4DJVA

Structure of bace bound to 2-imino-5-(3'-methoxy-[1,1'-biphenyl]-3-yl)-3-methyl-5-phenylimidazolidin-4-one
Total Genus 106
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
106
sequence length
390
structure length
390
Chain Sequence
GSFVEMVDNLRGKSGQGYYVEMTVGSPPQTLNILVDTGSSNFAVGAAPHPFLHRYYQRQLSSTYRDLRKGVYVPYTQGKWEGELGTDLVSIPHGPNVTVRANIAAITESDKFFINGSNWEGILGLAYAEIARPDDSLEPFFDSLVKQTHVPNLFSLQLCGAGFPLNQSEVLASVGGSMIIGGIDHSLYTGSLWYTPIRREWYYEVIIVRVEINGQDLKMDCKEYNYDKSIVDSGTTNLRLPKKVFEAAVKSIKAASSTEKFPDGFWLGEQLVCWQAGTTPWNIFPVISLYLMGEVTNQSFRITILPQQYLRPVEDVATSQDDCYKFAISQSSTGTVMGAVIMEGFYVVFDRARKRIGFAVSACHVHDEFRTAAVEGPFVTLDMEDCGYNI
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.

Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase/hydrolase inhibitor
molecule keywords Beta-secretase 1
publication title Structure based design of iminohydantoin BACE1 inhibitors: Identification of an orally available, centrally active BACE1 inhibitor.
pubmed doi rcsb
source organism Homo sapiens
total genus 106
structure length 390
sequence length 390
chains with identical sequence B
ec nomenclature ec 3.4.23.46: Memapsin 2.
pdb deposition date 2012-02-02

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA01
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 4djvA02
5P8FA 3BRAA 2ZJHA 4Y4XA 5P3DA 3SM1A 1D4IA 5KR1A 5P1SA 3LZVA 1K6PA 5P3GA 2WECA 3LZUA 3LNKA 4Y36A 1XL5A 2Q15A 5P1DA 5HVPA 3JW2A 5OZ1A 2APRA 3O9AA 2FNSA 5OZ4A 3SABA 1APTE 3QRSA 5DR0A 5P55A 3OXWA 4ZSMA 5OZHA 3UDYA 2WF4A 5P1RA 3TPRA 5I3YA 3BXSA 1YX9A 1HVSA 3UDMA 3ER5E 3PEPA 5P7OA 2G94A 4DJRA 5P22A 1K1UA 4DQEA 4Y4EA 2WEDA 1HEFE 5OZMA 2QD7A 2RKFA 3VEUA 1VIKA 3PCZA 3PWWA 1META 4ZE6A 4TRYA 5P5VA 1MRXA 5HU1A 4Y4WA 5P2FA 3ZKSA 3VF7A 4ER1E 1HXBA 5P6QA 1NH0A 1TCWA 5P2VA 5P14A 2BKSA 1PSOE 3ZPUA 5J25A 3NDXA 4QLHA 1B6MA 2PSUA 3KDDA 3O9CA 3IXKA 1ZSFA 2IEOA 5P60A 5P5KA 3VFAA 1HIVA 2ZJJA 4ZIPA 3PGIA 2QU3A 3NU5A 5P0ZA 3ZKQA 2NNPA 3OUDB 4LBTA 5P8CA 4DPFA 3NDWA 5P1XA 4K9HA 3OXVA 2SAMA 3CKRA 2WF1A 4Y39A 1UH7A 2AVOA 2FIVA 2BPWA 4QGIA 4Y3TA 5P3ZA 4RCDA 3OUDA 3EKVA 5OZVA 3QIHA 1MIQA 3LZYA 3LPJA 5P3PA 1KJFA 4J17A 2AVQA 3CIBA 2XFKA 3TLHA 5P8RA 1Z1HA 3MSJA 2WF0A 5EZXA 1M4HA 1IZHA 3OU1B 5P62A 4J1KA 5OZSA 3QBFA 5P0JA 2PYMA 3TPLA 3GW5A 5P31A 2AOGA 4OBZB 4J0ZA 3DUYA 5P5FA 5P6MA 5P8IA 5SY3A 3FKTA 5P00A 4GJ9A 1ER8E 1QBUA 1HEGE 1MUIA 2HPFA 3OU1A 3SPKA 2JJIA 4H3FA 3SA3A 3L58A 5P1LA 3UDKA 4OBZA 5P3WA 4DV9A 5P4MA 5OZ3A 4I8ZA 3U71A 5P7PA 5B18A 5P4JA 5P2NA 2J9JB 3PCWA 1AJXA 4GJDA 5P1UA 2QZKA 3PMYA 4HE9A 4WY1A 5P6CA 4EQ0A 4LAPA 5P49A 4OBHA 4FL8A 1QDMA 4Y5EA 4HLAA 5OYRA 5P5TA 4GJ8A 5P5RA 5P2YA 5P5HA 4D8CA 2ASIA 5P8BA 5P02A 3DV1A 5P29A 1Z1RA 4A6CA 1C6YA 5P0SA 2PQZA 2I0AA 4J1CA 4COEA 4RZ1A 3INEA 1DAZC 5P3TA 3S45A 4J5JA 1MT9A 4I0IA 3H0BA 4L6BA 5P42A 1ENTE 3OK9A 5OZZA 4M8XA 1ODWA 1EPPE 1HOSA 2AVSA 4GJAA 5P85A 5P2CA 3O9GA 5PEPA 3ZKXA 1D4JA 4XXSA 3PHVA 4X2LA 1APWE 4NJVA 3IN3A 5P5NA 4PHVA 3SLZA 3UCBA 3K1WA 5JODA 5P1AA 2PMAA 1LEEA 3UPJA 5P88A 3UQPA 4YDFA 5P78A 3URLA 1GNOA 4XX3A 3MWSA 4RYCA 4MC2A 4RVJA 5P5AA 2P3DA 3NSHA 2R43A 2I4DA 2QI4A 5P3NA 4EQJA 3EXOA 2FNTA 4WTUA 1HTFA 1LF2A 2ZGAA 4TRZA 5P66A 1ODYA 4Y53A 1HTGA 4DQBA 3ZMGA 3Q5HA 5P4DA 3VV8A 4J1IA 1FMXA 4FM8A 1EEDP 2Q11A 3HD8A 3HAUA 2QD6A 2QCIA 4NJUA 5P8TA 3L59A 5EZZA 2Q55A 3PI0A 4H3IA 4D88A 2BKTA 2IGYA 5P7SA 4Y47A 2ZJNA 1BXQA 3PSGA 4FIVA 4R92A 4YD7A 4GJ5A 5KR0A 4Y5MA 4XX4A 1OEWA 2B7FA 5P6AA 5P7YA 4F73A 4FS4A 3RU1A 4Y4DA 1QBTA 3QRVA 4Z50A 1T7IA 5P8VA 3ZOVA 5OZLA 5P0LA 3TKGA 1K6VA 2I1AA 3B7VA 2V00A 2QNNA 4CPQA 3KFNA 5P3YA 4GJ7A 4MC9A 4LXMA 1AAQA 2XYEA 5P0IA 5P77A 1ZJ7A 1IBQA 2PWCA 4OBKA 5OZDA 5P47A 1W50A 5CLMA 4RVXA 5P08A 3LINA 5F01A 3PB5A 1GVUA 5P2XA 3FX5A 4N00A 2HIZA 3ZKGA 1FFFC 5P3MA 5P3CA 1RNEA 2AOEA 4Y5BA 5P26A 2VIEA 5P8HA 3OHFA 5IVRA 5P58A 5P2DA 3ZKNA 4XKXA 5P11A 3L5EA 3PWMA 1YTGA 3VLBA 3GGUA 4LHHA 2AZ9A 1UH8A 4PPHA 2QAKA 3PM4A 4J1EA 1HVKA 4Y3YA 5P0YA 2AVMA 3G72A 3S7LA 5OZCA 1BVGA 4HDPA 1MEUA 3TPPA 4B70A 4YBFA 3R2FA 4FE6A 4H3JA 4DJUA 2AODA 4LP9A 1K2CA 2QD8A 1MTBA 3ST5A 4RRSA 2I4VA 5P59A 3PSYA 1G2KA 2R5QA 5P6RA 3OUBA 1FG6C 3LITA 2AQUA 2WEBA 5P40A 5P7FA 1HVJA 2VNMA 4NPTA 5BWYA 5OZJA 5P5BA 5P68A 1E81E 4OBJA 1ODXA 5P7GA 4NPUA 2O4PA 5HTZA 2IENA 1W6HA 4Z4XA 5OYQA 3IXJA 4UPJA 1HSHA 5OYZA 5P04A 3C9XA 3L5DA 3K5FA 3EL4A 1A8GA 3DM6A 4KE1A 5P3IA 2B8VA 4ZLSA 3GI5A 3EL5A 3I2LA 3BUFA 4Y58A 4ZEAA 2OF0A 5P1BA 5P4FA 1HVLA 2O4LA 3OQ7A 4QJ8A 5P7UA 2V16C 4AA9A 5OZ2A 4K4QA 1BIMA 5P4CA 3KFPA 2FGUA 1NSOA 3G6ZA 4R95A 5P3SA 5P7JA 5P57A 1ZSRA 5COKA 2R5PA 5P2AA 3TH9A 3QPJA 5OZYA 2ZHUA 2Q63A 4YA8A 1TQFA 1ZAPA 2B60A 4FRJA 5C9FA 5P16A 5OZOA 5P7IA 2I4XA 3OADB 3VF5A 5OZEA 1TSQA 1HVRA 4DQGA 2VA5A 2JXRA 2OAHA 2OHNA 4YHQA 5JG1A 5P36A 2Q64A 4Y3NA 2F8GA 5COOA 4EXGA 2VKMA 2V13A 4IVSA 1FQ6A 5P1KA 4Y3HA 4HA5A 3OQDA 5P28A 2QI1A 2HB2A 5P01A 5I70A 2O4NA 1SIVA 2HAHA 2V10C 2FDEA 3CIDA 2QK5A 1DPJA 1HPVA 4BELA 2FMBA 5P5MA 1MTRA 3S53A 2I4WA 1XN2A 5OYYA 3HLOA 5P2LA 1PSNA 4GIDA 4L1AB 2G27A 5P0EA 1AJVA 3INDA 1SDUA 5KOSA 3T6IA 4K4PA 5DGWA 4B72A 5P4VA 2H6SA 5AH9A 5P54A 1IDBA 5P1QA 5P79A 4L7JA 4L1AA 3UDJA 2B8LA 5P34A 2QNPA 1LYBA 1TZSA 3VSXA 1W6IA 4J0PA 4B77A 1RV7A 3TOFA 1D4SA 2QNQA 4D83A 3WSJA 4QJAA 4I8WA 3K4VA 4DUSA 4Y57A 4D89A 4FLGA 2QHCA 1VIJA 3L38A 4R5NA 3S85A 3Q3TA 2VNNA 4B78A 5OZKA 2R8NA 4OC6B 2AZBA 4NJTA 6FIVA 2PK5A 5P2IA 1NPAA 4I0DA 3UFLA 1LYAB 2B7ZA 2PK6A 3WB5A 4EPJA 5P7TA 5P5PA 5HDZA 4Y4UA 3QVCA 5P6BA 2UPJA 1U8GA 1FMBA 3HBOA 5ER2E 4OC6A 5SY2A 2QZXA 1M0BA 2G1OA 4Y51A 1UH9A 4YCTA 1LYAA 2FXEA 3GI6A 1NPVA 5P4BA 4Y4BA 5P69A 5P6YA 4EWOA 3S2OA 1D4KA 5P73A 3SKGA 5DGUA 5P0GA 4APEA 1SP5A 4Y41A 5I3XA 1D4HA 3KDBA 4PZXA 5F00A 1FLHA 3AUPA 3OU4B 3I8WA 4EJ8A 1WBMA 4Y43A 1CZIE 4I0GA 2O40A 5DQ2A 4I0JA 3VLAA 1FIVA 3TKWA 5OZGA 1FGCC 2PH8A 1WKRA 4NJSA 4Q1WA 1G0VA 3N4LA 5P81A 5P0PA 3IA9A 1DP5A 3PWRA 2PH6A 3CYWA 3Q70A 4CP7A 4OBDA 2R3WA 4M8YA 3OU4A 1GKTA 4TVHA 3SAAA 1PPKE 3FSMA 3HVPA 4Y48A 3NDUA 4J0TA 5P1PA 1Q9PA 4YBIA 4ZSPA 5P0VA 4GMIA 5P8UA 2CENA 5P8EA 5P6UA 1BDQA 5DQCA 1HTEA 2G22A 3IGBA 5OZWA 2BBBA 4EJDA 4A4QA 4FSEA 5DQ4A 1YM4A 2G1RA 1N49A 3RTHA 4KB9A 4PEPA 5P1ZA 4H1EA 3FV3A 3VFBA 3EM4A 4Y5NA 5P70A 2AZCA 4B05A 1W5XA 2P3CA 5P6EA 1NPWA 4JP9A 5P4GA 5P0BA 1SDTA 3L5FA 5P7ZA 3PBDA 4CPSA 5P6IA 3SACA 5OZ0A 5P84A 3Q4BA 5I3WA 2AIDA 4RYGA 2OHSA 5AHCA 1E5OE 4IVTA 4R91A 1OEXA 5OYWA 2R3TA 4F74A 2WF3A 3ZL7A 5P6DA 5KOQA 1KZKA 5HDVA 1BBSA 3LIVA 5P8SA 5P12A 1XDHA 1PPLE 3K4VC 5P64A 3K5DA 3O9EA 5P0AA 1DMPA 5DPZA 5P67A 4U8WA 5P2RA 4U7QA 2PSGA 4RLDA 3FNSA 4J0YA 2HC0A 2ZHRA 3OXCA 1HHPA 3IN4A 5P0XA 1BDLA 5OZBA 3PBZA 1FEJC 3KF0A 5P7DA 4ACXA 3UQUA 2XYFA 3UF3A 3QP0A 4ER2E 1AZ5A 2QI0A 2G26A 4YD4A 2Q5KA 4LXAA 3I6OA 4RGHA 2V0ZC 2R38A 3IXOA 5ENKA 5P2ZA 2P8HA 3HDKA 5HE4A 5P2SA 4Y56A 4Y54A 5P43A 3PMUA 1K2BA 5P8PA 3GGAA 2QHZA 3IVIA 5P6NA 2OHKA 2WEZA 2FDPA 5P2QA 3LIYA 1IZDA 5P4LA 2ZHSA 4J54A 5OZRA 1BAIA 2BPXA 5P32A 2ANLA 3SKFA 5ISJA 1Z8CA 4RCFA 3NLSA 1C6ZA 1PSAA 5P6WA 3OUCA 5P0DA 5AHBA 2G20A 3IAWA 3R0YA 5P7QA 4J1FA 5P6ZA 5P27A 1EBKC 5E5KA 5P4QA 2BPZA 5P8LA 5P5SA 5P6TA 3HW1A 2AOFA 4QJ9A 1GNNA 5P52A 5P6VA 1BV7A 5P1CA 1TSUA 3DJKA 3KFRA 1HVCA 4Y5GA 4Z2ZA 3QS1A 2AOCA 5OZ8A 1LYWA 4AMTA 1B6PA 2R9BA 3SA5A 2RSPA 5P07A 4AA8A 3WZ7A 5OZXA 4CPXA 5P5JA 4B0QA 5CONA 1EC3A 4ACUA 1HRNA 4I1CA 1LF3A 1UPJA 4HZTA 2NXLA 1OD1A 1QBRA 1SH9A 7HVPA 5P0MA 1F7AA 3O9DA 3NWXA 1GVTA 3LHGA 2ER7E 4KUPA 3BUHA 5P72A 4EJKA 5P0OA 4EJLA 1M43A 5P5YA 1ME6A 3INFA 1HBVA 4DPIA 1HSIA 1TW7A 1APVE 2NXMA 5P5QA 2PC0A 2PYNA 3BUGA 2OHQA 3KM4A 3T7QA 2JJJA 1KJHA 5P3QA 5HD0A 5HE7A 1SIPA 3NYGA 5KR2A 5P8AA 5AHAA 2NMYA 5P0QA 5P4EA 1SMEA 1T6EX 1EPOE 5OYVA 2PWRA 5BS4A 1AM5A 5APRE 1GVWA 1C6XA 3BXRA 1EC1A 3NU9A 1BDRA 5KQFA 3OXXA 3L5CA 3OOTA 3EKQA 4ZSQA 3T7PA 3WZ6A 3ZKIA 3EBZA 3MSLA 3O9BA 2IL2A 3JVYA 5P5ZA 4Q1XA 3T11A 3OQAA 3S56A 3T7XA 5P7WA 3R0WA 1HSGA 2AZ8A 5P6FA 4J55A 5DR7A 6APRE 3D3TA 1SDVA 3OOZA 5JFPA 1EPLE 2F3KA 2IGXA 3WZ8A 5P82A 1YM2A 3Q6YA 5P5LA 2FS4A 3HAWA 3VF3A 5P2HA 5OZ7A 4BEKA 3LIZA 3R1GB 3EL0A 4Y5KA 5BRYA 3SA6A 3LIXA 3PJ6A 5OYUA 5IS4A 5P6XA 3UDPA 3EKYA 2VA6A 4DH6A 5OZQA 3RSVA 3GGXA 5P86A 3KMYA 4GZFA 1GVVA 1B6KA 2JYSA 1G35A 4ZSRA 2CEJA 3G70A 3SA8A 3URIA 5AGZA 4LC7A 5P0CA 5P3FA 1HVHA 5OZPA 5HCTA 2WHHA 2OHRA 3QAAA 3LIQA 6UPJA 1CPIA 3D1XA 3PLLA 2NTRA 5P44A 5SZ9A 1APUE 2NMZA 2VJ9A 5KQXA 2P3AA 4OBFA 5P51A 4DJYA 4ZPGA 3M9FA 2WF2A 4EP2A 4GYEA 4GB2A 5E5JA 3ER3E 1CMSA 4Y3LA 5P3JA 1A30A 5P7RA 1TCXA 1C70A 4J0VA 2BPYA 2FXDA 3BGCA 5OZTA 2OHPA 5OZFA 3VYEA 3VCMA 3TL9A 4R8YA 4B1EA 5P4WA 4DJPA 2VIZA 4MC1A 5KR8A 3SQFA 4Y6MA 1FQ8A 5OZAA 2F3EA 5P8NA 4FRKA 1GVXA 3TPJA 5C9DA 1EBZA 3OTYA 3OWNA 4WY6A 1XN3A 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chains in the Genus database with same CATH topology
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chains in the Genus database with same CATH homology


 
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5P8F A;  3BRA A;  2ZJH A;  4Y4X A;  5P3D A;  3SM1 A;  1D4I A;  5KR1 A;  5P1S A;  3LZV A;  1K6P A;  5P3G A;  2WEC A;  3LZU A;  3LNK A;  4Y36 A;  1XL5 A;  2Q15 A;  5P1D A;  5HVP A;  3JW2 A;  5OZ1 A;  2APR A;  3O9A A;  2FNS A;  5OZ4 A;  3SAB A;  1APT E;  3QRS A;  5DR0 A;  5P55 A;  3OXW A;  4ZSM A;  5OZH A;  3UDY A;  2WF4 A;  5P1R A;  3TPR A;  5I3Y A;  3BXS A;  1YX9 A;  1HVS A;  3UDM A;  3ER5 E;  3PEP A;  5P7O A;  2G94 A;  4DJR A;  5P22 A;  1K1U A;  4DQE A;  4Y4E A;  2WED A;  1HEF E;  5OZM A;  2QD7 A;  2RKF A;  3VEU A;  1VIK A;  3PCZ A;  3PWW A;  1MET A;  4ZE6 A;  4TRY A;  5P5V A;  1MRX A;  5HU1 A;  4Y4W A;  5P2F A;  3ZKS A;  3VF7 A;  4ER1 E;  1HXB A;  5P6Q A;  1NH0 A;  1TCW A;  5P2V A;  5P14 A;  2BKS A;  1PSO E;  3ZPU A;  5J25 A;  3NDX A;  4QLH A;  1B6M A;  2PSU A;  3KDD A;  3O9C A;  3IXK A;  1ZSF A;  2IEO A;  5P60 A;  5P5K A;  3VFA A;  1HIV A;  2ZJJ A;  4ZIP A;  3PGI A;  2QU3 A;  3NU5 A;  5P0Z A;  3ZKQ A;  2NNP A;  3OUD B;  4LBT A;  5P8C A;  4DPF A;  3NDW A;  5P1X A;  4K9H A;  3OXV A;  2SAM A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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