5P8OA

Automated refinement of diffraction data obtained from an endothiapepsin crystal treated with fragment 357
Total Genus 83
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The genus trace: a function that shows values of genus (vertical axis) for subchains spanned between the first residue, and all other residues (shown on horizontal axis). The number of the latter residue and the genus of a given subchain are shown interactively.

Total Genus
83
sequence length
330
structure length
330
Chain Sequence
STGSATTTPIDSLDDAYITPVQIGTPAQTLNLDFDTGSSDLWVFSSETTASEVDGQTIYTPSKSTTAKLLSGATWSISYGDGSSSSGDVYTDTVSVGGLTVTGQAVESAKKVSSSFTEDSTIDGLLGLAFSTLNTVSPTQQKTFFDNAKASLDSPVFTADLGYHAPGTYNFGFIDTTAYTGSITYTAVSTKQGFWEWTSTGYAVGSGTFKSTSIDGIADTGTTLLYLPATVVSAYWAQVSGAKSSSSVGGYVFPCSATLPSFTFGVGSARIVIPGDYIDFGPISTGSSSCFGGIQSSAGIGINIFGDVALKAAFVVFNGATTPTLGFASK
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The genus matrix. At position (x,y) a genus value for a subchain spanned between x’th and y’th residue is shown. Values of the genus are represented by color, according to the scale given on the right.

Structure visualization

After clicking on a point (x,y) in the genus matrix above, a subchain from x to y is shown in color.


  Genus data interpretation
Chord Diagram
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molecule tags Hydrolase
molecule keywords endothiapepsin
publication title High-Throughput Crystallography: Reliable and Efficient Identification of Fragment Hits.
pubmed doi rcsb
total genus 83
structure length 330
sequence length 330
ec nomenclature ec 3.4.23.22: Endothiapepsin.
pdb deposition date 2016-06-28

pfam database annotations

chain Pfam Accession Code Pfam Family Identifier Pfam Description
A PF00026 Asp Eukaryotic aspartyl protease
Image from the rcsb pdb (www.rcsb.org)
cath code
ClassArchitectureTopologyHomologyDomain
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8oA02
2.40.70.10 Mainly Beta Beta Barrel Cathepsin D, subunit A; domain 1 Acid Proteases 5p8oA01
5OZBA 5I3YA 4J1CA 4ZPEA 2FNSA 2IEOA 4DJPA 1IZEA 5P4AA 1B6LA 3IN4A 3QN8A 4Y3GA 5P7PA 1FMUA 3FV3A 2Q3KA 5OZ4A 5COOA 2B7ZA 5P66A 3WZ7A 2RMPA 2Z4OA 3UPJA 1K6TA 1GNNA 4RYCA 2G26A 4CPQA 4YHQA 2ZE1A 3O9LB 1XS7D 3S45A 5OZNA 1HIIA 4Y3PA 5P5XA 2WF1A 4K4RA 5T4SA 5P8GA 4GJ5A 2HIZA 5P16A 2V13A 3QRMA 5CLMA 1DPJA 2VNMA 4QJ7A 5P0IA 1GVXA 5P4EA 4B0QA 4GJBA 2HPEA 4PYVA 5P04A 4TRZA 1C6XA 1HTRB 3D20A 1XN2A 5DGWA 1D4SA 5P80A 1AM5A 3IXJA 3N3IA 1MPPA 1FEJC 4YBIA 3NYGA 5P6FA 5P7HA 5P75A 1YTJA 2R3WA 5P33A 2AVOA 3PCZA 1ER8E 5P28A 5P6AA 3FNTA 3NDXA 4R92A 4WY6A 2HB4A 5OZ2A 1XDHA 5P2NA 4HEGA 5P1KA 1HEGE 5P8FA 4BELA 2F3FA 5P2LA 5APRE 5HDUA 4B70A 1E82E 3VSXA 5IE1A 5P1NA 5P2VA 5P7UA 4JPCA 4K9HA 3RVIA 1SMRA 2A4FA 2ASIA 1YTIA 5P51A 5HVPA 5AH9A 1FF0C 3UFNA 3R1GB 5P7BA 2HC0A 1HVIA 3ZOVA 4Y3RA 5P6VA 1F34A 2AZ8A 3JVYA 5OYRA 1TSQA 3KFPA 4BFDA 1D4IA 2AODA 2BPWA 5P8LA 5P3EA 5P22A 4LAPA 4JPEA 1UPJA 5P36A 3O9FA 3Q70A 4DUSA 5P56A 2BPZA 3NDTA 3ZKSA 4J1HA 2FDEA 5ENKA 3R4BA 5P3UA 5P3FA 1KZKA 3FSMA 5P05A 5HDZA 4OD9B 5P1GA 4LL3A 5P65A 4Y48A 2IL2A 4DQEA 1ZBGA 3NSHA 5DQ4A 5P64A 3KN0A 4J1IA 3CKPA 2P3CA 5HTZA 4LC7A 2G24A 3OGPA 1AIDA 5P20A 5OZHA 3SABA 3Q3TA 5DR4A 5DQ5A 3H0BA 1ZSFA 3SKFA 1NPAA 3UDRA 3PWWA 3BGBA 5P3ZA 3BVAA 1WBKA 1SBGA 4RRNA 5P55A 1DMPA 4ZPGA 3U71A 3EBZA 3NU4A 5JFUA 4Y5BA 5KR8A 3OQFA 5P47A 5P23A 2XFIA 4GJDA 3G70A 4DPIA 4Y5NA 5OZQA 3HZCA 5P31A 2WHHA 5P1BA 4RGHA 5P4SA 4Y39A 1HWRA 2R38A 1FMXA 1ENTE 8HVPA 2RENA 5BRYA 2JJIA 2G27A 5P77A 2OHUA 1SMEA 5IS4A 3HAWA 4RCEA 1PPKE 5P42A 4Z2ZA 2I4VA 3U7SA 4I0ZA 2ZDZA 5SXNA 2SAMA 1IVPA 2JXRA 2QD7A 4XXSA 3UDNA 5P54A 4CP7A 1MUIA 3PBZA 1FQ4A 5P2YA 3EL9A 2H6SA 3CKRA 5P7TA 5P81A 3OQAA 2APRA 2AOCA 5DR3A 5P5UA 3LZYA 3UQPA 5HCOA 5P6SA 3CIBA 3IXOA 5P49A 3L5DA 3ZKNA 2R9BA 3INFA 3K5CA 1B5FB 3N4LA 1QBTA 2OHPA 5P4BA 5AH8A 1LYAB 4B72A 3WSJA 5OZ0A 5P2XA 5P2QA 2FNTA 2AVSA 3KT2A 5EZZA 5OZ6A 1LF4A 3GGUA 5P5BA 5P2ZA 3L3AA 4QJ6A 1HSGA 2AOEA 3SA7A 3A2OA 3LITA 3HW1A 3KA2A 3LIVA 2B42A 4QJ8A 2O4PA 4Y3WA 1XN3A 1D4YA 4Y36A 2QMGA 1NPVA 5P4TA 4YA8A 4U8WA 1AVFA 3EXOA 2Q55A 5P71A 2PK6A 3D1YA 1EBYA 4OBDA 1J71A 2PSVA 3NUOA 1A8KA 4RROA 1HVLA 3VLAA 5P39A 5P7GA 4Y9WA 5P8NA 3LIXA 1E81E 3K5GA 4IVSA 4HDFA 4Y4GA 3FIVA 4EPJA 2OAHA 5P1HA 3PGIA 2I4UA 3GW5A 1MTRA 3GI5A 5KR0A 4PHVA 5TOLA 5P09A 5P83A 4DQHA 2AZ9A 5P58A 5B18A 1C70A 2G1RA 3HD8A 4QJ2A 4QJ9A 5FIVA 4DQGA 1C6ZA 1YTHA 1RPIA 2ZHSA 1IDBA 3GGAA 2AZBA 4Y45A 4Y53A 2QI1A 4MC1A 4X7IA 5OZVA 3FNUA 2B8LA 1APVE 3R0WA 3VEUA 3ZKXA 4ZLSA 4R8YA 4Y5MA 3SA5A 3ER3E 2HM1A 3ER5E 4FAFA 2RKFA 1T6EX 3INEA 1HEFE 3EKPA 2P83A 1T7JA 4OC6B 4Y3XA 2ER0E 4DQFA 5P68A 1IIQA 4QLHA 5P5CA 2QHZA 5KQXA 4D89A 4Y3NA 4Q1YA 3LPKA 4ACUA 5P4LA 1LYWB 3LZSA 2OHKA 2ZJJA 5P6LA 4Q1WA 3ST5A 2VIJA 1GVVA 3S8IA 5P0ZA 1META 1YT9A 3IGBA 4CPTA 5OZ8A 2FDPA 5P7MA 4I10A 3PRSA 5P88A 5CONA 3VV8A 2EWYA 1HXBA 5KR1A 5DQ2A 5P87A 2I0DA 1UH9A 3TLHA 3I2LA 4Y6MA 5P13A 1HVSA 1SDUA 5P45A 1B6KA 2O4LA 2WEDA 2OHMA 5P60A 3VFAA 4Y5KA 3RTMA 4B1DA 3D91A 4FGXA 1ZLFA 1EPPE 2UY0A 5P5DA 3B80A 4OBZB 1BIMA 4M8YA 4L7HA 2ZJLA 2Q11A 4DFGA 4OBHA 2G22A 1C6YA 4FSEA 3QBFA 1LYBB 3OTSA 2FMBA 5P44A 2ZGAA 5P4CA 5P8CA 5P7YA 2Q54A 5P8UA 4FM8A 4LXAA 4XKXA 2I4DA 2QHYA 3BGCA 4D88A 5P7IA 5P6ZA 5OZXA 3BUHA 2VS2A 4A4QA 4CPWA 4Z22A 4YD7A 4IVTA 3M9FA 2B7FA 2QU2A 4J1KA 5P5FA 2ZHVA 5JFPA 1UH8A 2BPXA 2QD6A 5P7RA 9HVPA 5P1IA 4COEA 1SGZA 3TPRA 5P8QA 5P6XA 4DJQA 5ER1E 3UDKA 5P5MA 3HVGA 1IZIA 5P4RA 5P70A 3TTPA 1T7KA 3O99A 5AH7A 3IVHA 2CEMA 2BQVA 5P2BA 4FRJA 3GGVA 5ENMA 5P8RA 2G69A 5P5ZA 4EP3A 4FIVA 4FRSA 4I0HA 5P5PA 5P43A 1PSAA 2AQUA 5P4YA 1FQ7A 4ZSMA 3WZ8A 4XX3A 3OAGA 2NNPA 2OHQA 5P02A 2VJ9A 5KQZA 5P15A 3L59A 1FFFC 5P7FA 1K6VA 4F73A 4R91A 3KFSA 2VIYA 3T11A 5P0UA 5P7JA 3TPJA 4J1EA 5P8TA 3EL4A 2WL0A 1CZIE 1EBZA 4RRSA 1ZJ7A 1Z1HA 1XE6A 1U8GA 4Y44A 4I8ZA 4D8CA 5P6GA 2F3EA 2R43A 5P76A 3EKQA 1G6LA 3IN3A 5OZ3A 1K2CA 5P1WA 2QZLA 1APUE 4YOAA 4HDPA 5OZPA 5P1ZA 4AUCA 5P5OA 4BEKA 5P5EA 1MRXA 4J0YA 4Y3LA 1XL2A 2V0ZC 1BWBA 5HE5A 3S56A 3CICA 5P25A 2ZJHA 3OGQA 3O9AA 4M8XA 3OUBA 3KMXA 4HZTA 4DH6A 2QNQA 3PWRA 5P2SA 3O9LA 5P35A 3KFNA 2BPYA 4I0DA 4B77A 3NU6A 2V10C 5COPA 4DJOA 1FQXA 3MXDA 3GGXA 5P8PA 1AAQA 4GIDA 4Y4XA 5P2CA 3I6OA 3OADA 3OK9A 1F7AA 3UFLA 3ZPUA 1MT7A 5P5SA 5P86A 5P01A 3G6ZA 2QI5A 5OYYA 5P3GA 5P8HA 3R0YA 3L58A 4I0GA 3ZL7A 3KMYA 4LHHA 3IAWA 1PFZA 2WEZA 1BAIA 1HTEA 1K1UA 3PVKA 4APRE 5P2IA 5HU0A 5P8DA 3TOFA 3VSWA 5P4PA 3EM4A 5AHCA 5OYUA 5DR7A 4OBJA 1GVTA 1EEDP 2BKSA 2MIPA 5P62A 5P3AA 1T7IA 1MVPA 3I8WA 3LIQA 1BVEA 2NNKA 1Z1RA 3BUFA 4Y3TA 3UDHA 2ER9E 3O9EA 1W5XA 5KAOA 1QBUA 5P63A 2WF4A 3LZVA 1EPNE 5P8JA 5P0VA 4B1CA 4APEA 1AXAA 4H3FA 4Z50A 2FXEA 4EJ8A 5P7SA 5HU1A 2OHLA 1FMBA 2B8VA 4CPRA 3EL5A 1QDMA 1K6CA 2P3AA 3CYWA 5P0JA 3OOZA 2A1EA 3CKTA 3UDPA 4RCFA 5P85A 5P06A 4J54A 2B60A 4GJ7A 3S43B 2PWCA 3QI1A 3KFRA 1HHPA 2AOHA 4I12A 5P1MA 3NDUA 5I70A 4N00A 2QU3A 4RLDA 3LNKA 1TW7A 5DGUA 2I4QA 4Y3HA 2WECA 1Z8CA 5OYXA 5P6QA 1ODYA 4Y3ZA 4D85A 3UTLA 3VV6A 3TOGA 2UPJA 3APPA 4ZEAA 3RTNA 3S54A 1Q9PA 2I4WA 3VFBA 4K4PA 5OZOA 1K1TA 2QNPA 4EP2A 5P1QA 2HPFA 2J9KA 4Y4TA 3SQFA 5OZEA 1SH9A 3SFCA 4DV9A 4Y4WA 1EC3A 5P6HA 3MSJA 4NPUA 5P3WA 4ZSQA 3BVBA 5I3WA 1HTGA 4Y3FA 1FLHA 5P12A 1RQ9A 1M43A 4Z4XA 5HDXA 4B00A 1W5VA 3QPJA 4FS4A 3KT5A 2PK5A 1NPWA 2BB9A 1FFIC 3UQUA 1KJ7A 4MC2A 3D1XA 1BXQA 5P3BA 2PYMA 2VA6A 1E5OE 5OZZA 4Y3SA 4Q1NA 2QCIA 5OYZA 5AHBA 1W5WA 5P14A 5ISKA 1VIKA 4U7VA 3UDQA 3PSGA 3NDWA 5P08A 2V11C 5OZDA 3SACA 3SA6A 1HVKA 5P1EA 1AJVA 1HXWA 3OWNA 5P3YA 4Y38A 2AVQA 1FB7A 5P8EA 1YX9A 2Q64A 2UXZA 4Y37A 5P1AA 5BWYA 2HS1A 2G20A 2WF0A 4DVFA 3OUAA 4GJ8A 3RU1A 4D83A 3NLSA 5COKA 2AOIA 1HTFA 3SA3A 2G1OA 5P5VA 5P6IA 5P27A 4R5NA 3T3CA 5P2GA 5P0WA 5P1JA 2PC0A 1B5FA 1LF2A 6UPJA 4R95A 2RKGA 3DJKA 3VF3A 3S7MA 5P6TA 3OUDB 1LYAA 1DW6C 1LV1A 3HLOA 4FRKA 5P41A 5KQFA 4FSLA 5P1DA 5P4NA 5P7ZA 5OZJA 5P34A 1TSUA 1ZPAA 5P6JA 4FLGA 4ACXA 2QHCA 2ER7E 5I3XA 3OHFA 5P4JA 4GJ9A 1OEWA 5P18A 4Y4BA 4DJWA 1IBQA 5P0GA 2AVMA 4KE0A 5P4MA 5P8AA 3OOTA 2J9JB 1ME6A 2WEAA 5P57A 4F75A 4I11A 5AGZA 3TKWA 5P4XA 3PLLA 5OZFA 3OXVA 5P2HA 5AH6A 5P1UA 1LEEA 2QI0A 5OZLA 3KDCA 3PCWA 3L38A 3VYFA 4RZ1A 2PSUA 3NR6A 3HBOA 4HDBA 3QS1A 5P50A 5P1YA 4AZYA 5HE7A 4Y57A 3NWXA 2AZCA 5P7XA 5OZ7A 1AZ5A 4J0ZA 2JE4A 2ZJKA 4NJSA 3SA9A 4Y47A 5P8KA 5P89A 1MIQA 1DIFA 3NXNA 4GJ6A 5P4HA 1RNEA 2OHNA 3T7XA 4Y3MA 3DV5A 4EWOA 1W50A 4L1AA 3SLZA 4FRIA 5P8SA 3TH9A 5DPZA 3HAUA 1LZQA 3OU4B 1SDVA 1EC1A 5P2EA 2VA5A 5P3NA 4YD6A 4J1FA 3LIZA 2I0AA 4CPXA 4H3JA 4KE1A 3ZPSA 3TKGA 3DUYA 1PSNA 2R8NA 3S2OA 1RV7A 2NR6A 3DV1A 3VF5A 1NSOA 4Y51A 4ER1E 1SIVA 2WEBA 2FS4A 4DJUA 4UPJA 4JP9A 2IGXA 5P2OA 1W51A 3KDDA 3PM4A 3FNSA 2QMPA 1WKRA 4Y54A 1BDRA 4DJRA 1SP5A 1EPRE 4LXMA 1ODXA 2OHRA 3RSXA 4YCKA 3EL0A 2F3KA 5OZRA 4Y58A 1BXOA 3OXCA 5P6KA 4GB2A 1G2KA 1D4JA 3MSKA 1MEUA 5P4GA 2P3BB 3EC0A 5P0TA 5P7AA 1HPOA 1ODWA 5BS4A 4CKUA 1EPQE 1IDAA 5P1SA 1BV7A 5P79A 5P6DA 5P72A 5P5HA 5P3MA 4PZXA 4YDFA 1EAGA 2ZJMA 3U6AA 4QGIA 4CPSA 4YD3A 3L5CA 3OXWA 5OZ5A 5P8BA 5P1OA 2IGYA 1XE5A 4B1EA 5P0SA 3I7EA 1E80E 4TRWA 2QK5A 4HVPA 1LYBA 3QBHA 3Q5HA 2G1YA 2G21A 3PBDA 2QZXA 1PPLE 2IS0A 3OQ7A 1TZSA 3EKYA 5P6EA 4Y3DA 4Y5CA 5P48A 4EJKA 5P4WA 2CENA 4EHCA 3L5BA 1B11A 3BC4A 3UDJA 3CIDA 2QP8A 2CEJA 2AOGA 5P4IA 3UQRA 3QAAA 5P0KA 4Y3AA 2VA7A 2PH8A 5P38A 3F9QA 4Y5GA 4YBFA 3ZKIA 3Q6YA 1D4HA 3D3TA 5P7NA 1HPSA 5P7EA 4FCOA 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chains in the Genus database with same CATH homology

  
#chains in the Genus database with same CATH superfamily
 5OZB A;  5I3Y A;  4J1C A;  4ZPE A;  2FNS A;  2IEO A;  4DJP A;  1IZE A;  5P4A A;  1B6L A;  3IN4 A;  3QN8 A;  4Y3G A;  5P7P A;  1FMU A;  3FV3 A;  2Q3K A;  5OZ4 A;  5COO A;  2B7Z A;  5P66 A;  3WZ7 A;  2RMP A;  2Z4O A;  3UPJ A;  1K6T A;  1GNN A;  4RYC A;  2G26 A;  4CPQ A;  4YHQ A;  2ZE1 A;  3O9L B;  1XS7 D;  3S45 A;  5OZN A;  1HII A;  4Y3P A;  5P5X A;  2WF1 A;  4K4R A;  5T4S A;  5P8G A;  4GJ5 A;  2HIZ A;  5P16 A;  2V13 A;  3QRM A;  5CLM A;  1DPJ A;  2VNM A;  4QJ7 A;  5P0I A;  1GVX A;  5P4E A;  4B0Q A;  4GJB A;  2HPE A;  4PYV A;  5P04 A;  4TRZ A;  1C6X A;  1HTR B;  3D20 A;  1XN2 A;  5DGW A;  1D4S A;  5P80 A;  1AM5 A;  3IXJ A;  3N3I A;  1MPP A;  1FEJ C;  4YBI A;  3NYG A;  5P6F A;  5P7H A;  5P75 A;  1YTJ A;  2R3W A;  5P33 A;  2AVO A;  3PCZ A;  1ER8 E;  5P28 A;  5P6A A;  3FNT A;  3NDX A;  4R92 A;  4WY6 A;  2HB4 A;  5OZ2 A;  1XDH A;  5P2N A;  4HEG A;  5P1K A;  1HEG E;  5P8F A;  4BEL A;  2F3F A;  5P2L A;  5APR E;  5HDU A;  4B70 A;  1E82 E;  3VSX A;  5IE1 A;  5P1N A;  5P2V A;  5P7U A;  4JPC A;  4K9H A;  3RVI A;  1SMR A;  2A4F A;  2ASI A;  1YTI A;  5P51 A;  5HVP A;  5AH9 A;  1FF0 C;  3UFN A;  3R1G B;  5P7B A;  2HC0 A;  1HVI A;  3ZOV A;  4Y3R A;  5P6V A;  1F34 A;  2AZ8 A;  3JVY A;  5OYR A;  1TSQ A;  3KFP A;  4BFD A;  1D4I A;  2AOD A;  2BPW A;  5P8L A;  5P3E A;  5P22 A;  4LAP A;  4JPE A;  1UPJ A;  5P36 A;  3O9F A;  3Q70 A;  4DUS A;  5P56 A;  2BPZ A;  3NDT A;  3ZKS A;  4J1H A;  2FDE A;  5ENK A;  3R4B A;  5P3U A;  5P3F A;  1KZK A;  3FSM A;  5P05 A;  5HDZ A;  4OD9 B;  5P1G A;  4LL3 A;  5P65 A;  4Y48 A;  2IL2 A;  4DQE A;  1ZBG A;  3NSH A;  5DQ4 A;  5P64 A;  3KN0 A;  4J1I A;  3CKP A;  2P3C A;  5HTZ A;  4LC7 A;  2G24 A;  3OGP A;  1AID A;  5P20 A;  5OZH A;  3SAB A;  3Q3T A;  5DR4 A;  5DQ5 A;  3H0B A;  1ZSF A;  3SKF A;  1NPA A;  3UDR A;  3PWW A;  3BGB A;  5P3Z A;  3BVA A;  1WBK A;  1SBG A;  4RRN A;  5P55 A;  1DMP A;  4ZPG A;  3U71 A;  3EBZ A;  3NU4 A;  5JFU A;  4Y5B A;  5KR8 A;  3OQF A;  5P47 A;  5P23 A;  2XFI A;  4GJD A;  3G70 A;  4DPI A;  4Y5N A;  5OZQ A;  3HZC A;  5P31 A;  2WHH A;  5P1B A;  4RGH A; 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#chains in the Genus database with same CATH topology
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#chains in the Genus database with same CATH homology
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