3EM3A

Crystal structure of amprenavir (apv) in complex with a drug resistant hiv-1 protease variant (i50l/a71v).
Total Genus 18
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
18
sequence length
99
structure length
99
Chain Sequence
PQITLWKRPLVTIRIGGQLKEALLDTGADDTVLEEMNLPGKWKPKMIGGLGGFIKVRQYDQIPIEICGHKVIGTVLVGPTPVNIIGRNLLTQIGCTLNF
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords Protease
publication title Kinetic and Structural Studies on Atazanavir-specific I50L Drug-Resistant HIV-1 Protease Mutant
rcsb
source organism Hiv-1 m:b_arv2/sf2
total genus 18
structure length 99
sequence length 99
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 2.7.7.49: RNA-directed DNA polymerase.
pdb deposition date 2008-09-23

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00077 RVP Retroviral aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 3em3A00
5P85A 2PSVA 1BXOA 5P2XA 4H1EA 5P1WA 1RPIA 5B18A 3O9LA 1GVTA 4DJRA 4APEA 2IKUA 1FB7A 4I0JA 2P8HA 3NU6A 5HE4A 4H3IA 3CYWA 3Q6YA 3O99A 1BDQA 4EQ0A 5P2GA 1PFZA 4Y3PA 2P3CA 3OUCA 4R8YA 5P17A 4YCKA 3OUDA 5JFUA 3SA4A 4YCTA 4I0EA 2ZJLA 2ZJKA 3B7VA 4Y35A 3VYDA 2RENA 2AOEA 4F75A 2J9KA 4MC9A 5OZSA 4EP3A 5P1MA 5P0PA 1PPLE 1IZHA 2PH6A 4EJKA 3QVCA 5P0SA 1HPOA 3G6ZA 1PSOE 4Y3JA 3LZYA 5P07A 3TLHA 4MC2A 2NNPA 1NPVA 3IXJA 3NLSA 5P65A 1E81E 3OOZA 4DVFA 4GMIA 5KOQA 3KFSA 5P5MA 3N3IA 4TRWA 5I3YA 5AHBA 4K4PA 5P32A 1K6VA 3SA7A 2QZWA 4D83A 1MT7A 1LYAA 1W5XA 3GI0A 3PHVA 3OGQA 4TVGA 5P7DA 2I1AA 1MRWA 5OZ4A 3LPIA 4LC7A 3JW2A 5HE5A 3QAAA 2P83A 5P2IA 1SMEA 5KOSA 3EKTA 2Q64A 1OHRA 3VG1A 3EKQA 3MSJA 5P81A 5P33A 5P7QA 2AODA 2ZGAA 2JJIA 5P2MA 4J0ZA 3UDHA 4ZE6A 5P6IA 5P4VA 1TCWA 4J17A 2V11C 4FRKA 3ZL7A 1HOSA 2G21A 4Y5EA 3O9IA 5P5RA 1HTGA 4PEPA 4UPJA 5P4CA 2R38A 1RNEA 3ZMGA 1RL8A 3VF7A 4LL3A 5P68A 3TPJA 2V16C 1HTFA 2B42A 3MXEA 3EKYA 3LHGA 4J55A 3S43B 2QI5A 4Y3QA 1D4IA 3OWNA 1SMRA 4Y3XA 1HPSA 1ME6A 4XKXA 5P40A 3PSGA 1M0BA 4R95A 4NJUA 1CMSA 4YD3A 1FQ5A 1MERA 3VF5A 2WL0A 5P5SA 3S53A 4Y5NA 3NU5A 3RSVA 3L5DA 5P80A 3CICA 3MWSA 3EM6A 5OZ7A 3OGPA 3OXXA 5OZ6A 2WEDA 1ZTZA 4ER4E 4DJOA 3LPJA 5P6VA 2OHKA 3IAWA 4BFBA 3K4VA 4F73A 2H6TA 3RTNA 1BVEA 2HPEA 1E82E 2VNNA 5P3KA 4L1AB 4AUCA 5P0CA 3NXNA 5P43A 5BS4A 1PSNA 1EC1A 2NXDA 2XFIA 2XYEA 4R93A 3ZPSA 4OC6B 2R3TA 5P2FA 3NUOA 4DJWA 5P2TA 4LXMA 4JOOA 4AMTA 1SIVA 2P3BB 1AVFA 3NUJA 5P2JA 5P2NA 1C6YA 5P52A 1D4YA 3DCKA 4D88A 1FF0C 2CENA 3NDUA 3CMSA 5DR3A 5P78A 5P1JA 1A9MA 3PMUA 5P02A 2BQVA 3BC4A 2RKGA 5IVSA 4YHQA 4CPTA 3HW1A 4K9HA 5P0KA 5P6LA 2WEZA 5P3OA 1HVRA 4Y5GA 4RVXA 1A30A 1AIDA 4HEGA 5P13A 4OBDA 4HDBA 3SM1A 4RROA 1EC3A 3QVIA 5OZDA 2O40A 2PWCA 5P45A 1E80E 1SIPA 1MUIA 1LS5A 5HU1A 2ZJMA 5PEPA 5P0NA 2BPZA 1IVQA 5OZMA 5P5GA 3VLBA 3LZUA 5KR8A 3OADA 4LBTA 2JJJA 3KF0A 3S2OA 1SDUA 2FNTA 1HIVA 4OBGA 2AOFA 2QZKA 2Q54A 3LINA 4RCEA 4FCOA 4EJDA 3UDRA 4EQJA 3K5DA 1YTHA 2F3EA 4K8SA 4Y44A 2V12C 1LF4A 1W5WA 3L5BA 5P1VA 1LYBB 1HIIA 4BEKA 5P22A 3R2FA 4M8YA 3L5CA 2I0DA 5P44A 2FDEA 4YDGA 2HS2A 5P6EA 1HTEA 3BVAA 9HVPA 5P3RA 3ST5A 1ZLFA 1UH7A 1ZBGA 1BDLA 5OZHA 5OZOA 4RYGA 2J9JB 3IXOA 5P3UA 5ISJA 4Y37A 1ZP8A 4I0GA 1T6GA 3EL9A 2ZHVA 5P6BA 1BILA 5DQ4A 5P71A 3UQXA 5P2SA 1IVPA 3K5GA 3ZPTA 2PC0A 4DQBA 4K4RA 4B72A 4NKKA 5P0VA 4J0YA 5P38A 5P39A 4Y3EA 5P7CA 2G94A 2FGVA 5HVPA 1LYWB 1YM4A 2B8VA 3PI5A 4OBJA 4YD4A 5P6FA 5P2YA 4B78A 4I0DA 4DI2A 4NPUA 2OHPA 2OHMA 2I4VA 5P1TA 1BVGA 4L6BA 5P27A 3ECGA 5HD0A 5P3HA 3OU1A 2G24A 1MVPA 1GVXA 3QROA 2WF0A 1FQ8A 3FNTA 1IZEA 1OD1A 3PM4A 4U8WA 5P0WA 5P6OA 3IVHA 1SP5A 2OHSA 5P57A 3D20A 4YDFA 3QRSA 5ENMA 3KDBA 3KFRA 4Y3RA 4B05A 5I3XA 4YOBA 5T4SA 2VNMA 5P3QA 3Q5HA 4CPUA 2EWYA 2AIDA 2HC0A 4OD9A 4YD7A 1B5FB 4DH6A 5DR4A 4DJPA 1FQ6A 5P8NA 2FLEA 1HIHA 5P5FA 3ZOVA 3GI4A 5P3EA 1T7IA 4ZPGA 1QBSA 4AZYA 4HLAA 5P3PA 4LP9A 5OZKA 4B70A 5P42A 2P3AA 3OXWA 2HB2A 5P12A 3UDMA 4RVIA 3VFAA 4ZSQA 2G69A 4Y39A 3QPJA 3S7LA 4I8WA 4XX3A 5P2DA 4J1KA 3FSMA 2O4PA 5P3NA 5P0DA 2OHTA 2QNPA 4Y3GA 5OYVA 3VCMA 2QU3A 5P4KA 5OZ8A 1G2KA 1D4HA 4DV9A 2AOCA 5P48A 1PPME 2I4UA 5P1ZA 5DQ5A 4BFDA 1MT9A 5P6SA 5OZNA 1DIFA 5AH6A 3CIBA 3ZLQA 1K2BA 4HVPA 3INHA 3TPPA 3VLAA 2V10C 5DQCA 5COPA 2NNKA 1QBUA 1Q9PA 1XE6A 5P23A 5P62A 5P1SA 5P0YA 2NR6A 4JPCA 5HU0A 4JECA 4GJ8A 2F81A 3HDKA 4DPIA 3EBZA 3TH9A 5JODA 2RKFA 2I4DA 5P3LA 5P8HA 5P7PA 1BV7A 1FMXA 4J0VA 4EPJA 4XXSA 1HVKA 2H6SA 4J1HA 4FM7A 1DW6C 3G72A 3IN4A 1APWE 4L1AA 5P1LA 3SA8A 3FNSA 3PSYA 4RRNA 2Q15A 5P76A 3KA2A 3D1XA 3OY4A 1EPME 4OC6A 4S1GA 5F01A 5P1GA 3WSJA 4H3FA 2PYNA 2PH8A 4FAFA 4NPTA 4Q1YA 5P11A 2WF2A 3K1WA 1HPXA 1FKNA 1YTJA 4Y43A 4WY1A 4R92A 2PYMA 1QBTA 1SDVA 5P54A 4DQFA 5P7KA 5P7YA 4Y4AA 1XL5A 1KJHA 1ZJ7A 2AZ8A 5P0BA 3ZKSA 5AHAA 4JP9A 3LPKA 5P09A 3ZKQA 5DR1A 1HXBA 3UFLA 3L5EA 1XDHA 3WZ8A 1FEJC 2WJOA 1XE5A 3KDDA 4Y3NA 5AHCA 1APTE 2AOJA 2ZJIA 1GNOA 5P5YA 3IVIA 1A8KA 3CKPA 4X7IA 3KMYA 5P89A 2O4NA 1LF3A 1MSNA 3OQAA 3R0YA 4I11A 1QBRA 1W51A 1WBMA 5P74A 1LEEA 5P0MA 2JXRA 1QS8A 3SKFA 5P20A 3TPLA 3OXCA 2AZBA 1MTBA 1W5YA 3IGBA 3OOTA 3FX5A 1AAQA 2QMFA 1YM2A 3VYEA 4YD6A 4ER2E 3G70A 5P2HA 3SO9A 4FM6A 3IXKA 4Z4XA 2Q5KA 5P28A 3MXDA 4FRSA 1IZIA 6APRE 3UHLA 4PZXA 5P8UA 4YOAA 4QJ8A 4J1EA 5P2RA 1LYBA 4I0FA 5OZEA 5P6RA 4Y48A 5P8SA 4Y4BA 4I0ZA 1EC2A 3WB5A 5OZTA 1K6CA 3NDWA 4FSEA 4Y51A 4GB2A 1HTRB 5P24A 4Q1XA 5OZPA 4GJDA 3O9CA 5P1RA 5P3WA 1XS7D 2IDWA 2BKSA 4WTUA 5P29A 2OHRA 3DK1A 5P0EA 5P3IA 1TSQA 1T6EX 1TCXA 1D4JA 3HAUA 5SZ9A 1FFIC 3I8WA 2G26A 1MEUA 2VIJA 5EZZA 1AJVA 3INFA 2ZYEA 5DQ2A 4LXKA 4KUPA 4Y56A 4L7GA 2F3FA 5P03A 5DR0A 3SA5A 1FQ7A 5P5VA 4YE3A 3L38A 1KJ4A 5P56A 5P5UA 1QDMA 3LITA 5P5CA 3CYXA 3IA9A 5P4FA 5SXNA 1A8GA 4HA5A 4KE1A 4DFGA 4ZPEA 3AIDA 5COKA 2CEJA 5P47A 5P46A 1FLHA 3INEA 5P5QA 3SM2A 5OZQA 5P7UA 5AH7A 1BV9A 5P6NA 4EJ8A 1FG8C 3PBZA 3KMXA 4GYEA 5OZVA 5P75A 5P61A 2ZE1A 3Q3TA 4Q1NA 1E5OE 4M8XA 2QI1A 2PWRA 5P6JA 3UQUA 1BWBA 2ER0E 4ACUA 3UQRA 2QNNA 1PPKE 2ZJJA 5DQ1A 2HPFA 4Z50A 1BIMA 3KYRA 3UFNA 3BHEA 2IEOA 1BBSA 3OAGB 4OBKA 3DM6A 4ACXA 5HDUA 4GJ6A 3L5FA 4ZPFA 4B1DA 1G0VA 2WHHA 2XFKA 4Y3WA 1RQ9A 3LIQA 4GJ5A 2BPYA 7HVPA 4FS4A 1W50A 2FNSA 1LF2A 1IZDA 5P7BA 3PCZA 4ZSPA 5P7FA 5P5WA 4J1FA 1OEWA 3OU4B 5P67A 2XFJA 4CKUA 4F76A 2BKTA 2QAKA 3D1ZA 4A6CA 4DJXA 4QLHA 1HEGE 5OYWA 5P1AA 5P6HA 2I4QA 1AXAA 4I0HA 4Y45A 3OHHA 5IVRA 2VIYA 5P4UA 2OHLA 5P19A 4YA8A 3RTHA 2VJ9A 1HBVA 1SGUA 5P6ZA 5P8IA 1NH0A 5OYUA 3SPKA 1EPRE 2Q55A 3QP0A 2IQGA 1T7KA 5E5KA 5P8BA 5OZ5A 4DJYA 1IDAA 3NWXA 5OYQA 3QIHA 2AVOA 5P3ZA 1AZ5A 3PEPA 5P16A 3M9FA 2O4SA 3ZKGA 1XL2A 5P53A 3L3AA 4Y50A 1UH9A 4B77A 5OZYA 5CONA 2BPWA 5OYRA 3GI5A 5P69A 2QI3A 4DJUA 5HTZA 4BELA 5P0TA 1J71A 2ER9E 4DQGA 2NPHA 3EKVA 3JVWA 2HB4A 2F80A 4OBFA 3KFPA 3LIZA 4KB9A 5P7IA 5JG1A 3LZSA 3UDPA 3Q4BA 5P72A 1HVSA 5P7JA 3KFNA 3OK9A 5HDZA 1VIJA 3L59A 5P4LA 5P4YA 5P8RA 3UQWA 2BPVA 5P7TA 4Y5PA 3RTMA 1F7AA 1NPWA 5OZ1A 5P0HA 4CMSA 5BRYA 1B6MA 2AOHA 3T7QA 5P2ZA 3GW5A 4NJVA 3PJ6A 5P1YA 4IVSA 5P2CA 5J25A 3VYFA 4XX4A 4Y5AA 4MC1A 3PI0A 2WEAA 2ZDZA 1HVHA 4Y4XA 4FGXA 5P0FA 2R5PA 2AQUA 5P5OA 5OYXA 3NWQA 1KZKA 4A6BA 5F00A 3SA9A 3UDKA 2B7ZA 4J1CA 5OZBA 4GJCA 3KM4A 1MTRA 4ZLSA 4DQCA 3EKXA 3OTSA 1XN3A 3EL4A 5IVQA 3DOXA 4AA8A 2AVSA 2BPXA 4I10A 2G22A 3GGXA 2G20A 1LV1A 3S85A 3SA3A 5P3DA 5P6XA 3TNEA 5P59A 2FDDA 1SH9A 1SBGA 3VV6A 3I6OA 1MESA 1K2CA 3O9AA 2QD6A 4FL8A 5ER2E 3UDQA 2FMBA 4TRYA 5I3WA 3VUCA 5P2WA 4I1CA 1N49A 1XN2A 3B80A 2OAHA 5P1DA 1W6HA 5P0UA 1ODXA 5P3MA 1TW7A 4FIVA 1C6ZA 1DMPA 5P10A 3BUHA 5P8GA 3K4VC 1EPPE 2ASIA 5P5KA 5SY3A 3BUGA 3URIA 3T11A 2P4JA 2WF1A 5P8QA 5P6QA 4A4QA 4Y58A 1DAZC 3O9FA 1SGZA 4CPSA 1B6PA 1MRXA 1GVWA 3UF3A 3TL9A 4D89A 1EEDP 4YD5A 1ZPAA 4DQEA 3PMYA 5OYTA 2FGUA 2QMDA 4FRJA 5P2OA 3CKTA 4J0TA 5P2QA 2QHZA 4OBZB 1MPPA 3OQDA 2VJ7A 2QHCA 3NR6A 3KDCA 2JE4A 3RVIA 4F74A 4L7HA 4GJAA 5P6WA 3HAWA 1AJXA 5P01A 2R43A 5P6TA 1RV7A 5P8LA 3OTYA 1M43A 4Y5BA 2IGXA 4ZIPA 4JPEA 3URLA 5P1XA 3UDYA 5OZUA 5P7ZA 5P7SA 4NJTA 4Y3LA 1HSGA 3R1GB 5P30A 5P8PA 5AH9A 5P7MA 4EXHA 3WZ6A 2QD8A 5P8JA 1VIKA 1K6TA 1FQXA 4Y4WA 4J54A 3LIYA 4Y3ZA 4YBFA 2ZHUA 5OZGA 5P0RA 4NJSA 4Y3YA 4H3GA 1NPAA 2AOGA 3LNKA 1B6LA 3PSUA 4N00A 5P8EA 5P3SA 5P4EA 2FXEA 2QI6A 2HIZA 2WEBA 3S43A 4CPRA 1B11A 3LIVA 4PPHA 4RYCA 5DGUA 5P5EA 1MIQA 4FAEA 5P8TA 3SABA 4R91A 5IVTA 2V13A 2IL2A 5P4PA 2ANLA 5OZXA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P85 A;  2PSV A;  1BXO A;  5P2X A;  4H1E A;  5P1W A;  1RPI A;  5B18 A;  3O9L A;  1GVT A;  4DJR A;  4APE A;  2IKU A;  1FB7 A;  4I0J A;  2P8H A;  3NU6 A;  5HE4 A;  4H3I A;  3CYW A;  3Q6Y A;  3O99 A;  1BDQ A;  4EQ0 A;  5P2G A;  1PFZ A;  4Y3P A;  2P3C A;  3OUC A;  4R8Y A;  5P17 A;  4YCK A;  3OUD A;  5JFU A;  3SA4 A;  4YCT A;  4I0E A;  2ZJL A;  2ZJK A;  3B7V A;  4Y35 A;  3VYD A;  2REN A;  2AOE A;  4F75 A;  2J9K A;  4MC9 A;  5OZS A;  4EP3 A;  5P1M A;  5P0P A;  1PPL E;  1IZH A;  2PH6 A;  4EJK A;  3QVC A;  5P0S A;  1HPO A;  3G6Z A;  1PSO E;  4Y3J A;  3LZY A;  5P07 A;  3TLH A;  4MC2 A;  2NNP A;  1NPV A;  3IXJ A;  3NLS A;  5P65 A;  1E81 E;  3OOZ A;  4DVF A;  4GMI A;  5KOQ A;  3KFS A;  5P5M A;  3N3I A;  4TRW A;  5I3Y A;  5AHB A;  4K4P A;  5P32 A;  1K6V A;  3SA7 A;  2QZW A;  4D83 A;  1MT7 A;  1LYA A;  1W5X A;  3GI0 A;  3PHV A;  3OGQ A;  4TVG A;  5P7D A;  2I1A A;  1MRW A;  5OZ4 A;  3LPI A;  4LC7 A;  3JW2 A;  5HE5 A;  3QAA A;  2P83 A;  5P2I A;  1SME A;  5KOS A;  3EKT A;  2Q64 A;  1OHR A;  3VG1 A;  3EKQ A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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