5P2SA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 145
Total Genus 82
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
82
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 82
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2sA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p2sA01
1TSUA 1HTEA 5P57A 1AJXA 1W6HA 5OZ7A 2QMGA 3EL4A 1MPPA 1ER8E 1HOSA 1QBRA 3OU4B 5P0QA 5KR1A 4D8CA 4R8YA 5P53A 4GJ6A 3O9HA 5DR1A 4QLHA 1MTBA 1HVKA 1EC1A 4HEGA 1IDAA 5P2MA 5KQYA 4F75A 5J25A 5IVSA 2R38A 2QHZA 2QCIA 3S2OA 3T7QA 5P55A 4XX3A 3IN4A 3OQAA 1GNNA 4MC1A 5P7TA 5OYQA 5P54A 3QS1A 3HD8A 3FX5A 5P60A 2V12C 4D85A 1DP5A 5P4PA 5P17A 3LIQA 5P8LA 4I0HA 5P5HA 2O4LA 1DAZC 3VSWA 3KA2A 5DR3A 4I8WA 5AH7A 4QJ6A 1LYBB 5P77A 5ISJA 5P6RA 2PWCA 4Y3YA 3OQDA 5IS4A 5P86A 5OZRA 4PPHA 4H3FA 3KYRA 7UPJA 4OBFA 5F01A 3KMYA 3LPIA 1EBWA 2IQGA 4DPIA 4RVXA 3T7PA 5P4QA 5P10A 1N49A 2B8LA 2G1YA 3IVIA 3VFBA 2I4WA 3SAAA 3FNSA 4K4RA 3TLHA 2Q55A 3CMSA 4GB2A 5P6ZA 4Q1WA 3ECGA 1AIDA 5P6SA 2QAKA 3ZKGA 3UTLA 1SMRA 5P8JA 5OZSA 5JG1A 3WSJA 3OU1B 2AZBA 5DPZA 3NR6A 5I3YA 1GVUA 2QZXA 4LXAA 3EKVA 5P5DA 2V16C 2BQVA 2AOHA 3L5EA 2F3EA 4QJ8A 3QIHA 1A9MA 4Y3JA 2WECA 3OAGB 3LPKA 3D1YA 3RU1A 3I2LA 3NU6A 3GGXA 5P6NA 5OZFA 2QNNA 3GI6A 1HXBA 1M0BA 5P4JA 2WJOA 5P70A 5P7CA 5P7EA 2QMPA 1HVCA 1MSMA 5HU0A 5P5BA 2WHHA 2G26A 3FIVA 3PLDA 3CKRA 3L3AA 3OOZA 4FSLA 1MSNA 4FS4A 5P6JA 5P8PA 2O4SA 4GZFA 4FM7A 4GMIA 1GNOA 1KJ7A 1XS7D 3BGCA 5P00A 5P1KA 1K2CA 5OZ6A 4HE9A 1DMPA 1LYWB 5OZXA 2VIJA 2QI7A 3TPJA 5P0UA 3R1GB 3SA7A 5OYXA 5IE1A 5AGZA 3OU3A 4Q5MA 1HTGA 4FAFA 4EQ0A 1XL2A 3EXOA 3ZKSA 4NKKA 2FIVA 1XE6A 3TNEA 1LYAB 5KAOA 5I3VA 4YBFA 3SA4A 2BPYA 5P5AA 4EJDA 3CIBA 1FQXA 5SZ9A 2RSPA 1META 2Z54A 2PK6A 1HWRA 4WY6A 3VG1A 1BDQA 4RGHA 1KJ4A 5P3VA 5P82A 1HPVA 3T11A 4AMTA 2QI4A 3BUGA 5DQ4A 4GJ5A 4N00A 3S85A 1QBTA 5P75A 5P31A 5P52A 5P7RA 4NJTA 1ZJ7A 4JOOA 1YTGA 1K6CA 5HCOA 2J9JB 3PWRA 5OZDA 3VFAA 2ZJLA 2J9KA 5P07A 2OHSA 2VA5A 6APRE 4FIVA 5P8DA 2H6TA 3APRE 3O9IA 1MUIA 3IXOA 4DV9A 3QRMA 3LZSA 5HDXA 3LIXA 3OUCA 5COPA 5BRYA 2OHMA 4Q1YA 5P3SA 5HVPA 5P26A 2R3WA 2Q5KA 5DGUA 4UPJA 4Q1NA 5P33A 4L1AA 3PSUA 2VS2A 1T7JA 5P4VA 2FNSA 5CLMA 5P0EA 9HVPA 3CKPA 4L7GA 3JVYA 5P25A 4Y3RA 2SAMA 1IBQA 4J0TA 3SABA 3TOGA 5P1AA 3NXEA 1LF3A 2JE4A 3S54A 2QI3A 1XL5A 4Y38A 5OYRA 1A30A 2IGYA 4GJ7A 5P7IA 3CYWA 5OZIA 1SGZA 2B42A 4DUSA 5P49A 5P2GA 5P7JA 1AXAA 3GW5A 5P3CA 3SACA 2Q63A 5P19A 1D4IA 3INFA 5P5QA 5OZKA 2AVSA 5P35A 3QBHA 4B1EA 3CYXA 3D3TA 3ZKQA 1MTRA 3BUFA 2AOGA 1J71A 1XE5A 3URIA 3OQKA 3DM6A 5P72A 1YTJA 4Y3PA 3H5BA 2HB3A 5P7BA 3K5CA 1ME6A 2BKTA 4U8WA 4DI2A 4OBZB 2AVQA 1APUE 5P2DA 2QI6A 1K6PA 5AHBA 5P1BA 2Q3KA 5OZQA 5IVRA 2BBBA 1W5VA 2A1EA 3R4BA 3VF7A 3VYDA 5P0YA 3VF5A 3INHA 5P87A 2G1NA 1HHPA 1EPNE 4K9HA 5I70A 3D20A 4Y9WA 4J55A 1LYBA 1MEUA 2B8VA 2FGVA 3D91A 3MSKA 3QAAA 5ER1E 5HD0A 3SM1A 3DV1A 3S53A 1EC3A 2QZKA 2BB9A 1B6JA 4Z50A 3OK9A 5P3MA 1IZIA 2H6SA 3PVKA 6FIVA 5P6DA 3PB5A 3U71A 1PFZA 3UQPA 3UDRA 3NWXA 2PSUA 5P3HA 4CPXA 3F9QA 5P69A 5P42A 5P1JA 5P7UA 4F74A 4OD9B 5OYTA 4YDFA 2OHKA 5P64A 5HU1A 2P83A 5P5WA 4DJYA 5P7FA 2IS0A 2F81A 2OHPA 2R43A 5P6GA 5P4TA 1WBKA 5P1QA 5P6HA 5HDZA 2BJUA 4B78A 3VLAA 5P0VA 1ODYA 3S43A 2G21A 3SA5A 5P2KA 5P6QA 4DQBA 4DJPA 4I0JA 4RVIA 5OZNA 1HVIA 2R5QA 3IXJA 3DCRA 5P8EA 3UDHA 4RRSA 3KDBA 3O9EA 2FDEA 5KR0A 2NXMA 2G24A 3OU1A 5OZAA 1CMSA 4RRNA 5P0HA 1FQ7A 3L38A 1QRPE 2I1AA 1ENTE 3S7MA 3INEA 3G70A 1MIQA 1MERA 2AZ8A 1B6MA 2R8NA 3OAGA 3EBZA 4Y4GA 5OZ0A 4Y3EA 4YD7A 3PSYA 2I0AA 5P0JA 1E80E 4D88A 5DR0A 4YD5A 1D4JA 2AOIA 5P1RA 1AM5A 3HDKA 3URLA 1FG8C 4Y4TA 3L5BA 3RTNA 1ZPKA 5P2QA 3AUPA 5P3UA 2QZLA 1HSHA 4CPSA 5P3NA 5PEPA 5P36A 3UDPA 4Y4JA 1HIVA 5OZHA 3PI0A 4NJUA 5P2HA 1SDVA 3FNUA 5P28A 1SH9A 4CPWA 2QZWA 1LYAA 4I10A 4DQEA 4FRKA 2FLEA 3B7VA 4Y50A 5BS4A 4OC6B 2QP8A 2ZYEA 2OF0A 2VJ6A 3FKTA 2WF0A 5P0SA 3KFPA 1VIKA 5AH8A 3WB4A 2Q15A 5P04A 5P1CA 4Y57A 3BVAA 3EM4A 1HVJA 5JODA 3VF3A 4LXMA 2ZHUA 3OWNA 4K8SA 4YD6A 3Q4BA 5P84A 3PWWA 3RSVA 2IKUA 5P0TA 4A6CA 5P2RA 2QD8A 5P89A 1T7KA 1Z8CA 4FCOA 3BUHA 2XYFA 3I25A 3HVGA 2J9JA 4ZEAA 5P3LA 3DOXA 3Q6YA 2P3BB 2QMFA 1LZQA 3TL9A 1HSGA 4FSEA 2HAHA 5P4IA 1UH7A 5P22A 4FGXA 1E5OE 2V13A 4Y43A 5P3QA 3OOTA 2BPVA 2AOJA 2WEBA 5C9DA 1AZ5A 5P01A 2HB4A 5P78A 4TVHA 3IA9A 4Y45A 5P6CA 3ER5E 3NDTA 5P8RA 2AQUA 3BC4A 4Y3SA 3QRVA 5P7QA 4J1IA 2B7FA 2G27A 3BHEA 2ZJHA 1K1UA 2G1OA 2IRZA 5P38A 4ZSQA 5AHAA 4J0ZA 5P13A 4CPTA 3KF0A 3EL5A 5P5GA 4I0IA 1EBZA 5IVTA 2OAHA 4KE1A 5UPJA 3FNTA 4FLGA 1BVEA 3UQXA 2XFKA 5P16A 5P4SA 5APRE 5P6PA 1W5YA 2HPFA 3TKWA 1F34A 2IEOA 1BDLA 1OEXA 2ANLA 5OZEA 5OZJA 2AODA 3UQWA 4B70A 4YCKA 4PYVA 1C6XA 3QRSA 3OUBA 5P8NA 1IDBA 4YD3A 3LZYA 2PSVA 3A2OA 1APTE 3JVWA 5P76A 1ZBGA 5P5MA 4KE0A 4Y56A 5P4LA 3HVPA 2AIDA 1MRXA 4PZXA 4Y4WA 3SLZA 1W6IA 4OBZA 3HW1A 3EC0A 1AVFA 1MESA 5P0XA 5P5IA 5P71A 4EPJA 2NR6A 4Z2ZA 1HRNA 4DJQA 4B00A 2XFJA 3G72A 2VIYA 3OHFA 4YDGA 1PROA 2RENA 4LHHA 4OBDA 4RCEA 3QBFA 1G6LA 3LPJA 4EJ8A 3OY4A 4PHVA 3DUYA 2ER7E 5P2OA 5P85A 4TVGA 2F8GA 3NSHA 3KFRA 4Y35A 3DV5A 5P7KA 4I0FA 3MSLA 2F80A 2VA6A 3CKTA 5I3XA 1NPAA 1RV7A 4I8ZA 1XN3A 3ZKXA 4L6BA 5P4ZA 1HVRA 3GGUA 1FEJC 1GVTA 2AOEA 1A8GA 4RYCA 3TH9A 4EHCA 5P7NA 4DJUA 4GJCA 3PM4A 1YM2A 1K6TA 2AOFA 5P7XA 4FRIA 5P0RA 3T6IA 4ACUA 3OADB 4WTUA 1QBSA 2G20A 2QD7A 3UPJA 3WZ8A 3ZL7A 1K1TA 3UQRA 5P3YA 2NMYA 2ZE1A 5P43A 5P4AA 4OBHA 3T3CA 4Y36A 4Z22A 1SIVA 3ST5A 4OD9A 4QJ9A 1FGCC 4RLDA 1KZKA 5DGWA 2P4JA 3UFNA 5P4BA 4YCYA 2QHYA 3EKYA 3UDMA 2WEDA 2OHTA 1BIMA 1GNMA 4Y3LA 2V11C 4I11A 5P3BA 5ISKA 3OUAA 5P2BA 1EAGA 5P6IA 3HLOA 2NPHA 3RSXA 5P4CA 2QNQA 2NXLA 4NJSA 5P3AA 1YT9A 4Y44A 3PWMA 1FB7A 5P5LA 3Q3TA 4RCDA 5DQCA 4LXKA 5P2NA 2RMPA 1G0VA 3VV8A 4J1HA 1PPME 5DR4A 4Y3FA 5P5TA 5P5JA 3KDCA 3ZMGA 5OZPA 5P0KA 2FXEA 5P7MA 1G35A 2I4DA 3PHVA 5P67A 5P2TA 5P6EA 5OZCA 2BKSA 5P6LA 3SKGA 4H1EA 1HVLA 1FQ5A 4CKUA 2G1RA 3GGAA 1ZSFA 3KN0A 5P4UA 3TTPA 1YTIA 1DPJA 3BRAA 3O99A 4FL8A 4JPEA 1W50A 5P5FA 5AH9A 1A8KA 3PLLA 3VYFA 2CEJA 4B72A 5KOSA 2Q54A 4XXSA 1ZAPA 5P0BA 4FM8A 5HE7A 5P63A 5KQXA 1HPXA 4TRWA 2AVOA 4Y58A 2WF1A 2FNTA 3C9XA 2Z4OA 5P4WA 1HTRB 3VLBA 5P4XA 5P2AA 2PWRA 4CMSA 2WKZA 5P74A 3LITA 2FS4A 1FFIC 5OYZA 4DQFA 4GYEA 4Y39A 5P11A 4J5JA 3R2FA 1TZSA 4J0YA 3OUDB 4X2LA 3OGQA 1PSNA 1TSQA 4JP9A 3PEPA 5P88A 5P45A 3SA9A 4YBIA 4PZWA 2PH8A 4QJAA 4KUPA 4JECA 1K2BA 4Y5BA 1D4YA 4Y41A 3ZKIA 1FQ6A 4OBGA 4OBKA 4S1GA 5P7SA 4QGIA 4DJVA 4Y5PA 1SGUA 2OHLA 5P1YA 1Z1HA 3K1WA 4Y47A 2QK5A 4EQJA 5P7ZA 1HVHA 2B7ZA 4ZPEA 5DR8A 4QJ7A 4J1FA 4EXGA 1QDMA 2VA7A 1ODXA 3EKTA 5P3JA 3OU4A 4DJWA 2P3BA 2HIZA 1E81E 2WL0A 1EPME 3SPKA 5ENKA 5KR8A 4YA8A 5P32A 2I4UA 1FLHA 2G22A 4EYRA 1SMEA 1TCWA 1BWAA 2ZJKA 3U7SA 3LIVA 5P7AA 5P5UA 2WEAA 5F00A 5P0PA 3S8IA 2P3CA 3LZUA 1TQFA 2ZDZA 1D4HA 3PJ6A 4J1CA 4MC6A 1BXQA 5P7OA 5P7PA 5SXNA 3OQFA 5KQZA 3NU3A 1JLDA 4DVFA 2QMDA 3UHLA 4ER1E 2HB2A 3SA3A 5P8TA 5P59A 5P1FA 4Y5MA 5P6XA 4AUCA 5P3IA 3GI4A 4HZTA 1HIHA 3K4VC 3EM6A 4PEPA 3O9AA 5P34A 1IZEA 2FXDA 2G69A 1Z1RA 2R3TA 3K5DA 5P4RA 3VV6A 5P0CA 5P8KA 3UDJA 5OZWA 2QNPA 2P3DA 5P3TA 1F7AA 4I1CA 4R5NA 3VYEA 5C9FA 5P0MA 2QHCA 3EL1A 4B05A 4B1DA 3EKXA 5P3OA 2P8HA 4AA9A 5P3ZA 1FKNA 1W51A 5OZYA 1BXOA 5B18A 2UXZA 5P4YA 5P5KA 5P2EA 5P2JA 1TW7A 2G1SA 5KQFA 5AH6A 3M9FA 4M8YA 1AJVA 5P4HA 4U7VA 1BDRA 4MC2A 1GVXA 1HVSA 3LNKA 5P5RA 1BILA 4CP7A 3L5DA 1C6YA 3O9DA 2ZJNA 4HA5A 2CEMA 4CPUA 3O9CA 4DJRA 1LS5A 1FIVA 1Q9PA 3HBOA 3MWSA 3RTHA 3RVIA 5P6KA 3OXCA 4DJXA 2Q64A 3APPA 3UDKA 4Y4UA 2ZHSA 1UH8A 5P7DA 3PMUA 5P6UA 1EC2A 2ER6E 4MC9A 3OADA 2NMZA 4EJLA 5E5JA 5P2UA 4BFDA 1B11A 3GI5A 5P83A 5P1DA 3L5FA 1FMXA 5P8HA 2WF4A 2QI1A 4ZSPA 3NWQA 3AIDA 2I4QA 5P4EA 1LYWA 1APWE 3D1ZA 4Y3HA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 1TSU A;  1HTE A;  5P57 A;  1AJX A;  1W6H A;  5OZ7 A;  2QMG A;  3EL4 A;  1MPP A;  1ER8 E;  1HOS A;  1QBR A;  3OU4 B;  5P0Q A;  5KR1 A;  4D8C A;  4R8Y A;  5P53 A;  4GJ6 A;  3O9H A;  5DR1 A;  4QLH A;  1MTB A;  1HVK A;  1EC1 A;  4HEG A;  1IDA A;  5P2M A;  5KQY A;  4F75 A;  5J25 A;  5IVS A;  2R38 A;  2QHZ A;  2QCI A;  3S2O A;  3T7Q A;  5P55 A;  4XX3 A;  3IN4 A;  3OQA A;  1GNN A;  4MC1 A;  5P7T A;  5OYQ A;  5P54 A;  3QS1 A;  3HD8 A;  3FX5 A;  5P60 A;  2V12 C;  4D85 A;  1DP5 A;  5P4P A;  5P17 A;  3LIQ A;  5P8L A;  4I0H A;  5P5H A;  2O4L A;  1DAZ C;  3VSW A;  3KA2 A;  5DR3 A;  4I8W A;  5AH7 A;  4QJ6 A;  1LYB B;  5P77 A;  5ISJ A;  5P6R A;  2PWC A;  4Y3Y A;  3OQD A;  5IS4 A;  5P86 A;  5OZR A;  4PPH A;  4H3F A;  3KYR A;  7UPJ A;  4OBF A;  5F01 A;  3KMY A;  3LPI A;  1EBW A;  2IQG A;  4DPI A;  4RVX A;  3T7P A;  5P4Q A;  5P10 A;  1N49 A;  2B8L A;  2G1Y A;  3IVI A;  3VFB A;  2I4W A;  3SAA A;  3FNS A;  4K4R A;  3TLH A;  2Q55 A;  3CMS A;  4GB2 A;  5P6Z A;  4Q1W A;  3ECG A;  1AID A;  5P6S A;  2QAK A;  3ZKG A;  3UTL A;  1SMR A;  5P8J A;  5OZS A;  5JG1 A;  3WSJ A;  3OU1 B;  2AZB A;  5DPZ A;  3NR6 A;  5I3Y A;  1GVU A;  2QZX A;  4LXA A;  3EKV A;  5P5D A;  2V16 C;  2BQV A;  2AOH A;  3L5E A;  2F3E A;  4QJ8 A;  3QIH A;  1A9M A;  4Y3J A;  2WEC A;  3OAG B;  3LPK A;  3D1Y A;  3RU1 A;  3I2L A;  3NU6 A;  3GGX A;  5P6N A;  5OZF A;  2QNN A;  3GI6 A;  1HXB A;  1M0B A;  5P4J A;  2WJO A;  5P70 A;  5P7C A;  5P7E A;  2QMP A;  1HVC A;  1MSM A;  5HU0 A;  5P5B A;  2WHH A;  2G26 A;  3FIV A;  3PLD A;  3CKR A;  3L3A A;  3OOZ A;  4FSL A;  1MSN A;  4FS4 A;  5P6J A;  5P8P A;  2O4S A;  4GZF A;  4FM7 A;  4GMI A;  1GNO A;  1KJ7 A;  1XS7 D;  3BGC A;  5P00 A;  5P1K A;  1K2C A;  5OZ6 A;  4HE9 A;  1DMP A;  1LYW B;  5OZX A;  2VIJ A;  2QI7 A;  3TPJ A;  5P0U A;  3R1G B;  3SA7 A;  5OYX A;  5IE1 A;  5AGZ A;  3OU3 A;  4Q5M A;  1HTG A;  4FAF A;  4EQ0 A;  1XL2 A;  3EXO A;  3ZKS A;  4NKK A;  2FIV A;  1XE6 A;  3TNE A;  1LYA B;  5KAO A;  5I3V A;  4YBF A;  3SA4 A;  2BPY A;  5P5A A;  4EJD A;  3CIB A;  1FQX A;  5SZ9 A;  2RSP A;  1MET A;  2Z54 A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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