4H3IA

Structure of bace bound to 3-(5-((7ar)-2-imino-6-(3-methoxypyridin-2-yl)-3-methyl-4-oxooctahydro-1h-pyrrolo[3,4-d]pyrimidin-7a-yl)thiophen-3-yl)benzonitrile
Total Genus 104
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
104
sequence length
390
structure length
387
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
{{ tooltip.sname }} connected with {{ tooltip.tname }} : {{qFormat(tooltip.svalue) }}
molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Design and Validation of Bicyclic Iminopyrimidinones As Beta Amyloid Cleaving Enzyme-1 (BACE1) Inhibitors: Conformational Constraint to Favor a Bioactive Conformation.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 104
structure length 387
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-09-13

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4h3iA02
3L5CA 4B78A 4MC1A 3TL9A 1B6JA 2G1RA 1YTJA 2VNNA 2CEJA 2QK5A 1K2CA 2RKFA 5DR1A 5P2FA 5P6TA 5P00A 5P7TA 4PYVA 4Y5GA 3KT2A 4PZXA 3D3TA 5P7RA 1LYBB 2QI1A 4I1CA 1LYBA 3INHA 1FG6C 4H3GA 3CICA 2QD8A 3SA6A 1YTGA 4Y3SA 4MC6A 3KA2A 5I3WA 5P4VA 4FGXA 3EBZA 4YOBA 4Y3WA 2FMBA 5P7DA 4DH6A 5OZVA 1BDLA 5P34A 5P10A 1FMXA 5P15A 4Z4XA 2WF2A 5P32A 1LEEA 1Z1HA 1W50A 5P1PA 5DQ4A 4L7HA 5KQFA 4RRNA 3O9DA 3T7XA 1UH8A 5KQZA 5P02A 5P4XA 2P4JA 5DPZA 3VEUA 1ZBGA 3K1WA 5P5MA 1PROA 5DR8A 5P38A 5P0LA 5P1HA 4FM6A 3R0WA 5P69A 5P5VA 5P2LA 5P3IA 4YCKA 5KQXA 1W5WA 4AUCA 4EXHA 3VFBA 1SIPA 1BV9A 5OYRA 1HVHA 5P3BA 1K6VA 4CPWA 5P1UA 2P3BA 3T6IA 3O9IA 5P78A 1IVPA 3BUGA 4OBJA 2NXLA 5P17A 3S45A 5JFPA 3ER3E 4Y41A 1DIFA 4COEA 3SM2A 3NU9A 2H6SA 2R38A 2QCIA 4I10A 2J9KA 3VUCA 2FLEA 4KE0A 1AIDA 5OYSA 5ISJA 3O9LB 5P7BA 3CKPA 2ZHVA 4K4RA 1XN3A 2OHKA 1IIQA 2ZHUA 4NJSA 5P2ZA 1RPIA 2IGXA 1EPRE 1ZLFA 2CENA 5P81A 3GGAA 1LF2A 5P22A 5P4TA 4Y48A 3RTMA 2PSUA 2O4NA 4Y3GA 4KB9A 5P7ZA 4RZ1A 3ZPUA 5P4LA 4FSEA 3EKYA 2ZJKA 4GJ7A 5P1RA 3KMXA 1SP5A 2QZXA 3R4BA 5OZWA 1MT7A 5OZFA 4F76A 3LITA 1EC1A 2RENA 5P7PA 5OZCA 5P7QA 3ZLQA 1HEGE 5OZEA 3UPJA 4ACXA 2VIEA 4Y4WA 5P18A 2FXEA 5OYUA 3UCBA 4DPIA 6UPJA 5P2EA 4L7JA 2HC0A 1IDBA 3OU1B 2B7ZA 3EMYA 5P2CA 3KFNA 4E43A 2VKMA 5P4QA 3TTPA 5P0HA 3PWRA 5P53A 4J1IA 2IEOA 4Y3YA 1QBSA 3O9AA 2BBBA 4R95A 3K5CA 1KJHA 3TPRA 4DJPA 4TVGA 1M43A 2FDDA 3QBHA 3G72A 2OHRA 5CLMA 4YOAA 3SO9A 4Y3QA 1Z8CA 5P4MA 1XDHA 4DQGA 4Q5MA 5P5OA 2FNTA 5P6UA 4Y3NA 1F7AA 2Q11A 3PSYA 5P6KA 3S2OA 2P3AA 1LYAA 3HBOA 3PHVA 4JOOA 5FIVA 5P0ZA 3G6ZA 4F73A 2ZJHA 3FSMA 2AZ9A 3H0BA 6FIVA 3S43A 2AZCA 3OOTA 5P2QA 5OZAA 2IKOA 4H1EA 1MSNA 3OAGA 5OYQA 3KFSA 3ZKXA 1MESA 4ACUA 3LZYA 4D83A 3DJKA 4A6CA 2WHHA 2O4LA 3QI1A 2QMDA 3CYXA 5OZ5A 1A94A 5F01A 4DQFA 4YD5A 5P7YA 5P1EA 4B72A 3KT5A 4Y45A 5P61A 5P4OA 4WY6A 5P28A 1M0BA 7UPJA 4GJ5A 1MERA 3OXWA 5P20A 3ZMGA 5I70A 2BPZA 2QI3A 2V00A 5E5KA 2J9JB 3TOGA 4TVHA 3ZKGA 5DQ2A 1HIIA 5P77A 1NPWA 4J0ZA 3EC0A 4Y56A 1RL8A 2V13A 1FQ4A 2G69A 2I0DA 2AVSA 5P5KA 3S7LA 5P2NA 5SY3A 3B7VA 3R2FA 1HSIA 3PWWA 3BUFA 3PI0A 4N00A 5P3GA 3ZKSA 1K2BA 5P1NA 4J0PA 1RQ9A 5P0TA 4FRSA 1HBVA 2QI0A 2OHMA 4Y5CA 3SLZA 1ZTZA 3U7SA 1HEFE 1AAQA 5P3EA 4Y4TA 4I0IA 3FKTA 4LHHA 3VSXA 3NXEA 4Y50A 5P0PA 5P64A 2G1YA 1SDUA 5P5RA 1EEDP 2APRA 1Q9PA 2ER0E 1MSMA 2AIDA 5HCOA 2HB4A 2R5QA 4QJ7A 3N3IA 5P29A 5P4KA 2ZGAA 4FIVA 3QROA 5P6NA 5P1ZA 5P83A 5P8JA 5P50A 4RVIA 4HLAA 5P09A 3LINA 5OZ3A 3PBZA 5P8SA 5IVSA 1GVTA 2VIJA 3EM4A 4GIDA 3TPPA 1ZJ7A 1G2KA 1K1TA 5P0IA 1QBTA 4Y54A 5P2UA 1LYWB 1HIHA 5P86A 4B1CA 4ER1E 3IVIA 4Y36A 4EJ8A 1BVEA 1TSQA 5EZXA 3PWMA 5HU1A 1LZQA 4Y44A 4Y3FA 4K4QA 3UDYA 4F74A 3L5FA 5HTZA 3SA9A 3EKTA 1AJVA 2I4WA 1IVQA 1GVVA 3LPIA 5P2GA 3R1GB 4FM7A 5P8GA 8HVPA 4RVJA 3L5EA 1T7KA 3BUHA 3T3CA 4GZFA 2VJ6A 5P4GA 3OUBA 4OBFA 1A9MA 1B6KA 2B8LA 2ZE1A 3L5BA 2NXMA 4ZPEA 5DR4A 4B00A 3HAWA 1FF0C 2QMGA 1W6HA 5AGZA 2BB9A 2BPYA 1XN2A 5HE5A 4HEGA 4B05A 3NDXA 4FCOA 1XS7D 2A4FA 5P36A 3LPKA 1BV7A 4D85A 3UQXA 3SM1A 3TPJA 1HTFA 3LHGA 4YD6A 3MXEA 4FRIA 5P2HA 4EJLA 3NR6A 3S7MA 1APVE 1HVKA 1MEUA 4CPUA 1K6PA 5P4PA 4ER2E 3FV3A 4GJ8A 5HD0A 1PSOE 5P45A 3DCRA 3INFA 1AVFA 5P5IA 5P8VA 4I11A 5P7GA 2Q63A 2FGVA 3PLDA 1LF3A 1HVSA 5P3DA 5P42A 1BVGA 5OZQA 1NPVA 4OC6A 4J5JA 3LIQA 5KR1A 2UXZA 5P11A 5P8NA 4RYGA 2ZJLA 1KJ4A 3DOXA 5P63A 5P52A 5P2IA 3NU4A 5P5JA 2R8NA 5P8HA 1HVRA 5P74A 5P5LA 3SAAA 1W5VA 2OHTA 3GI6A 2F3KA 5DGUA 5P7JA 3OWNA 2QI7A 5T4SA 3I2LA 3NYGA 4DJQA 1MIQA 2QHYA 5OZ6A 2Q5KA 3EL1A 1AXAA 5P3PA 4HDFA 5P7OA 4Y53A 4KUPA 2F80A 5P1FA 5P85A 3S53A 3D1YA 4X7IA 3HAUA 1EC3A 3LZUA 3WB4A 2JYSA 3LZVA 4FAFA 4I0ZA 5OZ0A 9HVPA 5P5WA 5P1WA 3OY4A 3CYWA 2B60A 1DAZC 3LZSA 5P4RA 2FGUA 3OGPA 3L3AA 2H6TA 4DUSA 5P1YA 4Y37A 2F3FA 3AIDA 5P1VA 2IL2A 1AM5A 3H5BA 4DVFA 5P4YA 3VCMA 1UH9A 2BJUA 3L5DA 3LNKA 3HVPA 5P6FA 5P4EA 2QU3A 5P0RA 3VYDA 1TW7A 2QAKA 1BXOA 4APRE 2A1EA 5P1GA 4Y6MA 1KJ7A 4Q1NA 5P12A 3KFPA 5P6HA 3ZKIA 5P8FA 4R93A 3IA9A 5P0FA 2R3WA 3VF3A 3O9CA 5P0JA 5P0GA 1HVJA 1PPKE 1HXWA 5P88A 4Y39A 1META 3MSLA 2BPXA 1PSNA 4R92A 1YTHA 3OU4B 2MIPA 3I8WA 2FDEA 4CMSA 4CPSA 1FQXA 5P7CA 5HE7A 3JVYA 4Y5EA 1GNMA 1FLHA 3U6AA 1APUE 1WBKA 5P5CA 5P8IA 5KQYA 4F75A 3I6OA 5P04A 1QBUA 2NNPA 5P3XA 4L6BA 5P1KA 5P1JA 3ZKNA 1SIVA 4GJ6A 3QIHA 5OZ8A 2VIYA 5P2SA 4EXGA 2B8VA 4J1EA 4Y4DA 3QBFA 5KR8A 2PK6A 4LBTA 4J55A 1BXQA 1FIVA 2G20A 5P3YA 5P1DA 1BILA 4RROA 5DQCA 5P4HA 3TOFA 5HVPA 2UPJA 4Y3PA 3VYEA 4APEA 5P6OA 3UQPA 1EPLE 3TKWA 4Y38A 3TPLA 5C9FA 2XFKA 5SXNA 3O9LA 5P0KA 5P1LA 4QGIA 2VS2A 4Y51A 2WEZA 2OHQA 5P6MA 3T7PA 5P4FA 3UDPA 1PFZA 3WZ7A 1MT8A 4DJVA 3GI5A 5OZYA 3O9EA 4EPJA 5P5BA 5P06A 1MTBA 1SMRA 5OZSA 4L7GA 3BVBA 2ER7E 3LIYA 5P07A 5P5DA 5ER2E 4HDPA 5DR0A 5P5EA 4Y47A 5BRYA 1QRPE 4ZSPA 4FE6A 4QLHA 4I0DA 1TZSA 1WKRA 3VV8A 4Y3JA 1YM2A 5P7KA 5P3FA 3UDKA 4DQCA 4Y3LA 3NDWA 3OTSA 4OBKA 3GGXA 3Q5HA 3APRE 5P7AA 1C6YA 2ANLA 2FXDA 3KDDA 1IZHA 4Y3HA 2ZYEA 4FRKA 1FQ8A 3UDHA 4K4PA 3ZPTA 4FRJA 1APWE 3SPKA 3WB5A 3OK9A 2HPEA 5I3XA 3RSXA 4RCEA 4Y57A 3UQRA 5P5YA 3RTHA 3VYFA 1D4HA 5KR2A 3OU1A 5P5SA 5P2RA 3Q4BA 3ER5E 1XE6A 2VIZA 5JFUA 1NSOA 2QNPA 2JJIA 3EKQA 5C9BA 2I4VA 1HRNA 1SDTA 5P3ZA 4PHVA 3PB5A 3QRSA 5DGWA 3VLAA 2ZJIA 4R8YA 5P2AA 7HVPA 1LS5A 4TRZA 1GNOA 4CPXA 5P5ZA 4XKXA 3O9FA 4B0QA 2ZJJA 1C6ZA 3ZPSA 1T6GA 4RYCA 4CPTA 5OZRA 3S85A 3VFAA 5P3WA 5P2DA 5P24A 5OYYA 4YE3A 1JLDA 3HDKA 5KR0A 4DJUA 3M9FA 3KMYA 4D8CA 2V11C 5P05A 2PMAA 2XYFA 5P82A 3AUPA 5P1MA 5P40A 4M8XA 3KDBA 4YDFA 5P19A 2HIZA 1YT9A 4Z2ZA 5COPA 4U7VA 4EJKA 4DV9A 5P0CA 5P66A 2PC0A 4EP2A 1ZPKA 1GNNA 5P8UA 1XL5A 3DV1A 2PWCA 4EHCA 5APRE 4A6BA 4AA8A 3DV5A 3OHFA 4Y9WA 5SZ9A 5HDVA 5P14A 5P37A 2VA5A 3GGUA 4Y5KA 3GGVA 4LXKA 5P75A 5HDZA 4J1HA 5P1SA 4DJXA 1B6LA 2QU2A 3CKRA 4Y5LA 5KAOA 1QBRA 4OBGA 3B80A 5UPJA 1G0VA 2Q15A 4K9HA 4Y4UA 3SABA 3DM6A 4NPTA 2J9JA 1B6MA 1KJGA 1BDRA 4IVSA 5P01A 5P67A 2G27A 4ZIPA 2CEMA 4ZSQA 5P7IA 4H3IA 2BPVA 1B6PA 2R3TA 3IN4A 5P79A 2G1SA 2P83A 4HE9A 3UF3A 4GJBA 5P8BA 4I0GA 3NSHA 5P7WA 1OHRA 1YTIA 2I4QA 5OZHA 1AJXA 4JPCA 3OTYA 5P0EA 4JP9A 3VF5A 2PH6A 1IBQA 5P0QA 5P4NA 5P8PA 5KOSA 2ZHSA 2WECA 2FDPA 2I4XA 3Q70A 2V10C 2WKZA 1E81E 5P6RA 1HVCA 4DFGA 5P0WA 4RCDA 5P3LA 5B18A 5P47A 1HSHA 3I25A 3LIZA 1MUIA 1M4HA 3PLLA 3ST5A 1ME6A 4IVTA 2PSGA 1HPSA 3EM3A 1D4IA 4JECA 5P8RA 5P6LA 2HS2A 3GI0A 4Y4EA 1HTEA 3WZ8A 2R43A 5P8AA 5P80A 5AH7A 5P0YA 4QJ6A 3KM4A 1GVXA 3IXJA 4EJDA 3I7EA 2AZBA 5P54A 5BS4A 1A8KA 4OBZB 5I3VA 2WEBA 3VLBA 1LYWA 5P7FA 1A30A 2OHLA 2P3DA 3TLHA 1HOSA 3NUJA 2BQVA 4RVXA 1YM4A 3PVKA 5P2XA 4Y3MA 2NR6A 1AZ5A 1SBGA 2P3CA 2PYNA 5P3MA 5P0OA 5P4IA 4LXMA 4EQJA 3OQAA 5P2TA 4Y5AA 3ZOVA 5OZXA 5P8QA 3OXVA 4MC9A 3EL4A 5P6JA 1OEXA 3K5DA 3HW1A 4Y4XA 3PGIA 4GJCA 4ZLSA 4DPFA 4WY1A 3INDA 5P3NA 5P3RA 3EKVA 4X2LA 4CP7A 1IZIA 4NKKA 1C6XA 4GJ9A 5P72A 1FMBA 5P6QA 3OXXA 2WL0A 3PMUA 5P5HA 4Y4AA 3QVCA 5P1OA 5P48A 3OGQA 2PYMA 4Y4JA 1EBKC 5AH9A 3OQ7A 2G1OA 3VV7A 1BAIA 3HVGA 5P8MA 1GVWA 5P7UA 5P30A 4Y3TA 5P58A 5P2VA 4Y3DA 5P6PA 5P2WA 2IKUA 5P43A 4ER4E 1MVPA 1SDVA 4ZE6A 4DJWA 4EYRA 1CPIA 5ENMA 5P7HA 5OZGA 2V12C 2AOEA 3O9GA 4YCYA 1DMPA 1W6IA 1MPPA 3QAAA 2OHUA 2RSPA 2PSVA 2V0ZC 1FG8C 4Y43A 3L58A 3VV6A 2QD6A 3CIDA 3OHHA 5P1IA 5P6AA 5P3VA 3O9HA 2I1AA 5OYVA 5SY2A 1ODWA 2ZJNA 5P0DA 5P6GA 2G22A 2F3EA 2QNNA 3N4LA 1RV7A 2OHSA 4Y58A 1XE5A 3D1ZA 4UPJA 5OZUA 1T3RA 3INEA 1K6CA 4FM8A 1QS8A 4NJUA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 3L5C A;  4B78 A;  4MC1 A;  3TL9 A;  1B6J A;  2G1R A;  1YTJ A;  2VNN A;  2CEJ A;  2QK5 A;  1K2C A;  2RKF A;  5DR1 A;  5P2F A;  5P6T A;  5P00 A;  5P7T A;  4PYV A;  4Y5G A;  3KT2 A;  4PZX A;  3D3T A;  5P7R A;  1LYB B;  2QI1 A;  4I1C A;  1LYB A;  3INH A;  1FG6 C;  4H3G A;  3CIC A;  2QD8 A;  3SA6 A;  1YTG A;  4Y3S A;  4MC6 A;  3KA2 A;  5I3W A;  5P4V A;  4FGX A;  3EBZ A;  4YOB A;  4Y3W A;  2FMB A;  5P7D A;  4DH6 A;  5OZV A;  1BDL A;  5P34 A;  5P10 A;  1FMX A;  5P15 A;  4Z4X A;  2WF2 A;  5P32 A;  1LEE A;  1Z1H A;  1W50 A;  5P1P A;  5DQ4 A;  4L7H A;  5KQF A;  4RRN A;  3O9D A;  3T7X A;  1UH8 A;  5KQZ A;  5P02 A;  5P4X A;  2P4J A;  5DPZ A;  3VEU A;  1ZBG A;  3K1W A;  5P5M A;  1PRO A;  5DR8 A;  5P38 A;  5P0L A;  5P1H A;  4FM6 A;  3R0W A;  5P69 A;  5P5V A;  5P2L A;  5P3I A;  4YCK A;  5KQX A;  1W5W A;  4AUC A;  4EXH A;  3VFB A;  1SIP A;  1BV9 A;  5OYR A;  1HVH A;  5P3B A;  1K6V A;  4CPW A;  5P1U A;  2P3B A;  3T6I A;  3O9I A;  5P78 A;  1IVP A;  3BUG A;  4OBJ A;  2NXL A;  5P17 A;  3S45 A;  5JFP A;  3ER3 E;  4Y41 A;  1DIF A;  4COE A;  3SM2 A;  3NU9 A;  2H6S A;  2R38 A;  2QCI A;  4I10 A;  2J9K A;  3VUC A;  2FLE A;  4KE0 A;  1AID A;  5OYS A;  5ISJ A;  3O9L B;  5P7B A;  3CKP A;  2ZHV A;  4K4R A;  1XN3 A;  2OHK A;  1IIQ A;  2ZHU A;  4NJS A;  5P2Z A;  1RPI A;  2IGX A;  1EPR E;  1ZLF A;  2CEN A;  5P81 A;  3GGA A;  1LF2 A;  5P22 A;  5P4T A;  4Y48 A;  3RTM A;  2PSU A;  2O4N A;  4Y3G A;  4KB9 A;  5P7Z A;  4RZ1 A;  3ZPU A;  5P4L A;  4FSE A;  3EKY A;  2ZJK A;  4GJ7 A;  5P1R A;  3KMX A;  1SP5 A;  2QZX A;  3R4B A;  5OZW A;  1MT7 A;  5OZF A;  4F76 A;  3LIT A;  1EC1 A;  2REN A;  5P7P A;  5OZC A;  5P7Q A;  3ZLQ A;  1HEG E;  5OZE A;  3UPJ A;  4ACX A;  2VIE A;  4Y4W A;  5P18 A;  2FXE A;  5OYU A;  3UCB A;  4DPI A;  6UPJ A;  5P2E A;  4L7J A;  2HC0 A;  1IDB A;  3OU1 B;  2B7Z A;  3EMY A;  5P2C A;  3KFN A;  4E43 A;  2VKM A;  5P4Q A;  3TTP A;  5P0H A;  3PWR A;  5P53 A;  4J1I A;  2IEO A;  4Y3Y A;  1QBS A;  3O9A A;  2BBB A;  4R95 A;  3K5C A;  1KJH A;  3TPR A;  4DJP A;  4TVG A;  1M43 A;  2FDD A;  3QBH A;  3G72 A;  2OHR A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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