A;  5P4D A;  5P6A A;  1XL2 A;  3SQF A;  2JYS A;  5HDX A;  4X7I A;  1W6H A;  2BJU A;  5P5I A;  3LHG A;  2ZE1 A;  5P0Q A;  1PPK E;  5P37 A;  2O4S A;  4EWO A;  4R93 A;  2IKO A;  2BQV A;  2PH6 A;  3L58 A;  2J9K A;  5P7V A;  2OHQ A;  1BXQ A;  1HRN A;  5P1T A;  2PWC A;  1E5O E;  2VIZ A;  4DPF A;  1HVL A;  5HD0 A;  5OZ9 A;  5P2V A;  4Y3L A;  5P5B A;  1WBM A;  5IVR A;  5P61 A;  5HTZ A;  1BDL A;  5IE1 A;  4ACU A;  4OBG A;  2QI6 A;  3TPL A;  5OYX A;  3VV6 A;  1QDM A;  3H5B A;  2R3T A;  5P4L A;  4DJX A;  4RVX A;  4Y4D A;  5P03 A;  3R4B A;  4HZT A;  5P75 A;  3BVA A;  5P55 A;  5KQZ A;  2NXM A;  4J1K A;  3FV3 A;  1D4K A;  3QBH A;  4D89 A;  3OU1 B;  5DR7 A;  5P1D A;  3PBZ A;  1HSG A;  3DK1 A;  5P8O A;  1BXO A;  5HE4 A;  2OHL A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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